1I4N | Genus

Total Genus 87

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	87
sequence length	251
structure length	251
Chain Sequence	RRLWEIVEAKKKDILEIDGENLIVQRRNHRFLEVLSGKERVKIIAEFKKASPSAGDINADASLEDFIRMYDELADAISILTEKHYFKGDPAFVRAARNLTCRPILAKDFYIDTVQVKLASSVGADAILIIARILTAEQIKEIYEAAEELGMDSLVEVHSREDLEKVFSVIRPKIIGINTRDLDTFEIKKNVLWELLPLVPDDTVVVAESGIKDPRELKDLRGKVNAVLVGTSIMKAENPRRFLEEMRAWSE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__223162237047678__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__223162237047678__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1I4N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__223162237047678__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"223162237047678","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1I4N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__223162237047678__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb600ff0ea4c833a785511/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb600ff0ea4c833a785511/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb600ff0ea4c833a785511/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb600ff0ea4c833a785511/pdb.gz): 121 ms

reading 251 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

251 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:250});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
publication title	The crystal structure of indoleglycerol-phosphate synthase from Thermotoga maritima. Kinetic stabilization by salt bridges. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
total genus	87
structure length	251
sequence length	251
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2001-02-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00218	IGPS	Indole-3-glycerol phosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1i4nA00

4NX5A 1MZHA 3EX1A 5F1VA 5CGQA 1FUYA 1K3UA 2ISWA 3E9AA 2QCHA 3CWNA 1KM4A 3P84A 3FFSA 1BKSA 3R12A 2TRSA 3GX9A 4FXSA 1OFPA 1I2PA 3KVJA 3KAOA 3KVKA 4YXGA 1ONRA 3BPWA 5AHEA 1QPOA 2Z0IA 3FYOA 1VYPX 4ZQRA 2H3DA 4N9CA 3BARA 1WX0A 4FNUA 5E0KA 3C61A 1OFQA 3BGGA 4KWVA 4CQAA 4NJHA 1TPDA 3FKKA 4HSNA 3KVLA 4E38A 5CSRA 3HB9A 1SZGA 4LY8A 3VE7A 1K03A 4DBEA 5AB3A 3S5YA 4DPPA 3NPUA 5FESA 6TIMA 3MHUA 4YL2A 3WK3A 3W1QA 2ZRWA 1W37A 4WUIA 4CCDA 1XDLA 3NNTA 3NPVA 4WY0B 3W83A 1T96A 5F2MA 1KA9F 5KTLA 3P5YA 1UUOA 4IQLA 1TPEA 1VH7A 5F4SA 5DY2A 4OQVA 4IJBA 3QW4B 1K8YA 2NV1A 2ZRZA 4RCXA 1PE1A 1H60A 5LGZA 4POCA 2TSYA 1W1ZA 1G6CA 1PCWA 1H7RA 3W1RA 2QCGA 4LOCA 2B0MA 4MUZA 2ZQ0A 4RK8A 4DEFA 5L6UA 1VRDA 4PTNA 4ZQCA 3ATYA 5HUPA 3L67A 3G0SA 4TR9A 3EX2A 3PS7A 3V1PA 1W5PA 3NZRA 3NVTA 3PULA 1YXCA 4NU7A 5AC8A 3I68A 3W70A 1LBFA 1S5VA 3W1NA 1XUUA 4PL1A 4OT7A 5BMXA 1GT8A 3GXPA 2CZFA 2ZA2A 3M5YA 1GVSA 3FJ6A 3LTSA 3M5ZA 1PS9A 1YADA 3IVUA 1KFKA 1SW3A 2E68A 5KINA 2IQTA 2PRLA 2C18A 5EBUA 5J5DA 2ZA1A 3G0XA 3BG3A 3CIWA 4RXFA 3UXAA 3TMQA 3B8DA 5KZMA 2JKPA 3SR7A 4BR1A 1T99A 3ABRA 5D05A 3TSDA 3W9ZA 5D38A 5G4WA 1WOBA 3W2LA 2PRHA 1H1YA 1ICSA 2YW4A 4B5NA 3DI1A 2A6NA 1I2RA 1TPVA 1PIIA 1GWJA 1R47A 1V7YA 4AEOA 2QCLA 4BK9A 1W3IA 8TIMA 1J2WA 2NUXA 2CLHA 3O6DA 4IXHA 2CZ5A 3QF0A 4NJIA 3F4NA 1F05A 2JKAA 2DZXA 3Q58A 2QCDB 5C6MA 3O63A 1DOSA 2ZBTA 1O5XA 4AHQA 3FEMA 4HHPA 4UC5A 3IGXA 2W0UA 3P62A 4MYAA 5F1UA 1GTEA 2RDWA 2A6LA 5AC7A 3HJZA 4TIMA 4N6EA 5D2VA 1SO4A 5HR7A 3BVJA 3LBCA 4JY8A 5G2WA 2J88A 2X16A 3OA3A 4JD4A 1YXDA 3FYPA 2WO5A 2P1FA 5A8GA 5HINA 1TTQA 3GDRA 4G1KA 4ADSA 2A2IA 3TC6A 5DCEA 5CPMA 3UZJA 3HG3A 4IGHA 3R2GA 2CW6A 5C5YA 1OX4A 5D37A 1SW7A 1S5WA 3RF9A 4UNLA 4HKPA 1H51A 3L68A 4WOQA 5AHNA 5C54A 1IIHA 3VCRA 4JTHA 1TPFA 2A85A 4FXRA 4N9EA 1FBAA 3HQ1A 5IBXC 3QYQA 4PEKA 1G69A 1RQHA 5F4WA 1JCLA 4UCGA 1EA0A 3T7VA 1RPXA 2QF7A 4Y9AA 2YGYA 1K7EA 4MPQA 3W1TA 3QJAA 4LVFA 4O50A 1YDVA 3NL3A 3EWUA 4FX8A 4X9SA 4FNRA 1EUNA 5CKSA 2JGQA 4BI6A 4JXCA 3MI6A 1HG3A 1QO2A 4NJJA 4X2RA 1KFEA 1TRDA 5HWMA 2GJLA 4O0KA 1IXOA 3CM4A 4DO4A 3TE9A 3G1YA 3K30A 4LRSA 2NX9A 2HS8A 2R94A 3MBFA 3GNNA 2B7NA 2VC6A 3P7YA 1IXNA 5H2ZA 2R91A 1X7FA 4UFMA 5U4NA 1P5BA 4ZQPA 1TPH1 1DHPA 3QFEA 4XUGA 5E1QA 2DU2A 3VI2A 1KFLA 4QITA 2QR6A 2Q3OA 1D9EA 2ZDRA 2VXNA 4K38A 3MWAA 5AOUA 2V2HA 3SGUA 4NQ1A 4FF7A 2VEKA 2QJGA 2PCQA 2QAFA 3BG5A 4UMBA 2WOQA 1GVFA 1K02A 2ZRUA 3E02A 1VPXA 2ZRVA 1OG0A 4BWLA 1S3HA 3W72A 1VHCA 1I45A 4WY0F 4GC4A 4JDYA 2ZZ6A 1H61A 4HNNA 4TMCA 3S1UA 2B7OA 2QDGA 4OV4A 2XN0A 1QR7A 3FLUA 2FLIA 2WPBA 3W6YA 3W22A 5K9DA 3TQ0A 2DORA 1R2RA 2DJXA 3GAKA 4PH6A 3W84A 2LLEA 2A7PA 3G1DA 2NX3A 3T78A 3KVMA 1ZJIA 2E09A 4LVBA 2C6QA 3LCFA 1Q6OA 1OK4A 3NGJA 4XZ9A 3UWQA 1M7OA 2OCZA 3SJ3A 1RD5A 4RX0A 3G18A 3GAYA 4D2JA 3CT7A 4HIBA 1W5OA 5LHFA 5LSMA 2YFNA 3M44A 4K8HA 4AWTA 3JR2A 1P1XA 1P4CA 5BRBA 1H7WA 2CU0A 2V2DA 1OFEA 4MZ8A 3L0GA 4FIQA 5LKYA 5FEWA 4M5PA 1B4EA 1FCUA 3OVRA 3TFXA 4M6VA 5E93A 2Y63A 3UWUA 3NYZA 4O19A 1OFBA 4XQ6A 4O1BA 3NQ7A 2P0OA 4ZQMA 2WNQA 3CQ0A 3G8RA 3RU6A 1I4NA 3TA6A 1PHQA 1JCYA 2CLKA 3BO9A 1BEUA 1GVRA 3P80A 1A5SA 1LRQA 1EP3A 4HNVA 2D73A 3NQ2A 1KM5A 3MJYA 1HUVA 5DXXA 1LDCA 3W3OA 3S9YA 2RFGA 3HG2A 4O28A 2NLIA 2WSYA 3R5EA 1DV7A 2CZEA 2OT1A 3G1AA 4DO5A 3RNDA 3W73A 4FB7A 4JTGA 1TTIA 2NV2A 3I6RA 1NF7A 1JRBA 3LCGA 3EX6A 1WV2A 4MY9A 4WQ6A 2HTMA 2RHGA 2FPVA 4ZQNA 4DQWA 1CI1A 4TX9A 1VLIA 3UY7A 3KHJA 3LERA 2FPYA 2WQPA 2NZLA 1EPXA 4MJMA 1Z44A 3G1SA 3TQKA 1KBIA 3HIJA 4AF0A 3L21A 3MP5A 5FI8A 4A2SA 3CPRA 1W3NA 4UFIA 3LX9A 1AK5A 4UIOA 4JYFA 5AN7A 1KTCA 4UTWA 4RZ4A 2W79A 1Q6LA 4MY1A 1KTBA 4NT0A 1SR9A 4OHQA 3B05A 3P82A 5L9FA 1LCOA 3O6YX 5LNRA 4WXZA 1F2JA 1KM2A 4DPQA 3UPBA 1GPWA 2VFHA 4IMDA 4CNNA 4MOZA 1OYBA 3LHTA 2BWGA 1NSJA 2Z6JA 1YTKA 3FKRA 5FF2A 5AYYA 3RK8A 4PFMA 3W7IA 1NF0A 3I65A 2R8WA 4K37A 3TFCA 3QQ0A 3C2OA 4XTIA 1W31A 1W0MA 3SIZA 4EF8A 1FWTA 1VYRA 1LBLA 3B0PA 3W2NA 3W7CA 2DZTA 3TUUA 5HQEA 5FEXA 4WXYA 3T44A 3TJLA 2X1TA 2YYTA 1TMHA 3NPXA 1LOSA 4IUOA 4ORMA 5KZEA 2G95A 1SFLA 3RLVA 3DI0A 3GK0A 4KFOA 5TBOA 2UV8G 1WAUA 4O17A 4JTJA 3PUEA 5T26A 4A2RA 1X8FA 2EAWA 5DCBA 5IM51 4C1LA 3LHZA 4S2CA 2ZTJA 4NVTA 4U4MA 1OFAA 4GWEA 4AWUA 4UXDA 4AHOA 1F6KA 3CEPA 3PSWA 5TQLA 3V75A 4EOUA 1TPC1 3NOEA 4O54A 4WJEA 3ATZA 3W7KA 1OX5A 2ZZ2A 2Y6ZA 4UUIA 5FEPA 4NXKA 1QPRA 5LGXA 2AAMA 2FB2A 3IEBA 5K4ZA 3O15A 3TKFA 3C4UA 1OK6A 3H53A 2PURA 5D2XA 3STCA 3N34A 1SQ7A 1KV5A 3G1VA 1PHWA 1FX6A 4CQ8A 3NQGA 2QJHA 5K7JA 4PL2A 1SO3A 1H63A 3ZFHA 1FWRA 3P5ZA 2H90A 3UYCA 4LUJA 1JR1A 4MLRA 1AW1A 4LS0A 1VC4A 4DF0A 3PR2A 5G5IA 3WJXA 1JUKA 2Y70A 4WY0A 4PC8A 4IX2A 2A0NA 1AG1O 4FX7A 4JTSA 1KFJA 4I9AA 1Y0EA 3Q37A 1AL7A 4ZVJA 2E5DA 3MO7A 4JYDA 4UTWC 1FWNA 2YXGA 2ISVA 3A24A 3CIXA 4JTEA 3LXBA 1ICPA 3QW3A 1AW5A 4O4WA 3TDFA 4O18A 4WOZA 3DFQA 4S1FA 1DBTA 3CHVA 3CLMA 4ZMGA 3VE9A 2C14A 1P0KA 3P60A 4M19A 3PWAA 2H3BA 2VEMA 4H6KA 3W1XA 2QCNA 1WYIA 1TV5A 3UXDA 3GIYA 1O94A 2B7QA 4AXKA 4UTIA 2DZSA 2G96A 3ABOA 1VZWA 1YLVA 4FNSA 3LHVA 3NQDA 4O57A 2X1SA 1UASA 3MI3A 4O14A 4UMAA 3W07A 5SWUA 4UFJA 4MZ1A 4UTHA 3M0ZA 3FS2A 3MMTA 1FCVA 4ML9A 4NJKA 1KM6A 3W7MA 2V81A 3DH7A 4N6FA 1SSDA 2YYUA 2CWNA 1OABA 1H1ZA 2A7NA 2Y7DA 2ZZ1A 3E12A 1JULA 3I7RA 5K9XA 3W7PA 2ZFAA 5BMWA 2WJZA 4AB4A 3DZ1A 2O7SA 5K9CA 3NQMA 3S1VA 4CCCA 4S2BA 2OT0A 3LCWA 1BWKA 3PVFA 1OJXA 4Z08A 1QPNA 3SFKA 2QCDA 4N02A 3TH6A 1GEQA 4AMAA 1GG1A 2PRMA 3EWYA 1Q3NA 3W7NA 5AHMA 3TR2A 3LHYA 3PBVA 3A22A 2Y7EA 1Q6QA 1G4TA 5KITA 1O95A 3G1FA 4LNYA 2V0TA 5FF4A 3T4CA 4QM1A 4UTKA 2GQ8A 3IV3A 4JTLA 1OFOA 4ALDA 2CZDA 2YR1A 3S5ZA 1G4PA 3A9IA 1F7BA 5KSWA 2BXVA 4JTTA 5IBXA 1GJPA 3OEXA 5AHLA 3HGJA 1A5BA 3DFPA 1M6JA 1MEWA 1X6UA 4E2DA 3BW4A 5D33A 3G22A 1QOQA 1HL2A 2EKCA 3TW6A 3NL5A 2GQAA 5CZJA 1G7UA 4JIQA 4XTDA 3IIVA 2GJNA 3PUOA 3HPZA 4JTIA 2J6XA 3ABSA 1FCBA 4Q32A 3C2RA 3HPXA 3QMTA 3UD6A 1A50A 3DKJA 3QMSA 2C19A 3L5MA 5EY5A 1ICQA 4BFAA 2C3ZA 3W7RA 1MXSA 4GUFA 3ANYA 1DJQA 5C2XA 4JEQA 2RDUA 1VLWA 2JBMA 1LZOA 3TROA 3LDVA 3N9RA 2ABBA 4Z0JA 5HMSA 4FEZA 3G1HA 3S8HA 3EX4A 1RVGA 1K7FA 2BLEA 3G0UA 2NUWA 4RZ5A 2C15A 5BW6A 4K6AA 1XCFA 2I14A 3BV4A 1TPWA 1U5JA 3W75A 5LNWA 3TQVA 3GKFA 3W1LA 5LNUA 1C9DA 3OG3A 3WJWA 2HMCA 3MW7A 4IPIA 1I8JA 3B04A 1JRCA 3BLIA 2OZ0A 1XUZA 2NX1A 3SZ8A 4FNQA 4DF2A 2ALDA 3EWZA 2NUYA 4QSHA 1IXQA 2WNZA 1FCQA 3DKLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2V67 A;  4PTV A;  2OU4 A;  2WKJ A;  2Y61 A;  1W9V A;  5FJP A;  1E15 A;  1ZFJ A;  2VZV A;  4AWS A;  3UQN A;  3AMD A;  2WKG A;  4EWJ A;  4GA8 A;  1TTP A;  4L6D A;  1MEH A;  4DM2 A;  4B4H A;  1M7X A;  3ITX A;  2OWW A;  4GYP A;  1UWU A;  3CUJ A;  4B4F A;  4DAF A;  3WQC A;  1FWA C;  4KEU A;  1AQH A;  3E2V A;  1YW1 A;  4NZJ A;  1TV3 A;  4NI3 A;  1UW9 A;  3M46 A;  1XRS A;  3W85 A;  2QZR A;  4FO4 A;  2QS8 A;  1YMY A;  2VEN A;  3FJN A;  4ZEN A;  3W01 A;  3G2G A;  3SN4 A;  1WOA A;  1BXN A;  1QI0 A;  4LW7 A;  1YDN A;  5G1M A;  3S2J A;  3A4X A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1I4NA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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