1GEQA

Entropic stabilization of the tryptophan synthase a-subunit from a hyperthermophile, pyrococcus furiosus: x-ray analysis and calorimetry
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
248
structure length
241
Chain Sequence
MFKDGSLIPYLTAGDPDKQSTLNFLLALDEYAGAIELGIPFSDPIADGKTIQESHYRALKNGFKLREAFWIVKEFRRHSSTPIVLMTYYNPIYRAGVRNFLAEAKASGVDGILVVDLPVFHAKEFTEIAREEGIKTVFLAAPNTPDERLKVIDDMTTGFVYLVSLYEIPKTAYDLLRRAKRICRNKVAVGFGVSKREHVVSLLKEGANGVVVGSALVKIIGEKGREATEFLKKKVEELLGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Pyrococcus furiosus
publication title Entropic stabilization of the tryptophan synthase alpha-subunit from a hyperthermophile, Pyrococcus furiosus. X-ray analysis and calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA-SUBUNIT
total genus 88
structure length 241
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2000-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1geqA00
3GXPA 1KFCA 1OFEA 1TCDA 5AYXA 4NXSA 3EXRA 4LY8A 4IX2A 2NWSA 5LNWA 1LOLA 5DXYA 3QZEA 2DP3A 1SZEA 2X2GA 2EPHA 5AHIA 5F1VA 2H8XA 3UD6A 4JGDA 4EF9A 4LVGA 3ZWSA 1RR2A 1R2RA 5I3HA 2ZA3A 2JKAA 1D3GA 1ZAIA 2AGKA 2V8ZA 4JD4A 3PULA 4G1KA 5D03A 3B0VC 4IWWA 3PWAA 2QEZA 1O4UA 3W1NA 3ATZA 2JK2A 2Z0IA 4MLJA 3EXTA 3UWWA 3IRDA 1SZGA 3G18A 3IGUA 5BRBA 1SUXA 1DVJA 3LLDA 3G1AA 1L9WA 2B7OA 1XKYA 3NVTA 1XUUA 1S5TA 3I7SA 4I7UA 4M7SA 1WAUA 3C2EA 4S2BA 3G22A 1X7FA 4RLIA 2QAFA 4UR7A 3W71A 3LBMA 3RFAA 4TR9A 3RK8A 1RQEA 3LLFA 5CPLA 4GFSA 5G1YA 1B57A 3PC0A 4NXKA 3P80A 4UR8A 1W1ZA 3BV4A 3BW2A 2C3ZA 3PB0A 4R53A 1QCWA 4UMBA 1VPXA 4UNKA 1TRDA 1HUVA 3LTYA 4PODA 2I14A 4O19A 2YW4A 1QPOA 1B9BA 1GZGA 1JVNA 4IJBA 4Z1AA 3W87A 3LTSA 5C6MA 2TMDA 1IXQA 3Q58A 2NXIA 2QCDB 3KOFA 4NNAA 3U6WA 3NL2A 3EWBX 3M9YA 2Y62A 3PBUA 4FNPA 5D2XA 1LROA 4GJ1A 3P7YA 4LVFA 5I3FA 5HNRA 5EBUA 4MIMA 2VFIA 1GYNA 1XL9A 2NX1A 1PHWA 1I2QA 1TTQA 4IUOA 1VH7A 3HGOA 4JX5A 4NX0A 5KSWA 2NXHA 1UUOA 5DCEA 2ZQ0A 3NQ7A 4D2JA 1RV8A 4R7JA 4CNNA 2H90A 1DQXA 2ZZ6A 3IEBA 2BZNA 3A21A 3P5ZA 4PA8A 5E93A 3UXAA 3W7HA 5I3JA 4ZQCA 3W2KA 1AW2A 5LNSA 1JULA 4O50A 1I45A 3NQGA 1YLVA 1YTDA 4RCXA 4OV4A 4N9CA 2Z6JA 3C2FA 2RKXA 1JQXA 3W7QA 1G7VA 4ZQNA 3BG5A 2C15A 4QISA 4LC6A 1M5WA 4TMBA 1F6KA 4IXXA 2J9ZA 4NT0A 1XM3A 1JCLA 3O6DA 1F76A 4Z1DA 2B4GA 3HMJG 3MI6A 4I7WA 2V82A 1NAL1 2WV8A 4H4IA 4QNEA 3TDFA 2PRHA 3GAYA 3UY7A 2F7FA 4YCOA 4LS1A 4YLWA 4GUGA 2V81A 2NUWA 5K3VA 4DEFA 5HQEA 3CT7A 4UFHA 4X9SA 2WSYA 3GDTA 1LRQA 3TROA 4O4VA 3UWVA 3C61A 3OVQA 3KRUA 5IBXC 3S1WA 3QW4B 1YPFA 4LUIA 2PURA 2ZTKA 3GX9A 1ALDA 2QDGA 2HS8A 2Z6IA 1ZJIA 2VFEA 3QMRA 4S1FA 4IMFA 3N34A 4XKYB 3W7MA 4DELA 3HPZA 1PHQA 2JGQA 3W23A 3OVRA 3QQ0A 3C2VA 2BX7A 4IQLA 1QAPA 1UBSA 3W70A 3W2JA 4N6EA 2W79A 2DJXA 2VC6A 1SO3A 3S42A 1LCOA 3LM7A 3C2OA 2EKCA 1VS1A 2YSWA 3LHYA 3Q37A 1G4TA 3LDVA 3UWZA 3SIZA 4EVZA 1R47A 4IGHA 4QAIA 3DHDA 2JGYA 1OF8A 2RDUA 4AB4A 1VYRA 3EX6A 1RPXA 2F84A 1T96A 3TQVA 1Q6RA 3QM3A 4MFDA 4QSHA 4WXZA 5LHEA 4JTUA 2Q8ZA 3ABSA 1WQ5A 1EX5A 5I3GA 3L5LA 5FF0A 1OFPA 1C8VA 2ZBTA 4HNNA 3CIWA 1GVOA 4OWGA 4IX0A 2CLKA 4MY8A 3OVPA 1V7YA 4FX8A 3WJWA 4O8RA 4GC4A 4OHQA 1WBHA 3NG3A 3M1ZA 4UFLA 1I4NA 1TRIA 4JXCA 1P0KA 3N73A 5BMXA 4AWTA 2AQWA 4CNOA 5D38A 1OABA 1Q6LA 3WJSA 4JDYA 4KFOA 2QAPA 3HPXA 4MFEA 1OYAA 1A53A 4M6QA 1C29A 3FKRA 4W9TA 4IMDA 4IXHA 3NPXA 3O63A 1F2JA 5E1QA 1PS9A 3A5VA 4E2BA 3DBPA 1K8YA 3W2NA 3GNNA 4RXFA 3TW6A 1WA3A 1YTKA 5AHFA 1Z41A 2H8ZA 2OCZA 4QIUA 3PBWA 2X1RA 2QCDA 1SSGA 3NPVA 3NNTA 1UB3A 3STEA 1AL7A 4NJIA 4RZ4A 4Z1BA 2DORA 1PL9A 1OFRA 3CC1A 3EB2A 4LW7A 2ZTJA 2Y85A 4NZJA 4ZQRA 3TXZA 3LI0A 4ZQMA 1U5JA 1QWGA 3LOTA 1FCBA 4Q33A 4UTKA 2ZRUA 3CWOX 3NQEA 2X1UA 4JYFA 4K37A 1OFAA 4BWLC 2ZCGA 1H7NA 2NUXA 4UFIA 4MJMA 3YPIA 3HGSA 1TO3A 1DOSA 3LV5A 1X8FA 5FF4A 3MO7A 2Y7DA 1FDJA 2ABBA 3PBVA 1RD5A 1O95A 3W2LA 3MYPA 4O1BA 2YFOA 1QOPA 1SW0A 1EUNA 2ZA1A 1JCMP 1PE1A 4E2DA 1DKWA 3CPRA 4DXVA 4NZFA 2DZTA 1LBLA 1PVNA 2C14A 2AAMA 2XN1A 3O06A 3LXAA 5F2IA 1WBJA 2E5DA 3WK3A 2CLHA 2V0TA 3I6RA 3O16A 3S5ZA 4UCGA 3L0NA 1MO0A 1L6WA 3NQDA 2FQIA 2B0MA 4O28A 2V9DA 1DJQA 1FWRA 4JIQA 4N6FA 4UTTA 1NF7A 1YADA 1GTEA 4YL2A 3DFQA 3HG5A 4FNSA 1W31A 5E0KA 3QYQA 3NGJA 3RNDA 4O18A 2QCFA 4JYEA 3IGSA 3KRZA 5D33A 5HWJA 4TX9A 1ME9A 3W7PA 2WSQA 1DJNA 2GPTA 3STCA 3BG3A 2V2DA 1TPH1 2FJKA 4XKYA 3KVJA 1JCNA 4XTIA 3QSTA 1HO1A 2ABAA 3STGA 3R12A 2P10A 3DI1A 1J4EA 2X1TA 4UMCA 4N9EA 3BK0A 1KM6A 1MEWA 3NAVA 1F74A 4KFNA 1EUAA 4RXGA 4NQ1A 1CX9A 5H2ZA 5CZTA 4CCDA 4M6VA 3TC6A 3NL3A 5F1UA 3BLFA 2FPYA 2DZWA 5CZJA 2Y7GA 3UWQA 1LOQA 3W1LA 3L5MA 4E0CA 3B0PA 4LV4A 3S8HA 1FXPA 1N8FA 5KZMA 3HO8A 3KX6A 1TQJA 5AC7A 3BLIA 1ZY9A 3LHWA 4CNPA 1P1XA 3K30A 3TC7A 1VYSX 5AHMA 2Z1BA 3W76A 3HB9A 1AW5A 4JTJA 4JNMA 4H3DA 3WK1A 4MZ8A 1NSJA 3LCHA 1A5SA 3C3NA 4ZQPA 5L9FA 3VNDA 1XFBA 5DY2A 4AMAA 2GVJA 2OJPA 4GUFA 3P81A 2YR1A 5CZ0A 4P61A 1OG0A 4U28A 4DO6A 4Z0JA 5D09A 1B3OA 3GKFA 4MZYA 4OV9A 4BFAA 4ZL1A 4O52A 3PG8A 4OU1A 1MZHA 3NQ8A 1F05A 1FWSA 1TTPA 2PRMA 3IGXA 4RX0A 5BW6A 1KV5A 4N2YA 4A29A 1JUBA 3PSVA 5D30A 1LZOA 4FIRA 2C0AA 1FX6A 3W73A 3LV6A 4GUJA 5AYYA 3U8GA 3T7VA 4GRSA 5CZSA 2ALDA 2FB3A 2YPIA 1YPIA 3FYPA 3W9ZA 4ZVJA 3P8JA 4Z1CA 2TRSA 1LM1A 3QQ1A 5DY3A 2A4AA 4AH7A 1YYAA 1QOQA 3HBLA 2W6RA 2VFFA 3VFLA 1OK4A 4JIPA 3VKJA 3GR7A 3QRHA 3C2RA 3TFXA 3HGJA 2CLFA 4MKNA 3S1VA 2CU0A 4JTKA 1CI1A 2WPBA 2A5HA 3O07A 3ZS4A 1XBVA 3EXSA 1DV7A 1H60A 2VFDA 2Y6ZA 3MBDA 3W7RA 4O0KA 1PCWA 3G3DA 1TPDA 3TR2A 4CCCA 2VFHA 2WKJA 4UTIA 4LOCA 2OX1A 4BI6A 1XC4A 1HO4A 5HWNA 2B7NA 1ME8A 1AL8A 3TV8A 4YCPA 1G69A 3L9CA 1T8XA 3NXFA 4NJJA 3GXTA 4ML9A 1K7EA 2DZSA 4L4LA 3W88A 3NEVA 1M7PA 3GKAA 4N4PA 3TJLA 3HF3A 1JRBA 2DZPA 3LGEA 3W3OA 5HWMA 2V5LA 4JR5A 1O5XA 3ANYA 4NX5A 2A6LA 1F7BA 1KV8A 3EX1A 1MEIA 4LT9A 3UZ5A 3QEZA 2CZEA 3TSMA 4O17A 3EWXA 4FXSA 5LGZA 3FFSA 3GLCA 3TQKA 4QQ3A 4NJHA 3MHUA 1VYPX 4MZ1A 5EPDA 1RQBA 1ZALA 4A2SA 2J88A 2VELA 3TA6A 2R91A 2CWNA 2J27A 3L65A 3OIXA 3FLUA 2QCCA 1H63A 4NNCA 5BMWA 3WFAA 1NEYA 3IIZA 1SW7A 1GVSA 1OF6A 3O8AA 3WK0A 1F5ZA 1LDCA 3UWUA 4X22A 1QO5A 4KKXA 1EB3A 2TSYA 4UNLA 4KWVA 1XBYA 1Q45A 4JTSA 5L6UA 1OYBA 2JKEA 3B04A 4DPPA 3INPA 5LNVA 3R13A 1T0OA 5FESA 2E6FA 1KM3A 2VXNA 4R34A 3MP5A 3M47A 3LCLA 1BEUA 4YWIA 3GYEA 4UTLA 3W1XA 3W74A 5EY5A 4O13A 1H62A 3BW3A 1DORA 3S5OA 5I3IA 4UXDA 4ICNA 3PS7A 4K39A 2E5BA 4A22A 3HG3A 4WZHA 2P1FA 4RZ5A 5CPOA 2V2HA 5K9CA 3L5AA 3DKLA 2NWRA 2BSLA 2X1SA 1KLZA 1EEPA 4LRTA 2QCMA 2ZRVA 2VOMA 5AYZA 1H51A 5DCDA 4QJ1A 3N2MA 7TIMA 4HNVA 2CW6A 3SJ3A 1SZNA 3MW7A 3LERA 5J5RA 2R8WA 3UPWA 1JCYA 2NV1A 5C54A 4BR1A 1PIIA 2DZXA 2W0UA 3NR0A 3W7LA 4N9BA 3C56A 3H55A 3F4WA 2E6AA 3SFKA 1HFBA 1OVDA 3LRKA 1ME7A 5D2WA 1M7OA 5FF7A 3A9IA 3IVSA 4LWWA 4AWSA 3W85A 2BTMA 1EWEA 1L6YA 3PB2A 3P5YA 3NQ2A 3G1SA 3FOKA 2ZFAA 1LORA 3NYZA 2E77A 1OFDA 3T44A 3LI1A 5AC8A 3GDRA 4GE8A 3NL5A 1WOAA 2BWGA 2V30A 4PEKA 1KBJA 2DJLA 4TO8A 1H1ZA 3WJXA 3N19B 1FY6A 5D2TA 3RU6A 2TYSA 3DXIA 5EL1A 6TIMA 3C52A 1H61A 5G2IA 4GUIA 3C6CA 1KW1A 3NM1A 1J5TA 1OFBA 2CZ5A 2I9EA 3NZ1A 4MPQA 4PC8A 2DU2A 2Y70A 3DFPA 2VENA 4LV9A 4UMAA 2FFCA 3SI9A 2ZRXA 3CLMA 2C13A 3BPWA 4L4MA 1LP6A 3FEMA 2ZDRA 2VEPA 3PAJA 3TU9A 4XQ6A 5F2GA 1VR6A 4B5NA 3WK2A 4UTWC 3FA5A 3CM4A 1G6CA 3OEXA 3MHFA 2Y63A 1R30A 3UY8A 4U4MA 4AHOA 3FKKA 2CLMA 1GJPA 4MY1A 4DF2A 1IIHA 1I2NA 5TIMA 3JRKA 3SY5A 1SPQA 1OFOA 5T26A 2QR6A 3BVJA 5F2LA 1TYGA 2NUYA 1K3UA 1Q6OA 1DHPA 4YMZA 4MUZA 2VFGA 4XBSA 3PY2A 2ISSA 5MHBA 3OA3A 4CQ8A 3O6CA 1EP1A 3EX2A 4JY9A 3W22A 3TW7A 3QJAA 1THFD 2CFFA 5TQLA 3MHGA 4AF0A 1FBAA 1VCFA 1A50A 4AHQA 4AHPA 2GUUA 2CLEA 3HPSA 5HUPA 1LLWA 4X2RA 5U7SA 4QITA 5K4ZA 1U83A 3W72A 5F4SA 2C6QA 4WY0F 1AK5A 4A21A 3Q2DA 3C4UA 2QUTA 3TXVA 1UCWA 2QCHA 3A23A 1ICPA 1IIGA 3T40A 1OX4B 3GAKA 2GJLA 4O15A 3LHZA 5G4EA 3KHJA 1W5MA 3BARA 3CU2A 3P62A 4H6KA 3VCRA 1FUYA 3R5EA 4RV8A 3N2XA 3MUXA 1IGSA 4C1LA 1KFLA 3THAA 3BGJA 3M16A 2FTPA 2Y7FA 2QDHA 3T55A 1UASA 4WY0B 4A2RA 1GG0A 4FEZA 5CKSA 3CB8A 4O1CA 3KVKA 5FI8A 1AW1A 5KINA 3KFTA 5FEWA 1LOSA 1IXPA 2G96A 3CIXA 1TB3A 2GVGA 1VCVA 1VLIA 2PCQA 4FF7A 4X3ZA 1MXSA 3WJYA 3DZ1A 2P0OA 5IBXA 3W2MA 3THQA 3BLEA 3F1QA 2OMAA 2ZZ2A 3N9SA 3UYCA 1YDVA 5LNUA 1OFQA 3LHTA 4GUHA 4J9JA 2QCGA 1W8SA 1KFEA 3M41A 4PH6A 1MEHA 3VE7A 5F4XA 3EWZA 3HOJA 3IIVA 4UTJA 1W5NA 5C2XA 3W86A 3QF0A 5H91A 1QMLA 4UFMA 3O15A 3LRMA 3SR7A 1K02A 1ZENA 3M0ZA 1EA0A 4MOZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XVN A;  3N4F A;  5AYX A;  4IX2 A;  5LNW A;  1LOL A;  4PUL A;  2X2G A;  2ALR A;  4JGD A;  4I8D A;  1MVY A;  4O0Q A;  4H01 A;  4EAM A;  1GJU A;  3ITV A;  3W4R A;  4XZB A;  1HX0 A;  3M0L A;  2QEZ A;  3FSU A;  3R8G A;  2Z0I A;  3MUA A;  1FHV A;  3UR8 A;  4I6K A;  3TQP A;  4YVV A;  3EBV A;  5TAO A;  5J8L A;  3LMY A;  2DUZ A;  2PPG A;  1R6W A;  5D9O A;  3WF3 A;  1KFW A;  2POD A;  3AQU A;  4HJW A;  3C2E A;  3GIQ A;  1X7F A;  3D3F A;  4RLI A;  2QAF A;  4UR7 A;  4E5T A;  3RK8 A;  4TR9 A;  3IK4 A;  7REQ A;  4PEE A;  5G1Y A;  1YQ2 A;  2CBV A;  2ACS A;  3TZN A;  3BW2 A;  3PB0 A;  3TYC A;  1BHG A;  1QCW A;  3TA9 A;  4H7Z A;  2XIJ A;  3PAN A;  1DWJ M;  2IKI A;  1OIN A;  3FK4 A;  2D3N A;  2YW4 A;  1KRA C;  1JVN A;  4IJB A;  3T8Q A;  5C6M A;  3SQS A;  2QCD B;  2DGA A;  1EL3 A;  2UBP C;  3U6W A;  4L1X A;  3VFC A;  1E71 M;  3VDB A;  4FNP A;  4MNL A;  3W29 A;  2A3H A;  4LVF A;  3WQW A;  1GW9 A;  3HPA A;  2HPM A;  2OLH A;  3BMW A;  1VH7 A;  1DED A;  1V0M A;  3HGO A;  4JX5 A;  4GVH A;  4NX0 A;  5KSW A;  4D2J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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