1HO1A

Crystal structure of pyridoxine 5'-phosphate synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
242
structure length
235
Chain Sequence
AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the function of pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 235
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2000-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ho1A00
1TRIA 2CLEA 3TA6A 3PUEA 1QCWA 1LRQA 1Q3NA 1A50A 5FF0A 3QH2A 5F2LA 4BI5A 2ZRWA 1S5WA 2WSQA 4H3DA 5E1QA 4L4MA 1GZGA 5FF7A 1OFOA 2QCMA 4IQLA 2QKFA 1VJIA 2A21A 1LDCA 2Y63A 1KLYA 3G1AA 1DHPA 2QF7A 3ZR4A 5IBXC 1BWKA 4AHPA 1LBFA 3W23A 3NPVA 3STCA 1ZJIA 4ADTA 5DCDA 3W72A 2ALDA 4J9JA 1THFD 4HNTA 3KVLA 1WV2A 4FNSA 5HUPA 1Z44A 4O1CA 2ZZ4A 5G4EA 3W7NA 1SSGA 1IGSA 3FA5A 4R33A 2E77A 5DXXA 1SW0A 3W1XA 4GRSA 1FXPA 3O6YX 4ZMGA 1OYAA 1F74A 1VZWA 2V81A 3TROA 5D37A 2RDTA 3B0PA 3Q37A 4GUGA 4XBKA 1WOAA 1W3TA 2QJIA 4MLRA 5AC7A 3KRZA 3LCHA 4NU7A 1RQHA 4UTTA 2QAPA 1W54A 3G0UA 4UTKA 4MKNA 4AH7A 5AN7A 1TYGA 3L0NA 1RR2A 3HGOA 4AWSA 1OVDA 3O16A 1NFBA 3C61A 4A29A 5DBUA 5EMUA 2DZTA 1IXNA 4IMEA 3PG9A 1YADA 4JXCA 1DL3A 3LHUA 1Q6QA 1OFEA 1IIHA 4MYXA 3GNNA 3C56A 1TPB1 1LTDA 1QAPA 3QW3A 3W7IA 2NZLA 1I2RA 3PVFA 4MOZA 4HPXA 5TIMA 4YCPA 1XBXA 2D73A 1L6SA 2FDSA 3TQ0A 3O05A 1FWNA 2V2CA 3PUOA 5LGXA 4BFAA 1FQ0A 2EGZA 1KFCA 3O6CA 1H62A 2NX3A 3EWYA 3PM6A 4R53A 4AHQA 3KAOA 4NXSA 4O54A 1SU5A 4LNYA 1M7PA 4X22A 1XDMA 1LRTA 3ZS4A 1ICSA 4GNJA 1ZAIA 4FHAA 5IBXA 4O13A 3LRMA 4K8HA 4UCGA 2X1TA 1LCOA 4FXSA 1RZMA 3I7QA 1MZHA 4WOQA 2VOMA 4LV9A 3EX1A 2P10A 4QIUA 3W83A 3CHVA 3S5NA 2CZ5A 4UFHA 3CIXA 2DP3A 4WX2A 3C8FA 2GPTA 3YPIA 3G8EA 3FKRA 3T44A 2XN2A 3L21A 3N9SA 2WO5A 3KRUA 4JTLA 4A2RA 4LVDA 3LHVA 2EPHA 2R14A 3NYZA 4A2SA 5AB3A 1J4EA 4P61A 4UUIA 1MSSA 1NF7A 1EUNA 2ZRUA 1QFEA 4Y90A 2GVLA 4PH6A 3FIGA 2WSYA 3M16A 3W7GA 2Z6IA 3SY5A 1UCWA 1QPRA 2C3ZA 3P5ZA 1TPVA 4UFLA 3HG4A 4PL2A 1QWGA 1EUAA 2CWNA 5EYWA 4JNMA 2E6DA 1FDJA 2E6FA 3E9AA 3S5YA 4RK8A 1R2SA 5K9XA 4RR4A 4FNPA 3W84A 3BPWA 3GDRA 3VE7A 1R47A 2ZA2A 2NX1A 2ZA1A 1A5AA 3SR7A 4N6EA 1DKWA 5BOOA 3FJLA 4GE8A 4EOUA 2QCDA 3PULA 1HG3A 1OX5A 5F4WA 4S2CA 1MO0A 3DFTA 1DBTA 4AHOA 3NQEA 3M5YA 1DOSA 4PA8A 4ZQCA 1G67A 1T96A 1CW2A 1D9EA 4JX6A 4AVFA 3NQCA 4M19A 2VEMA 3SI9A 2R8WA 3UWQA 4UC5A 4I9AA 4IMCA 1FWWA 1YTEA 3PB2A 3QPZA 4ZZ9A 2YXGA 3FYPA 3GDTA 5HQEA 5KTLA 2Z6JA 1FCUA 1OX4B 5D2XA 4N02A 2CLOA 5FESA 2V5LA 3M9YA 1ICPA 2GQ9A 3NQ7A 4DBDA 2JKAA 4NZFA 3OVRA 5FF3A 3TUUA 1B4EA 3GDLA 1OX6A 1G7VA 1FXQA 4YCOA 1W56A 1PL9A 2C18A 3VCRA 4Z0SA 2BWGA 3GK0A 4RZ4A 3C6CA 4CQ9A 5E0KA 4PEKA 1X6UA 3MI2A 4NJIA 1M5WA 4MFDA 4K39A 5D2WA 4MJZA 4AWTA 3TR2A 1O94A 1WXJA 5HJLA 3RF9A 4NNCA 3ABOA 1TQJA 5LNRA 3IVUA 2B0MA 4JY8A 2P0OA 4JTJA 1KFEA 3SGUA 4GFSA 3O07A 3M47A 4RJEA 1LP6A 4KFPA 5HR6A 4U28A 4JTFA 4O50A 1RPXA 2A7RA 3HPSA 3BVJA 4NT0A 3SW6A 3BLIA 1NSJA 1SSDA 3P67A 2BLEA 1N55A 4R34A 3EX2A 1DJQA 2RKXA 3O63A 2VFIA 4TMBA 4FB7A 3QM3A 4JGDA 3W7RA 5F2GA 4YLWA 2EF9A 2HS6A 1AG1O 1FCVA 2ZFAA 3GKFA 4G1KA 5D02A 3NDOA 4XKYB 1B3OA 1TV5A 4X3ZA 3EWBX 3DXIA 1L6YA 3E96A 3TNOA 1OFQA 4N4QA 1RQEA 3DENA 2ZZ2A 4DO6A 3C2VA 1GTHA 3KFTA 4CLMA 3TXVA 2H3BA 3DHDA 3PC0A 4QITA 5HMSA 4PC8A 1WDWA 3DBPA 1SZGA 1XUUA 5K4ZA 2A7PA 3FFSA 3VE9A 2ZZ6A 4WOZA 5FEXA 3T55A 4LVAA 2CU0A 1KV8A 1G4TA 1OK4A 2I1OA 4Z1DA 3UWUA 4HPJA 3BG3A 3OVPA 2HMCA 1EB3A 3PS7A 3P84A 5C55A 5DLCA 3TE9A 4DF0A 5LGZA 5FEPA 3W9ZA 1GVFA 4AMAA 4XBSA 2O7SA 4IX0A 3CWNA 5DXYA 5HINA 4PODA 1R46A 1F73A 3U8GA 2E6AA 3W22A 5CPLA 2F84A 2G97A 1KFJA 4TIMA 5FEZA 1JUEA 1KA9F 2GJLA 3MMTA 2ZRZA 2H90A 3L67A 2Z2UA 3PSVA 5K7JA 3VNDA 3HPXA 1TREA 4C1LA 4LVFA 4RXGA 1I2NA 1K7XA 1TO3A 3W2KA 2FQIA 4D2JA 4JTGA 2Y61A 2Y89A 3TFCA 2J6XA 3C52A 2H8XA 5CZTA 4LV4A 3LLFA 4N9BA 3ATZA 2NWRA 4O57A 4X2RA 1XCFA 3C4UA 3TW7A 3LCWA 3M6YA 1JRBA 3FOKA 2ABAA 1O5KA 1QO2A 5EY5A 5CZ0A 5BNKA 3EXRA 1AMKA 1W3IA 2V82A 1VH7A 4YL2A 3C2RA 2YYTA 4JEQA 5A8GA 1HTIA 1ZAJA 1ZHAA 5AC6A 1GT8A 4N9CA 1R2TA 1G7UA 2ZCGA 3TQVA 1YXDA 4Z08A 1D3GA 4WXZA 3U2OA 3WJSA 2ZTJA 3P61A 2V30A 3W1PA 3RMJA 2H8ZA 1T8XA 1VLIA 3LX9A 2J27A 5D09A 2NUWA 3TJXA 4LC6A 4MZ8A 2F7FA 3W2NA 1AL7A 1QO5A 3P8JA 4AF0B 3OVQA 1ZNNA 4MZ1A 3IGXA 1HO4A 1VQTA 1WOBA 2V2HA 4GUHA 1F05A 3UZJA 5FI8A 3W3OA 1RV8A 4WY0B 4FIRA 1Q6RA 4NJKA 1SO3A 2E1DA 4HT3A 4K7YA 3H55A 3NM3A 1T99A 1YTKA 3F1QA 3PAJA 3W7EA 4O15A 2ZZ1A 4HHPA 1F7BA 2ZZ3A 1TTJA 1VCVA 3G1SA 2W6RA 3NQMA 4DQWA 1W37A 4UR7A 3S1UA 4UTWC 4UMBA 4ML9A 3TK7A 2QUVA 1H61A 5G2IA 1JQXA 1M7OA 1KM5A 3KRSA 1C8VA 3Q94A 2OMAA 1TJPA 4ZQMA 3A9IA 1OFBA 4TO8A 1LZOA 4ADSA 1YLVA 1VRDA 4ZQRA 3R89A 3EWWA 5KMYA 1W3NA 4ALDA 3GXTA 3OEXA 4DPPA 3L65A 5HWJA 3O1NA 4OHQA 5C6MA 3W7LA 3A23A 3W2LA 1W5PA 3MWAA 1YYAA 4XTIA 4QM1A 1J2WA 2WNQA 1SFLA 1W5OA 3P62A 4RCXA 2XFWA 2ZBTA 4NJHA 2E68A 3BK0A 3IIVA 3T78A 4JYDA 2YX0A 1GG0A 2J9YA 2YR1A 3UWZA 1JCYA 3G1HA 1H7RA 1UB3A 4KWWA 2ABBA 3TSDA 2A85A 1ZENA 2Y7DA 3E12A 3TSBA 3HQ1A 1SZEA 5DN1A 4TX9A 3TQKA 3FEMA 4OU1A 3F03K 1TIMA 2CZFA 2VFEA 3NZ1A 1ZALA 2V8ZA 1UUMA 1KBIA 1ZCOA 3LLDA 3W1QA 3CC1A 2DZWA 2BZNA 3WJXA 3MP3A 3LHTA 4O14A 1NAL1 1SW7A 3M1ZA 3PUDA 5H91A 3QYQA 3F4WA 4ZQPA 5D2TA 4M7SA 3TH6A 3A5FA 4IXHA 5AOUA 1HL2A 4UFMA 5CPNA 2GJNA 3IGSA 1JCLA 3NQDA 3HG5A 3UPWA 3G1DA 3TCEA 4BI7A 4LC8A 1NVMA 3MJYA 1RQBA 3R2GA 3W1MA 4O1BA 4ZL1A 4MY9A 1OABA 3S5ZA 3ABSA 3HGSA 4UTWA 5AYXA 5I3IA 2E5CA 2QCLA 3N9RA 2AQWA 4JTSA 5C5YA 1GPWA 1CX9A 1XDLA 4POCA 3BO9A 1EIXA 2DZSA 4FXRA 1WAUA 2ATMA 1Q45A 4N2YA 1JQVA 3DKLA 4RXFA 2OJPA 4O28A 3LRLA 3SGZA 3WK0A 5L9FA 1P5BA 3W7KA 1Z41A 4LUJA 3FJ6A 2O7QA 3NNTA 3R8RA 1BEUA 2EKCA 3RNDA 2X1SA 3R5EA 3UXDA 2NX9A 4FNRA 5KINA 3M0ZA 1PHWA 3TIMA 4LU0A 1KM6A 3G1XA 4B5NA 3I65A 3B0VC 2FFCA 1IF2A 2E5BA 3W73A 3NQAA 3QRHA 5C54A 1PV8A 2G96A 4N6FA 2FTPA 1JCMP 1MEHA 4OWGA 4O19A 1KV5A 3W1RA 1JCNA 4UTLA 2XN1A 3W2MA 2QDHA 4U4MA 5D03A 2DZUA 3MHUA 4O11A 5LNWA 5K4XA 4YWIA 1QPOA 5A5WA 1H7XA 5F1VA 3C2OA 1OFPA 1H50A 2ZZ5A 4FX7A 1XXXA 2C13A 4JX4A 1JJKA 2J9XA 1K8YA 3IVSA 3LXCA 3GX9A 3GNDA 1L6WA 4HNNA 1JCXA 3A21A 3SECA 4M6VA 5KZDA 1NEYA 4HSNA 1K02A 4N9DA 2BX7A 1PCWA 2YDAA 5AHIA 3GAYA 4CCCA 1X1OA 4K36A 1KTBA 2ISVA 2C1HA 3NO5A 1ICQA 1TJRA 2WNNA 3DU0A 3NAVA 3A5VA 4XZ9A 4K37A 4KKXA 1VYRA 1L2UA 1W1ZA 1W5MA 3PBUA 4IJBA 3STEA 1TPH1 3V1PA 1DJNA 3PWAA 3FYOA 5EPDA 5HR7A 5SWUA 3IIOA 3W86A 3DFSA 1GG1A 4XQ6A 3S0CA 3G0XA 4O0KA 4Y6GA 4PL1A 3GXPA 3WFAA 3LXAA 4ZVJA 5G1YA 2JBMA 5AYZA 4KFOA 2Z0IA 4XKYA 4QISA 4JDBA 5BMWA 2C15A 1EEPA 4JICA 1UBSA 1LLZA 2NV2A 1GTEA 3C0JA 1KM1A 2H3DA 4ADUA 1OYBA 1K8ZA 1DORA 4RZ6A 3S1VA 2QJHA 5EA9A 3PG8A 1W8SA 5EBUA 3S5OA 3HJZA 3B06A 3QJAA 1SFJA 2PCQA 3BV4A 4DO4A 3CB8A 4HN4A 1PHQA 4UNKA 3PBWA 2QAFA 1ZFJA 3LTSA 4UMAA 2Y88A 3C2FA 3UXAA 3HIJA 2B4GA 3WJYA 3NQ2A 3PF3A 2C19A 2BXVA 3O6DA 1KM4A 3TDFA 3CEPA 1O5XA 1SO5A 1OYCA 3KX6A 1VLWA 1GOXA 2VELA 1IIGA 3SJ3A 3KVKA 5I3HA 3INPA 3L5AA 1G4PA 4UMCA 5G4WA 2QCHA 1LYXA 1GVQA 5EL1A 3M44A 3QEZA 3STFA 4ZQNA 1OF8A 4LS2A 5G1TA 3UPBA 1UJPA 4CCDA 1H60A 6ALDA 3P80A 2FPVA 1ZY9A 4NX5A 4GC4A 4I7VA 1LLWA 1TQXA 3F4NA 1BTMA 3LI1A 3P81A 1XKYA 3O8AA 1WQ5A 5AC8A 4JTEA 2CFFA 2DZVA 4QSHA 1TMHA 5D38A 5K9CA 1SQ7A 2FLIA 5U4NA 2DZXA 4LW7A 1LORA 4JTUA 3LV5A 1ME8A 3TMLA 3NL2A 3B4UA 4CQAA 3KVJA 3LDVA 3TKFA 4N4PA 2NV1A 3RU6A 1MEIA 3L2IA 3G22A 2J88A 1X7FA 3P5YA 3IRDA 1OFRA 3N2MA 5AHEA 3MW7A 1X1ZA 4UFJA 2PURA 1JCJA 4GUFA 4HSOA 3NL5A 3PB0A 1GVOA 1V7YA 3CIWA 4YMZA 1YDOA 4RX0A 3TAKA 1J5TA 3B03A 3HGJA 4Y8FA 5I3GA 3B04A 3WJWA 1OHLA 4K7VA 3QFEA 3QPYA 3C2EA 1DVJA 3W87A 2QCNA 2Y70A 4O1DA 3L0KA 1VR6A 2ATSA 3ANYA 4A22A 3UWWA 3R12A 2CZDA 4FX8A 1PS9A 3G24A 2X2GA 3DI1A 5I3KA 5I3JA 1JUKA 2VFDA 3EEGA 4X9SA 1PIIA 4HIBA 2QDGA 3L66A 1Z48A 2E09A 3GR7A 4P2VA 1YXYA 3FS2A 2Y6ZA 1GYNA 1OFDA 4L4LA 5EKYA 3MUXA 1H5YA 3KXQA 2JK2A 3QQ1A 1UASA 1P0NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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