1GQIA

Structure of pseudomonas cellulosa alpha-d-glucuronidase
Total Genus 282
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
282
sequence length
708
structure length
708
Chain Sequence
EDGYDMWLRYQPIADQTLLKTYQKQIRHLHVAGDSPTINAAAAELQRGLSGLLNKPIVARDEKLKDYSLVIGTPDNSPLIASLNLGERLQALGAEGYLLEQTRINKRHVVIVAANSDVGVLYGSFHLLRLIQTQHALEKLSLSSAPRLQHRVVNHWDNLNRVVERGYAGLSLWDWGSLPNYLAPRYTDYARINASLGINGTVINNVNADPRVLSDQFLQKIAALADAFRPYGIKMYLSINFNSPRAFGDVDTADPLDPRVQQWWKTRAQKIYSYIPDFGGFLVKADSEGQPGPQGYGRDHAEGANMLAAALKPFGGVVFWRAFVYHPDIEDRFRGAYDEFMPLDGKFADNVILQIKNGPIDFQPREPFSALFAGMSRTNMMMEFQITQEYFGFATHLAYQGPLFEESLKTETHARGEGSTIGNILEGKVFKTRHTGMAGVINPGTDRNWTGHPFVQSSWYAFGRMAWDHQISAATAADEWLRMTFSNQPAFIEPVKQMMLVSREAGVNYRSPLGLTHLYSQGDHYGPAPWTDDLPRADWTAVYYHRASKTGIGFNRTKTGSNALAQYPEPIAKAWGDLNSVPEDLILWFHHLSWDHRMQSGRNLWQELVHKYYQGVEQVRAMQRTWDQQEAYVDAARFAQVKALLQVQEREAVRWRNSCVLYFQSVAGRPIPANYEQPEHDLEYYKMLARTTYVPEPWHPASSSRVLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Structural Basis for Catalysis and Specificity of the Pseudomonas Cellulosa Alpha-Glucuronidase, Glca67A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-GLUCURONIDASE
molecule tags Glucuronidase
source organism Pseudomonas cellulosa
total genus 282
structure length 708
sequence length 708
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date 2001-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03648 Glyco_hydro_67N Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A PF07477 Glyco_hydro_67C Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A PF07488 Glyco_hydro_67M Glycosyl hydrolase family 67 middle domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gqiA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1gqiA01
3.90.1330.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain Alpha-glucuronidase, C-terminal domain 1gqiA03
3GYCA 1K9EA 2W67A 4GI6A 1UR9A 5CQ1A 2WZHA 3VIPA 3APGA 1P6WA 3CMJA 1U2YA 3TONA 1QNPA 1XD0A 1JFXA 4X9YA 1CXIA 2AAAA 2PBOA 3UETA 2GJRA 4JFTA 2W63A 2ZUUA 3BAIA 1J18A 4JFUA 3CMGA 5HOSA 2FDMA 2XPKA 1JDDA 4MAVA 1XRVA 1FFQA 4LYQA 3EMQA 2ZXQA 1CTNA 2BY2A 3ECQA 1UD6A 4TX8A 3S6TA 3T0DA 3BSGA 4XZBA 2XWEA 4AD3A 1CEOA 1GOOA 1K9DA 1VBRA 3VILA 1E0VA 1HKMA 1Q6EA 1H09A 2XSBA 3N17A 1CLXA 1E0XA 1ZB5A 1GONA 4ACYA 3DHPA 8A3HA 2YKKA 1UKOA 3WQ5A 3VD4A 4PRWA 1JL8A 4P7RA 5CXPA 2YDSA 3CUHA 1PX4A 2GSJA 2CCRA 1UA7A 4DM1A 1X1NA 3W29A 2WC3A 1W3JA 1B30A 1JZ3A 2D0FA 1KGWA 4W84A 1H2JA 1E9LA 1XHGA 1Z32X 4OKDA 4S3JA 1OIFA 2NT0A 3OZPA 6A3HA 2WVUA 1MQPA 1H41A 4J28A 2UY4A 3W27A 5BRQA 1JZ4A 3GNPA 1E56A 1XSJA 3WMCA 4P7LA 2CESA 4U3AA 3OBAA 2DDXA 1VBUA 4ZENA 2PF0A 1VENA 3AIEA 4HTYA 2VRKA 2W91A 3WDJA 1W9XA 3MMWA 4J3WA 2GK1A 4DM2A 4L4PA 5I0DA 4M80A 4AW7A 4H8VA 1UWRA 1CIUA 4ZEPA 5C8BB 3AZTA 3SUSA 1IZKA 2BNJA 3NIYA 4H2CA 3UG3A 1B31A 3BLPX 1MW1A 3WF0A 3ZQ9A 3CHCA 1D7FA 4DWSC 4J7RA 1CXEA 4XUYA 2YIHA 3FN9A 1R7AA 1W91A 1XCWA 3T2PA 1GZJA 2WSPA 4UFLA 3GM8A 4ZXLA 3E1F1 4KRUA 3K46A 1E3XA 1RP8A 2ZUMA 3L4XA 4LGXA 2ZX5A 3AYRA 3WN6A 4IPLA 2W4XA 5LA1A 3PZ9A 4NF7A 3WDRA 5IDIA 2F8QA 1LQ0A 5TD4A 1CWYA 2Z1KA 1QI3A 1Q6FA 1VJSA 1E4NA 5HBFA 1E43A 4JFSA 1DHKA 3MUY1 1NWUA 1DWIM 1JDCA 3L4TA 1KGXA 1W2PA 4W87A 2CYGA 3ZJ8A 2YL6A 3A6OA 3N11A 2Y8KA 1KCKA 4MB1A 1V0KA 1ZL1A 4AIEA 1QW9A 5CZKA 1C8QA 2XVNA 3CIVA 5FL1A 3VIIA 2WWDA 3LMYA 5M03A 3NSNA 1UYQA 3TOPA 3OLEA 4QLLA 1OGSA 3WQVA 1B0IA 4B16A 1UH2A 3WH8A 1EOMA 1ZJBA 1UOKA 3GZAA 1NOFA 2IXUA 4PMDA 3SCSA 3W81A 4URIA 1IT0A 4B15A 3J7HA 2ZXBA 1V3HA 3WD1A 3BXWA 4PCTA 2CXGA 2WMGA 1H4PA 5BXTA 9CGTA 2D3LA 1U33A 1TCMA 1V6VA 1NWTA 2G3JA 1XC6A 5GNZA 2CBIA 1NOUA 2VNCA 3FNDA 1WAWA 1YQ2A 3GTNA 1H5VA 3VX0A 3PZIA 1FH9A 3ZR6A 1GVIA 1CXLA 2PWGA 3L2LA 1HVXA 1RH9A 5FL0A 5D9OA 2ZUWA 3MMDA 3GNOA 4LYPA 3EDDA 4MADA 1CLVA 1S46A 2J7FA 4CD7A 3MS8A 4CCEA 2DGAA 4M24A 2X1IA 2O9OA 5JIPA 1KXQA 3BAKA 2VCBA 4BCEA 2GDVA 2WMJA 4MB4A 3VU2A 2VO5A 3UCQA 3CGTA 4QDMA 3W28A 1SMDA 3A4XA 1W1PA 4BQ4A 3VVGA 4Q22A 3SCWA 4JHOA 1LG2A 4W88A 5A8MA 1HJWA 4W93A 1J0KA 2BHUA 1V02E 3AMLA 1H49A 5CGMA 2WPGA 4E4PA 1EXPA 5CPTA 3B9AA 5CPSA 2W92A 3BLKA 1J0IA 1R7OA 3WFLA 3SUUA 5A3HA 2JALA 5IFTA 3AYSA 3BCDA 1B2YA 1HXJA 3NYDA 4BA0A 2YL9A 3S2CA 4W7UA 2XG9A 4UFKA 3RJXA 1J0YA 1UR0A 1GQIA 3GXFA 3WNMA 6CGTA 4XB3A 1W9UA 2DH2A 1XV8A 4RE3A 2PWDA 3G6MA 1X6NA 2VR5A 3OA5A 4TVUA 2E4TA 2CBVA 1WKYA 5HPOA 4ZXOA 1CZ1A 1ESWA 2DSKA 3TTSA 3RCNA 1E6SM 3CHFA 1QNSA 4NI3A 2VZOA 5A2BA 3WDIA 3EYPA 3VIHA 2WCAA 2D22A 4PSPA 5AY7A 3OGVA 2J75A 1FP9A 1JF5A 1GORA 3EDEA 4DUXA 4DUVA 3ARQA 3AHTA 5KZ6A 3IJ8A 4BQ3A 5ABFA 1E1EA 1KR1A 1MQQA 1VB9A 3GH5A 1JYWA 7A3HA 2WVSA 2JF7A 1EHAA 2OLHA 1CDGA 1GOQA 1UZ1A 2EPOA 1DWAM 2PBGA 2J7GA 1CECA 4PUDA 1WZAA 3SCUA 1E15A 3W53A 1UD2A 1UR8A 3VNYA 1HIZA 3WD0A 1BSIA 4WLCA 4ACZA 5A6AA 3U5YA 4ZE5A 4D71A 1PEZA 2YDRA 1QI4A 2AOSA 2IXVA 2WHKA 1UD8A 1HL9A 4CD8A 1MVYA 2CPUA 3L4UA 1L0PA 5A2AA 1ZU8A 1MXGA 2DH3A 2ZUVA 1WZMA 2G3IA 4AISA 4YHEA 2FGZA 4AEFA 5I5RA 2QV4A 1LL4A 3DYPA 5M3WA 4QP0A 3WNPA 3LPGA 2Y4SA 1UWQA 1V08A 2XM1A 3MKKA 4PMZA 3AHXA 3WH7A 3II1A 4D6HA 3SIMA 1TE1A 2HISA 4H8HA 1AQMA 3CZEA 3VTRA 2C7FA 3BAWA 3I3DA 4QCFA 2YA1A 1RP9A 3ARUA 4UR9A 2XTKA 1E72M 1LL7A 4IISA 2DSZA 1PIFA 2WZEA 3NDYA 2VCCA 1HN1A 3NJ3A 5BYWA 2ZICA 2BY1A 4MNKA 3GBEA 4UFJA 3VGGA 2J7CA 5I6SA 4CVWA 4LXFA 1C90A 2WBKA 2ZWZA 1ZBKA 1UWSA 3NUKA 2J4GA 3ZSSA 4UOQA 4D6GA 4DWSB 3T0BA 2XFFA 1JXJA 5DO8A 2W61A 1ODUA 2V3DA 3F5LA 2Y24A 3WQWA 4M56A 1FFRA 1K9TA 1NM9A 4QCEA 1TR1A 3VX1A 2VRQA 3N04A 4UQDA 5A6LA 5HNNA 2YL8A 2ZUNA 2X2YA 1MQRA 3AICA 3M07A 1E5NA 2WLZA 4GZJA 2BV9A 2RGMA 3AMCA 4N0RA 4J3XA 3AIRA 5A6JA 2VTFA 1M7XA 3NSMA 3VMOA 3OZOA 1PX3A 1OIMA 1V6WA 2JEPA 3HJEA 1LL6A 2WC4A 1QBBA 4CD5A 1JD7A 1OBAA 3WNLA 4KGLA 2UY2A 4C91A 2Y8VA 3T08A 3L4VA 5CG0A 4JIEA 3VD3A 1W1TA 1C7TA 3WF1A 4AZCB 4X0NA 4AZ5A 4MTVA 1BTCA 3FHAA 2CHNA 4HA1A 1JIBA 2WW5A 1UR2A 1DWJM 4PMVA 2EXOA 5A2CA 3W37A 4M81A 2FHCA 4MDOA 3ARSA 5JUVA 1KFWA 1E5JA 1FH8A 3DYMA 3BGAA 2QMKA 3UR8A 1OGBA 3GXDA 4WKFA 1CGWA 4WIWA 2B31A 3GNRA 1V3LA 4PSRA 3PTKA 2WVTA 1ISVA 3OB8A 1E1FA 3ZJ7A 4W8BA 3AI0A 4WSJA 4YN5A 1MW2A 1ISYA 4D6CA 4AD1A 3VGHA 4CKQA 2BVYA 3WY1A 5CLWA 2ZUSA 3IANA 1OT1A 1NP2A 1WNOA 3ARWA 3RM9A 1VFMA 1W9PA 2ZE0A 2WMHA 2WM0A 3SURA 1XYFA 1TUXA 2WANA 1J0HA 1CXKA 1EO7A 2CITA 1EDQA 1MFUA 4FLOA 3DECA 1ZBVA 5CSUA 2X0YA 3AIWA 4JCLA 4MNLA 2VMFA 2G4FA 5FD0A 1M01A 1J0ZA 4D6DA 1VJZA 4GO8A 1UWTA 5D9NA 1C8YA 3GBDA 5HDRA 3HMCA 2QHAA 4XV0A 1JAKA 3VDHA 5E09A 3MV11 4ATLA 3N15A 1OD0A 4AD4A 1HJSA 5F7UA 1JDAA 2NSXA 3WD2A 4TVCA 1GQLA 5CPQA 4EE9A 4F79A 4UZUA 3CUFA 4P8WA 2DPEA 1YHTA 4LQ1A 1CGVA 3VDCA 4P8UA 4PEEA 3SCRA 2AMGA 5A8NA 1JI1A 4IUGA 3BAJA 2OSYA 1XGZA 3WENA 1V3KA 3L4ZA 4H8UA 1VEMA 5AC4A 5CJ5A 1OGGA 2GK1B 3U57A 7TAAA 3BMVA 1ISWA 4CVUA 3MUAA 1JYXA 1HJXA 1ITCA 3M46A 4ZE4A 5E0CA 5E9AA 3W24A 4M82A 1QI2A 3LPOA 4LYRA 3WD4A 4U5KA 4EANA 1C92A 3CZGA 2V5CA 4K68A 1BVNP 2BS9A 3AMKA 1JGIA 3WEZA 3SCNA 1E6XM 1J01A 4UQ9A 5A6BD 1E0WA 1BYBA 4AYSA 1ECEA 3IJ9A 2FH8A 1SYTA 3B9DA 3ARPA 4CGTA 4OZOA 1GOKA 2FH6A 1OM0A 2PWEA 3CHEA 4Y7EA 3ZR5A 2GVYA 2JEQA 3VM7A 4M1RA 4KWUA 1AVAA 1E3ZA 1V02A 4AZ6A 5JBEA 1VEOA 1H0GA 1I1WA 1A47A 4H04A 1AQHA 3VMNA 1XH2A 4L4OA 2OYMA 3CUGA 2CKSA 3F4VA 2DT2A 3SCOA 4EKJA 4CU7A 3MV01 3A4WA 4H7VA 3WUBA 1OINA 4EK7A 1UH3A 3UEQA 1BG9A 1HVQA 3WEOA 1B3WA 2XJ7A 3AJ7A 4UQCA 1FOBA 4GO9A 3A47A 4V28A 3VIMA 2BXYA 1F4HA 3PZUA 3O6AA 2XM2A 5A94A 2XUCA 4X0VA 3POCA 3QOMA 3MUIA 3A4AA 2ZX7A 3AS0A 4TVDA 4UQBA 4XZWA 3WD3A 1DEDA 1IZJA 1W9DM 1ZBWA 1BF2A 2JFEX 4KMQA 2DIEA 4A4AA 1UR1A 4GQRA 3PTMA 4A3YA 1JF6A 4W89A 1GUVA 4PN2A 1X6LA 2VX7A 2DEPA 1I1XA 4FMVA 4U2YA 4E8DA 1G01A 1E6QM 2VI0A 3AZRA 5A8QA 2Z1SA 1EOKA 3M7SA 2MANA 2JIEA 3AHVA 1JYVA 3WH5A 2XVKA 1EDGA 3WQ4A 2YBUA 4UQAA 1TVNA 4M29A 5FOOA 4C90A 1E4IA 4Z2LA 3K4DA 1UR4A 3CO4A 2GJPA 5LA2A 4UOJA 4Q7NA 4H41A 1HP4A 5FKYA 1XYZA 3FXYA 4BZYA 1BVZA 3FY1A 1JG9A 1NP0A 3WL0A 3N18A 3AXXA 4UOZA 3CTTA 3VD9A 3PBGA 1HKJA 1G0CA 1PX8A 3WH6A 2BFGA 4AZGA 4F9JA 2QPSA 1CGXA 4HOZA 1BG4A 2GDUA 5I79A 5LYRA 3AXIA 5EB8A 2NW0A 4AIOA 3K1DA 3SEPA 3PZNA 1FP8A 1NH6A 1LWJA 1MW0A 3ALGA 4D6IA 4U33A 4AZBA 1JZ7A 3QHMA 2Q8XA 1VRXA 2WHJA 5FIPA 3CH9A 2TAAA 3OGSA 4TXEA 1BFNA 3BC9A 1BPLB 1TA3A 1TZ7A 1VF8A 4ZFMA 1JXKA 1GHRA 4PMRA 3SUWA 5BXSA 1KB3A 3BCFA 2CBJA 2J79A 2CNCA 2O9TA 2YBTA 2CETA 3WMBA 2D1ZA 4JKMA 4W8AA 5EMYA 3VPLA 2XVGA 4D1JA 3AZSA 4JZ5A 1BYCA 1Q4NX 3BMWA 4QLJA 1TFVA 3HU7A 3ZSTA 2VX6A 4W5UA 4C7GA 2VL4A 3WFZA 1HJVA 1PZ3A 1U30A 5LA0A 2DSVA 4QFUA 4ATWA 2ZX6A 3QHOA 1L8NA 4TTUA 3NSXA 1W1VA 3AFBA 3ZIZA 1XH1A 4WK9A 3KL5A 2W62A 2WMIB 3WL1A 3B8SA 4CU8A 2UWFA 3RMEA 1Q6GA 3WNOA 3ARRA 3O2LA 1VFFA 5I77A 3VINA 1KBKA 5GNXA 2D2OA 1ISXA 1WCGA 4WJXA 2QMJA 3K8LA 1QPKA 1E6ZA 5DMYA 3LPPA 2HVMA 4OOUA 1W9VA 4UFMA 5ABFB 2F2HA 4GIAA 2DSUA 4FLRA 4IPNB 3ZT7A 1CYGA 3WDQA 1A3HA 3OLDA 4AZIA 4HU0A 1KR0A 5GQBA 3SCPA 1XH0A 2PWHA 3CZ8A 2YA2A 1CNVA 3AROA 4CCDA 1QHZA 1JFHA 1E71M 1E4LA 4ACZB 1UD5A 1WE5A 3ZOAA 4HA4A 5KEZA 1UWUA 3K4AA 1PBGA 2WVVA 3VIGA 5E0FA 4TUFA 4UQEA 4FK9A 4GI9A 5GPRA 5A8OA 3PZTA 2DT3A 5A6BA 1BGGA 4D6JA 3KL0A 1GQKA 3THDA 4MJ4A 2QLYA 1EHNA 3EMCA 3OIHA 2ZX8A 2J62A 3M6DA 3UG5A 1J12A 4V27A 3SCTA 3WBAA 3N13A 3CZLA 2E40A 5I2UA 4AZ7A 5D4YA 5DT7A 3T2QA 3WNKA 5IFPA 3N9KA 2A3HA 3VDBA 1HJQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GYC A;  1K9E A;  2W67 A;  4GI6 A;  1UR9 A;  5CQ1 A;  2WZH A;  3VIP A;  3APG A;  1P6W A;  3CMJ A;  1U2Y A;  3TON A;  1QNP A;  1XD0 A;  1JFX A;  4X9Y A;  1CXI A;  2AAA A;  2PBO A;  3UET A;  2GJR A;  4JFT A;  2W63 A;  2ZUU A;  3BAI A;  1J18 A;  4JFU A;  3CMG A;  5HOS A;  2FDM A;  2XPK A;  1JDD A;  4MAV A;  1XRV A;  1FFQ A;  4LYQ A;  3EMQ A;  2ZXQ A;  1CTN A;  2BY2 A;  3ECQ A;  1UD6 A;  4TX8 A;  3S6T A;  3T0D A;  3BSG A;  4XZB A;  2XWE A;  4AD3 A;  1CEO A;  1GOO A;  1K9D A;  1VBR A;  3VIL A;  1E0V A;  1HKM A;  1Q6E A;  1H09 A;  2XSB A;  3N17 A;  1CLX A;  1E0X A;  1ZB5 A;  1GON A;  4ACY A;  3DHP A;  8A3H A;  2YKK A;  1UKO A;  3WQ5 A;  3VD4 A;  4PRW A;  1JL8 A;  4P7R A;  5CXP A;  2YDS A;  3CUH A;  1PX4 A;  2GSJ A;  2CCR A;  1UA7 A;  4DM1 A;  1X1N A;  3W29 A;  2WC3 A;  1W3J A;  1B30 A;  1JZ3 A;  2D0F A;  1KGW A;  4W84 A;  1H2J A;  1E9L A;  1XHG A;  1Z32 X;  4OKD A;  4S3J A;  1OIF A;  2NT0 A;  3OZP A;  6A3H A;  2WVU A;  1MQP A;  1H41 A;  4J28 A;  2UY4 A;  3W27 A;  5BRQ A;  1JZ4 A;  3GNP A;  1E56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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