1J5T | Genus

Total Genus 68

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	68
sequence length	233
structure length	233
Chain Sequence	HHHMIVQRRNHRFLEVLSGKERVKIIAEFKKASPSAGDINADASLEDFIRMYDELADAISILTEKHYFKGDPAFVRAARNLTCRPILAKDFYIDTVQVKLASSVGADAILIIARILTAEQIKEIYEAAEELGMDSLVEVHSREDLEKVFSVIRPKIIGINTRDLDTFEIKKNVLWELLPLVPDDTVVVAESGIKDPRELKDLRGKVNAVLVGTSIMKAENPRRFLEEMRAWSE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase (TM0140) from Thermotoga maritima at 3.0 A resolution rcsb
molecule keywords	INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
molecule tags	Lyase
source organism	Thermotoga maritima
total genus	68
structure length	233
sequence length	233
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-07-03

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1j5tA00

3C2VA 1I2PA 3HOJA 4CQAA 2J88A 2ZTJA 1H7WA 1DQWA 2P10A 3BPWA 4Y6GA 1JR1A 3R2GA 1SSGA 4RLIA 1K8XA 5F2MA 4XUGA 5LKYA 4AMAA 1BWKA 1TQJA 4RXFA 4N9BA 1IXOA 4O18A 4WX2A 4P2VA 5IM51 2HMCA 2VFEA 4UTWA 5D02A 4NNBA 3W1LA 3DFPA 2NUXA 5G4EA 2AQWA 2F7FA 1MEHA 4ALDA 5KSWA 4JN6A 5G2HA 4OHQA 2GVGA 3C0JA 4UIOA 5G5IA 2F84A 3DXIA 2R14A 3QSRA 1AW2A 5D30A 1A5SA 1S3HA 2PE4A 2KZHA 2X1SA 1ZAHA 3CTLA 1SO3A 2D73A 4K8HA 2HS6A 5T26A 1GWJA 3B0PA 1LLZA 3TQKA 4K8EA 1LTDA 4W9TA 3AJXA 4PODA 3BARA 5CPLA 4KWVA 3LCXA 1JCLA 4LRTA 5F4WA 1THFD 3G1FA 2FJKA 4RKAA 2PRHA 4RJEA 4HSOA 5DCEA 3UXAA 3OEXA 2ZRUA 1LM1A 3W83A 3NZ1A 3HGRA 3CC1A 4DBDA 4EIVA 3CB8A 1AK5A 4OWGA 3NQCA 3TJXA 3W75A 3NQ2A 4H4IA 3W1MA 1S5WA 1YTDA 3UY7A 4IPIA 3LM7A 1C8VA 2PCQA 1KFJA 2XN2A 1GVRA 3N9SA 4OV9A 4MOZA 4O12A 1EP1A 3P81A 1D3GA 1QCWA 3S0CA 4OT7A 1TJRA 3ANYA 1KM5A 4JX5A 1DORA 1RR2A 3ZS4A 2VELA 3L0NA 4UFLA 4BI6A 4FX8A 3PSVA 3BW3A 3ABOA 1L6WA 2YPIA 3LV6A 4QIUA 2O7QA 1DJQA 3W2LA 1KLYA 3SFKA 2CLMA 3N34A 1JUKA 4JICA 2V8ZA 3LCGA 1EP3A 4NZFA 4UFMA 4O13A 2QCDB 3STGA 4MJMA 4HSNA 2ZDRA 3LHTA 1Z44A 3BG3A 5HWMA 2G95A 1IIHA 3PM6A 2ZZ1A 5AC8A 1TPFA 1TPEA 4M19A 1VCGA 4HNVA 1W0MA 1DQXA 1ZNNA 3FJLA 4I7VA 3W1RA 2FIQA 3IIVA 3NA8A 3LCHA 3TW7A 1QOQA 3UWYA 1GZGA 3HG2A 1QFEA 2ATMA 1ZHAA 5D33A 3W7JA 3QYQA 4AB4A 5J5RA 2VC6A 3DKJA 1H61A 5BW6A 4JGDA 3OG3A 5CG7A 1DKWA 1BWLA 2ISSA 1WBHA 4AWSA 4DEFA 2X16A 4XZ9A 3T7VA 3JRKA 4K37A 5EY5A 2H3DA 3RMJA 1LDCA 1P0KA 2C6QA 3N73A 1XC4A 3M5VA 4ZMGA 1NFBA 3NXFA 1JCJA 3W73A 1SW3A 4P61A 3UPBA 2ABAA 1RV8A 1OFAA 3NQAA 3FOKA 3O06A 1AW1A 3UWQA 3N2XA 1XUZA 1VYRA 5DXYA 3BW4A 4CQ8A 4WY0B 4I7WA 4MY8A 1L6SA 2FB3A 4WXZA 3F03K 2NXGA 3S5OA 3FLUA 1FUYA 4IXHA 3C2RA 3S1WA 3MYPA 6ALDA 3QQ1A 4TIMA 1P4CA 1H7NA 1AW5A 1R2RA 4PH6A 4K7YA 1A5BA 3OA3A 4DF2A 3TV8A 3NDOA 4NXKA 4NNCA 3STCA 2VOMA 5FF3A 5G1TA 3I68A 2CZDA 1OYCA 3UWZA 3RK8A 1DHPA 4MYXA 1WX0A 3KXQA 3G18A 4U28A 2QCFA 3MP4A 4UTJA 4A21A 1KM0A 1ZY9A 3NAVA 4OU1A 4I7UA 4MJZA 3DFNA 3L67A 1QAPA 3M7WA 3W7GA 5C5YA 2Y61A 3H54A 3R13A 4HPJA 2YZRA 3QFEA 4LVGA 3DBPA 1TPUA 3E02A 1B4EA 4M6QA 3SR7A 5EPDA 4M5PA 3U8GA 1H7PA 4C1KA 3A23A 2CLHA 4JTIA 2BWGA 3R12A 4RR4A 4AHQA 4Y96A 1OJXA 1K7XA 2ZRXA 2GQ9A 3GVGA 2CLIA 2H8ZA 2FPTA 3PSWA 4LVBA 1F5ZA 4JYDA 3PUDA 1P0NA 5LNRA 4Q32A 2UV8G 3TKFA 4JYEA 4NJGA 5G1YA 1D9EA 3GR7A 4Z0JA 1D3HA 2C0AA 3L66A 1KLZA 1TRDA 2NX1A 4LC8A 3W1QA 1SU5A 3HO8A 4X3ZA 1V5XA 5DN1A 1F76A 1MZHA 2QUTA 1G4PA 4QM1A 5K9CA 2DZSA 4AF0A 4S2CA 3OVQA 3W1PA 1W3IA 2C3ZA 4R33A 1R2SA 3LLFA 1TMHA 3F4WA 4OGZA 1TSIA 4KFPA 5MHBA 1VQTA 1WBJA 3LI1A 1V7YA 4CCEA 4WY0F 1GTHA 4GFSA 5DY3A 3QF0A 1TYGA 3TDFA 1OX4B 4ADSA 6TIMA 1T96A 3TJLA 3TAOA 4NZJA 1KTCA 4UTTA 1JQVA 3TMLA 2YFOA 3NQFA 1OFRA 4XKYB 1H1YA 4UTIA 1HFBA 3C61A 2E09A 3W2JA 3G1XA 1SO4A 3NOEA 4NJKA 4LVDA 1Z41A 2FDSA 2NV2A 4K38A 3SJ3A 1YPFA 3IGSA 1DBTA 2CFFA 3RLUA 3NL3A 4UTUA 2GJNA 3W07A 3G8RA 5A8GA 3SY5A 3EX6A 1I4NA 3R8RA 3A24A 3KRSA 5C54A 4YMZA 3BLEA 2P0OA 1KFEA 5LNSA 5F2IA 4I9AA 1GJPA 2BSLA 5K4XA 2X30A 3O05A 1ML1A 1TPWA 3KFTA 2ZFAA 2GVLA 3I6RA 1M5WA 4MVAA 4G1KA 1GVFA 1H50A 3S1VA 1VLWA 3S9YA 2W79A 1JCMP 5LGXA 2QCLA 1ZALA 1Q3NA 3DFQA 4GJ1A 1TQXA 4IMGA 3G3DA 2ZTKA 3P8JA 2WV8A 4IQLA 3NQGA 2WOQA 5DBTA 4YCPA 2DZPA 3KVJA 5A5WA 3WK0A 3C52A 1NF0A 3A21A 2B7NA 3Q37A 1Y0EA 4FXSA 4BFAA 5K4ZA 3O6DA 1TO3A 4JTJA 1LOQA 3NQEA 4UNLA 4GUFA 1Q6QA 4O11A 5EMUA 4QNWA 1XKYA 4RZ6A 3KAOA 1VPXA 1ZAJA 2A6LA 2NV1A 3BG5A 3TXZA 3EX2A 1C29A 3DFOA 3NNTA 4TMCA 4DO5A 2DJXA 5TBOA 1XBYA 2E1DA 3I7SA 3GDKA 4UMAA 3M1ZA 3GR8A 4DF1A 4Z1AA 1A53A 1OX6A 3B8DA 5DY2A 4JTHA 3FJ6A 3HJZA 5F2LA 1X1OA 1PHQA 1SW7A 1JVNA 1G69A 1O95A 1WOBA 2Y88A 1K8ZA 2A2IA 2ZZ7A 1FBAA 1PHWA 4FNQA 3GB6A 2WKJA 3O8AA 4O1BA 3HGSA 3L68A 4JD4A 3UZ5A 3PC0A 3TFCA 3O6YX 1JRCA 3B04A 3M5ZA 4IX2A 1YDVA 3NZRA 3W2NA 2HSAA 3FYOA 3CM4A 2QF7A 4WOZA 3LHYA 3M43A 5AHEA 3UWVA 3W7DA 5BMWA 1N55A 4O15A 5I3HA 5BMXA 1H7XA 4LV9A 1FY6A 4UC5A 2QR6A 3NPXA 3PS7A 4MZ1A 3HG5A 3GDLA 3LI0A 1WXJA 1EWDA 1U83A 4DF0A 1OYAA 3IVTA 2WPBA 1KBJA 4BR1A 1SR9A 4ONVA 2YR1A 1EPXA 2J9ZA 3W3OA 1VR6A 3E12A 5I3GA 2XN0A 4TMBA 5E1QA 3S1XA 4MLRA 3B05A 2E6AA 3V1PA 3NM3A 3DI1A 1QPQA 5I3KA 5D03A 3ABSA 3KVLA 5FF0A 1KM3A 4WZHA 3TX9A 3C6CA 3SIZA 2E68A 4O57A 3QPZA 1LP6A 3M5YA 1WYIA 2WQPA 4IXXA 3UZJA 3QMTA 3GK0A 4UTMA 1GTEA 3WJYA 2NX9A 2CLLA 2GQAA 4M6PA 4UFKA 1LOSA 4MFEA 1K3UA 2JKPA 2QDHA 4QSHA 5CZ0A 2VEKA 4HKPA 5AC6A 5J5DA 1QO5A 2DP3A 4NJHA 4XQ6A 4BK9A 1FCVA 4UCGA 3TC7A 1J2WA 1QDSA 3NQ8A 1I2RA 2FPVA 3W7KA 1OVDA 1TCDA 1ZCOA 2X1UA 3EEGA 2ZZ2A 1OX5A 3AO0A 4X2RA 3W7PA 1TPC1 5D2YA 4UMBA 3IEBA 3KRZA 4GUHA 3TQVA 3SGZA 4JTKA 1OYBA 4EF8A 5CGQA 1VCVA 1CI1A 1ME9A 3A9IA 5D2TA 4ZQNA 1IF2A 3C3NA 1TV7A 3THQA 3TU9A 4FB7A 2C1HA 1L6YA 3EXRA 1M7OA 4XTIA 1N7KA 3S5YA 4JNMA 3RLVA 1TRIA 5TQLA 4Q33A 3NVTA 3P5YA 4O19A 2Y7DA 3C2OA 5KZMA 4R7JA 1K7EA 4O53A 2NXHA 5G2IA 3L5AA 3W70A 3M16A 2BX7A 4CNNA 4GNJA 4LVFA 4Z0SA 5AC7A 5LNVA 3W1UA 4QISA 2TYSA 3P8IA 1JCXA 3HGOA 2DZUA 5CKSA 5K3VA 4RZ5A 2PRLA 1YDOA 2GQ8A 3HPSA 3LXCA 5EBUA 3THAA 4AH7A 3ABQA 5F4XA 4HHPA 4IWWA 1SUXA 3INPA 2JGYA 1IGSA 1XL9A 3P84A 1KM4A 2EKCA 3QW4B 1P5BA 1SW0A 1YYAA 3S42A 1WAUA 5CZTA 4O50A 4N9EA 5K9DA 2ZZ5A 5BRBA 1JQXA 1OFEA 3WK2A 1IXPA 4IMDA 4CCDA 2PURA 1KV5A 5LNUA 1YXYA 4LUIA 1EX5A 2Z1BA 3OHIA 2JKEA 5C6MA 2BLEA 3W1XA 3M0ZA 1GT8A 4LUJA 1F73A 1XBXA 1MXSA 2RKXA 2E5CA 3IVSA 3NGJA 4LVAA 3WK3A 1F74A 4O28A 1QPOA 4L4LA 1UJPA 2RFGA 4K39A 3ZWTA 3WJSA 3PAJA 3WJWA 1HO4A 4MZYA 2QCDA 4UR7A 1DV7A 4JEQA 1TPH1 5F1UA 5FI8A 4MFDA 4BI5A 4CNPA 5LSMA 1GEQA 3PUOA 3LCLA 2B0MA 2VFFA 4MY1A 1LOLA 5D2WA 4DPPA 3W1NA 3LBCA 4JYFA 1I2QA 2AAMA 3A22A 3OIXA 4JTFA 1H51A 4GE8A 1PV8A 1KW1A 5AB3A 1Q45A 2J6XA 2X1TA 2OCZA 1F2JA 2I9EA 4X22A 2GJLA 1XFBA 1ZENA 4JTEA 1ICSA 1TIMA 1QPRA 3NQ6A 1W1ZA 4N2YA 3IGUA 1IIGA 5LZLA 1Q6OA 2CZEA 4HNUA 4Y9AA 2CLOA 3BVJA 3GDMA 4H3DA 3T44A 2A6NA 2Y85A 3GX9A 5HR7A 1EB3A 3G1VA 1NVMA 2QCCA 2A7PA 4JXCA 4N6FA 5HUPA 2GUUA 4HT3A 4OBTA 4D2JA 2H6RA 5BNKA 3EWYA 3N2MA 4K36A 3LOTA 2NUYA 2C14A 5C55A 3MI2A 4K7VA 1UB3A 3NPWA 5HR6A 2Z6JA 1XCFA 3TH6A 1EUNA 4DO6A 4WY0A 1W54A 1UCWA 2B7PA 4A3UA 3GXPA 4QITA 4Y8FA 2G97A 1A50A 3IGXA 2B7QA 3O1NA 3EWXA 2Y7FA 1W37A 4JR5A 3EWZA 3F4NA 4FXRA 2H90A 4MUZA 4AEOA 1EIXA 3DU0A 3L21A 3GKFA 4UTWC 4PFMA 3HQ1A 3B0VC 1W8SA 1J4EA 1C9DA 4ORMA 1SO5A 2A21A 3UQNA 4FHAA 4IMCA 3GYEA 3LBMA 2E6FA 1SFJA 1K7FA 3EWBX 4OQVA 3MP5A 3KX6A 2Z6IA 4N9CA 5HQEA 3L9CA 3G0SA 3G22A 3GAYA 4AHPA 1R47A 1VLIA 3W85A 4NQ1A 5DLCA 2QAFA 5HULA 2BTMA 2JKAA 3S6DA 3YPIA 3HPZA 1JCNA 4MYAA 2DORA 4JY9A 3W1AA 2Y70A 4Z1BA 3NR0A 4O4VA 3E9AA 5KMYA 2NLIA 2ZRVA 4Z1CA 3W7HA 4BF9A 1VZWA 4BWLC 2A0NA 4O8RA 4MPQA 4MKNA 3JS3A 1LRQA 1YXCA 2DU2A 2CZ5A 4UFIA 5C2XA 1AMKA 3RNDA 2A85A 2Y7GA 3EB2A 4IPJA 3TK7A 1W5NA 2B4GA 4JTLA 1HG3A 5H2ZA 2I1OA 3W9ZA 4L4MA 8TIMA 2G96A 1F6PA 1LRNA 2VFIA 3TIMA 5K2ZA 3MP3A 1OFOA 5I3IA 3O63A 3NYZA 2OX1A 3MHFA 1T0OA 1PE1A 1XM3A 2YSWA 1B4KA 3TXVA 1VH7A 1OF8A 3Q94A 1N8FA 4S1FA 2VEPA 1G7VA 4FNUA 1YPIA 1G67A 1OX4A 1A5AA 2YDAA 4ML9A 1H5YA 2QJGA 4WQ6A 4XKYA 3EXTA 3M6YA 3NO5A 3USBA 3L5MA 2YXGA 3CEUA 3LCIA 4AAJA 1XBVA 4OV4A 5HWNA 5IBXA 3TFXA 1L2UA 5CPNA 5HJLA 2QCMA 3W7MA 3W7QA 1EUAA 4GXMA 5AOUA 3B06A 2Y7EA 2CWNA 3QH2A 5FEWA 1YDNA 5DCBA 3P7YA 1TV5A 5D04C 3F1QA 2QJHA 5TIMA 1TPDA 2J27A 1OABA 4HN4A 4ZQPA 3W7CA 4WUIA 1H7RA 4U4MA 5LGZA 1EA0A 1Q6RA 1X8FA 3VFLA 3FS2A 4O1DA 5CSSA 1CX9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1J5TA

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