1GJP | Genus

Total Genus 115

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	340
structure length	340
Chain Sequence	MHTAEFLETEPTEISSVLAGGYNHPLLRQWQSERQLTKNMLIFPLFISDNPDDFTEIDSLPNINRIGVNRLKDYLKPLVAKGLRSVILFGVPLIPGTKDPVGTAADDPAGPVIQGIKFIREYFPELYIICDVCLCEYTSHGHCGVLYDDGTINRERSVSRLAAVAVNYAKAGAHCVAPSDMIDGRIRDIKRGLINANLAHKTFVLSYAAKFSGNLYGPFRDAACSAPSNGDRKCYQLPPAGRGLARRALERDMSEGADGIIVKPSTFYLDIMRDASEICKDLPICAYHVSGEYAMLHAAAEKGVVDLKTIAFESHQGFLRAGARLIITYLAPEFLDWLDE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	The X-Ray Structure of Yeast 5-Aminolaevulinic Acid Dehydratase Complexed with Two Diacid Inhibitors pubmed doi rcsb
molecule keywords	5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
molecule tags	Dehydratase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	115
structure length	340
sequence length	340
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2001-08-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1gjpA00

2PCQA 4MY8A 3EX3A 1VYPX 3EWZA 1DQXA 3NQMA 4OE7A 1PVNA 1TRDA 3MHGA 5SWUA 5I3IA 3VFLA 2CFFA 5FF3A 4TIMA 4XKYB 3PUDA 5FEXA 3M16A 4FHAA 2AAMA 3N3MA 3HPZA 3GKFA 1LLWA 3EKZA 2A7NA 4ZVJA 3W7HA 4A21A 3P8JA 3STGA 1I8JA 4LNYA 2QCLA 5MHBA 1WBJA 4JTLA 4M19A 5CPOA 4Z1BA 2V82A 4HNTA 1EP1A 4A29A 3GLCA 1ZAHA 1JR1A 5F1VA 4QM1A 4P61A 3PG9A 4ONVA 1ICSA 3O1NA 1FWWA 3OVPA 2P0OA 5LNWA 3CM4A 2VFEA 3B06A 4MJZA 2YFOA 2WNNA 2NUWA 1LORA 1TJRA 4FXSA 3NQ8A 1HG3A 2JKPA 4HSNA 3HG3A 3M5VA 4CNOA 4UTHA 3KVJA 3KHJA 1FX6A 4N9CA 2V8ZA 3WJZA 4TX9A 3S5OA 3MHUA 4UIOA 1E51A 3G1DA 1TRIA 1XBVA 3F4WA 3STFA 1SW0A 1IXQA 1H1ZA 1KM3A 3LCWA 3SW6A 2QCGA 4X3ZA 2PRHA 3N9RA 1OJXA 3TW6A 3EWXA 1O60A 3USBA 1SZEA 1KBIA 4LVAA 4IX2A 4Q32A 2A5HA 1CI1A 3G3MA 4N2YA 4LY8A 3TC6A 3TFXA 4IMCA 1VHCA 3PB2A 1WQ5A 4Z1DA 3DFPA 2C6QA 1KTCA 3DKJA 5LGZA 1S5TA 1RZMA 4HNNA 3DGRA 4HPJA 3QRHA 4FXRA 1QOQA 2NZLA 4LTSA 5D37A 3CB8A 3I65A 3E0IA 2OT0A 3W2JA 1KW1A 5HWJA 1GWJA 3BO9A 1YDOA 3CEUA 5H2ZA 3PULA 3PBWA 1M7PA 1FXPA 3TU9A 3W1TA 4FB7A 3LM7A 4WY0B 2GPTA 3NL5A 1PCWA 1AW1A 3LRMA 2V0TA 2WO5A 3B4UA 3NQEA 3C3NA 5AC8A 1H5YA 1TYGA 1R30A 2Y61A 4AVFA 2ZZ5A 3TAOA 2E5CA 3P61A 3SJ3A 2DORA 2F84A 3G3DA 5G1TA 2WSYA 4DPQA 2VEIA 1B57A 5T26A 3GZ3A 1RD5A 4BR1A 1GT8A 1MEIA 4LOCA 1H7NA 1Q6OA 3M41A 4HIBA 4UTUA 3DFQA 1X1OA 1FCVA 1TQJA 5EPDA 1NFBA 3EX6A 3LV5A 2ZBTA 4AH7A 2Q3RA 1LM1A 2DJXA 3PG8A 3DFTA 5FF4A 2C13A 1TCDA 3KRZA 5CZTA 1FDZA 3DHFA 1OF8A 2B7PA 2QJHA 5FI8A 4IPIA 4LUIA 1XI3A 4O15A 3HGOA 4N4QA 1EIXA 3C2EA 4MLRA 3TSMA 2GVJA 4MYAA 4IOTA 4I7VA 1I4NA 3PBVA 4OHQA 5EYWA 1G67A 2ZRZA 3VE9A 3TC7A 4GUGA 5CZ0A 3Q94A 3OVQA 1DBTA 3WK1A 1QOPA 5HINA 1EWDA 4K36A 2NV1A 4ZL1A 4GNJA 3C4UA 1WX0A 2NUYA 4IXHA 3DAQA 3FYOA 1ZENA 4W9TA 2A0NA 5G4EA 3UPBA 1LRQA 3TJLA 1Q3NA 2YCEA 3NPXA 5AYYA 1UJPA 3TH6A 1CX9A 2VFDA 1G6CA 3IGUA 3TMLA 5D2YA 4FNPA 1YDVA 4LRSA 2QAPA 3RF9A 1D3HA 1SW7A 3BLIA 2ABBA 1MSSA 4KFPA 1AL7A 5FEWA 3NM1A 2E09A 2DZVA 5LSMA 3W1UA 1PE1A 4ZQRA 2QEZA 4DO5A 2V2DA 4UTTA 3W74A 1K02A 3NPVA 5F2MA 5G2HA 3W2KA 1VCFA 2NUXA 4UFMA 2WV8A 3FYPA 2TSYA 3N19B 1SO5A 3QQ1A 2FLIA 4XBSA 1TTPA 4O8RA 2VELA 2FTPA 3GKAA 1H7OA 3R89A 5I3KA 3S42A 3UQNA 1K7FA 4BFAA 2QCFA 5CPNA 1EX5A 3S8HA 4K6AA 2VFHA 3LHTA 4UNLA 1KFLA 1VYSX 3CC1A 3LXCA 2FPVA 3DFOA 4LS2A 2EHHA 2OMAA 4AHQA 3MHFA 4O1CA 4O1BA 1FXQA 3GXTA 3ABOA 2ZRVA 3G1XA 4LVGA 5A5WA 2ZZ3A 4HT3A 4U4MA 5CSSA 4IJBA 3TX9A 1MO0A 1VPXA 4O17A 4QNWA 5TQLA 2QDGA 1VLWA 1SZGA 2BZNA 2H3DA 3P5YA 2YYTA 2ZYFA 2NX9A 2A7RA 3QW3A 1FBAA 3W76A 2FB3A 4ADSA 5HWMA 4IMGA 4JY8A 3L2IA 5U4NA 1KLYA 1J4EA 3PS7A 4WOQA 1SUXA 2RDUA 2G95A 4K38A 3GDLA 1PHWA 2Y7FA 2VFIA 5CPMA 1VYRA 2CZDA 1OYAA 3G1SA 1ZALA 3Q58A 5D30A 4Q33A 2DZPA 5AC7A 3PF3A 2QAFA 5CZSA 3NQDA 1JUEA 1B3OA 4QSHA 3A5FA 3MO7A 2NWSA 1LCOA 1TTIA 2Y7DA 3WK3A 3PVFA 1M7OA 3TAKA 3W84A 3LX9A 4E2DA 2I14A 3LHUA 3ANYA 4O4WA 3A21A 1TIMA 1S5WA 3TMQA 1AK5A 3C56A 4PA8A 1MXSA 3LBMA 2JGQA 3O6YX 3NQVA 2E6YA 3DI1A 3BG9A 2CLHA 4JTJA 4M5PA 5A8GA 3TSBA 5G2IA 4JTTA 3QQ0A 5DY3A 2DZWA 3LXAA 3G1VA 4MY1A 4MZ8A 5DN1A 2NLIA 3QH2A 1LOSA 1OFDA 5HUPA 1JRCA 2X1SA 1QPNA 3LGEA 2H8XA 3W23A 2Z6JA 3TIMA 4DPPA 1F05A 4DO4A 1SR9A 2Z6IA 4CQ9A 3W70A 1S3HA 2Z1BA 7TIMA 1F74A 4WY0A 3BW2A 3FJLA 4DF0A 3PUOA 4N9EA 5I3FA 4S1FA 3W1NA 1OHLA 2C3ZA 3NXFA 4O1AA 3BG3A 4OV4A 3UWYA 2PURA 4GUFA 4O10A 3TR2A 2B0MA 2ZZ6A 2D73A 4AAJA 1R47A 3QF0A 3UYCA 3E96A 2YX0A 3W7OA 5E0KA 4O18A 4GC4A 3NEVA 3BGJA 1FCUA 3EEGA 2FJKA 2JBMA 3LHZA 5KSWA 4JX5A 4UMCA 3S0CA 2JKEA 3L5AA 1TV8A 4XBKA 2CU0A 4WY0F 1SO3A 1EWEA 1H62A 4M6VA 4HN4A 1LDCA 1JUKA 2QCNA 3W7LA 3PSVA 1L9WA 4GUIA 2J27A 3LRLA 1OYBA 2YDAA 1L6WA 3GVGA 1QFEA 1A5BA 4TU1A 2WNZA 2OX1A 1EUAA 1QCWA 3S5ZA 4BI5A 1AW2A 2G5WA 3KVLA 3PWAA 5F2IA 1WAUA 3ATYA 3YPIA 4PODA 1WYIA 3M0ZA 3W88A 4FNRA 2VENA 3BK0A 3GIYA 3NQ7A 2CLKA 3NL6A 3FA5A 4JYDA 4R53A 2GUUA 3UWVA 1YDNA 1W5MA 1IXPA 1W0MA 3JRKA 3NA8A 1ZFJA 1F7BA 4E38A 3W72A 3EX2A 3TXZA 1XC4A 1FCBA 4E0CA 1MEHA 3N73A 1DKWA 2WKJA 2GJLA 4ML9A 5D05A 1SSDA 2ZFAA 3UD6A 1B9BA 3I7QA 4LVDA 3GDRA 3C2FA 4O14A 3OHIA 3IIPA 3IGXA 3IVTA 4JDYA 2ZZ1A 3WJYA 4N02A 5D32A 1NAL1 3T40A 4Y6GA 3MI6A 4ZQMA 3PUEA 4TMBA 5G4WA 3P81A 3LCHA 5EY5A 3GR8A 3IVSA 1AL8A 1FDJA 1WBHA 5AHFA 1JVNA 1G4PA 3MP4A 3IIVA 5FF2A 3TA6A 3NYZA 4ZQCA 3LI0A 4JTSA 1H50A 5E1QA 4AEOA 4UC5A 2QJIA 1ME8A 3C2RA 3Q2DA 4JIPA 2ZZ4A 3N2XA 1W56A 3NQCA 4U28A 3W7RA 2J9YA 2V2CA 1WDWA 1W1ZA 1U83A 3U6WA 5I3GA 3LCFA 4DF2A 5AFDA 1H7XA 2E1DA 5FESA 4UTWA 2GQ8A 3O63A 4PTNA 3UXDA 3H55A 2WNQA 3UWZA 1TPB1 3B0VC 1Q6RA 4NXKA 4GBUA 4C1KA 2XN2A 3LLFA 3GNDA 5D09A 2GOUA 3WJSA 4WUIA 1OFOA 4KWWA 4JTKA 1TB3A 1XL9A 4M7SA 1NSJA 5CG7A 1VHNA 3QJAA 4WQ6A 3CIXA 1HUVA 3WJXA 4EF8A 3HPSA 4LT9A 3N34A 3JS3A 4NJIA 3C0JA 1LRTA 1BWLA 1KV8A 1Z48A 1FCQA 4JY9A 1KTNA 4O16A 4Y90A 4A2RA 3MYPA 3E49A 2WQPA 4RXGA 3CQ0A 1GYLA 2QCDB 3W7JA 4WD0A 1XDLA 1W37A 1XXXA 1G7UA 4TR9A 1KBJA 3QEZA 1ME7A 3G0SA 1Z41A 4IUOA 4NJHA 4UUIA 2ZRWA 3FFSA 4O13A 4UCGA 1Q6QA 1DL3A 1FWNA 4ICNA 3OVRA 2JK2A 3OBKA 6ALDA 4AB4A 3LHWA 2V2HA 2RFGA 3S1VA 2Y70A 3I7SA 1AW5A 1JCNA 3QSRA 4CNPA 4ALDA 2QUVA 4GUHA 2E6FA 2G96A 1TPFA 4A3UA 1QO2A 8TIMA 3NAVA 4WXYA 5HJLA 4AF0B 1ML1A 1XBYA 4JN6A 2I9EA 2YR1A 3M43A 5TBOA 5FF0A 5BRBA 3FKRA 4HKPA 2J9XA 1XUUA 5D03A 1F6PA 4NU7A 3CWNA 1KFKA 1VRDA 2Z2UA 3L67A 1VR6A 4Z1CA 4DO6A 4O28A 3NPUA 1SU5A 3QSTA 4WXZA 3CT7A 2WSQA 3PBYA 1TPEA 3FKKA 3B8DA 4ADUA 1VLIA 3FJ6A 4FNUA 5BOOA 1HO4A 4UFIA 3CHVA 1L2UA 4NX0A 1RV8A 4OBTA 4OWGA 3S5NA 3W07A 5K3VA 1V5XA 1K3UA 2YGYA 1VZWA 3TW7A 3O16A 1ADOA 2ZCGA 4IWWA 2H6RA 1OG0A 1SZFA 5G1YA 4IMEA 4CCCA 3MP5A 4JX6A 5KZDA 2GQ9A 1LZOA 4FEZA 3M1ZA 3T44A 2Q3OA 1SFJA 4GJ1A 3T4CA 3W1QA 2YXGA 4POCA 1OFPA 1OYCA 3P74A 3GAKA 3S6DA 5F2GA 3SY5A 3I7RA 3I6RA 3T55A 2CW6A 2C16A 4UFKA 1I45A 1PV8A 1WXJA 1Q45A 3E12A 3M6YA 1VGAA 3UZ5A 3B0PA 3RK8A 4NUWA 4RKAA 2J6XA 2A7PA 1KLZA 4LV9A 3LCGA 1VCGA 1YTDA 3TFCA 4BWLA 3L0KA 1OFQA 1S5VA 2OT1A 3ATZA 3LV6A 1LOLA 1O4UA 1OK6A 4Q4KA 1K03A 1LRNA 3MBDA 4DBDA 3VCRA 1B4KA 1IIHA 1KM2A 1TPH1 3THQA 3ZFHA 5DCEA 1WOAA 1OFAA 3M44A 2PC4A 3BLEA 3UZJA 3GAYA 3LERA 4E2BA 1UUMA 1PIIA 1LLZA 3S9YA 4JGDA 3HQ1A 5KMYA 3W7EA 2A21A 5D33A 4S2BA 1XUZA 3FEMA 1XDMA 1VQTA 1F73A 3U2OA 3EX1A 4Z0JA 5CZJA 4G1KA 1TV5A 4AWUA 1BTMA 2YPIA 5D2XA 4TMCA 4LC6A 4R7JA 5K9CA 2HS8A 1UASA 3TE9A 3HPXA 4UFLA 3IVUA 4JXCA 3P8IA 3LHVA 2TYSA 1SFLA 2YYUA 3HIJA 4Y9AA 2A1YA 1C9DA 3QMRA 1NEYA 5CPLA 1OX6A 3MW7A 4JYFA 4K37A 2B4GA 1F5ZA 4L4LA 3LTPA 5BW6A 3O15A 3W1AA 2FPYA 4H6KA 3STCA 5LHEA 2QCCA 2DZXA 1EEPA 2TRSA 1GTEA 4UTWC 1B4EA 4N6EA 1KFJA 1BWKA 1MEWA 1OF6A 3G24A 2UV8G 3MYOA 4O12A 5D04C 4BI6A 3Q37A 4KFOA 4XTDA 2ZA1A 3V1PA 4DQWA 1TPVA 1DQWA 4BK9A 4BF9A 1IXNA 4O11A 2Y7EA 5K7JA 3HG2A 1H7WA 2QUTA 1W5PA 3NG3A 3MMTA 3B05A 1JJKA 3HOJA 4JX4A 5AHIA 4MY9A 3N14A 3UY7A 4AHOA 4XKYA 5DBTA 1P0KA 5LZLA 4LU0A 4RV8A 4NVTA 3DFNA 2NX1A 4MYXA 4UMAA 3RLUA 1N55A 3LB0A 3W7GA 1XKYA 4PC8A 3NQGA 4QJ1A 2IQTA 1W3NA 1RQHA 3CU2A 3EWWA 1K8ZA 5HNRA 1A5SA 2PRLA 3KRSA 3EXRA 3HGSA 1YPIA 3UPWA 1UCWA 3TXVA 5C54A 1YXDA 1SZNA 3BLFA 3MP3A 5LNUA 4LV4A 4O0KA 1KM0A 2XFWA 3GDTA 2A4AA 2QCDA 4LUJA 2PE4A 4MJMA 3MJYA 4UXDA 3VKJA 4YMZA 3I68A 1EPXA 3NM3A 1RQBA 2QCHA 1BEUA 3NPWA 3NZ1A 3TQ0A 3FOKA 3NL2A 4HHPA 3ZWTA 1C8VA 3LXBA 2BSLA 3L21A 1VH7A 2ZA2A 3HF3A 4KKXA 3W1XA 3L68A 3C52A 2X2GA 4JTEA 3E9AA 1GVSA 4K8HA 3K30A 4K8EA 1O94A 5EBUA 1KFCA 2DJLA 2R8WA 1LBLA 1P0NA 3KX6A 1X6UA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2PCQ A;  4MY8 A;  3EX3 A;  1VYP X;  3EWZ A;  1DQX A;  3NQM A;  4OE7 A;  1PVN A;  1TRD A;  3MHG A;  5SWU A;  5I3I A;  3VFL A;  2CFF A;  5FF3 A;  4TIM A;  4XKY B;  3PUD A;  5FEX A;  3M16 A;  4FHA A;  2AAM A;  3N3M A;  3HPZ A;  3GKF A;  1LLW A;  3EKZ A;  2A7N A;  4ZVJ A;  3W7H A;  4A21 A;  3P8J A;  3STG A;  1I8J A;  4LNY A;  2QCL A;  5MHB A;  1WBJ A;  4JTL A;  4M19 A;  5CPO A;  4Z1B A;  2V82 A;  4HNT A;  1EP1 A;  4A29 A;  3GLC A;  1ZAH A;  1JR1 A;  5F1V A;  4QM1 A;  4P61 A;  3PG9 A;  4ONV A;  1ICS A;  3O1N A;  1FWW A;  3OVP A;  2P0O A;  5LNW A;  3CM4 A;  2VFE A;  3B06 A;  4MJZ A;  2YFO A;  2WNN A;  2NUW A;  1LOR A;  1TJR A;  4FXS A;  3NQ8 A;  1HG3 A;  2JKP A;  4HSN A;  3HG3 A;  3M5V A;  4CNO A;  4UTH A;  3KVJ A;  3KHJ A;  1FX6 A;  4N9C A;  2V8Z A;  3WJZ A;  4TX9 A;  3S5O A;  3MHU A;  4UIO A;  1E51 A;  3G1D A;  1TRI A;  1XBV A;  3F4W A;  3STF A;  1SW0 A;  1IXQ A;  1H1Z A;  1KM3 A;  3LCW A;  3SW6 A;  2QCG A;  4X3Z A;  2PRH A;  3N9R A;  1OJX A;  3TW6 A;  3EWX A;  1O60 A;  3USB A;  1SZE A;  1KBI A; 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