1HO1A

Crystal structure of pyridoxine 5'-phosphate synthase
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
242
structure length
235
Chain Sequence
AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for the function of pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PYRIDOXINE 5'-PHOSPHATE SYNTHASE
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Escherichia coli
total genus 93
structure length 235
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2000-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ho1A00
2Y7EA 3OVRA 1H5YA 4N02A 2VEKA 3UY7A 5DN1A 5K7JA 1I45A 3B06A 3NNTA 2RKXA 3A21A 3W7DA 4ZQNA 2IQTA 3B04A 1XKYA 4FNSA 3M5ZA 3QPZA 5AC6A 3LGEA 5TBOA 3M9YA 3PM6A 2VFDA 2E6YA 4OE7A 3A23A 4UTMA 3C3NA 1Z48A 1NFBA 1F2JA 2NWSA 2VXNA 1IGSA 1YADA 7TIMA 2JK2A 3QYQA 3GKFA 3LDVA 2H8ZA 4ADUA 1V7YA 1ALDA 2YR1A 3NZRA 1QAPA 2XN0A 2X1SA 4WXZA 3R5EA 3GR8A 4YCOA 4EWND 1PCKA 4S2CA 1W3NA 5CZSA 5D32A 3G0SA 4QQ3A 4BFAA 1FDYA 1IXQA 1FDJA 4RZ5A 3NXFA 2JKEA 3E49A 4KFOA 3IIZA 1J5TA 4UFHA 1H7OA 2JGQA 1WXJA 1XBVA 2A5HA 4NQ1A 2B7PA 3STGA 1G69A 3W7OA 3NPXA 1LOLA 2QUVA 4Y9AA 3G1HA 4PC8A 1V5XA 3KX6A 1FWWA 1DL3A 4NXSA 4Z1DA 3TROA 3HQ1A 2VFFA 2YFOA 4FNUA 3W87A 4IPIA 1KFLA 2J9ZA 4JIPA 3NL3A 1VLWA 1GT8A 2WV8A 1ICSA 4A3UA 2FDSA 3W9ZA 4TX9A 1W1ZA 3GB6A 1SU5A 3G1YA 3UQNA 1JCYA 1F74A 4JY9A 2ATMA 1M7OA 1FUYA 3OG3A 1TO3A 2A21A 5CZ0A 4LTSA 3NQDA 4PA8A 1OJXA 1D9EA 2CLIA 3T44A 3CTLA 5J5DA 5DBUA 3PUOA 4JS3A 3MUXA 3W84A 4K39A 2DZSA 4N2YA 1WAUA 1X8FA 4O8RA 1EUAA 2OMAA 3LV6A 1OX6A 3I65A 1DQXA 3UWUA 1KM5A 3TMQA 1P0NA 4JD4A 3MJYA 2A7RA 5LNRA 3ZFHA 4X3ZA 5K9XA 4LRTA 1H7RA 4GE8A 5L6UA 1LLZA 2Y88A 2YDAA 4ZQPA 3PUEA 4MVAA 3IIXA 5AYXA 3W6YA 2V9DA 1G4TA 5F4XA 1UJPA 2QUUA 5C2XA 4ZL1A 2WOQA 3P74A 3S8HA 3VE7A 4MLRA 3V75A 4DEFA 4UIOA 1NF7A 5AHNA 1ME7A 3R8RA 3GDMA 2A0NA 3W2KA 3STEA 1OG0A 2X2GA 3PBYA 3ATYA 3IVUA 3L0KA 3P8JA 2FLIA 3KRUA 3UPWA 2V5BA 3MO7A 2V2HA 3TSDA 5HNRA 4O1BA 2NX9A 4N9DA 3W7PA 3MI2A 3NEVA 3UY8A 4FHAA 5EBUA 3LHWA 2GJNA 3NPWA 4WY0F 2CLLA 3G3MA 2ABAA 5K4ZA 3HG5A 1TV8A 1ZNNA 3THAA 4HPXA 1B57A 2NZLA 1EWEA 4NX0A 1OYBA 4JN6A 3T78A 3TX9A 4FNPA 5FF2A 4BI6A 4DO5A 1G4PA 3A9IA 3G22A 2GVJA 4YWIA 5MHBA 5E1QA 5CKSA 3BVJA 1KM0A 1OFAA 3P84A 1Q3NA 2VOMA 3LCHA 1U5JA 4J9JA 3QPYA 1I2PA 3SZ8A 4NT0A 4A22A 2ZRXA 3NL5A 4JX6A 4RKAA 1TPH1 3W1UA 3TU9A 1FXQA 3W88A 1RR2A 4IXHA 3W1RA 2V0TA 1KTCA 3HMJG 2DZUA 1M6JA 1N8FA 4AAJA 2TSYA 4OQVA 2J24A 4DBEA 4TMCA 3E02A 3C8FA 5DXYA 3PG9A 5D38A 4E2BA 2X30A 5CSRA 1H7PA 4FX6M 1EP1A 3STFA 1FDZA 2QJIA 3P8IA 1XUUA 3TQVA 4JXCA 5G2WA 1EWDA 5AFDA 5FEWA 3TC7A 3I7SA 2BX7A 1JRCA 1YPIA 5BMWA 2BWGA 2ZZ5A 1O4UA 2ZRYA 3TW7A 3KAOA 3TK7A 5CPLA 4FB7A 2YPIA 2ZCGA 3WFAA 3DKJA 3W1XA 2QCGA 3ZWTA 4GFSA 3ABQA 4HSNA 1LBLA 1DJNA 2QCEA 3NL6A 4JX4A 3P5ZA 3KVKA 1O5XA 1S5VA 2H90A 3TV8A 1HFBA 2CLEA 1SUXA 1EA0A 4WOQA 5HULA 1K8ZA 3HF3A 4FEZA 4OHQA 4AF0B 4AMAA 1XC4A 3QEZA 4A21A 1JUKA 3DXIA 5HR6A 4U28A 2VEPA 4WY0A 1VR6A 3EX6A 2EGZA 2P10A 4CQ9A 2A4AA 3NQEA 4NJKA 4KFPA 5CSSA 4Q33A 3PG8A 3PR2A 4O16A 3QSRA 3SW6A 3FA5A 1HO4A 2CLHA 3PVFA 4N6FA 1OYCA 2EHHA 1TPUA 3FS2A 2YXGA 2E5CA 3MMTA 3CLMA 4HIBA 4UTWC 3N73A 4MY8A 4MFDA 4DELA 5FF0A 1QNVA 4ADSA 3EKZA 4Z08A 2B0MA 4IGHA 4BF9A 3CM4A 1JCXA 3DBPA 3M5YA 2C18A 2WNNA 4N4PA 4M19A 5LNWA 2UV8G 3UZ5A 1OX4B 3A22A 5CPOA 5CZJA 3ZWSA 1BEUA 4BI7A 4UTKA 4QIUA 3GAYA 4OGZA 4UNKA 1WOBA 1YDNA 1PHWA 3O15A 4LC6A 3SECA 1S3HA 5BOOA 1XBXA 1EX5A 1A5BA 1M5WA 2FJKA 1KFEA 2ZFAA 4NZFA 5BMXA 4ZZ9A 3RMJA 5CPMA 1BKSA 1BWLA 3DFQA 1QR7A 3IRDA 2FFCA 5DELA 4K7YA 5KMYA 4YLWA 1E51A 1UUOA 1NF0A 1TV5A 4QJ1A 3NO5A 1VCFA 5HUOA 4IOTA 1I2QA 4DXVA 3W86A 3FLUA 4ORMA 5IM51 2YW4A 3VFLA 2HSAA 3GXPA 2QCHA 3RLVA 2Y63A 4O13A 2ISSA 5A8GA 3STCA 4H6KA 1GPWA 4PCFA 5DXXA 2Y7GA 4GRSA 3Q58A 4TMBA 2GVLA 3GXTA 4C1KA 1LRNA 2Y85A 4S2BA 1Z42A 1TREA 1RQBA 3F03K 3LTSA 3RNDA 1LTDA 3HPZA 4HNUA 1JCMP 3PBUA 3DFTA 3A5FA 4O1DA 3HBLA 1NSJA 3M5VA 3N9RA 3UNDA 3LRLA 5U4NA 4OWGA 3M44A 4GWEA 4IJBA 3L65A 3NQ8A 3U2OA 2E5DA 1P5BA 5HWNA 5HMSA 3W7KA 3R89A 4N9BA 3CWOX 3C2RA 2I9EA 3WJWA 4UXDA 2XN1A 3M47A 4UC5A 2CLMA 4PTNA 4JTGA 4NZJA 4L4MA 5D30A 1XM3A 2ZZ1A 3KXQA 2A6LA 4O10A 1KM4A 2NXHA 3QW3A 4ALDA 1MXSA 3C6CA 3W71A 1GYLA 4AWTA 1NVMA 1ZJIA 1ZFJA 1ZHAA 2FB2A 1JR1A 3N34A 2JKAA 1G4SA 4AHPA 5I3IA 1IXOA 1GTHA 1ICQA 2QCCA 3G1DA 4NU7A 3KFTA 2G96A 3W73A 1PL9A 2Z6IA 3Q94A 3W7CA 1KM6A 3EWZA 2CZFA 1VYSX 3LCWA 1J4EA 3W2UA 1JRBA 3SR7A 1HUVA 2CLOA 5D2XA 2V2DA 3L21A 1UB3A 3YPIA 1GOXA 2PCQA 3P80A 1SZEA 4GC4A 3W7JA 3CQ0A 2HMCA 2NLIA 3MBFA 3TXZA 3OVPA 2W6RA 3G18A 2V81A 2V8ZA 1TB3A 2NV1A 3NPUA 4K37A 1H51A 3PB0A 3NPVA 3EXTA 3R13A 4O19A 1F73A 3MW7A 3O1NA 5FEZA 4UFKA 2GVGA 1YLVA 4N9EA 1K3UA 1I8JA 1K8XA 5KITA 4GUFA 3BGGA 3SIZA 4TO8A 3FJ6A 1YPFA 4CCCA 3U8GA 2A7PA 3FKRA 4Z1AA 3HG2A 3HPSA 1QFEA 4MYAA 4UNLA 2BXVA 5EL1A 4P2VA 4YCPA 4HSOA 2A7NA 4FXRA 2PRMA 2ZRUA 5D33A 2GPTA 3LHVA 1W5OA 4DF1A 4CCDA 2V5LA 3P82A 5F4WA 1DJQA 2RDUA 4NNBA 4UTUA 2E77A 3NVTA 5G1TA 5LGZA 3B0UX 2ZDRA 1B9BA 1K7XA 4MY1A 3WJYA 3MP4A 1PHQA 1QOPA 1HO1A 4YMZA 4HKPA 3WK3A 2C1HA 2XFWA 3PWAA 3G3DA 3U6WA 1ZALA 3CEUA 4E2DA 2GOUA 3USBA 2AAMA 2XN2A 3BV4A 5H2ZA 4PODA 2BTMA 1W3TA 3M7WA 4NJIA 1VRDA 1Z41A 1QDSA 4JYDA 2E6AA 3NAVA 3A5VA 2DZVA 3NG3A 3TMLA 3TUUA 1ZY9A 3L67A 1H7NA 1LORA 5D2TA 1Q45A 1LRTA 3LOTA 2X1UA 5F2IA 2WO5A 4O14A 2ZA1A 3LCGA 2RDWA 1XXXA 4LU0A 2VFHA 3T7VA 4HNNA 3QC3A 2P0OA 3I7QA 2Z2UA 3W1QA 3DKLA 4N4QA 4O1CA 2OCZA 2BLEA 4ONVA 5AOUA 4JICA 2ZZ2A 3BG9A 1ME8A 4ZQCA 3O06A 1M7PA 2RH9A 1P0KA 4RK8A 3W2LA 3NYZA 4O53A 1A5AA 1O5KA 3TE9A 2DJXA 6TIMA 3A24A 4Z0JA 2VELA 1S5WA 3HB9A 3WK0A 1MO0A 1RZMA 4AXKA 3KVMA 3DHFA 2CW6A 3VNDA 3EWBX 4RCXA 3HO8A 2TRSA 5D02A 3FYOA 3GNNA 2O7SA 5F2GA 3C2VA 4Q4KA 4BWLC 3LRMA 3O6CA 4LUJA 1AG1O 3QM3A 1G6CA 4UFLA 1F6KA 2PC4A 2ZTKA 1LROA 1BWKA 3LV5A 1VH7A 1VCGA 3NOEA 1H50A 5EMUA 5F1VA 1KLZA 3QMRA 3LB0A 1A5CA 3EEGA 4GUIA 3B05A 4NUWA 3UWZA 5HUPA 3S5YA 4FNQA 4O52A 1YDOA 3WJSA 1QWGA 1H1ZA 1ICPA 3G1SA 1B4KA 4RZ6A 2H3BA 3NM3A 3NQAA 2VEMA 1W54A 3F4NA 2OZ0A 1GVOA 4UMCA 3DGRA 1OFDA 3L0NA 3G8RA 4KFNA 3W7LA 4NJGA 4GUGA 3UWYA 3UWWA 5C6MA 1TPFA 1KM1A 1WYIA 1THFD 3LXBA 4O15A 1MZHA 3BLEA 2YYUA 4O4WA 1F76A 1R30A 4FNRA 2I1OA 4M6PA 3GDRA 1W0MA 1I4NA 1DV7A 4XUGA 4LVGA 2A2IA 1IXPA 1JVNA 4EOUA 2GQAA 3GDTA 4LVBA 5LHEA 4WX2A 4GJ1A 4UMBA 3S5ZA 1SZGA 2QCMA 3OBKA 1F5ZA 2BSLA 4P61A 3W1NA 1LOQA 3TIMA 4LV9A 4DO6A 4TIMA 5I3JA 3SJ3A 3W7NA 2QKFA 1W5QA 3KOFA 2X16A 1FWSA 2Y70A 3TJLA 4WZHA 5GVJA 3W74A 3LX9A 1QOQA 4QNWA 3W70A 4O28A 1R46A 3S1XA 2OJPA 3TAKA 4LRSA 3BK0A 3QZEA 4QSHA 2E6DA 4ZQMA 3FYPA 3TFXA 1HTIA 5HQEA 5CGQA 1JULA 1T8XA 1RVGA 3EX1A 4LVDA 4FIQA 5BRBA 4OBTA 1I2OA 2ALDA 4EVZA 4O57A 3AO0A 3CT7A 4WJEA 3O8AA 1Q6LA 4WY0B 4UUIA 3W7HA 1LLWA 2QDGA 3VE9A 4EF8A 3EWXA 3G0XA 3LBMA 2FB3A 4UMAA 2QCDB 2ZZ6A 3DENA 2QR6A 3L0GA 4KKXA 1VS1A 4WXYA 5FI8A 4JTUA 3GLCA 4XBKA 4JR5A 3B03A 5C5YA 2YYTA 1UCWA 1OFQA 1KM3A 3VI2A 3UWVA 2OX1A 5AHIA 2ISVA 1TRDA 1T99A 4QISA 5LSMA 3GYEA 1VC4A 1XL9A 2YZRA 1QCWA 3ELFA 3H54A 2YCEA 4I7VA 2HS8A 1FCBA 3TXVA 1QPNA 3W1AA 1ZAJA 5D2WA 1G4EA 1PIIA 2JBMA 1YTDA 1FWTA 5IBXC 1C8VA 3BGJA 2ZZ4A 1W5MA 1AL8A 3UZJA 1TYGA 1K7EA 3TJXA 1GQNA 3LHUA 3E12A 2FPTA 3BPWA 4LV4A 1Q6OA 3PF3A 2R8WA 4AHQA 3N2XA 1UASA 1TPC1 1H61A 3FFSA 4JEQA 3KVJA 1EUNA 2W79A 3F1QA 3VKJA 1QPQA 2QAFA 1OFEA 4IWWA 4XTIA 3HGSA 1PCWA 3HIJA 1AW2A 3G24A 5G5IA 3SSJA 3EX3A 3ZS4A 3OA3A 5FF3A 3N3MA 1LBMA 1F05A 5DLCA 5LNSA 1RD5A 4JTSA 5HJLA 3GK0A 2RHGA 2OT1A 3BARA 1EEPA 2DZWA 4O17A 1SO4A 2E6FA 1FCQA 2PE4A 2R91A 1X1OA 4AWUA 5DCDA 3S1UA 3INPA 3PC0A 5EA9A 3W1TA 1H62A 3TDFA 1RQEA 1K03A 2NUYA 3HGRA 5AB3A 1JCLA 1R2RA 5FEXA 1QMLA 3C4UA 3ABSA 2GJLA 3LRKA 1P1XA 1TIMA 1TQJA 4ORIA 4IPJA 3RF9A 4UTIA 4LS2A 3W7RA 3L5MA 3NQ7A 1JCJA 4U4MA 2WSYA 1B4EA 3N2MA 3MWAA 1PV8A 1Q6QA 5AHLA 2G5WA 1W3IA 3GDKA 4JTKA 3IGUA 4FIRA 5AYYA 1ZAHA 5G4WA 1RQHA 4RXGA 5EY5A 1F6PA 4GBUA 1OX4A 4R53A 3G0UA 3JS3A 4RJEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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