1GEQA

Entropic stabilization of the tryptophan synthase a-subunit from a hyperthermophile, pyrococcus furiosus: x-ray analysis and calorimetry
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
248
structure length
241
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Entropic stabilization of the tryptophan synthase alpha-subunit from a hyperthermophile, Pyrococcus furiosus. X-ray analysis and calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA-SUBUNIT
total genus 88
structure length 241
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2000-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1geqA00
4JYEA 4AVFA 2C14A 4MZ8A 2QR6A 4J9JA 4ZQPA 3DI0A 3NQ8A 3G1SA 2J9XA 3H54A 3W1PA 3INPA 1LBMA 3ZFHA 3QSTA 1XM3A 2RDWA 3NQ2A 4IPJA 2UV8G 4O18A 3QQ0A 3FJ6A 1WQ5A 3ABOA 4O16A 4YLWA 1W56A 4PH6A 1OABA 3LTYA 1VH7A 1WOAA 4OE7A 3FYOA 4UIOA 1GYLA 2BX7A 4M7TA 1AMKA 3L68A 4JXCA 4LS1A 4RKAA 2DJLA 2DZUA 3DFSA 1GOXA 1I2QA 2J9ZA 2CZ5A 2V5LA 1S5WA 3SJ3A 3DFOA 3N3MA 3E9AA 2V5BA 4DF2A 1L2UA 4PODA 2QCCA 2E6YA 2YYUA 3Q2DA 4EWND 1S5VA 2KZHA 4MY9A 5G1YA 5EY5A 1D9EA 4GUHA 4KFNA 2Y89A 4HSOA 3M44A 1JCJA 2YX0A 3CWOX 3G22A 3M0ZA 2QJGA 2YFOA 1MEIA 2ZDRA 4FX8A 4UUIA 4D2JA 3TA6A 1P1XA 2G5WA 1B3OA 4Z0SA 5K4XA 1TB3A 3W07A 3NG3A 1XKYA 1SO6A 1YDVA 4MZ1A 1XL9A 4S2CA 4NNBA 1AL8A 1XUZA 2C6QA 4JD4A 4HNUA 1JJKA 1OK4A 1GYNA 4K6AA 1TPC1 3VI2A 5EPDA 3W2NA 1TTQA 1R30A 1H63A 4O13A 1W3IA 3TX9A 1ICSA 1JUKA 3GKAA 2WOQA 3KAOA 2NUWA 2WSRA 4O11A 3LV5A 1W3TA 4TU1A 4NXSA 3W83A 1K7EA 1W5OA 3V75A 4AF0B 3LCLA 2H6RA 3LHYA 4O28A 5G2IA 3OG3A 1G6CA 2E09A 1W5PA 1OX4A 4IWWA 3IGSA 3EXSA 3TSDA 1VS1A 3S1XA 2CLOA 3S1VA 1NVMA 5FF3A 3WK3A 1R2RA 4BFAA 4WXZA 4DO6A 5F4WA 3H55A 4P2VA 1VZWA 1TRDA 5KSWA 4GFSA 5CG7A 1SQ7A 2OX1A 4GUJA 4JICA 3FEMA 1DVJA 1IXQA 2BWGA 2R94A 3IIPA 1LP6A 5CPMA 2HSAA 3NQEA 2GQ9A 3CU2A 2C0AA 2VENA 4JX6A 1P5BA 1QWGA 1WBHA 1OHLA 3QRHA 4UNLA 3G0XA 3TCEA 2QCGA 4X3ZA 5DN1A 1I2OA 4HPJA 1K03A 1PE1A 4POCA 5K4ZA 4A2RA 4UFLA 1YDNA 3IVUA 4JTJA 2F7FA 2NLIA 1VYPX 2YDAA 3LBMA 5AC8A 3PBVA 1I8JA 2V9DA 2NV2A 3G8EA 1A5BA 2GQ8A 2A2IA 5J5RA 1F05A 1ONRA 2QF7A 3KVJA 2V2CA 3USBA 3IRDA 2BXVA 4BI7A 3LTPA 3T7VA 4AWSA 3STCA 4FF7A 4O1AA 5FI8A 2LLEA 3RMJA 4QNEA 5CPNA 1CW2A 2QCFA 5T26A 2A6NA 3QEZA 4UNKA 2GVGA 4UMAA 1NSJA 1E51A 1SW7A 3CQ0A 3CC1A 2CZFA 4IMCA 1TYGA 4NU7A 3W1RA 1EP2A 4FNQA 3KHJA 4JIPA 1I45A 1UCWA 1YXYA 1EX5A 4XBSA 3IGUA 1OF8A 4UFMA 3P84A 2OJPA 1MXSA 3W7GA 3CIXA 3CB8A 2QCHA 3ABRA 1NFBA 2FLIA 1FXPA 3W7IA 1H50A 1TPVA 4NJJA 4K7VA 3C2EA 3NL6A 1YPIA 3NZRA 1LTDA 3B0UX 2HS6A 3STFA 3B8DA 1ZAIA 2OT0A 2V0TA 3B0VC 1QDSA 1OX4B 1YYAA 3W2MA 1P0KA 4IJBA 1WA3A 3SFKA 1KFEA 4K37A 3BPWA 2PRMA 2DP3A 5HNRA 2DU2A 2A5HA 3UZJA 1C9DA 2V8ZA 4DQWA 3TFCA 5C6MA 1JCXA 1NEYA 3W86A 1ICQA 4RK8A 3BG5A 1VGAA 1X1OA 3QH2A 4OQVA 1KM0A 2Y61A 3BV4A 5CZSA 3UWVA 5LNUA 3QM3A 3NNTA 5HUOA 1LRQA 1U5JA 4ZZ9A 1K8YA 4O10A 3GVGA 2EHHA 3P74A 3NPUA 2VOMA 4JYFA 1H7PA 1HTIA 1TIMA 3CT7A 3T55A 2D73A 3U6WA 3GXTA 1HFBA 3M5ZA 4AH7A 4DBDA 4ICNA 4RZ5A 4HNNA 4XZ9A 4UFKA 2WQPA 1KW1A 4O1DA 3C2VA 4O4WA 1PHWA 4IMGA 2C16A 2GVLA 3RLVA 2A6LA 2A7RA 3H53A 1OFBA 3MUXA 1KBJA 4K8HA 3DZ1A 3THQA 4A21A 4XBKA 2OT1A 3BLIA 3DGRA 2A4AA 2HMCA 4GE8A 3UXAA 2G95A 3QMTA 3LXBA 1KFBA 3OIXA 1OYCA 4CQ8A 5AYXA 1FBAA 1ALDA 4TIMA 1EP1A 3W1UA 4HIBA 4HKPA 4U4MA 3TU9A 2I14A 1ZCOA 1SZFA 3QYQA 3UZ5A 3EWUA 4UC5A 3L21A 4RR4A 1K02A 1W54A 3EXRA 3DHFA 3QZEA 2C13A 3W7KA 3P8JA 1KTBA 1W5MA 2H8XA 3EWBX 3EKZA 4OBTA 5IBXA 2JGQA 3TW6A 2W0UA 1VLIA 3OBKA 1DOSA 4AWTA 2B7PA 3FKKA 3B04A 2EF9A 3NA8A 3G1XA 4N9CA 2W79A 2ZFAA 3RU6A 3LRMA 3TW7A 2ZZ5A 3GDRA 4HPXA 4DXVA 2YW3A 5BOOA 1K8ZA 3RNDA 4ZMGA 2FQIA 3KOFA 5K3VA 4JIQA 1EWDA 1WOBA 4AXKA 4XQ6A 4DO4A 1YADA 4WUIA 5FEZA 1O5KA 1Q45A 3G1FA 3WFAA 3GYEA 3UQNA 1P4CA 5I3FA 2ZRWA 4FNTA 1JCNA 2Y7GA 3LX9A 2H90A 3BGGA 4AHOA 4JGDA 2GPTA 4MZYA 3I7QA 3W1AA 4UTUA 3L5MA 1KFCA 5F2IA 5LKYA 2PRLA 4GUIA 3A5FA 4UTKA 2B7QA 3WJXA 1H7XA 4U28A 3THAA 3WJWA 2NWRA 2NXGA 3T4CA 2BSLA 4ONVA 1OK6A 5HR7A 1TQXA 3GIYA 4MKNA 1FDJA 3KRZA 1TCDA 3W84A 2ALDA 2QKFA 1OG0A 3BK0A 4A2SA 1H7RA 2ZZ6A 3QPZA 1EUAA 3HG2A 1RD5A 1YTEA 3AJXA 1KM3A 2CZDA 3C2FA 5HULA 3NPWA 2BTMA 3PB0A 3LCWA 3QF0A 4IX2A 2OCZA 3PY2A 5AC6A 1Z48A 1SW3A 4MOZA 3W1NA 4O50A 1JUEA 1Q6LA 5DELA 5K9XA 1XI3A 1GEQA 4DBEA 4DPPA 1MEHA 4CNOA 1G67A 1AL7A 1TPB1 4NJGA 4JYDA 4X9SA 3TQ0A 3TQKA 2NXIA 3A9IA 2NX9A 3RFAA 3VKJA 3N9RA 3CHVA 1GVRA 1LRNA 3NO5A 3S6DA 1KLZA 2ABBA 3W72A 1K7XA 1RPXA 4FNSA 3HGOA 2P0OA 5HQEA 4MLJA 3PS7A 3CTLA 4I7UA 5D2YA 1I2RA 1AW5A 5SWUA 1UASA 4LS0A 2Y62A 4HNTA 4JDYA 2ZZ4A 3L9CA 4UTHA 1JQVA 2V2DA 5H91A 3P62A 5F4XA 3TXVA 2W6RA 5E0KA 4RXGA 3R12A 1EWEA 3QJAA 1LOQA 1F2JA 1FQ0A 3HIJA 3DKJA 4LS2A 1QOPA 3SSJA 3EKLA 4CQAA 3TH6A 3TMQA 4ALDA 1ZNNA 4UTWA 1SZGA 1ZENA 1FCVA 3TNOA 2B7OA 2ZBTA 5KZDA 1OFQA 5BMWA 1SSGA 3MP3A 3DU0A 4S2BA 3P67A 3C2OA 1SR9A 3B06A 3HG5A 1THFD 5C2XA 1I4NA 3NM1A 2QCDB 4PL2A 3LOTA 2GVJA 5FESA 4MY8A 2VFHA 2TRSA 2BLEA 3SGZA 3PUEA 1TJPA 2YGYA 3Q37A 3GDTA 3TSMA 4P61A 2C18A 4M19A 3PG8A 2JBMA 3FIGA 3P60A 4LRSA 3CEUA 1TPH1 1UB3A 3GR7A 2ZRUA 2Y7EA 1OX5A 2VEMA 1DJQA 4JTGA 4MYAA 4FIQA 1BWLA 2X16A 4NUWA 3WJZA 1QOQA 3GAKA 4ADTA 2XN2A 3IGXA 3ANYA 1W37A 3N34A 4LUJA 3A5VA 2V2HA 5IBXC 4K38A 3I7RA 4W9TA 3UWZA 3K30A 3B05A 4N6EA 2FB2A 3PBUA 4UTJA 1LLZA 3PSWA 3EWXA 5G4WA 2CZEA 4M6QA 3HG3A 4X22A 8TIMA 3N2MA 1JVNA 2QAFA 3GDLA 4NJIA 4FNRA 4R34A 4YMZA 3T44A 1UBSA 2ZZ7A 1V5XA 3LHWA 3W3OA 2RDTA 4MFDA 2ZZ2A 3FKRA 1BKSA 2GOUA 2CW6A 4TX9A 1F74A 4Z1BA 5LHEA 3TAKA 1LZOA 4Y8FA 4X2RA 3TQVA 2QJHA 4O4VA 3HPZA 1UJPA 4Z1DA 1W8SA 1WAUA 3S8HA 3G1YA 1YPFA 3CWNA 4RJEA 1W0MA 3VFLA 3W1TA 1VCFA 1QPRA 1IIGA 3W75A 4WOZA 1QFEA 1DJNA 1JCYA 3LLDA 5AYYA 2YFNA 3KRSA 4KKXA 1W3NA 1R47A 5L6UA 3P82A 3FA5A 1F6PA 3QMSA 3BO9A 1HUVA 1XBXA 3GR8A 2ZRZA 4IPIA 1F7BA 3W7OA 1FCUA 1IXPA 3G1VA 2CU0A 5GVJA 4H6KA 5TQLA 1H61A 4LT9A 2ZZ1A 5IM51 2NWSA 1ZALA 3UY7A 3DFTA 3TV8A 2C3ZA 1B57A 4QM1A 3O63A 2WNNA 3S42A 3S9YA 3HF3A 4WJEA 1LCOA 5C5YA 3E12A 4QJ1A 2YXGA 4UFHA 3MHFA 1VCVA 2E5CA 5BNKA 3W1XA 4RLIA 1IGSA 2O7SA 3CEPA 3I7SA 5K7JA 1V7YA 2C1HA 3SGUA 4A3UA 4H4IA 4OV9A 1ZHAA 3GNNA 5I3GA 3UNDA 4N9EA 3LCXA 3NQ7A 3PUDA 3EWYA 4MLRA 3M5VA 2J88A 2RH9A 1B9BA 3UPWA 3DBPA 5BW6A 3I65A 2J6XA 1J4EA 3BARA 1LOSA 1L9WA 1YXDA 3NR0A 5A5WA 4LY8A 3FFSA 3L67A 3YPIA 3ZWTA 3BG9A 4PFMA 1W5QA 3W7JA 2WPBA 5D33A 2Y88A 5G2HA 2Y63A 3C0JA 1RQBA 4UTWC 2WJZA 3LCIA 2Z6IA 4GWEA 1Z41A 2A85A 3LXAA 1OF6A 4K7YA 5AFDA 5I3JA 4FNPA 3EXTA 5F2LA 4FXSA 3W9ZA 1ZAJA 1L6YA 1DORA 4AHPA 1MEWA 4E2DA 4NQ1A 1RZMA 4FNUA 2VFGA 2X1SA 1S3HA 2C19A 3PBYA 3W1MA 5F1UA 2ZQ0A 1H1ZA 1TMHA 4GRSA 4N9BA 1EUNA 5I3KA 2TSYA 4O52A 2CLEA 5MHBA 1TTIA 1G4SA 3BW2A 3MP4A 4UTLA 1I2PA 3BW4A 2ZCGA 1Q6OA 2HTMA 1QO5A 4O14A 5AHEA 3EX1A 3OHIA 4IGHA 4M6VA 3VE7A 2RKXA 3O1NA 2QUTA 2YPIA 4FXRA 4XUGA 5D09A 1H1YA 3MHUA 3NL5A 3P5ZA 3TC6A 3FJLA 3EWWA 3HG4A 4KWWA 4EIVA 5DBTA 4YWIA 4O15A 2A7NA 3SIZA 4OWGA 4EOUA 4C1KA 3LHTA 1EB3A 5CZTA 1IIHA 2FIQA 3G3DA 4PC8A 2J27A 3RK8A 2P1FA 3MP5A 3TMLA 4JNMA 3BLEA 3WK1A 5KTLA 2VFEA 4HNVA 2FFCA 1FWTA 5CKSA 1GTHA 2TYSA 1PV8A 1SO3A 2Q8LA 3JR2A 2CLIA 4MPQA 2H3DA 3D0CA 4L4MA 3P7YA 1EA0A 1K3UA 1QAPA 1VPXA 1VHCA 3L0KA 1CI1A 3BG3A 4NVTA 1HO4A 4Y90A 2ISSA 4WY0A 1C29A 4FEZA 3W1LA 4LWWA 3SY5A 2DZWA 1SFJA 4O54A 3NQAA 2ZA1A 4BR1A 3IVTA 3LHZA 2J24A 1XBVA 1VYRA 2DZSA 4Q32A 3E96A 5AHFA 4ZL1A 2JGYA 3GDKA 1AW2A 1JCLA 3NQDA 5C54A 2G96A 1KV5A 2EKCA 3SZ8A 4DEFA 3I68A 1KM1A 1W1ZA 4YL2A 3HGJA 3MBFA 2CLFA 1XDMA 2NZLA 4M6PA 3HBLA 2I9EA 3L5LA 2VELA 4HHPA 2FPVA 4WX2A 3QPYA 1DQXA 2A0NA 1JULA 4PA8A 3HB9A 4FIRA 1XDLA 5ABTA 4IXXA 1ME9A 1EP3A 3ABSA 1SW0A 1TTPA 4CQ9A 1DQWA 4OU1A 2ZZ3A 2ISWA 2VEKA 1EIXA 1QPNA 3ATYA 4RX0A 3W2UA 2XN0A 3S5OA 3C61A 3UXDA 2VKZG 1B4KA 3DXIA 3M7WA 1M7PA 1B4EA 4JS3A 4A22A 4HN4A 3MWAA 1HL2A 4IOTA 3T40A 2PC4A 3W2LA 1PCWA 5J5DA 1J2WA 3EWZA 3O6DA 1XBYA 2VFIA 4I7VA 5FF2A 4JTSA 4QISA 1QCWA 3O8AA 1LLWA 4BWLC 1A5CA 2WSQA 4RXFA 5F2MA 1FCBA 1GG0A 4WXYA 2E6DA 1R46A 2WNQA 1SU5A 2EPHA 2WV8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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