1G7VA

Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complexes with the mechanism-based inhibitor
Total Genus 56

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
284
structure length
284
Chain Sequence
MKQKVVSIGDINVANDLPFVLFGGMNVLESRDLAMRICEHYVTVTQKLGIPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGLEEGMKIFQELKQTFGVKIITDVHEPSQAQPVADVVDVIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFVSPGQMGNIVDKFKEGGNEKVILCDRGANFGYDNLVVDMLGFSIMKKVSGNSPVIFDVTHALQCRDPFGAASGGRRAQVAELARAGMAVGLAGLFIEAHPDPEHAKCDGPSALPLAKLEPFLKQMKAIDDLVKGFEELDTSK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Crystal structures of KDOP synthase in its binary complexes with the substrate phosphoenolpyruvate and with a mechanism-based inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 56
structure length 284
sequence length 284
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2000-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1g7vA00
1FXPA 5I3KA 3ABRA 3W3OA 3V75A 3LHVA 3M5YA 3GX9A 4K8EA 3TSBA 2C3ZA 1VS1A 3DGRA 1YTDA 3W6YA 3M5VA 4TMBA 1TCDA 3S5YA 4JY9A 1VLIA 3DHDA 2D73A 4CQ8A 4GNJA 3W1MA 3EX1A 2WV8A 3S9YA 5E93A 4EWND 4GBUA 1H60A 1EPXA 2GQAA 4WOZA 3JRKA 5CKSA 5AHMA 4DPPA 3P8IA 3UXDA 4TU1A 5K9DA 3W74A 2OZ0A 4AWSA 3GNNA 5TQLA 3F4WA 4UFKA 3KVJA 1W3NA 4JD4A 1XFBA 4WY0A 1NEYA 1BWLA 3C2RA 4G1KA 2PE4A 2Z2UA 3CWNA 1KM6A 4RLIA 3T4CA 1JQXA 1BKSA 2C0AA 5C54A 1K03A 1HL2A 4R53A 4A22A 2E5BA 1EP1A 1HUVA 4O0ZA 2Y88A 1Q6OA 3LHWA 4JDBA 1FCQA 3THQA 3TSMA 3BGGA 2R91A 5D09A 1W5QA 2ZBTA 1W1ZA 3LCLA 3W1AA 2E6FA 1G7VA 3EWZA 3FJ6A 3TXVA 2QCCA 3ANYA 3BPWA 1U83A 1D3GA 3P60A 3H54A 1LRNA 3C52A 3I6RA 3W70A 2A5HA 5BRBA 1K3UA 3STCA 2QAFA 1OFOA 1HO4A 3A23A 3QQ1A 3W85A 1RQBA 4IX2A 5EPDA 3UD6A 2J88A 4E2DA 2DJLA 1EB3A 2ZRWA 3O06A 1TJRA 1CI1A 4WJEA 4WZHA 1I2OA 4AVFA 3DKLA 4BI5A 4P2VA 3LI0A 3EX2A 4Y8FA 3H55A 5AHEA 2A7RA 1TTIA 5LNWA 1GTEA 3BV4A 5D03A 3EX4A 3A21A 3W1UA 3NQ7A 1SW0A 3PUDA 4FIRA 5FF0A 4UNKA 4UMAA 4MPQA 4UFIA 4GWEA 3LRKA 2OMAA 1UUMA 3BG3A 3EWBX 1DJQA 4MFDA 2F84A 3M43A 4DBDA 3HG2A 3K30A 3NL6A 3R2GA 4DELA 1TJPA 5E0KA 2V9DA 3WFAA 1R2RA 1GVSA 3VI2A 1S5WA 4CQAA 1NSJA 1VCGA 3F4NA 3LCHA 3E12A 2C13A 5HINA 2V2HA 1NF0A 3GDRA 2PC4A 4BK9A 5EYWA 1PE1A 3QW4B 1QPQA 1IIHA 3W7DA 3STEA 3UWWA 3HJZA 2BWGA 1AW1A 4BI6A 2VEPA 1K8ZA 3IRDA 5HJLA 4NX0A 3G0UA 2A4AA 2ZYFA 4S2CA 1TPDA 2ATSA 4I7WA 1RVGA 3VCRA 3NQ6A 3LV6A 4R34A 3Q94A 2A85A 4LS2A 3ZWSA 3A24A 4FO4A 2J9XA 1YXYA 4DO4A 2Y7EA 4RJEA 4XUGA 5K3VA 5J5DA 3UWYA 4I9AA 3MHFA 3TROA 5EY5A 1NVMA 1XBVA 2E5DA 1P4CA 2QCNA 4QQ3A 3GB6A 4JDYA 3B0UX 4M7SA 5G5IA 4HNVA 4KWVA 4LS0A 3ZR4A 2GVGA 5KMYA 3GAYA 1OYCA 3F1QA 4LRSA 5LHFA 1SFLA 2ZDRA 4BF9A 5FF3A 2QCFA 1H7OA 2FB2A 4N4QA 3FIGA 3HGSA 1WQ5A 1PHWA 2CLMA 3LLFA 1VZWA 1KFCA 3I7QA 3PUEA 3P74A 2TSYA 5AYXA 4JTKA 1F7BA 4PTNA 1CW2A 1C9DA 4A21A 3MI6A 4HSOA 1JULA 3LV5A 4WY0F 3O63A 3TJLA 2TPSA 3TK7A 1B57A 4IMEA 3N19B 2ZA1A 3HF3A 1YDVA 2ISSA 2Y61A 3DBPA 1LOLA 3VE9A 3UYCA 1F74A 4A2SA 2V30A 5HULA 4TIMA 1WV2A 3GAKA 1ICPA 2CFFA 4QAIA 4ZQMA 1ADOA 1K8YA 2FDSA 1ML1A 4EOUA 1VGAA 3OA3A 4BI7A 1VCVA 1VHCA 3QFEA 3W7JA 5DLCA 3S1UA 2Z6IA 4GUGA 2G97A 3NGJA 4NVTA 2ZZ6A 1D3HA 3TMLA 4UTLA 2ZZ5A 4M6VA 3T7VA 2EAWA 2Y85A 4XKYB 3LHTA 4KFOA 1LLWA 1PIIA 3TE9A 3T40A 3G22A 5F4SA 3SSJA 2CLFA 4AB4A 5CZJA 1H5YA 3M0ZA 1JRBA 1S5TA 1VC4A 4WD0A 3G18A 3S8HA 1F6PA 5CZTA 3W7MA 3BW2A 4X3ZA 3A5VA 4PL2A 4UC5A 1MZHA 4N9EA 4NU7A 4MY9A 4UFHA 5KTLA 2WO5A 1PVNA 2FFCA 4NT0A 1ZENA 4C1LA 1B4KA 4IXXA 4ALDA 2XFWA 3O6YX 4FIQA 1EIXA 4DQWA 4OHQA 2FLIA 4O14A 2WSYA 2ZRYA 2YYTA 5ABTA 5L6UA 3IVSA 1LZOA 1TREA 1T0OA 3NQEA 4IXHA 4NXKA 1WOAA 1WA3A 3DFQA 3SR7A 2DZPA 5DCBA 1QCWA 3BW4A 1KM5A 4ZVJA 2VFIA 2V2CA 4Z0SA 1Q6QA 4M19A 4NNAA 3O07A 1IXOA 1EA0A 1R2SA 3BVJA 3DFSA 1SO5A 3N2MA 1NAL1 5MHBA 3L5MA 4AH7A 3QC3A 1GEQA 1UUOA 3NQFA 4JXCA 4OT7A 5J5RA 4UTHA 1JVNA 3P81A 1H50A 3KX6A 3N2XA 4OBTA 3LCIA 3W7GA 4ZQNA 1YTKA 2QCMA 2FPVA 3TR2A 4Z0JA 1RQEA 1I2NA 3KRZA 2O7SA 3BG9A 4AWUA 2R8WA 2I9EA 3IEBA 5AHFA 2YPIA 2PURA 3LCWA 1KTNA 1KM1A 1IXNA 1W5NA 5D2WA 4EF8A 4Y90A 3LHUA 1GT8A 4RX0A 1G6CA 3R5EA 1SZFA 1G69A 5D02A 4HNTA 4HT3A 5IBXC 1WX0A 1J5TA 3CC1A 3O05A 2G5WA 1JQVA 5CG7A 4JY8A 5BMWA 3BW3A 2WNZA 1V5XA 4O50A 3CPRA 3WJYA 2A1YA 4UFLA 1FWNA 1FXQA 1Z48A 3FA5A 5I3JA 4UR8A 2E68A 5DXXA 5AN7A 2QCDB 2YCEA 2CLLA 3C8FA 2TYSA 3PC0A 3GR8A 3TXZA 1VPXA 2BXVA 3CIXA 1KFLA 3QMRA 1F76A 4JTEA 5IM51 3A22A 3UQNA 2WQPA 1WYIA 2GVLA 2DP3A 1W54A 2QEZA 2VFDA 5HR7A 1OFDA 3EWYA 3C3NA 4NJIA 3USBA 3LCFA 5AB3A 1Q45A 4IMCA 3SZ8A 1MXSA 1VLWA 3L5AA 3B0VC 2VFGA 4IMDA 3TW6A 2H6RA 3PUOA 4RKAA 5D30A 1W5MA 3NQAA 4O18A 1Z41A 3TNOA 3UPWA 2NV1A 2P10A 3VE7A 3OHIA 1GVFA 1OFQA 4E38A 4GUHA 1GQNA 4AXKA 4N02A 2VFFA 4PODA 1TIMA 4UXDA 3VFLA 2WOQA 3BG5A 3HGOA 1W5PA 1A5BA 1PV8A 3QZEA 3O1NA 3Q58A 3W76A 4M6PA 3ATZA 3IGUA 3GDTA 2YGYA 4GFSA 5BW6A 4XQ6A 4PL1A 4XBSA 1S5VA 5AC7A 1OX4B 2EGZA 2VENA 1A50A 3W1LA 3UXAA 4OE7A 1WOBA 3IIPA 1TPFA 4FNSA 5HUPA 3BLIA 3WJSA 4JTGA 1D9EA 3HOJA 3PG8A 1PL9A 4YWIA 5FF7A 3M5ZA 3QRHA 1SUXA 3MO7A 5AOUA 4M6QA 1JCXA 4JX5A 3P82A 4O1AA 4LW7A 1XC4A 2CLKA 2FB3A 4IGHA 1KFBA 1WAUA 4Z1CA 1TYGA 3B04A 2NXIA 4LV9A 3GDLA 5AYZA 4S2BA 5FEWA 3LHYA 1JUEA 4NX5A 4IMFA 1N7KA 3HG3A 5D2YA 1OG0A 3LBMA 2V0TA 1GYLA 1PHQA 2A21A 2ZRXA 3FS2A 3NPWA 2PCQA 1QDSA 2RDUA 1MO0A 3DFOA 2QJGA 4PFMA 3NQDA 3YPIA 4MOZA 5D32A 3HQ1A 6TIMA 5C55A 4MLJA 4RZ6A 3S5NA 1W31A 5KZDA 3B05A 4I7VA 3PBUA 3IVUA 1OFEA 3DI1A 4ADSA 3W1NA 3NL5A 4JICA 3C56A 3TJXA 3W1PA 3QPZA 5C5YA 1EP3A 2DZTA 4ORIA 3NQCA 3G24A 3NL2A 4UTWC 1TV5A 3QF0A 3TA6A 5FEPA 3HPZA 3NDOA 4JTLA 4Z1AA 3N9SA 5F1UA 4MJMA 1W0MA 1Z44A 1I2PA 3ABQA 5KSWA 2Z0IA 1ZAJA 4LU0A 1H7NA 2CU0A 4WQ6A 4K7VA 3G1FA 2FPYA 1QNVA 4UTTA 2DZVA 4LWWA 1H7XA 3GXNA 2B4GA 1VYRA 3LLDA 3SIZA 3S1VA 3W1RA 3PBYA 3KHJA 1IGSA 2C15A 4FX6M 4UTKA 2ZQ0A 1TV8A 2CZEA 1TPVA 4DF1A 4CCDA 1KBJA 1PCWA 2HMCA 1OVDA 1ZJIA 3PY2A 4FEZA 3SGUA 2ZRZA 5F2GA 1H1ZA 2HSAA 2A2IA 3LOTA 5CZSA 4FF7A 1ICSA 2CZFA 2CWNA 2J24A 4IJBA 1QMLA 3KXQA 1L6WA 1QPRA 5A5WA 3W7PA 1R2TA 3HGJA 2B7PA 1LOQA 1VCFA 5CPOA 5KZEA 3QW3A 3W1QA 1QPOA 1UASA 3W84A 3W2LA 3W7QA 3BLFA 1P0NA 3DKJA 3O16A 1LM1A 4B5NA 2E09A 3QEZA 2NXHA 5I3GA 3LDVA 4DO6A 2A0NA 3P8JA 3QH2A 5C6MA 5KITA 1TSIA 3TQKA 2NX9A 3WK1A 3NEVA 2EF9A 3PAJA 1TRDA 3M6YA 3HB9A 4GRSA 4FX8A 4N9BA 3HPXA 3I7SA 3NXFA 1M7PA 3N9RA 2VC6A 3W7KA 5G1TA 4LVBA 4Z1DA 3NAVA 3EXTA 3RLUA 2Y63A 1GVOA 1O60A 3PM6A 3G1SA 3G1VA 1OFPA 3WJXA 1N8FA 2X1RA 3TW7A 3W2MA 4LS1A 2R14A 3DI0A 5D04C 4LT9A 1LCOA 4M7TA 2RDWA 1U5JA 2Y89A 1TTJA 2OT0A 3C2FA 4I7UA 2OCZA 5K4ZA 4HKPA 1Q6LA 4ADUA 1JCNA 4Q32A 4H4IA 2ZTKA 2GUUA 4WOQA 2ISVA 2NXGA 3IIZA 1H62A 5D05A 3DU0A 2DJXA 3IVTA 1GG1A 2QJIA 5LGXA 3EWWA 2FIQA 1XBYA 1BEUA 4N4PA 2QF7A 1A5SA 2QCEA 4MZ8A 2G96A 1H63A 1O4UA 3DH7A 4GXMA 3O8AA 2V5BA 4J9JA 2OT1A 2W79A 5T26A 1SSGA 4NJJA 4KFPA 3SGZA 1QWGA 1ME8A 1KM3A 3JR2A 2ALDA 3PSWA 1OYBA 3INPA 4MVAA 1TQXA 2H3BA 3TH6A 5I3FA 5KZMA 1Y0EA 2ISWA 4CCCA 4FNQA 5DCEA 3NM1A 3VNDA 3CQ0A 1GPWA 1XBXA 4KKXA 3QPYA 4Z08A 3B0PA 3N3MA 4NJHA 4LVDA 1VYPX 2V81A 1RPXA 1I8JA 4S1FA 2QAPA 3W7CA 1J2WA 4AEOA 1YTEA 4ZL1A 1TB3A 4JN6A 2FTPA 1FWWA 1XKYA 3MYPA 4RV8A 5DELA 2CZ5A 2ABAA 3LXAA 2EPHA 4GUFA 1UB3A 1HG3A 1H61A 3MBDA 3SW6A 1K7FA 1N55A 4ONVA 4ZQCA 4QITA 4JIQA 1T99A 4MJZA 2GQ9A 3T55A 4FB7A 4O19A 2ZA2A 4WXZA 1T96A 2RHGA 3NVTA 1KM0A 3HG4A 3PVFA 4K36A 2B7OA 1YXCA 5D38A 4AF0B 3DAQA 3OVRA 3Q37A 1DKWA 3B03A 1EWEA 3DZ1A 4X22A 2YX0A 1H7RA 4L4MA 4Q33A 1ZHAA 5U4NA 1TPC1 5E1QA 4O15A 1UJPA 3MWAA 4OV9A 3TC6A 3QSTA 1V7YA 3FYOA 3W1TA 1FUYA 5I3HA 3WJZA 2Y62A 4MYXA 2DZXA 1PCKA 3E0IA 2QR6A 3G1XA 3P61A 3W7HA 3ZFHA 1TPB1 1E51A 1K8XA 1QOPA 3GXTA 5G1YA 1GVRA 1TPWA 3TC7A 7TIMA 3TAKA 1YLVA 1O5KA 5AHNA 4UNLA 2XN1A 3E49A 2DORA 4UUIA 5DN1A 4EF9A 2CW6A 4LTSA 2Y7FA 1H51A 3CIWA 3IIXA 3P5ZA 4O28A 5H2ZA 3UZ5A 1W56A 4UTIA 3GDKA 5CSRA 5HWNA 3EWXA 3PB2A 1KM4A 2RFGA 3FLUA 1XDMA 3WK0A 2H8XA 3TSDA 4O13A 2NX1A 1NF7A 2NWSA 3S5ZA 3IIVA 4XZ9A 1I2QA 4XKYA 4YCPA 2E6AA 3I68A 3NM3A 2BX7A 2C6QA 5LHEA 4IMGA 4AAJA 1A53A 3R12A 3W23A 4IUOA 3HO8A 1L6YA 4K37A 3W72A 3G3MA 4YLWA 5EL1A 1JR1A 3ABSA 3LX9A 3CU2A 2YYUA 1OYAA 1LYXA 3FJLA 1OABA 1Z42A 5CGQA 5FI8A 4MFEA 1TO3A 5CZ0A 1BTMA 1X1ZA 5DBUA 1LOSA 4LV4A 3EKLA 1VR6A 1MSSA 3S42A 3L66A 2E1DA 4OQVA 4AWTA 4JIPA 5HWMA 3L0GA 4X9SA 3W83A 4MZYA 1FDJA 2NUXA 1FWTA 2GPTA 3M16A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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