1GVQ | Genus

Total Genus 138

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	362
structure length	362
Chain Sequence	EKLFTPLKVGAVTAPNRVFMAPLTRLRSIEPGDIPTPLMGEYYRQRASAGLIISEATQISAQAKGYAGAPGLHSPEQIAAWKKITAGVHAEDGRIAVQLWHTGRISHSSIQPGGQAPVSASALNANTRTSLRDENGNAIRVDTTTPRALELDEIPGIVNDFRQAVANAREAGFDLVELHSAHGYLLHQFLSPSSNQRTDQYGGSVENRARLVLEVVDAVCNEWSADRIGIRVSPIGTFQNVDNGPNEEADALYLIEELAKRGIAYLHMSETDLAGGKPYSEAFRQKVRERFHGVIIGAGAYTAEKAEDLIGKGLIDAVAFGRDYIANPDLVARLQKKAELNPQRPESFYGGGAEGYTDYPSL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__95275047650269__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__95275047650269__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GVQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__95275047650269__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"95275047650269","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GVQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__95275047650269__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb41ae7c7280e01a1fd724/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb41ae7c7280e01a1fd724/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb41ae7c7280e01a1fd724/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb41ae7c7280e01a1fd724/pdb.gz): 124 ms

reading 362 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

362 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:361});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Flavoenzyme
source organism	Enterobacter cloacae
publication title	Kinetic and Structural Basis of Reactivity of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase with Nadph,2-Cyclohexenone Nitroesters and Nitroaromatic Explosives pubmed doi rcsb
molecule keywords	PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE
total genus	138
structure length	362
sequence length	362
ec nomenclature
pdb deposition date	2002-02-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1gvqA00

2ZA2A 3MP4A 3TQ0A 3TCEA 1YDOA 3MWAA 5I3HA 2R8WA 3UWQA 2OT1A 1OFBA 3A21A 3PC0A 2GJNA 1A5CA 3L67A 1SR9A 2V8ZA 4ORIA 3G18A 3QSRA 4S2CA 4R33A 2ZZ7A 3E0IA 3S0CA 3GAYA 3IIPA 1XBXA 3EWYA 3THAA 3MYPA 3V75A 5ABTA 1BEUA 3PBVA 1OFQA 1P4CA 1DQWA 2X16A 3V1PA 1ME9A 1GTEA 4N9DA 3L66A 1YTKA 3W2LA 4Y90A 4HSNA 3CEUA 4M7TA 1TSIA 3W3OA 4N6FA 4ZQNA 1P5BA 5AHEA 1FCBA 2WNNA 2NV1A 2B7NA 1OYCA 4HN4A 1O94A 3DI0A 4I7UA 5I3KA 2V2DA 5D2VA 2J24A 1FDZA 1GG0A 4BWLC 4N9CA 1VJIA 3IVTA 2GQAA 1VHCA 4I7WA 1KTBA 3NDOA 4YXGA 2C15A 4UMBA 3M5XA 3BPWA 3G1XA 1OVDA 3IRDA 4JEQA 4K6AA 1EUAA 4CNPA 4KWVA 4DF0A 2J9XA 5BW6A 4TU1A 2I9EA 4IPJA 1TREA 3ATYA 3KAOA 1X6UA 3NQ2A 3W7QA 4ADTA 1FXPA 4CQAA 2PRLA 1EEPA 1GQNA 1TPDA 1P0KA 2UV8G 1WDWA 3UZJA 1HTIA 4DQWA 4UTMA 3B05A 5AOUA 3N2MA 4WJEA 2YPIA 1VHNA 4IGHA 3G0UA 1K7FA 4GUHA 3DAQA 3TH6A 4UTLA 3NOEA 2C19A 2Q3OA 2QCCA 3UWUA 2H8ZA 2E68A 2GVLA 4Q32A 5C5YA 2ATMA 2Z2UA 3QFEA 5EA9A 5CZJA 2W6RA 4E0CA 3JRKA 5C6MA 3BG5A 3P67A 3P84A 4FNQA 1WOBA 1KM6A 4NNBA 3C2EA 3TC6A 3TW7A 4JTIA 4AHOA 3B06A 3EX4A 3TJXA 2DZPA 4K7YA 3LERA 2TRSA 1G4TA 3QM3A 3HGJA 2G97A 3A5VA 3CM4A 5CSSA 4C1KA 4Z08A 3N2XA 5LHEA 1ZALA 1JJKA 4FF7A 2ZZ2A 4G1KA 1RD5A 1G67A 4GBUA 3DU0A 3GDKA 3P8IA 2H90A 1KM1A 2A21A 4RX0A 5TBOA 1AW2A 4UR8A 4LUJA 1SUXA 3NQEA 2ISVA 2J9YA 4GE8A 1S3HA 4NX5A 4R34A 1YADA 4ALDA 3UWYA 4Y6GA 1OK6A 3DHFA 4O19A 3BW2A 3O07A 3LHYA 3T40A 4JNMA 1NF0A 3WK1A 3SFKA 1SFJA 2R91A 1HUVA 3G1AA 2VFHA 1QPOA 4Z0SA 1VYRA 1XC4A 2QJHA 4MJMA 2AAMA 5D2WA 1MEWA 4IX0A 4UC5A 3C52A 4I7VA 4XBSA 5G1TA 1Q45A 1FWSA 1SZFA 4UNKA 2WOQA 1TYGA 3NL3A 4JY8A 4BI6A 1TIMA 3O15A 4JTGA 1SSGA 3W1MA 4MYAA 1DORA 4R7JA 1QPQA 5AHMA 4YL2A 1F73A 3WK3A 3PB0A 3PR2A 4N9EA 4FNPA 3PUEA 4ZZ9A 3MBDA 2WKJA 3GXTA 3PBWA 3U2OA 3TX9A 4GNJA 2C14A 4J9JA 2JGQA 3TE9A 1CX9A 5BRBA 2E6YA 3OHIA 2GQ8A 1EUNA 4K7VA 4Z1DA 4O57A 1FUYA 5J5RA 1IXPA 1R30A 3W72A 2A2IA 1V7YA 3MUXA 2B7PA 2B7OA 5F4SA 4WD0A 3O05A 5K2ZA 2FDSA 1GG1A 2CLKA 4JTLA 4AWSA 5AHIA 4JTEA 1Q6RA 3LX9A 3BLFA 1TV8A 3LCGA 1H5YA 4JDBA 4RKAA 3UWVA 4CQ8A 2H8XA 2WPBA 4NJIA 3I7QA 2QKFA 3KXQA 5LHFA 3R5EA 3I65A 1H7XA 3Q2DA 3RMJA 3HG3A 1ZAHA 3C2VA 1B57A 5H91A 3CHVA 3KOFA 4X9SA 3QQ1A 1VGAA 3O1NA 1TRDA 4LY8A 3ZWSA 2QEZA 3NA8A 3M16A 4AF0A 1K7XA 3CT7A 1PE1A 4XTIA 4O28A 1F6PA 3HBLA 3W7GA 2NUXA 4XUGA 2GOUA 4IXXA 1TTIA 1TPC1 1QWGA 3VNDA 1H61A 4OE7A 1LOLA 3RLUA 2ZBTA 3W76A 5IBXA 2NUYA 5FF2A 1I2QA 4JX4A 2NZLA 1MEIA 2C6QA 3EX1A 3VKJA 5HWJA 4O54A 2JBMA 1F05A 4P61A 4A29A 3NPWA 3W1QA 3UPWA 4POCA 1LP6A 3S5NA 1C8VA 3VFLA 4L4MA 1LZOA 4M6PA 2NXGA 2B0MA 4FXSA 1F76A 2YZRA 4R53A 5AYZA 3QZEA 3FS2A 1LBLA 2NWRA 3G3DA 4OT7A 4O4WA 3A24A 2FJKA 2R14A 1F74A 1L9WA 2Q8ZA 3NM3A 3DKJA 1XCFA 5U7SA 5FEWA 4K37A 2WV8A 1FBAA 2V0TA 3W1NA 4LV9A 2QJGA 1N7KA 3TQVA 2WSQA 1AMKA 3KHJA 4N02A 5D37A 4Z1AA 2YYUA 4AXKA 4EF8A 5FEXA 1BKSA 5BNKA 3HQ1A 5DY3A 3HG2A 1CW2A 2Y7EA 3EWWA 2WO5A 3DXIA 2JGYA 1RZMA 4X22A 1H62A 2YFNA 2GQ9A 3NXFA 1KFCA 2YDAA 4CQ9A 2C18A 4O1AA 1RQHA 2WSRA 5A8GA 1H63A 3MJYA 1VR6A 1QPNA 1VYSX 3ABRA 1H50A 2DZVA 4C1LA 4IMDA 1R2SA 3C2OA 4ZVJA 1B9BA 3E96A 1D3GA 4PH6A 4AHPA 3QPZA 1JCMP 4IUOA 3CPRA 1F6KA 3TROA 4LWWA 1KW1A 1TPWA 3EWXA 1LM1A 1H7WA 1XL9A 2ZFAA 3LCWA 2OCZA 3PVFA 4MYXA 4DEFA 5K9CA 5EL1A 1LDCA 5AN7A 4WUIA 1GWJA 4LU0A 3F03K 5TIMA 1A53A 1JUEA 2Y85A 1JCXA 3A5FA 4JS3A 3TSDA 2LLEA 1KFJA 1P0NA 3N34A 2X1UA 3T7VA 3IIOA 1VQTA 2OJPA 5LGZA 1GOXA 4GFSA 1Z44A 3W7KA 5D2YA 5HR6A 1TV5A 1TPEA 3HG4A 5D03A 2HS6A 5AC8A 2G95A 1LROA 1IXOA 1O4UA 3DH7A 1S5TA 1XBVA 5K4ZA 1YTEA 2FQIA 2I14A 2VENA 1CI1A 3OVPA 3TSMA 4ADSA 5LSMA 2FB2A 3TUUA 3LDVA 4TMCA 2CLFA 4LUIA 3FLUA 2QCLA 3S1XA 4Y8FA 3W7HA 4AB4A 4JTHA 1QR7A 3T78A 2RDUA 1SZEA 1JR1A 2VEMA 3FYPA 4RZ5A 1PCWA 1HFBA 4ZL1A 3S1UA 4JR5A 1AG1O 3B03A 4DBEA 5D09A 3C8FA 2HTMA 1TPH1 1ZENA 4XQ6A 3GX9A 1OF8A 5G4WA 3N73A 2XN2A 4RLIA 3N19B 5EBUA 2J9ZA 3DBPA 1YDNA 3L0NA 1H60A 3STEA 2ZDRA 4IMGA 3UNDA 5H2ZA 4DPPA 1J5TA 2DJLA 3PM6A 3BVJA 1KBJA 3UYCA 4NX0A 5DBUA 3P61A 3LLFA 1FY6A 4JTFA 3UZ5A 2H3BA 2Y63A 3QW3A 2FLIA 1L2UA 1RV8A 3PG9A 4HHPA 1SO4A 4GUFA 3GZ3A 4MVAA 4PODA 1ZAJA 2H3DA 4HNTA 4IWWA 2VEIA 3M5YA 1U5JA 4LS2A 3FOKA 1K3UA 2CZDA 3G1DA 3W1TA 3GR7A 5DELA 2NUWA 2Y62A 4MOZA 3PWAA 4FIQA 5HINA 3S5ZA 3NG3A 3E02A 3L21A 3SGZA 2Y88A 4HNUA 5IM51 4UFKA 3KRSA 3HJZA 4UFLA 1W37A 4M19A 2EGZA 1ICSA 2JKAA 3HGOA 2ABAA 2A1YA 4LTSA 1W31A 1W5QA 4ZQMA 3HMJG 5C54A 3DFTA 4HIBA 4Q4KA 4NXKA 4LNYA 4O50A 1WQ5A 3LCIA 1XFBA 5I3FA 4RCXA 1SU5A 2W0UA 3CTLA 4NJGA 3MBFA 4WOQA 3K30A 1IF2A 2NV2A 4D2JA 4RXGA 4UTTA 2AQWA 5D38A 2BTMA 3UPBA 3TV8A 1QOPA 2OT0A 2QDHA 4O11A 3W7IA 1H1YA 2V30A 3EXTA 1JQVA 4LVGA 4KFPA 2JKEA 3HOJA 3EX2A 3TMQA 2A6NA 3NM1A 4O52A 5LKYA 1QO5A 2GUUA 4NZFA 4LVFA 2EHHA 2HSAA 3W7RA 4UTIA 4AEOA 5A5WA 1OFAA 4KFNA 3ELFA 3PULA 3S1WA 4RJEA 2BWGA 1VLIA 3KVJA 1F2JA 3I7RA 4RZ4A 1WOAA 1W3IA 1FWRA 5LNVA 1Y0EA 5G1YA 3QQ0A 4JD4A 4MZYA 1JCLA 3W7LA 3ZS4A 2R94A 2CZFA 4AAJA 3MI6A 2ZTKA 1T8XA 2QJIA 4O10A 3TFXA 1PVNA 1YXYA 2QAFA 3IVUA 3W7NA 4XBKA 4FB7A 4GUGA 4OBTA 1KM4A 1KV8A 4BF9A 2G5WA 2ISSA 2E6DA 3QYQA 4O53A 1TCDA 1SSDA 3USBA 4O4VA 1DHPA 1R2RA 3LXBA 1ZNNA 3C4UA 3GNDA 4LT9A 4HT3A 2F84A 4H3DA 1ML1A 2I1OA 4LOCA 1H7OA 4O8RA 1OYAA 3SW6A 2CWNA 3W7DA 3T4CA 3M47A 2DZWA 4HNVA 2YW4A 4DBDA 3TXZA 4LC6A 5FF4A 2Y89A 1WA3A 4CNNA 2Y70A 2ABBA 3DI1A 3PF3A 2P1FA 3M9YA 3LCFA 1LBFA 4UTWA 3RLVA 4PFMA 5AHFA 3GYEA 3T55A 2DZSA 3O6DA 3O16A 5DXYA 1YXCA 1FWWA 4PL2A 1TMHA 3OBKA 3BGJA 1GVFA 2BSLA 3C6CA 3MHUA 3HPXA 4P2VA 2YCEA 3AJXA 5G2IA 1KFKA 2QCHA 3EKLA 2CLIA 3G1HA 4K8HA 2E5CA 3CC1A 1N8FA 4YCOA 3QMSA 1IIGA 3MI3A 3S42A 4AHQA 2E77A 1ICQA 5HJLA 1L6SA 2XN0A 5EKYA 3IEBA 4WXYA 1YDVA 5DY2A 2CW6A 3SECA 1XUUA 4IMEA 1A5AA 3I7SA 3FJLA 1Z48A 2VELA 2B4GA 3PAJA 3OVRA 2D73A 5LNUA 3NNTA 4FO4A 4DO6A 7TIMA 1LRTA 1QMLA 3CU2A 4L4LA 5BOOA 1I2OA 2V2CA 3I68A 3W83A 1MSSA 1Z41A 1W0MA 4JGDA 3YPIA 1OK4A 3O8AA 3QMTA 2NLIA 3BGGA 4UFMA 6TIMA 3BV4A 4ZQCA 4A2SA 4GC4A 4IPIA 4WZHA 4Z0JA 4H4IA 3PSWA 3BLIA 5G2HA 3G0XA 4NZJA 2BXVA 3O06A 3W6YA 2CU0A 5HUPA 2OMAA 3NZRA 3MYOA 1KFBA 3FIGA 3KRZA 3BG9A 1RQBA 2YFOA 4JTTA 4YWIA 1D3HA 3G1VA 3O63A 4FXRA 3SJ3A 1QAPA 2FPTA 5MHBA 1GYLA 2ZYFA 2RH9A 3WJYA 3LTSA 2KZHA 4Z1CA 3MP3A 2RDWA 4JY9A 4NJKA 5FI8A 4LVAA 3DZ1A 1ALDA 1WXJA 3CWNA 4Z1BA 3KX6A 4UXDA 3O6CA 3LLDA 4DO5A 5F4WA 1K02A 2ZRZA 3L0GA 3WJSA 3CQ0A 1SZGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GVQA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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