1HF6 | Genus

Total Genus 119

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	300
structure length	300
Chain Sequence	SVVEEHGQLSISNGELVNERGEQVQLKGMSSHGLQWYGQFVNYESMKWLRDDWGINVFRAAMYTSSGGYIDDPSVKEKVKEAVEAAIDLDIYVIIDWHILSDNDPNIYKEEAKDFFDEMSELYGDYPNVIYEIANEPNGSDVTWGNQIKPYAEEVIPIIRNNDPNNIIIVGTGTWSQDVHHAADNQLADPNVMYAFHFYAGTHGQNLRDQVDYALDQGAAIFVSEWGTSAATGDGGVFLDEAQVWIDFMDERNLSWANWSLTHKDESSAALMPGANPTGGWTEAELSPSGTFVREKIRES

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__580446492063901__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__580446492063901__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HF6/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__580446492063901__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"580446492063901","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HF6/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__580446492063901__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb5178269bfcb988c91488/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb5178269bfcb988c91488/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb5178269bfcb988c91488/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb5178269bfcb988c91488/pdb.gz): 82 ms

reading 300 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

300 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:299});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus agaradhaerens
publication title	Direct Experimental Observation of the Hydrogen-Bonding Network of a Glycosidase Along its Reaction Coordinate Revealed by Atomic Resolution Analyses of Endoglucanase Cel5A pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDOGLUCANASE B
total genus	119
structure length	300
sequence length	300
ec nomenclature	ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date	2000-11-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1hf6A00

3CGTA 1TCMA 4P8VA 4GZEA 3WDIA 4LYRA 1Z32X 3ZSTA 3PTKA 1JYWA 4H41A 4AZCA 2WVVB 3VM7A 3IANA 4PTMA 3VD4A 4FLSA 3E1F1 1UQYA 2FDMA 1LWHA 4AD4A 1PEZA 4U3AA 1JF6A 5DF0A 2WKLA 3GNRA 4RE4A 4TTGA 3BSHA 1Q4NX 3VKKA 3KZSA 2GK1A 3II1A 1BG4A 3VIPA 4M82A 4QLLA 1E3XA 2EXOA 3WEZA 3SCUA 5KZ6A 4OUEA 1D2KA 3T0AA 1F4AA 3BXWA 1ESWA 2X8RA 3ARTA 2V3GA 3BAWA 3F5KA 5HOSA 3W29A 3VGGA 4TX6A 4BQ3A 4UQAA 5A2BA 2O9RA 4U5IA 3NCOA 5LA0A 1QI4A 4JFUA 2VNCA 3UETA 1EOMA 1UR9A 3MSDA 1CENA 2EPKX 3SCSA 3VVGA 4TOQA 4GXPA 3CH9A 2WZHA 1LL7A 3PTMA 1BPLB 1SMDA 3U5YA 4WKHA 3FN9A 4UQDA 4D6FA 2GDUA 3O2LA 3BMWA 2ZUTA 5A8PA 2MANA 4V2XA 2UY3A 2VX6A 4KGLA 4W86A 3CZGA 1JGIA 1M03A 3ALGA 3PZOA 1UA7A 5A8QA 2CCRA 3D3AA 3RJXA 5DT5A 3QOKA 1TZ7A 1GVIA 2J7GA 1C7TA 3A4WA 1B0IA 1H0IA 2A3CA 3VIJA 1J0ZA 2QF8A 4L4OA 2V38A 3AICA 2G3MA 3CMJA 2BS9A 2ZICA 4DWSC 4LQ1A 4MTVA 3DHUA 4DWSB 4Z2IA 1BTCA 1ODZA 5A6LA 4FLOA 4P7NA 4Z2GA 1V6WA 1UR4A 1JXJA 4KWUA 2D3NA 4Z2JA 4U2YA 3ZQ9A 1JI1A 4OJYA 3SUSA 4PN2A 4J27A 3BLKA 5C70A 4GZJA 3VGEA 1JD7A 1UQZA 1UWQA 3SUUA 5A94A 2JIWA 5JUVA 5CG0A 2C8NA 1MQRA 5HPCA 2GJRA 1JYVA 2OSWA 3U5UA 4J28A 4RL3A 2X0YA 1CBGA 1BVZA 1E5NA 1QNOA 3VIHA 1H1NA 2C7FA 4WKFA 2AOSA 1UWIA 4AMCA 3ZMRA 4DWSD 1HL9A 3WEOA 2WZEA 2CITA 3CLWA 3WQ6A 3N15A 2WYSA 1C91A 4H8HA 4B9ZA 4Z2KA 3D5HA 1VJSA 4EAMA 3AZSA 2XYLA 4AZ5A 4AIUA 1W32A 2Z1SA 2ZE0A 1GHRA 4F66A 5C8BB 1E6PA 4PMXA 2BVYA 3M7SA 2YA1A 4AISA 2DEPA 5IFPA 1EQCA 1HN1A 5CLTA 3B9AA 1VEOA 1D7FA 1A47A 1CXKA 1NH6A 2O92A 4JHOA 3WDHA 1BGAA 1H2JA 2BV9A 4HMCA 4N42A 1EIBA 3GH5A 1ZU8A 3W81A 2BHUA 4MB5A 1XCXA 1CZ1A 3QR3A 2ESCA 4U2ZA 1XYFA 4GI8A 1QW8A 5D8ZA 2QMJA 1UR0A 2J74A 3DYMA 3L4YA 5CQ1A 1QHOA 2QLYA 4A3YA 4CU6A 4P8XA 1DEDA 2V3EA 1R87A 5E9AA 2E9BA 3WMCA 2YDQA 2X2YA 4TVCA 1TA3B 3MKKA 1UR2A 3CZLA 3VD7A 3VDCA 1JL8A 4F9DA 2VT0A 3PTQA 2QPUA 1XH1A 2YOCA 2CERA 1UOKA 3T2OA 2XSBA 3SCVA 1E1FA 2G3JA 1EH9A 2JEPA 3AMGA 4D6DA 1W1PA 2NW0A 1NWTA 4TXEA 2D0HA 4V27A 4AIOA 4PTWA 2OWXA 3WUFA 5I3DA 3AHTA 3AZRA 4URIA 5ABFB 4AD3A 2YDSA 4P7LA 3RPMA 3VNZA 2VJXA 1PIFA 3MUAA 5EBAA 2WSPA 1V3MA 4CCEA 5BXSA 1JZ6A 3TTYA 3VX0A 2A3AA 1UZ1A 2VVSA 5BYWA 3ZT7A 1QHPA 3L4VA 4HZ7A 2YL5A 1SYTA 4W7VA 4TVDA 3B9EA 2BY0A 3AIEA 3APGA 3GNOA 1N82A 3KWXA 2YA0A 4QP0A 3A47A 3MO4A 3LPFA 3UG3A 1UD5A 3NUKA 1L8NA 2JF7A 1V6XA 3VMOA 1NARA 2WC7A 4FLQA 3EDDA 4BQ5A 4W5UA 4W87A 3HN3A 4L4PA 3WKZA 3VTRA 4BS0A 1J01A 3NSXA 3SUWA 2GSJA 1JZ4A 1E56A 1B1YA 3WF3A 3GH7A 2DIEA 4J3UA 3N9KA 2QHAA 4AW7A 1HNYA 3ARWA 4EE9A 3PZIA 2EO7A 1JNEA 5D9NA 3AOFA 3SEPA 2A3HA 4D1IA 2CBJA 2C0HA 3W26A 5E09A 2CIPA 1KGUA 1M01A 4UNIA 2D2OA 1H49A 1QNSA 4GI9A 2VZVA 3UR7A 1UZ4A 3ZM8A 2CYGA 2XVKA 1I75A 4OIFA 5BRPA 2WCSA 2WVVA 1Q6GA 3POHA 3T0BA 1G5AA 3M46A 1JFHA 1ISWA 2WZIA 4H2CA 3UCQA 4F8XA 5IHSA 1CXFA 1HP5A 1FFQA 3PZNA 2CXGA 1E71M 2PWHA 2JF6A 2VRKA 5JIPA 3NDYA 1W9XA 1WE5A 3EMQA 1XGZA 1OD0A 5M5DA 3AXIA 2WXDM 4MDPA 3VMPA 1JIBA 5E6ZA 1UD3A 2CEQA 4JCLA 3POCA 1VJZA 2YL9A 2WNWA 3VD5A 3EDJA 3WH6A 3F5JA 7A3HA 3ARZA 2IUZA 3AXXA 4CD8A 1IZJA 2BFGA 1VENA 2ZUNA 4P7RA 2Q8XA 2WMJA 4CCDA 4E2OA 3MSGA 3L4XA 1EHAA 1QNPA 4WLCA 3VGFA 3EDFA 4AIEA 4AZ6A 2VZTA 1DWJM 3W24A 1GCYA 4CKQA 1W9DM 3WD4A 2ZXBA 3DYPA 4GO8A 5D9PA 3VMNA 4GZIA 3VIMA 3FY1A 2DT2A 1W2VA 1C8YA 1J12A 2DT3A 1JFXA 1CDGA 4W88A 4MB1A 3CHFA 2ZIDA 2E8ZA 3VNYA 4HU8A 1B3WA 1KWGA 1V6YA 2EBNA 1WZLA 3CZEA 5EFDA 3GM8A 2DIJA 4GKLA 1EDTA 2WMKA 1KFWA 3OLDA 4GINA 2Y24A 1XH0A 1W9VA 1JDCA 1GORA 4DUWA 4UTFA 2OWWA 3GH4A 2VZUA 1K9FA 4BF7A 1HJXA 1KB3A 1CLXA 5ECUA 4PUEA 3CO4A 2VI0A 4R5EA 2XVGA 7TAAA 3LPPA 1MXDA 2F8QA 4D6GA 1X1NA 3OLIA 3FAWA 3KE0A 2IXUA 3ZO9A 2GDVA 1MXGA 1DWIM 3GDBA 1KXTA 1JI2A 1NP0A 3K8MA 4P7OA 4ATLA 1KBKA 1GHSA 3AS1A 4M8UA 1VFOA 4HZ8A 1EO7A 1J11A 1CECA 1UWUA 1V3LA 2UWFA 3WNPA 1JDAA 3WD0A 4WKAA 3AYSA 3TTSA 4XZBA 2CETA 3ZOAA 2ZWZA 3SURA 1SFSA 1GJWA 4WSKA 3WIJA 1QPKA 4B3KA 4MB3A 4UFMA 1E15A 4RE2A 1OIFA 1UWTA 2G3IA 1EGZA 1TMQA 1Q6EA 1QI0A 4KMQA 3SCNA 1X6NA 4QLJA 1ISYA 1SR0A 4EANA 1TUXA 1HJSA 1E70M 3AIVA 5IFTA 4WK9A 1V02E 3MANA 1NQ6A 2EPNA 3VIIA 4ZE5A 5I2UA 3PN8A 1B3VA 2WWCA 1UKTA 4OZOA 4TTUA 1PAMA 3MMDA 1QW9A 3BH4A 1KGWA 4J3TA 2W62A 1BFNA 2XM2A 3WQ8A 3WSUA 3BAXA 1V3JA 1G1YA 4FF5A 2ZUUA 1VEPA 4ACZB 1WNOA 3KL0A 4AZBA 1FH9A 3KL3A 1GUVA 1WB0A 1E5JA 4W8BA 3FHAA 5A6JA 8CGTA 2J78A 3RDKA 1VIWA 3WELA 1JZ7A 1W9UA 1DHKA 1TA3A 1UG6A 3ARXA 4YN5A 4DUXA 3GZAA 5KEZA 1LL4A 1HJWA 2OYKA 5A6AA 2GFTA 4ZXLA 3K8LA 3ARRA 2WCGA 1Q6DA 3A4AA 3N13A 1ITCA 3BC9A 1E1EA 1QOXA 3WL0A 1U33A 4J3SA 6CGTA 2ZOXA 1WZMA 5ABFA 3A6OA 1NWUA 4CD4A 1V6UA 1JYNA 1O6IA 1MW2A 2W67A 1GOWA 2ZUVA 2BNJA 1TR1A 1W3KA 1D3CA 4HA3A 1XC6A 3ARVA 2PWDA 3T0DA 1UWRA 4MNLA 5DFAA 2RGMA 4D6IA 2WHMA 4UQ9A 4P7QA 1UH2A 5TD4A 1NP2A 1BAGA 3W6LA 2YLLA 4BZYA 2EPMX 2X0HA 4EK7A 3IJ9A 4R27A 1UUQA 3TOPA 2ZUMA 4UFIA 1E3ZA 1W9PA 4JZ5A 1R7AA 1EDGA 2ZUSA 4CU7A 2ZX5A 3QHNA 3WFZA 4CVWA 1BF2A 3WF4A 8A3HA 1B30A 2DT1A 2WMGA 4PMVA 2PI6A 1V0NA 2W63A 4NRSA 3OLEA 4ATWA 3PZTA 1UD2A 1EOKA 2PWFA 2WK2A 4UFJA 5FD0A 4ZENA 3JUGA 3ALFA 2PB1A 3WH9A 1MQPA 4HP5A 2VQTA 3N04A 3LPOA 1UR8A 1V6VA 2ZX6A 2BHZA 5GQBA 1ODUA 4LPCA 4IM4A 4J7RA 2J7CA 3WD3A 1FH8A 2PWGA 3IAPA 3QGVA 3HMCA 1PX3A 3AHZA 5AYIA 4GIAA 4IUGA 3NIYA 3OZOA 3VGDA 4ACYA 1WDQA 1J18A 3SCWA 1VF8A 1U2YA 5HPOA 4H04A 3WQWA 3IAQA 1UA3A 3WEMA 6TAAA 4GPNA 2XG9A 2XFYA 1HVXA 4B3LA 1JF5A 3ZT5A 2QPSA 1OGGA 1Y7VA 3WQVA 3ECQA 3LPGA 2YJQA 4UQBA 1UH3A 4OKDA 2E3ZA 3WDJA 5A8NA 4PEEA 3T09A 2VX7A 4AD0A 4FLRA 3ZT6A 1UHVA 1LF1A 3FAXA 2X1IA 1E0XA 2V3FA 4UQCA 3N12A 1B90A 3I3EA 3THDA 1VBUA 4KRTA 5A6MA 3CZJA 3AFBA 1OGBA 1VRXA 3BCFA 4PMDA 2VURA 3FXYA 3SUVA 1KQZA 3IJ8A 1UWSA 3WD2A 2ZXAA 1CXIA 3AROA 3PZUA 4C7DA 2CHOA 2WLZA 5A6BD 2GVYA 3MU7A 2GJPA 2WHLA 2YL6A 4PMYA 1I1WA 3SCQA 4EKJA 2E0PA 1JZ3A 3OIHA 1K9EA 1BQCA 2CKSA 3UR8A 1WDPA 1HP4A 1JZ2A 1H41A 1B9ZA 4Y7EA 5BWFA 3AIBA 3WNKA 3T2PA 3DHPA 5FIPA 2PBGA 2FH6A 3I3BA 1VBRA 2WHJA 3BMVA 2VZOA 3UG4A 1GOMA 1U30A 3VU2A 4UOQA 4NF7A 1B3YA 2XGBA 2EEXA 3QHMA 1G01A 3AHYA 1K9DA 3EBVA 4PMNA 1CGTA 3DYOA 1EDQA 4GI6A 2ZXQA 3RILA 4K68A 3CUIA 5HXMA 3BSGA 3I3DA 2BXZA 4CD7A 1C92A 3K4AA 1WDSA 3G6LA 3B8SA 1GQIA 3OBAA 5EMYA 2J77A 1GOOA 4HA1A 4E4PA 2WC4A 3PZ9A 4PSRA 3NJ3A 2NT0A 1GJUA 3MV11 2WMIA 2DSWA 2UY2A 1QBAA 3BAYA 2GJXB 1HJVA 5D9OA 5A6SA 3UEQA 5BCAA 4BQ4A 4XZWA 2G41A 4NI3A 3SUTA 4AEEA 3A3HA 3CHDA 1OWQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3AZT A;  1M53 A;  1RD6 A;  4CN6 A;  5DT7 A;  4D6H A;  1PZ2 A;  5HBF A;  4CD6 A;  1DWG M;  3A4X A;  1J10 A;  3AYR A;  5FCZ A;  2YBU A;  3ARU A;  1WZK A;  1E9L A;  2ZX7 A;  3AJ7 A;  1V0L A;  2WMI B;  3GBD A;  1OBA A;  2J8F A;  3EMZ A;  1UD6 A;  3CPU A;  1V3I A;  5ABH A;  1XYZ A;  2DSK A;  2Z1K A;  4HA4 A;  1E6Z A;  4MPK A;  2VUY A;  1YHT A;  4P8W A;  3MUZ 1;  2OLH A;  5CZK A;  1WDR A;  1K6A A;  1KCL A;  3EMC A;  2WLY A;  3T08 A;  2A3E A;  3OB8 A;  2OYM A;  1HJQ A;  1R8L A;  4H7V A;  1GQJ A;  2XJ7 A;  4WJX A;  5GNX A;  3G6M A;  3WDQ A;  3U7B A;  2QMK A;  2FHC A;  3L2L A;  1HJU A;  5CJ5 A;  1RH9 A;  5I79 A;  3CUF A;  5CSU A;  1W2P A;  4PTX A;  3CBW A;  1EHN A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3SDO A;  1FVP A;  3N4E A;  4GZE A;  5G2I A;  4Z0S A;  3DKL A;  1BKS A;  5HAN A;  3R5E A;  1EJR C;  4JY9 A;  4GIR A;  3V0U A;  3PVF A;  3G18 A;  3KZP A;  4TTG A;  3W76 A;  3BSH A;  2WSQ A;  3VKK A;  1O94 A;  4JQ4 A;  3II1 A;  1E3X A;  4C90 A;  3WEZ A;  1NY1 A;  3T0A A;  5I3H A;  3BXW A;  3GKF A;  2ZE3 A;  4DZI A;  3ART A;  1S5T A;  2V3G A;  3DFO A;  3W29 A;  4IME A;  4AU0 A;  4NAE B;  4UQA A;  4U5I A;  5BOE A;  1GKQ A;  5ABT A;  3BTN A;  1L6W A;  3UET A;  1UR9 A;  2B4G A;  3WFA A;  3CHV A;  2EPK X;  3APT A;  3VVG A;  4TOQ A;  5XIA A;  3NQV A;  4LOC A;  3PTM A;  1BPL B;  1F2J A;  3TFX A;  3U5Y A;  4WKH A;  1W37 A;  3FN9 A;  3GND A;  2GDU A;  3BMW A;  3T0T A;  3UT0 A;  1Z48 A;  2UY3 A;  3R7M A;  1XP3 A;  3HUR A;  1JGI A;  4CLM A;  3S1U A;  4O1B A;  1KM5 A;  2CZV A;  5FF3 A;  1RV8 A;  3SN1 A;  4O52 A;  3R25 A;  4NJK A;  3RJX A;  3WCZ A;  5DT5 A;  4GBU A;  1TZ7 A;  4P2V A;  3BGJ A;  2J7G A;  2VGF A;  3OQE A;  2ZZ5 A;  1Z3N A;  2QF8 A;  2V38 A;  3BMX A;  3B8I A;  2G3M A;  4Q4M A;  2IQD A;  4HKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HF6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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