1I2O | Genus

Total Genus 138

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	138
sequence length	316
structure length	316
Chain Sequence	TDKLTSLRQYTTVVADTGDIAAMKLYQPQDATTNPSLILNAAQIPEYRKLIDDAVAWAKQQSNDRAQQIVDATDKLAVNIGLEILKLVPGRISTAVDARLSYDTEASIAKAKRLIKLYNDAGISNDRILIKLASTWQGIRAAEQLEKEGINCNLTLLFSFAQARACAEAGVFLISPFVGRILDWYKANTDKKEYAPAEDPGVVSVSEIYQYYKEHGYETVVMGASFRNIGEILELAGCDRLTIAPALLKELAESEGAIERKLSYTGEVKARPARITESEFLWQHNQDPMAVDKLAEGIRKFAIDQEKLEKMIGDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__005199264076779__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__005199264076779__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1I2O/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__005199264076779__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"005199264076779","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1I2O/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__005199264076779__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb5f38f0ea4c833a7854d9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb5f38f0ea4c833a7854d9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb5f38f0ea4c833a7854d9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb5f38f0ea4c833a7854d9/pdb.gz): 500 ms

reading 316 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

316 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:315});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli
publication title	Identification of catalytically important residues in the active site of Escherichia coli transaldolase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRANSALDOLASE B
total genus	138
structure length	316
sequence length	316
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2001-02-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1i2oA00

3EWZA 5GVJA 1T99A 1KM2A 3QQ1A 3PY2A 3ZFHA 4GRSA 3CIWA 4QNWA 1VS1A 3N14A 4CNNA 4CQ8A 3O15A 3MI3A 2R14A 3HOJA 1MXSA 2V30A 5HULA 2DP3A 3IIPA 4FX8A 4TIMA 4YL2A 1H7XA 4NX0A 3MBFA 5TQLA 1V7YA 2V5LA 5K9CA 3C2VA 5AOUA 4N02A 2WSRA 2WSQA 3M6YA 2NXIA 1YTKA 1EEPA 2ZRZA 1JCJA 5HR6A 2DJLA 2YR1A 3UY8A 3KAOA 1SUXA 1TRDA 3LI1A 1QFEA 1P0NA 3NL3A 4MJMA 3BV4A 1N8FA 2VFGA 1TPUA 3GKFA 4Z0SA 3PF3A 1W5NA 2Y88A 3LXBA 4I7WA 1P5BA 1TPH1 4FNRA 1FCBA 1X8FA 3DI0A 3VFLA 1D3HA 5HNRA 4LNYA 3LCXA 2DZUA 2VEPA 2CZ5A 1TYGA 5AYXA 4LW7A 1SPQA 1T8XA 3EEGA 4MYXA 4ORIA 3W9ZA 5CZ0A 4EWND 1EA0A 3G1AA 1T0OA 2ZRVA 2B7PA 3PM6A 2NV1A 3B0VC 2GPTA 1QMLA 3DKJA 3QW3A 1XUUA 2YXGA 5BW6A 5KTLA 1PV8A 4QJ1A 3GDMA 1EB3A 3DXIA 4X2RA 5DLCA 5LNWA 4NZJA 1KM0A 3HGRA 3GNDA 3MP5A 1ZJIA 3ABRA 4JTUA 3C2FA 1YXYA 1HO4A 1X1ZA 4HIBA 4NUWA 4GFSA 3NQ7A 2JGQA 5CPMA 3R89A 1THFD 1XM3A 3LHWA 4MKNA 3KVMA 4JX4A 4JTIA 4YWIA 1XI3A 5AC8A 3LRMA 3USBA 4LS2A 1LDCA 1VH7A 4LUIA 4K38A 2V9DA 2E5BA 1XUZA 2RFGA 3O06A 2R91A 2R94A 4XQ6A 4K39A 1KM5A 4Y90A 4JTJA 1XDLA 2VC6A 1A5SA 3PB2A 1NFBA 1JUBA 3MWAA 1SQ7A 4ZQRA 3VE9A 3B8DA 1QO5A 3H54A 5HWNA 1FWWA 4HNNA 3HPXA 1TRIA 1PIIA 1W3NA 3G1FA 4H3DA 3CC1A 4A3UA 5KZDA 6TIMA 4PCFA 3TFCA 3SECA 4QISA 4O4VA 5AYZA 4LC8A 2YYUA 3BGJA 4WQ6A 4IGHA 4YLWA 1G4TA 4WXYA 3FIGA 2DZVA 3HMJG 3HGOA 1H61A 3PBVA 4GUHA 3GDKA 3LOTA 1KFBA 4MY9A 3N34A 4LS1A 2ALDA 3CEPA 3LCFA 3FA5A 1WV2A 3F4NA 4ZQMA 2NX3A 3NQGA 3CPRA 3P61A 3TR2A 5D02A 2EKCA 1OVDA 3O05A 1G4SA 1W1ZA 1QCWA 3L0NA 3TXZA 2A21A 4ZVJA 1VC4A 4WZHA 1VPXA 4GJ1A 3EWYA 1JUKA 3BVJA 1GOXA 1SO5A 3OIXA 3UY7A 2Y6ZA 4O1CA 5EKYA 2NXHA 1H1YA 3LHUA 3MBDA 3PS7A 2FPVA 2Z1BA 4O10A 2NZLA 5FF7A 1YTEA 3WJXA 3HB9A 3Q58A 4DF0A 3UZJA 3M1ZA 1W31A 5D33A 3MI2A 4UFHA 3O6YX 4DELA 3BW4A 3U6WA 1FDJA 1IXNA 1ZY9A 4RK8A 3WJZA 5I3IA 5D2XA 2J88A 1FCUA 1P0KA 4LVBA 1OYCA 2ATMA 3TROA 1JVNA 2C0AA 3VCRA 3NO5A 4DBDA 3I6RA 3M5VA 3DFNA 2X1TA 3W73A 1OK4A 1LP6A 2QEZA 2X1SA 1RQHA 3A5VA 1I4NA 5FEXA 1F6PA 1SSDA 1MZHA 4HN4A 3CQ0A 4CQ9A 1UASA 3W75A 1QO2A 2CWNA 2VFHA 1IXOA 2FFCA 1YDNA 3PG9A 4MVAA 4X3ZA 3LCIA 3PWAA 1JUEA 3P74A 1W5QA 3W1RA 2ZA2A 2JGYA 3GK0A 3PR2A 4M6VA 4K8HA 1AL8A 4O19A 4JX6A 4IXXA 3R8RA 1IF2A 4Q32A 5AHIA 2YDAA 3QZEA 3IVUA 4AVFA 1IXPA 3G8EA 2Q8ZA 1I2PA 3LCHA 4UNLA 2A7NA 3C52A 3PBYA 3I7SA 3B0PA 4GXMA 1L6WA 2YYTA 1LORA 1S5WA 3C3NA 3P82A 4TU1A 4EOUA 3N9RA 1W54A 3MW7A 1RR2A 1EX5A 4C1LA 3G0UA 3VI2A 3NQMA 1PL9A 4U28A 5K2ZA 3G1HA 3MO7A 4BWLA 1TPVA 3CWOX 3UWYA 4L4MA 3NZRA 3PULA 3EXTA 1U83A 4I7UA 3CEUA 1VHNA 4WOQA 2CLFA 1DORA 1EP2A 4O17A 1W56A 3UXDA 2WNQA 3NZ1A 5LNVA 5D32A 3MHFA 3P60A 2Y61A 4IMDA 2RDWA 3ZR4A 3NXFA 3PSWA 1OHLA 3NPUA 2OT1A 1X7FA 1H62A 3N19B 2FQIA 2X30A 2J9ZA 1H7PA 1JCXA 1TV7A 5LSMA 1JR1A 3QPZA 3TC6A 5BRBA 1BWKA 4MLRA 1WBHA 4ONVA 1JQXA 5T26A 3TK7A 4S1FA 4LT9A 2QF7A 2R8WA 3M44A 4UMAA 1K7XA 3B03A 5F2MA 2QCCA 4IJBA 3W88A 3NQDA 4Z1DA 5EY5A 1I2RA 5EYWA 5TIMA 2BSLA 5HR7A 1JRCA 1HL2A 2H3BA 5D2VA 2WKJA 2I9EA 3NYZA 1FCQA 3QMSA 5BMXA 3GYEA 4JTHA 4Q33A 2HS6A 4CLMA 5D30A 1EWDA 3W7JA 1SW7A 4JTSA 1UUMA 2X1UA 3TMLA 1TJRA 2QCEA 3ABOA 1OYBA 1ZHAA 4LWWA 3TQ0A 4UTMA 1KA9F 4ML9A 4A2RA 2J6XA 4MOZA 5K7JA 4MJZA 3LHTA 1PCKA 3W1QA 1XDMA 1TQJA 3L0KA 4R33A 2QJGA 1TPC1 2QUVA 2KZHA 2PC4A 2VFIA 4UTKA 3W6YA 2FPTA 4GBUA 1QPQA 1Y0EA 4M7TA 2EAWA 5IBXA 1TJPA 1OK6A 4XKYA 2D73A 1VZWA 3R13A 2ZDRA 2J24A 2GVJA 1OX4A 1RZMA 2LLEA 4NZFA 3HGSA 3FEMA 4FNPA 2CLKA 1H5YA 3KVLA 2ZA3A 3OA3A 4BR1A 2A6LA 5K4XA 3TC7A 3AO0A 4XUGA 3KX6A 1LYXA 3OVPA 3DZ1A 5BNKA 1R47A 2QKFA 4RR4A 4I7VA 1LOQA 3W7IA 2A1YA 2Q3RA 2G97A 3UWVA 5CZTA 2DZWA 2GQ8A 3B04A 2GJLA 4HSNA 3GAKA 1K7FA 4RZ4A 1G4PA 4PA8A 2QCLA 3O63A 4QITA 3LLDA 1TPB1 2OMAA 1TPFA 1GVQA 2Y63A 4MFDA 3M0ZA 1RV8A 4IQLA 3E02A 5K4ZA 1ZAJA 3R5EA 4GUFA 5FF2A 4XTDA 2H8XA 1YLVA 3HG4A 1QPNA 2OJPA 5AHFA 3B06A 4AWUA 3ATYA 3PB0A 5F4WA 5D37A 1F76A 4ZQCA 4JTKA 2FIQA 1JCMP 3TNOA 3LERA 2J27A 4DO5A 4RXGA 1NEYA 1XBVA 2QCHA 3BLEA 1DOSA 3KRZA 1K8XA 4WX2A 4UTTC 4H6KA 2TMDA 3HQ1A 1R2RA 1BEUA 1ZENA 2CLOA 4ICNA 4DQWA 4OE7A 3BLFA 4LRTA 4BI5A 5U4NA 1VHCA 3IRDA 2B7QA 3LM7A 4GUJA 3CWNA 3HG5A 1KTNA 2WSYA 2ZTKA 1M7PA 4GUGA 3W83A 1VLIA 3DH7A 1O5XA 4P2VA 1GT8A 3T55A 1W5OA 1OF6A 2VXNA 4LV4A 5A5WA 3SGUA 1DQWA 4N6EA 1PS9A 3UPWA 3NQAA 4FNTA 1AK5A 2E1DA 4NJKA 3QEZA 3TW6A 3LLFA 4Z08A 1RPXA 1Z42A 4NT0A 4IMCA 3NEVA 2VOMA 2JKAA 2EHHA 4K7VA 3EB2A 3M5XA 3W7RA 2VFEA 1B4EA 5D04C 3H55A 5E93A 1WX0A 4O4WA 1RQEA 1NF7A 5CZJA 1I45A 3WJYA 1ICQA 1B57A 1OF8A 1WOAA 3EWUA 3VNDA 5D2TA 1OX5A 3LV5A 4UFMA 4OGZA 2VELA 5DCDA 4QQ3A 4ZL1A 3L67A 3LBMA 3GIYA 4UTIA 2Y85A 5EA9A 2OCZA 1SO4A 1C9DA 1XBYA 4IOTA 4FHAA 4RX0A 5TBOA 4BI7A 2FPYA 4A21A 3G24A 3WFAA 1ADOA 3OVQA 4XZ9A 5HWJA 1RD5A 5DN1A 1S5VA 3N73A 2E5DA 5D09A 3TSMA 3W71A 5AB3A 1MSSA 2EGZA 4TMBA 5F2IA 2NX1A 3EX3A 4RKAA 1MEHA 1LBMA 1OFEA 1A5BA 3MHUA 5K3VA 4NU7A 3MP3A 1QAPA 1LBLA 4BK9A 2E6AA 4JIQA 4N4PA 3RK8A 1VRDA 5HMSA 4DO4A 1G4EA 3W1TA 4AH7A 3P84A 3ZWTA 3A24A 4P61A 2I14A 2QCDB 3LCLA 2XFWA 1C29A 5FF4A 5J5RA 2ZRYA 1EUNA 5D05A 4RV8A 4UUIA 3TKFA 1FWNA 3N2XA 2P1FA 2W6RA 5LGZA 2A4AA 3WJSA 1PE1A 2NXGA 1H50A 4WY0B 4NNBA 4R7JA 2JK2A 4UTUA 2WQPA 2B0MA 2WV8A 1B9BA 1F6KA 1TTIA 4AXKA 2V82A 2Y7GA 4YCOA 2V2CA 3W87A 4IPIA 4NNCA 4UFJA 1BTMA 3EX4A 4JYDA 1QPOA 4O1AA 3L68A 1H51A 2ZRWA 1SZGA 3IIZA 3BPWA 3L5MA 5F1VA 1K8ZA 1TTPA 3NM3A 5AC7A 3LGEA 4BI6A 1LM1A 2WPBA 5I3GA 5AHNA 4S2BA 2DZXA 3TAKA 1H7WA 3BG5A 1JCNA 5L9FA 3BW2A 5DELA 1F73A 3SI9A 3NQFA 4JS3A 1QR7A 3FJ6A 1TV5A 3C0JA 2DZPA 3KXQA 3W2LA 7TIMA 1TO3A 3W7GA 3MI6A 3TE9A 3NVTA 1W5MA 4Y96A 3GLCA 3NOEA 3MHGA 4JTTA 2ZYFA 3KFTA 2Y70A 4N4QA 3G18A 4JDYA 5H91A 1GZGA 4HNVA 3DENA 5C5YA 2FB2A 3E0IA 4LVFA 5LHFA 5A8GA 1QOPA 2BWGA 5SWUA 3GR7A 4LY8A 3V75A 4UFIA 3Q94A 1AG1O 1FUYA 4RXFA 2DZSA 3NG3A 1SZEA 5DCBA 3QMTA 4GUIA 1LOLA 1PHQA 3IGSA 1ALDA 2ISWA 2CLEA 1L9WA 4UFLA 4ADUA 4XBKA 2Y89A 4UIOA 4UTJA 2CZEA 3L66A 2E5CA 3EXRA 4M6QA 5CPOA 3UD6A 1NF0A 3W84A 5LNRA 3S5OA 3PSVA 3W74A 3T40A 5HQEA 2IQTA 3EKLA 4MFEA 1TTJA 2BX7A 2OZ0A 4UNKA 3M9YA 1MEWA 2B7OA 4RZ5A 2ABBA 2X16A 3RU6A 4CQAA 2DORA 3P67A 3U8GA 3G0XA 4RJEA 3IGUA 1OFOA 3W2MA 2ZZ6A 3FYOA 4JEQA 4AWSA 1WDWA 3Q37A 2V0TA 4NX5A 1RQBA 3DFQA 4UR8A 3YPIA 2GVGA 4AHPA 3IIVA 2A85A 6ALDA 3CLMA 1NSJA 3SJ3A 1FQ0A 3HPZA 4MUZA 3S5NA 1KTCA 1FCVA 2WO5A 1VCGA 3DHDA 1H60A 5F4XA 4PODA 4GC4A 4A22A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1I2OA

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