1G7UA

Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complex with substrate phosphoenol pyruvate
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQCRDPFVAASGGRRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of KDOP synthase in its binary complexes with the substrate phosphoenolpyruvate and with a mechanism-based inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 61
structure length 284
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1g7uA00
4ADUA 4AHOA 2GPTA 3SZ8A 3MP5A 1XBYA 4LS1A 3MW7A 2DJLA 3NPUA 3L2IA 1VQTA 3W2KA 3CIXA 3W71A 1KTBA 2BX7A 1ADOA 2OX1A 4K39A 3PC0A 3H54A 4JTUA 3W83A 5DXYA 4BF9A 1P1XA 3UWZA 1TPEA 4JIQA 1HUVA 1M5WA 2B4GA 3DENA 1EUNA 4HPJA 3ZS4A 1AL7A 2W0UA 2J6XA 3FJ6A 4K8EA 4ZQMA 4D2JA 5LGZA 2ZA2A 2CLHA 5HUPA 2QDHA 2R91A 3QQ0A 4IWWA 2CWNA 1QOQA 5CG7A 5KMYA 3KFTA 3NVTA 4CCDA 3HPXA 5CSSA 1UUMA 1WA3A 3U6WA 5J5RA 1AW5A 1FXPA 3UY8A 4DELA 1KA9F 5HINA 1MSSA 4AEOA 4FXSA 3C61A 3PG8A 5G4WA 1GG1A 1FQ0A 1LBLA 3G0SA 3W86A 3NO5A 1EP2A 2C6QA 3DFOA 2V5BA 3VFLA 1FWRA 4JTSA 3ELFA 2BSLA 3G1HA 3PBYA 5K3VA 2X1TA 2VFDA 1RR2A 3OVQA 4S2CA 3S1WA 2QUUA 2E77A 1KTCA 1TRDA 4GE8A 4XBKA 5K4XA 2C0AA 3T55A 3MUXA 3NQEA 3NZRA 4MLJA 3W1MA 4NQ1A 5LNUA 1ICPA 3FJLA 1RQBA 1QPNA 2QJIA 2NUWA 1ALDA 4UTIA 4MIMA 3TIMA 2C14A 6TIMA 2Q3OA 4FB7A 3MYPA 1ZAJA 3TQKA 3NL6A 5DELA 1ZJIA 4RCXA 4WD0A 3SFKA 3BLFA 4OU1A 4QIUA 3AO0A 1QPQA 3FYOA 1F5ZA 3O16A 1GVFA 4JTEA 8TIMA 4PL1A 1TTPA 4B5NA 3LRKA 5FEPA 2OJPA 4Q4KA 4Q33A 4Z1BA 2V81A 3CWOX 1LTDA 2QUVA 5KTLA 3HMJG 4NJGA 4Y9AA 1HG3A 4A2RA 4HNTA 3G0XA 3M5ZA 3GIYA 5I3JA 3R89A 3TW7A 1IF2A 1FWTA 4LUJA 2VXNA 5F4WA 2QCDA 3OEXA 5D2TA 2Y7EA 3G1YA 5D33A 1KFKA 3KVKA 2QCNA 4O57A 6ALDA 3BG5A 2YW3A 3EXSA 3R12A 4KFPA 5G2HA 5D30A 2F7FA 4O11A 1P5BA 4A21A 4UTTA 2Y70A 3NNTA 3LCHA 3QW4B 4RLIA 1GZGA 3W7EA 5HUOA 2GQAA 4LS0A 1H7NA 3PVFA 1H51A 2YSWA 3ABQA 3W85A 4XBSA 1O5KA 3G1DA 4J9JA 1G7VA 1EPXA 2W6RA 3O05A 2QKFA 4UFMA 1K02A 4FXRA 4ADTA 4MJZA 3IIXA 2FPYA 1CI1A 3EB2A 1TYGA 1PHQA 2OCZA 1LRQA 3G1AA 4FNQA 5KINA 1DV7A 4FIQA 2ISSA 4WY0A 1QO2A 2V5LA 3NZ1A 2B7NA 5K9XA 1A50A 3GK0A 2P1FA 3IGSA 1PCKA 3THAA 5CPOA 3N34A 4FIRA 2X30A 3S5ZA 2A4AA 5G2IA 1GVOA 1OJXA 1YDVA 1SSGA 5AC8A 3FEMA 2X1UA 1M6JA 4LC6A 5FEXA 4XKYB 2VOMA 2WO5A 5LZLA 1SFLA 4NX0A 2X1SA 1S5TA 4Z08A 4C1LA 3HBLA 1GYNA 3LDVA 4C1KA 3LOTA 4HNNA 4UUIA 1VYPX 5HWMA 2A7NA 4WY0F 4O52A 2VFGA 5FF0A 3CT7A 4EOUA 4KWWA 4MYXA 2FFCA 4JYFA 3L0KA 3PBUA 2G96A 3WJWA 3R8RA 2ALDA 3H55A 1OFQA 2E5CA 1FY6A 4JD4A 3D0CA 4LY8A 1QFEA 1K7EA 5K7JA 1TPH1 4A29A 4EVZA 1ICSA 4FNUA 3NOEA 3IVSA 5LHFA 1NF0A 5D38A 4MUZA 1G4PA 5G5IA 1BEUA 4GUFA 2G97A 3W7CA 1FCVA 4PA8A 4AH7A 4AAJA 1LYXA 4UR7A 3NL5A 2QAFA 2RKXA 5EMUA 5HR6A 3I7QA 5BOOA 1U83A 3ZR4A 1I2OA 2TSYA 3TUUA 2EKCA 1G69A 1PHWA 3G1FA 3MI3A 1OHLA 2PE4A 1H7PA 3NG3A 1EWDA 1TRIA 2RFGA 4AWUA 4JTKA 3HOJA 5DY3A 3TC6A 4YCOA 1VGAA 4TO8A 4YXGA 3QMSA 3QSTA 4M6PA 3TU9A 3G0UA 3PR2A 3O6DA 1A5SA 3Q58A 1SZFA 3W7NA 1Z41A 1VCVA 1GT8A 3L0GA 4LVGA 4WOQA 2FQIA 3HG2A 1Q45A 1FDZA 4YL2A 4ZQRA 4P2VA 2GJLA 1XCFA 4O28A 3LCFA 2A1YA 4ORIA 4HKPA 3W7GA 5HMSA 4KKXA 1GJPA 2X1RA 2FIQA 5CKSA 3DKLA 1PIIA 1SR9A 4M7TA 4HSOA 1LBMA 3JR2A 3TQVA 3W1XA 1DORA 1TV8A 4GUJA 1O5XA 4MJMA 5DCDA 3V75A 3GB6A 5LNRA 3N3MA 1KFJA 1CW2A 2VFFA 4AHQA 1S5VA 1G4EA 3IVUA 2RH9A 2DZXA 3T40A 3M5XA 5DN1A 2QAPA 2Y89A 3M0ZA 4KWVA 5HJLA 3FLUA 2JK2A 3OG3A 5FEWA 4JEQA 1JCXA 3V1PA 1ME7A 1W3TA 2EHHA 3NM1A 4ZMGA 1F6PA 3GAKA 3T7VA 3W2LA 2C16A 3KX6A 1ZCOA 1KBJA 2I1OA 2ZFAA 4MFEA 1C29A 1KLYA 4S1FA 4WZHA 1F74A 1JCNA 3P61A 4DF2A 1NF7A 1SZEA 1UCWA 1XBVA 4S2BA 2YFOA 2VELA 2QEZA 5T26A 3CPRA 1K7XA 3LGEA 1YPIA 4NZJA 3PM6A 3RLUA 2I9EA 2E6AA 1OFRA 3W1QA 1N7KA 1XXXA 1W31A 3A22A 1AW2A 2YYUA 4UFHA 2NX3A 1H7XA 1QWGA 3C2VA 1R47A 3TNOA 1YTDA 3S5NA 2EPHA 1W37A 3FS2A 3QM3A 4UTLA 3P8IA 3NQFA 3TFXA 1K8YA 1LDCA 3M43A 4XWUA 3A5FA 3IEBA 5E1QA 1HL2A 1G7UA 3QW3A 5F2LA 2VEIA 1SZNA 4XKYA 1OX5A 4LVDA 3TX9A 4JN6A 1TTQA 2Q8ZA 1LRNA 5LKYA 3SW6A 4XQ6A 2ZZ3A 1W56A 4HT3A 3UPBA 5F4XA 1KM4A 2NV1A 4JDYA 4GC4A 2WV8A 3MHFA 3W70A 3MHUA 4N9CA 2I14A 1SQ7A 1SPQA 5AHFA 1VYSX 3LHZA 4MYAA 1SUXA 3W76A 4WOZA 2ZRVA 1P0KA 3H53A 4GUGA 1AL8A 4XTDA 1XKYA 4P61A 3EWUA 4DEFA 3O1NA 2EF9A 3O15A 1FDJA 2YR1A 3C2RA 3NQ8A 4RZ5A 2B7PA 3TDFA 2HSAA 3BK0A 4LRTA 5CPMA 4JR5A 1LOQA 4IUOA 3PG9A 4QNEA 5CZTA 2NX1A 4JTGA 3F1QA 2VC6A 4NU7A 4NJKA 3VKJA 3LI0A 3VE9A 4HNVA 3CB8A 1NSJA 1VLIA 1LLZA 1YPFA 4ZVJA 1QO5A 2NZLA 1XI3A 3BLEA 1XUZA 4IMCA 4R34A 2VFEA 3IIZA 2WNZA 1THFD 4PFMA 3ZWTA 1KV8A 1JRCA 5EBUA 4QJ1A 2YPIA 2H3BA 4M6QA 4JTIA 4UTHA 5FESA 1ZAIA 3PUEA 5SWUA 3HF3A 3UY7A 1LM1A 3LCLA 2VFIA 3HG5A 1RV8A 3CC1A 1O4UA 4L4LA 3CQ0A 1XDLA 3GR7A 4DO5A 4N6FA 4JYEA 3TJLA 3P82A 4PC8A 3LB0A 1SZGA 4BFAA 2O7QA 3N2XA 2R94A 1U5JA 5AC6A 1TPVA 2WPBA 2JKEA 3LBCA 1H7RA 5C6MA 1FBAA 3PS7A 4XZ9A 3R2GA 3TR2A 2CZDA 1K7FA 4TMBA 3T4CA 4JICA 2GUUA 4JX4A 1VH7A 3I65A 3RLVA 3B8DA 3NYZA 4UFKA 3LRMA 4UFIA 4DBEA 2DP3A 4DPQA 2P0OA 2DZSA 3W74A 4UFLA 3HGJA 1LBFA 4ADSA 4OT7A 1X8FA 3WJZA 2DZTA 4JY8A 3ATYA 1JVNA 2FLIA 3LV6A 2WNNA 1I2NA 4LRSA 4RKAA 3KRUA 3CEUA 5CPLA 3NQ7A 5D02A 1TPDA 3W1TA 3NPVA 3GVGA 2A5HA 5HQEA 1XM3A 3QF0A 3W1UA 3SR7A 3W75A 2CZEA 2BXVA 1K3UA 4QSHA 5F4SA 1KM0A 1FWWA 2G5WA 1LORA 4NNBA 2ZA3A 1C9DA 4NXSA 1F2JA 1KW1A 2NLIA 3B0UX 3O07A 1B3OA 1TO3A 4UTJA 1YYAA 3P62A 4DF0A 2B7OA 3A5VA 3ABOA 4MY8A 3PAJA 3TCEA 3TC7A 1VHCA 2YYTA 3HO8A 3I68A 1UBSA 1LRTA 4O0KA 2W79A 3TW6A 1K8XA 3MP3A 3E96A 3NR0A 2CLKA 2O7SA 3LM7A 4TIMA 3ABSA 5H2ZA 2JKPA 1D3GA 1EIXA 5D04C 3IIOA 3QMRA 2YX0A 2H6RA 3NDOA 3EXTA 3RFAA 3CWNA 1L9WA 2C1HA 2V2HA 3KRSA 1ZENA 1UB3A 3PUOA 3Q37A 1Q6LA 3QSRA 4MVAA 4TR9A 2JGYA 2PRMA 1G4TA 2DZPA 4Z0SA 3NA8A 4O19A 3PULA 2Z1BA 4BWLA 4BI7A 2ABBA 2VEKA 1WAUA 3K30A 1TJPA 5AYZA 4GNJA 4I9AA 3W1LA 5G2WA 2WSQA 1J5TA 2R14A 3VI2A 5EPDA 2ZZ1A 5IBXC 3HGOA 1W0MA 2ZBTA 3W1NA 5E93A 4IJBA 4JTJA 1Z44A 4QITA 3NQ6A 4WXZA 1OABA 4PTNA 3PWAA 3E0IA 3S5YA 3S8HA 3W1AA 5DCBA 4N9BA 3EX6A 4HSNA 3GKFA 2FB3A 4ALDA 1YXYA 3C0JA 3O63A 2YDAA 3EKLA 3R13A 1ZNNA 1VZWA 4AMAA 3FYPA 1KM2A 4WXYA 4HNUA 2XFWA 1TREA 3OVRA 3VNDA 3WFAA 1KTNA 1AW1A 4CNPA 1TPFA 4MZ1A 2OT1A 2AGKA 3EX3A 4UTWA 3NL3A 3UWUA 1I2QA 1GOXA 1T0OA 2VKZG 4O17A 3LHVA 2P10A 4GRSA 1RQEA 5CZJA 5I3GA 2HS6A 2VEPA 4N9EA 1BTMA 1KFCA 5AHEA 5AOUA 2FB2A 4WUIA 1L2UA 5C5YA 1H60A 5DY2A 3KVMA 1YXCA 4O53A 2BTMA 2YCEA 5C55A 2ZQ0A 3ABRA 1VRDA 5EA9A 4MZ8A 1MXSA 1F05A 2A85A 4QNWA 4AXKA 4N02A 1HFBA 4LS2A 5MHBA 1XUUA 3EX2A 3BW2A 2NXGA 3EXRA 3F4WA 3RU6A 3DU0A 3O06A 1OFOA 1DL3A 3T78A 3QYQA 3LLFA 3DBPA 3TFCA 1W5OA 1W1ZA 2RDWA 4R53A 1LZOA 4YLWA 1TSIA 3TJXA 4X2RA 4O1DA 4UFJA 3SY5A 3N73A 2GVJA 2R8WA 3QFEA 3GDRA 3EWBX 2H3DA 3QRHA 1SO3A 3M7WA 3LHWA 3P8JA 2V82A 3VE7A 3RK8A 2Y62A 3GDLA 1H50A 4LW7A 1MEHA 3CM4A 3STFA 4N4PA 5AHLA 1EUAA 3C56A 3T44A 3BG3A 3W7RA 1Y0EA 3MO7A 4FNTA 4UIOA 5LNSA 3FOKA 4GFSA 5ABTA 4ZL1A 5A8GA 4NZFA 1JR1A 2QR6A 3PBWA 3TMQA 5I3IA 3NQVA 4DF1A 3HPSA 3S1XA 3GR8A 5LHEA 1QPOA 2VENA 2B0MA 2CLMA 2NWRA 2Q8LA 1A5CA 3HB9A 5G1TA 4NVTA 3GDTA 4G1KA 4Z0JA 1PS9A 5LSMA 4HHPA 3G3MA 4OV4A 4R33A 3L21A 1MEIA 3LCWA 1H63A 1RD5A 1VC4A 1VCGA 2Y7FA 4DQWA 3L68A 4LTSA 3PF3A 5LNVA 3ZFHA 3NXFA 3P80A 4AWTA 1YADA 2CZ5A 3CU2A 3KOFA 4GJ1A 4IOTA 4CNNA 3W2NA 3E9AA 3GDMA 3ATZA 1WV2A 2FDSA 3LXBA 4I7VA 3HG3A 1R2TA 2C19A 5G1YA 1CX9A 3MBDA 4IXHA 1X1OA 5HULA 3P7YA 5J5DA 3UPWA 4OWGA 2VFHA 3TK7A 2V8ZA 1I2RA 3SSJA 2QCLA 5DBTA 2OMAA 3G3DA 4GWEA 1NVMA 1L6YA 1K03A 1ONRA 1EP3A 1Z48A 4NNCA 5I3KA 5E0KA 2HS8A 1G4SA 1E51A 1OK4A 3QPYA 4IMFA 4GUIA 4MZYA 5AFDA 2DORA 3TSBA 4DPPA 1I4NA 3BW4A 1TPC1 2EGZA 2V0TA 4LOCA 4UCGA 4E2BA 1S5WA 4CCCA 2NUXA 3MYOA 4DO4A 1OVDA 1RZMA 3WK0A 1DBTA 3KAOA 5AYYA 4FO4A 4JNMA 3GNNA 1GTEA 1JUEA 2E6YA 1WQ5A 3BLIA 4IGHA 3BV4A 1M7OA 4K37A 3UWQA 3HGRA 3CLMA 4L4MA 5FF2A 3LXCA 5DCEA 1QNVA 4Z1AA 3M44A 1XBXA 4NUWA 4LU0A 2J24A 3W7MA 5F2GA 5K9DA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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