1H7N | Genus

Total Genus 124

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	340
structure length	340
Chain Sequence	MHTAEFLETEPTEISSVLAGGYNHPLLRQWQSERQLTKNMLIFPLFISDNPDDFTEIDSLPNINRIGVNRLKDYLKPLVAKGLRSVILFGVPLIPGTKDPVGTAADDPAGPVIQGIKFIREYFPELYIICDVCLCEYTSHGHCGVLYDDGTINRERSVSRLAAVAVNYAKAGAHCVAPSDMIDGRIRDIKRGLINANLAHKTFVLSYAAKFSGNLYGPFRDAACSAPSNGDRKCYQLPPAGRGLARRALERDMSEGADGIIVKPSTFYLDIMRDASEICKDLPICAYHVSGEYAMLHAAAEKGVVDLKTIAFESHQGFLRAGARLIITYLAPEFLDWLDE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__925246817565842__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__925246817565842__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1H7N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__925246817565842__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"925246817565842","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1H7N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__925246817565842__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb4bb9269bfcb988c9136a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb4bb9269bfcb988c9136a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb4bb9269bfcb988c9136a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb4bb9269bfcb988c9136a/pdb.gz): 261 ms

reading 340 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

340 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:339});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Dehydratase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	The X-Ray Structure of Yeast 5-Aminolaevulinic Acid Dehydratase Complexed with Substrate and Three Inhibitors pubmed doi rcsb
molecule keywords	5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
total genus	124
structure length	340
sequence length	340
ec nomenclature	ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date	2001-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00490	ALAD	Delta-aminolevulinic acid dehydratase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1h7nA00

1RZMA 2ALDA 1OHLA 4FEZA 2CZDA 4JEQA 2YSWA 2ZRXA 2NX1A 3G8EA 4M6VA 1H7NA 2YFOA 3C61A 4AMAA 3PF3A 4ZQRA 4Z08A 2H90A 1P1XA 2RDUA 4JYEA 5D05A 5AB3A 5AYXA 3E49A 3N2XA 1E51A 2VFHA 2QR6A 3SZ8A 3GDRA 1GEQA 4R34A 1W3TA 1IIGA 4MY1A 1UUOA 1K7EA 3PUOA 1PVNA 2V2CA 2X2GA 2XFWA 4MYXA 5D04C 1QOPA 3S0CA 3C2EA 1XFBA 2YYTA 1YDVA 3HPSA 1H50A 2RHGA 1I2RA 3BLIA 1GQNA 3HGSA 3Q94A 3IIXA 1CW2A 2XN1A 4FIQA 5F4SA 3N9RA 3CC1A 1SFJA 2E09A 2ATSA 5AC6A 1S5WA 5CKSA 3UD6A 5IBXA 2TRSA 3S5YA 5CSRA 4ADUA 5F2MA 1GPWA 2YGYA 8TIMA 3BK0A 1OFEA 2J88A 3S42A 3NEVA 1FDJA 5EYWA 1DQXA 3QRHA 4MVAA 5DBTA 1FY6A 2VFDA 4A2RA 4QNWA 3UWWA 1G4TA 5AHNA 2E6DA 1G67A 3W1LA 3BGGA 1FDYA 3NQFA 3O06A 4HN4A 1KW1A 2NUWA 4UCGA 3GNNA 4C1KA 4HNNA 1B9BA 1KFKA 5C2XA 1JUEA 2D73A 1U83A 4Y96A 3VE9A 3C8FA 1JCNA 2E5DA 4Z1DA 4EF9A 1LOSA 2QCGA 4D2JA 3VE7A 4GUFA 2ZRWA 5DY3A 3DI0A 3R5EA 2DZSA 2XN2A 3NL3A 5KZMA 4X3ZA 3BV4A 4WY0B 3S8HA 1D9EA 1DVJA 1SO5A 4XTIA 1G7VA 4JTUA 4IMDA 2R8WA 4PFMA 1SO6A 1JCLA 1GYNA 2NX3A 2OT1A 4Z0JA 4O4VA 3FKKA 2J9ZA 3CIWA 1ZHAA 1K8ZA 1IGSA 3LI0A 1SZEA 5DELA 3W7IA 5CPOA 3R8RA 3WJSA 1H7PA 3GDKA 1XC4A 1K7XA 2A7RA 2CLFA 3UWVA 2E1DA 1YXCA 4ADSA 4BR1A 1MEWA 3G18A 1DHPA 3LERA 2Y89A 2YX0A 2ZYFA 3A5FA 1EB3A 2CLOA 4JDYA 1SO4A 2B7NA 3EXSA 3UQNA 4QAIA 4H3DA 1Z42A 1LP6A 4MZ1A 1TPFA 4KFOA 4Z1CA 4WD0A 3R12A 4FX8A 3W7PA 5CGQA 3W85A 3KVKA 3OHIA 1FWRA 1W8SA 2Y61A 1ADOA 3F03K 2OCZA 1FCQA 5EBUA 3CWOX 5BMWA 2Z2UA 1WQ5A 2ZRUA 1WBHA 1BEUA 3EWXA 4HNUA 4DO4A 1T8XA 4HHPA 1DQWA 3T4CA 1SO3A 1SSDA 2B7QA 3MMTA 4LWWA 1K3UA 2A1YA 4NJJA 4Z1AA 4GFSA 3STEA 4HNTA 1TPVA 3S9YA 3TU9A 1JUKA 3DFQA 4OT7A 3NM3A 1QCWA 1TCDA 1TPUA 1G69A 3EKLA 5T26A 4O28A 3TIMA 1EEPA 3MP3A 1LBMA 1L6WA 1EP1A 3W7DA 2VFGA 3M5XA 5EKYA 3NXFA 5LNUA 4NX0A 3LTYA 2QCFA 2XN0A 4MIMA 3WJYA 2X1TA 3TFXA 4PH6A 2TMDA 5LGZA 1ZAJA 1LYXA 4LVAA 4NUWA 3MBFA 1W37A 4I7VA 3TSMA 1NF0A 1M5WA 1YTEA 2Z0IA 5G5IA 3FYPA 1JQVA 3HBLA 3CM4A 4K36A 1EIXA 3L0KA 5D2VA 1RVGA 4A3UA 2CU0A 2PCQA 3W9ZA 5LKYA 1KLZA 2JKPA 3AO0A 4TU1A 4OWGA 2DORA 3W7LA 5D38A 5FF7A 3P82A 4AHQA 1MSSA 5D2TA 3ABOA 2A7NA 2OX1A 1AG1O 4UTJA 3B06A 3GB6A 3NOEA 4HKPA 2R94A 4A21A 1DV7A 2FTPA 3W2LA 1OFQA 1EUAA 3L21A 3LHVA 5HWJA 3KVLA 5U7SA 4RR4A 4O0ZA 2W79A 1OFPA 1H7OA 4TMBA 2GVLA 5AHLA 2PE4A 5HWNA 4XQ6A 3W71A 4LT9A 1W5NA 4X2RA 4MYAA 1RQHA 4LVDA 2NUXA 3PUEA 1HFBA 4LV9A 4DF0A 4LVFA 2HS8A 4O53A 1ZNNA 2QCLA 3ABSA 5AC7A 4X9SA 3GVGA 3G1HA 3M5ZA 2ZQ0A 2Y7GA 4O14A 1H1YA 2FB2A 1MEHA 4BWLA 1OYCA 3NQ6A 1GWJA 3YPIA 3F1QA 2VOMA 5I3IA 1VC4A 2R91A 4UUIA 1TPDA 1U5JA 1AMKA 4U28A 2DZUA 1B4KA 1FX6A 2YCEA 1SZFA 3NQMA 3SGUA 3H54A 1VR6A 1QPRA 5A5WA 6TIMA 3QMSA 3G0XA 3W7MA 2W6RA 1TO3A 1DORA 4I7UA 3MYOA 5F2GA 5GVJA 2V82A 1FWWA 3HOJA 2DZVA 2A7PA 3A22A 3LX9A 1F05A 4M19A 1Q3NA 3LXCA 1EWEA 3JRKA 3W2MA 1XBZA 1KA9F 3KX6A 1QNVA 2WNZA 4O10A 1Q6LA 4PC8A 1SFLA 3FS2A 3P62A 2QKFA 2ZZ6A 5FEZA 5I3JA 1VCGA 4IMFA 4FX6M 3TDFA 5LHFA 3LCFA 2ZZ5A 1GTHA 4LC6A 3A23A 2G97A 3TQ0A 3G3MA 2Y7FA 2YR1A 3MP4A 1DKWA 2C18A 3B03A 4NJIA 3TE9A 4JX4A 3WK1A 2X16A 3E0IA 3TSBA 2WKJA 1LLWA 1GTEA 3S1WA 4QISA 5DBUA 2P0OA 4ZQOA 1L6SA 4LS1A 1KV5A 3QJAA 2NWSA 3NGJA 3IIZA 2ISWA 2C13A 3HF3A 3TW7A 3E12A 1HL2A 1H61A 2QJIA 3N9SA 5F4XA 4BI5A 3LCXA 4IX2A 1Z41A 3KVJA 2VEKA 4CNNA 1XL9A 3O6DA 1JCXA 1GVRA 4Y8FA 3W87A 3QPYA 1WA3A 5FF3A 4OU1A 3TNOA 4O1DA 4RK8A 3PSVA 3P80A 3TC6A 3IRDA 5AHFA 3QM3A 3NQDA 3TV8A 1IF2A 5D2XA 1XBYA 3NG3A 2DZPA 4FXRA 3DENA 1VHNA 2EF9A 4UFMA 3TROA 1YLVA 2QF7A 3R89A 4CNOA 4QSHA 4AF0B 5G2WA 3PY2A 1RQEA 3G0UA 3STCA 3LRLA 4JTGA 1T96A 5G2IA 3WFAA 1I2QA 1SSGA 3VCRA 1VJIA 1TRDA 1S5TA 1XM3A 2JBMA 1JULA 4UTTC 1BWLA 3HIJA 3DAQA 2ZZ1A 5CZTA 2B7OA 1BWKA 4NNBA 1L6YA 1KTNA 5BNKA 3NR0A 2C19A 3HO8A 1QR7A 4W9TA 4CQAA 5AN7A 3SY5A 1DJNA 4OQVA 5HMSA 3PWAA 1YTKA 4O1AA 3GKFA 4Y9AA 1H7RA 2FFCA 2VKZG 4WUIA 4PL2A 4JYFA 2R14A 4UFKA 3W1RA 1JVNA 3V75A 4XUGA 4JTHA 5TQLA 4POCA 1J2WA 3NM1A 1A5CA 1DBTA 3W83A 2DZXA 2YW4A 2A0NA 4NVTA 3M47A 4RZ6A 4GWEA 2FJKA 5KZDA 3I7SA 2ZBTA 4RV8A 4GRSA 2VXNA 3P60A 4JD4A 4GUIA 4UTLA 1GVFA 3SGZA 3BG9A 1T0OA 2WNNA 4FB7A 2H8XA 5K3VA 1AW1A 4RJEA 2V2HA 3PULA 4LC8A 1S5VA 2ZRZA 1AW2A 1P5BA 5FF2A 4JX6A 3SIZA 1QO2A 4DO5A 3TQKA 1IXQA 3W7GA 4H6KA 3N2MA 2WJZA 3TCEA 2CZEA 3FYOA 2JGYA 1VZWA 4Q33A 4MZYA 2WOQA 3G22A 4OGZA 4DXVA 1YDOA 4JTJA 3NQ8A 1GOXA 1AK5A 3ABQA 2Y88A 3LI1A 3I65A 4O50A 5I3GA 3H55A 4EIVA 5D32A 2WV8A 4HPJA 4FNQA 1WV2A 5C5YA 1FWSA 1NF7A 1V7YA 1F2JA 5AHEA 4JN6A 1YXYA 3W1NA 4NQ1A 1KTBA 5FI8A 3UWUA 2J27A 3BO9A 4RZ5A 3QMRA 4DQWA 1W5QA 3DFSA 3TJLA 3CIXA 4UIOA 3OEXA 4XZ9A 4AXKA 4IGHA 3EXTA 4A22A 3TXZA 4O54A 1LTDA 4JY8A 3BG5A 3W2NA 4ZMGA 5HWMA 3WK3A 3CWNA 4MUZA 3NQEA 5CPMA 4CNPA 3JR2A 1Z48A 3DZ1A 3LBCA 2CZ5A 3CB8A 4K7YA 3N14A 1UB3A 4E0CA 3P84A 3G8RA 1K03A 2FIQA 4O1CA 4IQLA 2Y85A 3RMJA 5EA9A 1LDCA 4JY9A 4JX5A 4AHOA 4BK9A 1QMLA 4LW7A 1ICPA 1SUXA 5G1TA 1FWTA 3HQ1A 2V30A 4K6AA 5SWUA 3QQ0A 3PB2A 3LV6A 2F84A 3LB0A 2ISSA 5C54A 2Y70A 1F73A 1F7BA 1WOBA 4GC4A 5IBXC 1P0KA 4K38A 1P4CA 1GVOA 1OX4B 5EY5A 3G24A 4CCEA 3FJLA 2ZZ3A 5EL1A 4IJBA 2ZZ7A 2Z6JA 3NNTA 5KINA 3B4UA 2C0AA 2CLMA 1LOQA 1TMHA 1TV8A 1SR9A 2P1FA 4LVBA 4S1FA 1LRTA 3EXRA 4ML9A 2QUVA 3JS3A 4K8EA 3S6DA 2LLEA 4JXCA 1RD5A 5D09A 1W0MA 2B4GA 4WOQA 1O60A 3QSRA 2FPVA 4JTKA 4GUHA 5KMYA 3W7CA 4LU0A 5DXYA 1TV5A 2EHHA 4JTTA 3G1FA 1YADA 3MHUA 4Q4KA 1UASA 1O94A 2QEZA 1W31A 3ANYA 4YLWA 1ICQA 4AEOA 4UR7A 1OX5A 4NJKA 1VYSX 3P81A 1N8FA 3W7HA 5CPNA 1W5PA 1NAL1 1S3HA 1SPQA 4G1KA 5LNSA 4IPIA 3TMQA 1JR1A 1JUBA 3SJ3A 2B7PA 1ONRA 2QCEA 3BG3A 4C1LA 3DHDA 3ATZA 2PRLA 5DXXA 3WJXA 4LS2A 2Q8ZA 1I8JA 1OX6A 3FKRA 3GZ3A 3C2RA 3W7NA 4K8HA 1R47A 4N9EA 1TIMA 5HUOA 4UFJA 3RLVA 1R2SA 3I7RA 1VCVA 2VEMA 1W3IA 3L0NA 1BTMA 4OBTA 3NQAA 3ZWSA 1XCFA 3MYPA 2WSYA 3WJZA 2YXGA 1C8VA 1LLZA 3G1DA 3P8IA 3NQ7A 4O4WA 1YPIA 3M44A 5FEPA 3IEBA 3T7VA 4O8RA 3FIGA 3GAYA 3A5VA 3IGSA 3RFAA 2DZTA 3M5VA 1YXDA 3OVRA 4IWWA 4NXKA 3GXPA 4HSOA 2ISVA 4QITA 2YW3A 1JCJA 1I2PA 4IXHA 4KWWA 4RXGA 5CSSA 2QCHA 3NAVA 4K7VA 4JTIA 3GIYA 5D2WA 3DKJA 4I7WA 3W76A 3BLFA 3L68A 3F4NA 1QO5A 3CLMA 1PS9A 2DZWA 4GE8A 1R2RA 4RZ4A 1HO4A 3NL2A 2V0TA 3O07A 3QH2A 3WK0A 1JCYA 1ZCOA 2V9DA 5IM51 4JS3A 3DKLA 1LROA 1TTPA 3IV3A 2YPIA 3NQVA 3STGA 2QCCA 3TAOA 1OK6A 3DXIA 4JTFA 2NXIA 2G5WA 4KFPA 3HGRA 3S1XA 1WX0A 2AAMA 3VNDA 2C14A 2H8ZA 2NWRA 1KLYA 3O16A 3QF0A 3TAKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1H7NA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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