1FX6A

Aquifex aeolicus kdo8p synthase
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
263
structure length
251
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 87
structure length 251
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fx6A00
3P5YA 2AAMA 3KFTA 3UZJA 3NQCA 3C4UA 4UTWA 1TB3A 1QMLA 4GFSA 1QPRA 5LKYA 3QW4B 3A5VA 5F1VA 8TIMA 1WAUA 3K30A 1KM6A 3EWZA 1ADOA 2Y62A 4XWUA 1FY6A 3W1PA 2J24A 5D03A 5BRBA 4JTKA 3QFEA 4C1KA 3B0PA 4UFMA 5AYXA 1QOPA 3VNDA 1OK4A 2R8WA 3OIXA 1ZJIA 3UY8A 3LV5A 4AHPA 2Y61A 3TH6A 2E5BA 5H91A 1IXQA 3S1UA 4UTLA 3ABQA 1TTJA 3TROA 4L4LA 2Z0IA 3W1RA 5AHLA 1A5CA 3L66A 4LT9A 1H7RA 2HS6A 4GE8A 1FWNA 4I9AA 4L4MA 2W79A 3L0GA 1K8YA 2NX1A 4IXXA 4GUIA 4JTEA 3N9SA 5LZLA 4ADSA 1WQ5A 3GXNA 4UNKA 5CSSA 3TU9A 1OJXA 3VE7A 1OX5A 3P84A 4LRTA 3G3MA 4O52A 2FIQA 4UTTC 2FPTA 3NYZA 1X1ZA 2WNQA 3TNOA 2QJIA 1KM3A 4UMCA 3GVGA 4DO5A 1W3IA 1G4EA 3UZ5A 1OYCA 2YCEA 3A5FA 3L5LA 3F4WA 1TPH1 1ZNNA 2RFGA 5F4XA 1KFCA 3S1WA 3Q37A 4GJ1A 1V5XA 2A1YA 3KXQA 4JXCA 5EL1A 2YFNA 2H8ZA 3MHUA 4NXSA 4A22A 4TU1A 1LRQA 3SGZA 4PFMA 1QPNA 4AB4A 3NVTA 4CNNA 1A5BA 3MHFA 1SR9A 1RQBA 5E0KA 1HL2A 4K7YA 3T55A 4M7TA 3GDRA 4LU0A 1YTEA 2ATSA 2CLOA 3R13A 2A6LA 4XQ6A 3CM4A 3GB6A 2GQ8A 3W1TA 3Q58A 5BMXA 3W1QA 3NAVA 1GVOA 2V2HA 3IIPA 1ALDA 4ICNA 4PEKA 5CPMA 3L5MA 3TJLA 2Y85A 3I65A 3LHZA 3LX9A 4MPQA 3A9IA 5HJLA 1W5OA 1WOBA 2C0AA 2PRMA 3OHIA 2GJNA 1W5MA 3W7HA 1HTIA 2HMCA 1XM3A 1I8JA 4RLIA 4NT0A 1W3TA 3UWQA 3W7KA 2CW6A 3I6RA 4O18A 1XI3A 1XXXA 3CWOX 5AHFA 2NWSA 1Z41A 2XN0A 4QQ3A 1K3UA 5C2XA 1L6WA 5HNRA 1KW1A 3HJZA 4FNRA 4O57A 1IIGA 1UASA 4ALDA 3CQ0A 4HT3A 3EXTA 3F4NA 4N4PA 1EP3A 2ZDRA 3HG3A 4BWLC 2WQPA 3PSWA 5EMUA 1S5WA 1GZGA 2C13A 1R30A 5C5YA 2JGQA 5CZSA 4S1FA 1TQXA 2QAPA 2TSYA 1G69A 2VFIA 1EP1A 2E5DA 3W9ZA 2X1UA 3CIXA 3BARA 5KSWA 3S5ZA 1Q3NA 4N6EA 2Y63A 3IIOA 4LTSA 4PC8A 4MOZA 4JD4A 3W75A 1EB3A 4Q4KA 1SFLA 3C2FA 4MFDA 4BI5A 4O0ZA 2BX7A 2E6AA 3IGUA 3B0VC 5HMSA 4CQ9A 3PSVA 2GVLA 4X22A 1GYLA 2QKFA 4XTDA 5CKSA 4DF1A 4JTTA 2F7FA 1FCBA 1XC4A 4LW7A 5TBOA 4ZMGA 2ZTKA 3R5EA 3WJWA 4XBKA 1E51A 1K03A 4U28A 1M5WA 5DBTA 3U6WA 3P80A 3VE9A 3W84A 2A7RA 1OYBA 4ORIA 2JBMA 3TJXA 3C0JA 3N19B 5K7JA 1S3HA 1VPXA 3MBFA 1EWEA 3G0XA 3W2JA 2E68A 3LHWA 1TPC1 2WOQA 3CWNA 1T0OA 5U4NA 3HOJA 4X9SA 3W2LA 1VZWA 4JGDA 3WK2A 1YPIA 1QWGA 3W1XA 2EF9A 1MZHA 4IWWA 4U4MA 3G1HA 5HUPA 5IBXC 3PR2A 4O17A 5D04C 2VFEA 5EKYA 1Q6RA 1IF2A 3O05A 2QUUA 3SY5A 5DCEA 3KVLA 2GVGA 3NPVA 5D2TA 4RK8A 3N14A 3DFOA 4O11A 1H7PA 1SW7A 3LTPA 3M5XA 2QAFA 5DCDA 1ICSA 4TR9A 1A5AA 1DV7A 4MFEA 5DBUA 2ZQ0A 3LBCA 4GRSA 1TSIA 3LM7A 1FWRA 3IGSA 2UV8G 4IPJA 4PL2A 1ZHAA 3MO7A 2QDGA 4N9CA 2CLMA 3UXAA 4ZQRA 4HNUA 1OX4B 1W5NA 2QJHA 1OVDA 4OQVA 4AXKA 2YW4A 3A22A 5D37A 1DORA 3NZRA 4N2YA 3TUUA 5K9CA 4CLMA 2NX3A 1PVNA 3B4UA 3QMTA 3O15A 1KA9F 1KTNA 3C3NA 2ZRZA 3MP4A 4IGHA 4MZ8A 4WXZA 3UD6A 3NR0A 3QW3A 1LP6A 2XN2A 2ZZ7A 4MY1A 3W73A 1YDOA 5AOUA 2J6XA 1KFKA 2DP3A 4KWVA 2HTMA 3TSMA 5LGXA 2A7PA 1ME7A 1F73A 1VCVA 5MHBA 3P82A 3W83A 4AH7A 1JCMP 4POCA 2RKXA 2Z6IA 4FXSA 3LCHA 2E1DA 2BLEA 2WPBA 1OX4A 4JTJA 3TA6A 1PHWA 2VFFA 2RDUA 3V1PA 4MZ1A 3C2VA 3FJLA 2Y88A 2CLHA 3L0KA 3W7QA 3GXTA 4WX2A 1VYPX 4XUGA 2FJKA 4DPQA 3DI1A 3OVRA 3ELFA 3LCFA 4QSHA 3KVKA 2FQIA 3PWAA 4GUJA 4PL1A 3SZ8A 3WK0A 3QH2A 1P0NA 4HHPA 4UTIA 1K7XA 1SZFA 4FX7A 3RNDA 4ZQPA 3F03K 3KRUA 4FNTA 3P62A 2EGZA 2QUVA 5FESA 1GVRA 2FFCA 3NM3A 2WNZA 6TIMA 3EX1A 2B7NA 2J9ZA 5G1TA 1EUNA 4O1CA 5U7SA 4O1DA 2Z2UA 2ZFAA 3S5YA 4OV4A 4MUZA 1XCFA 1NEYA 4JTGA 3M47A 3S42A 3FKKA 1LBFA 3TSBA 1JRCA 4NU7A 2X1TA 3S9YA 3OG3A 4I7WA 1SZNA 4JIQA 4R7JA 1XBYA 4RZ5A 3UWVA 1IXNA 1G4TA 5LNRA 5H2ZA 1I2QA 3W1UA 2P1FA 3TXZA 1XDLA 3GKAA 4MIMA 4E2BA 4CQ8A 1QAPA 3SW6A 1GVFA 5HULA 2OJPA 4TO8A 5HR7A 5G2IA 2Z6JA 2Y7GA 1DL3A 4IQLA 5I3FA 5F2IA 1EA0A 4O1BA 3LGEA 1O5XA 3HPXA 3G1DA 5D2YA 1GQNA 4NX0A 2WSRA 2A85A 3C2RA 4N9BA 3BG9A 5CSRA 3P7YA 4NNCA 4CNPA 1FX6A 4JYEA 3ZWTA 5LNSA 1F2JA 2CLIA 1LBLA 1ZAJA 4JX4A 4NZJA 3IVUA 5KITA 3W6YA 1OFQA 4ZQCA 2J88A 1RVGA 1LBMA 3GKFA 2OZ0A 4ONVA 2WSYA 3S5OA 3E96A 3C2EA 5FI8A 3BV4A 1EUAA 1BWLA 1VS1A 1K8XA 4LVFA 3LB0A 3I7RA 2CZDA 3W85A 2QF7A 1DHPA 3B0UX 3G1FA 1H7OA 1F5ZA 3GNNA 2Q8LA 1F6KA 2ZRXA 1DBTA 1UUOA 1VRDA 1WX0A 4MLRA 3UQNA 3C8FA 2E6FA 3N3MA 3EKLA 3HMJG 1TPFA 5F4WA 4MYAA 4IUOA 4O16A 1XBXA 1XKYA 1XUZA 1N7KA 3DH7A 3JRKA 5EY5A 5AC6A 3NQVA 2CZFA 2ZA3A 3DFSA 1X6UA 3MBDA 2VKZG 1Q6OA 5AHEA 3TX9A 3PG8A 2QCFA 5AHNA 3NOEA 3H54A 2YXGA 4UMAA 1JQXA 2ATMA 5AYYA 4RZ4A 5SWUA 4YMZA 4Q33A 2P10A 3NQAA 3SR7A 4GBUA 3O8AA 1SZGA 3BW4A 3QZEA 3SSJA 3VFLA 3PVFA 3TAOA 4HPXA 1OG0A 2H90A 1FXQA 3GAKA 4OWGA 3W1MA 4NVTA 2VEPA 1TMHA 1C29A 1TJPA 1YDVA 2V2DA 3FJ6A 3QM3A 4CCCA 1KM2A 3STGA 5FEWA 4ML9A 3MI2A 1I2PA 3EWUA 3MP3A 1T99A 4NJGA 2QR6A 3JR2A 1Q6QA 2ISVA 3H55A 3GAYA 1F74A 2NV1A 3E02A 4R33A 4AMAA 4UTJA 3UYCA 3W7RA 1PE1A 5HWNA 4EF8A 4BWLA 2B0MA 1LROA 2ZZ1A 2FPVA 4MJZA 4DXVA 4QJ1A 4R53A 1VJIA 1B3OA 3LXBA 5EA9A 5CPOA 2QCNA 1H50A 1G6CA 3B04A 4ZZ9A 1TREA 4WOZA 2G5WA 2P0OA 4CNOA 5CPLA 1YADA 2AGKA 3M5VA 2OT0A 5G4EA 3M7WA 2VEMA 4WD0A 4Z1BA 4HIBA 2GJLA 3S8HA 2CLEA 3P60A 3R89A 3I68A 4ZL1A 2NZLA 2ZZ2A 2EPHA 4TIMA 2TRSA 1VCGA 1M6JA 2ISSA 3OA3A 4GUGA 1R2SA 2BZNA 4JN6A 4Q32A 5KMYA 5EYWA 4G1KA 4YLWA 5LHFA 3G1YA 4K38A 3NG3A 3LOTA 4B5NA 1HG3A 1DQWA 1UUMA 3LCIA 5E1QA 4NNBA 3BW2A 1O95A 2NWRA 3W7GA 3P81A 1PV8A 4A2RA 5CGQA 3UWYA 1EX5A 3LTYA 3EKZA 4GWEA 3YPIA 4TMBA 3EWXA 4JIPA 1FDYA 3HB9A 2J9YA 4GXMA 4UFLA 2YGYA 5FF7A 1KM5A 4IMCA 4MZYA 3ABRA 1FXPA 1Z42A 5G1YA 3BO9A 2E6DA 5AC7A 2ZA1A 3NEVA 3NQ6A 4K7VA 3GDMA 4O10A 2ALDA 3TK7A 1NSJA 1YPFA 3HG5A 1K7EA 1MEIA 2NUYA 5D30A 2A0NA 1TTQA 4A21A 3P67A 5HINA 3W7LA 4O50A 1QOQA 1S5VA 3LLDA 1KLYA 3LDVA 4LVAA 2ZZ3A 1D9EA 1JCXA 5FEZA 3FYPA 5D05A 1X1OA 1I2OA 4C1LA 3T7VA 3TR2A 3W72A 4IPIA 1EWDA 3A24A 5G4WA 1GTEA 1OF8A 3LCWA 1RD5A 1O5KA 2O7SA 3UWWA 3NL3A 3AJXA 3P8JA 3G1AA 5DXYA 1TTPA 3HGOA 5LNUA 3CTLA 3TQKA 3DFPA 3C61A 3W7NA 1ME8A 1R2RA 3O6CA 4QNEA 1ZAIA 4OE7A 3LCGA 3T78A 3BVJA 3JS3A 1VCFA 3W7IA 3R2GA 4QAIA 2GPTA 3E9AA 1KFBA 3LHUA 2V81A 2W6RA 3IV3A 4FX6M 2F84A 1AL7A 1LOSA 3KX6A 3PB2A 2XFWA 1IIHA 3G8EA 4O53A 4O8RA 4FF7A 1KTBA 3OBKA 4AVFA 4EWND 3DFNA 3FIGA 4MVAA 4E0CA 4N6FA 5G2WA 3LLFA 1MSSA 1DJNA 3M9YA 2VEKA 4N4QA 2YSWA 1BTMA 4A3UA 2QDHA 4BK9A 2B7PA 2C1HA 1W8SA 2YX0A 4YWIA 4MKNA 5BW6A 4J9JA 3DFQA 3IEBA 3NZ1A 3PG9A 3FS2A 3GDTA 1TRDA 3G1XA 3UWZA 3NQDA 2G96A 2RDWA 1DVJA 5DLCA 3BLIA 3CC1A 3RFAA 3PM6A 4JDYA 3EX4A 2DZVA 5I3KA 3TFXA 2LLEA 4PCFA 3Q2DA 1D3GA 5FF3A 3EWBX 3LXCA 3T40A 4BFAA 4JR5A 4JTHA 4AWTA 4WY0F 2PRLA 3BLEA 3PUOA 5KZDA 3STCA 3W71A 1FQ0A 3NQGA 1SFJA 3BG5A 1W37A 3LHVA 1OFBA 3W7CA 4O19A 2YYUA 5L9FA 2NXGA 3N9RA 1JUEA 3N2MA 5LNWA 3OVQA 3DZ1A 3EX3A 1KFJA 4LVGA 1U83A 3BLFA 1EPXA 1WDWA 3BGJA 3NQEA 5FEPA 3CEUA 3TCEA 2WKJA 4JDBA 3G8RA 1OFAA 1O60A 4DBEA 2DJLA 3E49A 1XBZA 5LGZA 1KBJA 3EX6A 3QMSA 4JX5A 5AFDA 3W22A 3Q94A 1SO6A 3LTSA 1KM1A 2DZTA 3A23A 3NPUA 5HR6A 4EOUA 2J27A 3GR7A 4FNSA 3M41A 1YDNA 1GEQA 1H7WA 1TRIA 3M5YA 3P61A 3VI2A 4PH6A 4M6VA 3RK8A 2KZHA 3LRKA 3HPSA 3KRSA 5CZ0A 1KFEA 5D2VA 3S0CA 1GOXA 4EVZA 2FTPA 2JKEA 4LVDA 3GYEA 2OT1A 4YCOA 2Z1BA 3DAQA 4K6AA 1A50A 3M1ZA 1L6SA 1JQVA 1AW1A 4RX0A 3W7DA 4FB7A 3ZFHA 2VENA 5I3HA 3O6YX 3DKLA 3HPZA 4RV8A 4R34A 1T8XA 1CW2A 3W07A 2J9XA 3AO0A 5F2GA 1SO5A 2A4AA 3MW7A 1P4CA 3T4CA 4DO4A 1FWTA 3N73A 2X1RA 3G1VA 4X2RA 1THFD 3MI6A 1LCOA 1W3NA 4PTNA 5DY3A 3V75A 5I3GA 1O94A 4UTHA 1LLZA 3ATYA 4IMEA 1L2UA 1R46A 1SW3A 2Q3OA 4ORMA 4XTIA 3RLUA 5AB3A 3QQ0A 4ZQOA 4DELA 3WK3A 3TQ0A 3TDFA 1RV8A 3B06A 1J5TA 5K9XA 3KHJA 4XZ9A 3DHFA 2X2GA 3H53A 1CX9A 3TAKA 3NL2A 1G7UA 1RQHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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