1IXQ | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	242
structure length	235
Chain Sequence	AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine 5'-phosphate Synthase
molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Escherichia coli
total genus	90
structure length	235
sequence length	242
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03740	PdxJ	Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ixqA00

3EWYA 2V5BA 5EBUA 3B05A 3GR8A 4K7YA 1KBIA 1OFQA 1VCVA 4KFNA 3QSTA 4ORIA 4AF0B 3PM6A 3O8AA 3EXTA 3NNTA 4NJHA 4A3UA 1GT8A 4Y90A 4ADSA 2V8ZA 3NL3A 3M47A 3PS7A 3B03A 3NPWA 3W2JA 1QPOA 3O16A 3W2KA 1PVNA 3M5ZA 2YR1A 4XBSA 3FA5A 1E51A 1FCQA 1LDCA 3SGZA 4YMZA 3G22A 2DORA 5ABTA 4ONVA 1OX4A 3A9IA 3NXFA 3CQ0A 1MXSA 4NZFA 3N2MA 1C8VA 2E5CA 2XN1A 1VH7A 1KW1A 1TV7A 4JY8A 5FEPA 3USBA 3BO9A 4O8RA 2FB3A 3PBWA 4A2RA 5LNVA 1XCFA 5AYXA 1DORA 4BFAA 2QCLA 4UNKA 3IGSA 3MHFA 1ZAJA 4OV9A 2QCDA 5EYWA 5EKYA 4LS0A 2QCFA 4UIOA 2P1FA 2H3BA 3LV6A 1SZFA 1YPIA 3N73A 3FOKA 1VR6A 3MYOA 4N6EA 4ZVJA 5KMYA 1O94A 4FIQA 1VHCA 3HGOA 1QAPA 3O63A 4UCGA 1HFBA 2V2DA 4UTTA 4POCA 3UWVA 2CZFA 3C2VA 5D2VA 4O4WA 2QDHA 3HGRA 5AYZA 1H7OA 4A29A 1SO3A 1SW0A 5DY3A 1OVDA 3W86A 3TW7A 3MYPA 2A4AA 3FEMA 1SO4A 3VKJA 2EAWA 3UY7A 5AYYA 3GX9A 4Z1AA 1JUBA 5J5DA 3HBLA 5I3KA 4MJZA 2AAMA 1WXJA 4H3DA 5D2TA 4O1CA 5D30A 4AHOA 3L68A 3MI2A 4JTEA 4QNEA 5IBXC 3NZ1A 1BTMA 3UQNA 2QAPA 4FHAA 2HS6A 4N02A 3C2RA 3SGUA 3NQ8A 1TPDA 4O57A 3Q2DA 5FEWA 1VHNA 5KTLA 2DZVA 2NX1A 4K36A 5CPMA 1X6UA 4JD4A 3P61A 2GQAA 3EX2A 4TU1A 1JULA 3NQVA 1NFBA 5KZDA 1PHQA 1LORA 1R2RA 1PCKA 3TAKA 4O19A 2CWNA 4UMBA 2ZYFA 5KZMA 4X22A 1YDNA 4GBUA 2V5LA 3BW4A 3BW2A 3D0CA 5F1VA 2ZA1A 4LUJA 3LCHA 5AHMA 5C55A 2WJZA 2ZZ7A 1IXQA 5GVJA 4MPQA 1Q45A 2QCDB 1B4KA 1FDYA 1I45A 2X2GA 1QPNA 1MEWA 1ZJIA 3I7QA 3LB0A 3M7WA 1J2WA 3W84A 1H1YA 4WUIA 5CPLA 3TA6A 1NEYA 2FPTA 3MBDA 3E9AA 3HF3A 1EB3A 3LLDA 2ISWA 1KFEA 3U2OA 3TDFA 1YTDA 3W2LA 2ZRXA 1R47A 3F4WA 1DVJA 1G7UA 3TQVA 1XBZA 1W1ZA 3T55A 5LKYA 3S9YA 3NQAA 1UUMA 4LNYA 3PR2A 3WFAA 5DXXA 1JCNA 4LV4A 3WJWA 3C61A 2QJGA 1O5XA 2GVGA 1WAUA 4MKNA 3F03K 4UTWA 3W1MA 3EWZA 6ALDA 4RLIA 3W1TA 2QJIA 1AMKA 4JTTA 2R91A 1P1XA 1KFCA 4YL2A 1GJPA 5K2ZA 3RK8A 4XWUA 3DFOA 1YYAA 3BLIA 1FX6A 2P10A 3GLCA 4GC4A 3LRMA 3CTLA 1O60A 3KAOA 3PY2A 1VYSX 2E5DA 3QM3A 4MFEA 4JXCA 2A6NA 3P74A 1SFJA 3DKLA 3SIZA 2CZDA 1GTEA 1V5XA 5FEZA 1T96A 2FLIA 4JDBA 1SU5A 4PL1A 2X1TA 3M5YA 4JTHA 4IUOA 5LNUA 1SZGA 4UTJA 5D04C 3Q37A 2A6LA 3A5VA 3OEXA 3U8GA 2ZTJA 2C19A 4S2CA 3L66A 4AWSA 3TV8A 3OBKA 7TIMA 1AW2A 5EA9A 3LBCA 4UTMA 4AWTA 5AFDA 2VFIA 1TCDA 4OU1A 4S2BA 4WY0A 4XKYA 4DPPA 2J24A 2DZWA 3W9ZA 3ZR4A 3R12A 5D38A 3G0UA 2ATSA 1ALDA 3N34A 1U5JA 1Z44A 3NQMA 4K37A 4JTFA 1CX9A 3P7YA 1UASA 4FX8A 4S1FA 2WPBA 3V1PA 1KM5A 5I3GA 3A5FA 1ME8A 4UFMA 2Y85A 5AC8A 2ATMA 3DGRA 2R14A 3O6CA 1N8FA 2HSAA 2Y7EA 3RU6A 1XUUA 3JRKA 1JQXA 2DZXA 3NQ2A 1EWEA 4XTDA 3CM4A 5E93A 3MHUA 4M19A 4Z0SA 4O13A 4QAIA 2QAFA 5AB3A 3A22A 1TJRA 2Q3OA 3LBMA 5CPOA 4CQ9A 5C2XA 4X9SA 2FTPA 4RCXA 3QRHA 4R34A 4CQ8A 1EPXA 1KM6A 4UTLA 3TMQA 1FBAA 3CPRA 3NPVA 4GUJA 3PSVA 3NO5A 4RZ4A 3VFLA 1FXQA 3GNDA 3GDLA 1LRTA 1X8FA 3C56A 3S1XA 3SFKA 4QQ3A 4ZL1A 1NSJA 4C1LA 1XXXA 3W7EA 3W7PA 1XL9A 2WNQA 1VPXA 2NZLA 4K8HA 5I3HA 4B5NA 1S3HA 1KFKA 5DXYA 4UTKA 3L0GA 1TQXA 3WJYA 3O07A 4JTLA 3QH2A 1YPFA 8TIMA 1ML1A 2NV1A 2G96A 3VE7A 3GK0A 2CW6A 2E6FA 4KWVA 5I3IA 3NM3A 2V30A 5DCBA 2CFFA 1OK6A 4XKYB 1ME7A 2ABBA 3KFTA 4LW7A 2PE4A 3NZRA 4IOTA 3NL6A 3W22A 3N3MA 4O1BA 2D73A 5KZEA 2QEZA 1OFEA 4UTTC 3W1PA 3EWBX 3PBYA 1Q6QA 1RVGA 3B04A 3UWQA 3VNDA 5FEXA 5H2ZA 1W56A 1MZHA 3O05A 1FXPA 1L2UA 3FJ6A 1YTEA 4K8EA 3G18A 2Y62A 1QOQA 1Q6OA 1ZENA 1ZALA 3VE9A 3W7NA 3C52A 1JCXA 4KKXA 2AQWA 5HJLA 3RLUA 5CZJA 2W6RA 1CI1A 4IJBA 2E68A 3GB6A 3QPZA 3TMLA 3V75A 2FB2A 4YXGA 1K7FA 1SQ7A 4CNPA 3FIGA 3G8EA 5AHFA 1ADOA 1K3UA 1F76A 4O15A 1XBYA 4EWND 2O7SA 3NL2A 2H8ZA 1LCOA 2NLIA 2WSYA 1ZNNA 2ABAA 4CCEA 2GUUA 2YCEA 5FI8A 3L65A 5CSRA 3R13A 3LCIA 1G6CA 1QOPA 3LCWA 1F74A 3NQDA 1G4PA 5EY5A 4Z0JA 1I2RA 1R2SA 3LXAA 1FCVA 1EP1A 4M6PA 3IIPA 4H6KA 4UFHA 3W7KA 4O1DA 3DZ1A 4ZQMA 1VLWA 3LHTA 3S42A 2UV8G 3EKZA 4CNOA 4JS3A 1OYCA 2BWGA 4QJ1A 4ORMA 1CW2A 4JIQA 4AWUA 2DJXA 2ZTKA 3QW4B 5LGZA 2TYSA 2A7PA 3MUXA 4LUIA 1PL9A 3BGJA 4Y8FA 4JEQA 1H62A 2FJKA 4AF0A 3WK2A 4Q4KA 3DAQA 3WK0A 3W75A 4N4PA 1LZOA 2JKEA 2RKXA 1R2TA 3S5OA 4LVAA 1RZMA 1EUNA 2V82A 3WJXA 3NM1A 3GVGA 2ZRZA 3UWZA 1D9EA 3E96A 3LOTA 4Z1BA 5DBUA 3NQEA 2H6RA 2FFCA 3GNNA 1ZHAA 2PURA 2C15A 1W5NA 4WD0A 4YLWA 4K38A 2E6YA 1Q6LA 2ZRWA 5D33A 1LOQA 3W7GA 1GVFA 3TU9A 3W7HA 5FF0A 4HIBA 5LGXA 1FWWA 4WOZA 1KLZA 1MSSA 2H8XA 3ZWTA 5HUPA 1TO3A 2ZCGA 3NPXA 1ICQA 5HINA 1WA3A 2H3DA 3I68A 2ZZ5A 3L67A 1XUZA 4MZYA 4DF0A 4FNPA 3CIXA 4EIVA 5K7JA 1WX0A 2QKFA 2Y61A 1ZY9A 4HSNA 1A5CA 1V7YA 3NQ7A 3W2UA 4HSOA 3EX4A 4KWWA 4OBTA 4HHPA 4FXSA 3S1WA 3HMJG 3PG8A 2FPYA 2C3ZA 4UXDA 4NJGA 2HTMA 1M7OA 3TK7A 3MW7A 2W79A 4R7JA 4MY8A 3TSMA 3BLEA 5F2GA 4JTIA 1TMHA 3W1AA 2G95A 4JTJA 4HKPA 3LHWA 5HNRA 4XBKA 4LS1A 2Z6JA 3L5MA 3O06A 4EF8A 3A21A 2E09A 1XDMA 3UPWA 3CLMA 4JGDA 2EF9A 1JUEA 4PA8A 4BK9A 4KFPA 4ZQOA 2C14A 4O53A 2C16A 2QCEA 1SW7A 1WBJA 4DXVA 5IM51 3L0KA 1J5TA 1G7VA 1TJPA 2X1SA 3LV5A 4MY9A 4P2VA 3HG4A 3P8IA 2F7FA 3GDTA 3QMSA 3W87A 2YYUA 1LBMA 4AH7A 4UTHA 5AC6A 5D09A 1NAL1 3TJXA 4LWWA 1DV7A 3BVJA 1A5BA 4A22A 3B0UX 4O54A 2P0OA 2ZRYA 3O1NA 3G1DA 2CLMA 2FIQA 1SZNA 3GDKA 5DCDA 3GIYA 3DENA 1FCUA 1OFOA 1XDLA 1DQXA 1KA9F 3E49A 4AAJA 3M1ZA 5SWUA 5K9CA 4JYDA 3KRSA 2ZZ3A 3Q94A 1KFJA 3SW6A 1TPVA 1P4CA 2NXIA 1GYNA 4FNTA 3I7RA 3I65A 1YDVA 2CLKA 2DZTA 2JK2A 5D32A 1P0NA 2B7OA 1SO5A 1VYRA 2WV8A 2JBMA 3TUUA 4OT7A 3C8FA 4UUIA 4WXZA 2C13A 3P80A 1OG0A 1GWJA 2A21A 1I2QA 3NGJA 5J5RA 5KINA 1LP6A 4MYAA 4IWWA 1LLWA 1ZAIA 2VFEA 5F1UA 3P5ZA 3W7DA 3R89A 1FWTA 3G1VA 3DI0A 5HWJA 3MHGA 3M41A 4WQ6A 2YYTA 2CLHA 1KFLA 1JRCA 4GRSA 3JR2A 2Z1BA 1FWSA 2RDWA 3JS3A 3G3MA 4ZQRA 3OVPA 2WOQA 1WOBA 4JDYA 2B7QA 1QWGA 1RQBA 4O14A 1H63A 4OQVA 4TIMA 1YLVA 1OFPA 1RR2A 2Q8ZA 3ANYA 3KVJA 1QCWA 3PUOA 1O95A 3F1QA 2EPHA 2OMAA 1LTDA 2PRHA 4MVAA 1VLIA 1JCJA 1PV8A 4LTSA 2CLEA 1JUKA 1LRQA 4NU7A 5LNSA 3FYPA 1BWKA 4LC6A 3PULA 4LT9A 2X30A 1QNVA 3BARA 3E0IA 5EMUA 1IXPA 4MLRA 4M5PA 1FY6A 3C4UA 5D2WA 4NJKA 5F2MA 1GTHA 3W7LA 5E0KA 4NNAA 3ABSA 4NQ1A 3LTYA 3MO7A 1SO6A 2VFHA 3PWAA 3G1YA 4QITA 4E2BA 3C2OA 1OYBA 3MWAA 4R33A 3KX6A 2E77A 1TPWA 3N9RA 1HTIA 3PUDA 1H51A 3C6CA 3EXSA 2QUUA 1W3TA 1A5SA 4ZMGA 3LTSA 5CKSA 5F4XA 5AOUA 1ME9A 1SUXA 1RV8A 2ZA3A 3R5EA 1B57A 3TNOA 1X1OA 1XI3A 4CQAA 1F7BA 3UD6A 1OJXA 1TTPA 5LHEA 1HL2A 2NX3A 5LZLA 1GVOA 3P84A 3BK0A 3GDMA 3P81A 1VGAA 3LRKA 3QMRA 1G67A 2QCMA 2BSLA 4HN4A 4FX7A 3CB8A 2QR6A 3EWXA 5HR7A 2ZDRA 1S5VA 3LX9A 4WY0F 1N7KA 2A7NA 1DJQA 2YDAA 4KFOA 3W72A 4LRTA 4JYFA 3VCRA 3NG3A 3W2MA 5FF3A 3IV3A 2FPVA 2YSWA 4DEFA 5LHFA 1EWDA 4N9BA 3FLUA 2ZRUA 3UNDA 3KRZA 3TXVA 2VEKA 2A7RA 2V9DA 1K8XA 2R94A 3B0VC 2GPTA 4O52A 1K8YA 2JKAA 4O50A 2VEIA 3IEBA 2ZQ0A 1XC4A 5D2YA 4JICA 2B7NA 5F4WA 1SR9A 4HNVA 1AW5A 3IGUA 1GEQA 5C6MA 4FF7A 1DHPA 4O17A 1R46A 4O0KA 4RZ5A 2VELA 3G1FA 3LCXA 3O15A 3CIWA 4Z08A 1VRDA 2CLFA 1XKYA 2NUWA 3T4CA 1ONRA 3O6YX 4MZ8A 3BV4A 3AJXA 4NNCA 1Z48A 4UR8A 2XFWA 1LROA 2OCZA 4O11A 2J88A 1PE1A 4QSHA 2J9ZA 3T78A 3SSJA 3KVLA 1UB3A 4N9EA 1P5BA 3HOJA 1QPQA 3P5YA 1I8JA 2QUVA 3CWOX 1GPWA 1AW1A 5CSSA 4HNNA 3EB2A 2DZUA 2V81A 3G24A 4FNSA 2V0TA 4M7TA 4DPQA 3TIMA 3QPYA 5TQLA 3YPIA 1VCGA 4D2JA 5TBOA 3HJZA 3RFAA 2G97A 4G1KA 1TPH1 3VI2A 1WOAA 1TV5A 2DZPA 1J4EA 4ADTA 1XBVA 3F4NA 4M6VA 4A2SA 5G5IA 1F5ZA 3BG9A 2BTMA 3GDRA 3W76A 5D2XA 3R8RA 5CG7A 1ZAHA 4HT3A 1M5WA 2ZFAA 2CU0A 4CLMA 3W1UA 3DFSA 3DFQA 2C18A 4Q33A 4BI6A 1OX6A 4MZ1A 4FNQA 3SZ8A 4ZQNA 5LNRA 3UWYA 3H54A 4JTSA 3C3NA 3G1XA 3SY5A 2RH9A 4IGHA 2DZSA 2NXGA 1TTQA 3LCLA 4NUWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1IXQA

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