1IF2 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	AKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural determinants for ligand binding and catalysis of triosephosphate isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Leishmania mexicana
total genus	91
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2001-04-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1if2A00

5AOUA 1MEHA 1JUBA 1KM0A 1FWTA 4OT7A 4ORIA 2Q8LA 1H62A 5K4XA 3O16A 3PB0A 1VCFA 3C2OA 2C1HA 3G1DA 1JUKA 3KRUA 4NU7A 4MZ8A 1SFJA 3MP5A 5U4NA 3M5XA 1KM3A 5DLCA 4FIQA 2ALDA 2Q3RA 1EWEA 4KWVA 4KFPA 3N9RA 4ORMA 1D9EA 4LVFA 4JX4A 3TDFA 2WPBA 3S5YA 4H3DA 3M16A 3EXRA 2YX0A 1GEQA 2ISWA 1TQXA 4LRSA 3D0CA 1EPXA 4L4MA 4HN4A 3UWUA 5A5WA 1DKWA 1TPUA 2ZZ4A 3DU0A 2GQAA 2AQWA 1QO2A 2HMCA 1DJQA 3PULA 3UZ5A 3W7RA 5F1VA 5G1TA 4RK8A 1FCUA 1WA3A 2B7NA 1SSDA 3IEBA 5HWJA 2LLEA 1GPWA 4X22A 3ZFHA 4M6PA 4AVFA 3LCIA 4GUJA 4UNLA 2ZDRA 3SI9A 4DBDA 2VKZG 2V82A 3FFSA 3GDRA 3KVLA 2FQIA 1JCXA 2C0AA 3MUXA 5LGXA 3DFQA 5BW6A 4IPIA 3GDMA 1PV8A 2ZRZA 4CCCA 5CZTA 4J9JA 5AC8A 4QNWA 2VEKA 3HB9A 3SGUA 1TRIA 1W5QA 3BG9A 3TFCA 4UTTC 1TRDA 1GVSA 3QQ1A 3G18A 2V2DA 2ZZ5A 2XN1A 2VEPA 1NVMA 2P1FA 1JRCA 4RKAA 1PIIA 2C6QA 3CB8A 5D38A 5C55A 2C15A 1DVJA 1JCYA 1AG1O 3GR8A 1KFLA 2R91A 3VCRA 2DZUA 4N9EA 5CPMA 5KMYA 3E96A 3TC6A 1YTEA 3E0IA 2DZTA 3M47A 1K7XA 1XDLA 2ZRUA 4O54A 4XKYA 1LROA 1NSJA 5HR6A 1OFQA 2TMDA 4Z1CA 1G4PA 1SPQA 1EIXA 5F2LA 5DXYA 2QAPA 2V5BA 1TPEA 1DL3A 2V2CA 2R8WA 1SUXA 3NQEA 1H7OA 1JULA 3QFEA 5EYWA 1LOSA 4LVGA 4PTNA 3STEA 1GG0A 1QOPA 5L9FA 4LTSA 1OHLA 4AXKA 4UXDA 4AMAA 1SFLA 5DELA 5MHBA 3M9YA 1OX6A 5E1QA 4NZFA 3MJYA 3P60A 3NQAA 3NR0A 3UQNA 5LGZA 3DENA 2QUTA 3S42A 1ZCOA 3LV6A 2ZZ6A 4GNJA 4QISA 4UMBA 2E6YA 4NQ1A 1FQ0A 5HNRA 3C8FA 3WK0A 4OBTA 2NUWA 2NX1A 3W7PA 3QZEA 2C18A 1WYIA 3EWYA 3W83A 1HG3A 1SO3A 5FEWA 3UY8A 5D30A 4ZQPA 1BKSA 3W2NA 1L2UA 2ZZ7A 3O07A 1RQEA 3A9IA 3RNDA 4JTUA 4UTLA 3FLUA 2X30A 3LHZA 3BG3A 2V30A 4QSHA 4FHAA 4QITA 3LHWA 4JX5A 4ZMGA 4N9DA 4LU0A 1FUYA 1Q6RA 4XTIA 1IXNA 5I3FA 3L68A 3P80A 4JDYA 3S9YA 1SO4A 3L66A 3TROA 5HULA 1YDVA 2ZRVA 3WFAA 4IMEA 3TC7A 3W7LA 1JRBA 5DBTA 1HL2A 2PRLA 3WK3A 3DH7A 4TO8A 1ZY9A 5ABTA 4HT3A 3TW7A 3M6YA 1LORA 4UMAA 4RZ6A 4KKXA 5G4WA 4IGHA 3G3MA 1LTDA 1LBLA 1OX5A 4LUIA 2NUYA 3HG5A 4C1KA 3A21A 1EUNA 2ZTKA 1H60A 4MIMA 3G0SA 3NEVA 5FF0A 3NO5A 3N14A 3HQ1A 1SU5A 1ZALA 3LHYA 1S5VA 3W2KA 2GPTA 1LBFA 3I65A 3UWQA 3P81A 3G3DA 1F5ZA 4PL2A 5HUOA 4N4PA 1BWLA 1FWRA 2AGKA 4R53A 4YMZA 2OZ0A 5AHEA 2JKEA 2BXVA 4GXMA 5U7SA 2CLEA 4GC4A 1K03A 1B9BA 1LYXA 3L21A 1W5OA 3PG9A 4O17A 4XBKA 1OF6A 4UFMA 1NF0A 3TSBA 4MOZA 5EY5A 1Y0EA 2J9XA 3NM1A 2ZCGA 4UNKA 2EHHA 4Z1AA 4NNBA 4IJBA 2Y62A 3BW2A 5LNWA 1OFBA 1CW2A 3HIJA 3PF3A 4JGDA 1X8FA 3E12A 2BTMA 2WSRA 3LGEA 2ATSA 4LUJA 1B4KA 4ZVJA 4KFNA 5KSWA 3PBWA 1ICQA 3M44A 3T7VA 4UR7A 4JTLA 3NQGA 3Q94A 3PAJA 1QR7A 2B0MA 4LVAA 2H90A 4GFSA 3GAYA 3W9ZA 4Q32A 4R34A 3GKFA 2YCEA 3EB2A 4H4IA 1P5BA 3CC1A 1GVQA 2X1UA 4MFEA 2CZEA 4QQ3A 3PBVA 4IUOA 2A6NA 3BW4A 1ALDA 1CX9A 4OQVA 3DI1A 1OX4B 3W1LA 1W0MA 3QMSA 1G69A 2VFEA 4DO5A 1R47A 1GJPA 1I4NA 3I6RA 2QCLA 5FF7A 2V8ZA 4DXVA 3W7GA 1H7RA 2D73A 4TX9A 3M0ZA 3WJYA 3LCWA 3DGRA 4YWIA 1G7UA 5F2MA 3M5ZA 2C13A 4ICNA 3G22A 1SSGA 3MI6A 3PWAA 3IRDA 4ALDA 3NNTA 1FXPA 4WJEA 3TAKA 3DI0A 3C2VA 3NM3A 1F6PA 1TQJA 1WBJA 3BGGA 3O06A 3GIYA 2QKFA 2QCFA 2RDUA 2TPSA 2RDWA 2ZFAA 1D3HA 3TCEA 1FDYA 1G67A 4MYAA 1R46A 3U8GA 1YYAA 4K36A 1LBMA 1ME8A 4UFJA 4BF9A 4L4LA 1T96A 4JDBA 2FB2A 3SW6A 4LC6A 5DY3A 3GXNA 2JKPA 1GVRA 1H51A 3GKAA 4WY0A 2PURA 3THQA 3MP4A 3NQCA 2WO5A 4A21A 3HPZA 3VNDA 1EWDA 3S1UA 2VEIA 1ME7A 4WD0A 4RXFA 5HWMA 1VCGA 3N3MA 1VCVA 2ABBA 4I7UA 3M41A 4RV8A 3ZWTA 1GVFA 4PEKA 3QQ0A 4UMCA 4QIUA 4EVZA 3NQFA 2CLHA 3ABOA 1RQHA 3M43A 5D09A 5AFDA 4LS0A 4NJIA 3C3NA 4O11A 1LZOA 2ZA1A 2ZZ1A 4O8RA 3W2LA 1TV7A 3LLFA 2WQPA 4TIMA 3WJWA 3QMRA 3O6CA 2QJGA 3VI2A 1VYRA 2X2GA 1OYAA 3MHFA 3DFOA 4JY9A 4FX7A 1NFBA 3CEUA 5FF3A 1FY6A 5DN1A 1KLZA 2V9DA 5G5IA 3GR7A 1H63A 4K6AA 5LNSA 1KBIA 4JR5A 3MW7A 2Y89A 1G7VA 5G2IA 5HINA 3NXFA 3PVFA 2QJIA 1TPWA 5FEXA 1Q3NA 1KV5A 3E02A 1ZJIA 1T99A 1ZAHA 4NVTA 3P62A 5K4ZA 3U6WA 5K7JA 3HMJG 5KTLA 1M5WA 1D3GA 1EP2A 1RD5A 3IGUA 4GBUA 3KVJA 5HWNA 1SR9A 3W71A 3THAA 2CLFA 2X16A 3FYOA 1B57A 1WDWA 1AMKA 3NL5A 1VRDA 3L9CA 3W1UA 3W70A 4RXGA 2DJXA 2VFHA 1VQTA 5KZEA 2X1RA 3I7SA 4NZJA 3STCA 5LSMA 3QW3A 2JGYA 3FYPA 4G1KA 4M19A 3W22A 3C4UA 4OE7A 5HUPA 1AL8A 3LTSA 2TSYA 3OHIA 2E6AA 3UWZA 6ALDA 3AO0A 5F2GA 3SECA 3CQ0A 3TMLA 2RDTA 1OF8A 5DCEA 3T55A 1P1XA 2A2IA 2CLLA 2DZSA 4NUWA 3EEGA 2A4AA 5DXXA 3RK8A 1V5XA 3B4UA 4WOZA 4NX0A 2Y61A 5LNUA 1YPIA 1KM2A 1O5KA 1TO3A 1VZWA 2J9YA 5EBUA 5I3KA 1B4EA 1EB3A 1BEUA 4DF1A 1QPQA 1L6YA 3HPSA 3W7NA 1GOXA 5E0KA 2VELA 2R94A 3GB6A 5BRBA 1VYSX 3MI2A 4AF0B 3S5OA 1C8VA 1O4UA 4NJGA 3UXDA 3C61A 2J9ZA 2KZHA 1TIMA 1SW7A 4FO4A 5F4SA 4ML9A 1H1ZA 3T40A 3W2UA 3P8JA 3NQVA 4MLJA 3W3OA 2Z6JA 3L67A 1OJXA 1K02A 5TIMA 2YW4A 4HNUA 2WNZA 3UD6A 1K7EA 1QO5A 1U83A 1DHPA 1S5TA 1FDJA 3H55A 4E2DA 4GRSA 3W74A 5CKSA 1RV8A 5EKYA 3B03A 3W76A 4N9BA 1I8JA 3L65A 3FOKA 1RQBA 1H5YA 4K8EA 3EWZA 3W1XA 1JCLA 4AHQA 1TPH1 4JYDA 3C52A 4JNMA 3VE9A 2Q3OA 1H7WA 1H50A 1W37A 3LRKA 4CNPA 3P5ZA 3T4CA 1QDSA 5CZJA 1CI1A 1ML1A 4Z1BA 1GYNA 3BPWA 4WUIA 2Z6IA 1DOSA 2E5DA 1TV5A 1ZENA 1LM1A 3MHUA 1ONRA 1VR6A 3IIVA 4ADTA 2E5BA 3PBUA 2W79A 5G4EA 3LRMA 3SIZA 3NPVA 4UIOA 1IF2A 2XN0A 3SY5A 1YXCA 3LTPA 2WJZA 4O57A 5CZSA 2Y63A 2WOQA 2A7PA 4FF7A 2FIQA 4DPQA 4XZ9A 1YDNA 2VFDA 1A5AA 2GOUA 3DFTA 4TU1A 1JQVA 2XFWA 5DBUA 3L0KA 2QCEA 3GXPA 1M7OA 3W1NA 3R13A 3TJXA 2Y7FA 3W1AA 2ATMA 1M6JA 4GWEA 3O63A 3W7JA 1Q6QA 4LY8A 2Y88A 4GE8A 1P4CA 3L5AA 1KBJA 1W1ZA 3DHDA 3L5MA 4IPJA 1KV8A 3DFNA 2EKCA 4OHQA 1W8SA 2ZZ2A 4HNTA 4FNTA 3E9AA 4N02A 1I45A 2I1OA 1KM5A 2FLIA 2RKXA 2UV8G 3TQKA 1KFKA 3KHJA 2OCZA 3W87A 4AEOA 1DQXA 4Y6GA 4Y8FA 3W1MA 3GXTA 1QFEA 1G4SA 3BO9A 3TMQA 1K7FA 3P5YA 3N73A 3STFA 2ZA3A 1ADOA 4A3UA 3PY2A 4O52A 1R2TA 3BVJA 3INPA 1QPOA 3NPWA 3P7YA 3K30A 4FIRA 3W7MA 4O16A 4LNYA 1G4TA 5GVJA 3F4NA 4JTJA 2YW3A 1EP3A 3F1QA 4E38A 1H7XA 4GJ1A 4IMFA 3VKJA 2OX1A 2CLMA 4GUIA 4OU1A 1F76A 3Q2DA 1I2RA 4JEQA 2VXNA 1ZHAA 3LBMA 3RLVA 4MLRA 3MBDA 1KFEA 3KAOA 3NGJA 3DFSA 1LOQA 3W23A 2ZRWA 3LCXA 4MY9A 1QWGA 3HOJA 5D2XA 5CSRA 5K9CA 4JTSA 3TSDA 2TRSA 2QDHA 3PS7A 3WK1A 3W07A 1MSSA 3C0JA 2DJLA 3G1FA 4EF9A 3M5VA 2A7NA 2NXIA 2HS8A 5FF4A 1KM4A 5CZ0A 3FJ6A 1RR2A 4I9AA 3TX9A 3W7HA 1NEYA 3ABRA 3O6YX 3LX9A 3DBPA 1W31A 1I2NA 4JTEA 5K9XA 1W3IA 1SZFA 3IGSA 1EEPA 1KTBA 4P61A 1A50A 3EX2A 1OYBA 3TQVA 4IMDA 3TSMA 3PBYA 1OX4A 5BOOA 1UB3A 4M7SA 4CNOA 4N9CA 1I2OA 3EXTA 2H8ZA 5AC6A 5HQEA 5D04C 3UZJA 3LTYA 2VFFA 3Q58A 1F6KA 5HJLA 4DQWA 3G8EA 1O94A 4DO4A 3PG8A 4HPXA 5BMWA 3BGJA 4NJKA 1J2WA 1YLVA 3WJSA 2RH9A 1PCKA 3NL3A 5I3IA 2F84A 1FBAA 1Q6OA 1TJPA 4LOCA 2QCHA 4O19A 3PM6A 4BI6A 1HO1A 3NQ7A 3UXAA 4DBEA 4IQLA 2WNQA 1FWNA 2RFGA 3SR7A 2CLKA 4K7VA 4PODA 1WOBA 2ZBTA 3TE9A 3ZR4A 2EAWA 4OV9A 2YDAA 4O10A 4DPPA 5I3GA 1QMLA 3W84A 2Y70A 3S5NA 1WOAA 3QC3A 1U5JA 1BTMA 3EWBX 1XBYA 3IVSA 2R14A 1XM3A 1YADA 3MYOA 4AWSA 2H6RA 2BLEA 2NV1A 4W9TA 1P0KA 4ZZ9A 4LV4A 3C2RA 1MZHA 3QSTA 1XFBA 3MO7A 5FEPA 3NQ6A 1YPFA 4O14A 3UPBA 5IBXA 3GX9A 3P74A 4BFAA 4N6EA 5D03A 3A5FA 3KFTA 4HKPA 3TUUA 3T78A 3V1PA 2VOMA 4YCPA 2H8XA 2QR6A 3LCLA 1F73A 3HG4A 3R89A 1OABA 4AWTA 1OFRA 4UUIA 3GDTA 3RFAA 1RPXA 3NVTA 3EWUA 4RR4A 5J5RA 3EX1A 2VENA 3F03K 5H91A 4O0ZA 1WQ5A 3S5ZA 4MYXA 3KXQA 1X1OA 2NWSA 4JIPA 1IIGA 3TKFA 4N2YA 1TJRA 3FKKA 2CFFA 3BLFA 3GDLA 3FIGA 2BSLA 3MP3A 4UCGA 4JX6A 3IIXA 1G6CA 3QEZA 4CQ9A 1GVOA 1OK6A 3B0UX 1ME9A 1TTPA 3ANYA 5EPDA 3ELFA 3NG3A 1XL9A 3TK7A 2C19A 3TQ0A 1JUEA 2JK2A 3L5LA 4E0CA 2FFCA 3B06A 4JN6A 2CZDA 3STGA 3FEMA 1C29A 5G2WA 4O18A 1QNVA 1FWSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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