1IXP | Genus

Total Genus 99

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	99
sequence length	242
structure length	242
Chain Sequence	AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEKRQEVTTEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine 5'-Phosphate synthase
molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Escherichia coli
total genus	99
structure length	242
sequence length	242
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03740	PdxJ	Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ixpA00

1S5VA 2WOQA 1HO4A 3C2RA 1LOQA 2RH9A 3IGSA 3O6CA 3S6DA 1TPVA 1I2QA 3CPRA 4O10A 3KVMA 4JDBA 4OBTA 3W2LA 3T78A 1KM1A 4ICNA 4WQ6A 3UWUA 4BI5A 1P0NA 1PE1A 4ZQNA 2X1RA 4MPQA 4IMGA 4X2RA 1KBJA 4MIMA 1FWTA 3ATYA 3SIZA 2DZSA 2VFIA 3W9ZA 4AF0A 1EB3A 4N9DA 4PFMA 1H7OA 3E0IA 3E9AA 5K4XA 4CCCA 1H61A 4GJ1A 3G1AA 2ZRYA 3ABOA 5K9DA 1SW7A 2PRMA 2NZLA 5F2LA 1ICPA 5D2WA 2B7NA 5DCBA 4AWUA 5LZLA 1H51A 1TTIA 5A5WA 3PVFA 3B0UX 3G1HA 3NQVA 4O1BA 4GUFA 2LLEA 2E68A 3G8RA 4CNNA 4IPIA 3EX4A 2H8ZA 1KFBA 3NG3A 3NQDA 4LV9A 2XN2A 3CQ0A 1WAUA 3PG9A 3MW7A 3BLFA 3GDLA 1J2WA 1SO5A 3M5XA 1SO6A 5HR7A 1ZCOA 2OCZA 3LXBA 2EF9A 1TCDA 2ZFAA 4O17A 3C2FA 4FNPA 4QITA 3HF3A 3G8EA 4OV4A 4DF2A 4DXVA 4PEKA 4AAJA 4L4LA 1W3NA 4I7WA 2QDHA 4P2VA 1U83A 1BWKA 2XN0A 4OE7A 4XKYA 3LDVA 1O94A 4ALDA 1NF0A 3I6RA 1K8ZA 2NLIA 4XZ9A 3BPWA 1F6PA 1KFLA 1JCMP 4Y6GA 2JKPA 3S1WA 4YWIA 2EKCA 2FQIA 4JY9A 1SO3A 1B9BA 2AGKA 2PURA 3T4CA 2Y89A 3NL6A 1VH7A 4NQ1A 3C0JA 4K36A 4IGHA 4GUJA 1P4CA 3L5LA 2VELA 4ZQOA 5EMUA 3M43A 3LV5A 2Q8ZA 4EIVA 1I45A 4DO5A 4DELA 5CZSA 3PBVA 3L9CA 1W5QA 2DZTA 4JYDA 4NJKA 4GUHA 5F2IA 1I2OA 1QR7A 1LP6A 1OYAA 4DO4A 3A5VA 1XCFA 1DV7A 3KVJA 1TJRA 2E77A 2YW3A 4LT9A 3B0PA 3DFSA 2VC6A 3UY8A 3W7DA 1YADA 3UXAA 4AMAA 4JX4A 3MI6A 3KFTA 3NAVA 1VLWA 3PBUA 1H5YA 4UTHA 3SGZA 1QNVA 2WJZA 1AL7A 5CPOA 4O52A 3IIPA 3AJXA 3S5NA 4UNKA 3H55A 5G2IA 1K02A 3EXSA 3MBDA 3THAA 4UTIA 2ZDRA 5AHEA 3ATZA 3PSVA 4LTSA 2H8XA 2GVJA 3S5OA 3U8GA 4XBSA 2V9DA 3TCEA 3GK0A 4TU1A 4H3DA 1SUXA 1LRTA 3LCXA 2QUTA 1G4EA 1RQHA 1OK4A 1YDOA 2A85A 2Z0IA 2Z2UA 4O12A 2ZZ7A 3HG4A 1X8FA 4NJGA 3M7WA 2QF7A 4FHAA 5G4EA 1EEPA 3W1XA 4MLJA 1T96A 4ZMGA 4UUIA 5HWJA 2BSLA 4QAIA 1QCWA 4O0KA 1L6SA 4N9EA 3DFNA 3STCA 2VENA 4O13A 3W1AA 4LC6A 2TPSA 3LHUA 3BVJA 3N3MA 5DLCA 2V2DA 1AW2A 3W07A 1FQ0A 4UTUA 4NJIA 2OMAA 4S1FA 4TMCA 3P7YA 4N2YA 1F2JA 4IXXA 1HO1A 1ZAHA 3DI0A 1FDYA 5HJLA 4NNCA 1EP1A 3EXRA 2GOUA 4ZQRA 5FF3A 2Q8LA 4WY0B 1SU5A 4EF9A 3NPUA 2E5CA 3N14A 3UWWA 5HWMA 4TIMA 4RZ6A 1GVRA 3FJLA 2C16A 4LWWA 3GDMA 1H7WA 1GYLA 2A5HA 3WJYA 3W1TA 2TYSA 1J4EA 4H4IA 1G4PA 2GQ8A 1TPUA 3UNDA 1KLZA 4NJJA 1NVMA 4L4MA 4Q33A 4WUIA 2DZPA 1GWJA 2RKXA 3TKFA 1M7PA 2QKFA 1PCKA 5AHLA 5FF7A 3LV6A 2X1TA 2FDSA 3B06A 3DAQA 3M9YA 2ATSA 4N02A 1OFDA 3G18A 1VJIA 3LTPA 5CKSA 1EPXA 4JEQA 4Y9AA 1UASA 1PL9A 4EVZA 3EWBX 4X9SA 4N9BA 2CZ5A 4O15A 1FCUA 3UZ5A 2J9XA 1ZENA 4JTHA 5FESA 2X1UA 1UCWA 4Z1CA 4ZL1A 1TPDA 2Z6IA 3QQ0A 5EBUA 5I3HA 1KLYA 1R46A 1W5OA 2ZZ6A 3W1MA 1AW1A 4ZQCA 4LNYA 3P60A 4UFHA 3VFLA 3GAKA 2NX3A 1TB3A 5F4WA 4JXCA 1QWGA 5KTLA 2X16A 1LOLA 3IIOA 4M6QA 3SECA 3W76A 4GXMA 3TDFA 3TQ0A 4LS0A 3NVTA 1GTHA 3OA3A 3W7HA 3STGA 5IBXC 5AYYA 1OABA 4MZYA 5CSSA 1K8XA 1H7XA 3B8DA 3LI0A 2JKEA 2YW4A 4AHQA 4IUOA 3ZFHA 3KX6A 1JRBA 5CG7A 1F05A 2EPHA 1N55A 4UTTC 3EWUA 3R2GA 1A5BA 1YTEA 2ZRZA 4IMCA 4JTGA 4MUZA 5DCEA 5U4NA 3TK7A 4HPXA 4CQ9A 3W7LA 3QC3A 4OV9A 3INPA 3W7EA 2OZ0A 5EYWA 3SW6A 5D2TA 1T0OA 3TC7A 4DBEA 1K7XA 1S5WA 5FF4A 4I7VA 1NSJA 3W2UA 4DF1A 5SWUA 5DXXA 1RQEA 2GVLA 3UWVA 3WK0A 2QJHA 3QZEA 2H3DA 2OT1A 1EX5A 3P81A 4CQAA 2Y7DA 1PHWA 4AXKA 4GBUA 2A7PA 3KXQA 1SQ7A 1KBIA 4Y96A 4NT0A 5AC8A 3GKFA 1X1OA 3IRDA 5IBXA 4YMZA 5BOOA 4QQ3A 4IX2A 3NR0A 4KWVA 2WQPA 2QJIA 1GVOA 2W0UA 3ANYA 4FXSA 1IXQA 5K9CA 1JVNA 3C3NA 4R34A 2QCCA 3T40A 3MJYA 1GQNA 4UMAA 1K03A 4LU0A 4UTTA 3S0CA 4Y90A 3CM4A 3U6WA 4NNAA 1ONRA 3PF3A 1VYSX 4WY0F 4MY9A 1ADOA 1P5BA 2VOMA 4ONVA 4DBDA 1B3OA 1AK5A 3QMRA 3TR2A 1SW3A 3PSWA 3FA5A 4K6AA 1DHPA 1I2PA 2C15A 3NQEA 4UTLA 4XQ6A 3NA8A 4IOTA 1VLIA 2JK2A 4LUIA 4LS1A 4ADSA 1VR6A 4D2JA 3B0VC 1XBXA 2ZZ2A 4S2CA 3EWXA 3IVSA 5KZMA 2P0OA 4FX7A 4QNWA 2C1HA 4N4QA 1ZNNA 2G5WA 3W84A 1ME7A 2B7OA 2J6XA 4LVDA 2FTPA 2ZYFA 3GKAA 3TXVA 3ZWSA 4UC5A 3B05A 3HMJG 1TIMA 1V5XA 3OG3A 4XUGA 1MEIA 1SZEA 3IIZA 4UFJA 1ALDA 3NQGA 3DFPA 4O8RA 1WV2A 1Z42A 5H2ZA 2VEKA 3PR2A 3A21A 4A2SA 1MXSA 4Z1DA 4CQ8A 1ZAIA 4YLWA 2CZEA 4N6EA 2FFCA 4LS2A 3IGXA 5I3FA 3KVKA 3O16A 1LM1A 1EP3A 3A23A 4ADUA 4MZ1A 1NF7A 5TIMA 4FX8A 1SFLA 3WFAA 3TX9A 3TU9A 1XM3A 1YXCA 2DZXA 1KV5A 4PTNA 1F76A 1OFPA 5F1UA 3T44A 3F03K 4LRSA 5D32A 2QCHA 1Z48A 4O16A 4ML9A 3HG5A 2RDWA 4FNSA 5HUOA 1X1ZA 3DI1A 3LCIA 3G1SA 2C14A 3UXDA 2PRHA 3C2VA 1LORA 1LRNA 3VNDA 3SGUA 4DO6A 2V82A 4LOCA 5BRBA 3TJXA 1JUEA 3S1UA 5KITA 1A53A 1LBLA 3CHVA 4R53A 3GAYA 4JTEA 2Z6JA 3FEMA 3P84A 4PC8A 4MYXA 2P1FA 5G2HA 4K7YA 1BEUA 5E1QA 4O54A 3TSDA 4Q4KA 1QO2A 2CLMA 5LHEA 3G22A 1F6KA 3HB9A 4ZVJA 2Y70A 1G69A 1YPFA 5AYZA 1DJNA 3GNDA 1KTBA 3PB0A 1TJPA 5D2YA 1D3HA 1I8JA 2XFWA 4FX6M 3PULA 1Q3NA 3HGOA 4M7SA 3G24A 3N2XA 4K37A 2A21A 3OVPA 2WO5A 1JJKA 3DFQA 1BTMA 4O28A 5BNKA 1SPQA 3T55A 2FLIA 2DP3A 3MHUA 3JR2A 1OFOA 1AMKA 5C55A 5K4ZA 3P61A 3W1LA 4AVFA 3FOKA 2ZZ4A 2FB2A 2ZRUA 3NNTA 3ABQA 4FEZA 5L6UA 3P5ZA 1O5KA 1Y0EA 3CU2A 2GPTA 4LY8A 2I1OA 3GDRA 1QOPA 2GQ9A 1OX4B 3OVRA 2CWNA 1G4SA 1HUVA 4HNTA 4HPJA 3L0NA 1OFRA 1HG3A 4DPQA 1L2UA 3CWOX 1YDNA 3RLUA 3LCFA 3NQ2A 3G3DA 3GVGA 4Z0JA 1YTDA 4UTMA 4M6PA 3C2EA 3NQAA 2WNZA 2A7RA 3W1RA 4BF9A 3LHWA 1FWWA 1RVGA 1B4KA 1TQJA 3BARA 2H3BA 3VE9A 1D3GA 1F74A 2Y6ZA 2C0AA 3YPIA 2DZWA 1YLVA 3OEXA 2GQAA 4MY8A 3WJWA 2ISWA 4UMCA 1WOAA 3FYPA 3QW4B 1A5SA 3O1NA 2NXIA 2QEZA 1Z44A 3G1XA 4Z1AA 3PG8A 1M6JA 4NZJA 3FKRA 2DU2A 5D04C 2WNNA 1K8YA 3S9YA 5HINA 4UNLA 3O15A 3H54A 3W7GA 2E1DA 2NV2A 4ORIA 4O1AA 1OX6A 4UR7A 1TTJA 3G0UA 1TRIA 3QF0A 1GTEA 4WXYA 1ZAJA 5HNRA 1R2RA 2A6NA 2G96A 1T99A 3K30A 4QNEA 3LRKA 1H50A 3AO0A 2ZRXA 4Y8FA 4UMBA 1YTKA 4OT7A 3CB8A 3R12A 1G7VA 5HUPA 3DKLA 4IMDA 3SJ3A 5KZDA 3NO5A 5FEPA 2NWRA 1FBAA 3NXFA 5FEZA 3TIMA 1DQWA 4NXKA 3G0XA 3O6DA 1W8SA 2FPVA 2R8WA 3L65A 3C6CA 3QRHA 3G3MA 2YYTA 1LBMA 5FEWA 4I9AA 1WX0A 4NXSA 2QCDB 3NQ8A 3HJZA 4LVFA 3MHFA 3QEZA 4CNPA 4YCOA 3C8FA 2B4GA 3GYEA 2ALDA 2QCFA 2WV8A 3GNNA 1KTCA 3W7JA 2QUUA 5AFDA 1XC4A 4GRSA 5LHFA 4TMBA 2BX7A 4O4WA 4JD4A 3TUUA 4JGDA 2ZZ3A 5EL1A 3NGJA 3NYZA 1L9WA 2NUXA 4N4PA 2JBMA 3CIWA 4CCEA 4HNUA 1UUOA 3QJAA 5K7JA 2NV1A 1IF2A 3FYOA 2GJLA 1XKYA 3CWNA 4JX5A 2R14A 4PCFA 4IX0A 3LLFA 5EKYA 3BGGA 2RFGA 3BV4A 5LKYA 4KWWA 3EX6A 4BI7A 4EOUA 2V30A 4GC4A 2HS8A 3F1QA 3L67A 2KZHA 2WKJA 1H62A 1TPB1 2HS6A 4G1KA 1QPRA 1TV5A 4WXZA 1RPXA 4QIUA 2RDUA 4POCA 5TBOA 1OHLA 3QSTA 3SR7A 1MEHA 1GG0A 2FPYA 3FS2A 1AL8A 4HSNA 3MMTA 2Q3RA 1KM4A 5AHNA 4WOQA 3B04A 3TMLA 4MLRA 4RXFA 3EEGA 3QPZA 4LC8A 2CW6A 3E49A 1Z41A 4IWWA 3GZ3A 2V8ZA 3OIXA 1NFBA 3W1NA 3KRUA 3NM1A 3QSRA 3W85A 4UTWC 3N2MA 1QAPA 3LI1A 2V81A 3DENA 4JTFA 5CZ0A 3S5YA 1JQXA 1TV7A 2VFEA 3P82A 2DORA 3TC6A 3GDKA 3LHYA 3N9SA 1TPC1 3W2NA 4TO8A 3W7OA 2E6YA 5BW6A 3TFCA 1W0MA 1VQTA 4HNVA 2PCQA 1Q45A 5I3GA 3Q37A 3MP5A 4H6KA 3UYCA 4GFSA 3ZR4A 1KM2A 1VYRA 2F84A 2CLLA 2QAFA 4AF0B 3H53A 4M7TA 1W3IA 2CZDA 2C6QA 3GDTA 4NX0A 1UJPA 3M0ZA 4OGZA 4QM1A 5F2GA 2VEPA 2EAWA 1EA0A 2Y7EA 1HTIA 4AHPA 4AB4A 2Z1BA 3S8HA 3MHGA 1N8FA 2YZRA 1UUMA 1A50A 2FIQA 4UTWA 5HULA 3MWAA 4GNJA 3EB2A 2ZCGA 1FCBA 3TH6A 1JUBA 3DXIA 1GG1A 4LVAA 1HFBA 2VEIA 4A2RA 1OFAA 5AHIA 4FIRA 5D37A 2YPIA 3DH7A 4NX5A 3TAOA 4A3UA 4HT3A 3L5AA 2A1YA 3CT7A 4HSOA 3GXTA 4C1LA 3N9RA 1WXJA 1B57A 3QMSA 4A22A 1H1YA 3IIXA 3PAJA 2YXGA 4MFEA 3U2OA 3UWQA 2X30A 5HMSA 3LRLA 3IVTA 2NWSA 4UFKA 5FF2A 1TO3A 2EGZA 3DU0A 3PWAA 4XKYB 2RDTA 3O07A 5LGZA 3DFOA 2P10A 3P8JA 3P67A 1ME8A 1KA9F 3EKLA 2VFDA 6ALDA 3BLIA 1GVFA 2V5BA 4WJEA 3CLMA 3C61A 2Y88A 2ZQ0A 5AHFA 3SFKA 2QUVA 5DBTA 3W75A 5D2VA 3C2OA 2GJNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1IXPA

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