1ICSA

Crystal structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 from tomato
Total Genus 126
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
126
sequence length
363
structure length
353
Chain Sequence
QVDKIPLMSPCKMGKFELCHRVVLAPLTRQRSYGYIPQPHAILHYSQRSTNGGLLIGEATVISETGIGYKDVPGIWTKEQVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNKDFQPNGEDPISCTDRGLTPQIMSNGIDIAHFTRPRRLTTDEIPQIVNEFRVAARNAIEAGFDGVEIHGAHGYLIDQFMKDQVNDRSDKYGGSLENRCRFALEIVEAVANEIGSDRVGIRISPFAHYNEAGDTNPTALGLYMVESLNKYDLAYCHVVEPRTESLVPMRKAYKGTFIVAGGYDREDGNRALIEDRADLVAYGRLFISNPDLPKRFELNAPLNKYNRDTFYTSDPIVGYTDYPFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structure of 12-oxophytodienoate reductase 1 provides structural insight into substrate binding and specificity within the family of OYE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 12-OXOPHYTODIENOATE REDUCTASE 1
molecule tags Oxidoreductase
source organism Solanum lycopersicum
total genus 126
structure length 353
sequence length 363
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2001-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1icsA00
1FCUA 3BK0A 4J9JA 1VC4A 4N6EA 2WJZA 4D2JA 2E6AA 2CLIA 4BI5A 4UTUA 2XFWA 3SFKA 2Z6JA 5K4ZA 4GUHA 3W74A 2QCDB 1K8XA 2VEIA 5CSRA 1A5AA 3O06A 1X1ZA 3LTSA 3GDMA 1GJPA 1RR2A 2B7OA 3OVQA 3G8EA 4ML9A 3L0NA 2Y7EA 5AHEA 2PC4A 3M5XA 3IGUA 3PG8A 5FI8A 2ZZ6A 1AW1A 4IX2A 5F2MA 5CKSA 3WK3A 4WY0B 3IVTA 3RNDA 4AHPA 2HTMA 3WJXA 4S1FA 4EF8A 4JICA 3LM7A 2GQ8A 3LLDA 2B7QA 3TFCA 4QSHA 3HJZA 3P84A 2A4AA 3P61A 3T55A 1R2RA 1W3IA 1S5TA 4G1KA 3LHUA 2GJLA 3EX4A 2A85A 2Z6IA 5D05A 3KRZA 4DEFA 4NVTA 3BARA 4JTEA 3NEVA 2B0MA 3R13A 1I2RA 4FB7A 5SWUA 4K36A 4LS2A 3O6DA 3THQA 5HR7A 2H8ZA 4Y90A 5EL1A 1PHQA 5J5DA 5D03A 4XKYB 3JS3A 4UXDA 5D2YA 1VH7A 2E5BA 4RV8A 3CWOX 1J5TA 3CPRA 2DZPA 4NJJA 3LTPA 1I2OA 3M5ZA 4RLIA 1X6UA 3SR7A 5FEXA 4HPXA 3EWXA 1SW0A 4BI7A 1G4TA 1TQJA 3W7DA 3DZ1A 4EWND 4MFDA 3TC6A 2A0NA 1I2NA 3GNDA 1C8VA 2TPSA 4BF9A 1TPH1 1LOLA 2VFEA 2C6QA 5GVJA 1GQNA 3MW7A 1IGSA 3FA5A 1IXOA 3MYPA 1M7OA 1QCWA 5C5YA 1TJPA 3GLCA 4IX0A 1UASA 1N7KA 2ZZ4A 3TDFA 3QF0A 3IIOA 1ALDA 3PF3A 3TNOA 1SO4A 3EWWA 4IMCA 1JJKA 5HJLA 1DJQA 1ONRA 3QEZA 3ZR4A 1LLZA 1LRQA 3NL5A 1FDJA 3M7WA 4A2RA 4FNSA 4JYEA 3NAVA 5D2WA 1U5JA 4O17A 3BW2A 3UWQA 3KVJA 3W7CA 2OZ0A 3LDVA 1FX6A 1ICPA 2R94A 4M5PA 2VEMA 1JRBA 2V82A 4O1DA 4GE8A 2C0AA 5AHIA 4FNRA 4N6FA 2ZA2A 3UPBA 4BR1A 1YYAA 3HOJA 1XBYA 1K8YA 1TMHA 1WBJA 4NX0A 1U83A 2Y7GA 4DBDA 2E5CA 2GQAA 2Y89A 1ZAJA 2R8WA 2W6RA 1VR6A 1YXDA 4KFNA 1ZENA 2DJLA 3BVJA 3N9SA 8TIMA 5LGXA 3W7NA 2A5HA 1TJRA 1LYXA 3KHJA 4MZYA 4WOQA 4AWUA 2C13A 2OT0A 3ABSA 1SQ7A 4JTIA 2X1RA 1C9DA 1GZGA 2JGYA 3LXCA 4KWWA 2YXGA 1F6PA 1XL9A 1AMKA 4JX4A 4UTMA 4XQ6A 4UFMA 5AYYA 4DBEA 3UPWA 3ANYA 2WNQA 2YFNA 4JTTA 3S5NA 1XC4A 3MI3A 1I4NA 1I8JA 5EKYA 1W1ZA 5FF0A 1OHLA 4IOTA 3TAOA 4JNMA 1H1ZA 1TQXA 5DLCA 1ML1A 1EP2A 3AJXA 3NM3A 5F1UA 5HINA 1F73A 3RLVA 4HNTA 3QJAA 3CLMA 1F2JA 1GVFA 2LLEA 1NFBA 1GVRA 1CW2A 3OBKA 2WNNA 3TAKA 4JTLA 3UQNA 3E49A 4NNCA 4KFOA 2Q3OA 1WOBA 3G0SA 4NZFA 2FIQA 3C2VA 4GWEA 2FTPA 2NZLA 1ZJIA 3GB6A 4MKNA 4JY8A 3DFQA 2OJPA 4UC5A 4QM1A 3DGRA 1DQWA 1AG1O 3MJYA 3DH7A 4ADUA 5BMXA 1YDOA 1QO2A 3RMJA 3BG3A 4JXCA 2E6YA 3P60A 2A6LA 3QQ1A 3PG9A 4OBTA 3SW6A 2TSYA 3CTLA 1O4UA 3F1QA 4L4MA 3B8DA 2CLLA 5HWJA 4XBKA 4HIBA 4DPQA 3C0JA 3FFSA 2Q8LA 1OFEA 4EF9A 2EAWA 3KAOA 4AMAA 3DHFA 5HQEA 2OX1A 3W1RA 2ZFAA 1B3OA 3QPYA 3GR7A 4DO4A 3NQDA 4UTKA 2JKPA 4ZQPA 3VI2A 3NGJA 2CFFA 4OHQA 2X2GA 1WA3A 1ZALA 4QAIA 4NNAA 2ZYFA 2HMCA 2NUYA 4XTIA 3QPZA 4GUJA 4K8EA 5AHMA 4JTSA 2NXGA 2I1OA 4MZ8A 4ALDA 4QNWA 2YFOA 2OCZA 1JCYA 4O4VA 4LNYA 3SIZA 5LGZA 3E9AA 3T4CA 1P4CA 5CZSA 3B4UA 3O05A 1OX5A 4UTJA 3DFPA 3GDTA 3W7RA 1OYAA 3N9RA 3P82A 3W72A 2Y88A 3W7KA 1OK4A 5DCDA 1MSSA 3G3DA 5U4NA 2VFIA 4W9TA 3PY2A 5DXYA 5L9FA 1B4EA 7TIMA 4CNNA 2ZZ7A 4LU0A 1KFBA 3KOFA 2V30A 3E96A 3HPZA 3EEGA 1HUVA 4DF2A 2C16A 3NR0A 4AEOA 2H6RA 1LOQA 3GXPA 4OV4A 5HWNA 1H5YA 3H53A 4WD0A 3QQ0A 3G1VA 4XBSA 3NNTA 1RQBA 2QJIA 2A7RA 1EX5A 3PULA 1GYLA 4A22A 3PM6A 3W76A 2A2IA 1XM3A 4YL2A 1LP6A 2ZRWA 1XUZA 5AB3A 5CZJA 1KFKA 5F4SA 3N14A 3L5MA 4DO5A 2Y70A 3FS2A 3O6CA 1QWGA 4RJEA 4NJKA 4YCPA 2V2CA 1OF6A 2FB2A 1JUKA 3F4NA 3L66A 4UFIA 4FX7A 3LTYA 1HO1A 4C1KA 3W1XA 4ZQRA 3BG9A 1D3GA 3CC1A 1XBZA 2QAFA 3LBCA 1RVGA 1NAL1 4LV4A 2VFGA 1QR7A 2DP3A 3W7GA 4LUIA 1PCWA 1KFCA 3GX9A 1WXJA 3W7QA 2WSQA 3C6CA 4WQ6A 5CPOA 3W1AA 3EX1A 3IVUA 3O8AA 3W7HA 1MEHA 5D2TA 3TMQA 1FWWA 4WOZA 5CSSA 1S3HA 3INPA 3UY8A 1FWRA 2QR6A 3PUEA 4M6VA 1XKYA 3IGSA 4LVAA 4PFMA 1SPQA 5D33A 4ZQNA 1YDNA 2A7NA 2P10A 4ZQOA 3P81A 3LHZA 3GXNA 1JVNA 3TK7A 1B4KA 2ZA3A 3LERA 4O4WA 1HFBA 5F2LA 1GWJA 4KFPA 2NXHA 1GVSA 1OX4A 4WXZA 3NL2A 3M43A 5I3HA 2DZVA 2ZZ3A 3PWAA 1UUMA 1H63A 2R14A 3LCWA 2VFHA 4Y9AA 5G2HA 3JR2A 3LX9A 4IPIA 1FXQA 5K3VA 2HS6A 5EA9A 1FWNA 3I7QA 4TMCA 3ATYA 1RV8A 3MBFA 4IMGA 1EUAA 1NVMA 4MYXA 4S2CA 2YYUA 1TTQA 4UFKA 2V0TA 2NX1A 3S5OA 5F4XA 3TXVA 4DO6A 1LBMA 4UTHA 3TMLA 1TPB1 3BW4A 4PEKA 5CPMA 1H61A 4BWLA 1JUBA 4TO8A 2GVGA 4L4LA 4NZJA 3OG3A 5CGQA 1QFEA 4NNBA 1PV8A 1K03A 1O94A 1OFQA 1ICQA 3NQ8A 1MZHA 2WSRA 5DCBA 1G7UA 3W7LA 4BWLC 4LVBA 3PB2A 3PBUA 1T96A 3L0KA 1A5CA 4UR7A 1VCFA 4LVGA 3MWAA 5LNUA 1XI3A 1H7RA 3OVRA 1GVQA 3DXIA 4DELA 4X3ZA 4GUFA 4OWGA 1TREA 4ORIA 2ALDA 3NO5A 2ZZ1A 4GUIA 3QMSA 3W88A 5DELA 2YR1A 4JTUA 2VEPA 4MJZA 1JCMP 3LBMA 1TCDA 5AFDA 1FCVA 3PBYA 4IPJA 2GVLA 3SY5A 1F6KA 4RZ5A 4PC8A 3PAJA 1WX0A 4NXKA 1IIGA 2BSLA 1TTPA 4QJ1A 3NQ2A 3MBDA 4GJ1A 5FEZA 3GKAA 2ZCGA 1TV8A 1FCQA 1H7XA 3W1NA 3I6RA 1YLVA 3E02A 4MYAA 1LTDA 3ABOA 1ZAIA 2H90A 2R91A 3VKJA 3VCRA 3A21A 2ZA1A 4MY1A 1EWDA 1FDYA 5EPDA 3UD6A 4MUZA 3S5YA 3CEPA 3DI0A 4LVFA 3W7OA 1TIMA 5BW6A 2JK2A 3PVFA 1FY6A 5FESA 3BV4A 2HS8A 4B5NA 2JGQA 3WK1A 4XUGA 3L5AA 2E5DA 3T7VA 1OX4B 3G0XA 5HNRA 2X1SA 4LV9A 5ABTA 4O18A 3UYCA 2WSYA 3LXAA 4AXKA 4NQ1A 3DKLA 3HF3A 3KVMA 2VFFA 3P7YA 3A23A 3AO0A 3A24A 1OK6A 3O63A 4I9AA 3QSRA 1YXYA 4R7JA 3W2JA 3MO7A 1JCXA 2J9YA 4AH7A 1F76A 4TIMA 1SSDA 3DFSA 3LCHA 3O16A 3UY7A 3RFAA 3THAA 1VRDA 3B03A 4X2RA 4UR8A 1ZHAA 5KZDA 5G4EA 3EWUA 2CZ5A 4WXYA 2YW3A 4BFAA 4H4IA 5I3GA 1SUXA 3TA6A 1ME8A 1XBVA 4O0KA 3S0CA 4HT3A 2FFCA 2H3DA 3P62A 1QPRA 1OFAA 3TW6A 3N3MA 2QCEA 3A9IA 1H7PA 3ABQA 3PC0A 4JEQA 1Z41A 3P8JA 4CCEA 1I2QA 2G5WA 5D02A 3STEA 2EPHA 3MHGA 1FUYA 2QCLA 3BGGA 3HGRA 5E93A 3WFAA 5E1QA 2V5BA 1IXQA 2GJNA 4Z1BA 2ZZ2A 4CLMA 2F7FA 1VS1A 1W8SA 1GG0A 4PTNA 2Y85A 3NA8A 5D38A 1OG0A 5EMUA 1SZGA 5BMWA 3LHTA 5D37A 4AWSA 5L6UA 1M7PA 3DHDA 4OQVA 3IGXA 1NEYA 3GZ3A 1H1YA 4ZZ9A 1FXPA 4O11A 3NPXA 1QO5A 3W2MA 1WV2A 3D0CA 1F05A 3BLEA 2ZBTA 3F4WA 4GBUA 1DHPA 2FPYA 1VCVA 3ELFA 3STFA 1LZOA 3Q58A 3C2RA 3SI9A 3VE9A 4AF0A 1T0OA 2NXIA 4NJGA 4Q4KA 3EWBX 3IV3A 1VHCA 1WYIA 4LRTA 1GYNA 2DORA 2DZXA 3I7SA 1A50A 1L6WA 4HSNA 1TPC1 4JIQA 1W5MA 2QCMA 3NPUA 3QRHA 4FX8A 2QUTA 2A1YA 4O14A 5HWMA 5K7JA 3W6YA 2XN0A 4POCA 1GVOA 5BOOA 3B05A 1RQEA 1EB3A 1T8XA 5CPLA 1BEUA 2GUUA 4O13A 2X16A 4N9DA 2ZRVA 3GAKA 3LHWA 1X7FA 3E12A 1QMLA 1MEIA 3DU0A 3L68A 1TTIA 4I7UA 2YW4A 3R12A 3A5FA 4P61A 5HR6A 2A7PA 3MI6A 4YXGA 2C18A 3N34A 5LHFA 3UZ5A 4AHOA 3TQ0A 1K3UA 3EXTA 3PUOA 3W1QA 3M0ZA 4UTIA 5G5IA 1KM4A 4UCGA 1C29A 3LCFA 3SECA 3C61A 3O6YX 4RR4A 3S1UA 1FWSA 2Z1BA 3SJ3A 3LLFA 4PA8A 4JDYA 1AL7A 1IXNA 4JN6A 1A5SA 4JR5A 4O10A 2Z2UA 4JX6A 1Z44A 3WJZA 3S9YA 2X1UA 4NJHA 2TMDA 4GFSA 5G4WA 2GPTA 1UJPA 4HHPA 1RZMA 2CWNA 2O7QA 3C3NA 5C54A 2ABBA 1S5WA 1ZY9A 3CHVA 1KLZA 4UFJA 2RDUA 5DXXA 1KBIA 3G22A 3L0GA 2GQ9A 3PR2A 5AC7A 2PURA 2QEZA 4PL1A 2RFGA 4BI6A 1W0MA 6TIMA 3OVPA 2QAPA 3G1HA 2PRLA 4O12A 2VFDA 3MP5A 3TW7A 5BRBA 4HN4A 5FEPA 3BLIA 5EBUA 4K6AA 3QYQA 2J6XA 1ZNNA 4N9CA 3NQFA 2CLMA 4CCCA 3MYOA 3SSJA 3NOEA 4TU1A 4MOZA 1QPQA 3USBA 1XCFA 2Z0IA 1X1OA 1VQTA 3NPVA 2FDSA 1SW7A 4NJIA 1IF2A 2ISVA 4O1CA 1IXPA 2Y61A 3GKFA 4O8RA 4WZHA 1I45A 1I2PA 3U2OA 1H7OA 1TO3A 1P5BA 1SR9A 3YPIA 4FO4A 4AF0B 1XDLA 3C4UA 2H3BA 2CLKA 1PE1A 2V81A 3N73A 4TX9A 1KM1A 4RZ4A 1EA0A 1LBFA 1VCGA 5G1TA 2E6FA 3S5ZA 1DBTA 3M6YA 4M6PA 4YWIA 5MHBA 2G97A 1TPEA 3EXRA 3LGEA 1UCWA 1J4EA 3TH6A 1TTJA 5D09A 2V2DA 3W70A 1W5PA 2CLFA 4UNLA 4CNOA 1EP1A 3FYPA 3T44A 2ZRYA 2W0UA 3TV8A 4E2BA 3VFLA 5H2ZA 1KM5A 2Y6ZA 1F5ZA 5LNRA 4LTSA 4E0CA 3LHVA 1G69A 1BWLA 3UXDA 4O53A 5K9XA 1RPXA 1SZEA 4NXSA 3TJLA 4FX6M 2G96A 3N2XA 3P5ZA 1OFRA 3BW3A 3IIVA 3UWVA 2NV2A 3EKZA 3TX9A 4Z1AA 1XXXA 4MIMA 1TV5A 2DZTA 2NUWA 1TPVA 3S1WA 1G4EA 3C56A 1O95A 3LB0A 1Y0EA 4GUGA 4N4PA 3W7EA 1YADA 1TV7A 3NPWA 4DQWA 2Q8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VI0 A;  2IKG A;  2J47 A;  4WK9 A;  4MF4 A;  3BK0 A;  4J9J A;  4F9J A;  3HU7 A;  1VC4 A;  4QG6 A;  2ZC8 A;  1RXO B;  4UNI A;  2E6A A;  4S39 A;  5CQ1 A;  4IP5 A;  1K9T A;  1DQU A;  2QCD B;  4P8U A;  5G4H C;  3N17 A;  3LTS A;  2YDQ A;  1TZ7 A;  3L0N A;  2D0F A;  2Y7E A;  3IGU A;  4AIO A;  2ZZ6 A;  3LPO A;  5CKS A;  3TNB A;  3WK3 A;  1DE6 A;  4WY0 B;  1JPD X;  2WC4 A;  1EO5 A;  4WLC A;  1PX8 A;  2HTM A;  1K9F A;  3GNX A;  2HBX A;  1LLO A;  4S1F A;  1KFW A;  2GQ8 A;  2YCL A;  1GJU A;  3HJZ A;  6A3H A;  3R8G A;  4F40 A;  2WLY A;  2GJL A;  3E2R A;  1AVA A;  3BAR A;  4LYP A;  4K36 A;  5I6S A;  3O6D A;  3AIV A;  5GJM A;  2Q09 A;  4DZI A;  2FKP A;  3JS3 A;  2E67 A;  4KPL A;  1D8W A;  2XH2 A;  5EML A;  2CXG A;  1VH7 A;  2E5B A;  3BE7 A;  3FV9 A;  1F8I A;  3CWO X;  1V3L A;  4XZN X;  4OEC A;  1I2O A;  5JBE A;  5FJJ A;  1X6U A;  5FEX A;  4GQB A;  2UY3 A;  2BP1 A;  3AHX A;  3UR2 A;  1G4T A;  1TQJ A;  3DZ1 A;  5C9U A;  3TC6 A;  3REQ A;  9CGT A;  1QOX A;  1TWW A;  5DRC A;  4J35 A;  2W9M A;  3TOY A;  5FKY A; 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