1IXN | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	242
structure length	242
Chain Sequence	AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEKRQEVTTEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine 5'-Phosphate Synthase
molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Escherichia coli
total genus	95
structure length	242
sequence length	242
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03740	PdxJ	Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ixnA00

1W31A 3KVLA 5HNRA 3L2IA 3PVFA 3ZFHA 5F2GA 5FEPA 3EKLA 3PUEA 1IXQA 4QM1A 1QO5A 3G1XA 2YSWA 4RR4A 2ZRXA 4BF9A 4HKPA 4NZJA 3BW3A 1T0OA 4UTWC 1LRTA 1TTPA 2WQPA 2O7SA 1LOSA 2V0TA 1HG3A 2BWGA 3M5ZA 4A3UA 3LI0A 4J9JA 4IOTA 4GUJA 5HWMA 1PS9A 5DXXA 1VS1A 5U4NA 1TPWA 1DL3A 2BLEA 3C3NA 4PFMA 3G0XA 2EHHA 3TV8A 3FKRA 2ZBTA 1NF0A 4WQ6A 4N6FA 2YW4A 4WOZA 2CLHA 4RK8A 3HBLA 1OX6A 3KOFA 2DZXA 1H5YA 1RVGA 1TMHA 2GJNA 2EPHA 3CTLA 5CSSA 1W5MA 3S5YA 3NYZA 3GNNA 5F2MA 3TU9A 4O17A 3W7IA 3HJZA 1PV8A 3TCEA 1ICQA 3LRMA 5HINA 3W2JA 3UD6A 2BTMA 4UR8A 4U4MA 1F6KA 4I7WA 5D32A 4KFNA 3GVGA 5G2HA 3TUUA 3HPSA 3NM3A 1Q3NA 5F4WA 3TMQA 4FEZA 1A5SA 3TIMA 1EP1A 3HQ1A 4IJBA 4K7VA 2A6LA 1PVNA 2Q8LA 5KSWA 1W54A 3GR8A 5CPLA 5F2LA 5FF3A 1JRCA 4XUGA 4YWIA 3Q2DA 5D38A 1X6UA 4HHPA 4EF9A 4K8HA 2JGQA 1VRDA 3W6YA 2B7OA 2LLEA 5J5RA 4KKXA 1KFCA 2RKXA 3W74A 5C2XA 3NO5A 1A5BA 2ISSA 4UIOA 4ZMGA 4UCGA 2CZDA 3LERA 5KZMA 3HG4A 1GG1A 3TQ0A 2JKEA 2DU2A 3LV6A 3EX4A 1FXQA 4UMCA 2V5BA 2RH9A 3DH7A 3TNOA 3W7MA 4UFKA 3NQDA 1FWWA 1Q6RA 4FIQA 1UUMA 2E09A 1XL9A 2H3DA 1H60A 2R94A 3UWWA 3LGEA 1U5JA 3N2XA 1LCOA 4DXVA 4Z1CA 2GQ8A 2XN0A 5G2IA 4RKAA 3VCRA 1L6SA 3LHUA 2ZCGA 3G8RA 4O28A 2G97A 3NQCA 4M6QA 4MPQA 1XCFA 3STFA 1LRQA 1LZOA 1ALDA 3GKFA 4DO5A 2HS8A 2YXGA 3KHJA 2PE4A 4N4PA 2ISWA 5D2WA 2YDAA 4LV9A 5HQEA 4QITA 3W7RA 1VLIA 1JCMP 2CLFA 1KM0A 3WK0A 2EF9A 4AHQA 2QEZA 3NM1A 4JTJA 4G1KA 1AMKA 2WNZA 4IMGA 1OK4A 2QUTA 4UNLA 4MYXA 4MYAA 3GX9A 3PG8A 3QYQA 3N19B 4AXKA 2ZTJA 4UMAA 3W2KA 1WX0A 3GR7A 4WUIA 3S1WA 3BARA 3G3DA 1SFLA 1I2PA 1YDVA 1LORA 3WJWA 5FF7A 4UTKA 1WXJA 4KFPA 1KLZA 4D2JA 4K37A 4N2YA 1DVJA 4JY8A 2FLIA 3VNDA 3SZ8A 4E2BA 1VR6A 3NGJA 3HPXA 1RZMA 1TSIA 3FIGA 5D2TA 2BXVA 3B05A 4S1FA 1QWGA 5LZLA 4H6KA 1J2WA 3D0CA 1AK5A 5EY5A 3QEZA 5G1TA 5BW6A 4OHQA 3G1HA 4IQLA 3W7PA 4JX4A 1ZAJA 3CQ0A 4BI5A 5I3FA 2B7QA 3R13A 4PCFA 4JTTA 3THAA 3O15A 3ANYA 3T4CA 3OVRA 1SZGA 5DBUA 2ZA3A 2ZZ6A 5DBTA 1AW1A 1EP2A 4Z1AA 2QJHA 3OVPA 2YYUA 1J4EA 3FJ6A 5C54A 4LW7A 3BW2A 3LRLA 1G4SA 3W1MA 4O18A 4GBUA 3PBUA 2CWNA 1SO6A 3PWAA 4O1DA 2J88A 5L9FA 3QPZA 2FFCA 1KV8A 3BLIA 1VYPX 1PL9A 5SWUA 1BEUA 3WFAA 1ZENA 3MJYA 2X16A 4LRTA 2ZRZA 1OFOA 3GYEA 3LCWA 1FDJA 2Y63A 4WJEA 4NQ1A 1F5ZA 1K8ZA 3TSMA 3TX9A 2YFNA 1YPFA 2Y88A 4EWND 2CZ5A 2OJPA 1O5KA 5AHFA 2EKCA 3G0SA 3EEGA 5KZEA 2DZVA 3HOJA 3KVKA 2VFIA 5D04C 3NQMA 4HNVA 3TR2A 1OYCA 1JUKA 2QCDB 3EX6A 3S5OA 3EWUA 1XBYA 2Z6JA 2OT0A 2Y7DA 3ZWTA 3IVSA 3SIZA 1CX9A 4AEOA 2NUYA 1L6WA 4UR7A 1HL2A 3W9ZA 3BK0A 4GNJA 4TMBA 3O63A 1PCWA 3NQAA 2OX1A 1VCGA 4Z08A 3VFLA 4FB7A 3V1PA 2H8XA 3LLDA 4OV9A 3T78A 4R53A 4DEFA 4LV4A 4AHOA 3LTPA 1NVMA 1SR9A 2XN2A 4K8EA 3W1PA 1R30A 4JDBA 5FF0A 4O1BA 1K03A 5DELA 1K7EA 4M19A 4O52A 2NV1A 3UZ5A 3UY8A 3TC7A 2FPYA 3UNDA 2IQTA 4ML9A 3EWBX 3S8HA 3QW4B 3DKLA 3VE7A 3P5YA 3E12A 4IMFA 2I14A 1XDLA 4IX0A 4LVDA 3STGA 2E1DA 5DXYA 4UTTA 1GVRA 4N4QA 4AAJA 2ZDRA 2Q3OA 3R89A 1OG0A 2CW6A 3L5LA 3BGGA 1YXYA 3U6WA 3W76A 1W0MA 2QCDA 3W73A 3M41A 2E6DA 1RPXA 1YXCA 4ADSA 4JTHA 2X1UA 3W7DA 3NDOA 3CU2A 4TIMA 5IBXA 3RNDA 3WJYA 2ALDA 3TFXA 1W56A 4JTKA 3RU6A 1B4EA 2Y89A 2CLEA 1KFKA 3BO9A 2G95A 2GUUA 3U8GA 4A2RA 2CU0A 4QAIA 2UV8G 1DJNA 1EA0A 2WSYA 1OYBA 4MUZA 1T8XA 2ZRUA 5DCDA 4JYFA 4A22A 1A5CA 5HULA 3VI2A 1LBLA 5D2YA 1ZNNA 4GUHA 3O6DA 1JUEA 3JRKA 2Q8ZA 3P8IA 3RFAA 3W1TA 5BMWA 5KITA 4AH7A 3FFSA 3O6CA 1W5QA 1F2JA 5BOOA 2Y7FA 3FS2A 1IIHA 2I1OA 1XM3A 4IMCA 3TW6A 4Y9AA 1S5TA 3GDRA 1JQVA 1YXDA 1H7PA 1OFRA 1SZEA 1LOQA 1ZHAA 3EKZA 3HMJG 3W7KA 3WJSA 5FEWA 4IPIA 1JCNA 2NWRA 3W7EA 3RLUA 2P10A 3F4NA 4UTWA 1KM5A 3W1LA 1QOQA 2Y61A 1R47A 1H7RA 4AMAA 5CPMA 2NZLA 3MP3A 4NVTA 3UWZA 3H54A 1GPWA 1LLWA 3PSVA 2W79A 1G7UA 3BG9A 3NQGA 4UFJA 5KMYA 1FCQA 1P0NA 2CLKA 3FA5A 1GVFA 5CZ0A 1TPEA 3LBMA 3NQ6A 2Z6IA 2F84A 1S3HA 5CSRA 3AJXA 1RR2A 3I68A 1EEPA 1SO3A 1RQBA 4DF2A 3MYOA 3SSJA 1TREA 4JS3A 3W7JA 3PS7A 3UY7A 3MI2A 3KAOA 3LB0A 5AHNA 4JYDA 2TSYA 2JBMA 1W3IA 3CM4A 4O1CA 1D3HA 2NV2A 1PHQA 1TTIA 3IGUA 3W2NA 4ALDA 1UCWA 3OA3A 4K7YA 3C2EA 3P5ZA 5D02A 5HR7A 4IPJA 3MBDA 3S1VA 5F1UA 3DKJA 3FJLA 3GAYA 2G5WA 5LNUA 1TPH1 3W7OA 3CIXA 5DLCA 1TRDA 1QOPA 2FTPA 1DOSA 5C6MA 3R8RA 3QM3A 4N9BA 3P7YA 4JYEA 4NX5A 3DHFA 3B8DA 2A6NA 2QR6A 4WX2A 1KTCA 1QPQA 1RV8A 1TTQA 4AF0B 1ZJIA 3CWNA 3UXDA 3IVTA 3BLFA 3E49A 3M5XA 2J9YA 3M1ZA 4HNNA 2V8ZA 1ICPA 3LX9A 2EAWA 3PULA 1OF8A 4LVFA 4NU7A 3SR7A 3PC0A 3RMJA 3U2OA 3BV4A 4JX5A 3IVUA 3P81A 4FXSA 5DCEA 3QC3A 3H55A 3M5VA 1OX5A 4JX6A 4RZ6A 1SO4A 3NL3A 3T40A 1QO2A 3W71A 4M7TA 3HPZA 1JVNA 1EWDA 1SO5A 1HO1A 2DZPA 5H91A 4IUOA 1GT8A 4N9DA 1KM2A 2ZRYA 3EWZA 3G1FA 2B7NA 3MYPA 3UXAA 1UB3A 1TQXA 1KV5A 3EXTA 3LHYA 4FX7A 5D2XA 4O57A 1M6JA 3W83A 2FIQA 1A5AA 3W88A 1KA9F 1ZFJA 1GYLA 4LUIA 3BPWA 1T99A 1K7XA 4GUIA 2NXGA 3T7VA 3ATYA 4XBSA 1NSJA 2ZZ4A 1F74A 2H8ZA 2J9ZA 1OFQA 2NX9A 4MY1A 4QNEA 3LTYA 5DCBA 1IXNA 3G1DA 4ADTA 1P1XA 1VC4A 2YZRA 4QIUA 1R2SA 3QMRA 3BGJA 2B4GA 3P80A 1ME8A 3NQEA 4LUJA 4NJGA 3THQA 5C55A 1KFEA 4XTDA 2X30A 5A8GA 4M6VA 2V30A 2DORA 1ONRA 2ATMA 1JCYA 1KLYA 2JKPA 1ICSA 1T96A 5D30A 4DF1A 2HSAA 2QCFA 2ZQ0A 1YDNA 1TJPA 3P8JA 5D03A 1R2RA 1PCKA 4LS2A 1FCBA 1EUAA 1XC4A 1QPNA 4KFOA 3Q58A 2WKJA 1VCVA 2C15A 1F6PA 1VHNA 2CZFA 3KRZA 1W5NA 2JKAA 4DF0A 2QKFA 1QPRA 3F1QA 5K4ZA 3LHTA 5AYZA 2C14A 3N73A 5C5YA 3NG3A 4U28A 5KZDA 3WJXA 3N2MA 3G8EA 4LTSA 1XBVA 1YTKA 2R14A 3M44A 1H62A 1TB3A 5K2ZA 2PRMA 5AHMA 2WNNA 4Q4KA 4UFHA 2I9EA 3TSBA 3C6CA 3NQ8A 3P82A 2KZHA 5I3KA 4MLRA 3W87A 2AGKA 1OFPA 2BX7A 2E68A 3A22A 1R2TA 4HIBA 5LNVA 3ELFA 1OABA 2R91A 2F7FA 2V2HA 1TJRA 4O1AA 5AB3A 4LY8A 2V82A 4XBKA 1GTHA 1KM3A 1O4UA 1JQXA 2H6RA 4P2VA 4EF8A 3P60A 4JN6A 1W3TA 4POCA 1KFLA 2E5CA 3EXSA 1KM1A 5LSMA 3PBYA 4FNTA 3NPXA 1QCWA 4YL2A 2YFOA 3W2UA 5KTLA 3DENA 4NZFA 2ATSA 1SUXA 1C29A 2H90A 4HN4A 3W1RA 2CLOA 5F2IA 4DELA 2A85A 1W3NA 1HFBA 3LCLA 4OWGA 3FKKA 3TAOA 4DQWA 3H53A 2GQ9A 4JTLA 3IV3A 3B04A 5I3HA 2VENA 3IIZA 3IIXA 4FXRA 1WBHA 4LS0A 4JTGA 1S5VA 2DP3A 3G18A 4C1KA 2DJLA 4OE7A 2A2IA 1BTMA 2QJIA 4MZ1A 4M5PA 3MP4A 1H1ZA 1DHPA 1M7OA 4LVGA 2ABBA 2E77A 1H1YA 2BSLA 3TXVA 3IGXA 1TPC1 2P0OA 1SW0A 3GXNA 2ZZ3A 3UWVA 4AWTA 5K7JA 2R8WA 2A7PA 3MI6A 4QJ1A 3P61A 3S9YA 4XZ9A 1QFEA 2ZA2A 8TIMA 5H2ZA 3SI9A 4ICNA 4JGDA 4X22A 5F4SA 1DV7A 4NNCA 2C1HA 4E38A 3USBA 4JTFA 4YXGA 5HWJA 3CPRA 4CNPA 3EX3A 1KFBA 3Q37A 3RLVA 5AYXA 1IIGA 1OK6A 5AC8A 5K9DA 2W6RA 4OBTA 1YLVA 3NXFA 5AC7A 5CPOA 2VEMA 3NZRA 1BWLA 1AW5A 4MY9A 1VZWA 6TIMA 1AL8A 2GVGA 3L67A 1B3OA 1VYRA 2O7QA 4CCEA 4O15A 3N14A 2A0NA 4N02A 1RD5A 4ZQMA 3OG3A 1ADOA 1VYSX 3CLMA 3TSDA 3M16A 3O07A 4CCDA 2XFWA 2YYTA 3W7LA 4UMBA 3TJLA 1FXPA 4A2SA 4OGZA 3IIPA 1TV8A 4JTIA 3UYCA 4KWVA 3M5YA 2E5DA 4E2DA 1ZALA 2NX3A 3MO7A 3NR0A 4O16A 4PTNA 3QPYA 4MJMA 3DU0A 4NUWA 3UQNA 4RZ5A 3M9YA 2X1TA 3F03K 1PIIA 3SW6A 1OFAA 2ZRVA 1NEYA 1GVOA 1O94A 3NQ7A 1MEWA 3N3MA 3WK1A 4HNUA 4MKNA 2WSRA 3PF3A 4PEKA 3LHVA 5AHLA 4RXFA 3W1XA 2RDWA 3QMSA 5K9XA 1THFD 1ZCOA 4O13A 3HB9A 1M5WA 1LM1A 1Q6LA 3CHVA 1OX4B 3I65A 4EVZA 2WSQA 1F76A 3CIWA 4UFMA 3CWOX 1N7KA 3NZ1A 2QAFA 1F05A 3OHIA 5TQLA 1KBJA 4AWSA 1FCVA 1GVSA 1VH7A 2NUXA 4FNQA 2QCGA 5AC6A 1I8JA 3L0KA 1AL7A 4NJIA 2OZ0A 4TO8A 5CZTA 1W37A 5TIMA 1JCLA 1EB3A 4O12A 2FDSA 3GZ3A 3LHWA 4I7VA 5E0KA 4GJ1A 5I3JA 1WOBA 4PL2A 3QJAA 2E6YA 3KRSA 3QW3A 1YDOA 3UWQA 5BMXA 3C56A 3E96A 4RZ4A 3INPA 5CKSA 3MW7A 2GPTA 3S1UA 3KX6A 1TPVA 7TIMA 2RHGA 1Z42A 4L4MA 4O54A 5D37A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1IXNA

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