1I1X | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	302
structure length	302
Chain Sequence	EAAQSVDQLIKARGKVYFGVATDQNRLTTGKNAAIIQANFGQVTPENSMKWDATEPSQGNFNFAGADYLVNWAQQNGKLIRGHTLVWHSQLPSWVSSITDKNTLTNVMKNHITTLMTRYKGKIRAWDVVNEAFNEDGSLRQTVFLNVIGEDYIPIAFQTARAADPNAKLYINDYNLDSASYPKTQAIVNRVKKWRAAGVPIDGIGSQTHLSAGQGASVLQALPLLASAGTPEVAITELDVAGASSTDYVNVVNACLNVSSCVGITVWGVADPDSWRASTTPLLFDGNFNPKPAYNAIVQNLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Thermostable xylanase from Thermoascus aurantiacus at ultrahigh resolution (0.89 A) at 100 K and atomic resolution (1.11 A) at 293 K refined anisotropically to small-molecule accuracy. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE
molecule tags	Hydrolase
total genus	120
structure length	302
sequence length	302
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2001-02-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1i1xA00

3HJEA 2EQDA 2RGMA 1C91A 3WEZA 1LL6A 3KZSA 3WDHA 2BV9A 4FMVA 1WB0A 1W32A 2WM0A 3VIOA 2WCAA 5I78A 7TAAA 1U30A 3BLPX 1C93A 5A2BA 1FOBA 4UQDA 1VBUA 4DM2A 2J79A 3SIMA 1EOKA 1ITXA 1V6UA 3SUTA 3MV01 3SCTA 1JIBA 2XPKA 4GI8A 2ZX6A 3WD0A 4AC1X 2NT1A 2CBIA 4PCTA 3L4UA 3T2OA 3MSGA 1V3LA 2DH3A 1ZB5A 2J47A 1B3XA 1RH9A 3CHFA 1B3YA 4WKHA 2VT0A 1H2JA 1J9YA 3NDZA 5A3HA 4WF7A 5IXEA 1ZJAA 3LPPA 1CWYA 5I24A 2WPGA 4DUXA 1V3HA 1VBRA 1FHDA 1W9UA 1PX3A 2BHZA 3ZJ7A 3PZMA 1QI2A 2AAAA 3CUFA 4B15A 4HZ6A 7CGTA 3T2QA 1E55A 2YDSA 4E8DA 2DT1A 1KR0A 5FL0A 4W87A 5A6KA 1KXTA 2DT2A 3KEHA 4JCLA 5I6SA 4CD8A 2G41A 1OGGA 1QI5A 2VURA 1R85A 3VIIA 4AIUA 4J3XA 6CGTA 5EFDA 1VFOA 2WMIB 4UTFA 4J3UA 1EO7A 4N42A 3MMDA 3O2LA 4EAMA 3WBEA 1C92A 1NWRA 2RGLA 5CZKA 3VUPA 4AYSA 3NSMA 3BAIA 1UH4A 1Q4NX 3N9KA 5BYWA 4JAWA 4U3AA 1GORA 2ZWZA 4AY1A 1YQ2A 5D9NA 4B3LA 4CCEA 5BWFA 4HU8A 1MWOA 4BQ2A 3AHTA 4UOJA 3W82A 3JUGA 3NSNA 2XSBA 2UY2A 4GI6A 2VQTA 3ZOAA 2FHCA 2WHKA 1NOWA 4TVUA 3MUAA 4S3KA 3SCPA 1JDCA 3MS8A 5GNXA 1I1XA 1BSIA 3FHAA 4W93A 2VTFA 3AQUA 3EBVA 3GYCA 3WF3A 1Q6EA 3OLDA 3AXIA 3CZLA 1M53A 5LA2A 3GXDA 3W6LA 1UQZA 1ISZA 1UA3A 1PX8A 2OYKA 1JYNA 3VD4A 1OBAA 4P7NA 1WDQA 3ARSA 4UFIA 1GOWA 4PUEA 4GQQA 4AIEA 1UZ4A 2XM1A 3AXXA 4CGTA 3D3AA 3I3DA 3W4RA 4QLJA 2PWDA 2VCCA 4XUYA 4GZIA 1BF2A 3FNDA 3MANA 3A3HA 2CBJA 5BXTA 4HZ8A 4M24A 3ZR6A 3T09A 4ATLA 1J10A 2EPOA 1J18A 1PZ3A 3WQ4A 3WIJA 2O9OA 2Y8VA 1EDQA 4UFKA 1KQYA 3O9NA 1DP0A 1EQPA 3VX1A 5CLWA 1C90A 2O9RA 4X0VA 2PWHA 1QVBA 3VGBA 4DWSA 5CJ5A 5FL1A 2TAAA 2GDVA 3EMQA 1TR1A 4KRTA 3GM8A 1UKTA 3QOKA 1GQLA 3AROA 1GQJA 3PZIA 1FFQA 1B2YA 2PBOA 2YIHA 2J77A 5M5DA 2GFTA 5IDIA 2QV4A 3CUHA 3PZNA 1E70M 2GUYA 2F8QA 1L0PA 3CHDA 4FK9A 1KWKA 1PX4A 3OZOA 1L8NA 1W1YA 3N13A 3WFLA 3AXHA 4R27A 4A3HA 1LF1A 1GJWA 1BAGA 5E6ZA 3AIBA 3POHA 2BHUA 1GQIA 1KB3A 2VVSA 3AS3A 4TVCA 1BG9A 3FN9A 3CBWA 3K1DA 1MVYA 1Q6CA 3PTKA 3DHPA 1XYZA 3B9EA 1OIMA 4TUFA 2JF7A 1XH2A 3VGGA 4PTXA 1Q6DA 3DECA 4JFSA 2XIIA 3GXMA 1CECA 1EGZA 1UG6A 3WH9A 3WL1A 1CEOA 2FGLA 4D6JA 4H8VA 1M01A 3N12A 3DC0A 3TTOA 2VX6A 4J28A 4Z2LA 1QNRA 2CXGA 3WD3A 1WKYA 4H7VA 2VCBA 1W9PA 4CU8A 1VEPA 1ESWA 1ODZA 1K9TA 5EFFA 3VO0A 3VIMA 3VGEA 2ZICA 4UQEA 5HDRA 3PZ9A 1JD9A 4AMCA 2A3EA 1GHRA 1TUXA 3WH6A 5C8BB 5E0FA 3VPLA 3UG5A 1J12A 1XCXA 1KGWA 3UESA 4AISA 1D7FA 2Z1SA 4P8XA 3WD4A 2VMFA 5A6BA 3PBGA 4J7RA 1P6WA 4BQ5A 2ZXDA 3TOPA 4MAVA 4D71A 3GNRA 3VD7A 3IJ9A 5TD4A 4AZIA 1J0JA 2J78A 5A6AA 1DEDA 1JZ4A 1MFVA 5A8OA 2WK2A 3KL5A 3MMUA 3AIEA 2WLZA 3VGHA 3T0AA 5CPQA 4NF7A 4WLCA 4XZBA 4F66A 3AMGA 2XFYA 2ZUWA 3TP4A 4GXPA 1M04A 3W53A 2VRKA 4JL1A 3OLIA 4M1RA 2QMKA 2W91A 4N0RA 1VJSA 3EDFA 1CIUA 1S46A 1G5AA 4HOWA 1E9LA 1R87A 5A69A 1BHGA 4U2ZA 1KWGA 3EMZA 2CITA 2EPKX 2YA0A 4H41A 5BROA 1JXKA 2BVTA 1PBGA 2ZUVA 4PMYA 6TAAA 5EBAA 1UKSA 4M80A 1CLVA 1SFSA 1U2YA 5FIPA 3DYOA 5JIWA 3T2PA 4H8HA 3L4XA 2WC4A 3SURA 3CMJA 1MQQA 2Y2WA 4JCMA 4CCCA 1KR1A 5CLTA 2J7CA 3CZGA 4DUWA 4E4PA 5E6YA 1C8YA 1FFRA 2Y24A 3WDIA 4PUDA 3AMLA 1UD6A 3SUVA 1F4HA 4W7UA 3QHMA 2FHBA 1E6RA 1JAKA 1JNDA 1ZJBA 4OJYA 3CUJA 4LYQA 3VGDA 3CUGA 4F9DA 5I2UA 2WWCA 5JBFA 3U57A 4BS0A 5IHSA 1LWHA 2Y4SA 2BY1A 4HA3A 1VFMA 1UWRA 2XWEA 3ARPA 4MAZA 3K4DA 3CHEA 1W2VA 5D9MA 3U7BA 4IM4A 4TVDA 2BXZA 1H0GA 1FH9A 4PMRA 3WDRA 3IAQA 2W5FA 3VNYA 1VENA 2GJXA 5D8WA 3VNZA 4CU6A 4UZSA 1CXLA 2JF6A 2VJXA 3K8KA 5A2AA 3WFZA 1GVYA 2WCGA 4GI9A 4JFWA 1UD5A 5IFTA 4MNJA 2A3BA 1ECEA 1FHLA 1JNEA 1HIZA 1TG7A 3SCVA 1WNOA 3MKKA 3RJYA 3BAJA 3CTTA 1LL4A 2WSPA 4MB3A 1V3KA 4LXFA 2ZX9A 4JKLA 3WF0A 3QHNA 4D1IA 3ARVA 3WN6A 1RD6A 3II1A 3WDJA 1FP9A 2CBUA 2YDQA 5I23A 3AISA 5A6BD 1FH7A 4PSPA 4UQBA 4HP5A 4E2OA 1H0IA 5BXPA 3VD5A 4WSKA 2W62A 3L2LA 1GOMA 3U5YA 3ZMRA 3GBDA 1UWSA 1WDSA 1HP5A 1F4AA 1WZAA 2UY5A 1I1WA 1E1FA 1E4LA 3BAYA 1CLXA 2X0HA 1NWSA 2BXYA 3CLWA 4FLSA 1G9HA 3CH9A 4Z2GA 3AOFA 3EYPA 2G3IA 2ZX8A 3PTMA 4P7LA 4UOQA 2D0FA 4FLRA 4HA1A 3ZJKA 2WZEA 4U5KA 3LPFA 1B3VA 2DSVA 1CYGA 3WH7A 3B8SA 4M81A 3SCNA 3VKKA 3M07A 1QHZA 1JZ5A 2J25A 1CDGA 3AS2A 1V0KA 1O7AA 2VR5A 3A6OA 1OSEA 1HP4A 1DWJM 4OBSA 2PI6A 3PZOA 1E1EA 3W37A 4PTVA 4MDPA 2YBTA 4W8BA 4CUCA 2ZXQA 1CGXA 3K8LA 3A4XA 5F7UA 2J74A 4KMQA 4ACYA 3VM7A 4EE9A 4OBRA 5KZ6A 1LG2A 1H41A 4Q7NA 4W88A 1KCKA 3IAPA 3BMWA 4YHEA 1TCMA 4MJ4A 2OYLA 4PYSA 5AY7A 2G3JA 3NUKA 1MXGA 2YBUA 3QGVA 4GO8A 4JHOA 1CGYA 3FW6A 3ZJ8A 1OGBA 3W24A 4PN2A 4OKDA 3SCSA 1UD2A 4W84A 4GINA 4ACZB 3WNKA 3BAWA 1A47A 3A47A 3MSDA 2DIJA 2X2YA 4Y7EA 4C7FA 1JZ3A 3WMCA 2D3NA 3UETA 1JDDA 3ARZA 4PMQA 2JIEA 5BRQA 5ABFB 5EMYA 4F79A 1XD0A 4QP0A 4CD4A 2WMHA 1MFUA 1OM0A 1B3ZA 2WANA 2WZHA 5A6SA 4HOZA 1BYAA 1NP2A 1GNXA 1NH6A 1KBBA 3RPMA 2Y5EA 3RIKA 4M8UA 4V28A 1W3HA 3ZO9A 3VM5A 3WEOA 1K6AA 3TTQA 4PMXA 2PWEA 1OWQA 3ZR5A 4D1JA 1QI3A 2EPLX 1EQCA 4PMNA 2J8GA 3BXWA 1SYTA 1WP6A 2CIPA 1V02A 3U5UA 3UCQA 4BZYA 3MU7A 5BRPA 1JZ7A 3AHVA 4IISA 1E6ZA 3WUFA 1JI1A 4AD4A 3WDQA 5I3DA 2WKGA 5ABEA 2YLAA 2NW0A 4F9JA 3AIWA 2CBVA 5AC4A 1JZ8A 1E72M 1W3JA 2ZUNA 1TZ7A 1TFVA 3CHCA 4WJXA 5DMYA 4XB3A 1W9VA 3F5JA 1BLIA 4KRUA 4LYPA 3AZTA 1E43A 2ZX5A 2WHMA 5E09A 2BS9A 3MO4A 2E9LA 1Z32X 1J0KA 2WVVA 1EH9A 4H8UA 4GQRA 2VCAA 1V08A 3PN8A 2J4GA 3ARWA 1Q6GA 4WKFA 1LL7A 5BCAA 5FOOA 1E56A 1JYWA 2E4TA 4QLKA 4GZEA 3WMBA 1IZKA 1VFUA 2O92A 2CETA 2WHLA 3AFBA 3L2MA 1HJSA 3W38A 1J0ZA 2XVKA 2WB5A 4MDOA 5A1AA 1JF6A 1JL8A 3K8MA 1DWAM 3WF1A 1G94A 1WZLA 2WVTA 4D6DA 3CZKA 4ZE4A 2X0YA 3ECQA 3W29A 2HISA 5FCZA 1DHKA 2IXUA 3FAXA 3WD2A 1GJUA 1DWHM 4U3CA 5AYBA 1M03A 2GVYA 2F61A 2XVPA 1UR9A 2D0GA 2OWXA 3EDKA 3SCUA 4UFHA 3VDAA 2C8NA 1VAHA 4CN6A 4ATWA 5FD0A 1NM9A 1V0NA 3ARTA 3BSHA 1UOKA 1BTCA 3L4TA 1EA9C 1QNQA 2XHYA 1C3FA 3M7SA 1HKIA 3BCDA 4TTGA 1US2A 3VIJA 1QW9A 1V0MA 2J7HA 1JZ2A 3FY1A 1JDAA 2XVGA 1HNYA 3AMDA 2WAGA 1AMYA 1BG4A 2E8ZA 2VX7A 3LPOA 1QOXA 1PIGA 4HOXA 4Z2KA 1OINA 2J75A 4B16A 2O9PA 2XYLA 3TONA 2D23A 1WZKA 1H3GA 5EB8A 3BSGA 4PTWA 3VMPA 1FA2A 1MQRA 3SUWA 1R86A 3VDHA 3ZM8A 4Q22A 3CZ8A 5M3WA 2FDMA 3THCA 4PCSA 2DH2A 1KQZA 1RPKA 1EHAA 1G1YA 2EXOA 1VEMA 2W67A 1VF8A 3TTYA 4TOQA 3L4VA 2ZUSA 3ZQ9A 3ALFA 2BNJA 2W4XA 3W6MA 1UH2A 1WAWA 4UQAA 4JKMA 3OLGA 4P8UA 1BGGA 4AZGA 1KXHA 1H4PA 1VEOA 4QCFA 1E6NA 5D4YA 1E6SM 4PEEA 2QF8A 2G4FA 4HU0A 3AZSA 3U7VA 1GCYA 2CNCA 4P7OA 2E8YA 2E0PA 4DWSB 3VDCA 4B9YA 2WMJA 4BQ4A 1CZ1A 5M03A 3ZJ6A 1D3CA 1C8QA 1E73M 3RCNA 2VRQA 1C8XA 1KGUA 4KWUA 4OOZA 2VUYA 5A6MA 1QI0A 8CGTA 1EO5A 3APGA 3WQ6A 1XSKA 3VOCA 2DSWA 2YL8A 1XV8A 1E0VA 4QDMA 3WD1A 2D22A 3WQVA 2X8RA 3VTRA 3W25A 1HL9A 1CXFA 1LWJA 3FXYA 2C0HA 4AZCB 1JAEA 5LA0A 1J0YA 2O9TA 3MUY1 2XUCA 1H11A 5D8ZA 1WE5A 3PTQA 2G8ZA 3HN3A 3WDPP 3GH4A 1BVNP 5FKYA 1E6QM 4AIOA 5ABGA 4YN5A 3RILA 1UR1A 1E6XM 4IUGA 4AD5A 1TE1A 1EDTA 4CD6A 3NCOA 4HPGA 1UH3A 4W7VA 4GKLA 4BA0A 1W3LA 1XGZA 2NSXA 3WQ8A 5IHRA 4H2CA 2X09A 3OGVA 1Q6FA 3AYRA 3I3EA 1WPCA 1O6IA 4UNIA 1JFXA 1U33A 3WF4A 5D9PA 5A2CA 2YDRA 1R8LA 1QW8A 4JFUA 4FLOA 2WMKA 1UA7A 2ZUUA 4P7RA 1V6WA 1VB9A 1HKMA 2W66A 3WENA 2CKRA 4P7QA 3RDKA 1XD1A 1Y7VA 2WC7A 4ZFMA 5I77A 4A4AA 2PC8A 3IK2A 2UY3A 3WF2A 4UFMA 4CVUA 4HMCA 1BQCA 1XYFA 2PF0A 2AMGA 3M46A 3RO8A 2WC3A 1ZU8A 1UR2A 2ZXBA 1QNPA 4H04A 3PZVA 1BYBA 1BYDA 2F2HA 5DF0A 4AW7A 2ZUTA 3VD9A 5GPRA 1E5JA 1V3IA 3WQ5A 1DWFM 2FH6A 1I75A 2VZOA 2W92A 4NRRA 4ZXOA 4QLLA 3AIRA 3ARYA 1J0IA 2YL9A 3WL0A 3HMCA 2W61A 3SUSA 3PZUA 1PJ9A 4MB4A 2IXVA 4ZENA 3VILA 1CXEA 5HBFA 3WNPA 1V03A 1K9EA 1QPKA 3VDBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2DT3 A;  1OIF A;  1WCG A;  1ZBV A;  4URI A;  2DQX A;  2VZT A;  1KFW A;  2YOC A;  1XHG A;  1HX0 A;  1OD8 A;  1CGU A;  1E4M M;  3DHU A;  3KE0 A;  1NQ6 A;  4KH2 A;  3VMO A;  1KBK A;  4P8V A;  1W2P A;  2YA1 A;  4V27 A;  4W86 A;  2BVD A;  1OB0 A;  1IT0 A;  3A4W A;  4K68 A;  1UD8 A;  2DGA A;  2VZS A;  8A3H A;  1PIF A;  3W0K A;  2YKK A;  1H09 A;  3AIU A;  3N1A A;  3DYM A;  4D6I A;  2ZUM A;  2UY4 A;  1UR0 A;  2V3F A;  1HVX A;  3GDB A;  2XFR A;  5A95 A;  4W89 A;  1H49 A;  2DEP A;  2V5C A;  4AZ7 A;  3LMY A;  1UD3 A;  2A3A A;  2EO7 A;  1IZJ A;  4YHG A;  2ZE0 A;  3AIV A;  2WLY A;  1TVP A;  2WKL A;  3CZE A;  1UKP A;  1OD0 A;  3CGT A;  2VR4 A;  3AYS A;  1B30 A;  4U31 A;  1HJV A;  1EIB A;  1E6P A;  4TTU A;  2XJ7 A;  1UD4 A;  4EK7 A;  2HVM A;  5I79 A;  1QNS A;  2Z1K A;  5A8M A;  2WBK A;  5C70 A;  4OUE A;  2OWW A;  3TTS A;  1B31 A;  7A3H A;  4MNK A;  5LYR A;  2WHJ A;  3VIH A;  4ZE5 A;  1G0C A;  4Z2H A;  2YJQ A;  1JYV A;  1VRX A;  1ZBK A;  1JG9 A;  2J7D A;  1PEZ A;  3N18 A;  4TX6 A;  1LLO A;  3IJ7 A;  2CPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CZK A;  4AYS A;  5FAJ A;  3LCW A;  3T9P A;  2Z6J A;  1Q4N X;  4QTG A;  5H2Z A;  5BYW A;  3V75 A;  1TPD A;  4H9V A;  3H7V A;  4JAW A;  2ZWZ A;  1WYI A;  1M7O A;  4B3L A;  3BZJ A;  1FVP A;  4AY7 A;  4LCR A;  4S3F A;  4B4H A;  3ZOA A;  2FHC A;  2AQO A;  4H00 A;  3SI9 A;  3OTR A;  3FGC B;  3DH7 A;  3LBC A;  4BWL A;  3TZN A;  4BI7 A;  2OJP A;  2P76 A;  4NG3 A;  2Y70 A;  4MMW A;  5LNW A;  3FHA A;  4GVH A;  4DVO A;  4ADU A;  3EBV A;  5GJM A;  3WF3 A;  4ZMG A;  4NJG A;  4O54 A;  3AXI A;  1SO3 A;  1R3Y A;  1JCL A;  3W6L A;  4NNC A;  5LIW X;  1JYN A;  2E6F A;  3TLL A;  1P7T A;  4IL2 A;  3FYO A;  5LXX A;  1OBA A;  4UFI A;  1GOW A;  2YB4 A;  1G4P A;  1VR6 A;  4RV3 A;  5LHF A;  1UZ4 A;  2XM1 A;  3C2F A;  2OQL A;  3EZ4 A;  4CGT A;  5SWU A;  5C9R A;  3KUM A;  3SJN A;  4GCX A;  3W7E A;  1DIK A;  4HK6 A;  1VIZ A;  3BGG A;  2ACU A;  3OU8 A;  4GGH A;  3AUO A;  3FND A;  3KOF A;  3MAN A;  4ERA A;  3UWV A;  3A3H A;  3BW4 A;  1QPR A;  1J10 A;  4LF2 A;  2O7Q A;  3WQ4 A;  2O9O A;  4MKN A;  3O9N A;  4JQ4 A;  3V5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1I1XA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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