1GQN | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	252
structure length	252
Chain Sequence	MKTVTVKNLIIGEGMPKIIVSLMGRDINSVKAEALAYREATFDILEWRVDHFMDIASTQSVLTAARVIRDAMPDIPLLFTFRSAKEGGEQTITTQHYLTLNRAAIDSGLVDMIDLELFTGDADVKATVDYAHAHNVYVVMSNHDFHQTPSAEEMVSRLRKMQALGADIPKIAVMPQSKHDVLTLLTATLEMQQHYADRPVITMSMAKEGVISRLAGEVFGSAATFGAVKQASAPGQIAVNDLRSVLMILHNA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__60714147572045__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__60714147572045__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GQN/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__60714147572045__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"60714147572045","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GQN/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__60714147572045__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb3d607c7280e01a1fd664/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb3d607c7280e01a1fd664/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhi
publication title	Comparison of Different Crystal Forms of 3-Dehydroquinase from Salmonella Typhi and its Implications for Enzyme Activity pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
total genus	89
structure length	252
sequence length	252
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2001-11-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1gqnA00

3L65A 3UY8A 3TIMA 4GUJA 1H7NA 3RLUA 1KLZA 4GXMA 5DELA 3BO9A 1SZFA 4N4PA 4EVZA 3IIVA 2J88A 3WJZA 2ZYFA 4ADTA 1CI1A 4XTDA 3IIPA 4TX9A 2HSAA 1K8ZA 1ZY9A 3LERA 3B06A 4JEQA 3IVUA 4YMZA 3TE9A 2C14A 3N14A 1AW2A 1JCXA 5K4ZA 1QCWA 3LLDA 1VCGA 3O16A 4DF1A 1TTIA 1TPFA 2FJKA 2QCFA 3MBDA 4CCCA 3N9RA 5G2HA 3P62A 4RX0A 4UFJA 5KSWA 3LCHA 2B0MA 3LXAA 1KBIA 1OX4A 5I3IA 5G2IA 4DELA 4DPQA 4YCOA 1T8XA 1K8YA 2A7PA 2ZCGA 3A23A 3HQ1A 1EA0A 4BI6A 5EBUA 3QYQA 1TQJA 4M7SA 3TW6A 5G4EA 3OA3A 1K7XA 3R13A 3NQMA 3ABOA 2CZDA 4MZ1A 3TJXA 3PM6A 3T4CA 3DAQA 5LGZA 5TIMA 2X1RA 2CFFA 5F2IA 1SSGA 1F76A 1JJKA 1VZWA 4ICNA 3C3NA 4DPPA 2V5LA 4N4QA 2V2HA 2QCMA 3W1MA 1TYGA 1TJRA 3BGJA 3W2LA 1RQHA 1V5XA 1C9DA 4ZMGA 3SW6A 1KM0A 3MP3A 3W7QA 3MP5A 1F73A 2NX1A 2WQPA 4ZQCA 3HF3A 3USBA 2E6FA 4LW7A 3NPUA 4XBSA 5F2MA 2YX0A 1LBFA 4N2YA 4BI7A 3KX6A 3L21A 2TSYA 3F03K 2KZHA 3W76A 2YFOA 4LS0A 1HO1A 1G4TA 5CG7A 1EP1A 2ABAA 3QMRA 3HG3A 4LY8A 4O10A 1D3GA 1ICPA 4IMDA 5EYWA 1G4EA 3F4NA 4M5PA 2EF9A 1YXYA 4MUZA 1X7FA 4UTWA 1LM1A 2DORA 3HPXA 3NAVA 2WOQA 1K7FA 1OF6A 1AW5A 1Y0EA 4UTLA 4LVDA 1TPWA 3FYOA 2B7OA 3M1ZA 4IOTA 1DVJA 3WJSA 1PS9A 2J27A 3KAOA 2WNQA 1LOQA 2NLIA 3LHZA 3M41A 5CPNA 4QNEA 3W1AA 4JDYA 4AF0A 3UXAA 3DFNA 4PFMA 3T40A 3A5FA 3KRSA 1QOQA 4K37A 4GE8A 1WYIA 1OF8A 4XQ6A 3TXVA 3H55A 4O14A 1K7EA 2H8XA 4HNNA 4NJJA 2J9ZA 4PL1A 1D9EA 4U28A 3E02A 1BKSA 1VCVA 3LCXA 4KFOA 1ZHAA 4N02A 3NG3A 4IJBA 1OFDA 5I3KA 4IPIA 3W22A 4ZZ9A 4YXGA 2C19A 1F6KA 1OX5A 3Q58A 4UFHA 2Y61A 3LHUA 1I2PA 3CPRA 3ZS4A 1LORA 4O19A 5C6MA 3TH6A 4TIMA 2CLOA 3EWUA 4YCPA 1KM4A 4A2RA 1LLWA 2V30A 3P5YA 5G1YA 3W7OA 1OFAA 1ZENA 4I7VA 3DKJA 4N6FA 2RKXA 4MFDA 1JCYA 3G1YA 2FQIA 3C2VA 4MJZA 3W88A 3KOFA 1SW3A 1PCKA 1PE1A 2GJNA 1A5AA 1AMKA 3DFSA 5BNKA 4CNNA 1OFBA 4A3UA 1MSSA 3GIYA 1Q6QA 3EX6A 4H6KA 5HQEA 2FFCA 3LBMA 3W07A 3BW2A 3H53A 4BI5A 4BFAA 1B4EA 5KZDA 4O1AA 5CZJA 3RNDA 1TIMA 2ZA2A 4I7WA 5LNSA 2A2IA 1GJPA 3LHYA 4TR9A 3S6DA 4MKNA 1N8FA 1T0OA 3KVLA 4HNVA 1L6SA 3BLIA 1E51A 4FB7A 2J9YA 3MHGA 2B7NA 3ZWTA 1AL7A 4O16A 2WO5A 4IMEA 1H60A 3Q2DA 2ISVA 4UR8A 2WJZA 1KM5A 3SECA 3Q37A 3A5VA 5LSMA 2V0TA 3FA5A 2C1HA 1JCNA 2VEKA 1P5BA 4H4IA 5HJLA 4LC6A 4E0CA 3PS7A 2ZRYA 4WUIA 2F7FA 4LS1A 2YXGA 4O4WA 1FWRA 4JR5A 1I2NA 3NL3A 4HN4A 3W7KA 4AB4A 1W5MA 5AB3A 3C2EA 3W73A 2XFWA 3L0NA 1GVOA 3BK0A 3QF0A 5J5DA 1XI3A 2XN0A 1LCOA 5D09A 4X3ZA 3E12A 4FHAA 4Z1AA 3ABQA 4WOZA 2PC4A 1H1ZA 2IQTA 3MMTA 3IIZA 4NQ1A 2WSQA 4NJGA 4JIQA 5HR7A 1UUMA 4Q33A 5HNRA 4DF0A 3PBVA 2V2DA 1QR7A 1JRCA 3NGJA 1OX4B 4LV4A 2QUVA 4UCGA 5EA9A 3RLVA 1B3OA 4K8HA 5D05A 2CLFA 4AAJA 2CZEA 3GKFA 3GDLA 4LS2A 2CW6A 3NQVA 1XBXA 5C55A 5LZLA 3LCGA 4RLIA 5HUPA 3W2KA 3RK8A 5HULA 2DJXA 5ABTA 3W75A 5AYYA 1KTCA 3GNDA 3IEBA 4UXDA 4PL2A 1NFBA 3LI0A 1EUNA 5AYZA 1V7YA 3AJXA 4N6EA 5D2YA 5AHMA 3IGSA 3NNTA 4JTIA 4JTTA 2V82A 1T96A 3G1XA 5BOOA 3NPXA 1XL9A 4O4VA 2QAPA 2QJIA 5FI8A 3W7RA 2GVGA 1GQNA 1ZALA 5FEWA 3N2MA 5LGXA 1L6YA 4K7YA 1AG1O 2X2GA 3I7QA 5CPMA 1OFRA 4M6VA 3U6WA 2YPIA 1IIGA 1YXCA 3A22A 3C2RA 5EL1A 3DZ1A 3GKAA 4ORMA 1O5KA 3TAKA 3GK0A 1MO0A 4S2BA 3QJAA 1P1XA 2CLLA 2C16A 4MVAA 1LROA 3W2MA 3LHVA 1UBSA 5G2WA 3W1RA 1K3UA 1KM3A 4AWTA 4NNBA 1M7PA 3FIGA 1HTIA 3TC7A 4U4MA 1PIIA 3NPWA 2E5BA 3P82A 4UMCA 3PULA 1G6CA 3N19B 1UCWA 1TMHA 2VELA 3EXRA 1TQXA 5HWJA 3V1PA 3PSWA 1OVDA 3R89A 1UB3A 1TJPA 5DN1A 3ZFHA 4GJ1A 2GQ8A 3W2JA 2RDWA 4TMCA 3T7VA 2DZUA 2JKAA 2RH9A 4QSHA 4DO6A 1R2SA 4KFPA 1EWDA 2YFNA 3PB0A 3LI1A 4UTIA 1X8FA 4WOQA 3UWZA 1H7WA 3TQVA 2XN2A 3BG3A 1HL2A 1OYCA 2Q8ZA 3IGUA 1MEHA 2QJGA 3HMJG 4WJEA 5H91A 1XBZA 3LRLA 3CQ0A 1RQEA 3M16A 4RR4A 4JY9A 3LV5A 1OFOA 2VFDA 4LOCA 4O57A 1WBHA 4JTHA 1TPUA 3KHJA 4XBKA 1DKWA 3SGUA 2GJLA 4C1LA 4L4LA 3NQ7A 3NL2A 5AC6A 4O17A 4L4MA 1P0NA 1GOXA 2FB3A 3LBCA 5HWMA 2Y7EA 3M7WA 4K6AA 3QQ0A 2QAFA 3STFA 1O94A 4R33A 5F2LA 1GT8A 4QIUA 2DZSA 1CW2A 2P0OA 4IQLA 1TPC1 2I14A 2X30A 4N9EA 4OHQA 3W23A 2Y6ZA 4AWSA 3TDFA 5C5YA 1VS1A 3G1SA 4ONVA 2OZ0A 1BEUA 4OBTA 1OFPA 2Y70A 4XTIA 3BVJA 3U2OA 3NVTA 1SSDA 2ZZ7A 3GXPA 3JR2A 4JGDA 3LOTA 3CIWA 4CLMA 2OT0A 5AHIA 3T55A 4Y96A 1GG1A 3W74A 2VEIA 3PAJA 2ATMA 5DCEA 2C18A 5EPDA 3Q94A 1U5JA 4WD0A 4K7VA 2OT1A 4YL2A 3G8RA 3TW7A 3IGXA 4RZ5A 5TBOA 4YLWA 3EXTA 1F6PA 1LRNA 3M6YA 2NUXA 3LV6A 5GVJA 5AC7A 3CTLA 3LCLA 3ABRA 3ELFA 1VHCA 3QSRA 1F74A 1XUUA 3IIOA 5D33A 2W79A 3A9IA 1TSIA 1SFLA 3C2FA 1Q6OA 4LNYA 2Q3RA 3BGGA 1H1YA 3P84A 1G4PA 1W1ZA 4JTLA 4JNMA 4JTFA 1VYRA 3VI2A 4JIPA 2QCCA 3HPSA 3M5YA 5CPLA 4UTTC 3TSDA 1Q6RA 4M6PA 4FF7A 5K2ZA 2E68A 5BW6A 5A5WA 2WV8A 1H50A 1VRDA 1XC4A 3S5NA 3VE7A 5C54A 4IMFA 1DL3A 3FS2A 4LUIA 3QPZA 1FUYA 3DFOA 2O7QA 3C2OA 3O6YX 3MYOA 2QR6A 2H90A 5FF2A 1GTEA 3OVRA 1QMLA 1KFCA 2AGKA 3NM3A 4MZ8A 4Y9AA 3QPYA 2QUUA 1XM3A 1W54A 1RV8A 4GC4A 2Y88A 1R47A 3E49A 4MJMA 4PTNA 5AC8A 3W85A 2VC6A 3NQ6A 5LKYA 1YPFA 1RD5A 3NM1A 1WOBA 4PC8A 2JKPA 2Y7FA 3IV3A 1OK4A 2YYUA 3PBUA 2VEMA 1LOSA 3WK2A 1W5QA 8TIMA 4OV4A 4WY0F 2ATSA 3MYPA 1DQWA 1JR1A 1TB3A 1XFBA 1OYBA 1S5TA 3UWUA 3KXQA 5A8GA 1W5PA 4HT3A 5AHLA 3EKZA 1ZNNA 5SWUA 3QW3A 3QH2A 1W37A 5L6UA 3FJ6A 2BLEA 1KA9F 3W7EA 1I2OA 4M7TA 2YW4A 2Z2UA 2FPYA 4UTJA 4AMAA 4WXYA 3W9ZA 1A5CA 2QCGA 3O15A 4JX5A 7TIMA 3LCWA 3PF3A 4IWWA 1ZCOA 3MHUA 5D04C 1RR2A 2A7NA 4O15A 5D2WA 1SW0A 2JBMA 3LHTA 1JCMP 1H7XA 2VFEA 2BTMA 3NPVA 1ME9A 4UIOA 3S5OA 2CZFA 3G0SA 1FWTA 4GUGA 5D02A 1XDLA 1WX0A 2YDAA 5AYXA 1YTDA 3TSBA 4ZQMA 1VH7A 2PRMA 1GTHA 5FEZA 3LGEA 1DOSA 5T26A 3UWWA 4IPJA 3CEPA 5BRBA 3HBLA 4EF8A 1ZJIA 3S1VA 4CQ8A 5D32A 3HIJA 1K8XA 4WZHA 5D38A 4MPQA 1TPVA 3PBYA 4NXKA 1ZFJA 2ZZ2A 1LRQA 2FIQA 1Z42A 4UFKA 2HS6A 1LBLA 1XBVA 5LNRA 1YXDA 1TTQA 1EUAA 3TCEA 4LVFA 4XKYA 1PHWA 3I7SA 3FOKA 3H54A 1MXSA 4LTSA 2EHHA 3WJWA 4CQ9A 2BX7A 5C2XA 1OFEA 1HO4A 3CB8A 3FKRA 3PUEA 2G96A 3MI6A 5U4NA 3W1TA 4A29A 3FKKA 5K9CA 3S1XA 3LTYA 2A7RA 3O05A 5DXXA 5D2TA 4FXRA 3SGZA 4UUIA 1J2WA 1DJQA 2R94A 4K39A 4NJHA 2QCNA 4LWWA 1LLZA 2JGYA 3W7LA 3W7GA 1TTJA 4MLRA 1UUOA 3STEA 1K03A 1W3IA 2VEPA 3UZJA 1DV7A 3S8HA 1I2RA 3NQCA 4DXVA 2O7SA 1QPRA 3UPWA 3THAA 3P74A 4AHPA 1FCVA 3R2GA 1SW7A 2QKFA 3TJLA 1VQTA 3W1UA 4LRTA 2PRLA 1PVNA 3JS3A 4JTJA 4UTWC 3AO0A 2RDTA 3M9YA 2QDHA 1XXXA 4DO4A 3MWAA 4TMBA 5AOUA 4WQ6A 1EEPA 1LTDA 2TPSA 1UJPA 4ZQRA 3DFQA 1IF2A 3O07A 1NF7A 2OX1A 4P2VA 4DQWA 4JYFA 1SZGA 2QUTA 4RV8A 1BWLA 4MIMA 3DHDA 2C0AA 2W6RA 3HG4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1WXY A;  4LJ3 A;  4PMD A;  2PGE A;  1HKI A;  5G5I A;  1O68 A;  4PR4 A;  1XCF A;  3RX2 A;  3GHT A;  3QV9 A;  1I4N A;  3KOW A;  3AHT A;  3EDE A;  1S2V A;  4H6E A;  2IPW A;  3P61 A;  3H7R A;  4AD1 A;  4IUO A;  1GKR A;  5E5C A;  2YDR A;  1JZ8 A;  2ZA1 A;  4UMA A;  1XR2 A;  3WK1 A;  3VM5 A;  5FAJ A;  3TNO A;  1XLA A;  3RME A;  1ZUA X;  2BOE X;  1MQQ A;  3T78 A;  2FZB A;  3FJN A;  2VXN A;  3QST A;  3WUB A;  1A5M C;  3IS4 A;  3T8Q A;  3E2S A;  2WBG A;  2QCL A;  4WVX A;  1MQR A;  1MVY A;  3RM4 A;  3LXB A;  3A21 A;  1TIW A;  3UWY A;  5EMU A;  3DFT A;  4S3G A;  3HO8 A;  1UD2 A;  4EPE C;  1V0M A;  3G1F A;  1S2A A;  4KBX A;  4GYF A;  3KL5 A;  1KFJ A;  2QT3 A;  3TX9 A;  7ENL A;  4LCS A;  4AF0 B;  2GWN A;  1YDY A;  4GBU A;  3DOP A;  2IQ0 A;  2WNN A;  3A13 A;  4D2J A;  1TMQ A;  2VTF A;  4E8G A;  4B92 A;  4I6K A;  1GOI A;  2O9T A;  4V1X A;  1MNS A;  2ANU A;  4J2P A;  1ADO A;  4P61 A;  1DTU A;  3PTM A;  4ORI A;  5HDR A;  2XH0 A;  4KMQ A;  2GYI A;  2BVT A;  2C8N A;  4AZC B;  4AZ6 A;  1IXO A;  1O4U A;  1B57 A;  3VKD A;  2IPF A;  4KWV A;  3ENL A;  3DBN A;  4W84 A;  5KIN A;  2OLS A;  1LRT A;  4PGL A;  3M47 A;  4PEK A;  3WJY A;  1Q6G A;  5C71 A;  3GNP A;  3HGR A;  2QF8 A;  5HUO A;  2ZRX A;  1XGZ A;  3CIV A;  3H23 A;  2ZTK A;  3UA4 A;  3DCP A;  4K8G A;  3WD3 A;  4XZB A;  2D2G A;  2VKZ G;  3S6O A;  5DBU A;  3CV1 A;  3NDO A;  2WSY A;  4GQ0 A;  4HTB A;  3UWV A;  3UET A;  3HA1 A;  1V0L A;  3QQ1 A;  1KTN A;  3ATZ A;  5IBX C;  1IWA A;  3UES A;  4EAM A;  3BV4 A;  1GQL A;  2J8F A;  4B91 A;  4JFT A;  4UNI A;  2E9M A;  1RZM A;  2FH6 A;  3PWA A;  1JUE A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GQNA

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Chain Sequence

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