1GOXA

Refined structure of spinach glycolate oxidase at 2 angstroms resolution
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
359
structure length
350
Chain Sequence
MEITNVNEYEAIAKQKLPKMVYDYYASGAEDQWTLAENRNAFSRILFRPRILIDVTNIDMTTTILGFKISMPIMIAPTAMQKMAHPEGEYATARAASAAGTIMTLSSWATSSVEEVASTGPGIRFFQLYVYKDRNVVAQLVRRAERAGFKAIALTVDTPRLGRREADIKNRFVLPPFLTLKNFEGIDLGLSSYVAGQIDRSLSWKDVAWLQTITSLPILVKGVITAEDARLAVQHGAAGIIVSNHGARQLDYVPATIMALEEVVKAAQGRIPVFLDGGVRRGTDVFKALALGAAGVFIGRPVVFSLAAEGEAGVKKVLQMMRDEFELTMALSGCRSLKEISRSHIAADWD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Oxidoreductase (oxygen(a))
source organism Spinacia oleracea
publication title Refined structure of spinach glycolate oxidase at 2 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords (S)-2-HYDROXY-ACID OXIDASE, PEROXISOMAL
total genus 122
structure length 350
sequence length 359
ec nomenclature ec 1.1.3.15: (S)-2-hydroxy-acid oxidase.
pdb deposition date 1989-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1goxA00
1LORA 2VEKA 1WOBA 2DZTA 3W2JA 2YR1A 3TE9A 3YPIA 5BRBA 1TQXA 1HL2A 2E1DA 1WBHA 2YYUA 3LRLA 4RK8A 1DV7A 1R46A 2E6YA 5D04C 1KFKA 5FEXA 4RXFA 2WJZA 2ZA3A 4E0CA 5AHFA 2JKAA 1ZNNA 1QNVA 1ZAHA 4DF2A 5E1QA 1M7OA 4FF7A 2CZDA 3VI2A 5I3JA 3M0ZA 3HG4A 3L68A 1Q6QA 5I3FA 5J5DA 4I9AA 2D73A 1AK5A 3NEVA 1OF8A 4N9DA 5D2WA 1AL8A 4M7TA 5D03A 5FF4A 2TRSA 3L65A 3O1NA 4GBUA 5K2ZA 5LGZA 2TYSA 1H61A 5D2TA 1Z41A 3R89A 1I2PA 1IF2A 3PY2A 1A50A 3F4WA 3KVKA 3S6DA 5EMUA 4JTEA 4S1FA 3LBCA 3C2OA 2J27A 3PC0A 5HUOA 1H51A 1NEYA 1TPWA 2V2CA 3KVLA 2G96A 1VLWA 1B3OA 1FDZA 1LDCA 2QCDA 3HG5A 3PUEA 2WO5A 4C1KA 1FXPA 4NX5A 3UQNA 1RQEA 2NUYA 3TAOA 5D2YA 3UWZA 1Q6RA 1XUZA 2FPTA 4UTJA 3UNDA 1TB3A 1OX6A 4QM1A 1TPB1 3GXTA 1DJNA 2B0MA 3P7YA 3LHYA 4Y8FA 3P80A 2Y7FA 3UPBA 1YPFA 5LNWA 3S0CA 1XFBA 5I3HA 3NL2A 4JTUA 1T96A 3HBLA 3S5NA 3S5ZA 3EEGA 1JRBA 3L5AA 3L9CA 1EWDA 2Z0IA 4NVTA 3LCIA 2WQPA 5IBXA 2TMDA 5FF2A 1UUOA 2X2GA 3W7MA 5D09A 4JX5A 1U83A 3W22A 2CW6A 2C6QA 1RQHA 2H8XA 3E12A 4P2VA 2A7PA 4A2RA 5KMYA 1SFLA 2PURA 1L2UA 2JGYA 1TSIA 1BEUA 4NX0A 4X22A 4Z1CA 3IGSA 1R30A 2AAMA 4ZQPA 2A7RA 1FUYA 4WX2A 1I2QA 5AYZA 3W1TA 5DCDA 4LU0A 3QMTA 3G1SA 1HFBA 1THFD 2VFGA 2OZ0A 1JCLA 1SW3A 3DFSA 4P61A 1H7NA 3AO0A 3DXIA 3UZ5A 3TQ0A 2G95A 2G5WA 2B7NA 3CQ0A 4CNPA 2V5LA 2QJGA 4DBEA 2ZBTA 4MFDA 1YXDA 1TTPA 1FWRA 1SW0A 3EWBX 1RD5A 4HPXA 4UTLA 3TNOA 1B4EA 3LCFA 4ZQRA 3P82A 4LNYA 3LXAA 3NZRA 2WKJA 4AWUA 3HPZA 2V2HA 3W9ZA 5DBTA 4FXSA 3P81A 2EHHA 3OVQA 3HGRA 3GKAA 2J6XA 4GUIA 4JTSA 2P10A 1KM4A 4EOUA 1I2OA 1FDYA 3TC6A 1S5VA 4FX7A 4LWWA 3UWVA 1O94A 4JX6A 3PSWA 1GT8A 1X1ZA 4K37A 3TMQA 1VYRA 1YLVA 1XXXA 3TW7A 3BK0A 1R2SA 3EWXA 1MSSA 2ZQ0A 3TAKA 1I4NA 3QYQA 3LLDA 1F05A 4N6EA 3W1NA 3Q2DA 4MLJA 3ZWSA 1IGSA 4IOTA 1VH7A 1ME9A 3NQDA 4NQ1A 5F1UA 5FESA 5HWMA 3N9RA 4GWEA 4FHAA 2R91A 1EX5A 4LUIA 2FIQA 2ZDRA 2BXVA 4MFEA 1P4CA 4RV8A 3G1DA 3FKKA 5EYWA 4IPJA 1EB3A 3LM7A 4JYEA 5HMSA 4NU7A 3NYZA 1OX5A 4BWLC 3O16A 4XTDA 3SY5A 4FXRA 5EA9A 3A23A 2RHGA 1EIXA 2ZFAA 1Z48A 4NJIA 2WSYA 3LTYA 3FA5A 1KM1A 4LC8A 2Z6JA 3TIMA 4E2BA 2WNNA 2QCHA 4MUZA 1NAL1 1ALDA 4CQAA 1J2WA 3I6RA 4ZMGA 4RLIA 1VGAA 1WX0A 1TJRA 5K9CA 4IQLA 1VCFA 4XTIA 1RQBA 3VNDA 5K4ZA 3SJ3A 2ISVA 2Y7DA 1AW1A 2E68A 4JTGA 4A3UA 2ZA2A 1TV7A 1DL3A 3GX9A 4CCEA 1QAPA 2C15A 2A0NA 3UZJA 3L21A 3Q37A 3BG9A 1TMHA 1E51A 3T7VA 2YDAA 3W74A 3GR8A 1TQJA 4AH7A 4RXGA 1VHNA 4FX8A 1FY6A 1OX4B 3G22A 3LOTA 3F1QA 3QSRA 4O0KA 3RLUA 3LGEA 4HKPA 4QAIA 4UTIA 4JD4A 2AGKA 1DJQA 3WFAA 1LOLA 3CM4A 3N2XA 1OFQA 2JGQA 2NWRA 3T55A 1SO5A 4TIMA 4LVDA 3HGOA 4PODA 1P0NA 1G4SA 2ISWA 5G1TA 4TX9A 4ZQMA 1TRIA 3PG9A 3MUXA 1W3TA 4M5PA 3O6YX 4RKAA 3O15A 4IJBA 4FNSA 3FIGA 3G8RA 1IXPA 3EX1A 1C29A 2Z1BA 1GVQA 4A29A 3CPRA 1EA0A 2X1SA 3H54A 1GPWA 1GVOA 1LRQA 2V5BA 5HQEA 5G2IA 3KRSA 1WQ5A 4AF0A 3NQEA 2E5BA 3E9AA 3O6DA 2G97A 5TBOA 1MZHA 2E6DA 3L5MA 4IXHA 4K7VA 5EBUA 7TIMA 3KVMA 3NQCA 3UXDA 3M5XA 4O1CA 2NV2A 4N02A 4XKYA 4YMZA 2Y85A 1GVSA 4OHQA 5AC6A 5LNSA 1K7EA 4WXZA 2PRMA 1L9WA 2NX9A 1EWEA 1JUEA 3WJZA 3NQ2A 1HO4A 3TSDA 3NVTA 1H60A 3GDMA 4YCPA 3EX3A 3VE9A 3W7NA 3ATYA 3M43A 1YYAA 1EEPA 2ZRZA 4LT9A 1QPQA 4UTHA 3W7HA 1FCUA 4ADSA 3W1LA 4WJEA 4O52A 3W86A 3SECA 4GXMA 1TTIA 2TSYA 4Y6GA 1Z42A 4H3DA 4HNTA 3N73A 1H62A 4O4VA 4IX0A 1KTNA 1VS1A 3LRKA 3W6YA 3O07A 3W3OA 1Q6LA 2ZTJA 4L4LA 4ZQOA 1VQTA 3TU9A 1YTDA 3R8RA 2Y6ZA 3HMJG 1MEHA 1FX6A 4ML9A 4FEZA 3MI6A 5AHLA 3C8FA 3MO7A 3LHVA 4UIOA 3HOJA 4AMAA 5CZ0A 3IIZA 4CCCA 2C1HA 1OYCA 1A5BA 3ZS4A 5KSWA 3PULA 4JYDA 1A5CA 2I9EA 3GYEA 5AYXA 1W1ZA 4S2CA 4MY1A 5C2XA 3BW3A 2FJKA 1OG0A 2QCFA 3OVRA 3KFTA 5I3IA 3S5YA 1C9DA 1FBAA 3Q58A 2NZLA 3O05A 2V81A 3QH2A 4K6AA 3NXFA 5F4XA 1D3HA 4JGDA 5D05A 1O60A 2ISSA 2CFFA 4DO4A 5FF7A 3IVUA 1UJPA 5AN7A 1H1YA 1SO3A 1PVNA 3MI3A 2NLIA 3HF3A 3IV3A 4TO8A 1QO5A 3LHTA 5AFDA 2QCDB 5DLCA 2ALDA 1RPXA 2DZWA 1DORA 2HTMA 3QMSA 3U8GA 2V2DA 2YFNA 4UNLA 2ZA1A 4EF8A 5FEWA 1PHQA 3PS7A 4DBDA 2GJLA 4PL2A 1VJIA 3IIVA 1YADA 3SSJA 4O11A 3U2OA 5AHNA 1K3UA 1OFRA 2CLMA 2J88A 3RU6A 3WJWA 4JIQA 4MZ8A 1NF7A 3NM3A 4FX6M 4LVFA 3M47A 3NM1A 3DKLA 3W7EA 2Y63A 3UY7A 4UC5A 3LRMA 2DZUA 5K9DA 2E09A 3T78A 2ABBA 2GPTA 4HSNA 2EPHA 4RJEA 3NO5A 3W7RA 3TXVA 3W7GA 1VR6A 4UFKA 1I8JA 3DGRA 4OGZA 4R53A 1W0MA 1TJPA 1JCJA 5KTLA 3QSTA 3GDKA 1FWTA 2VXNA 3PG8A 3B0VC 3BGJA 4R7JA 3IRDA 3W70A 4XBKA 3N14A 1WXJA 2PRHA 3G18A 4UR8A 4K36A 1GOXA 4MJMA 3GNDA 4UFMA 2EGZA 3LLFA 4AAJA 1F6PA 4GRSA 1AW2A 5BMWA 3D0CA 4JTHA 5G2HA 3CT7A 5IM51 5LNRA 2V0TA 3M5VA 3T44A 2C19A 2Z6IA 1WAUA 3LCGA 3N19B 2B7PA 3TJLA 2C3ZA 4AB4A 3W83A 1KFCA 1SQ7A 3FEMA 4OBTA 2X1TA 3KHJA 4WY0A 1KFLA 2I1OA 1BWLA 2QJIA 4LRTA 2FPVA 4RZ6A 2P0OA 3PUDA 3L0KA 2DZXA 3NG3A 3QMRA 4DO5A 1AL7A 3S1XA 3HGSA 5AHEA 3STCA 5HINA 4OWGA 1HTIA 2W6RA 1K02A 3MHUA 4MLRA 4ONVA 1ONRA 1QR7A 5KITA 2VELA 1P0KA 4MVAA 2ATSA 4Y96A 3W2KA 4XZ9A 1TCDA 5G5IA 3PSVA 1FWNA 5H2ZA 4J9JA 1TTQA 4WUIA 2FFCA 3OIXA 3QQ0A 5DY2A 1BWKA 2X30A 2J9YA 4R34A 1ME7A 4POCA 1XBYA 1IXOA 2H8ZA 3CLMA 2QUVA 1Q6OA 4KWWA 3QEZA 4BWLA 5G4WA 1O5XA 5F2GA 4JN6A 1GJPA 1SSDA 2WSQA 1TPH1 3CU2A 3CB8A 3EXSA 1PV8A 3IIXA 4XBSA 3WJSA 4M6VA 3DKJA 1Q45A 5HUPA 1XBZA 2GQAA 4O18A 4AWSA 3WJXA 4O1BA 2BSLA 4GUFA 1GTHA 5DN1A 1GVFA 4DF0A 2YW3A 1ZAIA 4JYFA 4MPQA 5EY5A 1F2JA 3W1RA 4N2YA 1VHCA 4S2BA 2CLFA 3F03K 5CPMA 1I2RA 2FQIA 3C2VA 4FNRA 3IVTA 2XFWA 1VCVA 1VRDA 4PCFA 3DZ1A 4OE7A 4JTKA 1OABA 1JJKA 3PUOA 4DPQA 3W76A 3P8JA 2OCZA 2JBMA 1QOPA 3O63A 3FOKA 3W7PA 5FF3A 1GG0A 3BGGA 4ICNA 3S8HA 3GZ3A 1W5PA 4PC8A 1XBXA 2ZZ7A 3OBKA 2QCMA 3W7DA 2VFFA 5G4EA 5LHFA 5C6MA 3R2GA 4WD0A 3S5OA 3G8EA 2BZNA 3S42A 4AHPA 2VEIA 5K3VA 1EP1A 4K7YA 1JR1A 3M5YA 4U28A 3C4UA 4JXCA 3EX2A 4HNNA 4DO6A 2ZRWA 4GUHA 4M6PA 3UXAA 4YL2A 4JIPA 4BI7A 2HS6A 1AMKA 4O8RA 2ZZ1A 4ZQNA 4ORMA 3LI0A 5KZMA 1H63A 3DBPA 4M6QA 3TCEA 2CU0A 4O16A 2QJHA 1TREA 4WOZA 1LCOA 3PWAA 4LVAA 2JKEA 3G1FA 2RDWA 2WNZA 2V82A 1G4PA 2QUUA 1ZALA 4UCGA 1K7XA 5E0KA 3PBUA 1OYAA 1F76A 1F7BA 3P60A 5CKSA 3NL5A 3A24A 2H6RA 3E96A 1SO6A 1SZFA 3C2RA 3KOFA 4QNEA 4WQ6A 1KA9F 4JS3A 4MZ1A 2FLIA 3QW4B 4Z1DA 3W1QA 4QQ3A 5D38A 1YDOA 1FCVA 3KXQA 2Y70A 1X1OA 1H7XA 3BG5A 3KAOA 4NNBA 4RX0A 3P5YA 4AF0B 4HPJA 1VZWA 3PB0A 1SU5A 5G1YA 3UY8A 1LM1A 1GYNA 3R5EA 4ADUA 4DEFA 1LLWA 2C14A 3LCHA 4BR1A 4D2JA 2NXGA 5GVJA 2A6LA 2R94A 2QDGA 3HG3A 1SZEA 2QKFA 1JULA 3GVGA 3HJZA 3MP4A 4JY9A 3E49A 4DXVA 2X1RA 3NQMA 2Z2UA 2PRLA 4BF9A 1OVDA 1MO0A 3S1VA 4DQWA 1HG3A 2FB2A 1S5WA 3NPXA 3W1UA 4JTLA 3FS2A 6ALDA 3JS3A 5F2MA 5HNRA 3S9YA 4FNPA 3Q94A 3GAKA 1LLZA 4AHQA 1VLIA 3TDFA 1MEWA 1F74A 2NWSA 3LXBA 4PFMA 1YXYA 3CIXA 3EKLA 1VCGA 3A9IA 5HWJA 5DCBA 3RFAA 4M7SA 2W79A 1F6KA 3GDRA 5C54A 4IUOA 2DZSA 1UBSA 3K30A 4LUJA 5U4NA 1WBJA 3O06A 4O12A 3W7CA 1QPRA 4PTNA 2XN2A 3NQFA 3W7KA 2BTMA 1ICSA 1DHPA 4BI6A 3HGJA 2OT1A 1CW2A 1EUNA 4GFSA 3DH7A 3QF0A 4K8EA 4E2DA 1W54A 1KW1A 3PBYA 1H7WA 2PC4A 1DBTA 5T26A 3EX4A 4Y9AA 1K8XA 2PCQA 3EXTA 4LS2A 5F4WA 3TJXA 1QPNA 2CLOA 3W23A 1T0OA 2B4GA 2RFGA 3LTSA 5CSRA 2Y61A 1PHWA 4ADTA 2VENA 2VOMA 3NL3A 3VFLA 4KFNA 3ZWTA 2YGYA 1KM0A 1UB3A 1QWGA 3MYPA 1OJXA 1I2NA 3NPVA 1OK6A 4LS1A 4LS0A 1A5AA 1RVGA 1C8VA 5U7SA 3EWWA 4UTMA 1JUBA 4QNWA 1B9BA 1QMLA 4CNNA 3DFNA 3LHZA 1Z44A 2YFOA 1W5OA 1H7RA 1MXSA 1TYGA 1JCMP 4MY8A 1W31A 1OFPA 2QCGA 3MBDA 5DXXA 1UUMA 2Y62A 2J9XA 2LLEA 4WXYA 2HMCA 4JEQA 4M19A 4UMBA 2R8WA 4HHPA 5I3KA 4IMDA 2BWGA 2RH9A 2C13A 1KFBA 1R47A 4O4WA 1DQXA 1DOSA 3CTLA 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 3KRZ A;  2CZ5 A;  3T40 A;  2V9D A;  3TX9 A;  5E93 A;  2A7N A;  4O50 A;  3NL6 A;  5F2L A;  2Y89 A;  4LTS A;  1XM3 A;  3NPW A;  1F73 A;  3G1V A;  5CZJ A;  4YWI A;  4EVZ A;  1PCW A;  2QCC A;  3B03 A;  1OFD A;  1KM6 A;  8TIM A;  2VFH A;  2GVL A;  4UFL A;  3M6Y A;  3QJA A;  1K03 A;  1ZJI A;  4FNQ A;  3TRO A;  3T4C A;  1TPE A;  3I7R A;  4CLM A;  4OQV A;  3QQ1 A;  1DKW A;  1R2R A;  1X7F A;  3FFS A;  3UWQ A;  2F84 A;  3WK1 A;  3AJX A;  4RZ4 A;  1ZAJ A;  3LI1 A;  3E02 A;  4WZH A;  4BK9 A;  1ICP A;  2KZH A;  3QPZ A;  1Q3N A;  3PB2 A;  2ZZ3 A;  1R2T A;  3UYC A;  2O7Q A;  2DJL A;  2VC6 A;  3USB A;  3A5V A;  3C2E A;  3TV8 A;  5G2W A;  3O8A A;  3N9S A;  1H7O A;  1QPO A;  3MYO A;  2Q3R A;  2F7F A;  1YPI A;  4ORI A;  1XC4 A;  1J4E A;  1XBV A;  3TKF A;  3B0U X;  1NFB A;  3L67 A;  5LZL A;  3OVP A;  3N3M A;  3GAY A;  1WOA A;  4UTT A;  1TPV A;  3ABS A;  1FWW A;  3C61 A;  2NXH A;  3W2M A;  2FPY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LOR A;  2FKP A;  3RCN A;  1E5N A;  5C71 A;  1ZP4 A;  2YR1 A;  3ZVH B;  1XPY A;  5BRB A;  1TQX A;  2E1D A;  1RSC A;  3LRL A;  3PZG A;  4PMD A;  1DV7 A;  4RK8 A;  4X0N A;  2W63 A;  1QHO A;  1KQY A;  5FEX A;  3U7V A;  2ZA3 A;  3GS6 A;  4LEF A;  4JQ1 A;  2JKA A;  1VPQ A;  4DF2 A;  1DIK A;  2VVN A;  3M0Z A;  1Q6Q A;  3WH6 A;  1K9D A;  3CIV A;  5CPT A;  3TYB A;  1Q6E A;  1OF8 A;  3H4G A;  2TRS A;  1UP0 A;  5K2Z A;  1QK0 A;  2DSU A;  4EK7 A;  2I57 A;  5LGZ A;  2W61 A;  4GIE A;  5CC7 A;  3AHX A;  2XZ7 A;  3OIH A;  5CJ5 A;  4ERA A;  1E56 A;  1E6Z A;  1JPK A;  3LBC A;  3A4A A;  3VIK A;  3J7H A;  3VTR A;  2V2C A;  3KVL A;  1VLW A;  1LDC A;  3U48 A;  1OD0 A;  4UBP C;  1KBB A;  2WO5 A;  4XVD A;  4C1K A;  2NUY A;  3TAO A;  5D2Y A;  1XUZ A;  2HCV A;  4ACY A;  4UTJ A;  3AMD A;  4AZ7 A;  1TPB 1;  2X7W A;  1Q66 A;  2B0M A;  4IG2 A;  1WXZ A;  1B5T A;  1WO2 A;  4Y8F A;  3UPB A;  1YPF A;  1BG9 A;  3EPN A;  1UKP A;  5I3H A;  1A3H A;  1MW0 A;  4JTU A;  3S5N A;  2G3F A;  3EEG A;  3SY8 A;  4A3Q A;  3WD4 A;  4NVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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