1GOO | Genus

Total Genus 122

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	122
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EAAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQADFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYINDYNLDSASYPKTQAIVNRVKQWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGAGVLQALPLLASAGTPEVAITELDVAGASPTDYVNVVNACLNVQSCVGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQDLQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__48360279169871845__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__48360279169871845__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GOO/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__48360279169871845__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"48360279169871845","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GOO/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__48360279169871845__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Substrate Specificity and Subsite Mobility in T. Aurantiacus Xylanase 10A pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
total genus	122
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2001-10-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1gooA00

1CPUA 1CEOA 4MJ4A 4ZENA 4P7LA 5CSUA 3M7SA 3NCOA 1ZL1A 1XYFA 1HJUA 1KWGA 4ATLA 1XRVA 4M29A 4PMNA 1JZ7A 2D3NA 1W9VA 1HJWA 2Z1KA 4UFHA 3NYDA 1LJYA 1MFUA 1UQYA 4MTVA 3VDHA 1HKKA 3B8SA 3TTYA 4GI6A 4PMVA 4AWEA 3PN8A 2ZICA 1V6WA 3WBEA 3MUIA 4J3UA 4ZEPA 4W88A 1XSIA 2DT1A 1E5JA 1XCXA 4AD4A 2JF6A 4GZEA 2PI6A 1MFVA 3WD3A 2XWDA 2J7BA 8A3HA 1W1PA 2DH3A 3RM9A 4ATWA 4QCFA 3L4TA 2BHUA 1EO5A 3ZJKA 2WHKA 5CG0A 1O7AA 2FHFA 3OZPA 1QHZA 1ESWA 1SR0A 2YKKA 3HU7A 5E9AA 1Q6FA 1WDSA 4PRWA 1CYGA 2VVNA 1VFMA 1G94A 1G0CA 4UFJA 3WQVA 4U3CA 3WNLA 4QLKA 1UA3A 4UTFA 1FH8A 1KXVA 4JAWA 3IANA 3U5YA 5ABEA 4DWSD 1WAWA 5I6SA 1N82A 2CXGA 2XSAA 1GHSA 1JZ8A 4AYSA 3PZNA 2CESA 3DYMA 1LLOA 3AIWA 4PUDA 3MS8A 3AIRA 3T2QA 6CGTA 2ZX5A 3ZJ6A 3UERA 4QDMA 2WZHA 3WIJA 4PSPA 1BYBA 3SEPA 2EO7A 4CU6A 1W32A 4B3LA 1H11A 1AQHA 1E6QM 1UR0A 3W0KA 4IM4A 3WF4A 3T08A 3QHOA 4OBSA 1VENA 2XFFA 3S6TA 1TUXA 3GZAA 4Y7EA 1J0ZA 3CUHA 1E15A 4J3VA 1ZBCA 1JXKA 1OGGA 1JI2A 4TX6A 4ZXLA 2DQXA 3EDJA 3L4YA 1TR1A 5ABFA 1UR9A 1QI3A 4DWSA 1BF2A 4ACZB 1H0GA 4AZ5A 1OGBA 5C8BB 4W7VA 1GOWA 1G1YA 4B16A 1BG4A 1CGTA 5I5RA 1XC6A 2EPOA 3AZSA 1R86A 1FHDA 5CGTA 2GDUA 1E73M 4PUEA 1TMQA 2BV9A 1JZ2A 3MUZ1 4W85A 2DPEA 1ECEA 2IXUA 1E4MM 4CCEA 4P8VA 3ARWA 2W61A 5D9MA 1Q6CA 3F4VA 1NP2A 4GKLA 2HVMA 3VDCA 1ZBWA 5A2CA 3ARRA 3OLGA 3QR3A 2QF8A 4F66A 1H49A 5IFPA 1V6VA 1VRXA 8CGTA 3PBGA 2VRJA 3U5UA 5HOSA 3UEQA 4D6HA 4UFMA 1AQMA 4J3XA 1CZ1A 2BHZA 1EDGA 5DT5A 5ABGA 1JYNA 4BZYA 1GJWA 2YDRA 4GO9A 2OWWA 3N04A 4UFIA 3ZJ8A 1DWAM 1TFVA 1US2A 5A94A 2YL6A 3PZIA 4WJXA 2WCAA 5A95A 5E0FA 5A8OA 4D6EA 1K9TA 2XPKA 3VIJA 4B9YA 5M3WA 3B9EA 4PMRA 3EDDA 3EYPA 4WLCA 1XSJA 1W9DM 3AIEA 3SUVA 1F4HA 4IPNB 2VX5A 3ZR5A 1NOFA 3WMBA 4PMDA 2DIEA 2WW5A 3AXXA 4HPGA 2GFTA 3ARPA 2QLYA 2F61A 2Y8VA 1M7XA 2J62A 4OJYA 5HXMA 1CIUA 4AZBA 3AICA 4OOUA 1QNSA 2VZUA 4GXPA 3U57A 2WHMA 3BSHA 3PZUA 1GQLA 3CHFA 4DUWA 3ZR6A 4UZUA 2WWCA 3PHAA 5CPTA 5CQ1A 2J7GA 1LG1A 2OYMA 1X6LA 1XYZA 4JIEA 2WBGA 4P8WA 1ITXA 2WC7A 2XWEA 3BLKA 1TCMA 2VQTA 3AZTA 5ABHA 2ZUTA 4EAMA 1D7FA 3M07A 4AD2A 1BGAA 1ZJAA 1ISXA 1CECA 1V02E 3T09A 2ZXAA 2WZEA 1QBAA 1TVNA 2Z1SA 2PBGA 5LA1A 1BYCA 3UCQA 3TOPA 3BGAA 2XGBA 4TUFA 3DHPA 2E9BA 4AW7A 4UOJA 4W93A 1OD8A 2QHAA 4KGLA 4PMQA 2XG9A 3WMCA 2VUYA 1XD0A 2ZUMA 3W37A 2W91A 3VGHA 1H3GA 1QHPA 3AISA 1KFWA 5CLTA 3RJYA 1XH2A 3CBWA 4UFLA 4UR9A 4MJ2A 2GVYA 3T2PA 4WKFA 3T0DA 3GH7A 3IAPA 2EEXA 4ZXOA 1R8LA 3PZGA 2BHYA 3GBEA 5I2UA 1XCWA 4AD3A 3WNPA 2ZWYA 5KZ6A 1CTNA 5E70A 5D4YA 3SCWA 3AMKA 3QGVA 1JI1A 5F7UA 2G8ZA 4AEEA 4CD6A 1U33A 1UWRA 3IJ7A 1ITCA 1J0HA 4CUCA 4FMVA 4YHEA 2DT3A 1GOOA 3CTTA 3WEZA 2BVYA 2ZXQA 4CD4A 4PYSA 1UKSA 2XIIA 3VGDA 2PWGA 3TP4A 1V03A 4TXEA 2V3EA 3AOFA 5LYRA 1UD5A 1B3XA 3VINA 1MXDA 3G6LA 4NZCA 1J18A 1UD6A 1JD7A 2NT0A 3RJXA 2D23A 1OIMA 1HVXA 1HN1A 1V3JA 4YPJA 3MSDA 1EO7A 1UH4A 3MSGA 2VL4A 1EIBA 3L2MA 4W89A 1CXIA 2YA1A 2XUCA 1CENA 4HA3A 3VUPA 2VO5A 1KWKA 3TTSA 2WNWA 3KL0A 1MYRA 1SFSA 1UR4A 1V6UA 1E5NA 2YL5A 4JL2A 2JF7A 4U5KA 1J10A 2FH8A 1UD2A 3GNRA 1VJZA 1OGSA 3TONA 1E6SM 4FLSA 4UQ9A 1KCKA 4JHZA 2DDXA 2ZUNA 1CGXA 5HBFA 1NARA 5BXRA 3VDBA 4LGXA 5FIPA 1MW1A 4M82A 4E8CA 1WNOA 1BTCA 3WDRA 4PCSA 2GDVA 1E70M 1V0NA 4MNLA 1HT6A 1PZ2A 1X6NA 3WF0A 2G3MA 3PTQA 4M8UA 4W8LA 1GZJA 2VJXA 2D1ZA 3KL5A 1QNOA 4JKLA 2X2YA 2D3LA 4Z2KA 3VIGA 1OSEA 5HNNA 2JFEX 2WKLA 3ZMRA 2VVSA 3NUKA 1NWUA 2DH2A 1W3KA 3EMQA 1LWJA 2J7CA 1C3FA 1UD3A 1Z32X 3RPMA 4U2ZA 1UYQA 1UR2A 1DWIM 3CHEA 1VFUA 4CN1A 1J0YA 1ZJBA 4RE2A 3OLIA 1JYVA 1UD8A 1B31A 6TAAA 3T2OA 4KH2A 2OLHA 2W5FA 1E43A 1FFQA 2J25A 3KL3A 4DWSC 4CVUA 1FH9A 1KGWA 1LF1A 1GJUA 4HU0A 1C92A 2C7FA 1H41A 5FD0A 2CETA 1HL8A 2VQUA 3F5KA 2OYKA 1JZ6A 1CBGA 4JL1A 4UCFA 5JBFA 3FHQA 1EGZA 1JYWA 3WH8A 3WD1A 1EHNA 4V27A 4XUYA 4L4PA 3WELA 2ZE0A 4AD5A 4TOQA 1GQJA 4PCTA 4JFVA 5BRQA 1OBAA 3PZVA 2WMHA 3GH5A 1WKYA 5A1AA 4MPKA 4CU8A 5JIWA 1DWGM 3MMWA 1E4NA 4XB3A 5DF0A 4PTWA 3ALFA 1CGVA 5CLWA 3WUBA 4PMXA 3VIIA 5CZKA 1W9XA 3UG3A 4CD8A 1QI5A 4P7NA 2ZUWA 4TX8A 2CBVA 1VBUA 4PTXA 2WVVA 2FHBA 3A47A 5HPCA 4AZIA 1XH0A 4UQBA 4GIAA 4ZE5A 3BAXA 3WQ5A 1QHOA 2ZUVA 3NJ3A 3W27A 1GQKA 1UZ4A 1EOKA 3AYSA 3CMJA 5GNZA 3AS2A 3VIFA 3VX1A 1WZAA 2WVVB 4M1RA 1HX0A 4OIFA 2EPMX 3PZQA 4U31A 2NSXA 3PZMA 1UWQA 3BAKA 3WDIA 2VI0A 1JNEA 1XHGA 4JCMA 1MW2A 1J9YA 4PMUA 4HPHA 1E55A 4DM1A 3EMCA 5M5DA 4A4AA 1E4LA 1EQPA 3N18A 1M01A 1GPFA 4MB3A 2Q8XA 4MB5A 2YL8A 3VNZA 3WNNA 3NSNA 2QMKA 3W29A 2BXYA 4HZ7A 4M56A 3BLPX 1WCGA 1VJSA 4QLLA 4AIUA 3WFZA 4BCEA 3KEHA 4YN5A 1DHKA 3VTRA 3AHYA 3EDKA 1WP6A 3VD5A 1ODUA 3EMZA 2BS9A 2FGLA 4MAVA 1TZ7A 3FXYA 3ARXA 3AIUA 3WNKA 3VIOA 2W62A 2Y8KA 4KRUA 5A6MA 2DGAA 1NH6A 3PZOA 2WANA 1A47A 4CD7A 4DM2A 2TAAA 2ZX7A 1G01A 3WBAA 4LYQA 5BXPA 3CZ8A 2WWDA 4E8DA 3QOMA 2WKGA 4TTUA 4AC1X 4X0VA 1QOXA 3CZJA 3GH4A 5CXPA 1E40A 4H2CA 2E8YA 3BSGA 4BQ4A 4S3JA 3AHXA 5JBEA 2J75A 4FLQA 1FH7A 4ACZA 1OINA 3AMLA 2WSPA 4QCEA 1TG7A 4PEEA 1E6ZA 2ZUUA 3WKZA 3WEOA 1B3ZA 3GXDA 3UG5A 2BY0A 4U33A 1C7SA 3BAIA 3UR8A 2ZXBA 4FF5A 3K1DA 4F8XA 3AMDA 5A8NA 3DECA 3WMSA 4XZBA 1QW8A 3WENA 3MANA 1MWOA 3VM5A 1V08A 2DSUA 5E0CA 4LX4A 1CWYA 1E6PA 1DP0A 1J0KA 3MMUA 1J01A 1CXLA 3HMCA 1J12A 3WEMA 1DWFM 1R85A 3WH5A 2EJ1A 1MQRA 2W67A 4AY1A 2IUZA 1E4IA 3BAWA 1US3A 1V0MA 5EFDA 4WKAA 1VAHA 2YDQA 1K9FA 1V3MA 2FHCA 4P7RA 1QI4A 2PWEA 5BROA 5TD4A 3ALGA 4KRTA 1GORA 2WHLA 4UOQA 2NW0A 1XV8A 4KMQA 1CXEA 1Y7VA 1KGUA 4OZOA 4W87A 1QPKA 1PX3A 2X8RA 3RDKA 3BXWA 2XYLA 1JXJA 4LXFA 1V3HA 2GSJA 4D1JA 3UETA 3KE0A 2XGIA 1G5AA 4W5UA 1HL9A 5EFFA 5AY7A 2CIPA 3M6DA 4BF7A 1JDAA 5DO8A 2J47A 1YQ2A 2WVTA 2XHYA 1NWSA 3RILA 2OYLA 1W2VA 1GNXA 1W9UA 2CKSA 2VTFA 2J7FA 1MXGA 3ZOAA 3WN6A 3AHZA 4E2OA 3E1F1 3AQUA 2GJRA 2FDMA 3L4WA 3D3AA 2X09A 5M17A 3NSXA 3WDPP 4J27A 2WSKA 1EH9A 1LL4A 2J7EA 3QHNA 4JKMA 2O92A 4URIA 3WY1A 3SCNA 4P8XA 2E8ZA 2W66A 5A6SA 4DUVA 3CH9A 4W86A 3ZM8A 3OLDA 3VOCA 2GJPA 3KWXA 1U2YA 3APGA 5BYWA 3RM4A 1OWQA 2O9OA 2ZOXA 1G9HA 4OUEA 2D2OA 2J74A 4W8AA 4TVDA 1CGUA 3OLEA 2JIWA 4TVUA 4AZGA 1K6AA 3SUWA 2ESCA 4PBGA 1V0KA 3SCOA 4D72A 3MV11 3NIYA 3UG4A 3VNYA 1TA3A 4PMYA 2WMFA 1S46A 1VB9A 1HVQA 4AD0A 4J3SA 3BMVA 3W24A 3F5JA 3RM8A 1W9BM 2DIJA 3PTMA 1E6NA 2V3FA 3AIVA 1ZS2A 1HIZA 3AIBA 2XM1A 1DEDA 3N1AA 5I79A 1XD1A 2VZTA 1NQ6A 1WDQA 2E40A 2X0YA 4FK9A 2UWFA 3LPGA 1TA3B 1VEMA 1H5VA 2VX6A 3CMGA 1QW9A 3WDJA 2UY5A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1CEO A;  2VGI A;  1OCN A;  1XYF A;  4IIE A;  2GSE A;  3N6H A;  1KWG A;  4ATL A;  4PMN A;  2Z1K A;  2ZVR A;  4UFH A;  2NXI A;  2ZTK A;  1UIO A;  3GR7 A;  3I65 A;  1NF7 A;  2JKE A;  1LJY A;  5DX7 A;  4MTV A;  1HKK A;  2QW5 A;  4PMV A;  1TZ9 A;  4AWE A;  1EJT C;  2NVC A;  3WBE A;  1H7X A;  3BZG A;  1E5J A;  2PWU A;  4GZE A;  2PI6 A;  2ZE3 A;  1MFV A;  2PAJ A;  4GK8 A;  1XXX A;  3BAR A;  2X42 A;  3WD3 A;  4ZFC A;  2XWD A;  2DH3 A;  4UTT C;  1PHQ A;  2VR2 A;  2DZX A;  1EO5 A;  4IGH A;  3ZJK A;  2OOG A;  5CG0 A;  2CLK A;  1P1X A;  1UC4 A;  1Q6F A;  1EJ7 L;  4HCD A;  1VFM A;  2IQT A;  1G94 A;  1G0C A;  4G56 A;  1AUS L;  1H7W A;  3H22 A;  3GIY A;  4A3R A;  1M6J A;  2C3Z A;  3THA A;  3W84 A;  1KXV A;  1GQN A;  4DNM A;  4NX0 A;  1I45 A;  5HR7 A;  1QJW A;  1FCV A;  3E9A A;  1LUC B;  1V7Y A;  1I0D A;  4H8N A;  1LLO A;  1KFC A;  4US6 A;  4WJ8 A;  3AIR A;  3T2Q A;  1D8C A;  4C6B A;  3MPG A;  3ZJ6 A;  4QDM A;  4S1F A;  1X8C A;  2WZH A;  1JR1 A;  2WM1 A;  1TWI A;  3ZLF A;  3SQL A;  3WIJ A;  1BYB A;  1W32 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GOOA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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