1GVY | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	379
structure length	376
Chain Sequence	KPVTVKLVDSQATMETRSLFAFMQEQRRHSIMFGHQHETTQGLTITRTDGTQSDTFNAVGDFAAVYGWDTLSIVAPKAEGDIVAQVKKAYARGGIITVSSHFDNPKTDTQKGVWPVGTSWDQTPAVVDSLPGGAYNPVLNGYLDQVAEWANNLKDEQGRLIPVIFRLYHANTGSWFWWGDKQSTPEQYKQLFRYSVEYLRDVKGVRNFLYAYSPNNFWDVTEANYLERYPGDEWVDVLGFDTYGPVADNADWFRNVVANAALVARMAEARGKIPVISEIGIRAPDIEAGLYDNQWYRKLISGLKADPDAREIAFLLVWRNAPQGVPGTQVPHYWVPANRPENINNGTLEDFQAFYADEFTAFNRDIEQVYQRPTLI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Substrate Distortion by a Beta-Mannanase: Snapshots of the Michaelis and Covalent-Intermediate Complexes Suggest a B2,5 Conformation for the Transition State pubmed doi rcsb
molecule keywords	MANNAN ENDO-1,4-BETA-MANNOSIDASE
molecule tags	Hydrolase
source organism	Pseudomonas cellulosa
total genus	145
structure length	376
sequence length	379
ec nomenclature	ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date	2002-02-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02156	Glyco_hydro_26	Glycosyl hydrolase family 26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1gvyA00

4WSKA 2UWFA 4DUXA 5IFPA 3AIUA 2VVSA 3WF4A 2VX5A 2AOSA 1IZKA 3W6LA 4D71A 2BY3A 1TZ7A 3MV01 2J7GA 2AAAA 3VIJA 4PSRA 2V5DA 3BAIA 1UD4A 3HMCA 5DT5A 2J7BA 2EQDA 1EOMA 1CNVA 3W6MA 3AMCA 1LJYA 4D6IA 2V3GA 1GZJA 1KWGA 2DSVA 1ZBWA 2CKRA 4N42A 2WVVB 1KR0A 4BQ5A 1NWRA 1JYVA 3FNDA 1NWTA 3ZQ9A 4N0RA 3LPPA 2HVMA 4FK9A 3O2LA 4Q7NA 2JF6A 1MQRA 4S3KA 4UFJA 2BV9A 2WHJA 3MUIA 4WLCA 8A3HA 4IPLA 3JUGA 3U7BA 4UOZA 3UETA 5E70A 2CETA 3WELA 4AD5A 4H7VA 5HXMA 2YDQA 3MUAA 3WFLA 1VEMA 2PWGA 1K9FA 4AD3A 1E1EA 4M56A 2VRQA 3AZSA 2J78A 4JAWA 4GQRA 1IV8A 2AMGA 2W67A 2F61A 1CLVA 1PZ2A 4L4OA 1B3WA 5ECUA 1GQIA 2CIPA 1CIUA 2XIIA 2QMJA 4JCLA 2VO5A 1GJUA 5M17A 5A8QA 1JG9A 5JBFA 1KFWA 2CYGA 1MWOA 4IM4A 3AZRA 3RJYA 4U5IA 1XCWA 1V0NA 4PYSA 2G4FA 3VGEA 2WZHA 4CD5A 1B9ZA 4Q22A 1KBBA 5GNXA 3VINA 5I79A 1XD1A 1J0YA 2WSPA 5IHRA 1KR1A 1LQ0A 3ZT6A 1PX4A 1B30A 1L0PA 1GVYA 4W5ZA 3KE0A 3VIIA 3AHVA 4HZ8A 1DHKA 3VKKA 3THDA 1V6VA 2VJXA 3CUIA 1TCMA 1F4HA 5C71A 4CU8A 4R27A 1XH0A 5A6BD 3RM9A 2J7EA 2WYSA 3SCOA 1E4MM 4P8VA 4DM1A 4TVUA 3VIHA 5LA0A 2IUZA 4PMNA 2WKGA 3EDEA 3K8MA 5ABGA 3AJ7A 2W5FA 1WZAA 5HOSA 1HF6A 3F5LA 2PWHA 2YA1A 2VNCA 2XG9A 4AZCB 1CXHA 2W92A 3K4AA 1KQYA 3ALFA 3O6AA 3EBVA 4YHEA 1BLIA 1PIFA 2FHCA 1XD0A 2O92A 2YL5A 1MXDA 2EPKX 2BHZA 2JIWA 3UR7A 2WW5A 3O9NA 3AHYA 4PBGA 2XM2A 1R7AA 3AXXA 1JNDA 3WMSA 1UKSA 1X6LA 1ECEA 2CHOA 2BNJA 5GQBA 4H2CA 3VDBA 1EO5A 1G1YA 1M03A 1E3XA 1CPUA 5A6BA 1B3YA 1ODZA 4MNMA 4Z2KA 3WUBA 4V27A 1BYCA 4UFKA 2XGBA 1E4NA 1V3HA 5I5RA 3BAJA 1JF6A 1XYFA 3OZOA 1WZMA 5CG0A 4DM2A 3U7VA 3W4RA 4F66A 1WDPA 4KRTA 4AW7A 3CBWA 5ABFA 1MW2A 2ZOXA 2WHLA 3AISA 4J3XA 1VFFA 2WMIA 2YOCA 1V08A 4HOWA 1BPLB 1HJWA 1DWIM 3VTRA 3QOMA 4UR9A 4S3JA 1LWHA 3KWXA 4GQQA 4PTWA 4LGXA 2XHYA 2ZXBA 3VUPA 1W3KA 5A6KA 3ZIZA 3SCWA 2C7FA 1TA3A 1BVZA 4UFIA 5A6SA 1W9BM 2VT0A 2F8QA 3ZMRA 2CBIA 1UKTA 2E0PA 3DHPA 4PMXA 3ZM8A 4ATDA 1EOKA 1BHGA 2DIJA 1UD3A 4TVDA 1QOXA 4UFHA 2GJPA 6TAAA 4U2ZA 3AS3A 1NWUA 1RD6A 2PB1A 4CCEA 3MSGA 2VOTA 1HT6A 2XSAA 1UKOA 2ZUNA 4AIEA 2Y24A 4MDPA 5D9OA 3A4WA 1SR0A 5A8NA 3SCRA 1I75A 2WHMA 2XFFA 2NSXA 4TX8A 2WAGA 5FOOA 3A4AA 3W81A 3VIFA 1W9UA 3UCQA 3WDQA 5BXSA 4KGJA 1W9DM 2VZVA 5CPQA 1U30A 1W32A 4EKJA 4NRRA 1JGIA 3VU2A 1UR8A 1VF8A 4E8CA 4D6DA 2YA2A 1G9HA 3E1F1 2O9OA 1KXHA 2WXDM 2JEPA 2XFRA 2UY5A 1AQHA 1HKMA 4JZ5A 3IJ8A 1GNXA 3WIJA 3HN3A 2DH2A 2YA0A 3IANA 2Z1SA 1CGTA 1HVXA 1OD0A 4PMOA 3TTYA 5BXTA 5C70A 2GDUA 3TOPA 1UA3A 1UQZA 5LA1A 1QHZA 1E4LA 1QW9A 4MB4A 1OCQA 1JZ4A 3NSMA 4IISA 1W91A 1V0KA 5DEZA 2WC4A 1JZ3A 3VD7A 3BC9A 2X0YA 1MXGA 3ZR6A 4YHGA 5E09A 2EPLX 4KWUA 3OIHA 5BROA 1GOIA 4HMCA 2BHYA 1GQJA 2J62A 1QW8A 1JAEA 2X8RA 3OLIA 2YIHA 4PMZA 4TXEA 3WDHA 3VO0A 4DWSA 3UG3A 1JXJA 1R87A 1E6NA 3AMKA 1V6YA 4AZIA 4EK7A 1GOQA 2E9MA 1GJWA 3TTSA 3CO4A 3TTOA 3WD3A 3M07A 1J10A 2Z1KA 1H09A 1J0ZA 2ZX5A 3LPFA 3VIMA 1B3ZA 1VIWA 3NYDA 1ISXA 4HZ7A 3WBAA 2WMKA 5IDIA 3MUZ1 3ZT7A 3ARYA 3W27A 1CENA 1QI5A 2A3CA 4E2OA 3W37A 2C8NA 2VCCA 2W66A 2WVUA 3N15A 1MW3A 3OLDA 3AOFA 2YL8A 1MFUA 1VRXA 3PZIA 4J28A 3SUTA 3VDAA 2DH3A 1UWQA 2F2HA 2WANA 4X9YA 2WK2A 3BXWA 1H3GA 3D5HA 3VMOA 2Y5EA 2J8GA 5IHSA 1C91A 1E0VA 4PMYA 1E5NA 4KMQA 2DDXA 1JZ5A 1HKJA 2E4TA 2ZX9A 3T0AA 2YDRA 2DPEA 1FH7A 1UD5A 3BH4A 1VBRA 2J7CA 1ODUA 1VFMA 2PWFA 2WMFA 3KZSA 2VZOA 3KEHA 4OJYA 3FY1A 4W89A 4ZXLA 1AQ0A 3CTTA 2IXVA 2JIEA 4HPGA 1C93A 4LYRA 3EMCA 4W7VA 3WQ4A 3WDIA 1BVNP 4MNLA 1UOKA 3VX0A 1E70M 5DO8A 1K9EA 2GK1B 3GYCA 3PBGA 4HA1A 1CDGA 1EDQA 2BVYA 3ZO9A 2Y8KA 1E6RA 1OT1A 2VI0A 4MB1A 1ZJAA 3PZMA 1KWKA 1SMAA 3CLWA 3GNOA 4U5KA 4Y7EA 1E1FA 2G3JA 4GZJA 1MYRA 1TVPA 4AD4A 3GBEA 6CGTA 2OSWA 3WF2A 4AD0A 1K6AA 4HP5A 1J0HA 3K8LA 4J3SA 1J0JA 2WMGA 3IK2A 3TTQA 2XWEA 1E55A 3GBDA 1A47A 4D6FA 1EQPA 3CZJA 1BFNA 5I2UA 2DSZA 1AQMA 1D3CA 2ZWZA 1CECA 1O6IA 4OIFA 1ESWA 2CITA 3PZ9A 4AZ6A 3FHAA 5CPSA 2BHUA 1IZJA 5A6LA 4OZOA 3WL0A 3A6OA 3FAWA 1CGUA 5CQ1A 2D0GA 3I3DA 4JFTA 1VBUA 4QP0A 1JD7A 4ZE5A 1QNRA 1V6WA 1YQ2A 1BG9A 4W7UA 3WH8A 3GXFA 4XB3A 2QV4A 1W1TA 3VVGA 1XV8A 2D0FA 2DSWA 2BVDA 3WY1A 1CLXA 1V02E 4FLOA 3F5KA 3AIQA 4UZUA 4W5UA 3WEZA 3RJXA 5JBDA 5E6ZA 1MW1A 4UQBA 2WNWA 3WD2A 4Z2GA 1VEPA 1V0MA 3UEQA 1H0IA 2VZTA 4AZ7A 3PZOA 3IJ9A 4J3WA 1PIGA 1VFOA 3AXHA 4CD7A 1V3KA 2DQXA 2V3EA 1OT2A 3VD9A 3WENA 2DSKA 3T2OA 1ZU8A 3UG5A 2BY1A 2OYMA 5AC5A 1G94A 4MADA 4P8XA 4U3AA 2J7FA 1HL9A 3ZJ6A 3PTQA 2G3IA 4AZGA 3I3EA 3ARZA 2DSUA 1SFSA 3CMGA 3VGDA 3MO4A 3AIVA 1NWSA 2D3LA 1V3MA 2GUYA 4CKQA 1GHSA 1E9LA 3PZQA 3AXIA 4P7LA 1HP5A 3OGRA 4RE2A 1E40A 2XVLA 1C92A 2CKSA 1V3IA 1R86A 1W3HA 4H8HA 1UQYA 1UKQA 2JFEX 3LPOA 3AROA 1KGWA 4PTXA 1Q6CA 3QR3A 1BGAA 4MB3A 4MNJA 1G5AA 4LQ1A 5BRPA 2QF8A 4JHOA 5CJ5A 2QPSA 4GZIA 1VJSA 4Z2LA 1G01A 3WDRA 2DT2A 4W88A 3WDJA 4B3KA 1PX3A 4URIA 5I23A 1UD8A 3CH9A 4BF7A 2ZIDA 2WVVA 3II1A 4JL2A 1SYTA 1EGZA 3WQWA 4UQCA 4KGLA 4AXNA 1V03A 2UY2A 3OA5A 1NP0A 3EDJA 1U2YA 2WWCA 5ABEA 5JIWA 1QVBA 2C0HA 3WNOA 1M04A 2YLAA 2BFGA 4R5EA 3ARTA 4PMQA 3AIRA 4RL3A 2VUYA 1UWRA 3CHCA 2CBUA 4W7WA 3A3HA 1EH9A 4QCFA 4MJ4A 4CVUA 2RGMA 2X0HA 2IXUA 3PZNA 1E56A 1VAHA 3IJ7A 4J3UA 1OM0A 5A95A 5EBAA 4UQ9A 2V3DA 1GQLA 3SIMA 1W9VA 4MDOA 4WSJA 5E0FA 2DIEA 2XTKA 4B16A 4JCMA 4ACZB 4P8WA 3SCVA 2D24A 1E6QM 1GONA 2WMJA 1FH8A 3AQUA 3VIOA 5A8PA 5A6JA 5CGMA 3WFZA 2DT1A 2A3AA 3KL5A 3RM4A 1C8YA 3QHMA 4D6JA 4W8LA 1J0IA 2BY0A 1UD6A 2D23A 4CU6A 4NRSA 5HNNA 3VDHA 2G8ZA 3SURA 3GXMA 3KL0A 4OOZA 3BCFA 2WLZA 1RP9A 3ARQA 1CGXA 3L4WA 2WCGA 3OG2A 1FP9A 4GO8A 1UH2A 1NOUA 4CGTA 5HBFA 3WH7A 1FFRA 1UZ1A 1GORA 1IT0A 3ARWA 3F4VA 2WC7A 1PZ3A 3EDDA 3T0BA 1MVYA 5DFAA 1GQKA 1QI4A 4D6CA 4W8AA 4C7GA 3WH6A 4ATLA 2J8FA 5EFFA 2VTFA 1GOMA 4MPKA 2OSXA 3DHUA 4P7NA 1OGGA 4UCFA 1JF5A 4W8BA 5HPCA 1GVIA 1E6ZA 3T2QA 2WM0A 3AFBA 3CHFA 3OGVA 2OYLA 3QOKA 2ZXAA 4KRUA 1UD2A 2EO7A 1E72M 3GH5A 3BSGA 3AHXA 4AZCA 3FW6A 2HISA 4XUYA 4ACYA 3SUSA 2CXGA 3WD0A 4J3VA 5IXEA 1CGWA 3AZTA 1CXLA 3BAXA 3BAYA 3FN9A 3AIEA 3W29A 4FLRA 4QLJA 3NCOA 1KGUA 3VGHA 1XSJA 1XH2A 1RPKA 3MU7A 4D6GA 5ABFB 1Y7VA 3OLGA 4WKAA 1V3LA 5I78A 2WMIB 2WB5A 3ARPA 4AD1A 4AIUA 4E8DA 3SEPA 2JE8A 4JKLA 1PPIA 2OLHA 2GJRA 3QHOA 1CEOA 1JYXA 1JIBA 2D1ZA 2FGLA 2GJXB 1B2YA 3GM8A 1QNQA 1MFVA 1NOFA 1E73M 4GPNA 1AMYA 4PEEA 1FP8A 4D6EA 2YL9A 1EQCA 4CN4A 1DEDA 1BAGA 3APGA 4P7QA 3CZEA 3VD3A 4PMRA 2YKKA 1JDDA 2E40A 2DT3A 4HU8A 1B3XA 4CVWA 2ZUSA 1CXFA 3PZVA 3SCSA 1XCXA 2DEPA 3ZJ8A 1WAWA 1BGGA 5A8OA 1TE1A 2JF7A 1QI0A 1O7AA 2XUCA 1WKYA 1LLOA 4CU7A 1JDAA 1KB3A 5JBEA 3MS8A 3D3AA 2Y8VA 2YBUA 2X05A 4WKFA 2O9PA 1HJUA 4AEFA 1N82A 2XSBA 1DP0A 1TG7A 2X2YA 2MANA 1OIFA 1F4AA 4BQ2A 1B0IA 2VRJA 1H11A 1TMQA 5A2CA 4M81A 4UQAA 3AS0A 1A3HA 2Y2WA 3MANA 3K1DA 1Q6EA 4F79A 2WBGA 2CERA 5FKYA 1MW0A 1AVAA 3CHDA 5AYIA 3W0KA 4B9YA 3G6MA 4WK9A 3AYRA 1JL8A 1I1XA 2WSKA 2WVSA 1WDQA 1JI2A 1WDSA 1C7TA 4TTGA 1QNOA 4ATWA 3WL1A 1UR9A 2DGAA 1H0GA 3MUY1 3VILA 2E8YA 4HTYA 1UR0A 4A3YA 3IAQA 1QI2A 4XX6A 2VZUA 1WO2A 3L4YA 4RE3A 3IAPA 1OWQA 4MNKA 2E9LA 4J7RA 4JFVA 2FGZA 2WKLA 1VB9A 4DWSB 2ZX7A 4QLLA 4EAMA 4HMEA 1V02A 3VNZA 4NZCA 1H41A 3B9EA 2VCBA 4UQDA 3L4TA 2QHAA 5DMYA 2WLYA 2X09A 2PI6A 3WN6A 3ZJ7A 4PRWA 2XJ7A 3CMJA 2WZEA 1C3FA 2A3BA 4M29A 5BXRA 5HPOA 4JIEA 1XSIA 1CXIA 3ECQA 4UNIA 3VX1A 1QBBA 1DWFM 4CUCA 2XPKA 2PWEA 5BXPA 4HA4A 5A6AA 5A3HA 1K9DA 3FHQA 1NH6A 1EHNA 3VIGA 4D6HA 3PZGA 3VPLA 2VURA 3ZJKA 1JD9A 1R8LA 2D20A 5FCZA 5M3WA 4Z2HA 2E3ZA 1WE5A 1QHPA 1UR2A 2ZXQA 3CPUA 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1LWJA 3CIVA 1J12A 4GXPA 5AY7A 8CGTA 1EDTA 4HPHA 2XWDA 1FHDA 1HKIA 3B9DA 1E43A 3L2MA 4QLKA 4CD8A 1ZS2A 1XRVA 1UWTA 3CUHA 1XC6A 1J11A 5D8WA 3VGFA 1NM9A 3T2PA 4AC1X 1OBAA 2PF0A 1RP8A 3W38A 9CGTA 2CNCA 3PZUA 2BVTA 1W3JA 3VGGA 4ZXOA 3ARXA 5A2BA 1UHVA 1TFVA 4J27A 3RPMA 4XV0A 4PUDA 3SCUA 3WNNA 2EPNA 2W91A 4YPJA 3ZT5A 3WQ5A 4MTVA 1EDGA 1SMDA 2WWDA 4UOJA 1UUQA 2TAAA 7TAAA 3EMZA 1ZL1A 4AY1A 5BWFA 3PTMA 1JZ2A 5A69A 1X6NA 3ZR5A 4JFWA 2VX7A 3BAWA 2EBNA 1HL8A 1HNYA 2J74A 2J47A 4MAVA 4YN5A 4F8XA 3CZ8A 3I3BA 5EB8A 1HXJA 3CZGA 3AHZA 3M46A 1OSEA 3N11A 2FHBA 4FMVA 4AYSA 4F9JA 2Q8XA 2QPUA 3RMEA 1JAKA 1E0XA 3W25A 1WP6A 2XGIA 2YDSA 3RCNA 3GH7A 3CUGA 2GFTA 1KCLA 4NSBA 1P6WA 5I0DA 3PTKA 1E5JA 1CXKA 4GKLA 2YL6A 4BQ3A 1NQ6A 1CXEA 4CD4A 1GPFA 4C7DA 1R85A 3ARVA 4AISA 3MMDA 1GOWA 1KBKA 2JALA 3RDKA 7CGTA 1X1NA 3NDYA 3GDBA 1UWIA 3WF1A 3WSUA 4NI3A 4W84A 3KL3A 5CLWA 2E9BA 5D8ZA 4D1JA 4CN6A 1D7FA 1DTUA 5D9PA 1W1PA 1KCKA 2J4GA 1US3A 2W62A 2XYLA 4AEEA 5KEZA 4ACZA 5BRQA 5LA2A 4BQ4A 1NOWA 3SCPA 2NT1A 4A3HA 3WH9A 1WZKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GVYA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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