1HG3 | Genus

Total Genus 72

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	224
structure length	224
Chain Sequence	AKLKEPIIAINFKTYIEATGKRALEIAKAAEKVYKETGVTIVVAPQLVDLRMIAESVEIPVFAQHIDPIKPGSHTGHVLPEAVKEAGAVGTLLNHSENRMILADLEAAIRRAEEVGLMTMVCSNNPAVSAAVAALNPDYVAVEPPELIGTGIPVSKAKPEVITNTVELVKKVNPEVKVLCGAGISTGEDVKKAIELGTVGVLLASGVTKAKDPEKAIWDLVSGI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__010889351021822__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__010889351021822__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HG3/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__010889351021822__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"010889351021822","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HG3/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__010889351021822__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb521601f6a4b23ac966a3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb521601f6a4b23ac966a3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb521601f6a4b23ac966a3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb521601f6a4b23ac966a3/pdb.gz): 919 ms

reading 224 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

224 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:223});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Pyrococcus woesei
publication title	Tiny Tim: A Small, Tetrameric, Hyperthermostable Triosephosphate Isomerase pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	72
structure length	224
sequence length	224
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2000-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase
A	PF05690	ThiG	Thiazole biosynthesis protein ThiG

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1hg3A00

3GDLA 1K7XA 3S0CA 3P62A 3QRHA 4YCPA 3LCHA 2A4AA 1ZCOA 3T7VA 5FF0A 1IXQA 2AAMA 1KBIA 3C2FA 2H90A 3WK2A 4QISA 1XL9A 3MI6A 1D3GA 1ZALA 4YMZA 2Y7DA 2NUWA 5FEPA 4DBEA 1FY6A 3NQ2A 3M47A 3NZRA 1R2RA 2DZUA 5CPMA 3TMLA 1FCQA 3PUEA 4K8HA 1SPQA 1VC4A 1Q6OA 2CLOA 2GJLA 1SO5A 1VCGA 3L66A 3NPVA 5D2YA 5LNUA 2ZZ4A 1PCKA 4HHPA 2BX7A 3G1YA 5KINA 2TSYA 1Z44A 1LOQA 3LHWA 1DVJA 3HQ1A 2B7QA 4Q4KA 3P5YA 4JY9A 2Z2UA 3GXNA 3OHIA 1JVNA 3PAJA 1FXPA 5E93A 3GDMA 3NNTA 1VH7A 4JNMA 4NT0A 1Q6LA 4KKXA 2VFFA 4UMAA 5F4XA 5HWNA 4IMEA 3L65A 4IUOA 1XBZA 1OHLA 3MHUA 4JTKA 5DXXA 3STGA 4CCDA 4JTSA 4K7VA 3L0NA 3B0UX 2HSAA 5KZEA 4PTNA 3M5XA 1R46A 4IJBA 1HFBA 3UY8A 4JN6A 5HWMA 3W75A 3LCWA 3W7EA 3G3MA 3PBWA 5FESA 1U83A 4BWLC 3NOEA 1UCWA 6ALDA 3PBUA 1H50A 3EWXA 3GDTA 2BSLA 4HNNA 4N02A 2QDGA 1OX5A 1TPDA 4P61A 3UWWA 2FQIA 4YWIA 3RFAA 1KFLA 2RFGA 4DF2A 3FS2A 1DV7A 1JCLA 4TMBA 3FA5A 4I7VA 4UNKA 3S8HA 1JJKA 3LERA 4Z1CA 1K8ZA 2DJXA 1JUBA 1W3IA 3TFCA 1QPOA 3OVRA 1B9BA 1OJXA 1PHQA 4NU7A 2WNZA 1Q3NA 3A24A 5HNRA 1A5SA 4JXCA 1T99A 2V5LA 3GXTA 4WOZA 3P7YA 5CKSA 2Z6JA 3MBFA 3HG3A 3O6YX 2VEMA 1TPFA 2H3BA 4PFMA 5U7SA 3FJLA 1TV7A 3W6YA 3GDKA 1EP1A 3UQNA 1VZWA 3G0XA 1WAUA 4M19A 4LT9A 5D02A 5HWJA 5LGZA 3HPSA 2Y7EA 3W7QA 1OX4A 4LS2A 5KSWA 3MUXA 3M5VA 3F4NA 3I7QA 1Q6RA 4Y9AA 1H7OA 4Z1DA 3NQFA 2YGYA 2GQ8A 3BVJA 5H2ZA 1M7OA 3TQKA 2Y62A 3C8FA 3M7WA 5K9DA 1W37A 4NQ1A 1FWNA 2I1OA 5F4SA 2QCMA 3G1SA 3FLUA 1QOQA 3V75A 5I3GA 2NV2A 1TPC1 1BTMA 3NPUA 3IIPA 1HO4A 3G1FA 4OV4A 3W22A 2WKJA 3TJLA 1DQXA 1EUAA 2TMDA 1OX4B 3OEXA 3GB6A 5EBUA 1UJPA 1S5TA 2FB2A 3OVPA 2NXIA 3LXBA 1SW7A 3WK3A 1OVDA 1TRIA 3W86A 1JR1A 4XBKA 3P8JA 4JTGA 3NL5A 2V2HA 2A85A 3HG2A 4IPJA 3TQ0A 4UMBA 1Z42A 4MJZA 4IXHA 4O16A 3O63A 1TSIA 2VEIA 1OYBA 4AHQA 2X30A 4UIOA 1OG0A 4A2RA 4ADUA 1CI1A 3BLEA 4IX0A 3PR2A 1FWWA 3M6YA 4AEOA 3C4UA 4NVTA 1ZENA 4WXYA 4FX8A 1EX5A 4BR1A 4ZQCA 3G22A 2QCGA 4Y96A 3OBKA 1G6CA 2IQTA 1OF8A 4A29A 3IIOA 1SZNA 3GX9A 4U28A 1VRDA 4LS1A 1LRTA 2ZRYA 2YR1A 5EL1A 3SIZA 2HMCA 3TCEA 2G95A 4TIMA 3G0SA 3QH2A 3W1LA 1XCFA 4IX2A 1KM4A 2FB3A 3S1UA 2E5BA 3P8IA 3U6WA 2A5HA 3FEMA 4AB4A 5BW6A 3DFPA 3LRMA 1LP6A 5LNWA 1W0MA 5HJLA 3EWYA 3HF3A 1PS9A 2HTMA 4CQ8A 2V0TA 3W1UA 3M41A 3KFTA 4FNSA 4UTLA 2TPSA 4GRSA 3Q37A 1P0KA 1FX6A 3CB8A 1G4SA 3NQMA 3C56A 3C2RA 2GOUA 4G1KA 2V9DA 2R91A 1T8XA 5G5IA 2NXGA 1FDZA 2E6YA 2WQPA 4PA8A 3G3DA 3EEGA 5K4ZA 1S5WA 3NXFA 3HPZA 1SUXA 3QMSA 1QDSA 4YL2A 3TMQA 4DEFA 2DP3A 1NVMA 1P1XA 1I2PA 1TCDA 1XDMA 2NXHA 2QUUA 3L21A 4FNPA 4MUZA 3CPRA 3SGZA 4X22A 4GUJA 4GUGA 3LV5A 5H91A 5LNVA 1VLWA 1YDOA 3ATYA 4O4WA 1L6YA 2AQWA 1FWTA 1DJNA 5AYXA 3W1RA 2DZXA 1NF0A 1O5XA 3UZ5A 3MP4A 4CQAA 3TUUA 4OU1A 2Y70A 2V8ZA 1AW2A 2RDTA 5EYWA 1VR6A 3Q58A 3VCRA 3W07A 3S1XA 5BMWA 4X9SA 1TJPA 4AWSA 2QAPA 2X16A 4AHOA 1H1ZA 3C2OA 2Y7FA 2DZVA 4Y8FA 4JTFA 1RQBA 4NXSA 1TTPA 1JULA 3DBPA 4PL2A 1RZMA 3LTYA 1KW1A 4GJ1A 4A3UA 3DXIA 3QPZA 4NUWA 1FWSA 3DKLA 2GVGA 1QO2A 2FPVA 3UWZA 1GOXA 1I2QA 2ZRXA 1ZY9A 2YCEA 5I3IA 2TYSA 3FFSA 3G24A 3B0PA 3JR2A 4Y90A 4FIRA 1OF6A 2AGKA 1FWRA 3DFOA 4O4VA 3LB0A 2V5BA 4YXGA 4JX4A 3R12A 4JX6A 4MFEA 4RKAA 3E02A 1O95A 3TXVA 2Q8ZA 5D32A 3R5EA 3W7JA 3FYOA 2E6DA 5DY2A 1J5TA 1P4CA 1G7VA 1SZGA 4NXKA 3PUDA 2X1SA 4MFDA 5F2LA 3HGOA 2UV8G 4K38A 3VNDA 5D38A 3QYQA 3O05A 3CEUA 4ADTA 3MO7A 4P2VA 3N2XA 2WPBA 1OK6A 4QNEA 4AF0B 4ZQMA 1UASA 1R2TA 3BO9A 8TIMA 2CLFA 3P61A 3AJXA 5A5WA 1OFBA 1T96A 4WY0A 3NL6A 2TRSA 3NM3A 4FNUA 1LLWA 1H5YA 4UTMA 2E5DA 4EF8A 3N9RA 4QAIA 3CIXA 4O57A 5C2XA 1QAPA 1M7PA 3EX1A 3BV4A 2KZHA 4QM1A 4JX5A 4UCGA 4A2SA 3LX9A 3QSTA 1JRCA 1ZFJA 1CX9A 2QKFA 1P0NA 2GJNA 1H7WA 4NX0A 4IPIA 1O60A 1Z48A 3OA3A 1J2WA 3OIXA 3PWAA 5FF3A 2RHGA 4ZQNA 4E2BA 3NYZA 3DFNA 5CZSA 3TV8A 2C19A 3W7PA 4GUFA 2RDWA 3TH6A 1I45A 1NEYA 2OT0A 4PH6A 3R2GA 3LGEA 4R33A 4JIPA 5EKYA 3NQ8A 3EXRA 3I6RA 1L9WA 4O11A 3LRKA 3S6DA 3STEA 4JR5A 3UY7A 4LUJA 3FIGA 4EF9A 4BWLA 3IIZA 3RLUA 4A22A 4LNYA 4PEKA 1O94A 2RH9A 3W2NA 3EKZA 4MYAA 4XQ6A 4O28A 4K8EA 3NQDA 4RK8A 1DJQA 5K7JA 3TW7A 4CQ9A 4Z0JA 1OK4A 2GQAA 3NPXA 1GVQA 4MOZA 4BI6A 3FKRA 2ZCGA 3QM3A 3W7OA 1AK5A 3I65A 3WJYA 1TV5A 3NGJA 1VJIA 5G2HA 4UR7A 1OFQA 3QQ0A 4NJGA 4MZ1A 4MLRA 4R34A 5C54A 1KTBA 2E68A 4HSNA 3C2VA 4LC6A 2QUVA 3N3MA 3R89A 3C3NA 3GK0A 4AHPA 2CLLA 2YFOA 2XN2A 1WDWA 3O06A 2C0AA 2VKZG 1ZAIA 1UBSA 2FPTA 2P0OA 3CU2A 3GYEA 3W7DA 3PBVA 3C2EA 5D05A 2ATMA 2BLEA 4R53A 4S1FA 3T44A 4UTWC 2OMAA 1GYNA 2EKCA 3A5FA 1DHPA 1GWJA 4GBUA 3W2KA 3A5VA 3NVTA 5TIMA 3GNNA 1AL7A 1DQWA 3TROA 4LU0A 4M6PA 2QCEA 3LHZA 2H8XA 1S3HA 3WJWA 3WJXA 2ZYFA 1TQJA 1SR9A 3A23A 3O15A 5DELA 1GT8A 3B03A 4IMCA 2I9EA 4UTTA 1EWDA 2WJZA 3CM4A 4NJJA 3SECA 5DY3A 4ZMGA 1VYSX 3DHFA 5LNRA 3PB2A 2QCFA 2ZZ1A 1H7NA 2YFNA 3TXZA 5EMUA 5A8GA 1FUYA 3IEBA 3MI3A 4RJEA 4TX9A 1KFCA 2CLEA 2X2GA 2B7PA 1B4KA 3RF9A 3MYOA 1M5WA 4JTJA 3CWNA 4JDYA 2CZ5A 2C14A 1LCOA 1MEWA 4LVAA 1Q45A 2GQ9A 4GXMA 3G1AA 1KM0A 1OABA 5D2WA 2VEPA 1YXYA 1QPNA 3EWUA 1MZHA 5D04C 4QIUA 3S9YA 3I68A 2E6AA 4CNOA 1LBFA 4JTHA 2YX0A 5FI8A 2G96A 4UFHA 4ZQRA 4K39A 4NNCA 2PCQA 1WOBA 5AHIA 4O17A 4LVDA 3ABOA 5IBXA 3VFLA 3FKKA 1ALDA 1B57A 4N6EA 2H3DA 1PE1A 1FCBA 1TB3A 1X1ZA 4UMCA 1MO0A 4C1LA 3DENA 2QDHA 3EXSA 4HPXA 4RR4A 1PL9A 3ABQA 3GKFA 2FLIA 3LHVA 5I3KA 1NFBA 5T26A 4RV8A 1RPXA 3LHUA 1H63A 1MSSA 3MJYA 3LDVA 1KM1A 1EWEA 1TTQA 4CNPA 3K30A 1XUZA 3L9CA 2W6RA 2QCCA 2CU0A 4X3ZA 3BW4A 3E12A 4X2RA 3W1MA 3DH7A 4IMDA 3LXAA 2OCZA 5LHEA 2Y63A 1B3OA 4XUGA 3A21A 3KRSA 4NZFA 3ZWSA 3QPYA 4ADSA 2BTMA 2BZNA 1EEPA 2A6NA 2JKPA 4U4MA 1F74A 4EIVA 4RX0A 4S2CA 4ALDA 3G1DA 2FJKA 3G18A 3EWZA 3WK1A 4AVFA 1LM1A 3SR7A 1H62A 1PV8A 3SW6A 1RR2A 4FB7A 1O5KA 4CCEA 3GR8A 3W70A 2PURA 1W1ZA 1K3UA 1A5AA 1AW1A 1XM3A 3W72A 2ISWA 2QCLA 2A21A 2QCDA 3IVSA 3LOTA 5HINA 2NUXA 1KFEA 3LCFA 5TBOA 2VFHA 5KZDA 1H1YA 1DKWA 2W0UA 2NLIA 2Q8LA 4O1CA 2Y85A 1ML1A 2CLKA 3TX9A 3LI0A 3STFA 2ZBTA 1ICPA 3PSVA 1LRQA 5LHFA 3SJ3A 3NR0A 4O54A 3NQAA 4K6AA 4ONVA 3W7CA 1ICQA 1KFBA 2NZLA 4FNRA 1W5MA 1GVFA 1C9DA 3RK8A 5EY5A 2QCDB 4GC4A 5G2IA 3D0CA 1TPB1 2RDUA 5CZJA 2EF9A 3NQ6A 4NJIA 1LROA 1ZHAA 3BLFA 3W74A 3UPBA 4IOTA 4W9TA 1M6JA 1OFRA 2WO5A 3P80A 2P10A 4O18A 2ZFAA 3UPWA 1G4PA 2ZZ2A 3HG4A 3KRUA 3DZ1A 4GFSA 5D33A 3TU9A 3TKFA 2C18A 4Z0SA 4O13A 5D03A 5SWUA 5G4EA 3W1QA 2YYUA 3QSRA 3PF3A 3PG9A 1Q6QA 3C52A 4JTUA 2QJGA 2ZZ6A 2R14A 5D2TA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HG3A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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