1J01 | Genus

Total Genus 126

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	126
sequence length	312
structure length	312
Chain Sequence	ATTLKEAADGAGRDFGFALDPNRLSEAQYKAIADSEFNLVVAENAMKWDATEPSQNSFSFGAGDRVASYAADTGKELYGHTLVWHSQLPDWAKNLNGSAFESAMVNHVTKVADHFEGKVASWDVVNEAFADGGGRRQDSAFQQKLGNGYIETAFRAARAADPTAKLCINDYNVEGINAKSNSLYDLVKDFKARGVPLDCVGFQSHLIVGQVPGDFRQNLQRFADLGVDVRITELDIRMRTPSDATKLATQAADYKKVVQACMQVTRCQGVTVWGITDKYSWVPDVFPGEGAALVWDASYAKKPAYAAVMEAF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	A New, Simple, High-Affinity Glycosidase Inhibitor: Analysis of Binding through X-ray Crystallography, Mutagenesis, and Kinetic Analysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	beta-1,4-xylanase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellulomonas fimi
total genus	126
structure length	312
sequence length	312
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2002-10-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1j01A00

1ZS2A 1K9EA 1QHPA 3CTTA 2DT1A 3W53A 2DPEA 3ZIZA 2BHUA 4KRUA 2VVNA 2WMIB 4MAVA 1KFWA 3CUGA 1B3XA 4JHZA 4URIA 4W84A 3WF4A 1GQLA 2WK2A 2YKKA 3DHPA 2OYLA 2VOTA 4F66A 4XX6A 1F4HA 2VT0A 1W3KA 1NOWA 4JL1A 4GINA 2PI6A 2ZX9A 3OIHA 3DYOA 6TAAA 1HNYA 3L4YA 3BSGA 1EGZA 3WENA 1E6SM 3A4AA 3RM8A 4P7QA 1JZ7A 1WCGA 4M8UA 8CGTA 3CZLA 4CVWA 1LL4A 4AD2A 1EH9A 1NWTA 1GNXA 3B9DA 1CGWA 4JAWA 4XV0A 1W1VA 4PTMA 1UR8A 5M17A 3BXWA 1BG9A 1YHTA 1RP8A 1BYAA 4J3XA 3TTQA 1LL7A 3FY1A 4TOQA 4Z2HA 4C7GA 3GYCA 2A3AA 1CGVA 4CD5A 4CKQA 3AIBA 1JF6A 4AW7A 3QOMA 5BRQA 4IM4A 2WCAA 1E6QM 4MB5A 4WKFA 5ABFA 3OGVA 4B9ZA 2V3FA 2VUYA 1MVYA 1W9UA 1AMYA 2WMGA 3SUSA 3WKZA 4HA3A 1HKIA 4P8VA 1NWRA 3WY1A 2B31A 3AMDA 4JKLA 1E0XA 2WBGA 1GQJA 3NIYA 3PBGA 3WNOA 1S46A 1JZ6A 1QW9A 3L4UA 3M6DA 1WO2A 4H8VA 4LXFA 1Z32X 1B9ZA 1HJUA 1CGYA 2DIEA 2E8ZA 1JL8A 1WKYA 3MSGA 4QAWA 5I77A 3THDA 2ZIDA 4MNJA 1HF6A 3SCSA 3AMGA 1G1YA 3O9NA 4UQBA 2YA0A 4F79A 3EBVA 3K4AA 1XH2A 4OBSA 2CEQA 4GPNA 1E1FA 3VGGA 2D22A 3KL5A 5A69A 5A6AA 3VGBA 1CXLA 2QPSA 2VMFA 1UD2A 2W63A 1CDGA 1ZJBA 1GQIA 1WZAA 2ZUWA 3ALGA 1HVXA 2ZX6A 3AMLA 1SFSA 1UR1A 2D0FA 4AZIA 2RGMA 4PRWA 3CHFA 3FNDA 4HZ8A 2E3ZA 3WFZA 3VDAA 1GZJA 3JUGA 4AXNA 1UYQA 2JF7A 1KR1A 3GXDA 3L4WA 1LLOA 5GQBA 3FAXA 5CPSA 1WDRA 3W82A 1PAMA 3A4XA 1L0PA 2J47A 1CNVA 1QVBA 1TA3B 2NSXA 1BGGA 4WF7A 3NJ3A 3CUJA 3WL0A 2BS9A 3UG3A 1V0MA 4HMCA 4ATWA 1OGBA 1VFMA 2J62A 4AWEA 2D2OA 2OSXA 4KMQA 1R8LA 5FL0A 3AICA 1JZ2A 3BH4A 4HP5A 1GPFA 1OB0A 3VIHA 1HKMA 3GM8A 1GORA 1KCLA 4V2XA 1ODUA 1UA7A 2WVSA 3VNYA 4J3SA 4JZ5A 3L4TA 3PN8A 4HOWA 1LWHA 4NZCA 5E0FA 3W25A 1CZ1A 1MQQA 1GCYA 1H2JA 4D6GA 1VFUA 4CD6A 6A3HA 4RL3A 1KXTA 3WFLA 4ZE5A 3GXMA 1UD5A 3MMDA 5LA1A 4GI9A 1UWRA 4TX6A 1MW0A 2UY2A 1G9HA 4PCTA 2WMIA 1E6XM 2CERA 4F8XA 2DIJA 4QDMA 1UKQA 3VIIA 1U2YA 2J7EA 5A6MA 4W89A 1NOFA 1NH6A 3WEZA 2DSVA 3GZAA 4PSPA 3BMVA 3MMWA 3AIEA 1R7AA 4CD7A 4MB1A 3WH7A 1C8XA 4N0RA 4UCFA 2EBNA 4JL2A 1Q6CA 2E4TA 2ZX8A 2ZWZA 3I3DA 1ODZA 3ZJ8A 4AZBA 3L4XA 2WKGA 2X1IA 2VR5A 4L4OA 2V5DA 3FHAA 3EYPA 3TTYA 2WW5A 5JBDA 4MADA 1HP4A 5E6YA 2CESA 4KH2A 1C8QA 3CO4A 3PZNA 5E9AA 1MFUA 3VVGA 3M07A 1WPCA 1KXHA 3PZIA 5IHSA 3AHZA 1TVNA 2E40A 2DT2A 5KZ6A 1E6RA 1E40A 4W8AA 1JDDA 1NWUA 2DEPA 3IJ7A 4D6JA 1EOKA 2VZUA 3WUEA 3VIFA 4W88A 3N17A 2AMGA 2WHKA 2YLAA 1M53A 4TUFA 1EHAA 2WCGA 2ZOXA 4ZE4A 3AXHA 1JYNA 4TTUA 3WF1A 4GIAA 1ZB5A 2EPKX 2X8RA 3AZSA 5E09A 2WB5A 1GOOA 2XTKA 4GZIA 1B1YA 2ZXQA 4MB4A 4P8WA 4J3TA 2ZUMA 4U5IA 3UR8A 1J0IA 4ACYA 4GO8A 1AQMA 1VBRA 1UWSA 4UOQA 3NSXA 1BFNA 4J3VA 3OGRA 3N11A 4DWSD 3LMYA 4MPKA 1EDGA 1M01A 2DGAA 1E55A 2ZUSA 5BYWA 4AC1X 3CPUA 2CKSA 4GKLA 4GO9A 1V6XA 1E4LA 4PMXA 2W4XA 2GJXB 4Q22A 1QNSA 4NI3A 3WQ6A 2OSYA 1JD7A 1NOUA 1LF1A 3SCPA 1W3JA 3ZMRA 2WHMA 1VEMA 4OIFA 5FKYA 4PUDA 2VNCA 2J78A 3AI0A 5EB8A 2VX4A 5HPOA 1E15A 2WMFA 1DWAM 2J79A 3RDKA 1MQRA 2CYGA 4HMDA 3GBEA 3L4VA 4J27A 1W9PA 5E0CA 1XH0A 1R87A 1HIZA 2FHCA 3QHMA 3RM9A 4CCCA 1BGAA 1V3JA 1J0HA 2YBTA 1BQCA 1TA3A 3AJ7A 3GXIA 4DWSC 1E1EA 1OGSA 2W61A 1PBGA 3F5JA 4BCEA 4AISA 3GH5A 3VILA 2D0GA 1RH9A 4GZEA 4JFSA 2WCSA 2VZSA 3HN3A 1IV8A 3MO4A 1PIFA 3ARYA 3EMCA 1AQ0A 1JAKA 5I24A 3VGFA 3AZRA 1U33A 1PX4A 1X6NA 1V02E 5FIPA 5I3DA 1FP9A 1X1NA 3KL0A 3TONA 3SCTA 3VM5A 4CU6A 1KWGA 4NRRA 2YBUA 4AYSA 3FN9A 5I0DA 4Z2LA 4HOZA 4WIWA 1BLIA 1V08A 2Q8XA 3BC9A 4P8UA 2UY3A 1KBKA 3UESA 4FLSA 2X0HA 4AD1A 3CUIA 1PZ3A 1ZBCA 3PZ9A 1JZ5A 3W37A 4PMZA 1FH9A 1LL6A 1V6VA 1JI2A 1E5NA 1ZJAA 2XM1A 5CXPA 2PBGA 3K46A 4DWSB 8A3HA 1XV8A 4AMCA 1GOMA 1RP9A 4X0VA 3ZJ6A 3ARXA 3ZQ9A 3CHEA 3VO0A 3DYPA 4BF7A 4D6EA 1FHLA 2QF8A 3EDKA 3UCQA 4UQ9A 1D3CA 1E3XA 1A47A 3D3AA 1M03A 1OT1A 3BAWA 1MW2A 4XZWA 2G4FA 3ARQA 5LA2A 1K9TA 2QMKA 3W6MA 3AIQA 1UD4A 4HOXA 2JF6A 2V3GA 1G01A 2FH8A 3ZOAA 1QHOA 3APGA 4D72A 2PC8A 1B90A 1DHKA 4TX8A 1NQ6A 1JYWA 1PIGA 1MYRA 4B16A 1B3ZA 5CQ1A 3ZM8A 3AYSA 3WEOA 1CBGA 3WDPP 1W3HA 1JI1A 2RGLA 3WD0A 1ISZA 3PZVA 1KCKA 4JFTA 1QNQA 1GVIA 1HKKA 3K8LA 2G3JA 2G3MA 1QI0A 1E71M 2ZWYA 1ZL1A 2BVTA 1GOIA 4RE4A 2NT0A 1QBBA 1IT0A 3WELA 2QHAA 2FHBA 2O9PA 4S3KA 2WWCA 3A47A 2DSWA 2D3LA 2J7GA 3MUIA 5BXTA 5A6SA 3OB8A 1SMDA 2PBOA 1GHSA 4D1IA 1JZ8A 4Y7EA 2QLYA 1MW3A 4NRSA 1BSIA 4UR9A 5C70A 1WDSA 1HN1A 4GZJA 1I1WA 3CHCA 3W24A 4JFWA 2VX6A 5A3HA 4UFKA 2VTFA 2BY1A 1QNPA 1V03A 4E8DA 2BVDA 3WDRA 4MNLA 3RMEA 3OLIA 1TVPA 4AEEA 3T08A 3BLPX 5CLTA 1W9XA 3NSMA 1UD8A 1GONA 1JXJA 3VGDA 3PZGA 2GJXA 1NP2A 1FA2A 4U5KA 3WBEA 2XYLA 4JFUA 4M24A 3T0BA 3UR7A 2D24A 2YDSA 3GNRA 4W5UA 1O6IA 4YPJA 1E73M 1VAHA 2W62A 3II1A 5ECUA 3GTNA 1BYBA 4ATLA 3QGVA 1CGXA 3VIGA 5C71A 1QPKA 1NWSA 3E1F1 3PZMA 2YL5A 1YQ2A 4QP0A 3AFBA 2Y24A 4JKKA 1ECEA 2VVSA 1OD0A 5A2BA 4AZ5A 1EQPA 6CGTA 3WNKA 1JXKA 4OOUA 1DEDA 4K68A 2V5CA 2WYSA 2EEXA 2WVUA 1PEZA 1B3YA 3AHYA 1MFVA 1PPIA 3AYRA 3OLEA 1HX0A 1I75A 1HJWA 2GDUA 3VINA 3ZT5A 2D3NA 5D9NA 5A6BD 3WF0A 4A4AA 2EO7A 1HKJA 2D1ZA 3OLGA 3QHNA 1TG7A 2XHYA 3M46A 2UWFA 3PZUA 4QFUA 1XD1A 1VRXA 4J7RA 2W67A 3W28A 4BQ3A 3I3BA 1V02A 3WF3A 1Q6EA 4JCLA 1SR0A 2PF0A 1W9BM 2JE8A 3DC0A 2F8QA 2F61A 5ABEA 5A8PA 1E0WA 4IUGA 4DWSA 1FHDA 3KL3A 3MKKA 1XSKA 5IHRA 2VQUA 4FLRA 1CPUA 1GOKA 3N1AA 2VL4A 4PN2A 5GNYA 4AZHA 1CXIA 1ISXA 1W1TA 2J7BA 2XVKA 1BAGA 4CD8A 5IFPA 2FH6A 4AZ7A 3RILA 1OBAA 2E9MA 3F5LA 3GNOA 1LWJA 3AQUA 4UFLA 1UQYA 3CIVA 4B3KA 2X0YA 2J7CA 4PTVA 3GXFA 4YHGA 2BV9A 5A6LA 2OLHA 2XFYA 2ZX5A 3L4ZA 4CCEA 3MUY1 1IZJA 1C7TA 2A3CA 4PMOA 3BGAA 2WZEA 3OG2A 5D8ZA 3QOKA 4AY1A 2WHJA 1C8YA 4UNIA 1BYCA 5FCZA 1W1YA 4QLLA 1GHRA 1DWJM 2EPLX 4WLCA 5CG0A 1VIWA 4GQQA 2WC7A 5M5DA 1NARA 2EJ1A 4D6HA 1BVNP 1H09A 3BCFA 2J7HA 5DT7A 3A3HA 1WZMA 3FW6A 1UD6A 4ACZB 1R7OA 4TVUA 1UOKA 1V3KA 2IUZA 1CXHA 4PCSA 4XUYA 4Z2GA 1V0KA 5A8QA 1KBBA 1HXJA 2VCAA 4E4PA 1ESWA 1KB3A 1GVYA 2QMJA 1AVAA 5HDRA 4BA0A 3BLKA 3PZTA 2JALA 5JBEA 4UFJA 5IXEA 3ARUA 2XWEA 1W9DM 2YL8A 3GH4A 3CLWA 1BPLB 3ALFA 1H0GA 1OM0A 2UY4A 4CCDA 1C90A 2MANA 1DWIM 2WMKA 3WD1A 1P6WA 2E9BA 3I3EA 3AHXA 3AIUA 2ZUVA 4WK9A 4W7WA 5A8NA 2YDRA 3ARWA 3WDIA 5A2CA 1FH8A 4NF7A 4MTVA 3VTRA 3G6LA 1UR2A 1RD6A 1L8NA 1OGGA 4B9YA 1ZU8A 3NYDA 1VENA 2G41A 3SCOA 4D1JA 3W0KA 1QI3A 3VU2A 4C7DA 3BAJA 3WNNA 5BXPA 2V3EA 1GJUA 3VDBA 1CXKA 1E5JA 4IPLA 4PTXA 3W81A 3SUTA 3BMWA 1E56A 2ZXBA 1WAWA 5D9PA 4BZYA 2GUYA 2BY2A 2Y5EA 1VEOA 2F2HA 3NDZA 3VDCA 2D20A 2HISA 3B9AA 3BAIA 1XSIA 3W38A 4L4PA 2DH2A 1WDQA 2DDXA 5A2AA 2AOSA 2WXDM 3PTMA 4CN6A 4PYSA 4X0NA 3VPLA 5I78A 1J10A 4Z2KA 2VZOA 2Y8KA 4P7RA 4EANA 5IFTA 4W85A 1QNRA 3B8SA 3S2CA 2XWDA 1GW1A 1KXVA 5GNXA 1V3HA 1PX3A 5EMYA 4CUCA 1UH4A 3AISA 3VX1A 1UA3A 3PTKA 1FP8A 1CGUA 4DUWA 2QPUA 3IAPA 2W91A 2CCRA 4AD4A 2WC4A 2WHLA 1PJ9A 3THCA 1W2VA 3NCOA 3CHDA 4OKDA 5CSUA 4ZENA 1DTUA 2DSUA 4EE9A 1E0VA 2D23A 3WQ8A 1TR1A 1QW8A 2XG9A 5HNNA 2E9LA 3BAYA 3VDHA 3VD4A 4UQCA 3WL1A 4CVUA 2NT1A 4UOJA 5AYBA 5A95A 3VKKA 2CXGA 5DO8A 3VUPA 1OSEA 2W5FA 2WSKA 5BCAA 4RE3A 1VB9A 3HU7A 3WN6A 3ZT6A 4QCEA 3FXYA 1CENA 1TCMA 2DSKA 2WKLA 3ZO9A 1NP0A 1OCQA 4W7UA 4U2YA 1CGTA 2G3IA 5A6KA 5M03A 1Q6DA 2PWDA 4J28A 3SCNA 1Q6GA 4BQ4A 3WBAA 3RJXA 1HT6A 3ZR6A 3OZOA 1B30A 1W3LA 3ARVA 1WP6A 2VZVA 3VX0A 5AY7A 2XSAA 3U5YA 4NSBA 5AC5A 3K8MA 4KRTA 1XRVA 3AS2A 3K1DA 5BROA 4H8HA 4R27A 5GNZA 2FDMA 1J0KA 1N82A 1E3ZA 2VZTA 4Z2IA 1EA9C 3VGEA 1EO7A 3BCDA 1B2YA 1W2PA 2CBIA 4HTYA 1FFQA 4E8CA 5DF0A 3DYMA 3ZSSA 2VJXA 4WSJA 4TVDA 1O7AA 4F9JA 3RO8A 1LJYA 4HA4A 1ZBVA 2GK1B 1C7SA 2WANA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2CLK A;  2VUN A;  3G1Y A;  1HKI A;  1LOS A;  4P8V A;  1YYA A;  3LB0 A;  3HOJ A;  1UML A;  4AVF A;  4DJE D;  4HYW A;  3U2E A;  2ZE3 A;  3JRK A;  2P0I A;  3L12 A;  4HNU A;  1OFD A;  1BTM A;  4G2D A;  3T55 A;  1FCV A;  1S46 A;  1JZ6 A;  3LX9 A;  3TN6 A;  2PDX A;  1SQ7 A;  2E8Z A;  3V4B A;  1JL8 A;  1WKY A;  2MNR A;  1VKF A;  4EXQ A;  1M41 A;  3T6C A;  3SCS A;  3AMG A;  3O9N A;  2NX9 A;  5FI8 A;  3HMJ G;  1KD0 A;  2CEQ A;  3VGG A;  5A69 A;  3GZ3 A;  2Q3O A;  2YCK X;  2QPS A;  1UD2 A;  2PP1 A;  3IJD A;  3AO0 A;  1CDG A;  1NF0 A;  4V1Y A;  4LUY A;  3GRI A;  5T26 A;  3W86 A;  1PYM A;  2QYG A;  1ZJB A;  2X1U A;  2ZUW A;  1LT8 A;  1HVX A;  2O4M A;  3AML A;  4XAF A;  3EEZ A;  3EAU A;  1XRS A;  3H22 A;  3PBU A;  3CV1 A;  4PRW A;  4HCL A;  4DPQ A;  1J6P A;  4JYF A;  3SRF A;  1O66 A;  3GXD A;  4R7O A;  5GQB A;  3QQW A;  3H55 A;  5CPS A;  4ZCW A;  1UAS A;  2V5L A;  1UC4 A;  3R2G A;  1BD0 A;  4IUO A;  1QWK A;  3MP3 A;  3L9C A;  3BOX A;  4E5T A;  3E0L A;  5AVN A;  1R38 A;  4KT2 A;  1R47 A;  3WL0 A;  2X1R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1J01A

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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