1IXN | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	242
structure length	242
Chain Sequence	AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEKRQEVTTEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Escherichia coli
publication title	Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine 5'-Phosphate Synthase
total genus	95
structure length	242
sequence length	242
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03740	PdxJ	Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ixnA00

5CPMA 3NA8A 5LHEA 4TIMA 1W8SA 3G8RA 1XFBA 2RDUA 3GZ3A 4RX0A 2H3BA 2YFNA 1VYSX 1OFDA 2WKJA 3M5VA 1QR7A 4AXKA 3C6CA 3O16A 2Z6JA 4CCCA 1DKWA 4NXSA 4KFOA 4M6PA 1F73A 2PRMA 3C3NA 1C29A 3T7VA 4BFAA 2R91A 3LDVA 3L66A 3VI2A 1ZY9A 3DFNA 1KBJA 1I4NA 1BEUA 4ORIA 3GXPA 3LTSA 3HGRA 5F4XA 3LXBA 3LLFA 3IGXA 3EB2A 4U4MA 2YPIA 1GG1A 1H7RA 5H2ZA 4QISA 4FX8A 3TFCA 3B0VC 3TC6A 5DBTA 3EX2A 5AHEA 5CPOA 2GUUA 1EWEA 3DFQA 3TX9A 2OJPA 4C1KA 3LRLA 3CHVA 4RLIA 2X30A 3F4NA 1KM6A 4DELA 2E5DA 2HMCA 1AG1O 3B4UA 3LCIA 1YTKA 4UFJA 4H3DA 3WJYA 2VFIA 1TV5A 4O1DA 5J5DA 7TIMA 1ML1A 3SR7A 2RDWA 4HPJA 2QJIA 3F1QA 1IXOA 2OZ0A 2X1RA 1RQEA 3NQVA 5D2YA 1HFBA 1OK6A 3JR2A 1BWKA 1OX6A 1K8ZA 2GJNA 3G24A 1C9DA 1K7EA 3TXZA 3KVKA 1VHCA 1TQJA 3W7CA 5CZTA 4S2BA 1XBXA 2JKPA 2H6RA 3ABQA 4IX2A 1EWDA 2Q8LA 1OFOA 3QM3A 5HNRA 2PRHA 4MY9A 4GC4A 3IRDA 5G5IA 3C2VA 1H7NA 2QAPA 4QAIA 1VHNA 3D0CA 5E93A 4UR8A 1SUXA 3F03K 1FCVA 4UMCA 1OFBA 3LRMA 1I2OA 2ZRUA 4A21A 5K7JA 2YX0A 4ZQOA 4K36A 2YXGA 4LVBA 4HT3A 4LV4A 2ZBTA 1Q3NA 2Y61A 1B57A 5TQLA 1SZEA 3W2NA 3ABOA 3EWWA 4FX6M 2G97A 3CWOX 2V5LA 4EOUA 2X16A 2W79A 1Q6LA 3IIZA 3HBLA 1WX0A 3NVTA 4IMGA 5D2VA 3NQ6A 4FF7A 5K4ZA 1I45A 3TE9A 2FB2A 1QMLA 3NPUA 1EPXA 2GPTA 3L21A 2CLHA 2CU0A 4YL2A 3N73A 1R2SA 2QCGA 1XDMA 2QR6A 2TSYA 3N3MA 3GDLA 5A5WA 1GZGA 1FWWA 3PUEA 4R7JA 3PB2A 2EAWA 3RNDA 2A7RA 4LRTA 3G3DA 4ML9A 1PV8A 5F2MA 4R34A 4MUZA 3HG5A 3W73A 3B06A 1H7XA 4MVAA 5FEXA 2EKCA 1SPQA 1JCNA 3MHUA 1L6SA 2OT0A 3LHZA 2A7PA 3SSJA 1O5KA 4UXDA 2V2HA 5AYYA 1JCJA 3WJZA 3BLEA 4HNVA 1JCLA 3W83A 1GQNA 5HR7A 3U6WA 3OG3A 4ALDA 3A22A 1ZAIA 4NNCA 4N9EA 5DLCA 1KFBA 5C5YA 1D3GA 3EWZA 3S5ZA 3W75A 1P5BA 4ICNA 3TJLA 1JRCA 1OF8A 1PS9A 1RVGA 5TIMA 4DPQA 1M5WA 1K3UA 3TK7A 5F2IA 2J9XA 3SGZA 3WK0A 1PHWA 4NUWA 2DZPA 4RZ4A 5FESA 3W2JA 1TPUA 2NWRA 2ZZ4A 2QCNA 4Z1DA 4RZ6A 3NPWA 4JTSA 4O11A 4JIPA 1CW2A 2V8ZA 4LVAA 2WSRA 4DEFA 2DP3A 5EL1A 3TA6A 4YCPA 3CWNA 1IIGA 1W3TA 4AMAA 4QNEA 5EA9A 3KHJA 1ZAHA 2DZSA 1LLZA 3DHFA 4QJ1A 1TJPA 5D02A 2J6XA 1T99A 2VC6A 2C6QA 5D32A 1VH7A 4FNSA 5AHLA 2YDAA 4LW7A 1S3HA 4O8RA 4LT9A 3UXDA 4MYXA 3SW6A 1L9WA 3L5LA 1O95A 4DF1A 1O94A 2C0AA 4ZL1A 4PH6A 3ZWTA 5DN1A 1EB3A 1T8XA 4A2RA 3EKLA 4WY0A 3W23A 1TPWA 5HQEA 3P62A 2RDTA 4HIBA 1AW2A 1GYLA 3TQVA 4H4IA 3QW4B 5U4NA 1YDOA 3VE7A 1O60A 4WOZA 3FJLA 1OFEA 4KKXA 3C2OA 1OG0A 3EWXA 4Y96A 1F6PA 2OMAA 4PL2A 2F7FA 1SW0A 2ZYFA 2CWNA 2Z0IA 5F1UA 2TPSA 4IPJA 3W87A 3G18A 1U5JA 1W5QA 2NUXA 2NUWA 2ZA1A 4N02A 1SO6A 4OU1A 3WFAA 1QPNA 1B4KA 4GRSA 2A21A 3THQA 1UBSA 3B0UX 4ZQMA 3PULA 5D2XA 2NX3A 3LGEA 1GPWA 3I68A 3PG9A 4FEZA 2NV1A 3NL5A 1F2JA 2C13A 2DZWA 3TKFA 2ZZ2A 4YXGA 3QPYA 4MZ1A 3KAOA 1LBLA 1HTIA 3TIMA 3PUDA 4MYAA 4E2BA 5CPLA 5EYWA 1YTEA 3MYPA 5DELA 1ADOA 1I2RA 3QPZA 1ZALA 3G1SA 4XKYB 5D30A 3UPWA 5CG7A 1SO5A 1DJQA 2E1DA 4O50A 4WJEA 3STFA 3L65A 4IXXA 4O54A 3GYEA 3DGRA 4IGHA 3MW7A 4MJMA 2HSAA 3W84A 1W54A 3MYOA 3E9AA 2YZRA 4M5PA 3PSWA 4OT7A 2A7NA 5BMWA 1PIIA 4OV9A 3LI1A 3S8HA 4LS0A 5AC7A 3MBDA 8TIMA 3W1RA 3W70A 2WPBA 1EP3A 4POCA 4A29A 5FEZA 3EX6A 1JJKA 5D03A 4FO4A 3HMJG 1OYAA 4QIUA 2Y85A 2BZNA 5CZSA 2A6LA 3R5EA 3VCRA 3TH6A 4JTEA 3SGUA 4GUHA 1MO0A 3C56A 2EHHA 4Y6GA 3OVPA 4I7VA 3G22A 3EX1A 1KW1A 3F4WA 4WQ6A 2QUTA 3TMLA 4MJZA 3BGJA 4IQLA 3VKJA 2DZUA 3TC7A 1I2NA 3R12A 2RH9A 4XQ6A 2ZDRA 4EF8A 3WJSA 3NOEA 2WV8A 3GK0A 1R2TA 2G5WA 1H5YA 2PCQA 3GAKA 3GNDA 3W7PA 3W9ZA 3O6DA 3BW2A 3O6YX 4EVZA 1FDZA 4MY8A 2DORA 2E5CA 2R8WA 5ABTA 3HPSA 5C54A 4NT0A 4AAJA 2YSWA 1UUOA 4WXZA 1QCWA 6TIMA 5G1TA 4OE7A 3GX9A 1PVNA 5C2XA 3P61A 4TMBA 4QQ3A 2QAFA 4DO6A 1THFD 4MPQA 1HO4A 4ADTA 3QFEA 5LKYA 3SJ3A 2LLEA 4WZHA 4PFMA 4AF0B 1PHQA 1N55A 1QAPA 3NXFA 2YYUA 4O13A 4YWIA 3IV3A 1FCQA 2QDHA 4WX2A 1GJPA 4O4VA 1FXPA 4RJEA 1OFPA 3W86A 5DBUA 5FF3A 3C2RA 2YGYA 2CFFA 3UWZA 4AHPA 1G6CA 4Y8FA 3SI9A 5G2HA 2CLLA 4CQ8A 3W71A 2ZA2A 5D38A 4UTKA 1WDWA 3EX4A 1J4EA 4UNLA 2WQPA 2E6FA 1UB3A 3LCFA 3TAKA 3G0SA 1Z48A 1JULA 4JD4A 1MEHA 1X1OA 3TQ0A 5G2WA 3L0KA 3S42A 3PAJA 5K2ZA 4RKAA 3TV8A 3RFAA 1YPFA 3LXCA 4DBEA 5HJLA 3VNDA 1JUEA 3LB0A 4GXMA 1X6UA 1W5OA 1NAL1 2V0TA 2FIQA 3ABRA 2NWSA 1VCFA 3FKKA 3LTPA 3OA3A 3PSVA 3W7KA 1QPRA 1FWNA 2VXNA 5D2TA 1X8FA 3M5XA 2DZXA 1AL7A 2V82A 2QEZA 5D33A 1XBVA 4JY8A 2PE4A 3BW4A 4O15A 2OCZA 1LP6A 4Z1BA 4AWSA 5HUOA 3T4CA 2FLIA 4L4MA 4CNOA 4RXGA 5I3KA 2XN0A 5AOUA 1G4EA 4H6KA 3W7OA 1LM1A 2ZTKA 3FEMA 4ADUA 3NQAA 3MI6A 5CSSA 3UWYA 3GKAA 3QMSA 1WBHA 5LSMA 4TMCA 3SZ8A 3NQ2A 5HUPA 4YLWA 3QSTA 4ZQPA 5C55A 3EXSA 1W0MA 2VKZG 4AB4A 1VLIA 1W56A 2W6RA 4K37A 4O1AA 3LXAA 1KM5A 1VZWA 1WQ5A 4JYEA 1KM3A 5EKYA 4UFIA 4UC5A 5TBOA 4QNWA 3QQ0A 2CZEA 3A24A 3TJXA 4Q33A 3S9YA 3BG3A 1JQVA 4P61A 2QDGA 4IWWA 2C15A 1WBJA 3I6RA 4AEOA 4O0KA 5EBUA 4K38A 1W31A 3UWQA 1CX9A 2JBMA 3I7QA 1YXDA 1LCOA 4UFLA 1Q45A 1TB3A 3MI3A 4KWWA 2Y63A 1YDVA 1JVNA 1YTDA 1L2UA 2Y62A 3TSDA 1DVJA 3BPWA 1G4TA 2J9ZA 3UY7A 3C52A 5DCEA 1TRDA 3W1TA 4JNMA 1GOXA 4NU7A 2J88A 1HO1A 4G1KA 2E77A 4S2CA 4O28A 4M6VA 3DKJA 3BW3A 3H53A 3EWYA 1S5WA 1H1YA 1H1ZA 3KOFA 4NVTA 3LHYA 4UTLA 1XDLA 5HWJA 5CSRA 4MFEA 2GQ8A 1OYCA 4UTIA 2ATMA 2FTPA 3FYOA 3LHTA 2UV8G 1VYPX 1WV2A 2EF9A 1YXYA 2YYTA 3P84A 5AYXA 1JUBA 1PCKA 3WJWA 1SFLA 5E0KA 3UPBA 1W1ZA 3MP3A 1ICPA 1L6YA 3CTLA 5AHFA 4IMCA 3KRUA 4XKYA 1FWRA 4X9SA 2E09A 1W3NA 4LUIA 1JCMP 2Y70A 2YCEA 4PC8A 3LCHA 4JDBA 1IF2A 1P1XA 2WNZA 1VJIA 1YXCA 1VPXA 4O12A 3GXTA 1S5VA 3MP5A 1ZAJA 1OF6A 3LHVA 2ZZ5A 1FUYA 1B4EA 3LHWA 3QH2A 3TSMA 3OBKA 1D3HA 3MBFA 3IIXA 6ALDA 4CNNA 1XKYA 5F4WA 2ZRWA 2R14A 1H62A 3UYCA 1NFBA 1W5NA 2A6NA 4Q4KA 1QNVA 4N4PA 4IMFA 1IGSA 3L5AA 1LRNA 3W2LA 2C14A 2E6AA 1W37A 3NM1A 4K6AA 4LS2A 3NQFA 2GQ9A 3TROA 3IVTA 3G1FA 2CZFA 3L0NA 3T40A 3UNDA 2BLEA 4EWND 3OIXA 2ISSA 1JR1A 3NL6A 1TTQA 2CZDA 3DFOA 3R8RA 1TTIA 1DL3A 1VQTA 3N2MA 5K3VA 2E6DA 1TMHA 2QUVA 1GTHA 4IXHA 5FF7A 1ICQA 4GUJA 5DCDA 4JYFA 4JX6A 5F2GA 3I7SA 4DQWA 1EIXA 3UZJA 1ZCOA 2RKXA 1X1ZA 3NYZA 4OQVA 3GIYA 2ABAA 4AWUA 2J27A 2XN1A 3QEZA 1FQ0A 2ISVA 3KX6A 3TXVA 4LY8A 1B3OA 1ZNNA 3W88A 1LOQA 1SZNA 3NGJA 5K9XA 4GWEA 1FBAA 4E38A 4O17A 3HO8A 3I65A 4L4LA 2QCCA 3CT7A 3DH7A 3INPA 2YR1A 4HNTA 5KINA 5AFDA 3L0GA 5LNWA 2B7OA 3CIXA 5DY3A 3NQMA 4LS1A 3LHUA 3QMTA 4O0ZA 4AF0A 3FS2A 2Y6ZA 3LTYA 1GT8A 3QW3A 4GNJA 3N2XA 2NX1A 3FOKA 3NQCA 4JDYA 4K8HA 3W72A 4IOTA 5U7SA 4I9AA 1YADA 1B9BA 4FNPA 3NEVA 1HG3A 4NJKA 3LBCA 2G95A 1ME9A 3BLIA 3DI0A 2WOQA 4MY1A 1Q6RA 1A50A 3LX9A 3G1XA 4HHPA 3CC1A 4HPXA 1KBIA 4FIQA 1KM4A 3CU2A 1DQWA 2OX1A 1DBTA 4Z1CA 2CLMA 2XN2A 1H50A 4N6EA 1RQHA 5D37A 5AHIA 5I3GA 3MMTA 2QCEA 4JXCA 1KV8A 3HG3A 3NPXA 3HGOA 2C16A 3TAOA 2X1SA 4FNRA 4WD0A 4AH7A 2C3ZA 1KFJA 4XBKA 3PBYA 3S6DA 1KFEA 1VS1A 5LZLA 5LHFA 3LV6A 1KLZA 4AHQA 2I14A 4K8EA 4NQ1A 4XBSA 1UASA 1GG0A 4UMAA 1OABA 3P81A 5IBXA 1H60A 2QCHA 1IIHA 3B05A 2ZRYA 1AW5A 3M16A 1G7VA 4UIOA 2WNQA 4NJIA 2GVGA 3KRSA 4PTNA 3PC0A 5DCBA 2Y7FA 3LOTA 3O6CA 4UUIA 1KV5A 1KM0A 1IXNA 3ZFHA 3DHDA 3L5MA 5KSWA 2B7PA 3STEA 1N7KA 3IIOA 5I3FA 3LBMA 3EWUA 3ELFA 1P4CA 3M44A 3WJXA 2VEKA 1NVMA 3TDFA 4XTDA 5IBXC 3W1PA 4MIMA 4FX7A 1AL8A 4ZQCA 1SU5A 1XM3A 5SWUA 4YMZA 4Z08A 4JX5A 1DHPA 3CLMA 3LI0A 4N6FA 3SY5A 1Q6OA 1F6KA 2QCDB 5KZEA 2QUUA 4UTMA 2Q8ZA 1OVDA 1LRTA 1DOSA 4MLJA 2ZRVA 1EP1A 5J5RA 2J9YA 4YCOA 1SZFA 3NL2A 4FIRA 4O53A 3W1QA 3RU6A 2FDSA 4N9BA 2DU2A 3TW6A 1ZHAA 3C2FA 3Q2DA 2B7NA 5AHNA 1ONRA 4JR5A 4GFSA 3IVSA 4Z0JA 1UCWA 1WA3A 3DBPA 1TTJA 1QOQA 3BG5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1IXNA

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