1GOM | Genus

Total Genus 127

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EAAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYINDYNLDSASYPKTQAIVNRVKQWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGAGVLQALPLLASAGTPEVAITELDVAGASPTDYVNVVNACLNVQSCVGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQDLQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__91873557932844__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__91873557932844__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GOM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__91873557932844__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"91873557932844","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GOM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__91873557932844__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb3abbb3924d457152fdf7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb3abbb3924d457152fdf7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb3abbb3924d457152fdf7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb3abbb3924d457152fdf7/pdb.gz): 669 ms

reading 302 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

302 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:301});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
total genus	127
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2001-10-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1gomA00

4BF7A 4PMRA 1PPIA 2J79A 5GQBA 1HJXA 3CZGA 1BYBA 1V3KA 2Y24A 3OLDA 1V0LA 4NZCA 2O9OA 1QW9A 3W24A 5KEZA 3VIHA 1HVXA 5CZKA 3N13A 1HKMA 2WBGA 1H1NA 4TTGA 3L4UA 1CPUA 2NSXA 1A47A 4TX8A 1AMYA 5A2CA 3AYRA 5D9MA 2O92A 2XFFA 3HMCA 4ACZA 2WVTA 3T0DA 1C3FA 5HXMA 4J3UA 4GI6A 5ABGA 3ZJ7A 2XVGA 1UD2A 2V3GA 4PMNA 1BGAA 2CXGA 3MMUA 5E0CA 3WNPA 3VIKA 1XC6A 4E4PA 1E4IA 2AAAA 1KR1A 2WMJA 1FFQA 4D6JA 1LWHA 5A95A 1E55A 1KCKA 5FCZA 1QOXA 1US3A 2WM0A 1JZ6A 4YHGA 4OBRA 1CXHA 4KH2A 4J3XA 3VIFA 4B9ZA 3L4ZA 3UERA 3N17A 3KZSA 1UWRA 1O6IA 4CUCA 4W5ZA 1PZ3A 3GYCA 4NF7A 2BY2A 4H8HA 1CYGA 3VGHA 5FL0A 2QLYA 1GOOA 2IXVA 2CKSA 2NW0A 2J7CA 3MV11 2YIHA 2W5FA 3SCQA 1BVZA 1UR0A 1WP6A 2WVUA 4B3KA 3AZTA 3VM7A 2OWWA 5CXPA 5AC4A 2O9RA 3AZRA 1DWJM 3ZO9A 2GK1B 5A6LA 1WNOA 1BF2A 1XRVA 2BVTA 5D8WA 3MUY1 3N11A 4ACYA 1XH0A 1RP9A 1CZ1A 5BROA 4KRUA 4JCLA 4LX4A 1PJ9A 2FH6A 4UQ9A 4ZE5A 1XGZA 1UYQA 5A8MA 2WSPA 4MB1A 3NSNA 2GFTA 5DT7A 4MPKA 4U5KA 3PZTA 1PIGA 2G3IA 4MAZA 1H0GA 2D0FA 5A8QA 2X0YA 3AMCA 1HT6A 2D24A 2ESCA 1QNOA 1JYVA 1PX3A 4UCFA 4D6EA 1FP9A 4PRWA 1NWRA 4OOUA 1B3VA 3PZMA 4CU8A 1CGWA 5HDRA 2W67A 1FOBA 5KZ6A 2E8YA 3SCPA 4BA0A 2G41A 1GORA 1EO7A 1E5JA 1E5NA 1AQ0A 4DUXA 1M03A 1MQQA 1JXJA 1V3JA 2VCAA 2V3FA 2WCSA 4J27A 1OT2A 4ZFMA 5ABFB 3CHEA 2XM2A 4AZCA 1C92A 4NI3A 1JI1A 2VZSA 3QOKA 1HKIA 1A3HA 4QFUA 4V2XA 3VIMA 4M1RA 1JFXA 3CMJA 2XPKA 1G1YA 2WYSA 3BAKA 2WKGA 1E4NA 1X1NA 2VL4A 5M03A 4AY1A 4P8WA 1J0IA 2Y2WA 1MW2A 3MUZ1 1WKYA 7A3HA 2E4TA 3AIEA 3U5YA 2QMJA 4MJ4A 2DSVA 2UY4A 2VT0A 2MANA 5HPCA 1U33A 1UZ4A 1HL8A 1WDSA 1QHPA 2J62A 3WL0A 5JIWA 5IFPA 4HPGA 2J77A 2OWCA 1Q6EA 3GM8A 1MXGA 2WCAA 1LL7A 4Y7EA 2Y4SA 2VMFA 3O6AA 2OSWA 3RJXA 4YN5A 2BXZA 4UQBA 4MTVA 5C8BB 2X09A 1ZU8A 3CIVA 3UESA 4GO9A 4WKFA 1ZBCA 2ZUNA 1CGTA 1H2JA 1CLXA 1CXLA 5A2AA 3OZPA 2VRKA 3TTSA 2NT0A 3KL0A 4NSBA 1XH1A 2YDQA 1HIZA 2X1IA 1EDGA 3PZIA 1KWKA 1KWGA 5ECUA 3VIPA 4H04A 3B9EA 2CKRA 1AVAA 4GO8A 1G94A 4HA1A 1IZKA 3VM5A 2QPUA 3VTRA 1CECA 1E70M 4PSRA 1K9DA 1FFRA 3A4AA 4B16A 3L4WA 4CGTA 2DH3A 1HP4A 1E6NA 4JCMA 3B9DA 1FH9A 3K8LA 1ISXA 1PIFA 1JF6A 3PZGA 1HL9A 2BS9A 5LA0A 1JL8A 3SUTA 3O2LA 1VF8A 4LYPA 3RPMA 1Q6CA 3GBDA 1OIFA 1XD1A 4U3CA 3DYMA 3VOCA 4W7WA 2D0GA 3NCOA 2J7BA 3W4RA 2ZICA 1UWTA 1E9LA 4NRSA 1MFUA 4HA4A 2ZUTA 2WWCA 2YDRA 2A3AA 1L0PA 2WHKA 5JBDA 2D20A 1E0XA 3RDKA 3AMKA 1V0NA 1W3KA 3AFBA 4U5IA 1VBUA 1UQYA 3CHCA 4M8UA 1IZJA 4BQ3A 3WNLA 3UG5A 1TVPA 1PX8A 1R7OA 3SUWA 3WQ5A 4GZIA 2VC9A 3DYOA 4EE9A 3GXFA 2BY0A 2J7EA 3BLKA 4CD4A 3EDFA 5I0DA 1JG9A 3AOFA 1LL6A 5IDIA 1YQ2A 3RILA 4JIEA 3DHUA 1B9ZA 6CGTA 3RM4A 1PAMA 5BRPA 1HKKA 1VEPA 2E9BA 4UFKA 4AWEA 3CH9A 3AIBA 4PMVA 1MXDA 1BAGA 2Z1SA 1FP8A 1JYXA 2C0HA 4F8XA 4S3JA 1LQ0A 2CYGA 7CGTA 3WL1A 2J4GA 5BCAA 1QNRA 2V5DA 1JYWA 1UKTA 1MWOA 2QPSA 4TVCA 5DT5A 1MW3A 2XVKA 3DECA 1UD6A 1LL4A 3WY1A 2ZUUA 2GDVA 2DT3A 2QHAA 5CSYA 4ATWA 1RP8A 4F66A 1NWTA 1V3IA 1MVYA 1UA7A 3FNDA 4AD1A 1J0ZA 1ITCA 1NOUA 4BQ4A 5E6ZA 2UY5A 5CSUA 4U2ZA 4DM1A 3AHZA 2CCRA 3MU7A 3FN9A 1R85A 3IANA 2BHZA 4PBGA 3AZSA 3QHMA 4HOXA 1Q4NX 1B31A 1GZJA 1UKSA 2VCCA 1CLVA 2VNCA 2PWFA 3CGTA 3WSUA 2B31A 1JZ3A 4P7OA 1H4PA 1LF1A 2DIJA 5A3HA 1QBBA 1GJWA 3WH9A 1JI2A 3WBAA 3ZR5A 1MYRA 3F5KA 2J8GA 4OUEA 4PTVA 5A8NA 2WC7A 2W63A 1BSIA 4CU6A 2XJ7A 1XYZA 1EXPA 1CGXA 4IISA 3LPPA 3N12A 4WKHA 3BAIA 1VBRA 3W38A 2FHBA 3L4YA 4UZUA 4YPJA 3ZMRA 2WMGA 2ZUMA 3FHQA 4W87A 4F9DA 1SMAA 1DWGM 1UWUA 3SCTA 5JIPA 3VD5A 2XWDA 1BYAA 1XSKA 2DSKA 1XCXA 1UKPA 1XSJA 3WH8A 3RM8A 2RGMA 1FH8A 1TFVA 4CN6A 2E9MA 3LPOA 1EGZA 4ZEPA 3VD3A 1C93A 2CHNA 2CNCA 4Z2IA 3NYDA 2EXOA 4X0NA 1E72M 2YL9A 3CZJA 3PZQA 4KWUA 3VD7A 1UR1A 3BCDA 5EFFA 1HN1A 1V6XA 2VURA 1QI4A 3CTTA 5IXEA 1HNYA 1Q6FA 4HU8A 1VAHA 2F61A 2GJXB 2YL8A 3N15A 1CXKA 4IM4A 3MV01 1RD6A 4GXPA 3WDJA 1BYCA 1WPCA 1DEDA 4FLSA 4MB5A 4MNMA 3WFZA 2NT1A 3J7HA 2ZXAA 3CHFA 4XX6A 1EOKA 2EPMX 2VX5A 1H09A 1UD8A 1NM9A 4Q7NA 5M5DA 4GINA 4IPLA 1J0HA 3VILA 5FOOA 3CUIA 5E09A 1C8XA 3WD2A 2YOCA 4LGXA 2PBGA 1GOKA 3AXHA 3VIGA 3AMLA 2WVSA 4DUWA 3WQVA 3TTQA 2BHUA 4R5EA 1UWIA 1E1FA 3W27A 3CPUA 2WZHA 3KWXA 1D2KA 3ZOAA 4JHZA 1OT1A 5HBFA 3WQWA 2XVPA 2JIEA 2CBUA 1QBAA 1J0YA 2C7FA 1R86A 3OZOA 4UNIA 1GVIA 1JF5A 3IJ7A 2JEQA 3OLEA 1OIMA 3CUJA 3AICA 3L2MA 1JFHA 2J47A 1JZ7A 5I78A 1KXTA 1H0IA 4W8BA 3OGVA 4FLQA 4QDMA 3VKKA 1V6WA 2Y8VA 4RE2A 2GK1A 3CHDA 5CLTA 3UCQA 3ZM8A 2FDMA 1E6SM 3WMBA 1H11A 3W28A 1U2YA 2OSXA 2OYMA 4TUFA 3AHTA 1KFWA 2OSYA 5A69A 1B3YA 5AC5A 2V3DA 4ZE4A 1GOIA 3VIJA 2PC8A 3L4VA 3N1AA 2YA0A 1E6PA 1E43A 1B30A 3AROA 3NDYA 2DEPA 2FH8A 4JFWA 1KBBA 1UD4A 3BMVA 1NWUA 1UR4A 3W6LA 1DWAM 4X0VA 1LG2A 3VU2A 1HXJA 4HA3A 3TTOA 1GW1A 1E15A 1NWSA 1OM0A 2EO7A 1ZL1A 4AYSA 1TUXA 3CZKA 2XSBA 2G3NA 3CO4A 3S6TA 2DT2A 5AY7A 2ZX8A 1X6LA 5ABFA 2YA1A 3AIQA 3VO0A 1SYTA 3T0BA 1UKQA 3QR3A 4PTXA 3VD4A 2VO5A 2OLHA 3THDA 3WQ6A 4UOJA 1V02E 4GZJA 2ZUSA 2A3CA 4FMVA 6TAAA 1R87A 1W1PA 2VUYA 3EMQA 2VTFA 3MUAA 1HX0A 3U5UA 3CZEA 3U7VA 1KQZA 3PTKA 1NP0A 4S3KA 1W1TA 3WELA 2YKKA 1ZBVA 3PZVA 2XIBA 1W9UA 4XZWA 1AQHA 3AIWA 1X6NA 3WF3A 4PTMA 1GQLA 3UR7A 1HP5A 2EBNA 1BGGA 4PUEA 3FHAA 2JEPA 3EDEA 3AQUA 3ARXA 4M82A 2ZWZA 4A3YA 4UQEA 3E1F1 3AS3A 5EMYA 1JD9A 2GJPA 3SCVA 4PTWA 2F2HA 1J10A 1KBKA 2VX7A 1E6RA 3ZT7A 2WMKA 4HPHA 2XGBA 1BHGA 2OYKA 5EB8A 3QGVA 1MW1A 4CVWA 5EBAA 3L4XA 1BQCA 3AJ7A 4GIAA 2VZOA 2ZXDA 3L4TA 4CD8A 4QP0A 4GQQA 4CD5A 2D1ZA 3G6LA 1WDRA 2YL5A 3FAXA 5IHRA 3TTYA 1K9FA 3EMZA 5A6BD 2WCGA 2WZEA 4N0RA 4WSJA 3KL5A 3BSHA 3CUHA 1CEOA 4UZSA 4AD0A 4MDOA 6A3HA 2O9TA 3W81A 1FHLA 3U57A 4CKQA 3OBAA 2JFEX 2XGIA 2PF0A 3WF0A 1E3XA 2XFRA 3VUPA 2CBIA 1QI5A 2DSZA 1HKJA 3W6MA 3VGGA 4J3SA 4UOZA 2CESA 5DMYA 3AI0A 4Z2LA 4DUVA 3VDAA 4AD4A 3UETA 1B2YA 1TG7A 2Q8XA 4F79A 3UG4A 2UWFA 4F9JA 1GQKA 3AYSA 3SCUA 2OYLA 2ZX6A 3VINA 4DWSB 4RE3A 1UR8A 1VEMA 1CENA 1E56A 5JBEA 3VPLA 5IFTA 1F4AA 4EKJA 4AZHA 2D0HA 2J8FA 2XG9A 1J01A 3GNRA 2WBKA 2JIWA 3GDBA 4D1JA 1US2A 1HJUA 4A4AA 4JL2A 3ALGA 3VIIA 1E1EA 5I3DA 4EAMA 4GKLA 4D6FA 1R8LA 4JFTA 1KR0A 3FXYA 2VRQA 5LYRA 4D72A 5BXTA 5BYWA 1K6AA 3AISA 2VZVA 3POHA 4P8XA 3VDCA 2VX6A 3SCOA 5C71A 3JUGA 1DP0A 1JZ8A 5JUVA 2RGLA 3SCNA 1WZMA 4P7NA 1AQMA 4D6CA 1E3ZA 3WH6A 3K8KA 1PEZA 4GZEA 4GI8A 4MNLA 1QVBA 1W1VA 3W0KA 4AZBA 3BAYA 3T2QA 3WUBA 3ARYA 3WNOA 1CDGA 4Q22A 3BLPX 3A4WA 3F5LA 4TTUA 5I79A 3ZR6A 3BCFA 2PBOA 3RCNA 4DWSD 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1GOMA

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