1FWWA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, a5p and cadmium
Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 91
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fwwA00
1O95A 4GBUA 2D73A 3PC0A 3LCLA 3W86A 1JCMP 4ADSA 3LHTA 3DFSA 4UTHA 1P1XA 5DLCA 2H6RA 3LHZA 3FS2A 5CSRA 3VCRA 3EX6A 4O0KA 4Y8FA 3LCIA 1XFBA 3I7RA 1O94A 1QPQA 3DFNA 1LTDA 4ZVJA 3TA6A 3W7EA 3PB2A 4UNLA 4GUFA 3INPA 1B57A 2Z0IA 3TR2A 3W7NA 1I2OA 1TIMA 2HTMA 3BV4A 5BOOA 3P60A 2P1FA 1A5CA 3I7QA 5HNRA 4OU1A 3HGSA 3S9YA 1OX6A 1A50A 3A23A 3W9ZA 1H1YA 1TSIA 3EX3A 3H54A 1YDVA 3WJYA 1EP1A 5TBOA 3LTPA 4IQLA 2WV8A 3LRKA 4IOTA 5DBTA 5A8GA 3MI2A 3UWUA 1XBYA 1YPIA 3W22A 1K3UA 5LGZA 4MY8A 3G1SA 3MMTA 2YX0A 4DELA 1C9DA 1NF7A 2QCCA 1MEIA 1ZENA 3DFPA 3WFAA 1S5VA 3QQ1A 4UUIA 3KRUA 1TPWA 5AYXA 3T78A 4YCPA 1H7XA 3BO9A 3NG3A 2LLEA 1FDJA 2CLOA 4AWUA 2RHGA 3YPIA 1YXDA 5FI8A 1LDCA 4RJEA 1BWLA 3V1PA 3PUDA 1O60A 2GVLA 3NQ2A 1ZNNA 2R94A 2ZA3A 3M43A 2GVGA 3TCEA 2R8WA 3VKJA 3W7RA 3W71A 3W83A 5CZ0A 1KV5A 1U83A 3EX1A 3OVPA 1KM3A 4Q4KA 3NAVA 4N6FA 6TIMA 4HHPA 1D3HA 4OE7A 3UZJA 2OT0A 3E12A 1D9EA 3P84A 1PS9A 3ZR4A 1YTKA 3U6WA 2FPYA 3PAJA 3W84A 4PODA 4E2DA 1VLWA 3HO8A 3RLVA 1L6YA 2NXHA 1LYXA 1QOQA 1TPH1 4CCEA 5G4EA 3GIYA 1MSSA 1YDNA 1G4SA 4JTIA 4AAJA 5K4ZA 4ORMA 1AW2A 4WXYA 2C6QA 5AHFA 4GUJA 3LDVA 5CPMA 2GJLA 3W1XA 3W73A 5I3HA 2QJGA 3S5YA 1ZJIA 4XKYB 4POCA 4O4VA 3BPWA 3C4UA 1LOQA 1EB3A 3GXPA 3W88A 1NF0A 4GRSA 4GUGA 4O13A 4K6AA 1KBJA 1KM4A 3G0SA 4N4QA 3OEXA 2YXGA 4LU0A 3OHIA 4IUOA 1OFOA 5L9FA 3UWVA 2J24A 4AMAA 3UQNA 5DXYA 4PTNA 4JGDA 4UTTC 1P4CA 1YYAA 1LOLA 3P7YA 2JKAA 2NV1A 5EYWA 3NA8A 3TC6A 3B03A 3MP3A 1JCNA 4AWTA 2A6LA 1EX5A 1TREA 2GOUA 3NQDA 4O8RA 3E0IA 3T40A 4RK8A 4Z1AA 5G4WA 1GVRA 1TQJA 1V7YA 3NM3A 5LNWA 4JYEA 2QCFA 1KM6A 4HNVA 2E1DA 3EEGA 2ALDA 3T44A 3O16A 3DBPA 3DHDA 1K8YA 3KRSA 2HS8A 2NX3A 2OCZA 4WD0A 3HQ1A 1VCVA 3VFLA 4DF0A 5LHFA 2DZVA 3G1XA 4I9AA 1FWSA 3C56A 3BK0A 1I2QA 2CZFA 1TRIA 4O52A 3S0CA 2J6XA 1Y0EA 1ZAIA 3GDRA 4MPQA 2BSLA 3HGJA 4AF0A 4JIQA 3LBCA 4FEZA 3CIXA 4R7JA 4E0CA 1N8FA 1AL8A 2DU2A 4A21A 2CLHA 4FF7A 4OV4A 3H55A 5DCEA 3UWWA 2HS6A 3L0KA 2R14A 3M5YA 4JTSA 5FEXA 3B4UA 4WOQA 1FBAA 1OJXA 2QCDA 4O16A 4LS1A 2ZRZA 3R5EA 5HWMA 1VCFA 3NYZA 4BK9A 1SFLA 1KTNA 4FXRA 2VFIA 1AK5A 1ICPA 1F6PA 1QCWA 4ZMGA 4P61A 1TPEA 3LRMA 5AHIA 1XXXA 2VEIA 2ZTKA 3P8IA 1J5TA 4HT3A 4JYDA 5I3JA 1H1ZA 1SZNA 2RDWA 5LGXA 1R30A 3LX9A 3S5ZA 1LLWA 2I14A 3W2JA 3Q94A 3MP4A 2V30A 3NEVA 1G67A 4DO4A 1P0KA 3TXZA 4GXMA 4MY9A 4FIRA 4OQVA 1C29A 3W7MA 4ZQRA 2VEKA 3W1QA 3P81A 3CC1A 4UTMA 1IF2A 5DY3A 1EA0A 3C3NA 3W2NA 3DU0A 1H61A 5F4SA 3W7DA 4HSOA 4P2VA 2B7PA 4C1KA 3HMJG 4PA8A 3TIMA 3DAQA 1XM3A 2NLIA 1SW0A 3TAKA 1FWRA 2OZ0A 3EWWA 4N6EA 1XKYA 3MUXA 1G69A 4FXSA 4IPIA 4UTTA 2VFEA 4WOZA 1KFEA 4J9JA 3QRHA 3S42A 3G8RA 3LCGA 3VNDA 3G22A 4HNTA 5KTLA 1WOAA 2V0TA 1Q6QA 5CZSA 3L0GA 4QJ1A 3C8FA 4XBKA 4YL2A 1UCWA 4BWLC 1JUEA 4O1CA 4K8HA 3W87A 2A7PA 1GOXA 1FDZA 3TKFA 3KHJA 2Y7GA 3IGUA 2BWGA 2V9DA 3MHFA 1LBFA 2E77A 4NU7A 4M6QA 1BKSA 1SO6A 2X30A 3TNOA 2V2HA 4MY1A 3PULA 3P82A 1F6KA 3V75A 1MEHA 1JCLA 3HPZA 2A1YA 1GVOA 4NJHA 5HJLA 2KZHA 1H5YA 3FFSA 3N19B 4Q32A 4YXGA 3LRLA 1ME7A 3PB0A 4ZQNA 4LS2A 4WY0F 3W74A 4PCFA 4MKNA 1OK4A 1IIHA 3TFXA 1M6JA 3TJLA 1VZWA 4GWEA 1LORA 5D37A 1QWGA 2W6RA 3EWZA 3LCHA 1FCBA 1EPXA 1WBJA 1PHWA 3LM7A 2ZZ4A 4UMCA 5EL1A 3LHVA 4CLMA 3SW6A 4YCOA 3S8HA 1ADOA 4UTIA 3IIXA 4Z1CA 3PG9A 2YYTA 3DXIA 3W7PA 1OFQA 3NZRA 1ICQA 1TPB1 2C18A 4OGZA 3CLMA 3HG4A 3PWAA 4PL2A 2G5WA 1F5ZA 1EIXA 3DZ1A 1DQWA 3SIZA 3S6DA 3W1AA 3L66A 5DXXA 1GVQA 5H91A 1SU5A 1TV7A 3W2LA 1G7UA 3ABOA 1WBHA 4LVGA 2X1UA 2PURA 2FFCA 4XUGA 1LOSA 3ZS4A 1QDSA 1VHCA 4UR8A 1W8SA 3FA5A 4O1DA 3VI2A 4MJMA 5CPNA 1W56A 1ME8A 4IJBA 4LS0A 4A2RA 2XN1A 3JS3A 4X9SA 1MO0A 1QPOA 1MEWA 3G0UA 5AHLA 3W1UA 4O10A 3R13A 4JTTA 3TROA 2HMCA 3A22A 5LHEA 2OJPA 2H90A 3NQ6A 1H7RA 2W0UA 5LNSA 3OBKA 1GTHA 1OYBA 1TPUA 4RV8A 2TPSA 1KTBA 2FB2A 3USBA 3TV8A 4U28A 3GNDA 3RFAA 5AOUA 3LCWA 2CU0A 3IIZA 5HINA 4RLIA 2WNNA 4BWLA 4JYFA 3G1FA 1HUVA 4N02A 3WK1A 3NPXA 2B7OA 3W7GA 2PCQA 5BMWA 5AC8A 4JX5A 3M0ZA 1A5BA 4B5NA 2VKZG 3GYEA 3P5ZA 1A5AA 4R53A 2BLEA 2GJNA 1W54A 4R34A 5CGQA 1H7OA 1C8VA 3W3OA 3I68A 5EY5A 1VR6A 1AG1O 1QMLA 4TO8A 1R2TA 1OK6A 1F2JA 3W1MA 2V5BA 3EWYA 1QOPA 4LVBA 2DZSA 4MVAA 2VEPA 4XZ9A 3UXDA 2ZRUA 3NZ1A 2AAMA 3U8GA 3NPUA 3CQ0A 4TR9A 4DF2A 5KZDA 4IMCA 2O7SA 2GQ8A 2YZRA 3LERA 4JS3A 4NJIA 4LNYA 5HQEA 5BMXA 1X1OA 3HPXA 4M6PA 4LC6A 3LB0A 3EKZA 1BEUA 1JVNA 2FQIA 7TIMA 3LV5A 3W23A 3IEBA 1T8XA 3GXTA 1GPWA 1XDMA 3TE9A 4NUWA 2XN0A 3F4WA 2ZRWA 1SR9A 1TQXA 4AB4A 3HBLA 1R2RA 4MJZA 1NAL1 3QQ0A 3RK8A 1DORA 1N7KA 2RDTA 4UTLA 4IWWA 3FEMA 4QM1A 1UB3A 5BRBA 2J9YA 3IGSA 5AC7A 1OYCA 4LOCA 3THAA 5HWNA 4A29A 1TPVA 1HL2A 4IX0A 5AYZA 4BFAA 4DBDA 4O11A 4O14A 1WV2A 3L5AA 4UCGA 1KTCA 4W9TA 1GQNA 1JULA 4N2YA 5GVJA 5F4XA 1FX6A 3MO7A 1WQ5A 3CM4A 3WK0A 3QMSA 4FX8A 2VFDA 2C0AA 1WAUA 4A22A 2E5BA 3PF3A 3PBYA 3MHGA 4UTKA 1S5WA 2DZWA 5BW6A 3W75A 3W7QA 1JUKA 1XI3A 1WDWA 4M19A 4UR7A 3ANYA 3TX9A 4JICA 4WY0B 4I7VA 3O15A 2BZNA 2JGYA 2BX7A 2Q3RA 3SR7A 1KFLA 4MZ1A 1K8ZA 3NNTA 3E9AA 4AH7A 3W1TA 2A7NA 2PRHA 3G3MA 5I3GA 1LRNA 4ZQPA 1QPNA 2QJIA 4RCXA 1W3IA 4FNRA 2HSAA 1KA9F 3NO5A 4LUIA 3SI9A 5KITA 2CLKA 3S1VA 5LKYA 3EXRA 1LRQA 2EAWA 3L2IA 4O53A 2TMDA 2JKEA 3Q58A 2G95A 4OHQA 2OT1A 4E38A 1OYAA 3SJ3A 4JTHA 1YADA 5D03A 2Y70A 4IMDA 2PRLA 5CZJA 5U4NA 2ISSA 2QJHA 3E49A 3GDLA 3HPSA 5EBUA 1PHQA 1OF6A 5F1VA 3O6DA 1FCQA 5F1UA 1XBZA 2QCNA 1VQTA 4DO6A 4FNQA 4EOUA 1QAPA 3VE7A 2ZYFA 1KV8A 1DQXA 2YW3A 3O6YX 1AMKA 3NQEA 3P74A 4KFOA 4L4LA 3NL5A 1DBTA 3S1WA 1X1ZA 2IQTA 5F4WA 1W5QA 4O17A 3OIXA 1H50A 1SW7A 1XCFA 3C61A 2WSYA 2QAPA 3PSVA 3DI1A 2TYSA 3QZEA 4MZ8A 3MYPA 4CQAA 3FYPA 4MYXA 3NVTA 3G0XA 4M7TA 1CX9A 5AHEA 1OF8A 4LY8A 3O63A 4HN4A 3BVJA 1I8JA 2Z6IA 2VFHA 3C2VA 2H3DA 1UBSA 1XUZA 2TRSA 3C2FA 3W76A 4NT0A 1KM5A 1GYLA 5G2HA 1TO3A 3NL2A 3GDMA 4JY8A 5SWUA 1OX5A 1DJQA 2FB3A 1JQXA 2A21A 2QCGA 4AHQA 2X16A 4UFJA 4K7VA 1FWWA 5IBXC 3GKAA 3P61A 2PE4A 2DZXA 3T55A 3A21A 3PR2A 5BNKA 3I6RA 1W31A 4RZ5A 2FPVA 2QDGA 2GQ9A 1ZALA 5CPOA 1R47A 4AXKA 5LNRA 5DBUA 4MFEA 3HOJA 2NXIA 5HR6A 1QR7A 2JK2A 4NZFA 3ZWTA 3CB8A 4OBTA 1HFBA 4Y9AA 3GDTA 4LVAA 5G5IA 3QYQA 4BF9A 4MLRA 1BWKA 4WX2A 2V2CA 5AN7A 3B0UX 3PUOA 2Y7EA 3GAKA 1TV8A 2E6FA 1JRCA 2CLIA 3QMTA 1QNVA 3DFQA 1W5PA 4A3UA 2B7NA 2CW6A 4NX0A 1HO4A 4O28A 4GJ1A 4UTWC 1PCKA 3LXAA 2CZEA 3L9CA 3FJLA 3W7OA 4WJEA 3G1VA 2EGZA 4JR5A 2RDUA 3TSDA 3GK0A 1DKWA 1PIIA 4JTJA 4JTEA 5E1QA 5LSMA 3CWOX 3LXCA 4FNTA 1V5XA 2J9XA 1ICSA 1LLZA 3DFOA 1T96A 4UMBA 2QKFA 4ZQOA 3LI1A 2AGKA 3ZWSA 2Q3OA 3U2OA 5EPDA 1PL9A 4YMZA 1RR2A 1TCDA 3F1QA 2VFFA 1O5KA 3MBFA 3DGRA 1F76A 3TUUA 4JTKA 4IGHA 3CT7A 4C1LA 4HSNA 3STGA 3A5FA 1NFBA 5KZEA 1VPXA 2XFWA 2WJZA 3LHWA 4XKYA 4BI6A 1TPDA 3ELFA 1TYGA 4UMAA 1OABA 3LCFA 3BARA 3UY8A 4WUIA 5D2TA 3B06A 2YYUA 4CNPA 4JY9A 1RQBA 3TJXA 3F03K 1MZHA 3NL6A 3QEZA 3LXBA 3WJWA 4L4MA 3WJSA 2ZZ3A 1T0OA 3NQCA 2QCLA 3L67A 3W7KA 1TV5A 5IBXA 4G1KA 1XDLA 3G3DA 4BI5A 5C55A 3C6CA 5D32A 1KM0A 1GT8A 4N9DA 1EWEA 5FEPA 4JEQA 5C2XA 2ISWA 1PVNA 2UV8G 3RLUA 3M41A 1KFBA 2CLEA 1L6SA 3N9SA 4O0ZA 2GQAA 4HIBA 4I7UA 4UFIA 4X3ZA 2E6YA 2YDAA 3G1DA 5DN1A 3CWNA 3QM3A 2G96A 3BLFA 3M5VA 1WYIA 1IXNA 1XC4A 4UC5A 3BG3A 5HUOA 3PBVA 1O5XA 4NQ1A 4Z1BA 5K7JA 4ZZ9A 3GR7A 3P67A 3T7VA 4XTIA 4HKPA 4UNKA 3NPVA 1HG3A 1G4TA 4Z0JA 2O7QA 2QCMA 4O12A 4O19A 4KFNA 3TQ0A 3PVFA 4GNJA 2TSYA 5D02A 3QSTA 1GG0A 3W70A 3NQ7A 1Q6OA 1IIGA 4MIMA 2BTMA 5D33A 3NQFA 1YDOA 3KVKA 3BGJA 4O4WA 1FWTA 3PM6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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