1FXQA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep and a5p
Total Genus 92

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 92
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fxqA00
3PM6A 5AB3A 5L6UA 2ATMA 3C3NA 3BGGA 1JRCA 4RX0A 1LZOA 3SW6A 3LB0A 3MJYA 3O63A 3DFOA 1MXSA 4UTHA 4JTIA 3ZWTA 2Z6IA 4PTNA 3MO7A 2X2GA 5DXYA 1VCFA 5CSSA 1UCWA 3HG4A 2Y85A 1Q6QA 3BV4A 2E6DA 3HOJA 4WY0A 1ZNNA 1B3OA 4IX2A 1FCBA 4UFHA 3L9CA 5DCBA 5K4XA 3W1RA 4FB7A 2I9EA 3ZWSA 3TH6A 3LRLA 3UPBA 1S3HA 5I3HA 1ONRA 3CWNA 3UY8A 4FNQA 1DV7A 3KOFA 3B0VC 5D2XA 2GVGA 5HULA 3SGZA 2PRLA 3W1QA 2G95A 5LNRA 1R46A 4N9CA 1I45A 4HNUA 1GTHA 4DO5A 1LRQA 3RK8A 3N2XA 1QWGA 3BG9A 1EUAA 3EXRA 1IXQA 2WV8A 3C61A 2WJZA 2CLFA 4FIRA 4UTLA 1OFOA 3L5LA 3O05A 3L68A 3W7IA 3E0IA 4YL2A 3T40A 1VHNA 1V7YA 3G18A 5TBOA 4JTTA 3H55A 1Z42A 1G4EA 3G8EA 5G1TA 1OYAA 3LHUA 3KHJA 1PL9A 3M5ZA 2X1TA 2Q8LA 3PULA 4N4PA 1QOPA 4Z1DA 1W0MA 4EOUA 3FIGA 4FX8A 1ZAIA 5DY3A 3BPWA 3W87A 2V2CA 4JY9A 4MZYA 3UWQA 1K8YA 1FWSA 3DFTA 1TREA 4O1CA 4N6EA 2YR1A 1UUMA 3DKJA 5LNUA 1YLVA 1NAL1 1UUOA 5CKSA 3ANYA 1X1ZA 3T55A 3H54A 3HJZA 1XUUA 4L4LA 1W54A 5DELA 3DHDA 2ABAA 4NX5A 5FEZA 3LTSA 4WY0B 5H2ZA 2A5HA 5LZLA 2ABBA 1HTIA 5HUOA 3B0PA 1QR7A 3NR0A 1EP3A 3UYCA 4NT0A 4GUIA 2WNQA 4O50A 1L2UA 3QYQA 4WD0A 1TV5A 4NUWA 1AK5A 3NO5A 3TXVA 1QPNA 2Y7EA 5KINA 4AWUA 1QPRA 1BTMA 1B4KA 3P8IA 2E1DA 3RF9A 2YFOA 1GWJA 2B4GA 1YPIA 3UWVA 3WJZA 3HGOA 3ELFA 2RDTA 4JXCA 1BWKA 1O94A 3L0KA 3UWWA 3TR2A 3W7MA 1OX4A 2QJGA 3PBWA 3W2JA 2E6YA 3G1YA 4EF8A 3D0CA 5I3FA 4FXRA 3TROA 4RJEA 2DZSA 1WV2A 4IX0A 3A5FA 3P60A 4HIBA 4UXDA 3VNDA 2CLEA 1H1ZA 2RKXA 3LX9A 1TPUA 3W1XA 4WXZA 3GB6A 4MUZA 4M6QA 4LC8A 3VE9A 4H4IA 1VC4A 3TCEA 1K3UA 3M43A 4TO8A 2HMCA 3TSMA 3HG5A 4HPXA 2ZRYA 1VYSX 1F5ZA 1WYIA 2FLIA 4Q32A 2C18A 1KM5A 2EPHA 4XUGA 2Y7DA 1GG1A 1P0KA 5K9DA 2WKJA 4JTUA 3TW7A 1ME8A 2QKFA 4NXSA 3NEVA 3GDRA 3PSVA 3G1SA 1JQXA 3P7YA 1PHQA 3IEBA 3L0NA 4GWEA 4LRSA 2RDWA 2VOMA 1FWTA 3G0XA 4FEZA 5KZEA 4MPQA 4N02A 4YLWA 1UBSA 4CCEA 1M5WA 2R91A 4DO4A 3NQ8A 5E1QA 1FXPA 1QFEA 3MP5A 4MJMA 5K4ZA 3QZEA 4JGDA 2A7PA 1WA3A 1FUYA 1MEIA 3V75A 4GRSA 1IF2A 5F4WA 4NVTA 2E6AA 2NWRA 4TR9A 3W70A 4JIPA 5D02A 2Q8ZA 4FNUA 4LUIA 4GFSA 3WK0A 4PH6A 1LP6A 3W84A 3OEXA 2QEZA 4ZQPA 1KV8A 3R89A 1ZJIA 3W2KA 2ZRWA 4JN6A 3LLDA 4AVFA 4OV9A 3NL2A 4TMBA 5HWJA 3WJSA 3V1PA 3L0GA 3LI1A 1W5NA 4AH7A 1IXOA 1YXYA 4TU1A 3H53A 5FESA 4JR5A 3KRSA 2Y7FA 3EKLA 2H6RA 3CTLA 1LLZA 4X9SA 3RMJA 1FY6A 3CPRA 2RH9A 4WQ6A 4PA8A 4JTKA 3UZJA 4O17A 2HTMA 2RFGA 4Z1CA 2WSQA 4X3ZA 4CLMA 2OX1A 3GDMA 3QEZA 4JD4A 3W7CA 1FX6A 3GDLA 4O11A 3T78A 1ML1A 1OVDA 1PE1A 1LBMA 1ZHAA 3LTYA 4RZ6A 2JKEA 4R7JA 4O1AA 2QUTA 4YCOA 3O06A 2GJLA 1G4PA 1OHLA 1RQBA 1NEYA 1TRDA 4K7YA 3SY5A 1MSSA 3TJXA 3W7PA 1ICPA 3TSBA 3IVTA 3PUOA 5DXXA 4LVDA 4WY0F 3NZ1A 4HPJA 2O7QA 3BK0A 3MI3A 4MOZA 4XWUA 4EIVA 3P61A 3Q94A 5FF4A 5FF2A 1G6CA 2JKPA 2FB2A 1D3HA 1T99A 4E38A 3MWAA 1M7PA 1XXXA 4UTWA 3GAKA 4CNPA 3UXDA 2J27A 1K7FA 1A50A 4AAJA 5BOOA 3UY7A 2E5CA 4UR8A 1AL8A 2FPYA 3MHFA 5AHMA 3MI6A 2A6LA 5IBXA 3W2MA 4QAIA 2ZA3A 1G67A 1XL9A 4N9BA 1SUXA 3M16A 4O0ZA 3USBA 4D2JA 1IGSA 4O14A 1GVOA 3S9YA 1GPWA 4JYDA 3SIZA 3W7RA 1VYRA 2FQIA 3NAVA 1OFBA 1VZWA 3CT7A 2RDUA 1YDOA 3WK2A 3S42A 3QSRA 4I7VA 3FOKA 4ZZ9A 4LW7A 4UCGA 2VEKA 4UTTA 4NXKA 4HKPA 4IPIA 2WNZA 1SO4A 1LM1A 4NJHA 4WUIA 3LXBA 2NUYA 3W7LA 1PVNA 3LCHA 1O60A 2NUXA 2JBMA 1KTNA 3LV5A 3LV6A 3IGSA 2CW6A 1X6UA 3DENA 3TC6A 4ZQRA 3NL3A 1SQ7A 4GUGA 1SW3A 4GUFA 5EL1A 4M19A 1Z48A 3IV3A 1FDJA 4CNNA 1Q6OA 2QCEA 3P74A 1LCOA 4IWWA 1KTCA 1X8FA 3P81A 4LT9A 4OU1A 5I3KA 1A5CA 1FXQA 5D2WA 4AWSA 2NX3A 1QNVA 5G4WA 3L2IA 1H51A 2FIQA 3PBYA 4XQ6A 3DBPA 1LTDA 5L9FA 3G3MA 3W75A 1H5YA 1OX5A 5KMYA 3QSTA 4HSNA 1VR6A 3W7GA 1YXDA 1L6WA 1F76A 1O5XA 3GX9A 1KFCA 1YADA 5DBUA 3CQ0A 1SZGA 3NQGA 5T26A 1E51A 3LHYA 4O12A 3HG2A 4LV9A 5K3VA 3RU6A 3VI2A 5HQEA 4UMAA 4EVZA 4MY9A 4UC5A 5HINA 1KTBA 5AHLA 3N3MA 2QCDB 3GXPA 1SSDA 3WJWA 3TAOA 4EF9A 1T8XA 2NZLA 3LCXA 4AMAA 1MEHA 3GXTA 5BMWA 4JDBA 1N8FA 2A1YA 4N4QA 4FF7A 4AEOA 2VFDA 2NXHA 4A29A 2ZRVA 4O28A 4QISA 1TPWA 4K7VA 4QSHA 2F7FA 2CFFA 2XN2A 5IM51 3NM1A 1EPXA 4TX9A 1T0OA 2E5DA 2FJKA 5EMUA 1EX5A 3STFA 3HF3A 1FDZA 1P5BA 3E9AA 4IOTA 1GVFA 1WDWA 3GK0A 3B0UX 3CM4A 1GT8A 5LKYA 3W1MA 4JTLA 4LRTA 3C4UA 1R2SA 3TW6A 3QQ1A 4MJZA 4MY8A 3N73A 2FPVA 4RK8A 2TPSA 3MMTA 3FLUA 3LM7A 3EX6A 2XN0A 2X1RA 3EX2A 5MHBA 3O16A 3L65A 4HNVA 1O95A 4RCXA 4Q33A 3L21A 2YX0A 5AOUA 4E2BA 2OT1A 1Q3NA 1PCWA 1LROA 4JNMA 3G1DA 2V82A 3M9YA 1SZFA 3QW3A 3U6WA 4RZ5A 3LDVA 1Z44A 2J9ZA 3LHZA 1JQVA 2CLKA 4POCA 2P1FA 1X7FA 4C1KA 1H60A 2ZCGA 3ABRA 3P82A 1AMKA 1O5KA 4ML9A 5CPLA 3BARA 1THFD 2CLMA 4HT3A 2ZRZA 4AHOA 1EIXA 1JCLA 4UIOA 2C16A 4QQ3A 5H91A 2OCZA 3EKZA 2RHGA 4UR7A 1KFLA 3B04A 1PHWA 2V30A 2AGKA 1S5TA 2NX1A 3CIXA 2H8ZA 1I2OA 1Q45A 3O6YX 2Z1BA 3PG8A 4K38A 4KFOA 1JVNA 2QAFA 3VCRA 1VJIA 3TA6A 6ALDA 3U8GA 5CZ0A 2VENA 3HG3A 1KLYA 5I3JA 2A2IA 3C2VA 4KWVA 5DCDA 1K7EA 1C29A 2C3ZA 3PB2A 4P61A 3NPXA 3HMJG 2ZBTA 2ISSA 3OA3A 4S1FA 2XN1A 4QNEA 1QO2A 3L67A 3NQAA 3GYEA 4LS0A 2YW4A 2VC6A 3W6YA 1HO1A 1FWRA 2D73A 4M7SA 4UFLA 2CLHA 1JCYA 1G4TA 3BG5A 3FYPA 4LV4A 1MZHA 3P8JA 4O53A 3MBFA 5F2GA 4YCPA 1TJPA 3G1XA 4ONVA 4UNKA 3HIJA 3W76A 4PODA 2HSAA 4NJJA 3S1WA 3W1NA 4JDYA 5G4EA 3I7RA 2FPTA 3N14A 1OABA 1YXCA 2FTPA 3P80A 4ZVJA 1KFBA 3C6CA 4DQWA 5AC7A 4X2RA 2G5WA 5G1YA 1DKWA 4LS1A 1JCNA 1TSIA 2X16A 3W74A 3RFAA 1G7UA 2BSLA 3DU0A 2BLEA 1DJNA 3L66A 4IQLA 1NFBA 3W88A 5LNSA 5CSRA 2QJIA 1U83A 2WO5A 2ZZ7A 3W86A 2VEMA 3CLMA 3TV8A 1C9DA 4M6PA 2YYUA 1TIMA 2B7OA 4BF9A 3QW4B 1PV8A 1ME7A 2A7RA 3HQ1A 5AHIA 3HB9A 3TAKA 1FCVA 1RPXA 3OBKA 5KSWA 1B57A 4ZQNA 1IIHA 3ABSA 4LC6A 1XBZA 3HGSA 3F4NA 3JRKA 4A2SA 2A21A 4PC8A 1XCFA 5AYYA 1XBVA 2V5BA 2YZRA 4FXSA 1I2QA 4QJ1A 1EWEA 1XFBA 3PY2A 5KITA 5D33A 5G2WA 1DVJA 5BNKA 3BW3A 1AW1A 3PG9A 2O7SA 4LY8A 1SU5A 1CW2A 1W3NA 3EB2A 2C14A 4Z08A 1H7PA 3NQCA 4LU0A 4ADTA 4FNTA 1IXPA 2QCCA 3R2GA 3NL5A 4K39A 2B7QA 2IQTA 5C5YA 1SW7A 5D04C 1JRBA 1R2RA 2H8XA 3NDOA 2ZZ6A 2YPIA 4O16A 5K9XA 3A9IA 1H63A 3MYPA 5CZSA 3I68A 3LBCA 3VKJA 1GJPA 1A5SA 5D03A 3RNDA 4IXHA 1RV8A 3IIXA 3BLFA 3EWUA 1WOBA 3G1FA 4NNBA 5FEPA 4GBUA 1G4SA 4ADUA 1XM3A 1LDCA 2AAMA 4UMBA 3S0CA 1R2TA 4U28A 1S5VA 4RZ4A 3SR7A 1EEPA 4R33A 1QPQA 1XDLA 2JK2A 5CG7A 2B7PA 1ZENA 3HO8A 3RLVA 4PFMA 3THAA 5C2XA 1H7WA 3WK1A 4XKYA 1TQXA 4A2RA 2E5BA 1WAUA 1TTPA 1SO5A 2ZZ2A 1F05A 2E68A 3NPUA 1YTKA 5EKYA 3Q37A 4CQ9A 3A23A 3W2LA 3KRZA 3PUDA 3PF3A 2QJHA 2QCGA 1H62A 2W6RA 2PCQA 4NJIA 2V9DA 2DP3A 4KWWA 3QC3A 5BRBA 5F2IA 1RQHA 1G7VA 4WOQA 4DF0A 1X1OA 5AHNA 3TUUA 4UTMA 5LHFA 4Y8FA 2QUUA 3O8AA 1W56A 3LGEA 1FQ0A 4O52A 3TFCA 4JYEA 3W07A 2E09A 1P0NA 1OJXA 4QITA 4ZQCA 2ZFAA 3G24A 4MVAA 3W7JA 1K8ZA 1N7KA 3S5YA 2A4AA 3DI1A 4E0CA 1OFPA 1OX4B 2QCFA 3MI2A 1VPXA 5I3GA 3BLEA 4K8HA 2Y6ZA 4OE7A 4ORIA 4TMCA 2V5LA 3EX3A 4GXMA 2I1OA 5AYXA 2TMDA 4JYFA 3R8RA 1AW2A 2A85A 2QR6A 3W7HA 1TJRA 2VFIA 3LCLA 3LLFA 3I6RA 4HSOA 3DFNA 2WPBA 1VCGA 3GDKA 3N34A 3IVSA 1TPH1 3B05A 3Q2DA 4MIMA 3BLIA 4FNPA 3NPVA 3HBLA 4UTUA 3CEPA 5C54A 2Q3RA 3P62A 1K8XA 3ZS4A 2EAWA 3B03A 4O15A 5HMSA 3W23A 3KVJA 2J9YA 1DORA 3W7DA 1W5QA 4R34A 4UTWC 2OT0A 2ZA1A 1OFAA 1W3IA 3L5AA 4AWTA 3E12A 2H3DA 5D38A 5LSMA 5IBXC 1KBIA 1M6JA 3LHVA 3F03K 2JGYA 3TE9A 2PRHA 1LBFA 4MFEA 2FDSA 1YPFA 2QCNA 1GYLA 4IMCA 4Y90A 4YWIA 1W3TA 1KFKA 4MY1A 1C8VA 2VELA 1Q6RA 3PAJA 2VEIA 1KLZA 2TYSA 3FJ6A 1QMLA 5AN7A 3LBMA 1JR1A 3LTPA 4LNYA 5LGZA 5F1VA 4GC4A 2DZXA 4XBKA 4DF2A 1RQEA 4UTTC 5DCEA 5DLCA 5CPOA 3LHTA 4A21A 1M7OA 1FCUA 3STGA 2J88A 4O1BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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