1GG1A

Crystal structure analysis of dahp synthase in complex with mn2+ and 2-phosphoglycolate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
343
structure length
339
Chain Sequence
DLRIKEIKELLPPVALLEKFPATENAANTVAHARKAIHKILKGNDDRLLVVIGPCSIHDPVAAKEYATRLLALREELKDELEIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHMDNSFQINDGLRIARKLLLDINDSGLPAAGEFLDMITPQYLADLMSWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGTIKVAIDAINAAGAPHCFLSVTKWGHSAIVNTSGNGDCHIILRGGKEPNYSAKHVAEVKEGLNKAGLPAQVMIDFSHANSSKQFKKQMDVCADVCQQIAGGEKAIIGVMVESHLVEGNQSLPLAYGKSITDACIGWEDTDALLRQLANAVKARR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from Escherichia coli: comparison of the Mn(2+)*2-phosphoglycolate and the Pb(2+)*2-phosphoenolpyruvate complexes and implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-DEOXY-D-ARABINO-HEPTULOSONATE-7-PHOSPHATE SYNTHASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 120
structure length 339
sequence length 343
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2000-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1gg1A00
2ZZ3A 3MHUA 2DORA 2V9DA 2QCDB 1Q6RA 2ABBA 1TCDA 4POCA 1H1YA 3M5YA 2ZFAA 4UR7A 1KFJA 1ZCOA 2QKFA 3NZ1A 4XKYB 4NJHA 2ZZ4A 1MEWA 4OWGA 2G96A 3A22A 4GWEA 1W5OA 1XI3A 3FEMA 1XCFA 3NXFA 4FNQA 2P0OA 4NJGA 3KVMA 3QF0A 1G4EA 4CQ8A 3TX9A 3R8RA 3ZFHA 1XUUA 3TW7A 5HJLA 5LNUA 1NSJA 3LXBA 4OE7A 3NL2A 1IF2A 4X3ZA 3L2IA 3FJLA 2NZLA 1LRNA 3VE7A 2PCQA 2AQWA 4LT9A 3P81A 1F2JA 4OU1A 4DF0A 3LRLA 5LSMA 2X1TA 2BTMA 2WNQA 1QR7A 1W1ZA 1AW2A 3M5VA 5LHEA 1LOLA 2ZBTA 3BLEA 4UUIA 4JTSA 3LHTA 5BOOA 3NL5A 5BMWA 1T99A 4AWUA 1PVNA 3KHJA 1SZFA 3O06A 3N2XA 1QFEA 1FQ0A 2FDSA 2A21A 3UWWA 1ZAHA 1ADOA 2V0TA 3NQAA 1VYPX 1ZENA 2FIQA 2Y88A 3NPWA 3QYQA 4MVAA 3TK7A 4LS0A 3UNDA 5G2IA 4O17A 4FIRA 4GUGA 1RQHA 1IIGA 2YW4A 1M6JA 4WX2A 1TTJA 5G2HA 2QUUA 1U5JA 4O8RA 4QJ1A 4JN6A 4JEQA 4I7UA 3TQKA 2EKCA 3LCWA 3UZ5A 1XBZA 4JR5A 4M6QA 1XUZA 3W2MA 4QITA 3TSBA 1RZMA 2QDGA 5FF3A 2B4GA 3M43A 3HGJA 5E0KA 1DOSA 3E0IA 2V30A 1A5BA 1G6CA 2C18A 2JBMA 4ZQNA 4DXVA 4Y8FA 3GXPA 3NDOA 4JTGA 1JCLA 3W7IA 4RZ4A 5IBXA 4GXMA 5EBUA 5F2IA 1KBIA 1RD5A 1H61A 2VOMA 2GVGA 4A2SA 4ORMA 4O12A 2RDTA 4R7JA 2ZRXA 3HG2A 3QJAA 3G8RA 4UTTA 3BW4A 3BO9A 3USBA 4XTIA 3I7RA 3G22A 4WXZA 3UWQA 4AWSA 2YGYA 1JRBA 1GPWA 5HUOA 4A2RA 5KTLA 2ATSA 3H55A 3TW6A 4O0ZA 1KFBA 3MHGA 4IMFA 3TXVA 3PM6A 4B5NA 2Y7GA 1BKSA 3A23A 1OF8A 2W0UA 3GAKA 1FWWA 3UYCA 1KTNA 5D38A 3DFOA 5AHLA 5AHNA 1KFKA 4FB7A 3BARA 3G1FA 2G97A 2FPTA 1SO4A 3PR2A 2WKJA 3P60A 2E09A 3LV6A 1XL9A 4PTNA 2FPVA 4UTUA 3UQNA 1FWSA 1TTQA 1Q3NA 5EKYA 3QQ0A 3DKJA 1GVSA 4MFDA 2EF9A 3VCRA 3O6YX 5HULA 5EYWA 1KFEA 4JTTA 1OX4B 3P67A 3LHUA 3IVSA 5E1QA 2YFNA 1VCFA 4OT7A 3UWZA 1OYCA 1AL7A 4QNWA 2TSYA 2D73A 3LERA 1JCNA 1UJPA 3HG5A 3W7OA 4ADUA 1WQ5A 1DJQA 2C3ZA 3NPXA 4NZFA 3GDMA 4P2VA 3UZJA 2CZFA 1KLZA 3B8DA 1LBFA 3LCIA 4UNKA 3CQ0A 2O7SA 1ICSA 3N3MA 3WK2A 3NR0A 3E12A 4O52A 5CG7A 1P0KA 3W71A 4HN4A 1O5KA 5DXXA 2CZ5A 4FNPA 3IIOA 1G4PA 3CTLA 1WOAA 1GG0A 3HPXA 1KM1A 3G24A 1BWLA 5F2MA 1RR2A 4HNUA 2WSRA 2BWGA 3NAVA 1WBHA 5G4EA 2VFDA 3MI6A 3SI9A 4GJ1A 3SY5A 2J6XA 3G1AA 4JTKA 2DZTA 3BW3A 3JS3A 4NNCA 1H60A 4K36A 2F84A 4LOCA 4DO4A 1K7EA 3QQ1A 1KFCA 1TJPA 5DXYA 2RKXA 1SZNA 2EPHA 2WOQA 3GNNA 2Y85A 4UC5A 1FCUA 1PCWA 4JX6A 3TFCA 2BLEA 1ME8A 2Y89A 1PL9A 4N9DA 1X1ZA 3PBVA 5T26A 3OVRA 4KKXA 1VCVA 2Z1BA 3K30A 5C2XA 4PFMA 3NVTA 1GQNA 3LHYA 1TPDA 2C6QA 1KTBA 3DI1A 4JY8A 2CLLA 1XDMA 2HMCA 4IQLA 4XZ9A 4WOZA 3EKLA 3W1AA 3NQEA 5AFDA 1YTEA 4JTUA 1IXPA 1LDCA 2RDUA 1H51A 2H8ZA 1R47A 3W7MA 1BWKA 2GQ9A 1B9BA 5F4WA 4LVAA 3B4UA 3B05A 2A0NA 5L6UA 2J88A 2HS8A 5TBOA 1VRDA 3G1XA 3TQVA 3SECA 1ONRA 1IXNA 2C19A 1M7PA 1ALDA 1RQEA 4QSHA 5KINA 5KMYA 2OX1A 1K7FA 1WBJA 4ZZ9A 3V75A 3INPA 4NXKA 4FEZA 2NUXA 4E2BA 4RXFA 1T0OA 2YXGA 4LS1A 5LGZA 1LRTA 4HPXA 3M41A 3RLUA 1IIHA 1EUNA 1IGSA 1LLWA 1Q6LA 2VC6A 1TB3A 1H63A 5I3HA 5DN1A 2DP3A 4JTJA 3HF3A 1ZFJA 1OX6A 2Y6ZA 3RFAA 3RLVA 1OFOA 3B0UX 4RKAA 8TIMA 1H7RA 1R2RA 1OYBA 3DBPA 4EIVA 1IXQA 3LRKA 1JCMP 1U83A 5HQEA 4O1BA 4AHPA 4XTDA 1B4KA 2E1DA 1ZAJA 4K7YA 1LBMA 3BLFA 4L4LA 2QDHA 5D2YA 4FX8A 2WQPA 3Q2DA 1JCJA 3GIYA 1EA0A 2A7PA 1EWEA 4GUJA 3PG8A 1UUMA 1OABA 1YTKA 3I7QA 1Z41A 1PE1A 4CCDA 3WJWA 4O4VA 3MP3A 1LRQA 1R46A 3C3NA 4FNSA 4O15A 1JUKA 1DV7A 3DHFA 3FLUA 3FYOA 3HMJG 1JQXA 4UTWA 1YDOA 2V81A 3TCEA 3QFEA 1CI1A 3MWAA 1SU5A 1F7BA 5I3IA 4GC4A 4O18A 3NPVA 1P4CA 1WOBA 3L68A 5I3FA 4ORIA 4UR8A 5HINA 5FESA 2GUUA 3IIVA 5H2ZA 3N19B 3KXQA 4ZQRA 4NVTA 1NEYA 1TQJA 5IBXC 1W54A 5D32A 5GVJA 5TQLA 2O7QA 3T7VA 3TSMA 3W1MA 1WDWA 2Z2UA 2Y7DA 2FB2A 5DBUA 4UTTC 3S8HA 5AN7A 4IOTA 1DQXA 4JNMA 3LX9A 4IMEA 4K37A 5EY5A 4ZQOA 3QC3A 3SGUA 2V8ZA 5CPOA 1H62A 3ANYA 1ZAIA 2GQ8A 3W1PA 2V5BA 2QCDA 4JTHA 3LBMA 4WZHA 2PURA 2JKEA 2E6YA 2OT1A 4G1KA 3OBKA 2YX0A 4XKYA 1TPUA 3UWVA 3NQ2A 4UTKA 4LU0A 1B57A 1XFBA 1D3HA 3R89A 2OT0A 1J5TA 5K7JA 1QO2A 4NX0A 1UB3A 3G3DA 5CPLA 6ALDA 4JDYA 4RR4A 4M6PA 1O4UA 3VI2A 4M7SA 2Q3OA 2TMDA 3FOKA 4WD0A 3W7KA 5CKSA 1O95A 4AVFA 1FXQA 1KV8A 1AG1O 1Q6QA 3T44A 3NQ8A 5BRBA 1QNVA 4PCFA 1LLZA 5FF2A 5D2WA 3UPBA 1GOXA 1Z44A 2IQTA 5DY2A 3TFXA 3B06A 2V2HA 4UMBA 1KM3A 6TIMA 4O1DA 3BPWA 3KRUA 3PVFA 4AXKA 3NNTA 3FS2A 3TR2A 1VR6A 1TV5A 1VC4A 2TYSA 3NQGA 1QPOA 4DO5A 3SIZA 4HNVA 4OGZA 1OK6A 3A21A 4O50A 3RNDA 3TV8A 5SWUA 4E2DA 2Q3RA 3TUUA 1Q45A 1B3OA 2VEMA 1H1ZA 5D02A 1W56A 1L6SA 3EXSA 3WK0A 1W8SA 2OMAA 1DHPA 1RVGA 2QUVA 3E96A 1K8XA 5F2GA 4FX7A 3NG3A 3BK0A 3IVUA 1JCXA 1VHCA 3UD6A 2I9EA 2H90A 3C8FA 3P7YA 1VS1A 3MUXA 1CW2A 2BXVA 4I7WA 2VEIA 2F7FA 5BNKA 4BI7A 3HGRA 3W85A 1O60A 1TYGA 4UFJA 1QPQA 4DPPA 3P82A 3W84A 1HFBA 4TR9A 3R12A 4XQ6A 1OJXA 3GDRA 1SW3A 2CLFA 3HPSA 4HT3A 1G7VA 3RF9A 3C0JA 4Q33A 1WX0A 5F1VA 3S5OA 1LYXA 3O07A 4UTHA 3ZWTA 1LZOA 3BV4A 3THQA 4CQAA 5AB3A 1HL2A 1LBLA 4EVZA 4IXXA 5D33A 3W7LA 2CWNA 3STEA 1UBSA 3PG9A 4IMCA 3KX6A 4NQ1A 3W74A 1GYLA 1S5WA 3TAKA 2B0MA 1F6KA 4TMBA 5H91A 3TNOA 3DI0A 4IPJA 3MI2A 4QQ3A 1TO3A 4QIUA 1SZGA 3LLFA 4EWND 7TIMA 3H53A 5G2WA 3OVQA 4AAJA 5BW6A 2Z6JA 1EPXA 2GOUA 4MYAA 4XBSA 3PY2A 3R2GA 1TJRA 4OHQA 1XBYA 2DZVA 3GDLA 1O94A 3ABRA 5DBTA 5J5RA 2QAFA 3KVJA 2E68A 3STCA 2YR1A 4IX2A 2QCLA 1NF7A 2A7RA 3PSVA 3LHVA 2ZYFA 3A5VA 4LY8A 4NNAA 1P1XA 5DCEA 3UY8A 3V1PA 4J9JA 3GX9A 3WJXA 3M16A 3L5MA 4HSNA 3W1UA 3M6YA 4NU7A 2QCMA 2GQAA 3S1WA 3CM4A 2JK2A 3GXTA 3L21A 4MFEA 4O19A 3IRDA 1N7KA 1FY6A 3THAA 3MYOA 4JY9A 3FFSA 4PH6A 1OVDA 4KFOA 3W3OA 2ZA1A 4O14A 4A21A 2EGZA 3M44A 3H54A 1FCVA 1TPFA 1QDSA 1GVFA 2B7PA 3P80A 2NWSA 4LW7A 1QMLA 2CLMA 3QZEA 4OBTA 3W1QA 1ZALA 3HOJA 3R13A 2UV8G 4FO4A 3C2VA 2X1SA 3EX2A 1GJPA 2QJGA 1NF0A 2R14A 3KOFA 3LV5A 1OX4A 3BG3A 4L4MA 1EIXA 3OEXA 3QH2A 4ADTA 1F5ZA 2YDAA 2A85A 3N2MA 5F4SA 5L9FA 1VHNA 3KVKA 4D2JA 1TTIA 2QJIA 3QSTA 4UIOA 4PODA 1HO1A 3LM7A 3W9ZA 3UXAA 1ICPA 1KM2A 3N9RA 1PS9A 4BWLA 4JYEA 1JULA 3HG4A 3EWYA 5LNRA 1OK4A 2B7OA 4IXHA 1LOQA 2R8WA 4CLMA 2NX9A 1OYAA 2YSWA 4HPJA 4RV8A 4ICNA 4WXYA 5AC8A 1C8VA 2OCZA 2YZRA 4A22A 2C1HA 1DKWA 2J27A 4LTSA 1W5PA 2QCHA 1ZY9A 3S42A 4GRSA 3FKKA 1MEIA 1H7OA 2I14A 3AJXA 1V7YA 4KFNA 4ZQCA 4C1KA 4YXGA 4BR1A 2PRMA 4UFHA 1T96A 3QPZA 1N8FA 2QCCA 3CB8A 5FEZA 3M47A 1GVRA 3UWUA 3I7SA 5EL1A 4NJIA 4HSOA 4DO6A 4LRTA 3DENA 4H6KA 3NQVA 4HNTA 2JGYA 3BGJA 3CEUA 4S1FA 5G5IA 4ZVJA 5EPDA 2ZZ5A 1WA3A 4EF9A 3NQMA 3EWWA 3W23A 3O16A 1A50A 3HJZA 1Q6OA 1I4NA 1QPNA 2WV8A 3P8JA 3SZ8A 4CNOA 5CPNA 4JIQA 2W6RA 1C9DA 3L0GA 3MI3A 1VLWA 5G4WA 4PL1A 3CWNA 2NV2A 1N55A 2DZUA 1FUYA 4WY0A 2E6AA 3C2OA 1S5VA 3GYEA 5TIMA 4GE8A 1FWRA 3ELFA 1EUAA 3BGGA 4NX5A 3VNDA 4JX4A 4LC6A 4MLJA 1MO0A 1W5NA 4N4QA 4GUIA 4TIMA 5D2XA 2ZCGA 1L6YA 3N34A 4CQ9A 3L0NA 2LLEA 1L6WA 4JICA 1AMKA 3W87A 5LZLA 3P8IA 4K7VA 1YADA 3CIXA 4H3DA 4Z08A 3TXZA 1H5YA 3W1LA 1W3NA 1X8FA 2E5DA 1QO5A 1VYRA 5KZDA 2DJXA 4IGHA 4DEFA 1XBXA 3LB0A 2WPBA 1TQXA 3ABOA 3STFA 1GTEA 3LTPA 3RU6A 3C6CA 1FDYA 2OJPA 3B0PA 3CC1A 3E9AA 4JIPA 4O53A 2ZRVA 1VCGA 1A53A 3LHZA 3NO5A 4WY0B 1JJKA 1TV7A 1H7WA 4FNUA 4K8HA 4EOUA 2ISVA 4LUIA 3C61A 3PBYA 1LROA 4DF2A 4MKNA 4S2CA 1MSSA 1HG3A 4JTLA 4QAIA 1MZHA 3L0KA 4CNPA 1XDLA 1J2WA 1TPWA 5KZEA 2BSLA 5MHBA 1B4EA 1GTHA 2A2IA 2YYTA 2Z6IA 4JS3A 5DCDA 4N2YA 3W7PA 2ZZ6A 1QCWA 3LXCA 3ATYA 2P10A 2WO5A 3TMLA 3G0UA 3F1QA 1A5CA 2XFWA 4JYFA 3LCLA 2VEKA 1SZEA 2X2GA 3LOTA 5CZJA 5J5DA 3L9CA 3M5ZA 2FTPA 1UCWA 1AW5A 2CLOA 3MP5A 1SO6A 2NLIA 4HNNA 2PE4A 2X16A 5K2ZA 1XXXA 1P5BA 1EX5A 1THFD 3TH6A 5A8GA 2NUYA 3NPUA 2V82A 4IUOA 2CLKA 4TX9A 3PAJA 5I3GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4I6V A;  5CLT A;  4IGS A;  3E0L A;  1TCD A;  1H1Y A;  3AXK A;  3S2M A;  2QKF A;  3NZ1 A;  2PF0 A;  4XKY B;  1Z32 X;  1MEW A;  3UEQ A;  2E9B A;  2G96 A;  4I9J A;  4GWE A;  3UXK A;  4Q7B A;  5TD4 A;  3QLL A;  2P0O A;  2VR5 A;  4BQ2 A;  3QF0 A;  1G4E A;  2PDC A;  3R8R A;  2YCJ A;  1K9F A;  1XUU A;  1XH0 A;  3DYO A;  4X3Z A;  4ATL A;  3L2I A;  4EP8 C;  4BF5 A;  3FJL A;  1PWL A;  1LRN A;  4DLF A;  3EPO A;  2D2J A;  2G37 A;  2AQW A;  1BKH A;  4AIS A;  4IG2 B;  1JDC A;  3K46 A;  2BGS A;  2PWE A;  3B40 A;  2BTM A;  2WNQ A;  3NTY A;  1FHU A;  1W1Z A;  1XJB A;  5BRQ A;  3SCQ A;  2PLM A;  2XU2 A;  5LHE A;  3RIT A;  2OEJ A;  1IR1 A;  3WQE A;  4JTS A;  4C6I A;  1WNO A;  1FWF C;  1PVN A;  1CIU A;  1GVY A;  2QHA A;  3O06 A;  1QFE A;  1UZ4 A;  4CQD A;  1VYP X;  3N4F A;  1ZB5 A;  2DQX A;  2YCK X;  4PMZ A;  1OC5 A;  3AXX A;  3HQP A;  1NOU A;  2Y88 A;  3NPW A;  4JFW A;  3ALF A;  2ZUV A;  5G2I A;  4DHG A;  4O17 A;  2CHN A;  4I5R A;  1IIG A;  5G2H A;  4IQD A;  1EL3 A;  1QAS A;  2PFH A;  1I0D A;  1XBZ A;  5BOE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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