1H1ZA

The structure of the cytosolic d-ribulose-5-phosphate 3-epimerase from rice complexed with sulfate and zinc
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
AAKIAPSMLSSDFANLAAEADRMVRLGADWLHMDIMDGHFVPNLTIGAPVIQSLRKHTKAYLDCHLMVTNPSDYVEPLAKAGASGFTFHIEVSRDNWQELIQSIKAKGMRPGVSLRPGTPVEEVFPLVEAENPVELVLVMTVEPGFGGQKFMPEMMEKVRALRKKYPSLDIEVDGGLGPSTIDVAASAGANCIVAGSSIFGAAEPGEVISALRKSVEGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure and Catalytic Mechanism of the Cytosolic D-Ribulose-5-Phosphate 3-Epimerase from Rice
pubmed doi rcsb
molecule keywords D-RIBULOSE-5-PHOSPHATE 3-EPIMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Oryza sativa
total genus 73
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.1.3.1: Ribulose-phosphate 3-epimerase.
pdb deposition date 2002-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00834 Ribul_P_3_epim Ribulose-phosphate 3 epimerase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1h1zA00
5AFDA 1OX4B 1SZEA 1TSIA 1W1ZA 4MJMA 1CX9A 2HTMA 3MMTA 3G1VA 2C13A 3A9IA 2ZFAA 4Z1BA 2ZBTA 3FOKA 3IGUA 4YLWA 2Q3OA 2NUXA 5D32A 4O19A 1C29A 3OG3A 2B7NA 4EF9A 2GUUA 3I65A 5D37A 1S5TA 3EWYA 1S5WA 3TV8A 4NJJA 4WD0A 3WK1A 5CZSA 2H8XA 4LRSA 4JTLA 4EVZA 4MY8A 1NVMA 1WQ5A 3DZ1A 1MEHA 4N9EA 4XTIA 1DKWA 4TX9A 2EGZA 4WOZA 4NXSA 1OYBA 3LRMA 1FXPA 1ZHAA 4RJEA 1JCJA 5KITA 4A2RA 3MP3A 3SFKA 1OX5A 2C14A 4BWLC 1LZOA 4MY9A 5LNVA 5LGXA 4O17A 1KFEA 3R13A 3LERA 4RLIA 3E12A 5DBUA 1LLZA 1O5KA 1K8ZA 4K7YA 5CG7A 3GNDA 1DJQA 1YTEA 2GQ8A 2H6RA 1XC4A 2XN1A 5G4WA 3TU9A 1Q45A 3O07A 5HR6A 3C2FA 2BSLA 1UUOA 3HPSA 5HWNA 3W7LA 2E5DA 3TJXA 1OFAA 3NL3A 3W1PA 1RQHA 3C52A 2V8ZA 4AMAA 2JBMA 3RFAA 1ME9A 1K7EA 1UCWA 4RZ5A 3B0UX 3UWZA 4MY1A 3PS7A 2ZZ7A 3LGEA 4JN6A 3DKJA 3FEMA 1QAPA 3O1NA 3GB6A 2VC6A 3FLUA 3GYEA 2C1HA 3BG3A 3L0NA 1HG3A 5ABTA 1FBAA 4ZQNA 1W8SA 2E68A 1IXPA 5KZEA 3TQVA 5HJLA 1N7KA 1LDCA 4A21A 1WX0A 5DBTA 2HS6A 4O14A 3RU6A 3QJAA 3CQ0A 3W7MA 2C19A 3MI2A 2YXGA 1LYXA 3ELFA 3PULA 3W86A 3DHDA 1A50A 4ML9A 4RX0A 3TJLA 1Q6OA 3C3NA 3UPWA 1W5QA 1EP2A 3L5LA 1R2SA 4UFJA 4ZQOA 1T0OA 3Q58A 2YYUA 1OG0A 1ZY9A 1ZAHA 1I45A 1L2UA 1WYIA 2CLHA 4O15A 1VS1A 4O1CA 4OE7A 1YDVA 5TQLA 2CZ5A 4EWND 1WA3A 4QM1A 4EIVA 1F74A 3SGUA 5A5WA 1SU5A 1PHQA 5HWJA 1K8YA 2WPBA 1ZENA 2NX9A 3DI1A 2FIQA 4R7JA 3EEGA 3S1XA 1KW1A 1GYLA 1VHNA 3PY2A 4C1LA 1JCYA 2F7FA 1Z48A 5HNRA 3EB2A 3W7IA 4UXDA 3MO7A 3E02A 1AW5A 4O53A 1F6PA 3BLFA 3IIPA 5BRBA 1TV5A 3W1AA 4GUFA 5HWMA 4X9SA 3PSWA 2Q8ZA 4K7VA 3T40A 3SECA 3W7EA 1KBIA 3ZR4A 2ZTJA 1TV8A 1PS9A 3T7VA 1FCVA 4H6KA 7TIMA 1S3HA 4OHQA 4BWLA 1TRIA 1S5VA 3C2OA 4BR1A 2J6XA 4AHOA 5IBXC 2QKFA 3G0SA 4LRTA 1NFBA 2QCCA 4FNTA 4O1DA 4BFAA 3TW6A 3PUOA 5FF3A 1W3NA 3A21A 2A2IA 3LRKA 2HSAA 4PEKA 4XWUA 1SPQA 2WOQA 2ZA1A 2NUYA 4I7VA 1FXQA 4KWWA 3BLIA 4NT0A 4E38A 5F4WA 3NPWA 3GKAA 3S5ZA 4DBDA 3UZJA 3H55A 4UFHA 4PTNA 3RLUA 4ZMGA 4FIQA 4CQAA 5DELA 2YSWA 2E09A 4PL1A 1FDZA 1I2OA 5EL1A 1H50A 5KZDA 1LM1A 4JYDA 4M19A 3F4NA 4K37A 1IXQA 1JULA 2YFNA 3P5YA 1L6SA 1W54A 4AF0A 2TYSA 1CI1A 1F7BA 1U83A 3GAYA 3C6CA 4OU1A 5K9XA 1BKSA 3L0KA 4WXYA 3TW7A 1EUAA 2CLOA 1DVJA 4R53A 3LI1A 4O11A 5KINA 4YWIA 5LNRA 1F5ZA 2X2GA 2J9ZA 3MI6A 1R2RA 4O0KA 1BEUA 3TC6A 4UTTC 1SSDA 4DF1A 4MLJA 3G1DA 5K2ZA 2X16A 3TAKA 1KBJA 3C0JA 4FHAA 1L9WA 4FIRA 1VHCA 3F4WA 2WSQA 3EKLA 4MZYA 4LT9A 3G0XA 1EEPA 1EX5A 1OFEA 3G3MA 3SR7A 5AYXA 4UTKA 2E6FA 3LDVA 3NQ8A 4YCPA 2NZLA 2EF9A 1VYRA 2G5WA 4FNUA 4GUHA 3S1WA 2BWGA 2CZFA 1H63A 3TC7A 5I3HA 3C4UA 3W1XA 3M0ZA 3PWAA 3PB0A 3KX6A 1H7RA 2PRLA 2ATMA 3EWBX 1SO6A 2GPTA 2TPSA 3QC3A 1O95A 2V9DA 2V82A 5AN7A 2OCZA 3BVJA 4O57A 3DFSA 4GRSA 1H7OA 3UYCA 3P74A 5IBXA 3KHJA 3ANYA 1SZNA 3F1QA 1EP3A 2E6DA 3R12A 3G3DA 3W7QA 1QOPA 3NNTA 3QW3A 4TO8A 3DFNA 1BTMA 3PF3A 4GJ1A 1X8FA 2JKEA 1KM0A 3NXFA 2GVLA 3MBDA 2FQIA 1KM4A 8TIMA 1XFBA 3FYOA 3G1YA 3NQ7A 2GJLA 4QNWA 1KV5A 4UTWC 1H7PA 4AEOA 4FXRA 1T99A 3NOEA 2FB2A 4NNCA 5D2TA 2EAWA 2FTPA 3P62A 1M7PA 3RNDA 4RKAA 2OT0A 3MWAA 5BMXA 4S1FA 3NQMA 3Q2DA 3GXTA 2I14A 1HO4A 1OYAA 1ICQA 2GQ9A 3LXCA 3P61A 3PG8A 2A6LA 1EUNA 1W5PA 4QISA 1PHWA 4IMEA 2Y62A 1ZNNA 4U28A 3TQKA 1YYAA 1F05A 1H61A 1DBTA 5AOUA 4CLMA 2RFGA 4MKNA 1AL7A 3GKFA 4GUJA 2C3ZA 4DO5A 4RXGA 2B7QA 3CIXA 3DH7A 3B06A 4UC5A 3L21A 3O6CA 1VCGA 4CQ9A 1FCQA 3LV6A 2EHHA 4WY0A 4A2SA 4QSHA 1K02A 3STEA 4DO6A 5EKYA 4PA8A 3M44A 5K7JA 1GT8A 4WY0F 4KWVA 2O7QA 2CLKA 4TMCA 1RQEA 2QDHA 3NZRA 4E0CA 4WUIA 2VFHA 3LRLA 3TX9A 1LORA 2FFCA 1K7XA 1LCOA 3D0CA 4HSOA 5I3JA 1GWJA 1RD5A 4K36A 3ABQA 1TB3A 4MFEA 2XN2A 4OGZA 5LNUA 3N3MA 2AAMA 3M5YA 3DENA 3OVQA 4UR7A 3L0GA 2A4AA 1IIGA 2QCMA 4XBSA 1QPRA 1W5OA 1TTJA 2OT1A 1LROA 5F1VA 4Z1DA 3E96A 3CEPA 2V30A 5CSRA 1FDJA 5KTLA 2ZZ6A 5LNWA 1UBSA 1C9DA 4JYFA 1TIMA 2BLEA 5AC7A 3PUDA 3TK7A 2QCEA 4YCOA 4I9AA 1TMHA 1O94A 3S8HA 3TROA 2Q3RA 4HKPA 1XI3A 3W85A 3LCHA 1VLIA 2WNNA 5L6UA 4N4PA 3W6YA 2V2HA 3T4CA 3MI3A 4O50A 1DL3A 1G67A 2RH9A 5FF7A 5CZTA 2QUTA 5C54A 4JTJA 4LTSA 2FPYA 1GEQA 3OBKA 2BZNA 5HMSA 3BO9A 4AB4A 3BK0A 4JX4A 2X1UA 4IQLA 3TFXA 4XQ6A 4UTWA 2A1YA 1XBVA 5CZJA 2Y6ZA 1LOLA 1JR1A 5KMYA 3NQVA 3L67A 1ZCOA 3QRHA 4IMFA 1RPXA 3TUUA 1I2QA 1WOAA 3CWNA 3HJZA 3GR8A 1IXNA 4ZVJA 3W7OA 1Z42A 2G97A 1KTBA 3FIGA 3HG3A 3U2OA 3PBWA 4MYAA 2X1SA 4OBTA 1V7YA 4LU0A 4DF2A 5K9DA 2X30A 3WK2A 1AMKA 2DJXA 1LOQA 3LCFA 3STFA 1IIHA 1L6YA 1RQBA 1KV8A 3PM6A 5LHFA 3UWQA 3S5OA 1IF2A 1XXXA 4Y6GA 4IXHA 4UMAA 3E0IA 2ZA3A 4YL2A 3YPIA 4XKYB 1SO4A 2VFDA 3THQA 1Q6QA 3W1LA 3LBMA 2A7PA 2QCDA 5G2WA 3HGSA 5J5DA 5LNSA 3KXQA 1A5CA 2H3DA 3EWWA 3NO5A 3A5VA 3Q94A 5BW6A 4IX2A 3MUXA 1SZFA 3ATYA 5EY5A 2DZTA 2G95A 4N9CA 3ABSA 1HTIA 4IX0A 3UXDA 3B04A 2J24A 5E93A 4FF7A 1GZGA 3M1ZA 4A29A 5FF2A 4PL2A 4JDBA 1YDNA 3W2JA 4QITA 2QAPA 4DXVA 5EA9A 3P84A 1A5SA 2VXNA 2E6YA 3HOJA 1XBYA 4FX6M 5IM51 3GK0A 3QH2A 4TMBA 4OWGA 1VR6A 4GNJA 1AW2A 4DELA 5FF4A 4UTMA 1UUMA 1LBLA 1GTEA 1SUXA 3EXSA 1SR9A 3NQCA 3GAKA 2NX1A 3LXAA 1MEIA 1SW7A 5G5IA 4QJ1A 1H5YA 5CZ0A 3LTSA 3PBYA 1H62A 4WXZA 4X2RA 3IIVA 1K3UA 1O5XA 1O60A 5FEXA 3LHVA 1F73A 3LX9A 3W7HA 1PCWA 4A22A 3JR2A 5D04C 4FB7A 1MZHA 5D02A 4HPJA 1RZMA 1TYGA 2XN0A 4FNPA 3B05A 4FX7A 1YPIA 2A85A 4KFPA 1WBJA 5E1QA 1Q6RA 5EBUA 1KFCA 3W2LA 4AWTA 3W1MA 4UFKA 5I3KA 2GVJA 4PFMA 2W0UA 4DPQA 4MPQA 1QCWA 4CCDA 2ZRWA 2VEKA 3S1UA 1W5NA 2TRSA 2ZZ2A 4K8HA 2JK2A 3G0UA 1LRQA 2QR6A 3F03K 4XTDA 4RCXA 4MOZA 1Q6LA 2C0AA 2GQAA 3CT7A 1E51A 3HG2A 4UFLA 4UTUA 4ICNA 3MHGA 4B5NA 1KFKA 3PC0A 1DOSA 3IGXA 4GXMA 3W73A 3N9SA 4Q32A 3S42A 3NG3A 3THAA 1NF7A 1PVNA 5D38A 5CPMA 3R89A 5I3GA 1XBZA 4GFSA 1TQJA 5FEZA 3KVKA 4OT7A 2VEPA 4KFOA 2ISVA 3OVPA 1KLZA 3UNDA 3WFAA 2C15A 4NX0A 1TPH1 3ABRA 2WQPA 3P80A 2VFIA 5TBOA 1VLWA 5CPLA 4JD4A 5D2VA 5K3VA 1THFD 3QFEA 4NNBA 3VFLA 3SY5A 4GE8A 3DGRA 3QW4B 1UB3A 5HUOA 1GYNA 2JKPA 2F84A 3O63A 3KOFA 4JTFA 5FI8A 3NQ6A 3UXAA 3VE9A 3FA5A 1HL2A 5G1TA 3GDTA 1G4PA 3NL2A 2Y7DA 1DQXA 3UWYA 2CW6A 1I2NA 4EF8A 4PODA 3HMJG 1EWEA 1FY6A 1VH7A 2OMAA 2FPVA 5C5YA 4U4MA 3N2XA 2ALDA 1VCFA 1D9EA 1VCVA 4WJEA 4HNTA 3EKZA 3CEUA 1K7FA 3W9ZA 4HNUA 2FB3A 3N73A 4O18A 4O1BA 2V2CA 2J88A 3MBFA 3T44A 1OABA 3LTYA 3UWWA 1WXJA 5CSSA 1U5JA 5BOOA 4YXGA 2YGYA 5AB3A 3QMTA 3P82A 5J5RA 4UMCA 1C8VA 1TJPA 1M5WA 1YXYA 4QQ3A 5AHEA 3TAOA 2VENA 2Y7GA 3LM7A 3LHWA 1D3GA 5EYWA 4QIUA 4IPIA 1B3OA 3EX6A 1ICPA 2PCQA 4JX5A 1OHLA 3IRDA 5U4NA 3NQGA 1H1YA 2R8WA 2Z2UA 3USBA 2A7RA 3GX9A 4S2BA 3W72A 3G18A 3G8EA 4LS2A 2Z0IA 2CWNA 3DBPA 5HULA 4Z1AA 2A5HA 4Z0SA 2O7SA 3W2MA 1ZAJA 4MYXA 2J9XA 5C55A 1L6WA 3VCRA 2Y61A 3LLFA 2A0NA 1GG0A 5FESA 1AL8A 3NA8A 4O0ZA 4IMCA 3RK8A 5U7SA 2V5LA 3DI0A 4NNAA 3W7KA 5LZLA 1ME7A 5DXXA 3STGA 2ABAA 1N55A 3NM1A 3M16A 2VELA 1OYCA 4IJBA 1BWKA 4JY9A 2Y85A 1D3HA 3FKRA 4FNRA 3LOTA 2GOUA 2Y7FA 3TMQA 1GVOA 2Y89A 5EPDA 1VC4A 4GUIA 5D2YA 3OEXA 3INPA 3VNDA 3WJXA 1FWSA 3MP4A 3HG5A 2NUWA 2CLMA 3A5FA 4ADTA 2QCDB 1SO3A 5HQEA 5AC6A 2QJGA 4EOUA 5H2ZA 2ISWA 1FUYA 5D33A 1OX4A 4ZZ9A 3W88A 1HO1A 4MLRA 4FNSA 2ZZ5A 1F6KA 3IVUA 2DJLA 3QM3A 4CQ8A 1JCXA 1YADA 2YPIA 3HIJA 2H8ZA 3A23A 3SJ3A 2DZPA 4M7TA 4N9DA 2FLIA 1GJPA 4IOTA 3NL5A 2NWSA 3L9CA 1P5BA 4JTHA 4LS1A 2AGKA 3LXBA 1TPC1 4Y90A 1OX6A 1R30A 3G24A 4IUOA 1I2PA 1A53A 2YDAA 2V0TA 2ISSA 3MYPA 1W37A 2VFGA 1KA9F 4DF0A 4LNYA 3UPBA 1OK6A 4HNNA 1EB3A 4RV8A 4O4VA 1KFJA 1SW3A 1V5XA 5F2LA 5AC8A 1W3IA 3LTPA 2CLLA 3EX2A 3IIZA 4BF9A 5KZMA 1Y0EA 3EXRA 1ML1A 3IEBA 3LHTA 4I7WA 4PC8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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