1GVRA

Structure of pentaerythritol tetranitrate reductase and complexed with 2,4,6 trinitrotoluene
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
SAEKLFTPLKVGAVTAPNRVFMAPLTRLRSIEPGDIPTPLMGEYYRQRASAGLIISEATQISAQAKGYAGAPGLHSPEQIAAWKKITAGVHAEDGRIAVQLWHTGRISHSSIQPGGQAPVSASALNANTRTSLRDENGNAIRVDTTTPRALELDEIPGIVNDFRQAVANAREAGFDLVELHSAHGYLLHQFLSPSSNQRTDQYGGSVENRARLVLEVVDAVCNEWSADRIGIRVSPIGTFQNVDNGPNEEADALYLIEELAKRGIAYLHMSETDLAGGKPYSEAFRQKVRERFHGVIIGAGAYTAEKAEDLIGKGLIDAVAFGRDYIANPDLVARLQKKAELNPQRPESFYGGGAEGYTDYPSL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Kinetic and Structural Basis of Reactivity of Pentaerythritol Tetranitrate Reductase with Nadph,2-Cyclohexenone Nitroesters and Nitroaromatic Explosives
pubmed doi rcsb
molecule keywords PENTAERYTHRITOL TETRANITRATE REDUCTASE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Enterobacter cloacae
total genus 133
structure length 364
sequence length 364
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1gvrA00
3LXAA 3W9ZA 3STGA 2NXHA 3N9RA 4FXSA 2HS6A 3CM4A 3NQMA 3DFPA 1SO3A 2VENA 4LVGA 4NQ1A 2OT1A 3BGJA 3IIXA 1D3HA 3VNDA 2FFCA 3W1XA 3DI1A 5D04C 1TRDA 5HUPA 1SO6A 3GR8A 5F4XA 3QW3A 3SGZA 4UTTA 2R14A 1J4EA 4YCOA 1W37A 3TKFA 2Q3RA 2E77A 1SZGA 3O8AA 3TJXA 4NZJA 3NQ7A 3CT7A 2F84A 4JIPA 2A5HA 1TTQA 1WOAA 3UQNA 1G7VA 2DZSA 3NR0A 1ZY9A 2ABAA 3O6CA 1X1ZA 2CZ5A 1G7UA 2WO5A 4Q32A 1DHPA 3EX4A 3IIVA 3QMTA 2QCLA 3DKJA 1LDCA 3W88A 1K8YA 4M6PA 1A5AA 4IX0A 1VCGA 1TYGA 5G2HA 3RFAA 4FNTA 4UTJA 1EPXA 1PV8A 2FJKA 4GUGA 1I8JA 1VYPX 4GJ1A 2WNNA 4O17A 1W31A 3O15A 1FCQA 2QJHA 1OX4A 1DQWA 3L5LA 2QAPA 2RFGA 4CQAA 2DZUA 3BPWA 3LHVA 1UUMA 1I2OA 3M5YA 3THQA 1QFEA 1ICPA 3VE9A 1EWDA 4TR9A 1TQJA 2VEIA 4JTSA 2RDWA 2ZA1A 2P1FA 1UASA 3W7MA 1WQ5A 3A23A 3TC6A 2B4GA 3TROA 4K38A 4NXKA 3PUEA 1VYSX 2Y85A 4N4QA 2X1UA 2NZLA 3S5NA 3PG8A 3W87A 1W56A 1JRCA 2ZRVA 5FF4A 3NZ1A 1P5BA 1JJKA 5AHEA 1ZAJA 4H3DA 2GJNA 2A6NA 3CTLA 1ME7A 4O50A 3A24A 2FQIA 2VXNA 1A5BA 4NNBA 4JDYA 4EIVA 1ML1A 1RQBA 3GDRA 1RR2A 2ZQ0A 3ABRA 1S5VA 1LLZA 2XN0A 4JX4A 4EF9A 2CZFA 4O57A 2V81A 4X2RA 1ZFJA 1X6UA 2R8WA 4Z1AA 2V82A 3GAKA 1FY6A 3L5AA 3TQKA 8TIMA 1OYCA 2EPHA 2BX7A 1F2JA 2JGQA 3PVFA 1G4TA 3ZFHA 5CZTA 3G0XA 2WSRA 4JR5A 3NZRA 3IRDA 2ZZ3A 3PSVA 5BRBA 2CLFA 5AHLA 3DKLA 3FFSA 4DPPA 3UY8A 3PBYA 2BSLA 4JS3A 2VFGA 1YXDA 3TFCA 1WYIA 2V8ZA 4ZQPA 1S5TA 2WNQA 3PWAA 4GBUA 1ONRA 5I3JA 3UNDA 3VKJA 3W7PA 3DFOA 1OVDA 1DL3A 3R5EA 1WOBA 3OBKA 1W3IA 5CSSA 1U5JA 3MP3A 5AFDA 4K39A 3DGRA 4ZQCA 4UTWA 1GVQA 4NU7A 3HPSA 3TW6A 2V0TA 1GTEA 1JQVA 3G1DA 1LP6A 1GOXA 3CIXA 4RV8A 3LHWA 4XTIA 1QO5A 4WOQA 4YXGA 5BOOA 2G96A 1A5CA 1EEPA 1G6CA 4UTTC 5E1QA 2A7PA 4MJZA 4UTLA 4UFHA 4UMCA 5KZDA 2QCCA 3C0JA 3KHJA 1NFBA 3UWUA 1PE1A 2C16A 4MZ8A 3GNDA 4IXHA 4O52A 2AAMA 4KWWA 1R46A 1VZWA 4OT7A 1JUEA 1WX0A 2QF7A 4I9AA 2H6RA 3LXBA 3TDFA 1H7WA 2E6DA 1DKWA 3G1HA 3BGGA 1YYAA 3C56A 4MFDA 3DENA 1EP2A 3QQ0A 3S1WA 4JYDA 3R8RA 3QJAA 2QCMA 3MJYA 1KV5A 3OEXA 3GB6A 2J9YA 5J5DA 1EWEA 3W23A 3P84A 1PHWA 4XQ6A 1XUUA 1FXPA 3UPWA 5G4WA 2DZTA 2ZRWA 2ZZ1A 2QCFA 3NL6A 4IMGA 1QOPA 2Y6ZA 4N9EA 5AHIA 3NOEA 3G3MA 1JR1A 1GYLA 3MI3A 3AJXA 2TPSA 4JX5A 4LV9A 5F2IA 4X22A 4C1LA 3S8HA 1RQHA 4O54A 4O15A 1E51A 3EWXA 5CZJA 3IIZA 1JCLA 2Y7GA 3GXPA 4N9CA 1Z48A 4FIQA 3M43A 3LV6A 3LRKA 3TAOA 4R53A 2NUWA 4AAJA 1W5NA 1JUKA 2FB2A 3W1PA 3BG9A 3ZS4A 4ZZ9A 1YPIA 3TH6A 2CW6A 3H53A 3NPVA 4A22A 1YXCA 1JCMP 1NEYA 3KRSA 3TAKA 3LRLA 4M6VA 3JRKA 4QM1A 5HWMA 2OX1A 2X16A 2PRLA 3LOTA 4HKPA 3THAA 1KLYA 5CSRA 1KM0A 3IGSA 1Z44A 4JTIA 2XN2A 2YYUA 1I2QA 1SFJA 1AK5A 5DLCA 5EA9A 3LCGA 4KWVA 3CEUA 3RMJA 3C8FA 3B03A 5K4XA 4CQ9A 1VCFA 3GZ3A 5D2WA 1F5ZA 4N2YA 4WXYA 4CCDA 2NUXA 3GNNA 1FWWA 1DJQA 4FHAA 2WPBA 1TPFA 2W0UA 3UWWA 1KFCA 3GDMA 2CLOA 4LV4A 1SZNA 2O7SA 4WQ6A 3T78A 3G1AA 3PBUA 3FKRA 4FB7A 3QEZA 3LRMA 4O16A 3O16A 1Q6QA 4PH6A 4JY9A 4UTWC 5LNWA 3G1FA 4IXXA 4FEZA 1K3UA 3TXZA 4L4LA 5I3GA 1QO2A 1SR9A 4ZQMA 2NX9A 1FCVA 5FF3A 5C2XA 3A5FA 3G8RA 1W0MA 1C29A 1OFQA 1VJIA 2FLIA 2NWSA 4JTLA 3TNOA 4RZ4A 5DY2A 2AGKA 4FIRA 3HF3A 1LM1A 1F74A 5EY5A 3NL3A 3QQ1A 1YADA 1LBLA 3WFAA 4XWUA 1FWRA 2E6YA 3WK3A 4ORIA 4HNNA 4MLJA 4OQVA 4R7JA 3E12A 2HTMA 3UPBA 5HJLA 3DHDA 4ZQNA 1OFAA 2CWNA 1XM3A 3LBMA 2PC4A 2Z6JA 1VRDA 2WSQA 4ADTA 4GWEA 3T44A 3CC1A 1KFLA 3QMRA 1ZCOA 5DELA 1I2PA 3EXRA 3EX3A 3UXAA 3M5XA 1SO5A 1VR6A 2FIQA 3Q2DA 3BW3A 4KFPA 3W7GA 2GVLA 1K8ZA 3FIGA 3TQ0A 5FI8A 2GVGA 1G69A 1SSDA 4K8EA 4LVDA 3N2XA 5L6UA 2X30A 3GX9A 4HPJA 4R33A 1DVJA 3MI2A 1PS9A 3S5ZA 3MHUA 1PIIA 1PCKA 3N14A 4X3ZA 4O1AA 4O53A 3HPZA 3MYOA 4AWTA 3PC0A 3IGUA 2CZDA 2Z6IA 1TPH1 3STFA 1NVMA 1JCJA 1KTNA 3N9SA 2NWRA 1GG0A 4UTUA 4NZFA 3NNTA 4FXRA 3HGRA 3QPYA 5HWJA 3K30A 4EOUA 5E93A 3SZ8A 3QMSA 1DJNA 4Z1DA 3ATZA 2E09A 1KM6A 3HG2A 2JKAA 3FYPA 3W1MA 4UIOA 4ZVJA 1VHCA 3L2IA 4XKYB 4O14A 1XCFA 4UNKA 2ATSA 3C2VA 3LERA 3TV8A 4AWUA 1ZAHA 3KOFA 1Q6LA 3UXDA 2EGZA 1W5OA 1J5TA 4UFMA 1ICSA 4Z1CA 4MYAA 1IXNA 1P4CA 1MZHA 3ZR4A 2Y7DA 4LW7A 3EWWA 4LY8A 1O94A 1FCUA 2C0AA 3CB8A 4WUIA 5LNVA 4LOCA 3VCRA 3GDTA 4GUIA 4Q4KA 4M7SA 1QMLA 4PL2A 4EWND 3INPA 4IX2A 4AHPA 3GK0A 3PUDA 2QCNA 3IGXA 1YTKA 1QAPA 2H3DA 2TSYA 3A5VA 1KM2A 3B0UX 1TTPA 2FPYA 3LLFA 3QFEA 1RVGA 3T4CA 5LNSA 3C52A 3FOKA 3P62A 3S1VA 3O05A 1C8VA 3S0CA 5IM51 1H60A 1Z42A 1O5XA 4RK8A 2PURA 2TMDA 4MOZA 3LXCA 4O4WA 3TSBA 2DORA 1GZGA 1QDSA 4ZL1A 1TV7A 1IF2A 4YL2A 3NQDA 2BTMA 2VEMA 1TV8A 1GVSA 2ZYFA 2EHHA 4GUFA 3UWYA 2DU2A 1TQXA 3N73A 5TQLA 3NM3A 3Q58A 1LOLA 4P61A 4WXZA 2PRHA 4MVAA 4A2SA 4GUJA 5AOUA 4AVFA 4WY0A 3S5YA 1W1ZA 5K3VA 2QCDB 3RLVA 2ZZ5A 2QUVA 3FA5A 4DPQA 1R2TA 3G0SA 5AYZA 1YXYA 5BMXA 4G1KA 3P60A 4Y96A 2RH9A 3W74A 3W72A 3BLFA 3BW4A 1RV8A 3P5ZA 3W84A 3QSTA 2FPVA 5FEWA 2P0OA 3W7KA 1RD5A 4LUIA 2E6FA 3L5MA 1OFBA 2JKEA 4OWGA 2FTPA 5K9DA 2ZTJA 5FEXA 1G4PA 4S2BA 3PB0A 1KV8A 2CLHA 3OG3A 4Z08A 2FDSA 3DFSA 4JY8A 3JS3A 3MWAA 1ZNNA 1KW1A 4POCA 4NJIA 1U83A 4L4MA 4X9SA 1LORA 3C3NA 1L6WA 1ZAIA 1VS1A 2C19A 3MHGA 4BF9A 1UBSA 1LRNA 3NPUA 1ALDA 3TIMA 3D0CA 4DF0A 1S5WA 1FWSA 3GVGA 3PSWA 3LHZA 4O10A 3FLUA 3PR2A 2DZPA 1EUAA 4FNQA 1TB3A 3W75A 5FESA 2YW3A 2B0MA 5DBTA 5DCEA 4HT3A 5D09A 4WD0A 3LV5A 1H62A 3MHFA 1EIXA 2ZZ4A 2A4AA 2QDGA 1IGSA 4MY8A 1LLWA 5SWUA 1ME8A 2Z0IA 2NX1A 2Z2UA 4IGHA 3W1TA 1KM5A 4MIMA 3QM3A 5HINA 5G1TA 3UZ5A 1N8FA 4A2RA 2C15A 2OZ0A 4LRTA 3EB2A 3LCFA 1VC4A 2RDUA 4NX0A 3NQVA 4RJEA 1GJPA 2RHGA 1TJRA 3PUOA 4DXVA 3R12A 1VH7A 2EKCA 3EKLA 3ELFA 1BEUA 4LRSA 3W1UA 1HO1A 3R89A 4BWLA 3G1VA 4TO8A 3U2OA 1EP1A 2V2DA 2DJXA 2A7NA 3HB9A 3L65A 1G4SA 1RZMA 1XBYA 4Y9AA 1XL9A 2TYSA 1JRBA 1UJPA 1NF7A 1W3NA 3LHYA 3C2OA 5HQEA 4O4VA 3TSDA 4CCEA 1YLVA 3ABSA 4LUJA 5FF7A 3KRUA 2RKXA 1B4EA 3W7DA 4JNMA 2ZTKA 3LI0A 3W2MA 1WXJA 5DCDA 3MMTA 5LNRA 3KVMA 2E1DA 4IPJA 2J9XA 4JXCA 4UC5A 3OHIA 2NXGA 1TCDA 1HL2A 2Y7EA 4JTTA 2GQ8A 1FDYA 4I7WA 2WNZA 4LS2A 4H4IA 5AC7A 3S5OA 4JTGA 2XN1A 1O4UA 4Z1BA 4GXMA 5G1YA 4JD4A 4C1KA 1TPC1 1Q45A 5HWNA 3LTSA 1TRIA 1KLZA 1FUYA 2J6XA 4MJMA 3C4UA 4AH7A 3KRZA 2EF9A 5D2XA 1MXSA 4CNOA 3NO5A 3A22A 5K9CA 1N7KA 1P0KA 1NF0A 2ISSA 4PFMA 3W2UA 2YR1A 2V5BA 3O07A 2B7QA 3EWUA 3Q94A 4IJBA 1YDOA 3F4NA 3QYQA 3ANYA 2J27A 2Y89A 1YDNA 3N19B 4IOTA 1OYBA 4CNPA 1ADOA 1I45A 2FPTA 3OIXA 3VE7A 2I1OA 1P1XA 1TO3A 5K7JA 1P0NA 1YTDA 3LCIA 4AB4A 2YFOA 3L9CA 4O18A 1I2RA 3NQ8A 5G2IA 1F6KA 3E49A 3KXQA 1OG0A 4FX6M 4DQWA 2BWGA 4NNCA 2ATMA 4O1CA 2GVJA 1MO0A 4TMBA 1TREA 3STEA 5HR6A 3L21A 2GUUA 1XKYA 1KTCA 3B4UA 3NG3A 3O63A 4E2DA 5K2ZA 3U8GA 3W71A 3QF0A 4FNPA 1DV7A 2QJIA 4JICA 1QOQA 2VELA 4W9TA 3VI2A 4DEFA 3UWVA 4YLWA 3GAYA 1T96A 3PF3A 4WZHA 5FF0A 4LTSA 4CCCA 3L68A 1TJPA 1HO4A 4M7TA 1V7YA 3B04A 4ICNA 1HTIA 1JULA 3W76A 2Y63A 3NQ6A 4MY1A 4N4PA 4HNVA 5D38A 5C55A 3VFLA 3M7WA 3O6YX 1LRTA 1ZJIA 3SSJA 3G18A 4QITA 1GWJA 3BW2A 1AG1O 2JK2A 4AWSA 3MW7A 3NAVA 4K8HA 1LROA 4AF0B 4LWWA 1YTEA 4HPXA 2YSWA 5FF2A 5IBXA 2WJZA 1UCWA 2WV8A 3F4WA 4CQ8A 3UWZA 1H7RA 1OFOA 2A0NA 2V5LA 3IEBA 1V5XA 5HULA 4O0KA 1W5QA 3NVTA 4KFNA 4QJ1A 2QCEA 4RXFA 4OV9A 5D03A 1S3HA 4O12A 4UFIA 4U28A 4UFJA 3CWNA 4A21A 1UUOA 3EXTA 4RLIA 4NXSA 3GDKA 3RK8A 1QPOA 1OK6A 4PTNA 2BLEA 2I9EA 5LGXA 1OFRA 5EPDA 3MP4A 2ZCGA 4JN6A 1A50A 3HGJA 2ZRUA 3TUUA 3W2JA 2ZZ2A 3EXSA 4K6AA 2ISWA 4GFSA 5ABTA 2Q8ZA 3L67A 3I68A 3OVRA 3TE9A 1OX6A 1PL9A 3TQVA 1KM3A 3ZWSA 4TX9A 1TPDA 1GTHA 3MI6A 2J88A 4UXDA 3BLIA 3BG5A 4M5PA 1MSSA 5C54A 4NJHA 3LM7A 3MUXA 3W1NA 3DFNA 1PCWA 3L0GA 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 1H1Z A;  2O7Q A;  6ALD A;  3TK7 A;  3OVP A;  4N9D A;  2OCZ A;  4Y8F A;  1FCB A;  4Y90 A;  2C13 A;  3PG9 A;  1BWL A;  5D05 A;  1XBX A;  1OFP A;  4J9J A;  1VLI A;  3IVU A;  2ZRY A;  4GE8 A;  4DF2 A;  3RLU A;  3TXV A;  3NQ2 A;  3SR7 A;  3EEG A;  4JTF A;  1WBH A;  1TIM A;  1H7N A;  2Y7F A;  3W1Q A;  4Z0S A;  1GT8 A;  2C18 A;  5EL1 A;  4RZ6 A;  1AL8 A;  3HJZ A;  2Y88 A;  1GEQ A;  3W1L A;  4ML9 A;  4PL1 A;  3G3D A;  2PRM A;  2DJL A;  5I3F A;  2NX3 A;  2CLK A;  5E0K A;  3SY5 A;  1AW5 A;  5A8G A;  3CEP A;  1B4K A;  1YPF A;  3G1S A;  4IMF A;  3LTP A;  3LTY A;  2X1S A;  4ORM A;  1EP3 A;  3FJ6 A;  3KX6 A;  3NPX A;  4OHQ A;  4UNL A;  2WSY A;  1OK4 A;  3TR2 A;  1JVN A;  2NXI A;  2YXG A;  1WAU A;  4DBE A;  2QDH A;  3A9I A;  3KVK A;  1B9B A;  5LZL A;  3WK1 A;  5DY3 A;  5LNU A;  2R91 A;  3SI9 A;  5EMU A;  3OVQ A;  1ZHA A;  1FX6 A;  2GJL A;  3EWY A;  4MZ1 A;  1GVR A;  3EKZ A;  3NPW A;  3G8E A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VNK A;  3UJE A;  4HYR A;  3STG A;  3N9R A;  3WNL A;  4HCL A;  4FXS A;  2QW5 A;  4GZJ A;  3LZ5 A;  3NQM A;  3VD9 A;  4I9T A;  2HNH A;  4NQ1 A;  2YL8 A;  3B3D A;  3BGJ A;  3IIX A;  1FHU A;  3HA1 A;  2PS2 A;  4AZ5 A;  1TRD A;  5HUP A;  5A6T C;  4ACY A;  3QW3 A;  2X2Y A;  3SGZ A;  4DO7 A;  4YCO A;  3TKF A;  1E43 A;  1QBB A;  2Q3R A;  4X60 A;  2VR4 A;  3VUP A;  4NZJ A;  3M0V A;  4I9M A;  4G7E A;  2WMJ A;  3ZT5 A;  2YCK X;  4FK9 A;  1WOA A;  4PUJ A;  1C91 A;  5CH9 A;  1BXB A;  2OTD A;  1ZY9 A;  3NR0 A;  5LA0 A;  3O6C A;  2CZ5 A;  1JL8 A;  1G7U A;  3UT0 A;  4Q32 A;  1DHP A;  3IIV A;  5CGT A;  3PZG A;  1BKH A;  2ALR A;  1K8Y A;  2G0W A;  2X40 A;  1P0E A;  3GO2 A;  4IX0 A;  3M0H A;  3RFA A;  3UW6 A;  1EPX A;  5ECV A;  2FJK A;  2YA1 A;  3WEN A;  3IS4 A;  4O17 A;  3O15 A;  1FCQ A;  1SMD A;  1E0T A;  2QJH A;  5JQ9 A;  2E40 A;  4WLC A;  3BPW A;  4H41 A;  4YS1 A;  4JKM A;  3VE9 A;  4JTR A;  1YE4 A;  1Q2R A;  1EKO A;  3B8W A;  2VEI A;  2BDQ A;  2ZA1 A;  1UAS A;  3W7M A;  1WQ5 A;  3MUY 1;  3TC6 A;  2QPX A; 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