1ICQA

Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 from tomato complexed with 9r,13r-opda
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
363
structure length
353
Chain Sequence
VDKIPLMSPCKMGKFELCHRVVLAPLTRQRSYGYIPQPHAILHYSQRSTNGGLLIGEATVISETGIGYKDVPGIWTKEQVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNKDFQPNGEDPISCTDRGLTPQIMSNGIDIAHFTRPRRLTTDEIPQIVNEFRVAARNAIEAGFDGVEIHGAHGYLIDQFMKDQVNDRSDKYGGSLENRCRFALEIVEAVANEIGSDRVGIRISPFAHYNEAGDTNPTALGLYMVESLNKYDLAYCHVVEPRTESLVPMRKAYKGTFIVAGGYDREDGNRALIEDRADLVAYGRLFISNPDLPKRFELNAPLNKYNRDTFYTSDPIVGYTDYPFLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 provides structural insight into substrate binding and specificity within the family of OYE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 130
structure length 353
sequence length 363
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2001-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1icqA00
2VEIA 3E49A 4U28A 1PIIA 1ZHAA 3DFSA 4JY8A 3S1XA 4BI5A 3KRSA 1OABA 3HOJA 2J88A 3SR7A 4DF0A 3ABOA 3O16A 1L6SA 3NG3A 2I9EA 5K4ZA 3NQDA 3W22A 4U4MA 3CWNA 2ATMA 3MWAA 3NOEA 2VFDA 3V1PA 1A5CA 1SZEA 2WNZA 1RPXA 5AHIA 4GUIA 2JBMA 2ZRYA 3KOFA 4O1BA 4N9DA 4RZ6A 5DY2A 1Q45A 5AOUA 4UR7A 2BXVA 3EWWA 3LB0A 2FIQA 3ZS4A 3ZWTA 5EPDA 2CZEA 3FS2A 2Q8LA 1F6KA 4WOZA 1EA0A 2CZFA 4TMBA 2ZRVA 5DN1A 4E0CA 2QCMA 2OT1A 5D2YA 1W5OA 1VLIA 3RNDA 5SWUA 4O4WA 2LLEA 2E6YA 2YW3A 4O0ZA 3LXCA 3W07A 1LBMA 3FA5A 4RJEA 1W1ZA 1UBSA 3SGUA 3BO9A 2XN0A 2Y61A 5F2IA 3W84A 3R12A 4XUGA 1AW1A 3SSJA 1OX6A 3STCA 3C2FA 5I3HA 3NQ8A 1VCVA 3GDKA 2F7FA 5K9CA 1YTKA 3G3DA 1B4EA 1JR1A 3QW3A 3UPWA 1JQVA 5I3FA 3W2NA 4Y9AA 2QKFA 4EWND 3GDTA 1TREA 3M44A 4YMZA 2GQAA 3MUXA 4BF9A 4O12A 1UASA 4Z1DA 2A21A 4R33A 5U7SA 1MO0A 2JGQA 1FY6A 3M47A 2C19A 3IV3A 3NGJA 3B0UX 2V0TA 2WSYA 2XN2A 3DENA 4MPQA 3TDFA 1QOQA 2GUUA 2ZZ6A 4IJBA 4O54A 1QO5A 2E6FA 5DCDA 1O95A 4FHAA 2RDUA 3PB0A 4DPPA 1UUOA 2EF9A 4LUJA 1FXPA 5EA9A 1VYPX 3N19B 3LERA 3O6DA 2GVLA 3UWUA 4O28A 3FJ6A 1KTBA 4PEKA 3HIJA 5LNUA 4XZ9A 1Q3NA 5D30A 3R8RA 2G95A 2X30A 3ABQA 1GVRA 1TV8A 5HULA 1O60A 2EKCA 2C16A 3P82A 2ZDRA 1T8XA 3QSRA 5AYYA 1TJPA 3NQGA 2H8ZA 1OJXA 3LXBA 3W83A 2YXGA 3NPVA 4AEOA 3LLFA 3NNTA 4QISA 3P5ZA 3NVTA 5EY5A 4UFLA 3VE7A 4NUWA 2ZTJA 2NV2A 1VPXA 3O8AA 1TJRA 3LV6A 4O57A 3PSWA 3KHJA 4OBTA 4GUGA 3W85A 2FB2A 5E93A 3W1MA 4X22A 1TB3A 2ZA1A 1SPQA 2RDTA 4Z1BA 2OX1A 4M7TA 1FDYA 3RFAA 3INPA 5GVJA 2QCNA 5D2VA 1JUEA 2J9ZA 2YFNA 1LOSA 3MHUA 1RZMA 3W7MA 4LVBA 3JR2A 1HO1A 1AW2A 1XC4A 1XBZA 3N2XA 3FJLA 4AF0A 3TX9A 4K36A 3W2JA 1S5TA 5BNKA 1EIXA 1T99A 4MZ8A 3C4UA 1VRDA 3LDVA 3R89A 3G8RA 1FX6A 1ALDA 2VOMA 3LRLA 2QCDB 3GIYA 5D09A 3B03A 1TRIA 2A7NA 1RQBA 3HB9A 5G2HA 1O4UA 2E5CA 2QR6A 1XUZA 2VELA 4YCPA 1QO2A 2ZRZA 4AH7A 5CSRA 3LBMA 1OK6A 1TPFA 4UTWA 1J5TA 2CFFA 1WOAA 4N9CA 4R34A 5HWJA 3MYPA 1H60A 1SU5A 3GXTA 1BWKA 3I6RA 4NX0A 4JTFA 4PFMA 4I9AA 3MO7A 3G1YA 2OT0A 4DO6A 4Y8FA 4RZ4A 2WNNA 3G24A 5G5IA 3G1AA 4CCCA 4FO4A 3B06A 1NFBA 1WX0A 1YPFA 4JTLA 2O7SA 3NXFA 1VC4A 1L6YA 1V5XA 3FEMA 2VKZG 4UNKA 3KVLA 4GRSA 3W7KA 4OWGA 1JCJA 4WX2A 3FFSA 3EKLA 1LLZA 1H63A 3GB6A 1HTIA 4IXHA 4MVAA 1RQEA 3RLUA 5K9DA 2I1OA 3C2VA 5FF0A 3KVMA 1YDVA 5IM51 1AK5A 4YLWA 3HGJA 3IIOA 1JULA 2YDAA 1LM1A 2DP3A 5KZEA 3W73A 3IVTA 1JCMP 4TO8A 1W5PA 1Q6LA 3P8IA 3MBDA 3BW2A 3KRUA 1OFQA 4OGZA 2QAPA 2V81A 4MYXA 3NA8A 3BG9A 1N8FA 1SO3A 5D37A 1BTMA 1AL8A 3NQ6A 5AYZA 1P4CA 2FLIA 3IGSA 1IXPA 5C55A 2XN1A 1GQNA 1H62A 4CCEA 1TMHA 3B05A 3DI1A 1SSDA 3S5NA 5LGXA 1W5NA 1I2OA 1IIHA 3R5EA 3O1NA 3NL3A 3NYZA 3WJZA 5IBXC 1TTIA 3GKFA 2WSRA 3QYQA 3CTLA 4QNWA 4HPJA 3F4NA 1FCUA 1W37A 3NPWA 1WBJA 1Q6RA 1I2PA 2A7RA 3RLVA 4ONVA 5FEWA 3L5AA 2YSWA 3U6WA 1DOSA 4Z0JA 3UWZA 4JXCA 2DJLA 1FWSA 3LHYA 2RKXA 2Y6ZA 3G1SA 2ISSA 3EWXA 5AB3A 5C5YA 3LHZA 4XKYA 1FWRA 1YTEA 1HUVA 2VXNA 4QM1A 3ELFA 5CGQA 4ADSA 3W1XA 1KTCA 3DU0A 1WBHA 4GFSA 5FEZA 2ABBA 5I3JA 1LOLA 2EAWA 1NF0A 2JGYA 3L5MA 4IXXA 4OQVA 4NT0A 3LRKA 4P2VA 2WJZA 4JDBA 1KW1A 3BG5A 4NXKA 1H5YA 3P80A 2B7NA 2W6RA 2C15A 3LOTA 3N34A 1ZALA 1KFCA 3BGGA 2C13A 1KV5A 1F7BA 2ZZ3A 3BVJA 4UFMA 4FXRA 4AMAA 1XCFA 3LTPA 3T44A 4YCOA 3UPBA 1LP6A 3W1LA 3W1UA 3UY8A 4MUZA 1O94A 4EF8A 1GWJA 4B5NA 4JTUA 3I7RA 3GZ3A 3TIMA 1I45A 4FIRA 3LCLA 3MI2A 3CHVA 2ZTKA 3MI3A 5HJLA 1KFBA 1EX5A 4JX4A 4FF7A 1DORA 1A5AA 2HMCA 3TXVA 4RLIA 1YDOA 1XFBA 1Z48A 4OU1A 4UFHA 3TUUA 3T40A 1LBFA 3TW7A 3EWBX 2A4AA 4K39A 5I3IA 1R2RA 1XI3A 2Q3RA 4NVTA 3UWWA 5CZTA 2B7OA 5FEPA 4PL2A 1VR6A 1F05A 2CLKA 4LVAA 3BLEA 4TMCA 2Y70A 3M0ZA 1V7YA 1T96A 1ZJIA 5D2XA 5EYWA 4LS1A 1SFJA 1OFOA 4NJIA 1ME8A 2QUVA 4MYAA 1J4EA 3GAKA 1R30A 1XKYA 3P5YA 3DHFA 3NZ1A 2QDGA 2AGKA 1SZNA 3W1PA 3D0CA 3ATYA 2E1DA 2YW4A 1W5MA 1TSIA 2GOUA 1WXJA 3TAKA 3E12A 3GR8A 4Y6GA 1SO4A 1I2RA 4DF2A 5F4SA 3CC1A 2ZZ7A 3QFEA 5C54A 2A2IA 1LRQA 3W7JA 2X2GA 3P67A 1OF6A 2ZZ2A 3GK0A 3MYOA 1E51A 1XBYA 1QPOA 4JD4A 6TIMA 2RHGA 3HQ1A 4J9JA 5AC6A 3R13A 5KSWA 4L4LA 5BMXA 3PG8A 1OVDA 2J27A 3Q94A 5DCEA 5H91A 4LVFA 1D9EA 4HNUA 4Z08A 2WSQA 2OJPA 3IIXA 3L21A 5AHNA 1JRBA 4POCA 3NQMA 4DELA 2VEKA 4GNJA 1BWLA 2DZPA 1TYGA 3NR0A 3NEVA 4N9EA 3GDMA 1K8XA 1TV5A 1XL9A 1U5JA 2NX3A 1W3IA 3SJ3A 4NJGA 2YPIA 3W1NA 1IXOA 3HG5A 3SY5A 2P0OA 3HG4A 1H7PA 3W2MA 3NQFA 4FB7A 5AHFA 1LDCA 1UUMA 7TIMA 1C9DA 4FNTA 4OT7A 5K4XA 1F6PA 1XDMA 2NZLA 1KM2A 3LBCA 2BWGA 3GNNA 4MY9A 3TH6A 1OHLA 4K8EA 3LCFA 1G4PA 4OE7A 3C56A 3PBYA 1UCWA 1SSGA 3W2LA 5KZMA 3DFQA 5CSSA 2NV1A 2CLFA 4ZQMA 1OFDA 3S8HA 5TIMA 3HBLA 1QFEA 3NL5A 4JTTA 4P61A 1QMLA 1FWTA 1JCNA 2FJKA 1VJIA 2BLEA 5EL1A 1ICPA 3A24A 1SZGA 1TPEA 3C0JA 1KBIA 3QJAA 2HSAA 2WV8A 2ZZ4A 2H3BA 2H90A 3THAA 4AF0B 1QPQA 1VHNA 2VFFA 3OHIA 2J6XA 4LU0A 1KM0A 4LRTA 1VGAA 2HS6A 1G4SA 1B4KA 3EXTA 3EX1A 4KFNA 5D32A 3S1WA 4WXZA 1KM6A 3W74A 1IF2A 4O50A 3A22A 2QCFA 4PH6A 1TPWA 3B4UA 3W7GA 4H4IA 3W71A 3EEGA 4RX0A 2YR1A 3OEXA 4ADUA 5K9XA 4CQ9A 3BARA 3LCHA 1FCBA 4O18A 4RKAA 3TSDA 2XFWA 4IMDA 3F1QA 4ORMA 4X2RA 4LTSA 2E09A 1WOBA 1XBVA 3A5FA 2BTMA 1XXXA 2VFHA 1H7NA 2YCEA 4RK8A 3P8JA 2RDWA 5FESA 3WK2A 2NX9A 5D2WA 4WJEA 3MW7A 1QAPA 3W75A 3A5VA 2A6NA 1NAL1 1NF7A 2Y89A 4LVDA 4NX5A 1CW2A 3R2GA 4C1KA 5D04C 4FEZA 1K7FA 1G7VA 3WJXA 4IX2A 2OMAA 3N2MA 4MFDA 5AFDA 3S0CA 2D73A 3NPXA 1YXYA 1EP1A 1GYLA 1YYAA 1W56A 3DKJA 4EF9A 1QNVA 2DORA 3TJXA 3NL2A 1JCLA 4UTTA 1G4EA 1A53A 2C18A 1SUXA 1QR7A 2EHHA 2QEZA 2JKAA 4UCGA 4JIPA 3M7WA 3I7SA 4UR8A 3W1AA 4ZQCA 3PC0A 4CNOA 3ATZA 2P1FA 2X1TA 2FFCA 4HSOA 5F1UA 1AMKA 3G22A 1R46A 3LTYA 3M41A 3CIWA 3U2OA 3CB8A 3EXRA 4MZ1A 1TPVA 3S5ZA 1DJQA 1L9WA 3T7VA 4DPQA 1FDJA 5MHBA 2DU2A 3B8DA 4UTWC 3DAQA 1Y0EA 4E2BA 3MMTA 1SR9A 1ZENA 3M6YA 3NQ7A 2ABAA 3N3MA 1GG1A 3THQA 1H7WA 2GJLA 2FB3A 1H1ZA 2E6DA 1B9BA 1GVQA 1FCQA 5DBTA 3STGA 2QCCA 2EPHA 5BRBA 1AL7A 1G67A 1ML1A 4A29A 1W3NA 2YFOA 1GZGA 1GTHA 2FDSA 1VHCA 3L67A 5F4WA 4C1LA 4UTJA 4MOZA 1L2UA 4ML9A 4L4MA 4PODA 5A8GA 4LT9A 4K7YA 2ZA2A 4XKYB 5G4EA 1FUYA 1OYAA 3EWYA 4MJZA 5LNVA 3DFOA 4UC5A 2WPBA 4O1AA 3WK0A 1UJPA 2E5BA 1TTPA 3L0KA 5AC7A 5CKSA 1PHQA 4WXYA 1DV7A 4NJJA 4FIQA 4UTKA 1F2JA 1GJPA 1H7OA 3L0NA 1DQXA 3G0UA 1FCVA 2Y7EA 5K2ZA 3LHVA 3IEBA 3T55A 3GX9A 3UZ5A 4HIBA 2W0UA 4GWEA 4Q4KA 5DXYA 1WA3A 1K03A 4ZVJA 3MP3A 3NM1A 4N4QA 2VFGA 1GOXA 3LCXA 5FEXA 1EWEA 2ZQ0A 3DH7A 4I7WA 3EX2A 1HL2A 4UNLA 4EOUA 4AWTA 3UNDA 3W7OA 5KINA 3KXQA 5CPOA 4EVZA 4XQ6A 1I2QA 3W7DA 3WK3A 4IMGA 3HPXA 1QOPA 1K02A 5DELA 1K7XA 3BLFA 3MI6A 5LNSA 1OYCA 3W2KA 4A3UA 4O19A 1NEYA 4JTKA 3GYEA 3WK1A 3F03K 3OA3A 2QCLA 3DFPA 1VQTA 4WD0A 3TK7A 4AVFA 1W31A 1H61A 1VZWA 1EWDA 2Y63A 2G5WA 3PUEA 3I68A 5LKYA 1X1ZA 2JKEA 1KM1A 1W54A 5TBOA 2PRHA 1K3UA 2OCZA 3B0PA 5DCBA 2VFIA 3SECA 1Q6QA 4O17A 2HS8A 3TR2A 3LHUA 1JCXA 2FPTA 3P7YA 5HR7A 4UMCA 4HNVA 3EX6A 5HMSA 1H7XA 4HN4A 2Y88A 1R2TA 4HSNA 1KFLA 2WNQA 3S5OA 2TRSA 4JICA 5HUOA 4BFAA 1TPC1 1CI1A 5CZSA 3E0IA 1YXCA 4A22A 3FOKA 2TSYA 5F2MA 2QCHA 3M5VA 3TFXA 4JX6A 4KKXA 4LOCA 1U83A 1DQWA 1ICQA 4QNEA 3C52A 4PC8A 2CW6A 4JR5A 4X9SA 3L0GA 1MSSA 1K7EA 4LWWA 1SQ7A 3HF3A 4NNCA 3HGRA 1TPDA 2FQIA 5D38A 3VE9A 2V5LA 3L68A 3TJLA 1ZFJA 3RMJA 3E9AA 3W1RA 4ZQPA 3ZFHA 3EX3A 3PBVA 2Z2UA 4DO5A 1QWGA 3FYOA 4I7UA 1YPIA 4QITA 3N9RA 4EIVA 4UTLA 2DZTA 2YZRA 1GG0A 4LVGA 4ALDA 2H8XA 1FBAA 5KZDA 2CZ5A 2E68A 1UB3A 4BK9A 1SFLA 1VLWA 1K8ZA 1TV7A 5HWMA 2NUYA 3ABSA 3L9CA 2ZA3A 2A6LA 3CEUA 3IGXA 3TSBA 2Y7FA 2KZHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 1P5B A;  3O63 A;  2GVJ A;  5E0K A;  4JEQ A;  2E5D A;  1DL3 A;  4LUI A;  3G0X A;  1ADO A;  1NSJ A;  3DXI A;  4HHP A;  3LCW A;  1SO6 A;  3SFK A;  3L5L A;  4CQA A;  1H51 A;  4WZH A;  5FF7 A;  2H3D A;  4NQ1 A;  3PBW A;  2TMD A;  3N9S A;  4MJM A;  3P81 A;  1TTQ A;  1OX5 A;  3JRK A;  1JQX A;  1W5Q A;  2BX7 A;  1SW0 A;  3KVJ A;  3CWO X;  1TPB 1;  4Q33 A;  3GLC A;  3UWV A;  1A5B A;  4NZF A;  1OFR A;  4IPI A;  5L6U A;  3B0V C;  3S9Y A;  2CWN A;  3OVR A;  2QUT A;  2J24 A;  3BW4 A;  4E38 A;  1D3H A;  3W2U A;  3A21 A;  2V30 A;  3PF3 A;  1FWW A;  4FX7 A;  2CLM A;  3EKZ A;  5AHL A;  4KWV A;  2ZRU A;  3LX9 A;  4ZQO A;  2DJX A;  2PUR A;  4ZZ9 A;  3K30 A;  1GTE A;  3W7Q A;  1Z44 A;  8TIM A;  3TC6 A;  4WY0 F;  1TO3 A;  3C2E A;  3GDR A;  1SW7 A;  4K8H A;  4XBS A;  3EB2 A;  2JKP A;  2H6R A;  6ALD A;  1EB3 A;  1JCY A;  3M1Z A;  4NJK A;  1KM3 A;  1X8F A;  2Y7G A;  3HPZ A;  3VI2 A;  1VYR A;  3LXA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NGF A;  4U28 A;  2HNE A;  1D7F A;  1UW9 A;  3HOJ A;  2D2O A;  4JAW A;  4DF0 A;  4P7N A;  4RNJ A;  4GGB A;  1D3C A;  5CPS A;  4IQJ A;  4C6J A;  3UR8 A;  1B3V A;  4Q4O A;  1AOD A;  1BVW A;  2QJJ A;  3CWN A;  2ATM A;  2XGI A;  3UR5 A;  3V1P A;  1OC5 A;  4QLJ A;  5C7V A;  4GUI A;  2ZRY A;  1LQA A;  3KOF A;  4RZ6 A;  5DY2 A;  5AOU A;  4GXW A;  4S3K A;  2YXO A;  3ZS4 A;  5AKQ A;  1UR2 A;  2GSJ A;  2Y0F A;  4MG4 A;  2Q8L A;  4WOZ A;  4TMB A;  5BU9 A;  3QHN A;  4E0C A;  1UD4 A;  2OT1 A;  4IFO A;  5D2Y A;  4AEE A;  3W02 A;  1KD0 A;  2LLE A;  4O0Z A;  4DM1 A;  1JXK A;  3VX1 A;  3CUJ A;  3APY A;  3W07 A;  2MUC A;  1LBM A;  1QBA A;  3KOY A;  4ZFC A;  4RJE A;  1W1Z A;  5E0F A;  4DBU A;  2Y61 A;  2WB5 A;  1H3G A;  2E7F A;  5I3H A;  2OQH A;  3HFT A;  4B3K A;  1W9U A;  3UPW A;  1GQK A;  2G3J A;  1BGA A;  1GOO A;  1HNY A;  3S2M A;  1NFG A;  4YMZ A;  3M64 A;  4F3H A;  3R11 A;  4BF9 A;  1HJV A;  4IZG A;  2VUN A;  4O12 A;  4Z1D A;  2CHR A;  4I90 A;  2A21 A;  1I75 A;  1UR3 M;  4JFS A;  5U7S A;  5A94 A;  1VFO A; 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