1GWJ | Genus

Total Genus 132

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	374
structure length	374
Chain Sequence	TSFSNPGLFTPLQLGSLSLPNRVIMAPLTRSRTPDSVPGRLQQIYYGQRASAGLIISEATNISPTARGYVYTPGIWTDAQEAGWKGVVEAVHAKGGRIALQLWHVGRVSHELVQPDGQQPVAPSALKAEGAECFVEFEDGTAGLHPTSTPRALETDGIPGIVEDYRQAAQRAKRAGFDMVEVHAANACLPNQFLATGTNRRTDQYGGSIENRARFPLEVVDAVAEVFGPERVGIRLTPFLELFGLTDDEPEAMAFYLAGELDRRGLAYLHFNEPDWIGGDITYPEGFREQMRQRFKGGLIYCGNYDAGRAQARLDDNTADAVAFGRPFIANPDLPERFRLGAALNEPDPSTFYGGAEVGYTDYPFLDNGHDRLG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7186887490674874__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7186887490674874__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1GWJ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7186887490674874__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7186887490674874","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1GWJ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7186887490674874__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz)

Time for openFile(/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz): 12 ms

File Error:unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz

Service Unavailable

loadScript /static/js/j2s/core/coretext.z.js

script ERROR: unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz

Service Unavailable

----

load <<<<"/file/5cfb32cc7da8cfbff818fe6e/pdb.gz"

Script completed

Jmol script terminated

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas putida
publication title	Crystal Structure of Bacterial Morphinone Reductase and Properties of the C191A Mutant Enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	MORPHINONE REDUCTASE
total genus	132
structure length	374
sequence length	374
ec nomenclature
pdb deposition date	2002-03-18

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1gwjA00

1SO6A 1LOSA 4UTLA 3S5NA 3LHVA 5CPLA 3B8DA 3C52A 3G0UA 2H8ZA 1KM4A 4N9BA 2ZZ2A 1XKYA 1TV8A 3W87A 3CWOX 4JTTA 2Y61A 3W75A 2G96A 2GVJA 1MEIA 4TX9A 4UMAA 5F2MA 3M16A 1Z42A 2DZUA 2ATMA 3B04A 1OK6A 3QMRA 4HNVA 2GQAA 4POCA 2KZHA 5G1TA 5MHBA 2TPSA 3NEVA 3W1NA 4AHQA 5K7JA 3IVUA 3CWNA 3LCGA 1LOLA 3P82A 4H3DA 2G95A 1OX5A 1OFAA 3CIXA 4PODA 4BK9A 2V9DA 5I3KA 4GFSA 1OFRA 2XN2A 5C54A 1WDWA 4S1FA 1TJRA 3W83A 3NNTA 1W5OA 2RH9A 4RR4A 3W22A 4NJHA 2V82A 1ZFJA 1G4EA 3DBPA 2X16A 3G3DA 4GUJA 2GJLA 1DQXA 1HUVA 1H7RA 1PE1A 3W9ZA 2G5WA 3P5YA 3TX9A 4YCOA 2CZDA 1VCVA 1H7NA 3C0JA 1LORA 3LXCA 4G1KA 2LLEA 2V5BA 1DJNA 1ZNNA 2FJKA 4FX8A 2Y70A 1X1OA 5H91A 3TIMA 1F76A 1ZJIA 4LC8A 2E6AA 2JGYA 2WKJA 3I6RA 2YYUA 1FWRA 1OYCA 1TQJA 1EP2A 4B5NA 3NR0A 4XTIA 4CNOA 4ZQMA 5G4EA 4UTWA 1OX4B 4UFHA 4NJIA 2Z0IA 1F74A 1GYLA 4JX4A 2X1UA 2NX9A 1Q6QA 3GYEA 4JNMA 4LWWA 3C2VA 3QSTA 4S2BA 4UTKA 4O52A 4RV8A 4LS1A 4LY8A 4LVDA 3LB0A 3FIGA 2RDUA 3UWQA 5DELA 3QMTA 1IXOA 3GNNA 3VFLA 5EMUA 3NPXA 4YCPA 3TDFA 3HOJA 3MYOA 1XI3A 3IVSA 4KWWA 1LLZA 4O8RA 3GDLA 1TB3A 4NU7A 5U7SA 2Q3OA 3G8RA 4JXCA 5C55A 3EWUA 1D3GA 2V2CA 1QDSA 1LBMA 3DFOA 4I7VA 4TR9A 3W74A 2ISWA 3OVRA 1FCVA 4PEKA 3W07A 4MFEA 5HINA 1G67A 1M6JA 4XKYA 2V5LA 1GYNA 1DV7A 3E9AA 2O7SA 3QM3A 3EX6A 1S5VA 2Z6JA 1K8XA 3GAYA 3CB8A 4N6EA 1S3HA 4N9EA 3L5LA 2VEMA 4A22A 3L0KA 3UWWA 3HMJG 3LXBA 3G1DA 4EF8A 3QF0A 5CZSA 4O54A 3UZJA 1R30A 2AQWA 1IIHA 2C1HA 2ABAA 4UXDA 3FJLA 4GBUA 3MW7A 3E02A 2DJLA 1W37A 1QO5A 2DZSA 1PIIA 4M6VA 4QIUA 1QOQA 3TW7A 3FLUA 2PCQA 2QUVA 3HO8A 3HGRA 4ZZ9A 3PR2A 3TH6A 3VNDA 2CWNA 1A5BA 4WOZA 4O13A 5FEPA 4NX0A 3W7IA 2YGYA 1RD5A 5K3VA 1UUOA 1I2OA 3T44A 5DCDA 3EX3A 4UTMA 1EWDA 1JCXA 1TIMA 3W1TA 1DOSA 3PSVA 1K02A 3I65A 4X3ZA 4UNLA 5D03A 3A5FA 1FBAA 1MZHA 4UTJA 3IVTA 1VPXA 3LBCA 3O63A 3SZ8A 3W1XA 3EWYA 1OFDA 4A3UA 3LCLA 1IXNA 3EWBX 3PF3A 4JYFA 3IIOA 1TTQA 4O11A 3DENA 4UMBA 3HBLA 5CPOA 1OFBA 1LM1A 2J6XA 1W5MA 4O18A 3PM6A 2VFFA 3E96A 4O16A 4N6FA 4LUJA 3TCEA 4JTEA 4ZQOA 3NQ8A 1VH7A 2JBMA 4FXSA 4UFKA 1JQVA 3DI1A 3INPA 4HPXA 5K4ZA 3PWAA 4PCFA 4M6QA 5DCEA 3PB0A 3T55A 1A5AA 3IIZA 3H54A 3GKAA 3PULA 1VHNA 4WXYA 4MZ1A 2ZYFA 3QQ0A 2V2HA 4K8HA 3A24A 5A8GA 1DORA 2J9XA 3R89A 1F6KA 3VKJA 4TMCA 1XBVA 2ZZ3A 3DFQA 1SQ7A 1KM3A 2ZDRA 3LHTA 1EX5A 3NPUA 4O53A 3NGJA 4JYDA 2TYSA 1ZCOA 5D2XA 2QUUA 4JTSA 3EKLA 1IXQA 5TBOA 1OF6A 4M6PA 3DH7A 3NQCA 4IQLA 3G0SA 4EOUA 1TMHA 1PS9A 1F5ZA 2PE4A 5DN1A 4A29A 1U5JA 5TIMA 1UASA 3W1QA 3L9CA 3JR2A 3ZWTA 4O0KA 4GWEA 3W23A 1HO4A 3UNDA 3QPZA 4AEOA 2B7OA 2ZBTA 3ABOA 3HG5A 3TSMA 3MI3A 1R47A 4RKAA 3FKRA 2WNZA 3TQ0A 1FUYA 4LW7A 1RV8A 4GUGA 3IV3A 1TPVA 4JTIA 3TA6A 4YXGA 3SGZA 1CX9A 1KFCA 3W3OA 2QCHA 3W2KA 2GQ8A 1KLZA 3WFAA 2OCZA 2EGZA 2R14A 1P4CA 1LLWA 1SR9A 5LHFA 2C3ZA 3KRZA 4JIPA 3LRLA 1FDYA 3EWXA 5F2LA 3S5ZA 4X22A 4Z1AA 5I3FA 3L5AA 1GTHA 4ZVJA 3W7EA 3YPIA 4AF0A 1H1ZA 5I3JA 4P2VA 3C4UA 2QEZA 3M5VA 3B0UX 3W7JA 3M41A 5D38A 1MEWA 4WOQA 3S1WA 5FEZA 3P60A 2CZFA 4AXKA 2P10A 4UTTA 5HWMA 2NUWA 4O1DA 1SSGA 4RZ6A 2OT1A 4NZJA 5BW6A 1QNVA 3PVFA 5BNKA 1A5SA 1THFD 1KFBA 1QPRA 3DKLA 5AYZA 5LSMA 3QFEA 1XL9A 4CQ9A 4JX6A 1VS1A 4JIQA 1LOQA 3TC6A 4NT0A 1W5QA 2WNNA 3CLMA 4Z1CA 1TPH1 3QQ1A 5EKYA 1GVRA 4K6AA 4DQWA 3NPWA 1ALDA 4UFJA 3S42A 1L2UA 1HG3A 3CEPA 4NNAA 1FWWA 3WK0A 1H1YA 1GZGA 3N9RA 4MY8A 1TCDA 3LHZA 1NEYA 4OBTA 4UC5A 1KBIA 4O1AA 1Q6RA 4FX6M 4DO5A 5F1UA 2QR6A 3MJYA 3NVTA 1YXYA 2NXGA 3RU6A 1ME7A 4W9TA 2NUYA 3W2LA 1OHLA 3DU0A 3KVJA 3LM7A 4XTDA 4YLWA 3TAKA 3LBMA 2RDTA 4EIVA 4IWWA 3P84A 3W7QA 2Y7FA 2WJZA 3MYPA 3EKZA 3PBVA 3TNOA 3LTSA 4CQ8A 3P80A 2QCMA 5FF3A 3W7LA 2CU0A 1TTIA 2ZFAA 4O14A 4LVGA 1N55A 3NOEA 2E6FA 3QPYA 4N9DA 3WK3A 3MP4A 4I7WA 1I4NA 1H60A 1MO0A 1K7EA 4K36A 1G4SA 3O8AA 1WQ5A 1WAUA 3G1AA 1SFJA 1C9DA 3W7RA 4JY8A 1XBYA 4ZQNA 3BLEA 3T4CA 2GQ9A 3PS7A 1X7FA 2I14A 2GPTA 3SFKA 4Z0JA 2R94A 3N2MA 2FPYA 4BFAA 1T99A 1G69A 5D32A 1X1ZA 1D9EA 3TXVA 1EUAA 1I45A 3FS2A 1I8JA 4ALDA 3TR2A 4Y6GA 4C1KA 5K2ZA 1YXDA 5EBUA 3G1VA 1GQNA 2A7PA 1MXSA 2PRLA 3Q37A 1SFLA 1ZAIA 4AF0B 3A5VA 2ZZ4A 2W79A 4WXZA 2WO5A 3MP3A 2X30A 3RMJA 5SWUA 3H55A 2GUUA 5AC7A 1EA0A 4IMCA 3SR7A 4O4VA 3D0CA 3A23A 3L0NA 6TIMA 5KSWA 4Q32A 5H2ZA 3W1UA 3PC0A 1NSJA 3CHVA 4PFMA 3CPRA 2E68A 3W1AA 2HSAA 3EB2A 2YSWA 1P0KA 3LCIA 1F7BA 1W3NA 2BXVA 3UY8A 3W7DA 3TROA 3P81A 3LTPA 2BX7A 3GIYA 4HNNA 3S9YA 3SSJA 5D2YA 1RQBA 1TREA 1F6PA 4RX0A 2W6RA 5HUOA 4BWLA 1Q3NA 5CKSA 3LHYA 3O6CA 5BRBA 1SW3A 3NPVA 1PCKA 1SZGA 3R13A 1TRDA 1O5KA 3U2OA 1W5NA 3AJXA 3P74A 4MJZA 1TPDA 4DEFA 1TPC1 3IGXA 4O1CA 1TV7A 1WV2A 1W3TA 1JUKA 1T8XA 3NQ6A 1GTEA 1OABA 1G7UA 1JULA 5CSSA 5T26A 5LGXA 3GR8A 4ADUA 3S6DA 3BV4A 2JGQA 5EA9A 4NXKA 1KFKA 3W76A 5KMYA 5DBTA 2QCNA 1VHCA 3RFAA 1SUXA 5K9XA 3STGA 3TAOA 4ZMGA 1KM2A 4N4PA 3W2NA 2NWRA 4FIQA 3CU2A 4BF9A 1DQWA 5AHFA 4UTIA 4ML9A 5CPNA 3G3MA 3KFTA 3LHWA 1YPFA 3W2JA 5FF7A 4GUHA 3GZ3A 2HTMA 2QUTA 3DFNA 4FB7A 4UFLA 3TU9A 2DORA 5D30A 4L4MA 2NV1A 1WBJA 5DCBA 3UYCA 3G8EA 1I2PA 1KFEA 3M47A 1OFQA 1IGSA 1FCBA 3V75A 3ZWSA 4ORMA 3LCWA 2BZNA 3HGSA 4R34A 1XCFA 5TQLA 1OYAA 3JS3A 3NA8A 3STEA 1ICQA 3HGOA 1FXQA 4L4LA 4WY0A 2Z6IA 3NL3A 5AHNA 3O07A 3DHFA 4K8EA 1AW2A 2A4AA 1YADA 4IUOA 2O7QA 4O4WA 3C61A 5F2GA 3QMSA 3RNDA 4MKNA 4MVAA 2Q8LA 1SSDA 2J9ZA 2FB3A 3E12A 4AB4A 4FF7A 1AK5A 1BKSA 3NQ2A 1M7PA 4IGHA 2ZA2A 4N2YA 3ABQA 5G2IA 3KRUA 2E5CA 3UPBA 5LNSA 3SI9A 1H7WA 3OVQA 1XUZA 2Q3RA 4O10A 3AO0A 1JQXA 2Y7EA 3E0IA 3NL5A 1NF7A 1HFBA 4IMFA 2A85A 3U6WA 3F4NA 4OV9A 5CG7A 1K7XA 1LTDA 5CZJA 4NNBA 2WSQA 4JY9A 5CZTA 2E6YA 5K9DA 3H53A 2QCDA 2CLKA 3TMQA 3VE9A 3BW2A 4LNYA 3S8HA 2Y62A 3LCHA 3OEXA 4DPQA 3N3MA 4FX7A 4EVZA 1ZAJA 3KRSA 1H7OA 2P0OA 2QKFA 1GEQA 3SGUA 2AGKA 3LCFA 2R8WA 5EY5A 5LNVA 4GRSA 2A6LA 4JX5A 1PVNA 4UTTC 3BLIA 4ADTA 3GX9A 2WSRA 5DLCA 2Y88A 1JCMP 3MHGA 1FDJA 4FEZA 1KA9F 4RZ5A 1QCWA 5EPDA 3T7VA 2OT0A 4DF0A 3WJZA 5IM51 1VYRA 3G1SA 3ZFHA 3NQMA 2OMAA 3QSRA 1EP1A 5DY3A 3S1XA 4GC4A 3BG3A 1P0NA 3LGEA 4X9SA 5KTLA 3GR7A 3STFA 3W1RA 5LNRA 1B57A 5CSRA 2Z2UA 3L5MA 4QITA 5LZLA 1B9BA 2CLIA 4OE7A 2TSYA 1QOPA 1BWLA 4NNCA 1WYIA 3LTYA 3UWUA 3OG3A 3THAA 3NL2A 4Q4KA 3PAJA 2FPVA 4WY0F 1FY6A 1VYSX 2DZVA 3LERA 4R33A 2PC4A 2QAPA 3T78A 3WJSA 3NM1A 3FYPA 3GLCA 4M7SA 5BMWA 4O57A 1SW0A 1EWEA 1JCYA 4XWUA 3TSBA 4O1BA 4Z1BA 2VFGA 3TQKA 3L67A 5L9FA 5HR7A 1AL7A 1S5TA 3HJZA 2CW6A 2ISVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OC5 A;  4PE8 A;  3M5X A;  2R1M A;  1Q4W A;  4K1G A;  1FVP A;  4M3P A;  2QJI A;  2VDG A;  4FXF A;  4QAI A;  2QCE A;  4QE1 A;  3TLL A;  3AHT A;  4JGD A;  3KS6 A;  5LIW X;  4GQG A;  1C29 A;  4F48 A;  3PK7 A;  2VWT A;  2A0N A;  2GSH A;  1YKW A;  3GTN A;  5G5I A;  1VIZ A;  4PBG A;  3H4G A;  4O0Q A;  3AC0 A;  4JYE A;  4OGZ A;  3TYU A;  8A3H A;  1LP6 A;  4WD0 A;  5G4W A;  2XYL A;  4JNZ A;  3ART A;  2BVY A;  2AQV A;  3PJX A;  2YPI A;  3TSD A;  2J25 A;  5D4Y A;  1KTC A;  3MVI A;  3LV6 A;  1PCW A;  3F5L A;  3SCQ A;  3QR1 A;  2G4J A;  4K38 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1GWJA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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