1IF2 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	AKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Leishmania mexicana
publication title	Structural determinants for ligand binding and catalysis of triosephosphate isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	91
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2001-04-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1if2A00

1KTCA 3B4UA 1KFKA 3TMQA 3O06A 2C3ZA 1LP6A 3TROA 4NJHA 1WV2A 2DP3A 3UQNA 1DL3A 1OFDA 4FEZA 2Y89A 4GUFA 2ZZ5A 3FFSA 3O07A 1PHQA 1WDWA 2GVGA 4O0KA 5I3GA 4DEFA 2A2IA 3W87A 3GB6A 2A5HA 4TMCA 3IVUA 2FB3A 4FXSA 5EMUA 4GFSA 3F03K 3TC6A 4S1FA 2Y61A 1SU5A 2BTMA 2B7NA 2C6QA 2R8WA 5DY2A 4JX5A 1QFEA 3HBLA 3GDLA 4Q4KA 4KFPA 4MFEA 1K7XA 3HO8A 3S5OA 3LV6A 2WQPA 4LC8A 1JQVA 1WOAA 2ZRZA 1FDJA 4UFMA 5TIMA 5AB3A 5C5YA 3G3MA 4K39A 3L9CA 4Y9AA 1ADOA 5I3JA 4UNKA 3I6RA 4UC5A 4M7SA 2CLEA 3NGJA 3BLFA 2YW4A 5I3HA 5CPMA 3CU2A 2QJHA 1GVOA 1VC4A 3GYEA 1OK4A 3DZ1A 1YTDA 3NG3A 1TCDA 2Z1BA 2DZVA 4O4VA 4RJEA 5AC8A 1BEUA 5HR7A 1P0NA 5AHFA 4M7TA 5AYZA 5K2ZA 1GWJA 4HNTA 3O63A 2Q8LA 1KA9F 3GAKA 1QCWA 1NSJA 2FPYA 2YYUA 1QNVA 4LWWA 3W2JA 1OFEA 5D2TA 5KTLA 3Q37A 3W71A 5HR6A 4IMDA 2PE4A 4UUIA 2YSWA 1ZAJA 2AGKA 1ZJIA 5AC6A 3R13A 1ZFJA 3W3OA 2X30A 3QH2A 3PULA 3KVKA 2NUXA 3TKFA 3CPRA 2A7PA 2OCZA 4OGZA 2W6RA 1BWLA 4ORMA 4K8EA 3IIOA 3P62A 4O17A 5D2YA 1H51A 1QO2A 1EWEA 1K8ZA 3KHJA 4UNLA 5E0KA 1H63A 3RU6A 3MWAA 1RD5A 3W1QA 1X8FA 1NVMA 1MO0A 1LRTA 2NX3A 1K02A 1KV5A 2ZZ1A 2AQWA 3LHYA 3UNDA 1XDMA 5SWUA 3LI1A 1Y0EA 1WQ5A 2OT0A 3S0CA 5C2XA 2W0UA 1W3IA 2JKAA 4XTDA 2NXHA 2NZLA 4WY0F 4LU0A 5BW6A 1LOQA 1SO3A 1PV8A 1TB3A 2ZTKA 4O53A 2BSLA 4NJKA 2NXIA 4HT3A 4ZMGA 3L68A 3NQEA 3TNOA 3TSBA 5FF0A 5FF3A 3C2RA 3W7EA 2O7SA 2ZA2A 3GXTA 2QKFA 1PL9A 4LC6A 1ICQA 3MHGA 4MPQA 4ML9A 1TRIA 3PBWA 4UTUA 1OFAA 2DJLA 3W2NA 4PTNA 3MYOA 5DXYA 1VLIA 3B06A 2LLEA 1QPRA 1E51A 1QMLA 3W7MA 1LLZA 3UXDA 4AH7A 1HL2A 4OHQA 4AWUA 1H5YA 3HPXA 3GDRA 3N2XA 3QRHA 2NX1A 4JEQA 3G1FA 3O1NA 3OEXA 5F4XA 1J5TA 2Q3RA 5BMXA 4O15A 1TPH1 5G2IA 2ZZ4A 2VELA 4AWTA 4JNMA 3W70A 1LOSA 3NM3A 3GLCA 5DCBA 3L5AA 4IUOA 2QCDB 2CZEA 3KAOA 2EAWA 4JIQA 1ME9A 2Z6JA 2DZPA 3KRUA 3LBCA 4JY8A 1WX0A 1N8FA 2CZFA 3T4CA 1IXQA 1NF0A 1HG3A 3TMLA 3LRMA 1KV8A 4NNCA 3GR8A 4ALDA 5KZMA 1LBLA 3TR2A 4N4PA 2F7FA 1X7FA 4O57A 3CB8A 5FEZA 1BTMA 3NQGA 4R53A 1ONRA 1O95A 3DFPA 2QUTA 3Q2DA 1B9BA 4XWUA 3QJAA 1T0OA 2P1FA 4O13A 4RZ6A 3AO0A 3EWZA 4N2YA 3ZR4A 3P5YA 3JRKA 3N2MA 3ABRA 4IXXA 2QUVA 4MZ1A 1YDOA 4N6EA 1FY6A 2JK2A 2HTMA 3LXCA 1QDSA 1AL8A 1WBHA 2TSYA 3DKLA 4G1KA 2YGYA 3P8JA 4U4MA 5CZ0A 4UTLA 3M43A 2VC6A 3EWYA 1VPXA 4BWLC 4DO4A 3A9IA 1ALDA 1YLVA 1W8SA 3EEGA 4B5NA 2BWGA 2V30A 1VCVA 4NX5A 3SI9A 3TA6A 4YCPA 4IX0A 1KFBA 1VJIA 3C3NA 3ZS4A 3SGUA 3B0VC 1TTPA 2CZ5A 3BV4A 4ZQMA 4D2JA 1DQXA 1FUYA 1LORA 4GRSA 3G1VA 2Y6ZA 4O1DA 1OYCA 3QPZA 3G22A 2Y7EA 1OHLA 4YL2A 1A5AA 4YCOA 2OMAA 2Y85A 3PC0A 1QOPA 4GUHA 1OABA 3KX6A 1TSIA 4FNPA 4ADUA 2PCQA 1WOBA 1TIMA 1TQJA 2Y7DA 3NZRA 3PBYA 4GJ1A 1K8XA 1THFD 2WNQA 5HINA 1VS1A 1ZNNA 4O11A 4LY8A 4DXVA 3A24A 3NPWA 3M16A 2NUWA 5F2GA 1Z44A 3OVQA 1FBAA 3G0XA 2QCHA 3U2OA 1YXCA 3QFEA 2CLKA 4CNOA 4X22A 5FEXA 4JN6A 1A5BA 4YWIA 4FF7A 5CPOA 2A85A 3TSMA 3EKLA 4XZ9A 2G95A 2Z0IA 2ZZ7A 3MJYA 4UTKA 3EX1A 4Z0SA 4O18A 1EP1A 5D2XA 2OX1A 3UWWA 1W0MA 3B0PA 2VFGA 3S1UA 3QMSA 4J9JA 4AAJA 1R47A 3WK0A 1I2QA 4BR1A 2GQAA 3KRSA 4JTIA 2NXGA 4JX4A 5KMYA 3UPWA 2Q8ZA 1LM1A 1U83A 4FIQA 3IV3A 1SW3A 1Z42A 4UTWA 1CW2A 1I2RA 1OFBA 3UXAA 3ANYA 3TE9A 1JULA 1YXDA 5AHLA 1K7EA 1LOLA 2ZRUA 3DFNA 3LCXA 1OF8A 5HUOA 1U5JA 3GNNA 4K7VA 1OX6A 3BG3A 3P7YA 1F6KA 1MEHA 5J5DA 1ZY9A 1FWRA 3BK0A 3TX9A 4LT9A 4WJEA 1O4UA 4MVAA 1ICSA 2BZNA 1S5WA 1C9DA 5F1VA 3MI3A 4K38A 1MEWA 3HGRA 4MUZA 2ZRWA 2VEPA 1EX5A 3THQA 1W54A 3W7DA 1VQTA 1HFBA 2DU2A 2BXVA 2E68A 3QW3A 1DBTA 4QIUA 1X6UA 5CZJA 3BW3A 1KFLA 4CLMA 5EL1A 2Y7FA 3EXTA 3T44A 3M9YA 1LTDA 5E93A 3DH7A 3G0UA 1RV8A 1W3TA 3D0CA 4E0CA 5DY3A 3E96A 4ZZ9A 3Q94A 2F84A 2GQ9A 1ME8A 3W1AA 3NO5A 5L9FA 2QCNA 4H3DA 1ZCOA 3NQ8A 3C4UA 3A5FA 3R8RA 1Q6OA 2B7OA 3PM6A 4O1BA 4CNNA 1T99A 4N9DA 4IGHA 1FWSA 4AHQA 1IF2A 1H7OA 2DZWA 2ISSA 1KM6A 2DORA 1EIXA 3W7CA 3TFXA 5CG7A 1BWKA 1G7UA 4DO5A 5KITA 4UTJA 3SJ3A 1XUUA 3NQ2A 1NF7A 2WPBA 3DU0A 5MHBA 3NPUA 2FPVA 5D2WA 3CWOX 3MHUA 3P81A 4O12A 5DELA 1LRNA 5HNRA 2CWNA 4L4LA 3W2UA 4XKYB 2PRMA 3IVSA 1Q6RA 5K9DA 3GZ3A 4A2RA 1SZEA 4P2VA 1VYSX 3LM7A 4JTLA 5DLCA 3G1YA 4DF2A 4LOCA 5AHIA 4BWLA 1GZGA 2CLFA 1JUBA 3BW2A 3MMTA 4GE8A 2E77A 4PODA 3RK8A 4NXKA 5LNSA 4UXDA 2QJIA 5A8GA 2D73A 4UFKA 3NQVA 3V75A 4MFDA 1OK6A 1ICPA 3G18A 4K6AA 3C6CA 3M0ZA 3ELFA 2JBMA 2ISWA 3LHZA 3M5XA 1FCBA 4H4IA 2RDTA 3LCHA 1LZOA 1JCJA 3OIXA 3PWAA 5H91A 3L0KA 4UMCA 2HS6A 2GPTA 1JUEA 3STFA 4FNSA 5FESA 2WJZA 4IJBA 3KFTA 5D03A 2A6NA 1JRBA 1C29A 4E2DA 3NAVA 3NNTA 4LRSA 1QPOA 4NVTA 5D2VA 3DFQA 5I3IA 3QM3A 3MBFA 4CCCA 4KFOA 3VKJA 1TV5A 1TMHA 4GC4A 3SGZA 1TPB1 4NXSA 1WA3A 4LVFA 4CCEA 3PUDA 1TTJA 1SPQA 3PVFA 3LCIA 1OX5A 2ISVA 5IBXA 3HMJG 1GYLA 3P74A 4KKXA 2RDUA 2C16A 3BGJA 5GVJA 3C0JA 2YDAA 3WJXA 1EP3A 3DFSA 5F1UA 4HKPA 3R5EA 3A5VA 3ABSA 3CHVA 1G67A 3OG3A 3FIGA 4MYAA 5EBUA 3LRLA 3QQ1A 4HIBA 1B4KA 3LDVA 1PIIA 3O15A 3P8IA 3S42A 2A6LA 4IXHA 3WJZA 3HF3A 4O10A 4WZHA 2JGQA 4Z1BA 3WJWA 3PR2A 2CLHA 3NQ7A 5ABTA 3TW6A 1R2SA 4N6FA 3E9AA 3FKRA 1JCYA 4UIOA 3NM1A 4TX9A 1SQ7A 1TPVA 1PE1A 3A21A 3CIXA 4HSOA 3TCEA 1A5CA 2I14A 1G4PA 1RZMA 2ZA3A 3P5ZA 2PRLA 1QO5A 1M6JA 5CZTA 4IQLA 3L5LA 2GOUA 3LV5A 3TQVA 3QMRA 4BI6A 2X1UA 2XN0A 4M19A 4DO6A 2FPTA 4ZQRA 3TW7A 5D33A 3STEA 3CC1A 5FI8A 4GUGA 3T55A 1I2OA 3STGA 1WAUA 2FLIA 3C2OA 2WNNA 3UWUA 2QCEA 3N14A 4W9TA 3TXZA 4ADSA 2YPIA 3G1HA 1UUOA 1Z41A 1EUNA 3NPXA 1MSSA 1VHNA 3LCLA 3CLMA 2R94A 3S5YA 3WK3A 3EWXA 1H7XA 2GJLA 2V5LA 3KOFA 4JS3A 4UTIA 2H90A 4JTKA 3I7RA 4WUIA 1TPWA 3UWZA 3ATYA 2ZQ0A 1LROA 7TIMA 4A3UA 3EB2A 3TQKA 3UPBA 3W1TA 3L65A 1HO1A 2B7PA 1H7NA 2C13A 2QCDA 3F4NA 5H2ZA 5G4EA 3OHIA 1TPFA 2NWSA 3SW6A 1OF6A 1IXOA 1KFJA 1I4NA 1JUKA 3HPSA 2NV1A 2XN2A 2RFGA 2GJNA 1LBFA 1AMKA 1OYAA 5K3VA 4OWGA 4UFHA 3NQCA 4FHAA 3MI2A 1TPC1 3PAJA 3N34A 5TQLA 1YTKA 3W7OA 1DORA 3DI0A 4GUIA 4QNWA 1XM3A 3LXBA 5E1QA 4PL2A 4FXRA 3WJSA 2ZZ2A 3PY2A 4EF9A 5HWNA 1XBXA 4FNUA 1G69A 3TQ0A 4A2SA 4BI7A 3A23A 3BARA 4XTIA 4MLJA 2X16A 3HG3A 4CCDA 3FYOA 1JQXA 2B7QA 1IXPA 5LGZA 3TIMA 1YADA 2PURA 3DBPA 4LUJA 1X1ZA 4K37A 3FKKA 3I7QA 1F74A 1H7WA 1VLWA 1EA0A 1XKYA 2TMDA 2ZYFA 4I7VA 3TXVA 1K7FA 4BI5A 3NQAA 1NAL1 1VH7A 4NNAA 1K03A 2CW6A 3EXSA 5CSSA 3I68A 4RZ5A 4Z08A 4ZQNA 3G8RA 3TAKA 1TQXA 1ME7A 1SFLA 1SO5A 3P61A 3THAA 5D02A 4O54A 3MBDA 2YW3A 1VCFA 3EX4A 1F5ZA 4JYDA 3T7VA 2Y63A 1SZFA 4X3ZA 3O6DA 3MI6A 3OBKA 4MY1A 1LLWA 4C1KA 5LKYA 2VFIA 1DJQA 4ZQPA 3P80A 3QMTA 4I7WA 4AHOA 2CLOA 3W84A 3VCRA 2ZZ6A 3CEUA 4PEKA 1TREA 3P67A 3B04A 3IVTA 1EEPA 4O19A 3OVRA 5EA9A 4PC8A 2ZDRA 3LCWA 2QR6A 1XCFA 3EWBX 3EX6A 3E12A 4GNJA 4NUWA 4WOZA 5KZEA 3W1PA 3O6CA 4EOUA 3MO7A 3W88A 4JTSA 3INPA 4NX0A 2YFNA 4JTHA 3W23A 3W7NA 1UCWA 4CQ8A 3K30A 3DFOA 1D9EA 3DI1A 4NZFA 4LVAA 1R30A 2CLLA 3T78A 4AEOA 2QDHA 5C6MA 3MP4A 2QDGA 1XDLA 4IMEA 5EKYA 3C52A 1GT8A 3W75A 1GYNA 3FS2A 1DKWA 3SZ8A 3NQ6A 3BO9A 4LVDA 1Q6QA 4K36A 2VEMA 3LB0A 2EKCA 4A29A 4ZL1A 5F4SA 1KW1A 1GQNA 3IGSA 5D32A 3IIVA 2Z6IA 3EXRA 1IIGA 3DKJA 4K7YA 5HQEA 3NYZA 3W72A 3HB9A 4IPJA 3W1MA 5HWJA 1YPIA 4R33A 4HPJA 5LZLA 1QWGA 1WBJA 1FWNA 2G97A 1AW2A 2E5DA 4LRTA 1UBSA 1GG0A 3NQMA 3W7IA 2YZRA 2ZRXA 1OFQA 3GAYA 1TO3A 2FIQA 1IGSA 3PBUA 4DPQA 4RCXA 1QPNA 5FEPA 3BG5A 1KBIA 3OVPA 2ABBA 3G8EA 4QITA 4OT7A 1KM4A 2FTPA 1GOXA 4QSHA 3O05A 4FNTA 3C8FA 3TFCA 3TK7A 4NT0A 5AN7A 3VNDA 1VHCA 3GDMA 3UWYA 4DF0A 2WSYA 4JICA 1SSGA 2ATSA 2PRHA 4QQ3A 1A53A 3V1PA 2I1OA 4WD0A 2GVLA 2V2DA 1DV7A 3W22A 1JCMP 1AW5A 3BG9A 1FCUA 4Y6GA 4ZQOA 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4FIRA 1JCNA 3GKAA 4O0ZA 4AHPA 1DHPA 4Y8FA 3CM4A 3LTPA 4S2CA 4GWEA 1I2PA 2V2HA 5CPNA 2H8XA 4FB7A 4QJ1A 2TYSA 1YXYA 1SZGA 4UMBA 3PUOA 4JD4A 5F2MA 4LV4A 3QC3A 5LNWA 3HJZA 1DQWA 4K8HA 3NEVA 1VZWA 5FF7A 4Y90A 4GUJA 3B03A 3GK0A 1JCXA 1D3HA 3MHFA 1XI3A 5LNVA 1GTEA 1MEIA 4O14A 2NUYA 1B3OA 3I7SA 1H1ZA 2GQ8A 4GBUA 2FB2A 5D04C 3W86A 1GVQA 4JYFA 3W1XA 3HGOA 4JY9A 4O4WA 5DCDA 3HQ1A 5U4NA 3RF9A 5CSRA 2VEIA 4NNBA 2V82A 3TJLA 3M7WA 5D09A 2ZTJA 1ZENA 3KVJA 5G5IA 1F6PA 4ORIA 4JTJA 1QAPA 4UTTC 1YDNA 1HO4A 1SO4A 2A7RA 3NL2A 3M5ZA 3G1SA 1Q3NA 2HMCA 1KM2A 3TSDA 3SIZA 2H8ZA 5LGXA 4NJIA 3W7KA 4POCA 2YX0A 4N02A 1EWDA 5K4ZA 4XBKA 1O94A 5AHEA 1G6CA 1AK5A 3HG2A 2OJPA 4KWVA 4WX2A 2ZBTA 3FLUA 4TR9A 3NVTA 2X2GA 3UWQA 2C0AA 4ADTA 1OFRA 2XFWA 1RVGA 3HIJA 1VR6A 3CWNA 3H53A 3G1XA 4OV9A 3RNDA 3UD6A 3QSTA 1EPXA 3CTLA 3W1UA 5LSMA 2V9DA 4LTSA 2E6AA 1W5QA 3U6WA 2FDSA 4UTHA 4TU1A 2EPHA 1M7OA 1N55A 5KINA 3F1QA 1XBZA 4JX6A 1LYXA 5G1YA 3UWVA 2CFFA 3NR0A 4FO4A 2VEKA 1D3GA 4E38A 2V81A 4AB4A 2PC4A 2ALDA 3ABQA 4IOTA 3LHWA 3EX2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1IF2A

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