1FXQA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep and a5p
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Substrate and metal complexes of 3-deoxy-D-manno-octulosonate-8-phosphate synthase from Aquifex aeolicus at 1.9-A resolution. Implications for the condensation mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 92
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fxqA00
3N9SA 2VEIA 1LBMA 3O05A 3P62A 5AHNA 3TSDA 4O50A 1A5BA 1XBVA 3TCEA 1HL2A 5L6UA 2BSLA 1H60A 1SQ7A 2A7PA 2O7SA 3M7WA 4FNRA 3GNNA 2ATSA 4JEQA 4ADTA 3SR7A 2ZRVA 2E09A 3W88A 3E02A 1O94A 5F2MA 3OVPA 3W9ZA 5EY5A 1W5MA 1PVNA 3ABSA 1NVMA 5HQEA 5KITA 3EWXA 4PODA 1IIHA 1UBSA 3PWAA 4S2BA 2E5BA 3LHUA 4AB4A 1OFBA 1TB3A 3TXVA 4KFOA 3EX2A 1RZMA 5AYZA 4QNEA 3G3DA 5D2VA 3TSMA 2QUTA 4CCDA 1ZAJA 1D9EA 2ZRXA 3TFCA 3PSWA 1OF6A 3P67A 3UWZA 2ISVA 1XM3A 3W7DA 4JTLA 5I3HA 3NA8A 1OFEA 1AMKA 1VHCA 3W1UA 5KZDA 4ADUA 4DBEA 2QCDA 5E1QA 4K37A 2ABAA 4D2JA 3W87A 1YPFA 2J6XA 3LXCA 3IGUA 1J4EA 2ALDA 5E0KA 3NZ1A 3WJZA 3P80A 3CWNA 2NUYA 3BO9A 2ZZ4A 5D38A 1XBYA 2B7OA 1L6WA 1X6UA 2QJHA 3BG5A 1ZAIA 2WOQA 8TIMA 4EWND 1LLWA 1VCVA 4DELA 2RFGA 4O28A 5HNRA 3YPIA 3M43A 1UUOA 3LTYA 1A5AA 1LBLA 3BVJA 1QNVA 4O1CA 4P61A 3S5NA 4M7TA 1YXCA 3NQMA 4BWLA 1FX6A 4Z1CA 5CG7A 3W1PA 4UUIA 1G4PA 4RXGA 4UFKA 1QO5A 4MJZA 2W0UA 3S1VA 1TPUA 2QCEA 1I2NA 4JTJA 1KV8A 1VYSX 4WD0A 4AH7A 1SO5A 1QWGA 2ZZ2A 1W5QA 4FNQA 1WYIA 2FB3A 3DFNA 4ZL1A 1SZNA 1KA9F 2TMDA 2DJXA 3GKFA 5EPDA 2VFEA 2R91A 3RK8A 1UB3A 1EB3A 3UZJA 3C4UA 2WO5A 5J5RA 3ZFHA 3S9YA 1FDJA 1N7KA 2QDHA 1RQHA 2DU2A 3GB6A 4LS0A 3CPRA 3UXDA 3UY8A 4NQ1A 5HINA 4GUIA 3NM3A 1TPC1 4R33A 1IIGA 4IMEA 2QCDB 3CEUA 1ME9A 1WBHA 1SSGA 2F84A 3DZ1A 4LS1A 3G1DA 3EWZA 4PTNA 1LRQA 1K8XA 5FF3A 1YLVA 3WK1A 2TSYA 3O06A 4Z1BA 5KZEA 3LRMA 3M5ZA 1HO1A 3W7HA 1I4NA 3W7KA 4Y96A 1Q6RA 4JTKA 3M44A 2Z1BA 1X1OA 2GQ9A 7TIMA 2NX9A 3HBLA 4I9AA 3TQKA 3LV6A 3C56A 1GYLA 3DENA 3W2MA 4I7UA 3EWUA 1F74A 5C5YA 2NZLA 3GXTA 3IIXA 3FS2A 4JTTA 4HSOA 4CNOA 3Q94A 2CZEA 2PC4A 1Q6LA 3LHTA 1AW1A 3IVTA 1QFEA 3W2NA 1DJQA 2CLKA 1YYAA 1ADOA 3G1YA 4O12A 2ZDRA 4TR9A 4UXDA 4QNWA 3SECA 1LM1A 3GDMA 4ZMGA 2FJKA 3UYCA 3LRLA 4XTIA 3T7VA 3GR7A 3KX6A 3NPUA 1TMHA 5FF4A 4LC6A 3EWYA 5I3JA 4HT3A 4JTGA 2DZSA 1K02A 1QPQA 1R30A 2ZTKA 2QJGA 4AWUA 2G95A 1TV8A 1XDMA 5AYXA 1A50A 5AC7A 3N19B 1JCLA 1QMLA 1TQXA 2ABBA 1XXXA 2Z2UA 4XKYB 3UNDA 3P61A 5EL1A 3I65A 3R5EA 2Z0IA 1TCDA 5F2LA 2X2GA 1H7WA 4MLJA 1VQTA 1V7YA 4OT7A 3NDOA 4C1LA 2ZCGA 1Q45A 3O8AA 2OCZA 3EWBX 4OV9A 1DBTA 4JYDA 1TRDA 1QOPA 1BEUA 3LERA 4HPXA 5LNVA 2ZRYA 4HNVA 2YXGA 1WXJA 5HWNA 4UCGA 2VFHA 4JTFA 1GVRA 4PC8A 4RK8A 4BR1A 1K03A 4K6AA 1SU5A 5AN7A 3KFTA 4UMBA 2NUWA 1UCWA 4U28A 3MP3A 4EOUA 1XBXA 3JS3A 3NZRA 1W31A 4JN6A 4ORMA 3PUOA 1BTMA 2YW3A 1VYRA 5G1TA 5KINA 1VS1A 2EKCA 4RLIA 1HO4A 3W1QA 3DGRA 3RLUA 3W70A 1YTDA 1AW2A 4IWWA 3HB9A 1R47A 1W5NA 1LP6A 4IQLA 5K3VA 4LWWA 1KFBA 2A2IA 4YWIA 5AB3A 3W71A 3W1AA 3QMTA 5HJLA 3CC1A 1SPQA 1M6JA 3M1ZA 3LLFA 2GQ8A 4N4QA 2PCQA 3GKAA 3SGUA 1GG1A 5LKYA 1PV8A 2BZNA 2QAPA 1WQ5A 2C18A 3H54A 5FEWA 1H7RA 1O5KA 2C14A 3GDKA 4JS3A 3LX9A 3OEXA 5J5DA 1FCUA 1B57A 1F7BA 3PG9A 1SR9A 4H6KA 1SO3A 1JRCA 2DZUA 3QF0A 4GRSA 4LTSA 4UMAA 5AHEA 3W2UA 2V2CA 1OX4A 1KV5A 3C2OA 3DFSA 3O07A 1JVNA 1GYNA 2Y7FA 3HG2A 5HUPA 1GEQA 4OHQA 3S6DA 3HG4A 4GUHA 1AW5A 5CSSA 5LZLA 5EYWA 1IXNA 4XBSA 1ZHAA 2JK2A 3NL6A 3CT7A 4UNLA 3L66A 4FNPA 3QW3A 2Z6IA 2QUVA 3L9CA 4FX8A 1KFEA 3W7NA 3E49A 1P0NA 1ZALA 4AAJA 2VELA 2VENA 3QQ0A 3NO5A 5D33A 2CLFA 2HS8A 4DO5A 3LGEA 3DFPA 2TYSA 4RV8A 3KVMA 3O6DA 4CCCA 1HG3A 5E93A 3HGOA 1TPWA 3S1UA 1LORA 2QKFA 3E9AA 5F1UA 4RJEA 3S5YA 4AEOA 3D0CA 4K8HA 4UFLA 4RZ6A 3TAKA 2W6RA 3G1XA 3WK3A 1GVSA 1GVFA 5TIMA 3M0ZA 4I7WA 3W84A 1W37A 2GVJA 2FTPA 1V5XA 1OFQA 3MP4A 3N2MA 4AWSA 3UPWA 1PL9A 2NX1A 4JTUA 5I3GA 1CX9A 2CZ5A 4CQ8A 3KRSA 2ZZ7A 4MIMA 2D73A 2A21A 3W7LA 3W1NA 1FWWA 2DORA 3GDLA 2QCHA 3P81A 2W79A 4DXVA 1H7XA 2PE4A 2FQIA 4OWGA 5HWJA 4FX7A 3LCHA 1BWKA 2Q8ZA 3WK2A 5AHFA 2CLOA 1TTJA 3GXNA 2NV2A 2J9ZA 3KVLA 4OU1A 3SI9A 1AL7A 1MXSA 1KM3A 4FNTA 1OX4B 3NQGA 3W7GA 4FEZA 2UV8G 3BW2A 2A1YA 1VCFA 2ZYFA 5MHBA 4NXKA 2YSWA 3NPWA 4GJ1A 5DXXA 4RX0A 1VGAA 1OFAA 2Y7EA 3USBA 3CB8A 4MOZA 3SJ3A 4DO4A 2A0NA 1I2OA 2WNQA 5LGXA 4NX0A 1U5JA 2NXHA 4HNNA 1K8ZA 3IVUA 5K9CA 3G1VA 2YW4A 4JNMA 1SSDA 4IXHA 3O16A 1GT8A 2ISWA 1W1ZA 2CLMA 1ZENA 5DN1A 2QCLA 1L9WA 3T40A 1B3OA 4UTUA 2QDGA 3FYPA 4JICA 3W2KA 2NXGA 1J2WA 1I2RA 2XN0A 1KLYA 1GQNA 2DZWA 4R7JA 4QJ1A 2P1FA 4S1FA 3IIOA 3NQAA 4AHPA 1ZCOA 1JJKA 1SZGA 3LI1A 1LBFA 4JY9A 1YDOA 3GK0A 3VCRA 5IM51 4MFDA 3FJ6A 4WQ6A 2R14A 1H62A 2JBMA 2VKZG 3NR0A 4E0CA 4FB7A 2C3ZA 1YADA 3N34A 3W07A 2E1DA 4DF0A 3PS7A 1UUMA 5D04C 1MO0A 1YDNA 4XQ6A 1L6SA 1YTEA 3ATZA 2VFGA 4IPIA 4QITA 3NYZA 1OFDA 1R2SA 5CGQA 4A29A 3C8FA 1RPXA 3QRHA 4N9CA 3LLDA 1L2UA 4X9SA 3WJSA 1RQEA 4LU0A 3SZ8A 3WFAA 1A5SA 1F6KA 5FF2A 5U4NA 1TYGA 3DAQA 3G1HA 4MFEA 2FDSA 3QSTA 1LLZA 2Y88A 4HSNA 4M6VA 2J9XA 3IIVA 4MPQA 4LOCA 5A8GA 5D2WA 2X1TA 2WNNA 2DJLA 3NNTA 4K7YA 1FWTA 4OGZA 3CHVA 4FHAA 1TPDA 4CQAA 2G97A 1QOQA 3PY2A 4NX5A 1O5XA 1C9DA 2ZA1A 3W6YA 1Z48A 3CEPA 1WOBA 1MEWA 3VI2A 1JCYA 2P10A 4B5NA 4JY8A 4LUIA 1IXQA 1X7FA 3TKFA 1GTHA 3W1TA 1KLZA 3FLUA 4X3ZA 2C19A 3UWVA 3R12A 3ZWTA 3NPVA 3I6RA 3UZ5A 2X16A 1XKYA 4WY0F 5LHFA 3BPWA 3W7JA 3BW3A 4YLWA 2YPIA 4K8EA 3W7OA 2AQWA 3LI0A 3GVGA 4UTTA 1ICPA 3TV8A 3G24A 5I3KA 3W73A 4UTWA 4QISA 3W23A 1OG0A 1DVJA 1SW7A 4LS2A 5K4XA 4LVDA 1R2TA 2OT0A 4GE8A 1TPEA 3OVQA 1H1ZA 2CW6A 2E6YA 4RR4A 3M5VA 1FXPA 4ZQRA 3MWAA 1W5OA 1KBJA 3TQ0A 1WA3A 4TMBA 3MI3A 2ZRZA 1TTPA 4IXXA 3F4NA 1LTDA 4O13A 3P5ZA 4LY8A 1XI3A 2RDWA 4GXMA 4AF0A 2VOMA 1EP1A 1SZFA 3EXTA 4O19A 3V75A 3CIXA 4Y90A 3HGJA 4LVAA 3A24A 3LCWA 4O1BA 3L65A 4A2RA 3Q37A 3B0VC 5CZTA 3VFLA 1TSIA 3HG5A 1T99A 1H51A 4MYAA 4O53A 1Q6QA 4FIRA 5FF7A 4CNPA 1W3NA 3IEBA 2QCFA 3UWQA 1VH7A 3FKKA 5CPNA 4Z1DA 3S1XA 2J88A 3QMSA 1P4CA 3WJWA 3DBPA 1OJXA 3CTLA 2VC6A 5BNKA 2X1RA 4FXRA 3G3MA 3VNDA 3IGSA 3DKJA 4IUOA 1SFJA 3LCLA 3NQFA 1S5VA 3RMJA 2CWNA 1W54A 3TK7A 1K3UA 1QDSA 1S3HA 4HN4A 4TMCA 1VLWA 3GDRA 4N6EA 3TUUA 1LDCA 3ZWSA 4O14A 2RHGA 1QPOA 1H7NA 4UTMA 3W72A 2CZFA 2E6FA 3NOEA 5GVJA 3NQCA 5K9DA 3MW7A 3N14A 1VJIA 1TJRA 3FIGA 2B4GA 4KKXA 3NQDA 4IMDA 1G69A 1VCGA 3L5AA 3MHUA 4GFSA 4L4MA 3C61A 1GPWA 4UR8A 1GG0A 3IV3A 3LXBA 3MUXA 3K30A 2I1OA 2GQAA 3G18A 3F1QA 2Y63A 2VEMA 4Q32A 1YPIA 3ZS4A 4RKAA 3NAVA 3W83A 4XWUA 2DZPA 4AF0B 4BFAA 4OQVA 3NL3A 3W75A 3RF9A 3MHFA 4O11A 4O54A 1EP2A 1VRDA 1W8SA 4PCFA 4S2CA 4RZ5A 3C2VA 2YX0A 3PAJA 1I2PA 2WKJA 1M5WA 1KM5A 3FJLA 1PE1A 2GUUA 3VKJA 4GNJA 3W2JA 1LROA 4A22A 2I14A 3C52A 2WPBA 3N2XA 2XN1A 4JX4A 4G1KA 4CQ9A 3QPYA 3T55A 5KSWA 5H2ZA 1K7FA 2WV8A 5KMYA 5BRBA 5IBXA 1DV7A 3C6CA 4NJGA 5CPOA 2E6AA 3C0JA 1MEIA 3L0NA 3B04A 2V0TA 4TO8A 1TQJA 4NNCA 1GVQA 3NEVA 2C15A 1F6PA 2V2HA 4O4WA 3W1MA 1EWEA 3QFEA 5G1YA 2NWRA 1M7PA 3EXSA 1JUEA 3S1WA 1W5PA 1WDWA 3A5VA 1GTEA 3HQ1A 1F05A 3S5OA 4NT0A 3TC7A 4LT9A 3V1PA 3MI6A 4UIOA 1DQWA 4HNUA 1KFCA 1RVGA 2A5HA 4N6FA 2QUUA 5LSMA 2HSAA 4JYFA 5KTLA 3UQNA 4EVZA 1EUAA 2TPSA 3DKLA 2P0OA 1PCKA 1KFKA 2EAWA 2VEPA 3QM3A 3QPZA 4BI7A 2H8ZA 3E12A 4BWLC 1A53A 3Q2DA 3UWWA 1XC4A 3UY7A 1P0KA 3JRKA 1LOLA 4WY0A 4FX6M 1KTBA 4JIQA 1EPXA 5ABTA 2HMCA 2ZBTA 3TQVA 3HPZA 5DY3A 3TMQA 4ZQNA 3TU9A 3W1LA 1ZAHA 1TTQA 3A21A 4UFIA 5D05A 3FEMA 2JKEA 1D3GA 2X1UA 3NQEA 3LM7A 4XTDA 1FCQA 3OA3A 3O15A 3KAOA 3W7IA 2Y7DA 1O60A 1VLIA 1RV8A 4NJJA 4O4VA 1ZJIA 3M5YA 2RKXA 1SW3A 3W22A 3L67A 3BGGA 3TW7A 5F2IA 4UC5A 4MZ8A 2C16A 4IMCA 3C2EA 4DPPA 3W3OA 2VXNA 3HMJG 2G96A 2F7FA 4IOTA 4FO4A 1OHLA 2YFOA 4LC8A 2XFWA 1EP3A 1DQXA 1YTKA 5EKYA 1FDZA 1EEPA 3B05A 3L68A 3R2GA 2FB2A 4A2SA 3GZ3A 1UASA 4UTIA 4GUGA 3L0KA 3Q58A 1X1ZA 2Q8LA 2ZZ6A 4O8RA 5LGZA 3I7SA 3CQ0A 3R8RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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