1HJSA

Structure of two fungal beta-1,4-galactanases: searching for the basis for temperature and ph optimum.
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
332
structure length
332
Chain Sequence
ALTYRGVDWSSVVVEERAGVSYKNTNGNAQPLENILAANGVNTVRQRVWVNPADGNYNLDYNIAIAKRAKAAGLGVYIDFHYSDTWADPAHQTMPAGWPSDIDNLSWKLYNYTLDAANKLQNAGIQPTIVSIGNEIRAGLLWPTGRTENWANIARLLHSAAWGIKDSSLSPKPKIMIHLDNGWDWGTQNWWYTNVLKQGTLELSDFDMMGVSFYPFYSSSATLSALKSSLDNMAKTWNKEIAVVETNWPISCPNPRYSFPSDVKNIPFSPEGQTTFITNVANIVSSVSRGVGLFYWEPAWIHNANLGSSCADNTMFSQSGQALSSLSVFQRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Two Fungal Beta-1,4-Galactanases: Searching for the Basis for Temperature and Ph Optimum
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-1,4-GALACTANASE
molecule tags Hydrolase
source organism Thielavia heterothallica
total genus 132
structure length 332
sequence length 332
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2003-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1hjsA00
3MO4A 3N18A 2PWDA 1F4AA 2XWDA 2DT0A 1HJWA 4JL2A 1HL9A 1GQIA 1UD4A 3B9EA 1F4HA 3A4WA 1VEMA 1KWKA 2XIIA 1KB3A 3AI0A 3TTOA 2J7DA 1E5JA 4U5IA 1RP8A 3RDKA 4LGXA 5D9PA 5DO8A 4AD3A 1C7TA 2CHOA 1W9UA 1SFSA 3KZSA 1C90A 2IXVA 1PX4A 4XV0A 4EK7A 2ZX5A 3MSGA 1E15A 2QMJA 2QPUA 1BSIA 1LWJA 4AZ7A 1E55A 2WC4A 1UKQA 3PZUA 3VKKA 4MB1A 1CGWA 3AIWA 3VIFA 3W6MA 4KH2A 3ZT5A 1QNPA 1R7AA 3ARRA 3MV01 3MUY1 1Q6DA 1TCMA 5E6YA 1V3JA 2O92A 1HKKA 1NP0A 1E6XM 2E9MA 5A69A 1H3GA 3RM9A 1ZB5A 2VO5A 3GDBA 2FHBA 4UTFA 9CGTA 1OSEA 3OG2A 1V3HA 3CHFA 1JYVA 2PWFA 3AHZA 2WZIA 2ZE0A 5A8NA 3QOMA 1TE1A 3DYMA 4W5UA 2D3NA 2JE8A 4LYQA 4OBRA 2ZUVA 1UD2A 4PMZA 5JBDA 2CETA 2Z1SA 3WDJA 3CZLA 1KR1A 1PIGA 1JAKA 3OIHA 1Z32X 1UR2A 4GI9A 2NT1A 4QCFA 5CGMA 1BAGA 3WH5A 1QI2A 4GQRA 2WYSA 2XVGA 1Q6GA 1TA3A 4XB3A 2W4XA 1MXDA 1GNXA 1ESWA 2DSUA 5AC4A 1ISYA 4HU8A 1B31A 4J3XA 1ITXA 4D6GA 2IUZA 2BY0A 4AC1X 1J0ZA 1HN1A 1W3JA 5CSUA 1FHLA 3GYCA 1S46A 1GHRA 4JFSA 4ZXLA 3IAQA 4YHGA 5F7UA 1LWHA 1GCYA 1G01A 1XH0A 3FHQA 2WWDA 2YBTA 4RE2A 1QI3A 4XZBA 2D20A 4DUVA 1DWIM 2XVLA 1MXGA 3DHUA 3AIQA 3WKZA 2CCRA 4F66A 4TX8A 1GOQA 2WXDM 1DEDA 2VZOA 4GXPA 2VX6A 1FH8A 2WZHA 3WF3A 2VVNA 2OSYA 3CHDA 3GXDA 5A6BA 1BFNA 3GXIA 4MADA 3MSDA 3GH7A 1NQ6A 1QNQA 4U2ZA 2CYGA 3JUGA 4DM1A 1OCQA 5FKYA 3ZJ8A 1EQCA 4TTGA 1H4PA 4ACZB 1UUQA 2ZXQA 4W84A 4ATWA 3K4AA 1B1YA 2ZOXA 3EMZA 1C8YA 3TTQA 4CD4A 1AQHA 4J28A 3WF0A 1VBRA 2YA2A 1MW0A 1KXVA 5DMYA 1CXHA 3AMCA 4JHZA 1J0KA 3WNOA 2BVYA 2PWEA 3VGHA 2YL9A 2D0FA 4P7RA 2E9LA 3AIEA 4R5EA 3B8SA 2WVSA 1HX0A 2E4TA 3NSMA 1QOXA 3WL1A 3TA9A 2V3EA 3M46A 4UQBA 2OYLA 2CHNA 3NCOA 5A6AA 1K9EA 3A4AA 3SCRA 3AMGA 5GNXA 4M1RA 1WZMA 3EBVA 1CXLA 3WQWA 1JNEA 5DFAA 2BY1A 1EOKA 2GJPA 2WM0A 5D9MA 4TXEA 2J7HA 3ZSTA 4ZENA 5CLTA 1ECEA 3F5JA 4TVDA 3QOKA 2XTKA 3KL3A 1UD5A 5LA0A 4AZIA 2WVVA 2J7BA 3WQ6A 2XSAA 3PBGA 2PBOA 3SCNA 1MFUA 5DT5A 4P7NA 4UNIA 2XYLA 4UZSA 4NZCA 2ZX6A 3UR8A 1JZ4A 4S3KA 3EMCA 2EQDA 2Y8VA 2EPLX 4QDMA 2VI0A 3EDDA 4MNLA 3GH5A 3L4TA 1JD9A 3PZIA 1AMYA 1JDAA 2DT3A 3EYPA 3MUIA 3IANA 3OA5A 2GVYA 4AZHA 2EPOA 4F8XA 4UOZA 1FH7A 3CPUA 3OGRA 4P8VA 2PB1A 1ZBVA 1K9DA 1BPLB 1V3MA 3CHCA 3AROA 2VQUA 2UY4A 2QPSA 4H8VA 2W67A 4PMRA 1BTCA 3BAIA 1R85A 2YDSA 4Q7NA 2A3HA 3CUGA 2IXUA 1A47A 1XGZA 5CSYA 2W61A 3S6TA 2DH3A 4B3LA 3ARZA 1JDDA 1HKIA 3VUPA 4E8DA 4U3AA 3WNLA 2G41A 1B3YA 3PZNA 4JHOA 2Y2WA 1MWOA 3VGBA 3GBDA 1JZ6A 1KBKA 4U2YA 1WPCA 2XVNA 1OD8A 3I3DA 1QW8A 5ABFB 3W38A 3TTSA 1GZJA 1W32A 4M8UA 3UESA 1J9YA 3WQVA 2Q8XA 2E8YA 4TX6A 5I2UA 1HIZA 1AVAA 4IUGA 3VNZA 1UZ1A 1C93A 1GW1A 5C71A 4GQQA 4TTUA 5HPCA 3APGA 1KR0A 1KWGA 3UG5A 1LLOA 4QLLA 3LMYA 1PAMA 1B0IA 3GZAA 5C70A 5BXTA 5A8PA 4Z2LA 2D2OA 3ARPA 4C7DA 1LL6A 1E6PA 4CN4A 2WNWA 4ML4A 1UH4A 4UQAA 1UWTA 4DWSD 2XFRA 5BXPA 1JL8A 2E40A 3VILA 3W4RA 4HA1A 3RJXA 1E72M 4JL1A 2VZVA 4PMUA 3BSHA 1BGGA 3M07A 3BLKA 3UG4A 4AWEA 1G5AA 3L4XA 2W91A 5FOOA 2J79A 2JF7A 3AS0A 4P7LA 3THCA 3TP4A 3ZJ7A 1UR4A 2J8FA 3UR7A 4B9YA 3FN9A 3QHOA 3POCA 1CXFA 2YLLA 4CKQA 4F79A 3CUHA 2WKGA 5M03A 3GXFA 4J27A 2WK2A 1B30A 1G0CA 5BRPA 7A3HA 4HA3A 4HPGA 2D0GA 1EHAA 2VVSA 3W6LA 1E5NA 3GNPA 4AIEA 1O6IA 4RL3A 2UY2A 2YDRA 4CUCA 1OGGA 5D4YA 3SCUA 2XG9A 1JI1A 2WHLA 1H41A 5KEZA 4HMCA 2WC7A 1BGAA 4MB5A 4UFKA 1FH9A 2WMHA 3VD5A 3ALFA 3AMKA 1BVNP 1US3A 1V3LA 3OGVA 5DT7A 4CU8A 1NOFA 3ZT7A 4CVWA 3WENA 5BXSA 1JG9A 5CGTA 1I1XA 1CXKA 2VCCA 5IHSA 2D1ZA 3BCDA 4OOUA 4BS0A 1NP2A 2VTFA 5D8WA 4LYRA 1J01A 1CGTA 2WVVB 3U7VA 3VNYA 4CD8A 4CD7A 1HP4A 4AEEA 4W93A 4J3SA 2DT1A 1CXEA 1X6LA 2DDXA 4FLQA 3A6OA 1CXIA 4JCLA 3BLPX 4W8AA 1ZJAA 3WFZA 2JF6A 4H41A 3SCVA 3HU7A 3MMUA 1VF8A 3VIHA 5A6JA 3D5HA 5D9NA 3K8MA 4PCSA 3WD3A 5E6ZA 2QF8A 5EFDA 3I3BA 5CG0A 6A3HA 2Y4SA 5FIPA 3MUZ1 1QW9A 2OWCA 1ZBCA 3W27A 4UFHA 1OIMA 2VZSA 2VC9A 3NYDA 2Z1KA 4WSKA 1EIBA 4AW7A 4PTWA 4D6IA 1UD3A 3WDQA 4U3CA 2Y24A 5AYBA 2A3AA 5E0FA 3CZKA 3O9NA 5BYWA 2W66A 3AS3A 2CESA 2WHKA 4GZEA 1LJYA 4AD1A 1NWTA 4AIOA 4GO8A 1EHNA 4DWSC 4UQEA 1DTUA 2NSXA 1HNYA 1KXTA 1MW2A 1NOUA 3WN6A 5BRQA 1QNSA 1JF6A 1NWRA 1BYCA 2PI6A 1BG4A 1IZKA 4WJXA 3W81A 5HOSA 5HNNA 1JZ2A 1NWSA 3WH9A 3AHTA 1BYAA 2FH8A 5E70A 4FLOA 4MJ4A 2ZUSA 3WELA 2PC8A 1E0WA 1QHZA 1XCWA 3A3HA 1E6ZA 1M04A 2UWFA 2XGBA 4PTMA 3WF1A 1KQZA 3AHXA 4H8UA 2J4GA 2X2YA 4ATLA 4AZCB 2WC3A 3THDA 3VDBA 4UCFA 4FMVA 2CBJA 2D22A 3WH8A 2GJXA 1B3ZA 4PRWA 2QMKA 4E4PA 3CH9A 3ZQ9A 1WZKA 4JFWA 1V6XA 2VR5A 3OGSA 3M7SA 3RM8A 2UY3A 3B9AA 2BHUA 1ZJBA 2ZICA 4WSJA 5I5RA 3ARWA 3U5YA 2XWEA 1JXJA 2XFYA 1HF6A 1PEZA 2VX7A 3CBWA 1B3WA 1MQQA 4IPLA 3VMNA 4ACYA 2VZUA 1WB0A 3CMJA 1G94A 4WKAA 2PWGA 3UG3A 4MDPA 1CGXA 1D7FA 3A47A 3EDKA 4ZFMA 2C8NA 5HPOA 2A3BA 1LG2A 3WD0A 1FFRA 4MJ2A 1UR0A 3PZVA 1C3FA 2VMFA 2YL8A 4F9JA 4B15A 1UWUA 5HDRA 2YIHA 1VIWA 1W91A 3AJ7A 4JIEA 2DGAA 3VX0A 3CZEA 5I24A 1VENA 2A3CA 4W7VA 2E0PA 3W29A 4AY1A 3SCQA 5AC5A 1QVBA 4H7VA 3II1A 1V6YA 1V3KA 2G3JA 1P6WA 5A8MA 1E0VA 1XCXA 3SEPA 1CPUA 2GUYA 3AXIA 3LPFA 3VIJA 1QI0A 1MQRA 2JIEA 2WMJA 1TVNA 2RGLA 4GO9A 4D6JA 4OZOA 3DC0A 1WZAA 2E9BA 2WVTA 5A1AA 1ZBWA 1WDRA 3ARQA 2XUCA 3VIIA 2DSZA 3L4VA 4WKFA 3IJ9A 2VX5A 1TUXA 3WDHA 4JKLA 4LPCA 4DWSA 1GJUA 3KL5A 1XSKA 4WLCA 5ABFA 5GPRA 4OJYA 1CGYA 1UH2A 5EB8A 5A6LA 4HPHA 1W3HA 5ABEA 3CUFA 3RM4A 4B9ZA 3BGAA 1KGWA 1TG7A 5EMYA 3UETA 2HVMA 2WCSA 4QLKA 2J75A 4W85A 1YQ2A 5CPTA 4E8CA 4H8HA 1E3XA 2CBVA 3HN3A 3DECA 1E4MM 2WSKA 2BHYA 3ZIZA 4K68A 6TAAA 1W9XA 3WD4A 2BY2A 2BV9A 3ARTA 1C92A 3AZTA 1XSJA 1GOKA 1KCKA 3K4DA 1MYRA 3CTTA 1EDQA 1E71M 3BC9A 4UFJA 4D6DA 3WMSA 3NIYA 5JBEA 3VINA 4N0RA 1JYNA 4AXNA 3DYOA 3VGEA 1XH1A 3FHAA 5TD4A 3ZR5A 1RP9A 1H5VA 1CZ1A 1UHVA 2AOSA 3U5UA 7TAAA 3OB8A 1VFOA 4MNJA 3ZSSA 1V03A 2XVKA 5ABGA 2VR4A 5M17A 3ZOAA 3GNOA 3MV11 3PHAA 3CUJA 1RD6A 5AYIA 3WUEA 1H49A 4S3JA 3ARUA 1MQPA 4BQ5A 1E56A 5JUVA 3WQ8A 4W8LA 4XX6A 5FCZA 3FNDA 2ZUUA 5EBAA 1H1NA 1U30A 2EO7A 2G8ZA 3AIRA 4MNMA 3WDPP 1J0HA 1C91A 3VIGA 1V0KA 1J11A 4MDOA 2WLZA 4Y7EA 1B3XA 3CHEA 3PTMA 2VQTA 1V0LA 4UZUA 5D9OA 2B31A 1V6UA 1ODUA 1OD0A 2W63A 4OUEA 1W2PA 1TVPA 5BROA 4QFUA 3L4WA 1W3LA 2C0HA 1W9BM 1U2YA 3CZGA 2GJXB 2J77A 2CITA 3VO0A 3O6AA 4P8WA 1B3VA 1U33A 3L4YA 4AD4A 2FH6A 1GOMA 2ZIDA 4CCDA 3B9DA 5I23A 1EDGA 1CDGA 2WMIB 5AY7A 4KGLA 4HZ6A 1VJSA 4GI6A 2V3FA 1JIBA 4AZBA 3IJ8A 3VIPA 4W8BA 3ZMRA 1GHSA 3SCWA 1C7SA 2V38A 1UKSA 3AHYA 3BMWA 4CU6A 5DEZA 4AEFA 2QHAA 1J0JA 3VGGA 5ABHA 3BCFA 1ITCA 1J10A 1MVYA 5BWFA 1FP9A 1ZU8A 1OT1A 4DUXA 2FGZA 1A3HA 1W2VA 3T0BA 3AQUA 5GQBA 2MANA 4PTVA 2EEXA 4QP0A 3VPLA 5D8ZA 2J7EA 1UKTA 2WWCA 5LYRA 1YHTA 1CGUA 2BVDA 4P8XA 3AIVA 3M6DA 1KBBA 4Z2JA 1PJ9A 2O9PA 4UOJA 2CPUA 2W62A 1I75A 1QI4A 4ZE5A 1H0GA 1RH9A 1HJVA 2VNCA 1D3CA 3ARSA 2JIWA 2VT0A 1AQ0A 1OB0A 2BXZA 2GK1A 1DWAM 5I0DA 3PZMA 2PBGA 1SMAA 1W1YA 3KWXA 4AYSA 1OINA 1UH3A 2TAAA 3WIJA 4DWSB 3W53A 1UWRA 4X0NA 3SUUA 4PMOA 1H0IA 1UR8A 3WEMA 2WMFA 1WKYA 3PZQA 2VUYA 4AZCA 2O9OA 4W7UA 1XRVA 2O9TA 4Z2IA 4CN1A 4U31A 1QNRA 1CEOA 4HMEA 2BVTA 2YA0A 3OLDA 2ZUTA 1HVXA 1HJXA 3T0AA 4ATDA 3WY1A 1DWFM 5KZ6A 1LF1A 1OT2A 2ZX9A 5GNZA 3TOPA 1B90A 1N82A 1XH2A 5IXEA 3W82A 2E8ZA 4D72A 2J7FA 2XVPA 1KQYA 1E3ZA 1H11A 4W5ZA 4TVUA 1JFHA 5E9AA 4MAVA 1JYWA 3CZJA 3AIBA 1HL8A 2X1IA 3T2QA 2DH2A 4FK9A 1B9ZA 4GIAA 1JNDA 4TUFA 4A4AA 1X1NA 3WFLA 2G3NA 3MS8A 3VDCA 3VD9A 4IM4A 1WE5A 3BSGA 2EPKX 1JF5A 4ZXOA 4MAZA 1PX3A 3WBEA 2DSVA 2FHFA 5A6KA 3AMDA 4UQ9A 3FW6A 3LPPA 3UERA 3F5LA 2BY3A 4IPNB 1BVZA 3CZ8A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MO4 A;  3N18 A;  2PWD A;  1F4A A;  2XWD A;  2DT0 A;  1HJW A;  4JL2 A;  1HL9 A;  1GQI A;  1UD4 A;  3B9E A;  1F4H A;  3A4W A;  1VEM A;  1KWK A;  2XII A;  1KB3 A;  3AI0 A;  3TTO A;  2J7D A;  1E5J A;  4U5I A;  1RP8 A;  3RDK A;  4LGX A;  5D9P A;  5DO8 A;  4AD3 A;  1C7T A;  2CHO A;  1W9U A;  1SFS A;  3KZS A;  1C90 A;  2IXV A;  1PX4 A;  4XV0 A;  4EK7 A;  2ZX5 A;  3MSG A;  1E15 A;  2QMJ A;  2QPU A;  1BSI A;  1LWJ A;  4AZ7 A;  1E55 A;  2WC4 A;  1UKQ A;  3PZU A;  3VKK A;  4MB1 A;  1CGW A;  3AIW A;  3VIF A;  3W6M A;  4KH2 A;  3ZT5 A;  1QNP A;  1R7A A;  3ARR A;  3MV0 1;  3MUY 1;  1Q6D A;  1TCM A;  5E6Y A;  1V3J A;  2O92 A;  1HKK A;  1NP0 A;  1E6X M;  2E9M A;  5A69 A;  1H3G A;  3RM9 A;  1ZB5 A;  2VO5 A;  3GDB A;  2FHB A;  4UTF A;  9CGT A;  1OSE A;  3OG2 A;  1V3H A;  3CHF A;  1JYV A;  2PWF A;  3AHZ A;  2WZI A;  2ZE0 A;  5A8N A;  3QOM A;  1TE1 A;  3DYM A;  4W5U A;  2D3N A;  2JE8 A;  4LYQ A;  4OBR A;  2ZUV A;  1UD2 A;  4PMZ A;  5JBD A;  2CET A;  2Z1S A;  3WDJ A;  3CZL A;  1KR1 A;  1PIG A;  1JAK A;  3OIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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