1IXQA

Enzyme-phosphate2 complex of pyridoxine 5'-phosphate synthase
Total Genus 90

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
242
structure length
235
Chain Sequence
AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (5-9)TIV2 (36-39)AH9 (199-205)EMPTYAH1 (10-19)S2 (41-45)TIV3 (50-53)AH3 (55-64)TI1 (47-50)O1 (20-22)TIV1 (23-26)AH2 (27-36)TIV4 (65-68)AH4 (77-86)TVIII1 (88-91)S3 (69-73)AH8 (165-185)AH5 (113-126)AH6 (138-147)S4 (90-93)TI2 (109-112)TIV5 (108-111)S5 (129-134)S6 (151-154)AH7 (156-161)S7 (188-192)AH10 (216-225)TI3 (196-199)AH11 (227-242)TIV7 (192-195)S8 (209-214)TI4 (206-209)O2 (135-137)TVIII2 (162-165)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Escherichia coli
publication title Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxine 5'-phosphate Synthase
total genus 90
structure length 235
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date 2002-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03740 PdxJ Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ixqA00
3RK8A 3F1QA 4NU7A 1JUEA 3M41A 3DZ1A 4MY1A 3UWZA 5EY5A 2NXIA 3JS3A 1K7FA 1OFOA 5EPDA 4LY8A 1WV2A 3NQ2A 4JY9A 4OHQA 2HS6A 4IMCA 1GG0A 1MEIA 4M19A 4R33A 3M5VA 3EX2A 3RMJA 2WO5A 1BEUA 3B0PA 1G69A 1EPXA 1ICPA 3Q37A 4W9TA 4YLWA 3W7EA 1HO1A 2WSRA 4HNUA 1LOQA 2OMAA 4QISA 3P5ZA 3P8JA 3OHIA 2CLIA 4POCA 1OK6A 1OYCA 1FDZA 3FIGA 3TC7A 2CLFA 4Y8FA 2OCZA 4Z1BA 4OBTA 4E0CA 3UXAA 1W31A 4UXDA 5CZ0A 3P8IA 4JYEA 1H1YA 1M6JA 3C52A 3HPXA 2EPHA 5K3VA 3QM3A 4QNWA 2QF7A 3TROA 2QEZA 3HGOA 1EP1A 2G95A 4O10A 1R2RA 2RDUA 3C0JA 3NA8A 4ICNA 3B05A 4LVGA 1H7WA 3B04A 2RFGA 3G8RA 2YW4A 1JRBA 1EWEA 4AMAA 1LRTA 3CHVA 3LCHA 4DO6A 3LCFA 5KMYA 5I3IA 2XN2A 5HULA 3M1ZA 1XBVA 8TIMA 4EF8A 1L6YA 3NDOA 4JD4A 3L0GA 3HPSA 1FWWA 2RH9A 2ZDRA 3M5ZA 4UFLA 1TPFA 5AFDA 1RZMA 1XFBA 1Q6LA 1TCDA 3YPIA 4G1KA 1PHQA 4XBKA 4XWUA 4CQ8A 4JX5A 4TX9A 5HUPA 3B03A 3UZJA 2YCEA 5LNUA 4FXRA 3W1LA 1QO2A 3LCIA 3AJXA 2R14A 3KVMA 1L9WA 2CU0A 2DZVA 3GKFA 4OT7A 1OG0A 3S5NA 2QCEA 2UV8G 5EKYA 3W7QA 3R8RA 2VELA 4PH6A 1VYRA 1LRNA 3BGJA 3UPWA 1QPOA 4RZ5A 1AW2A 2ISSA 3OVQA 1D9EA 4HPJA 2RKXA 4XTDA 3UY8A 4D2JA 2RHGA 2GQ8A 3W3OA 3E9AA 3GDMA 1ZJIA 3EX3A 5CPLA 1CI1A 3DH7A 3QW4B 5D37A 4EIVA 4ZMGA 5D04C 3GDLA 3L2IA 3NVTA 1XBZA 4JTHA 2ZRUA 3TJXA 2RDWA 3V75A 4XKYA 3S9YA 1N7KA 3G0UA 2J24A 1PV8A 2FJKA 2CZEA 3WJXA 2JGQA 4E2BA 1ZAIA 5IBXC 4XQ6A 2YFNA 3P62A 2QKFA 2Y85A 3GXPA 3D0CA 1SO4A 1S3HA 3QYQA 3FJLA 5FF0A 3STFA 4B5NA 3NM1A 2W6RA 3VFLA 1LRQA 2JBMA 4OGZA 2A7PA 5KZEA 4FX7A 3GDTA 1GQNA 3NQFA 2HMCA 1ME8A 2QCGA 1Z42A 3LBMA 3TFXA 1GVRA 3LHYA 3HGSA 3G1HA 4MY9A 2NUXA 3UPBA 1X6UA 3KVLA 1YPFA 3MJYA 4IGHA 3LTSA 4IQLA 1JRCA 4NJJA 4Z1DA 3W88A 4O16A 1JQXA 2ISVA 1WXJA 3EEGA 4ALDA 4FIRA 1QNVA 3ABSA 3TQ0A 2ZZ4A 4UNLA 3NQEA 4GC4A 2A6NA 2OJPA 1QO5A 3W07A 3C8FA 4Y6GA 4QSHA 2C1HA 3QPYA 1W37A 3PVFA 4PL2A 5KZDA 2JGYA 1JCNA 3LHTA 3PG9A 1L6SA 1H51A 2QAPA 3W7JA 2H3BA 1QCWA 1LOLA 4O1AA 3OG3A 4GNJA 2DJLA 2Y6ZA 2QCDA 2NX3A 3LCWA 4YCPA 3PS7A 1TYGA 2E6DA 3PR2A 1XBXA 4RLIA 5D32A 3W83A 2BZNA 2QCLA 4LT9A 1OFRA 5EA9A 3W84A 1TPUA 4HSOA 4AF0B 4GUFA 1KFBA 2E1DA 3W87A 4A21A 3DFOA 2Q8LA 3BV4A 5CZJA 5LKYA 1Z41A 4HN4A 1PVNA 1GG1A 4WQ6A 3DHDA 4Z1AA 2BTMA 1KTBA 5U4NA 2JK2A 3BW4A 1TPB1 1YXCA 2FQIA 4AH7A 4K37A 2C3ZA 3O6CA 2R8WA 4RZ4A 3GNNA 4RXFA 4X3ZA 3MHUA 5HWNA 4OV4A 1O5XA 3TXVA 4JR5A 1VJIA 3QEZA 1GTEA 5CPMA 2EF9A 4K6AA 3MHGA 5J5DA 5LZLA 4U28A 1MZHA 4GFSA 2QCFA 3O07A 3TW7A 5C55A 3CLMA 1TTQA 2WSYA 4UC5A 4S2BA 5DN1A 1KV5A 3PBVA 3A23A 4MIMA 1G6CA 3KX6A 1VCFA 3L0KA 3S5YA 3IGUA 1B4KA 3GAKA 1H61A 4KFOA 3W1NA 1NFBA 4C1LA 3HG3A 4X9SA 3O16A 1B3OA 4I7VA 4OU1A 1I45A 1HTIA 1T96A 2WOQA 3FOKA 3HB9A 2YXGA 1SW7A 3NQVA 4XTIA 3NQ7A 5G5IA 2VXNA 2YYTA 5AYYA 5D2TA 3NM3A 3DXIA 3ELFA 3G18A 1X1OA 2NXGA 5L9FA 3PM6A 4IJBA 4UTJA 4JXCA 5AOUA 4UFJA 4LS1A 4BI5A 3SGUA 3KFTA 1JCJA 1MEHA 2ALDA 4ZVJA 3MHFA 4AWSA 4K7VA 1EP3A 1OJXA 1PS9A 3S1UA 1KA9F 4YCOA 5EYWA 3JR2A 1W8SA 1D3HA 4UTLA 4ZQCA 3C2RA 1H7NA 1MEWA 3G3MA 4O18A 3O8AA 3PBWA 2YFOA 3W7HA 3NQ6A 4GXMA 3LRKA 3L0NA 2ABAA 1CX9A 2FB3A 1P4CA 1FQ0A 4MUZA 4BFAA 4DEFA 1EB3A 1FBAA 3WJWA 5ABTA 3M5XA 4UUIA 3UNDA 3HG5A 3UWVA 3UWUA 1BKSA 2X1SA 3TAOA 4QNEA 4JTJA 5LNSA 3EX4A 1RPXA 2CLKA 1SSDA 3G3DA 3UWYA 4CLMA 3NEVA 3RNDA 3LI1A 1H63A 4S2CA 2PC4A 4NT0A 3CU2A 4GRSA 3CB8A 3QF0A 2HS8A 4N6FA 1XUUA 3STCA 3M5YA 4HT3A 5DY3A 4A3UA 1YYAA 1SSGA 1FUYA 1WBJA 1LYXA 1GVSA 1VYSX 2QAFA 4WY0F 5D2XA 4TMCA 2XN0A 3NZRA 2H3DA 4J9JA 1JUKA 1TQXA 1P0NA 1LBLA 3W7GA 1Q45A 2G96A 1F73A 4JDYA 3QC3A 3I7RA 5H91A 5TIMA 4H3DA 1AG1O 1LORA 2A0NA 2PRMA 3IGSA 3FEMA 4M7SA 4HNNA 1ZFJA 4I7WA 1OABA 5J5RA 2YZRA 1YTDA 1NEYA 4JTEA 1X8FA 4PL1A 5F4SA 1KFJA 3ZR4A 4ORIA 3M7WA 2ISWA 1FCBA 3NQMA 1W5NA 3PSVA 2DP3A 4GUIA 3T55A 5I3GA 3DBPA 2CZFA 1LLZA 1XI3A 2ZA3A 3I65A 4O0KA 1VS1A 2V81A 4DF2A 1XCFA 3GNDA 2PCQA 2C15A 1A5BA 5HNRA 5CZTA 3DKLA 4ADSA 4N4PA 2VOMA 5FESA 3TIMA 5AHMA 1W56A 3E49A 2H90A 3INPA 2DU2A 3N9SA 3PBUA 3N9RA 4MZ1A 3S1WA 4WOZA 4JTIA 5FF2A 4IXHA 3HQ1A 1DV7A 4NXKA 5F1UA 2EAWA 5K9CA 3QSTA 4BF9A 3DAQA 1W3NA 2I9EA 3S5ZA 3UQNA 1DBTA 1F5ZA 1DORA 1K03A 3CTLA 3OVRA 4JTFA 2Y7DA 5F2GA 2WNZA 1H7XA 3ABQA 3LCXA 1XM3A 1OX6A 5FEXA 2Z6IA 1GWJA 5BOOA 3PG8A 3DENA 1KW1A 1I2PA 3UD6A 3CPRA 1KV8A 2V30A 2XN1A 4Z08A 3N73A 3EWBX 1YPIA 2CWNA 3BLFA 2QCDB 3PUEA 5C2XA 3FKKA 1M5WA 3HPZA 3L65A 4JS3A 3OIXA 5G1YA 3W73A 1KFLA 3L21A 4FIQA 5F2MA 1XBYA 5DBUA 1TB3A 4ADTA 1XKYA 2YR1A 2NUWA 1FWNA 4PC8A 3W1XA 1SFJA 2TRSA 3I7QA 4WJEA 3BO9A 5DBTA 1IXPA 1FWRA 4Q32A 1THFD 2J6XA 4JX4A 3NQGA 4JEQA 3TH6A 1MSSA 2NUYA 4K36A 2VFHA 3CWOX 1SZFA 3R12A 1DQXA 3A5VA 3M0ZA 1BWKA 3QSRA 3RU6A 3NL5A 5LGZA 1R2TA 1ZHAA 2G97A 2Z0IA 2H6RA 1RV8A 4NNCA 4WX2A 4YWIA 2ZRYA 4LC8A 5G2WA 3STEA 5C54A 3MYOA 5AB3A 2ZRXA 3UYCA 3O1NA 1LP6A 4LRTA 4O4VA 3W74A 5G2HA 3GR7A 4MLJA 3CM4A 1K7EA 3CWNA 4UTWC 2VFFA 1KM4A 1B9BA 5C5YA 2A2IA 3LM7A 3W7MA 3MW7A 1DJQA 1LLWA 2FIQA 4NZFA 1SW0A 3GB6A 3LCLA 3EX6A 4NX0A 1W3IA 3NPXA 5HQEA 3Q58A 3QZEA 3TSBA 3ZFHA 2RDTA 3IIZA 3W7IA 5HR6A 4YMZA 4Q33A 1A50A 3W2MA 1O5KA 3LBCA 1RQBA 1SU5A 2NV2A 3LXCA 4TR9A 1L6WA 1ZAJA 3C2FA 4CNPA 3E02A 5EMUA 4OE7A 4HIBA 5AYXA 1WX0A 4N02A 1ME7A 3CC1A 4DF1A 3P7YA 5D2WA 4AHQA 3TKFA 5BRBA 1ZENA 3W70A 3STGA 4FNPA 1T99A 4PA8A 4WZHA 1GVOA 1F6KA 2DZXA 2A7NA 4IWWA 3SI9A 1OFQA 2E6YA 5IM51 3U6WA 3W1TA 1GEQA 3MBDA 1KFKA 1A5CA 3W2UA 1VPXA 4FX8A 5HWMA 3CQ0A 3PULA 3MO7A 1BTMA 4N2YA 2OZ0A 4N6EA 5F2IA 4R34A 3WJZA 3W7PA 3PC0A 4MFEA 1QOQA 1RVGA 3M47A 3QMRA 1TPVA 3KAOA 3FFSA 1TQJA 4GUGA 4LNYA 4NQ1A 2VFIA 3LRMA 1XXXA 4O12A 4BI6A 1R46A 3T40A 1W54A 1VH7A 3W22A 3Q2DA 5LNVA 4CQ9A 1TJPA 5LNWA 1VHNA 4L4LA 3KRZA 4H6KA 3NQAA 2VEMA 4LVDA 4NUWA 1SO6A 1L2UA 3W71A 1OF6A 4UFKA 3LTPA 4HSNA 3LHZA 3FS2A 2TPSA 4UTIA 3E96A 4Y9AA 4ONVA 3FJ6A 1MO0A 1TPH1 4KKXA 3B06A 1W5MA 1F74A 3LLFA 4GUHA 4CCDA 4A22A 3CEPA 3GXNA 2VENA 2OT0A 2XFWA 5EBUA 4UNKA 1DL3A 2FFCA 3W7RA 3NNTA 4FF7A 3SFKA 1XDLA 4YXGA 3LHUA 4NZJA 1XC4A 1OFBA 3SW6A 4U4MA 4E2DA 4OQVA 4MZ8A 3C3NA 5DLCA 1I4NA 3M9YA 4O4WA 3W75A 3T7VA 4AWUA 3TK7A 4AWTA 3WK3A 4IMFA 1TREA 5D33A 3W2JA 2WQPA 1X1ZA 1ZCOA 1K8ZA 2JKPA 3W23A 1S5WA 1Q3NA 3DU0A 2O7QA 4ZQMA 1JULA 4MJMA 4RKAA 2Y88A 2JKEA 2C19A 4IMGA 3EB2A 1VYPX 4EWND 3NL3A 4R7JA 3H54A 1W5QA 2E5BA 1UUOA 3JRKA 5TBOA 4EOUA 4HNTA 3M43A 3NXFA 4LWWA 1SZNA 1IGSA 5D2YA 4WY0A 4LUIA 3P67A 2A7RA 5KTLA 4M6PA 2W0UA 4BR1A 2WSQA 3USBA 4I9AA 3CIXA 4LV4A 1G4EA 1HG3A 4M6VA 1F6PA 1SR9A 1KM1A 2E6AA 1DOSA 1JUBA 1FXQA 5G4EA 2NWRA 4WUIA 4UTTA 2NZLA 3PB2A 4AEOA 5K2ZA 1OFDA 3EXSA 3PWAA 3H55A 4JIPA 2AAMA 4UTKA 1ZALA 3TJLA 4A2SA 3EXTA 2ATSA 4JDBA 4XZ9A 3TUUA 4BI7A 1ICSA 3CIWA 3L67A 7TIMA 3TSDA 4KWVA 2WV8A 1TRDA 4UTUA 1WAUA 3G1XA 1GPWA 2NWSA 5EL1A 3W86A 4CNNA 1EIXA 3VKJA 6TIMA 3DKJA 1VCGA 1EUNA 2VFEA 3HJZA 4M6QA 3I68A 3NYZA 3U2OA 1A5SA 4QJ1A 2I1OA 5TQLA 4DBDA 2DZSA 2FDSA 2GJLA 4GWEA 3TX9A 4KFNA 3RLUA 2VC6A 3B0UX 1OHLA 1W3TA 3DFTA 5HUOA 1LDCA 1SO5A 2VFDA 3P84A 4AVFA 3IEBA 1R47A 1QDSA 4FNRA 1O60A 2ZBTA 4QM1A 1LTDA 3FKRA 3KOFA 1KTCA 3S42A 5DCDA 1UB3A 4NJKA 3EWZA 3MUXA 4JN6A 5HINA 2IQTA 1JQVA 1JCXA 1K7XA 3A5FA 5CKSA 2ZZ1A 3BVJA 1PIIA 2E68A 2V2DA 1JVNA 1I2OA 1KTNA 1OFEA 3MYPA 2R94A 3LV5A 3GZ3A 2WNQA 3G22A 2E09A 1TTIA 3BPWA 1J5TA 4O19A 3WK1A 2CW6A 4JNMA 3B4UA 2QCCA 2B7PA 1CW2A 2FPVA 3C2OA 1KM0A 1SUXA 2J9ZA 5U7SA 1GVQA 3QW3A 2FPYA 5KZMA 2NX1A 1H1ZA 3MI6A 4IPIA 4UR7A 1LROA 1QMLA 1DQWA 1C8VA 3GYEA 3NO5A 3OVPA 1VQTA 2HTMA 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 3SIZ A;  5FEW A;  3TSM A;  2ZYF A;  4QAI A;  3V1P A;  3W2K A;  4IME A;  4HKP A;  2B0M A;  3I7S A;  2E77 A;  3W7C A;  1YXD A;  5DXY A;  3MP3 A;  3W1P A;  1KM2 A;  4UCG A;  1PCW A;  4H4I A;  3QH2 A;  2BLE A;  2CLH A;  4JIQ A;  3KRU A;  3G0X A;  3PSW A;  4LVB A;  5E1Q A;  4O57 A;  3DGR A;  2HSA A;  3TML A;  5HMS A;  5CPO A;  2WJZ A;  1H50 A;  1KFC A;  2R91 A;  4NJG A;  1GT8 A;  4FNQ A;  4Q4K A;  2VFG A;  3NG3 A;  2WKJ A;  2CLL A;  1LBF A;  4LTS A;  3B0V C;  3ATY A;  4O14 A;  3HG2 A;  1K8Y A;  4M5P A;  4HHP A;  1FX6 A;  3C2V A;  1W5P A;  2P10 A;  3NR0 A;  5IBX A;  4IX2 A;  4NJH A;  2GQ9 A;  3HGR A;  3A21 A;  5F1V A;  5L6U A;  1R30 A;  2QUU A;  1S5T A;  4JGD A;  3C4U A;  2PUR A;  3T44 A;  5D05 A;  1UBS A;  1S5V A;  5K4X A;  4K8H A;  1OFP A;  4WOQ A;  4AF0 A;  4AHP A;  1O4U A;  1FXP A;  2BXV A;  1I2N A;  4NX5 A;  3R2G A;  4JYD A;  1FY6 A;  2H8Z A;  4A29 A;  3P61 A;  5AC8 A;  1FDY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3RK8 A;  3F1Q A;  4E2O A;  3GE7 A;  3UWZ A;  1NP2 A;  3PPG A;  5DFA A;  1K7F A;  1OFO A;  2BOG X;  2PD5 A;  4GNK B;  3GNO A;  1G01 A;  1PTG A;  4GIS A;  4LY8 A;  5C0Q A;  2AKM A;  1GG0 A;  3BWW A;  2DVT A;  2J8F A;  1MEI A;  4M56 A;  3M5V A;  4LB3 A;  4LUS B;  4LXF A;  3B0P A;  1EPX A;  1ICP A;  3Q37 A;  4L6D A;  4XUY A;  1Z8A A;  1SJA A;  1HO1 A;  2OMA A;  1UML A;  3QY6 A;  3OHI A;  3PN8 A;  4W8A A;  1FDZ A;  4ZSU A;  1V3I A;  4Y8F A;  2J47 A;  4OBT A;  1XIN A;  3UXA A;  4AYS A;  1DYS A;  3N17 A;  3P8I A;  1XLA A;  3HV8 A;  3QHN A;  4BEQ A;  1CGY A;  5K3V A;  4QNW A;  2QF7 A;  3TRO A;  2INZ A;  4AZ7 A;  3NA8 A;  4ICN A;  1JXK A;  3C3U A;  1JRB A;  3LCH A;  4DO6 A;  3CNY A;  5KMY A;  2XN2 A;  3S6T A;  1HKJ A;  4JD4 A;  1YIX A;  3K46 A;  3V5C A;  1ISV A;  3UZZ A;  4S3A A;  4KER A;  1XIS A;  1FWW A;  1P7T A;  4C65 A;  3W6L A;  1UKQ A;  2PDU A;  3SN1 A;  1BSL A;  4PUU A;  5AFD A;  1RZM A;  1LUC A;  4HYR A;  1YNQ A;  3WLH A;  3FW6 A;  1P6B A;  3YPI A;  1PHQ A;  3UVI A;  4XWU A;  1IEQ A;  5A6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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