1GQLA

Structure of pseudomonas cellulosa alpha-d-glucuronidase complexed with glucuronic acid and xylotriose
Total Genus 280
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
280
sequence length
701
structure length
701
Chain Sequence
EDGYDMWLRYQPIADQTLLKTYQKQIRHLHVAGDSPTINAAAAELQRGLSGLLNKPIVARDEKLKDYSLVIGTPDNSPLIASLNLGERLQALGAEGYLLEQTRINKRHVVIVAANSDVGVLYGSFHLLRLIQTQHALEKLSLSSAPRLQHRVVNHWDNLNRVVERGYAGLSLWDWGSLPNYLAPRYTDYARINASLGINGTVINNVNADPRVLSDQFLQKIAALADAFRPYGIKMYLSINFNSPRAFGDVDTADPLDPRVQQWWKTRAQKIYSYIPDFGGFLVKADSEGQPGPQGYGRDHAEGANMLAAALKPFGGVVFWRAFVYHPDIEDRFRGAYDEFMPLDGKFADNVILQIKNGPIDFQPREPFSALFAGMSRTNMMMEFQITQEYFGFATHLAYQGPLFEESLKTETHARGEGSTIGNILEGKVFKTRHTGMAGVINPGTDRNWTGHPFVQSSWYAFGRMAWDHQISAATAADEWLRMTFSNQPAFIEPVKQMMLVSREAGVNYRSPLGLTHLYSQGDHYGPAPWTDDLPRADWTAVYYHRASKTGIGFNRTKTGSNALAQYPEPIAKAWGDLNSVPEDLILWFHHLSWDHRMQSGRNLWQELVHKYYQGVEQVRAMQRTWDQQEAYVDAARFAQVKALLQVQEREAVRWRNSCVLYFQSVAGRPIPANYEQPEHDLEYYKMLARTTYVPEPWHPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The Structural Basis for Catalysis and Specificity of the Pseudomonas Cellulosa Alpha-Glucuronidase, Glca67A
pubmed doi rcsb
molecule keywords ALPHA-D-GLUCURONIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Cellvibrio japonicus
total genus 280
structure length 701
sequence length 701
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date 2001-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03648 Glyco_hydro_67N Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A PF07477 Glyco_hydro_67C Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A PF07488 Glyco_hydro_67M Glycosyl hydrolase family 67 middle domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gqlA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1gqlA01
3.90.1330.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain Alpha-glucuronidase, C-terminal domain 1gqlA03
2A3HA 2GDVA 2W62A 2V3FA 3N17A 4X0NA 2J25A 2VCAA 1CWYA 2VZVA 4PEEA 4PCTA 3VIGA 3BH4A 5D4YA 3WF4A 4LYRA 3OB8A 1NH6A 1B30A 2FDMA 1KB3A 4F79A 1RH9A 5BYWA 1BYAA 1TA3A 2XVPA 1E6PA 3FXYA 5IXEA 3MU7A 1H09A 1WDSA 1FP8A 4LYQA 1CEOA 1X6NA 4J3TA 3W6MA 1D3CA 3EDDA 3EMCA 5AYBA 4CVUA 2GK1A 3OLDA 3IJ9A 3OLIA 4Z2LA 3W4RA 1PZ3A 3GTNA 1JD9A 2ZWYA 3ARXA 3VIFA 1J0JA 3EMQA 1EDTA 1NWTA 1TA3B 1HXJA 1B1YA 2JF6A 1EHNA 2FHCA 4B3KA 1CXFA 4U2ZA 2VURA 1WNOA 2CIPA 3U7VA 1EO5A 1CBGA 4P7RA 1UR9A 3NCOA 3W81A 2XJ7A 1KCLA 4AMCA 4WSKA 3VM5A 1EQCA 3CUGA 2JIEA 2GK1B 4MNJA 2VNCA 2BVDA 5AC5A 3IJ8A 4MB3A 1PX8A 3TTYA 2WZHA 1KXHA 4FLQA 4DUXA 2WC7A 2DH2A 3GXFA 1GVIA 1MYRA 4U31A 3GXMA 4S3KA 3ZR6A 2IUZA 3FN9A 1EHAA 4W8BA 1E5NA 2JEPA 1V3MA 1FH8A 2G8ZA 3AQUA 2XUCA 1R7AA 2DSWA 4RE4A 4H8HA 8CGTA 3TONA 3GNPA 1J01A 2CNCA 4LQ1A 4ATWA 1JAKA 5E6ZA 3PTMA 1QHPA 4W93A 4H41A 4Z2KA 3WDJA 1HL9A 3B9DA 4TTGA 2OSXA 1CIUA 1GOMA 1V0NA 3WDRA 3PZTA 1V02A 1XHGA 3VU2A 2BY3A 4E8CA 3QHOA 3VX1A 1W91A 3ARWA 1E3ZA 4OUEA 1XSJA 1QI0A 5EMYA 3WD1A 4L4PA 1H41A 1J0YA 3W27A 3OGVA 4AW7A 1JD7A 1ODUA 1IZJA 5IFTA 2GJXA 1WDQA 3VMPA 3RMEA 1BPLB 2AOSA 2VX4A 1QPKA 3MO4A 4FMVA 3PZGA 4MB1A 2BHYA 4CVWA 4Z2IA 4HU0A 2WVTA 1FHLA 5A8MA 2XFFA 3PTKA 2WXDM 1V3KA 2VI0A 3VOCA 1JYNA 3WELA 1DEDA 3AISA 5LA1A 4NI3A 1ECEA 3AHZA 1SR0A 3T0DA 3ALGA 1JZ8A 5HPCA 1H0IA 2W67A 2GJXB 4W88A 4P7NA 4J28A 3PZMA 3ZSSA 2ZX8A 4ACZB 4BA0A 2WAGA 4AZIA 4D6CA 1V3HA 3AMLA 3WQVA 4PTVA 4DM2A 4LXFA 3CHDA 1UZ4A 5E9AA 1H2JA 5GNYA 1PX3A 1TZ7A 1BYCA 2D22A 3AS3A 1QHZA 2QPSA 3SCOA 3UERA 4V27A 3OBAA 2ZE0A 3BMVA 1K9EA 2OYKA 3RPMA 3NDZA 5DF0A 2XSBA 3ZT6A 2RGMA 3DYOA 3QOMA 1XH1A 2WHLA 3WH9A 1V6XA 3SUUA 3IAQA 5JBFA 2J7FA 3M6DA 1LL7A 4BF7A 1JIBA 1IT0A 2WNWA 1JNDA 2WKGA 4AZBA 3N15A 3F5LA 1J10A 3KE0A 4JIEA 4JZ5A 4Q22A 4D6EA 5A6BA 3AHTA 1XH2A 4UFMA 2VOTA 3AIUA 2WMFA 2E8ZA 4JKKA 3UEQA 2FH6A 7A3HA 2BY0A 1FP9A 3VDAA 3W24A 3BAWA 1QNQA 1VIWA 1RD6A 4PMQA 4BCEA 5FCZA 2DIJA 1Z32X 2ZUSA 4CCDA 3APGA 3WDPP 3GH4A 3KZSA 3SCSA 1UKSA 5A94A 5CSYA 4IPNB 3A47A 2IXVA 2CYGA 2ZUTA 3WNMA 1MQRA 2CBVA 4GQQA 1HT6A 2G3MA 3AICA 4B16A 2V3DA 1XGZA 1KBBA 1XCWA 4AYSA 2BHUA 3AXXA 2ESCA 4XZBA 4OIFA 2PWEA 5CPTA 1FA2A 3VNZA 1ISVA 3NSMA 1E15A 1JF6A 1NP2A 2VCCA 3GM8A 5FIPA 1F4HA 1JFHA 3TTOA 3LPGA 4U5IA 4WIWA 1QNRA 4PTWA 1CXIA 3VD4A 2WMIB 2W5FA 1ISXA 3AXHA 5CLWA 4M1RA 3A4XA 4M24A 2VO5A 1E6QM 1OINA 2WHJA 4WLCA 1WE5A 1B3WA 3SCUA 2BXZA 4L4OA 3EDKA 1GOKA 1K9DA 3AZTA 1UOKA 4JHOA 5CZKA 2WMJA 1TR1A 1CGWA 4TVDA 4NF7A 2ZUWA 4JL1A 3IANA 5M3WA 1QNOA 4HMDA 1VFMA 2A3AA 3ZIZA 2V5CA 3U5YA 3MV01 2ZXBA 2AAAA 2W63A 4XV0A 1GQJA 1UA3A 4NRSA 3AI0A 1G94A 1DP0A 3EBVA 4P8XA 5ECUA 4EKJA 2VC9A 2X0YA 4AWEA 3KWXA 1WKYA 3RDKA 2DIEA 1WDRA 3EDEA 3ZR5A 4C90A 1VAHA 1E73M 1A47A 4CU8A 2WB5A 1FH9A 1Y7VA 2CITA 5EB8A 4URIA 2XVKA 2D2OA 2C0HA 1ZBCA 5A6JA 1JI1A 2NT1A 1CZ1A 1NP0A 4P8UA 5M17A 3MMDA 4XUYA 4ZFMA 3EMZA 3MUZ1 4W7WA 1KXTA 1B31A 4OBRA 3A6OA 3A4AA 3AIWA 2VQUA 5CLTA 3MSGA 2Y4SA 1GJWA 3PBGA 3CHFA 1JG9A 2VZOA 2WMHA 3T2OA 4KRTA 4WK9A 5E0FA 1WAWA 4ATDA 4M80A 2EJ1A 1MW1A 1GQIA 3WQ5A 4GZIA 1PIFA 2EBNA 2DSUA 3EYPA 4DUVA 4E2OA 3WKZA 5KEZA 1UR8A 2ZUVA 1OIFA 2J78A 4AZHA 5I3DA 3BLKA 1LF1A 3B9AA 4XB3A 3RM8A 1CPUA 1WZMA 3WUFA 2ZXQA 4AIEA 3MKKA 4JFWA 1W3LA 3W38A 4HZ7A 1E6ZA 3GDBA 3L4VA 3M07A 4UOZA 5A3HA 4ZE5A 2J7HA 4MPKA 4N42A 3KEHA 5HBFA 4GIAA 1I1WA 3CBWA 1QI4A 2YJQA 4WJXA 5F7UA 2CEQA 2VCBA 1UD3A 1QBAA 4QFUA 4W8LA 2JIWA 1C91A 1VFFA 2YBUA 2XM2A 1W3HA 1C92A 1NQ6A 1LQ0A 2XYLA 1V0MA 7TAAA 3MV11 1BYBA 2VX7A 1NM9A 4HOZA 3T09A 2YL6A 2OWWA 3ZJKA 2O9RA 4IM4A 1E4MM 3L4TA 2YL8A 4CN1A 4PMZA 2DT3A 1W1PA 5D9OA 3UG4A 3FY1A 1OD0A 3IJ7A 5LA2A 2MANA 3DYPA 3WEOA 2VVSA 4X9YA 5LYRA 2GDUA 3UESA 5C8BB 3DHPA 4P8VA 1K9FA 2BXYA 3NDYA 4PBGA 3W82A 5CQ1A 5CGMA 1E0WA 4IPLA 3GXIA 4QLJA 4ZXLA 3CMGA 1ISWA 3EDFA 3LMYA 3OIHA 5E09A 3VIIA 4UTFA 4PMVA 5CG0A 3BCFA 1AMYA 1UD8A 2WMKA 4WKAA 4AZ7A 2UY5A 5A95A 2CERA 2B31A 3ARYA 2D20A 3CUHA 2QF8A 4CD7A 4KRUA 2D24A 4CD5A 4F9JA 1NWUA 1UWSA 4Z2HA 5A2BA 2XM1A 1E6NA 4J27A 3WD4A 1ZJAA 5E0CA 1B3ZA 3I3DA 5FL0A 2O9TA 3AROA 2G3JA 2D23A 4DWSC 1B3VA 3RIKA 3WH7A 1Q4NX 5A6BD 1EO7A 1WZLA 2YBTA 1W2VA 1Q6CA 3N13A 2EPMX 1W1TA 5A2CA 1E6XM 4R27A 4A3YA 3TA9A 3CIVA 2J77A 1HP5A 5ABFA 1UD6A 2G41A 1CXLA 1FFQA 3AIRA 3RCNA 3VO0A 3N18A 1V08A 2J75A 2BHZA 1WZAA 2WWCA 2XG9A 4MDPA 5GQBA 1J0HA 2CESA 4J3UA 4CU7A 2PC8A 3QR3A 2J7BA 3IAPA 4XZWA 4LYPA 3ZJ7A 2PWHA 1C8XA 3VD5A 1VENA 3UG3A 4IISA 4EAMA 2VR4A 4BQ2A 1M04A 2D0HA 1V02E 4XX6A 5ABFB 1J12A 1J0ZA 3BMWA 3N1AA 2GJRA 5LA0A 3WH8A 4MNMA 1VRXA 4PN2A 4PMNA 4D1JA 1HF6A 5D9PA 1TG7A 3L4ZA 2BY2A 3GYCA 2XGBA 1QI5A 3VGDA 4B9ZA 2J8GA 4CCCA 1FH7A 1E0XA 2TAAA 4JFSA 4UNIA 4C7DA 2XIBA 2XGIA 7CGTA 3FAXA 2VT0A 4P7QA 4UCFA 1BHGA 2VZUA 1CNVA 3U57A 3AMGA 1G0CA 1X1NA 3CZJA 2Y8VA 1HKIA 2VTFA 2CETA 2VUYA 3VDHA 2QLYA 2J7CA 1EQPA 1NWSA 5AY7A 3RM4A 1UA7A 4MAVA 1XSKA 2BNJA 4JL2A 1JYXA 1V3JA 4D6DA 4PRWA 1LL4A 3BGAA 2E3ZA 1UZ1A 4GO9A 1OCQA 1VFOA 2EXOA 3CZKA 4RE2A 4AZGA 3J7HA 5DFAA 1H4PA 1G01A 3GH5A 1VEPA 4J3XA 3VPLA 5A8QA 4UR9A 3SCVA 3L2MA 1H1NA 3T08A 2CBIA 3PN8A 3WNPA 1MXDA 1HJSA 3SURA 5BRQA 3PZVA 3CH9A 1QOXA 1GJUA 1NOUA 2DPEA 5E6YA 1PX4A 2FH8A 3AOFA 2CKSA 3AIEA 2FHFA 2WVSA 3OZPA 3THCA 4D6GA 1HJVA 2OLHA 3AHXA 1EDGA 5M5DA 4HOWA 1UWUA 1BAGA 2WBKA 5BXPA 1H3GA 3N9KA 1JDCA 3RJXA 1LWHA 1H49A 4TX8A 4W5ZA 1OGBA 4TVCA 3ZJ6A 3K8KA 4Q7NA 3WEZA 1AQ0A 2D1ZA 3WH6A 3ALFA 3WUBA 2WK2A 2C7FA 4MB5A 3K46A 2EPKX 5D9MA 1VF8A 1C8QA 3WQ4A 3AIBA 4AD3A 3TTQA 4AISA 4U2YA 2ZOXA 4AZ5A 1WPCA 1PEZA 1EOKA 3AYSA 1H0GA 2A3EA 4JCMA 4QCEA 3TTSA 5I23A 4JKMA 3WFLA 3SUVA 3WD3A 1B0IA 1F4AA 5EBAA 2JE8A 1L8NA 4JFTA 1UR0A 1B2YA 3WD0A 2W66A 1MW0A 1HIZA 3MSDA 1DTUA 3N11A 4RE3A 3CGTA 1R8LA 4RL3A 3NYDA 3OGRA 1QI2A 1JXJA 3NSNA 1U2YA 2QV4A 2BVYA 1CXEA 1WP6A 2DQXA 3EDJA 4H7VA 4D6FA 2CHOA 2WM0A 1JZ3A 2PWFA 2WW5A 1E56A 2YA1A 1PBGA 3ARVA 1KBKA 2WCAA 1M01A 1HX0A 3WF1A 1VEOA 2XSAA 2YLLA 1U30A 1V0LA 3BSHA 5CSUA 2Y5EA 3AIVA 4AXNA 1R85A 6TAAA 1OBAA 2FGLA 1XYZA 2PWDA 4CKQA 2YDQA 4PMYA 5C70A 1PPIA 2QMKA 3PZIA 2EPNA 2WZIA 3ARTA 2XVGA 1HNYA 2BS9A 2PB1A 3WH5A 3FHQA 4E4PA 1GUVA 4CUCA 4GPNA 5GNZA 2V5DA 3SCQA 4BQ5A 4M29A 4TX6A 2WBGA 1BVNP 3D3AA 3WNNA 2C8NA 3T2QA 3SCNA 2G3NA 3FAWA 4WF7A 2J7EA 3DC0A 1UD2A 5ABGA 4GKLA 3L4XA 5A69A 1UKPA 4UFJA 3CUIA 1ESWA 1AVAA 4UQEA 3WD2A 3BXWA 1ODZA 1RP8A 1EOMA 3VD3A 1E55A 5A8OA 1ZBWA 1OSEA 4UQAA 3POCA 3ARQA 3WQ8A 3SEPA 2YA2A 3ECQA 3KL3A 4U33A 4YHGA 2DGAA 4PSPA 1CTNA 3WY1A 5GPRA 2BVTA 4D72A 2CCRA 3O9NA 4PMXA 5JBDA 1UR1A 2O92A 3K1DA 1W1VA 3AZRA 3BAXA 1J9YA 2DDXA 2ZX6A 2XPKA 2QPUA 3FHAA 1TVNA 1UWIA 3F5JA 1ZBKA 3SUWA 1KGUA 2J7GA 5FD0A 3QHMA 5JIPA 1X6LA 2DSKA 1UKQA 4FLOA 4AD2A 5I5RA 5A6LA 3F4VA 4OKDA 5HOSA 3ZJ8A 5E70A 3FW6A 3KL0A 3OG2A 4W8AA 1V6WA 1XH0A 1V6UA 4B9YA 5JIWA 3ZM8A 2FHBA 3VDCA 1GCYA 2VL4A 3TP4A 2V3GA 4OBSA 4D6IA 3WENA 3VGFA 1OB0A 1J0KA 2E9LA 5FKYA 1Q6FA 1A3HA 1R7OA 2EPOA 1DWFM 1JI2A 2VZSA 1AQHA 1E9LA 1KR1A 2YLAA 3BLPX 5A6SA 1V6VA 1JZ7A 4NZCA 5CJ5A 3AHVA 3WL1A 1J11A 3NSXA 1OT1A 3BSGA 4D6HA 1DWGM 3AYRA 5A6MA 1VJSA 1JDAA 4J3SA 4B15A 4QP0A 4CCEA 1H5VA 5BROA 1CGTA 3CMJA 4UQCA 3W28A 2XTKA 3VILA 4P7OA 2CHNA 1JGIA 2J7DA 1GQKA 2YIHA 5IDIA 1BSIA 3VVGA 2NSXA 1W2PA 1EA9C 1QHOA 4LGXA 5CXPA 4TXEA 4GI6A 2X05A 4K68A 1KWGA 4HA1A 1C8YA 1UH2A 3AMDA 3PZNA 2DH3A 2WLZA 1FHDA 2WSKA 5FOOA 2Z1KA 1MWOA 3WSUA 1GOIA 2GUYA 1K9TA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2A3H A;  2GDV A;  2W62 A;  2V3F A;  3N17 A;  4X0N A;  2J25 A;  2VCA A;  1CWY A;  2VZV A;  4PEE A;  4PCT A;  3VIG A;  3BH4 A;  5D4Y A;  3WF4 A;  4LYR A;  3OB8 A;  1NH6 A;  1B30 A;  2FDM A;  1KB3 A;  4F79 A;  1RH9 A;  5BYW A;  1BYA A;  1TA3 A;  2XVP A;  1E6P A;  3FXY A;  5IXE A;  3MU7 A;  1H09 A;  1WDS A;  1FP8 A;  4LYQ A;  1CEO A;  1X6N A;  4J3T A;  3W6M A;  1D3C A;  3EDD A;  3EMC A;  5AYB A;  4CVU A;  2GK1 A;  3OLD A;  3IJ9 A;  3OLI A;  4Z2L A;  3W4R A;  1PZ3 A;  3GTN A;  1JD9 A;  2ZWY A;  3ARX A;  3VIF A;  1J0J A;  3EMQ A;  1EDT A;  1NWT A;  1TA3 B;  1HXJ A;  1B1Y A;  2JF6 A;  1EHN A;  2FHC A;  4B3K A;  1CXF A;  4U2Z A;  2VUR A;  1WNO A;  2CIP A;  3U7V A;  1EO5 A;  1CBG A;  4P7R A;  1UR9 A;  3NCO A;  3W81 A;  2XJ7 A;  1KCL A;  4AMC A;  4WSK A;  3VM5 A;  1EQC A;  3CUG A;  2JIE A;  2GK1 B;  4MNJ A;  2VNC A;  2BVD A;  5AC5 A;  3IJ8 A;  4MB3 A;  1PX8 A;  3TTY A;  2WZH A;  1KXH A;  4FLQ A;  4DUX A;  2WC7 A;  2DH2 A;  3GXF A;  1GVI A;  1MYR A;  4U31 A;  3GXM A;  4S3K A;  3ZR6 A;  2IUZ A;  3FN9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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