1HVQ | Genus

Total Genus 97

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	97
sequence length	273
structure length	273
Chain Sequence	GGIAIYWGQNGNEGTLTQTCSTRKYSYVNIAFLNKFGNGQTPQINLAGHCNPAAGGCTIVSNGIRSCQIQGIKVMLSLGGGIGSYTLASQADAKNVADYLWNNFLGGKSSSRPLGDAVLDGIDFDIEHGSTLYWDDLARYLSAYSKQGKKVYLTAAPQCPFPDRYLGTALNTGLFDYVWVQFYNNPPCQYSSGNINNIINSWNRWTTSINAGKIFLGLPAAPEAAGSGYVPPDVLISRILPEIKKSPKYGGVMLWSKFYDDKNGYSSSILDSV

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9606553243257214__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9606553243257214__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1HVQ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9606553243257214__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9606553243257214","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1HVQ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9606553243257214__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Crystal structures of hevamine, a plant defence protein with chitinase and lysozyme activity, and its complex with an inhibitor. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HEVAMINE A
total genus	97
structure length	273
sequence length	273
ec nomenclature	ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date	1994-10-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00704	Glyco_hydro_18	Glycosyl hydrolases family 18

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1hvqA00

4IISA 1A47A 5M17A 4AZ6A 4BQ4A 3AROA 3SUUA 4JCLA 1K9DA 3EDEA 5D9PA 1E71M 1AQ0A 5AYIA 3WFLA 1CXKA 1EDGA 3AS0A 1VEOA 1KXHA 4PSRA 4E8CA 1HKKA 1A3HA 1GPFA 4C7GA 1G0CA 3W26A 1W3JA 4UQEA 1XH1A 3CZLA 1CGVA 1CBGA 3UETA 4TTGA 2J7CA 2E0PA 4M81A 4M1RA 1QNPA 2J62A 4GO8A 5ABGA 3WUEA 4J7RA 2DT1A 4DWSB 1PPIA 2QMJA 1E70M 1F4HA 2CCRA 1XD0A 2CEQA 3MKKA 3N17A 1GJUA 4V28A 4QP0A 1NWTA 4Z2JA 1ZJBA 4GIAA 1KBBA 3MMWA 3VM7A 3PZ9A 1MYRA 5CJ5A 3SCNA 1EGZA 2VT0A 3ARTA 3VIOA 4A3HA 3KZSA 8A3HA 3ARWA 1UKQA 1AVAA 1E5JA 1UOKA 3BSHA 1JFHA 1G5AA 1SMDA 1E56A 3QHNA 3F4VA 5GQBA 1N82A 4PMZA 2XGBA 3OGVA 1OB0A 2QPUA 3B9EA 1BPLB 3VGFA 3PZUA 3FHQA 3FAWA 3VIJA 3WDIA 4AZCB 3N13A 2XWEA 2OSWA 1ISZA 3AMLA 2WSPA 2AMGA 3HMCA 5E0FA 1H0GA 2YL6A 1W1YA 5JIWA 1AQHA 1NQ6A 5DEZA 3VIPA 1JDCA 3U57A 3W28A 1XD1A 2VVSA 4PMDA 4PMOA 2Y2WA 2YKKA 2BVYA 1NARA 2G41A 4KGLA 2VZTA 3U5YA 1K6AA 2W61A 4N42A 4AY1A 3J7HA 3WD4A 2DDXA 2D3NA 2DPEA 2PWDA 2OLHA 2VTFA 4J3TA 4WF7A 2XIIA 3RM9A 1OGBA 1UG6A 2PWEA 3ZMRA 3A47A 3BAYA 4FLRA 2WZIA 1V3IA 3WDJA 4DM2A 5I5RA 3KEHA 6CGTA 4V27A 4MTVA 3VNYA 2GJXA 4BCEA 3CPUA 4EK7A 1EOKA 3AYRA 1HVQA 4GINA 1GOIA 5JBDA 3B9DA 3K8KA 4UFLA 4W8AA 1KR1A 4H04A 1VBUA 2YLAA 4URIA 5ECUA 1LG2A 1TR1A 2XHYA 3VMOA 2DH2A 1RPKA 4WKHA 2DSVA 1UD8A 1BTCA 2ZUSA 3WELA 3AZTA 3AIEA 2VX7A 4D6DA 1KCKA 1WE5A 1E0WA 4U3CA 3TTOA 1QOXA 3VGDA 4CUCA 3K4AA 2CPUA 4JHZA 1CXFA 2NT0A 4HOZA 3AHZA 4ZEPA 3VIKA 1UKTA 1Q4NX 3PZIA 4CCDA 4AYSA 4C7FA 4BS0A 4M29A 5BRPA 3AYSA 3F5LA 1EH9A 5I24A 4HA1A 2GVYA 4C7DA 3MUAA 2DT3A 1NH6A 1DTUA 5D8ZA 1UR2A 2UWFA 4UFJA 1BGGA 3AS2A 3CZGA 2NT1A 5A6JA 1RP9A 3QHOA 2WKGA 2DQXA 4WKFA 1UD2A 4MPKA 4B3LA 3OZPA 1TE1A 4MNLA 4U5IA 1GHSA 1C91A 2VVNA 1JF5A 2CKRA 3UESA 3W38A 2AOSA 2VX4A 1JZ3A 3WSUA 2J7HA 1XV8A 2J7BA 1C92A 3MSDA 4QFUA 2FGLA 3NSXA 2YL8A 3SCVA 1DWFM 1UWSA 2DGAA 2QF8A 1RH9A 5LYRA 4HTYA 2XFRA 1DEDA 2YIHA 4FMVA 4MAZA 1TZ7A 3ZJ7A 4D6GA 4MB4A 2BY3A 1BFNA 1KQZA 1FOBA 3WH6A 2X8RA 3GNPA 1GZJA 3UG3A 3B8SA 1CXEA 2X05A 1JI1A 1HP5A 2WVTA 5E70A 3EDJA 1UQYA 3WQ4A 3VX1A 1VFFA 4HPGA 2EPMX 3POHA 1E6RA 2X2YA 1U33A 1M04A 3NIYA 3GBEA 2PWFA 5M03A 2CESA 3GTNA 1Q6GA 4CGTA 2DSUA 1JD9A 1CLVA 4A4AA 2WHMA 3CBWA 3ZJ6A 4MDOA 2WC7A 1EHAA 1D7FA 1ODZA 3GNRA 1VENA 3VMNA 4AISA 3KWXA 1LWHA 1EO5A 3NYDA 1Q6EA 1TUXA 1VEMA 2W4XA 4B16A 2XVKA 4U2YA 3VIIA 1L8NA 3MU7A 5CPQA 1B2YA 1KB3A 4KGJA 2PI6A 4DWSA 1HX0A 2ZUWA 2XVPA 3ZJ8A 4JCMA 5IHSA 4OOZA 3DYPA 3WD3A 3N11A 2WMJA 4NI3A 3VIGA 5CPTA 3KL5A 3W37A 2E9MA 2CHOA 2X0YA 3WIJA 2W67A 1J18A 1RD6A 2J4GA 4PMVA 3NUKA 3HN3A 3WD0A 5A8QA 1C93A 1Q6CA 1YHTA 1LJYA 2J47A 2FGZA 5E0CA 3VDAA 4UFKA 4MAVA 2D0GA 4JHOA 1WDRA 4HOXA 2D23A 3G6LA 4MB1A 2VX5A 1W1TA 3VX0A 1BLIA 3OIHA 4CD6A 1LF1A 2D20A 3BLPX 3WBEA 3CUIA 2ZWYA 4P8XA 3MMUA 2XGIA 4AZCA 1ZS2A 2XIBA 1ECEA 1E0XA 4F79A 2J7GA 5EFFA 1M7XA 3KL3A 3N04A 1VFOA 2WMFA 1MXDA 2ZICA 2ZOXA 5A1AA 3ARQA 1EDQA 4GQQA 3W81A 2NW0A 3ARUA 1CWYA 2O9TA 4R27A 3T09A 1JYXA 4U5KA 1IT0A 2G8ZA 2YDQA 3OLEA 1LL6A 4BZYA 1BYBA 1JNDA 1E3ZA 2QV4A 1WDPA 2ZX7A 4UNIA 3F5JA 2ZUTA 3EBVA 5LA0A 1MXGA 3EYPA 3LPGA 4W8BA 1W2VA 2ZXQA 4FLOA 2YA1A 3AIWA 3CGTA 2ESCA 3PHAA 3RJYA 3UERA 1GQKA 1JI2A 3AOFA 2WVVB 3GZAA 1BG4A 2ZXDA 4S3JA 1DWGM 2A3HA 4PEEA 1JZ8A 4KH2A 1VAHA 2UY4A 4F9DA 1QI5A 4U3AA 5E9AA 4AD3A 5IFPA 4E4PA 1MW2A 2FHBA 1ITXA 3BAIA 3VILA 1WNOA 4B15A 4ZXLA 1OT2A 5IDIA 1VIWA 3AIQA 2XTKA 3CUHA 5I78A 1OINA 2VL4A 1GHRA 3IANA 1J01A 2VR4A 2CYGA 3RILA 1JZ6A 1CLXA 4AZBA 2CBJA 2UY5A 3T0AA 3WEZA 2W66A 3AMGA 3ZSSA 1H4PA 5TD4A 3IJ9A 1KWGA 1O7AA 4PN2A 5BYWA 2ZX8A 3WQ6A 3IAPA 2C7FA 1IV8A 1WP6A 4ZE4A 1UR9A 4EE9A 2NSXA 1EOMA 2XUCA 5CGMA 3WF0A 3VTRA 3WEOA 1WZLA 4W84A 3EDDA 5KZ6A 1QVBA 2E9LA 1UD3A 3W24A 2QPSA 3RCNA 2ZX5A 3DHUA 3VIHA 1W9UA 2J7EA 4YPJA 3CHEA 2BV9A 2BNJA 1EDTA 3KE0A 3AMDA 1OIMA 2VCCA 4TVUA 1O6IA 1GQIA 2E8YA 2WK2A 4P7LA 1QNSA 5CQ1A 1KR0A 4LYRA 1XSIA 4OBRA 1W2PA 1CECA 2G3IA 1B30A 1ZBKA 2YBTA 4PMQA 3WL1A 1E6NA 1UZ1A 1GOWA 2GUYA 1QHZA 2UY3A 3GXFA 5C70A 2V3FA 2XVGA 1E6QM 1E43A 3ZM8A 3W82A 5FIPA 1I75A 3MANA 3MUZ1 2WMKA 2E3ZA 5A8NA 1MFUA 3LPFA 1SFSA 1BF2A 1K9TA 3U7VA 1GCYA 1UH2A 5HNNA 1CGXA 3W29A 4RL3A 2O9PA 3I3EA 3WQ8A 7A3HA 2BXZA 3WD2A 4OBSA 3II1A 1RP8A 4PTWA 1CXLA 5A2CA 1ODUA 2WM0A 1HKMA 5E6YA 2F8QA 3E1F1 3L4WA 3GH5A 4PMRA 1ZBVA 1JAEA 1GOOA 2VRJA 3EDKA 3OLGA 4D6IA 4X0VA 1U30A 5HBFA 1KGXA 3SCSA 2EO7A 1MW1A 4CU7A 3AHYA 4HMDA 3WMCA 1VF8A 3AJ7A 4YHGA 4JL1A 5HPOA 3CZJA 4UCFA 1KBKA 2V3EA 4ZXOA 1OBAA 1B9ZA 3WY1A 3IAQA 1V0MA 2YL9A 1BSIA 1CGYA 4KWUA 3GM8A 4HZ6A 1HXJA 4HZ7A 4RE2A 3CZEA 1GUVA 1UWUA 4UOJA 4EAMA 1CGWA 3RM4A 3WNMA 1E15A 2BY0A 1XH0A 3FW6A 5I79A 4BQ3A 1QI2A 3K8MA 1PZ3A 1WKYA 4CN1A 5A95A 2WLZA 5D8WA 3ZR5A 1HJWA 3WQVA 3S6TA 1VFMA 4F66A 1CXHA 2CHNA 1GW1A 2ZIDA 3WF1A 4ML4A 3WFZA 2OWCA 4XB3A 2VOTA 4HA3A 2WWCA 5DF0A 2HISA 3OA5A 5F7UA 5ABEA 3GXMA 1WPCA 2VCBA 3TP4A 2EPNA 2PC8A 1BYAA 3WH8A 1FP8A 2W63A 1MW3A 1QW9A 1HP4A 2PWGA 2Z1SA 4W86A 1W3LA 3SCWA 1E9LA 3PTQA 1JYNA 1EA9C 1J0YA 3AFBA 4TVDA 2YDRA 3QGVA 1LL4A 2W91A 2WYSA 3THDA 3W4RA 5CLTA 4W5ZA 1B1YA 3AQUA 3VD4A 1FFQA 2BY1A 1JXKA 2VZVA 3G6MA 3GBDA 4J3SA 1HL9A 1FHLA 2A3CA 3AHTA 3EMZA 3VGBA 3VUPA 1R7OA 1QHPA 3GXDA 2ZUVA 2C8NA 2WVVA 5A6MA 4GZJA 3SUVA 2WVUA 1H1NA 1R86A 4CKQA 1MWOA 5A6KA 1MW0A 4D1JA 4AD0A 1VFUA 1UD5A 2X0HA 2XFYA 1HN1A 4TOQA 1BHGA 1B3WA 1E6PA 2OSYA 4JL2A 3VOCA 4B9ZA 1JZ2A 3MSGA 5A69A 1W1VA 3N18A 3TTQA 3MV11 4AZIA 3WDHA 1FH9A 2Y4SA 1V6VA 2YBUA 1J0HA 4FLQA 4HZ8A 3UR8A 4HA4A 1G01A 1M53A 3AZRA 4OUEA 2PBGA 3WL0A 1KGUA 3NJ3A 3VIFA 4CU6A 3PN8A 2XM2A 5IHRA 2VUYA 2CNCA 3T2OA 4JZ5A 3BAXA 2E40A 1EIBA 2GK1B 3VKKA 2V38A 4AC1X 3W27A 7CGTA 5KEZA 4D71A 4PMUA 3MMDA 3DECA 3T08A 4CN6A 3L4UA 4HPHA 5AC5A 3U7BA 4P8UA 1GOKA 4UQCA 2V5DA 1BYCA 2PWHA 4H8UA 4UQAA 2WKLA 2G3NA 3S2CA 4UQBA 5CG0A 5DMYA 1E4LA 1D2KA 3CH9A 1JL8A 1V3JA 2YOCA 2XSBA 2UY2A 1L0PA 2FDMA 3D3AA 3ARZA 3AMCA 1UKPA 1CNVA 1BGAA 3CHCA 1IZJA 3MUIA 3ZO9A 2VO5A 1UWTA 1UA3A 1NP0A 2XJ7A 2WBGA 3L4XA 5A6BA 4JFTA 3SCTA 1J0ZA 2Z1KA 4QCEA 4HMEA 4W93A 4LYQA 1HKJA 2O9RA 2Q8XA 1GORA 3CHFA 1XRVA 1K9FA 3M46A 3ZT7A 5FL0A 1CPUA 1E55A 2VZOA 2WMIB 4XZBA 4U2ZA 1SYTA 1V0KA 4XX6A 5IFTA 5DT5A 2EPLX 2ZWZA 1PIFA 2YA0A 4OOUA 2VNCA 3AIUA 1JFXA 3N1AA 1QI3A 2OYKA 4ZENA 3CUFA 2J7FA 4WSJA 2FHCA 4BQ5A 3WENA 2Y8KA 1R8LA 1DP0A 1UD4A 1H0IA 3WF4A 1ZBCA 1E4NA 1NOWA 4DM1A 2WC3A 4D1IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HVQA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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