1GVFA

Structure of tagatose-1,6-bisphosphate aldolase
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
284
structure length
273
Chain Sequence
SIISTKYLLQDAQANGYAVPAFNIHNAETIQAILEVCSEMRSPVILAGTPGTFKHIALEEIYALCSAYSTTYNMPLALHLDHHESLDDIRRKVHAGVRSAMIDGSHFPFAENVKLVKSVVDFCHSQDCSVEAELGRLGSAFLTDPQEAKRFVELTGVDSLAVAIGTAHGLYSKTPKIDFQRLAEIREVVDVPLVLHGASDVPDEFVRRTIELGVTKVNVATELKIAFAGAVKAWFAENPQGNDPRYYMRVGMDAMKEVVRNKINVCGSANRIS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Structure of Tagatose-1,6-Bisphosphate Aldolase; Insight Into Chiral Discrimination, Mechanism and Specificity of Class II Aldolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords TAGATOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE AGAY
total genus 105
structure length 273
sequence length 284
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.40: Tagatose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2002-02-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1gvfA00
1AW5A 1EUNA 3LI1A 3R13A 4DF0A 2PC4A 5H91A 5CZSA 1XM3A 3TUUA 1VC4A 3W1RA 5AC8A 1HO4A 3TAKA 2CLLA 4IX0A 5I3GA 1R47A 3BLFA 2WSQA 1Y0EA 4AMAA 4HPXA 4O4VA 1W8SA 3MI6A 4IXHA 3W1NA 4WUIA 4TIMA 1Z44A 2TSYA 4ZQRA 3SSJA 5C55A 1F7BA 3I6RA 3BLEA 1ZNNA 4UTWC 3W7PA 1VS1A 1KFJA 4YXGA 1GYLA 5ABTA 4ORIA 1JCXA 1IIGA 1OYAA 1I4NA 1GWJA 4JY9A 4UFJA 4KKXA 2C19A 5CSRA 4NJHA 3I7QA 2F84A 2Y89A 3SIZA 5HWNA 2Y61A 4JTGA 3HIJA 1D3GA 3TJLA 2V82A 2HSAA 2WO5A 2QR6A 2VEMA 3NQGA 3HBLA 4XKYA 4XTIA 2H8ZA 4K36A 3GZ3A 3LBMA 3LX9A 1RPXA 3QH2A 2A4AA 4MUZA 1SPQA 3KFTA 4L4LA 2E5DA 3A24A 3A22A 4AWUA 1C9DA 1G67A 1R30A 1Z48A 2Y7EA 3LV6A 4O12A 3NO5A 3NZRA 4AWTA 3TA6A 1PL9A 2CWNA 1P1XA 3LERA 1EWEA 4NJIA 5E0KA 1H7WA 1I2OA 5LNUA 4ORMA 1OYBA 4YWIA 4G1KA 5CPNA 4JTHA 1DOSA 3DFQA 1W56A 5IBXC 4TR9A 3OA3A 1EX5A 4GUIA 4YL2A 3G1VA 1W31A 2NZLA 4IJBA 3L2IA 4RXGA 5F1UA 1LRQA 4IMDA 5AHIA 1KM0A 4LWWA 4NJGA 4FXSA 3CU2A 4O0ZA 1GJPA 1AW2A 5EMUA 1A53A 2V0TA 3G1XA 2B7PA 1I2NA 5D37A 2JKAA 4UTUA 1FWSA 1XXXA 3WK2A 5LNRA 5A5WA 3S1WA 3FA5A 5EY5A 4FEZA 3DGRA 4AEOA 5CPMA 4UNLA 3P82A 2QCGA 1ME8A 4O1AA 3WK0A 3G1HA 1XUUA 3MP4A 5HQEA 3SGZA 3MHUA 1X1ZA 3RK8A 3C8FA 4UR7A 3TV8A 1W5NA 1FDYA 1MEIA 4DBEA 2DZUA 1LLZA 4DF1A 3NDOA 2QJIA 4JTKA 2VEKA 3FJ6A 2OT0A 1KFBA 3A9IA 3LCHA 2OMAA 4GUJA 1PCKA 2TYSA 3TKFA 4BWLA 2ZRVA 3B03A 4Y96A 1SO4A 2GJNA 3NL3A 4JYDA 3VFLA 1JVNA 1FUYA 2QF7A 1YTDA 2YDAA 3B0PA 3W2LA 4XBKA 2X30A 4QJ1A 5LKYA 1TV7A 3BG5A 3KVKA 4QNEA 5A8GA 3HGSA 3DZ1A 4U4MA 5LHEA 3UWWA 2FLIA 2ZRWA 3BK0A 4K37A 2A6NA 4CCCA 4UMAA 4YLWA 5AYXA 3BW3A 2BSLA 1OFOA 1NSJA 3EWBX 2VKZG 1KBJA 1KW1A 2WNNA 1TPVA 1D3HA 2P0OA 1LZOA 1WBJA 2NX9A 1DBTA 3W1TA 4ONVA 1ZAIA 4NJKA 2EPHA 1H61A 5D05A 3G3MA 3NEVA 3W87A 3RF9A 1AK5A 2CZEA 2C16A 4MY8A 2YFOA 3CWNA 4NXSA 4WY0A 5L9FA 5HR7A 3UY8A 3WJXA 3U8GA 2ISWA 3KOFA 4NNAA 1XFBA 3F4NA 3O05A 3QFEA 3B05A 4AAJA 2H6RA 2FB3A 4FNSA 3CQ0A 2E6YA 4JYEA 1L6WA 5LGXA 3HGRA 3STFA 2JGYA 1OVDA 3NAVA 2DZPA 4N4PA 1MZHA 3A21A 3W76A 4H4IA 4LS0A 1TO3A 2Y7GA 4EVZA 1SZFA 3QQ1A 1JUBA 3IEBA 4I7WA 3CEUA 3NVTA 4K8EA 4UCGA 4MYAA 1CX9A 1R2RA 1PVNA 3A23A 2B7NA 1BTMA 2E6FA 2QCNA 3W1MA 2VXNA 2G95A 1JUEA 1V7YA 4HN4A 1AL7A 1P0NA 1W3TA 2QCMA 1ZALA 1GG1A 3NQFA 1FXQA 4HT3A 2FPVA 4DEFA 3C2OA 4JY8A 1W0MA 2C1HA 4K8HA 5D03A 3ABQA 1M7OA 4GWEA 1FCQA 3ZWSA 1ZJIA 1EP1A 2ZRUA 4TU1A 4N9CA 3O8AA 1JCLA 3M5YA 1TIMA 4AHPA 5G1TA 4UMCA 5CKSA 4I9AA 2ZCGA 2DU2A 5G4WA 3WK1A 2E77A 1DQWA 3HF3A 1TPH1 4FX6M 4HIBA 1FWNA 3CTLA 2CLMA 1LDCA 1DQXA 4RCXA 3W75A 3T40A 3LI0A 1DL3A 3EX6A 3FJLA 1J4EA 4OT7A 1VHCA 5D2WA 1KV5A 4Z1BA 3HGOA 1XI3A 2ZA1A 2QCCA 2QCLA 2RHGA 1IXQA 3G18A 3UNDA 3EEGA 1H60A 2OT1A 1FWWA 1G69A 2ABBA 3C2RA 1SR9A 2GOUA 4JXCA 5HINA 1YDOA 3FKRA 1OF8A 3C0JA 1NF0A 3GDLA 2NLIA 1JRCA 4NQ1A 5E1QA 3DENA 4KFNA 2P1FA 3MBDA 5K2ZA 5KZMA 4RV8A 4O11A 1W5QA 2C13A 5LNWA 1TYGA 3DFSA 3P67A 4HNVA 2ALDA 1SFJA 3KAOA 2X1TA 1TPDA 1RQEA 4RLIA 4Q4KA 4AF0A 2GPTA 4MJZA 2AAMA 3O6DA 4UTMA 2OX1A 3TXZA 3TU9A 1N7KA 3C2FA 5U4NA 4GUGA 4IMFA 3CIWA 4RZ6A 5KITA 4GUFA 2HS8A 3N14A 4O17A 3G8EA 3EWUA 2V2HA 1EWDA 3EXTA 1OX6A 2CLHA 5EPDA 1MEHA 5D2VA 3TIMA 2V5BA 3ATYA 4AWSA 3W6YA 4O15A 1UJPA 3DU0A 4MYXA 5J5DA 3I7SA 4LV4A 1TCDA 1TPB1 1TQXA 1B4KA 1WBHA 4R33A 4KFOA 3PB0A 1U5JA 5G4EA 4N2YA 3UPWA 2J24A 3EKZA 2ISVA 4AF0B 4CCEA 1TTPA 1HG3A 3P84A 3LTYA 4HNTA 2J6XA 3MI3A 5D02A 2WPBA 3T78A 1W3NA 1LCOA 5CGQA 3TFXA 3M44A 1LOQA 3TC6A 3S6DA 4DO4A 4FNPA 3PR2A 3S5NA 4Z0SA 2FTPA 2H3DA 1XC4A 1ADOA 4M7TA 1O95A 4HSOA 3LDVA 3W1XA 1K8ZA 4P2VA 2DJLA 4I7UA 5FEZA 5LSMA 1G4SA 4WD0A 4WX2A 5HWJA 3QM3A 1SU5A 2V81A 1Q6OA 3L0GA 3STEA 2A0NA 1Q6QA 5FF4A 1U83A 5EYWA 1WX0A 1AG1O 1TTJA 3M5XA 5CSSA 1YDNA 4CLMA 3P5YA 3PULA 4JIQA 2QCDB 1O5XA 3UWVA 1VJIA 3W1LA 3LHTA 4NUWA 4ZQNA 3M47A 4BWLC 4HSNA 3G1DA 4N6FA 1GT8A 1QPQA 1QWGA 3PY2A 1QCWA 1I2QA 3GX9A 5I3JA 3NL5A 4PL1A 3O15A 4Y9AA 3TNOA 1KTNA 4K7VA 4LY8A 3NQEA 1JCMP 3BG3A 1WA3A 3PG9A 2J88A 4JX4A 4JEQA 2DZXA 3STGA 5D2TA 3L67A 5D30A 1JQXA 1Q3NA 3UQNA 3IIOA 1I2PA 3L5AA 4JDYA 2PRHA 5EL1A 3IIZA 3NPVA 2C14A 2ZRXA 2W79A 4M5PA 3BLIA 1SQ7A 2NXIA 3KRUA 3N73A 4FIRA 4XZ9A 3CEPA 1QO5A 1LRTA 4RXFA 1FCUA 5AYYA 3HPSA 4NNBA 4OWGA 4LVDA 3N3MA 1GVQA 3PUEA 3LRKA 3TFCA 2NXHA 2WSRA 4K6AA 1VRDA 1YXCA 2YX0A 3CWOX 3FOKA 3A5FA 3S9YA 1JCYA 1TSIA 1EB3A 5DCEA 1SUXA 2BX7A 3PUOA 4K39A 3GR8A 3DI0A 1FWRA 1XKYA 5CZ0A 5BW6A 1TV5A 2QCFA 3LOTA 2Q3RA 3O07A 1THFD 1LOSA 3YPIA 2XN1A 2I14A 3KVMA 2YYTA 3GLCA 3BGJA 4QQ3A 1OFRA 3QC3A 5HUOA 3SGUA 5HJLA 2C0AA 1B9BA 5F4XA 4C1KA 1R2TA 1PIIA 3WK3A 2NXGA 2VEIA 1H62A 4Z1AA 1AW1A 1IGSA 3T55A 3O6YX 3EWWA 5GVJA 3NPWA 4GE8A 3S5ZA 4GBUA 3MHGA 3EXSA 2C18A 4S1FA 4Z1DA 1M6JA 4MLJA 3EX4A 5IM51 4QISA 1L9WA 2CFFA 4JD4A 4MJMA 4Y90A 2YGYA 4X22A 1FDZA 4CQAA 2ZZ3A 2ZFAA 1S5WA 2VFGA 5F4SA 3W72A 1WOAA 2JBMA 1VCFA 1T0OA 4HNNA 5G1YA 2QAPA 2Y62A 2YSWA 3DHFA 2QCEA 4MIMA 3PC0A 1LBMA 1DORA 4TMCA 4IMCA 1YXYA 3E12A 5KZEA 5KZDA 3C3NA 3O16A 1T8XA 4XWUA 4ZVJA 3B0UX 5D09A 2Y7FA 4NX5A 2EAWA 2ZDRA 4PC8A 4M19A 4UTIA 2ZA3A 4AHQA 3G22A 3GIYA 3STCA 4WXZA 2CW6A 4JYFA 4PL2A 5DLCA 5HMSA 5TBOA 1KTCA 4I7VA 3NQDA 4NNCA 3AJXA 3W7QA 5EBUA 4XUGA 1OFQA 1SO5A 3V1PA 3N2MA 4LUJA 8TIMA 3W7JA 1S5TA 1TMHA 3S8HA 2A2IA 1H7RA 1XCFA 2FFCA 3QZEA 3BGGA 4KWVA 1TPUA 2C15A 4CNOA 1XUZA 4O18A 4Y8FA 4NVTA 3BARA 5AHMA 3W84A 3OHIA 3TXVA 1BKSA 1F76A 1KLZA 2I1OA 3TSDA 3W71A 5HR6A 3Q37A 4MPQA 5CG7A 3WJWA 3P62A 2Y88A 1H1ZA 3IIXA 4J9JA 1KTBA 2G97A 2YFNA 5SWUA 4Z0JA 3U6WA 1NAL1 1J5TA 3MYOA 3NPUA 4DELA 4UFHA 5K9DA 2Y70A 4JR5A 2A7RA 2H90A 1SW0A 3E0IA 3G0XA 1DHPA 4IX2A 2GQAA 4R34A 3PB2A 3CC1A 2BWGA 3SZ8A 4BI6A 1WXJA 1DJNA 3LBCA 4Q32A 1K03A 2CLKA 4JN6A 2QDGA 4CNPA 3B0VC 4RKAA 3W85A 1FXPA 1KM3A 3IV3A 3Q2DA 1KFLA 3NQMA 1HTIA 3S1XA 2PRLA 4NJJA 1KM6A 1O5KA 2WQPA 2E5CA 1ZCOA 3IVSA 4TO8A 4A22A 3HG5A 3TH6A 1YPFA 2QKFA 1OK4A 2YW3A 2JGQA 5C6MA 1YADA 3W7LA 4O1BA 1N55A 4ALDA 5LGZA 3P60A 1OFBA 1KLYA 2NV1A 5F2IA 3LCLA 3PBWA 3TQKA 4LVBA 1WYIA 2DP3A 2FIQA 1Q6RA 1WQ5A 2CLOA 3L66A 3M9YA 1Q6LA 1RR2A 4JTSA 1PE1A 4UTTA 3TSBA 3OBKA 3CPRA 3GVGA 1TJPA 3Q94A 2B7OA 2V8ZA 1FCBA 3NQAA 4JIPA 1PCWA 3GKFA 1IF2A 3L0KA 3C2VA 2QEZA 1HFBA 3FYPA 3IIPA 2O7SA 3QJAA 1JCJA 4H3DA 4JTUA 4UUIA 5DN1A 3HG3A 1KM1A 3CHVA 3FS2A 1T99A 4R7JA 3M5ZA 5HNRA 4N6EA 1L6SA 1ONRA 1N8FA 3HPZA 3AO0A 3LRLA 4DBDA 5K9CA 3HG4A 3N19B 5BNKA 3NG3A 3USBA 1BWLA 3VE7A 1IIHA 1W54A 4LOCA 2ZA2A 1TPEA 3LGEA 3W7GA 3GYEA 2R8WA 3SR7A 4ZQOA 3L21A 1LROA 1DV7A 4IQLA 3EXRA 2D73A 3WFAA 3EKLA 3BO9A 5DBUA 2EF9A 4IXXA 3NXFA 4Q33A 1KV8A 3NM3A 2QAFA 3TROA 4PEKA 1PV8A 3TK7A 1W3IA 3GDRA 6ALDA 3NNTA 3CM4A 4RZ5A 3RLUA 1QAPA 1SZNA 2Q8ZA 3PS7A 2JKPA 3L0NA 2ZBTA 3I65A 5DCDA 5MHBA 4AB4A 2YR1A 1GVFA 1WDWA 3RFAA 2FB2A 3T44A 3S1UA 2X2GA 3CB8A 3GAYA 1E51A 3TMLA 2ZZ4A 3G1AA 3W7CA 2QDHA 3UXDA 3GXNA 5DBTA 1VGAA 4MZ8A 4BI7A 1G7VA 1OFEA 1EIXA 3BVJA 3G1FA 5FF3A 4WY0F 1QPNA 3L68A 4O54A 4UTWA 1TTQA 1RVGA 2Z2UA 5DXXA 3N9RA 3TAOA 4FNTA 4O4WA 2R94A 1UUMA 4JDBA 4O8RA 3NGJA 3QMTA 3QSRA 3W1QA 3SW6A 3LHVA 3LXAA 1AMKA 2W6RA 1C29A 1SZGA 3NPXA 1ICSA 3E02A 3TCEA 3LHWA 4X3ZA 3PAJA 3IGUA 4KWWA 4UTHA 1H50A 2G5WA 1KM4A 1V5XA 2E09A 1I45A 3S0CA 2ZZ6A 3NQ2A 2VFDA 1A5CA 3GXTA 1O94A 3F1QA 2Y6ZA 5AHNA 3RU6A 1XBXA 2WNQA 1LORA 3IGSA 1JJKA 4IUOA 3W7HA 1TRDA 4ML9A 1UB3A 1QPRA 3KRSA 4TMBA 3ZFHA 1ICPA 3NL6A 1OFDA 3LXCA 1B3OA 3JRKA 3O1NA 1A5SA 5K4XA 1MSSA 2VC6A 4ICNA 1JQVA 3W2JA 4ZMGA 3UYCA 4UTLA 3P80A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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