1HJS | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	332
structure length	332
Chain Sequence	ALTYRGVDWSSVVVEERAGVSYKNTNGNAQPLENILAANGVNTVRQRVWVNPADGNYNLDYNIAIAKRAKAAGLGVYIDFHYSDTWADPAHQTMPAGWPSDIDNLSWKLYNYTLDAANKLQNAGIQPTIVSIGNEIRAGLLWPTGRTENWANIARLLHSAAWGIKDSSLSPKPKIMIHLDNGWDWGTQNWWYTNVLKQGTLELSDFDMMGVSFYPFYSSSATLSALKSSLDNMAKTWNKEIAVVETNWPISCPNPRYSFPSDVKNIPFSPEGQTTFITNVANIVSSVSRGVGLFYWEPAWIHNANLGSSCADNTMFSQSGQALSSLSVFQRI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__404458308499629__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__404458308499629__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HJS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__404458308499629__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"404458308499629","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HJS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__404458308499629__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thielavia heterothallica
publication title	Structure of Two Fungal Beta-1,4-Galactanases: Searching for the Basis for Temperature and Ph Optimum pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-1,4-GALACTANASE
total genus	132
structure length	332
sequence length	332
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date	2003-02-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07745	Glyco_hydro_53	Glycosyl hydrolase family 53

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1hjsA00

1UZ1A 4UFKA 1NP0A 1QHOA 3VDCA 4JHZA 2YOCA 2XTKA 3N18A 2CBJA 3WD1A 3VGBA 5ABGA 1GNXA 4JFVA 3LPFA 1JNDA 1J01A 2CESA 3VDBA 5BRPA 2RGMA 2YL6A 3U7BA 2X05A 2C0HA 3CZEA 1TFVA 1E40A 2BY1A 2EBNA 2O9TA 1DWAM 3AYRA 4W86A 5IDIA 2VI0A 3SCVA 5CSUA 4ACZA 3II1A 2ZXQA 8CGTA 5CGTA 2VO5A 2XSAA 3BAJA 1ZBCA 1V0NA 1XH0A 2JE8A 2NW0A 4HP5A 4JKLA 3WH7A 1E4MM 2G4FA 1XSJA 5JBFA 3WH5A 1E1EA 1E5JA 2ZXDA 5DO8A 3IJ7A 1R7OA 3EMZA 4QCFA 4AZBA 2WXDM 2ZX8A 5ABEA 4W7WA 3PZMA 2EJ1A 5I6SA 3T2OA 2WZEA 3KL0A 4DUVA 2WVUA 3SCNA 1QI2A 1KXQA 1J0KA 2JALA 3LMYA 1E0VA 3L4ZA 3WNMA 1NP2A 4CD7A 2UY2A 4JL2A 1PX8A 4UFJA 2VVSA 1FHLA 3T2QA 1OGSA 1H49A 2PBGA 5EFFA 2PWHA 2DIJA 4MB4A 3CTTA 4D1IA 2WPGA 4W85A 5HDRA 1PJ9A 4ATDA 3ARRA 4D6JA 1R87A 3WQ6A 1VFOA 4D6IA 2CKSA 3UR8A 4BS0A 1R85A 1OWQA 3AHTA 3VNZA 4ACYA 2WB5A 1NARA 4AISA 4M56A 3A4XA 4GO8A 4FF5A 1CYGA 1E6XM 3ARYA 3MUY1 4PMRA 5AYIA 2WZHA 3IAQA 2XJ7A 5M17A 3VIJA 4AD4A 3TTOA 3WDRA 4CN4A 3WY1A 3FN9A 1QBAA 2X1IA 3UEQA 1J18A 3KL3A 1M53A 2X2YA 4AW7A 1Q6CA 1CECA 3ZSTA 1B0IA 4M82A 1BPLB 1UZ4A 4FLRA 4GI9A 4W87A 1ITXA 3CH9A 3MSDA 3BLPX 1GPFA 4FLOA 3ZT6A 2V3EA 1KFWA 2E9BA 4UCFA 1FH9A 5HPCA 1RD6A 1UR2A 3SCQA 2XPKA 1JZ2A 4PRWA 2VOTA 2J78A 3MMDA 5D9NA 4EANA 3UG5A 1GZJA 3SCTA 3RMEA 5BRQA 1E73M 4CVWA 3CO4A 2CERA 3ZR6A 2XIBA 1QNOA 3BAWA 2XYLA 2W61A 2WMJA 3AIEA 1FOBA 2OWCA 3GXMA 3OZPA 1SR0A 3A4AA 3WFZA 3L4VA 1B3YA 1B90A 1K6AA 1HP5A 3VIOA 1B9ZA 3K1DA 4QLKA 4NF7A 4BZYA 4CCCA 2XUCA 3SUUA 1JIBA 1WB0A 2BY2A 2E3ZA 3U5UA 1LF1A 1HNYA 1H2JA 4PCSA 3WL0A 2CHOA 1LWHA 3AICA 3VTRA 1EQCA 1J0YA 1YHTA 2WLZA 1LJYA 3NUKA 5CXPA 2W62A 4DUWA 1VFUA 4C7FA 2GUYA 1DWHM 4HMCA 1KCKA 3BAYA 2G3MA 1V6UA 4AY1A 3CUFA 4JCLA 5D8ZA 3AZSA 1FA2A 2CBUA 3CUJA 1E3XA 4NSBA 3F5JA 3WF0A 2D1ZA 4JKMA 1EOMA 4DWSB 5C70A 2VTFA 3M7SA 1V3JA 2A3AA 1V6YA 3QR3A 1CLXA 3MUIA 1UWQA 3VD4A 4E2OA 4WKHA 1GONA 3ZJKA 4B3KA 4LYPA 1XV8A 1TG7A 1FFRA 4AEFA 4Z2JA 1EO5A 1TE1A 3U7VA 4RL3A 4KRTA 4OUEA 3VIGA 3RJYA 1ESWA 2XGIA 3WDPP 2C7FA 5A6LA 3AOFA 4UQBA 3MS8A 4C7DA 3HJEA 5A2BA 3K8KA 9CGTA 3GBDA 3ZO9A 4AD1A 1GJWA 1UWSA 3WUGA 3CUIA 3O6AA 1WAWA 4PMVA 1OCQA 1JAEA 4D71A 2WAGA 1E71M 1WDSA 3AROA 1H0GA 3SIMA 4CVUA 3CUGA 4HPGA 1C8QA 2YL8A 2GJRA 2ZUNA 2OLHA 3SURA 3ARTA 2BHYA 2DH2A 1NOUA 1V3KA 1ECEA 1GOOA 3AMLA 2D23A 2QLYA 5A6AA 5A6MA 1JDCA 1YQ2A 4HZ7A 5LA2A 2Y24A 3RIKA 1NWUA 3PTKA 3O2LA 4P8XA 4GPNA 1KQZA 4ZENA 3AMDA 1C8XA 1BAGA 2VX7A 4NRSA 4X0NA 1UWTA 3VVGA 3WUEA 3W37A 2VZUA 2WWDA 1VAHA 3TTYA 2VQUA 3SUTA 2IXVA 4U3AA 3BSHA 1MW3A 2GK1B 1H4PA 2J77A 3AIUA 1XYFA 5IHRA 1EOKA 1JZ7A 4A3HA 1CENA 5JBDA 2FH8A 2G3NA 4AZ6A 3QOKA 1ZBVA 5A94A 2VZOA 4P8WA 3N9KA 3WD2A 3RPMA 4DWSD 4HU8A 1ZBWA 2GFTA 4GO9A 1UD3A 1OGGA 3RDKA 1UG6A 3BCFA 3PZIA 4QCEA 2D3NA 3T2PA 1WZMA 4AD3A 4PMDA 1E9LA 2DDXA 3E1F1 4OJYA 4HPHA 3U57A 1KGWA 3ARSA 3W25A 4AD5A 1JAKA 5E6YA 3CZGA 1UD6A 4MTVA 4GINA 4OOZA 2G3JA 5JIWA 1C93A 4ACZB 1W1YA 2J74A 2WC7A 3CZ8A 4IPLA 3AIWA 4HZ8A 1JD9A 3M6DA 2CBVA 4U31A 4PMOA 3MUAA 1VEPA 1KGUA 2GJXA 3GTNA 2PWEA 3OLGA 1O6IA 3FHQA 4PUEA 3RM9A 2CETA 4Z2KA 2QMJA 2PWDA 4JFUA 2CCRA 2VVNA 3SCUA 2A3HA 2ZUWA 4MB1A 2WW5A 4PCTA 4E8DA 2WLYA 2WSKA 4PTMA 2WBGA 1HL8A 1BQCA 3ARWA 4CU7A 2ZUSA 5FD0A 1KR0A 3UESA 3VD7A 5M3WA 2PC8A 5BXTA 4QP0A 1WDRA 1UR8A 3AHXA 3PTMA 2EQDA 4NRRA 1E1FA 2YDQA 3AMGA 5D8WA 1TZ7A 1JNEA 3MSGA 5BXPA 4JFWA 1V6WA 1BG4A 1NOWA 4UOQA 2CBIA 3MUZ1 1ZU8A 3BC9A 1EO7A 3WEOA 3GNRA 3AS0A 4LGXA 1TMQA 4AD2A 3UR7A 4BQ4A 1WZKA 2JF7A 3WUBA 2DSZA 1QW9A 2VC9A 2DSKA 1JZ6A 2WKGA 4GXPA 3OBAA 1WDPA 2YDRA 1OM0A 2CNCA 1UKQA 2ZOXA 2WWCA 1CXEA 1DWFM 1Z32X 2Y2WA 1UWIA 1VEOA 4XUYA 2W63A 3IJ9A 4M8UA 3WFLA 5A2CA 1V02A 1LLOA 1KB3A 4UZSA 4L4OA 3MU7A 1W1TA 3OGRA 4QFUA 3SCOA 1XCWA 4D6EA 3AISA 3ZJ7A 1CDGA 4HA4A 5ABFA 4Q22A 1IV8A 2OYLA 3WEMA 1TVNA 3T0AA 2YBTA 4W8LA 1W91A 5BWFA 3W26A 2AMGA 1J0HA 1HX0A 2J62A 2X0YA 2X09A 4W7VA 4D6GA 4ZXOA 2F61A 3CZLA 3ARQA 1U30A 1U33A 1EH9A 1NH6A 3WNPA 3OLDA 2J8GA 1B3ZA 1G0CA 3GBEA 4PEEA 4F9JA 3DYMA 1DWJM 3EMCA 4N42A 4BQ2A 5E6ZA 2DSWA 1JDDA 2GSJA 3PN8A 2EPNA 3PTQA 1B30A 3FY1A 1OIMA 3TP4A 3WQVA 2JFEX 3ARZA 5LA1A 3KWXA 1PIFA 1PPIA 1Q6FA 4E8CA 3WDIA 3KL5A 2FHCA 3MKKA 4AZIA 2QMKA 3GDBA 3SCWA 1B2YA 1UR1A 4RE2A 1GOKA 4BF7A 2VUYA 4GZJA 3S2CA 1UUQA 3GXFA 1VENA 1XRVA 4JIEA 1NM9A 3WF4A 3U5YA 2VRQA 4AC1X 2B31A 3WH8A 2WHJA 4H7VA 2EPLX 5HXMA 3CHEA 3OGVA 4U5IA 2J7EA 3CZJA 1HJSA 4MJ4A 5GNZA 2W66A 1GQJA 4IPNB 4HOZA 2XFYA 3ZJ6A 2DIEA 1PX4A 2XM2A 2E0PA 3WMCA 4HA3A 2QPSA 5AC5A 1UD4A 3B9AA 3ZR5A 1V0KA 4BCEA 3CMGA 3VGGA 3EDJA 2O9PA 2Z1KA 3RJXA 4J3SA 2GDVA 1XSIA 1NQ6A 2W5FA 1H3GA 1G9HA 4U3CA 4HTYA 4F66A 5DMYA 1V0MA 4PYSA 1NWTA 3HU7A 3ZOAA 3N1AA 1V08A 1O7AA 1DWGM 4P8VA 1UR9A 1XH1A 1EDGA 3N12A 3I3EA 5LYRA 1CTNA 2JF6A 3RILA 1J11A 5DFAA 1VJSA 4WIWA 1E5NA 1CXHA 4CN1A 1PEZA 1JF6A 4GI6A 3SUWA 2XHYA 3AJ7A 1AVAA 2ESCA 1BG9A 1EIBA 5CGMA 3A47A 1ISXA 1ITCA 2XVKA 1Q4NX 2QV4A 1GOWA 2V38A 2VCBA 2VCAA 1JZ8A 4DWSC 4KGLA 4FMVA 4X0VA 2G3IA 1JYWA 2UY4A 3PZNA 2BHUA 2ZUUA 5EB8A 2BFGA 4AD0A 4A4AA 1TCMA 4TVDA 2DH3A 5EBAA 4QLJA 2CITA 2E8YA 1CGVA 2WVVA 4M1RA 2UY5A 5IFPA 1BYDA 2BY3A 4ZFMA 1V3MA 4E4PA 1D7FA 1HP4A 3W6LA 4J27A 2XFRA 5CSYA 3OA5A 4IM4A 1X6LA 3AMKA 3N04A 4K68A 4NI3A 4MAVA 3SEPA 4IISA 4P7LA 3QGVA 4V2XA 3VIHA 2E40A 2QF8A 4YHGA 5GNYA 3AHVA 1HF6A 2O92A 1OBAA 1QOXA 1JI2A 1QHZA 2IXUA 2FGZA 1E70M 3VX1A 4N0RA 4UNIA 2BS9A 4AEEA 5A69A 5E9AA 4AYSA 2ZUVA 3VU2A 3ZMRA 3AIBA 2JEPA 2VJXA 1FHDA 3QOMA 3VM7A 1C3FA 3BAKA 3VUPA 3DYPA 3EDDA 4S3JA 1FP8A 4PMNA 4V28A 3AS3A 1E4NA 1HN1A 1VBUA 1UD5A 2OWXA 5I0DA 7TAAA 5M5DA 4Q7NA 2BV9A 5GPRA 2D0GA 1US3A 2PWFA 4ML4A 2WCAA 2ZXBA 3L2MA 3QHOA 2GJXB 1XGZA 3VDHA 4H8UA 2BY0A 5HOSA 3VGDA 5JUVA 4CN6A 1JFHA 2D2OA 3W6MA 3M07A 1W9VA 3AI0A 3W53A 3WDJA 4UOZA 1W1PA 2OSXA 4P8UA 2JEQA 3CGTA 2YLLA 1UYQA 3W29A 1CIUA 1ZL1A 1MQPA 1XYZA 3DHPA 4BA0A 1V03A 4AIOA 5M03A 1DP0A 3VD9A 2J8FA 1D2KA 4D6DA 3UCQA 1JDAA 3SCPA 1H41A 1OT2A 4MADA 3PZUA 2YL9A 1KXHA 5JIPA 2ZWYA 3AS2A 1CGWA 2J75A 4IUGA 4HMDA 4TTUA 4OKDA 2ZE0A 1N82A 4GQRA 1UD2A 1UH4A 4JCMA 1UR0A 4OZOA 2VZTA 3CZKA 1TA3A 4AIUA 1FH8A 2DQXA 2BXYA 5CLTA 5D9PA 4J3WA 1EHAA 4D1JA 1KXVA 3AIRA 2WMFA 1EXPA 3W82A 4HA1A 1K9DA 1W1VA 5AC4A 1GOMA 5CQ1A 3PZGA 3WDHA 3RM4A 2O9RA 1B3XA 2J7CA 3PBGA 4MDPA 1Q6DA 1XSKA 2FH6A 3EBVA 1I1WA 1BYBA 4M81A 4PTWA 3EDEA 3IAPA 1BVZA 4QAWA 3FNDA 5ABFB 1E56A 3D3AA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HJSA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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