1JCJA

Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
HMTDLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFLPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGHG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 100
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2001-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jcjA00
2BLEA 2B7NA 3NXFA 1ZCOA 2YCEA 4N4PA 2EPHA 4O53A 4Y90A 3RMJA 1TTJA 2QCEA 1P0NA 5BMWA 5D2XA 2FB2A 4MFDA 3M41A 5I3GA 1X7FA 3TIMA 3BG3A 3BGGA 1JCNA 2QDGA 3IGXA 3BVJA 1W31A 3CLMA 5L6UA 3M5YA 2B7PA 1P1XA 3DFOA 4ML9A 1VPXA 3HBLA 2ZYFA 2OT1A 4JDBA 3SW6A 5DCDA 3E0IA 4N4QA 2CFFA 1PCWA 3RF9A 3TCEA 4O54A 3E9AA 1FXQA 3LDVA 3NL6A 2Q8LA 3O6CA 4NUWA 4GNJA 4L4MA 4UTWC 3M1ZA 4O16A 3VE7A 1KM0A 1A5AA 1RPXA 2Y7EA 2DZUA 4PL1A 1EP2A 5CZTA 3NZ1A 3PY2A 1QAPA 3P67A 3LXAA 4JIPA 2J88A 1YLVA 2YZRA 4AH7A 4MOZA 4QSHA 2A7PA 2E6YA 3W1QA 4E38A 1ME8A 2CZEA 2QUUA 1JCJA 1QPQA 1GVFA 2WQPA 3QYQA 3P8IA 1KFKA 1YPIA 3NA8A 5D09A 1TRIA 3P5YA 5F4SA 3UXAA 2B0MA 3O63A 3W7IA 1SZFA 3CIXA 3M16A 2RDTA 4LW7A 2WNZA 1DQXA 4LVAA 1R2SA 1KBIA 3DI0A 4O57A 1W5NA 2A5HA 3PUOA 2CLKA 1GYLA 3DFSA 3L0KA 1I2RA 2QJHA 3G0XA 3ATYA 1BTMA 3USBA 1SO6A 1QR7A 2Z6JA 4X3ZA 3LHVA 3L5MA 4RX0A 2V2HA 3UWQA 2EGZA 4PTNA 3C4UA 3NPVA 2HSAA 1T96A 2GOUA 1WV2A 1TB3A 5L9FA 3CQ0A 1WDWA 4M6VA 4BF9A 3OIXA 4IGHA 5LKYA 2QCLA 5D2VA 1I2QA 1SPQA 3DBPA 4WOZA 4P2VA 5CPMA 3L68A 5AOUA 1K02A 3Q2DA 4JIQA 1RQHA 4Z0JA 2WKJA 4WXYA 1OABA 2JKEA 1FDZA 1IXPA 5KSWA 1EWDA 4JX5A 4KKXA 3IV3A 1OFPA 5IM51 2NX3A 3DFQA 2I1OA 1BEUA 5F2MA 3FA5A 4AF0A 3TUUA 3G1SA 2C15A 4R7JA 3L5AA 4IMCA 3P61A 3FLUA 5KZDA 3KVLA 3B0UX 3BGJA 2QCCA 3N9SA 1OVDA 5DXXA 1N7KA 1GVQA 1JUBA 1SU5A 3EWWA 2PCQA 2RFGA 2X1UA 4UTLA 1W5MA 3LTYA 1LOLA 3Q58A 4NZFA 4FNTA 5MHBA 5AFDA 4MY8A 2V2DA 5AB3A 1LROA 4N9DA 3EX2A 3PB0A 3L5LA 4XBKA 3LHTA 2H3BA 4B5NA 2ZRZA 4N9EA 2QCHA 3L67A 1LP6A 5D38A 1Q3NA 1B3OA 3W88A 4AF0B 1Z48A 3QRHA 4O12A 4CQAA 3NQAA 1KFCA 1GZGA 4GUIA 2Y70A 1W3IA 3IVUA 3THQA 3G8RA 1FCQA 1FWWA 4FEZA 5HUOA 2C16A 2H3DA 3KRSA 4UXDA 3N9RA 1TPVA 3HG5A 2ZA1A 2Y7GA 3LHZA 4GRSA 4RKAA 5D2YA 3A23A 4O28A 3E49A 1ALDA 3MHFA 3THAA 1L6SA 2P10A 4K38A 2NWSA 4Z1BA 5AC6A 4MJZA 2RKXA 3W84A 3T78A 4O0KA 2QCGA 2Y62A 3W7NA 3WJWA 3W22A 3TQVA 3PF3A 1ICQA 3G18A 1VHNA 2FPVA 4X22A 4BWLA 3OHIA 4LUIA 5FEZA 4JICA 4M6QA 4TX9A 4WY0A 1EUAA 4S2CA 2YFNA 1GOXA 3EXRA 1HG3A 3W2JA 1QCWA 4CNOA 2ABBA 4DPQA 5F1VA 1ICPA 3GYEA 1B4KA 3KVJA 4IXXA 2WOQA 3VNDA 1VHCA 1B57A 1O95A 3QH2A 1VRDA 1ONRA 1KFLA 3BG9A 2FB3A 3EWUA 3R13A 4DBEA 2ZRVA 1JCYA 1Q6LA 2ZTJA 1WXJA 5CZSA 3UD6A 3LCWA 1U5JA 1Q6OA 3DFNA 3NPXA 4MY1A 1NF7A 4BI7A 2FTPA 1TTQA 3S0CA 4HN4A 4IPJA 1DQWA 2G95A 2ZA2A 4IX2A 2Q3RA 4MJMA 1SSGA 2VEPA 3NL2A 2ZZ3A 3FOKA 3Q37A 4OE7A 3W2NA 1L6YA 3W2KA 3B06A 1EEPA 3TFXA 5F2IA 4Y6GA 1R2TA 1VYRA 2Y88A 1OK6A 3BLIA 3DXIA 5K4XA 1XKYA 3BW2A 1ZAJA 5K9CA 4LV9A 2QKFA 1PE1A 8TIMA 2ALDA 3A9IA 4HIBA 3GZ3A 5I3KA 4JTEA 3GDLA 3O8AA 1NVMA 3NEVA 3LERA 4FIRA 1QNVA 3TJXA 4LVDA 1BKSA 3TJLA 1W5QA 3C52A 3LTPA 3EX4A 4ADSA 3LXCA 1WA3A 3C61A 5AHIA 2NZLA 3W85A 3CEUA 1THFD 3MP4A 1OYBA 4R53A 3T55A 1KTBA 4X2RA 3RLUA 4RXGA 3TA6A 1EPXA 1SZEA 3O05A 4ZQNA 1FCUA 2JKPA 4NXKA 1L6WA 4NZJA 1FDYA 4Q32A 2G96A 4XKYA 3PG9A 2FIQA 3ZS4A 3O6YX 5D05A 2WSQA 3CWNA 3P8JA 2DZVA 3C0JA 3CTLA 1ZFJA 4TU1A 1AW1A 1Q45A 3P80A 4A22A 5HR7A 4A21A 1JCXA 7TIMA 2V0TA 3BK0A 2E5CA 3UWUA 4K8HA 3EWYA 3G3DA 3RLVA 5FEPA 3G0SA 3NOEA 4CCCA 2CLHA 3I7SA 2YFOA 5CSRA 2X30A 1TO3A 3SGUA 1RV8A 1XDLA 4LU0A 3IGSA 4JY9A 1YPFA 2X16A 2WJZA 3G1HA 1KM5A 1QPRA 1OJXA 2VELA 1I8JA 4U28A 5AHEA 3S5NA 5TIMA 4R34A 3LCFA 4BI5A 3ZWTA 1MXSA 1DBTA 2ZRWA 1XBZA 4CLMA 2CW6A 1XFBA 5G2WA 3OVPA 3N2MA 4UFHA 3TQ0A 1RD5A 2G97A 3W1UA 1W8SA 4RZ6A 1JR1A 5KINA 1MEWA 2ZCGA 3GXTA 3M6YA 5AYYA 3GLCA 3E02A 2JKAA 3KHJA 3HQ1A 5E1QA 2XN1A 4W9TA 3PUDA 2A2IA 4O52A 3STFA 1AK5A 1XI3A 3KXQA 3W7EA 3NQ6A 1RVGA 3MYOA 4LWWA 1F7BA 2E1DA 4HNUA 1TSIA 2YW4A 1TPH1 3W3OA 2NUXA 4DF2A 2NXHA 3RFAA 4QITA 2CLIA 3OBKA 2DZTA 1DKWA 2F7FA 4Z08A 1S5WA 4UTIA 4JTGA 3MP3A 5IBXC 5C55A 2J9XA 2DJLA 3PVFA 5BOOA 3HIJA 2E6FA 3TMLA 3NQ8A 1G4EA 3MP5A 3TV8A 3STGA 2X1SA 5AC7A 2A7RA 3HOJA 4O18A 3BLEA 4WD0A 1X1ZA 3BG5A 4E2DA 3QMRA 4FB7A 4CNPA 2GQAA 2YX0A 5F1UA 2FPYA 1OX6A 3PBWA 4G1KA 3TW6A 1TYGA 4PEKA 5CZ0A 3ZR4A 1SFJA 4R33A 4UC5A 1GVOA 2WSRA 4O8RA 1HFBA 1VGAA 2EF9A 3I68A 1ZALA 5F4WA 1H1ZA 1LOSA 4HPJA 2BX7A 4DO6A 1SFLA 3L9CA 3G1AA 3GR7A 3MYPA 3LV5A 3GDKA 4JDYA 5AHMA 1MZHA 1ZHAA 1Q6RA 4TIMA 1J4EA 2V5BA 4JEQA 2C18A 3W1AA 3W07A 1R30A 3OVQA 1AW5A 3QPYA 3LI0A 4O10A 3H53A 1SO5A 3W7KA 3M44A 2TSYA 3HG3A 5CSSA 3G3MA 4DF0A 2YW3A 3LCHA 1TREA 2PRMA 2F84A 1OFAA 4CCEA 1KBJA 3W7DA 4AB4A 3EX6A 1HUVA 3RNDA 1UUMA 4KWWA 5EBUA 5LNUA 3QPZA 2ZBTA 2AGKA 2PRLA 1E51A 1QMLA 2NX1A 4JS3A 3BO9A 4YMZA 4YXGA 4HKPA 2B4GA 5E0KA 2YGYA 4WZHA 3NL5A 2DJXA 2DZSA 2A4AA 1RQEA 3W71A 1SW3A 1WBJA 5BRBA 1TPDA 4UFKA 5DBUA 4H4IA 3LHUA 5G2IA 2V82A 1OF8A 3W7LA 4NT0A 1JQXA 1SO4A 2ISVA 4QQ3A 1KM1A 3AJXA 5F2GA 2H90A 1GVSA 2J9YA 2GJNA 4M6PA 1YADA 4TR9A 2YPIA 1J5TA 3GNNA 1OFBA 5K9DA 3NNTA 4UR7A 1KM2A 3L0GA 1QFEA 4PH6A 2I9EA 5LNWA 3OG3A 1PCKA 1W54A 3W7HA 4YLWA 2YDAA 5D32A 1TJPA 1V5XA 3G24A 4WUIA 1TV8A 1K3UA 4KWVA 3M9YA 4KFOA 1H7OA 1O5XA 4TMBA 2Z1BA 4YL2A 5EA9A 1L2UA 1W0MA 3NQVA 2VFFA 2E5DA 1YTDA 4ZQPA 1FBAA 3T44A 4LRSA 3TXVA 1VCVA 2ZZ4A 4MKNA 3LHYA 4TMCA 4JTSA 2W0UA 1TV7A 4UMCA 3YPIA 4QISA 4IUOA 4GUHA 1QPOA 3NQDA 1YTKA 3NQMA 3GKAA 2WNQA 3D0CA 3QC3A 5H91A 4AHPA 4CQ9A 1QO5A 1EB3A 3DHDA 1VS1A 4UR8A 2V30A 2Y89A 2QCMA 2C13A 4RLIA 4RV8A 3N73A 4JTIA 4MZ1A 4A2SA 4JYDA 1KM6A 3ABSA 5SWUA 4M5PA 3A21A 4OT7A 1TPUA 1WQ5A 1C8VA 3FS2A 5J5RA 4BI6A 2A85A 1WX0A 3ZWSA 1EA0A 3LX9A 3BV4A 1OF6A 2TRSA 3LCXA 4XUGA 1G7VA 3EB2A 3GR8A 1H50A 3B05A 2A7NA 4CNNA 1K7EA 5C54A 1C29A 5AHFA 4IWWA 1H60A 2J9ZA 4X9SA 1XBVA 3KAOA 2GQ9A 1A53A 1TJRA 1VLWA 3W76A 4JTTA 3GAYA 3LRKA 3DGRA 4ALDA 2EAWA 2NX9A 3UY7A 4NVTA 1EIXA 3TX9A 1QOQA 3I7QA 1XCFA 1YTEA 1FXPA 4IJBA 4JD4A 3PULA 4GBUA 1YXCA 5DCEA 4NJGA 1X8FA 1L9WA 3QSRA 4UCGA 2Y6ZA 1OHLA 4O0ZA 3TH6A 1W56A 4ONVA 2JGYA 3HPZA 1SW0A 4NNCA 3R2GA 5AC8A 1JQVA 3QW4B 3EXSA 1KW1A 4IMDA 5D37A 1YDOA 3TU9A 2O7QA 3A22A 3P82A 1IXNA 1OFOA 3SJ3A 4OV4A 3MHUA 4QJ1A 3QQ1A 4UTTA 3C2OA 2AAMA 4YWIA 3SGZA 3T7VA 1JCLA 3GDRA 5G1TA 4MFEA 4QIUA 3PR2A 4LV4A 1AL7A 2WSYA 1OYAA 4S1FA 3RK8A 1KTNA 2CWNA 2LLEA 1LORA 2J6XA 2FPTA 1G7UA 2HTMA 3S5YA 1OFDA 5H2ZA 4RZ5A 4NJJA 1VYPX 2GJLA 4HT3A 2P1FA 3TKFA 4Y8FA 3GDTA 4LNYA 5FESA 2I14A 3L2IA 4LC6A 2NXGA 5U7SA 1JUKA 4UFMA 5FF2A 5J5DA 5LNRA 3W23A 3QJAA 3S8HA 3QMSA 4JGDA 3EX1A 2RDWA 4GJ1A 4DQWA 2H8ZA 1GT8A 5DLCA 4UTMA 2QCDB 3CWOX 3NPUA 4XZ9A 4FNPA 2VFGA 1TV5A 1ML1A 2J24A 4FX6M 2OMAA 3SSJA 6ALDA 3HGOA 2ATSA 4GC4A 3QMTA 1BWLA 4NQ1A 2X2GA 1XM3A 1N55A 1QDSA 1UJPA 4FNRA 4L4LA 3IIZA 5E93A 1I2OA 2ZQ0A 3UXDA 3UZJA 3BARA 1FQ0A 4ORMA 3S5OA 3GK0A 3UYCA 4I9AA 1XC4A 2ZZ7A 1NEYA 1TPB1 3VFLA 1X1OA 3DZ1A 1BWKA 1LM1A 3LGEA 5TQLA 3MO7A 2DU2A 2KZHA 3PC0A 3QFEA 2W6RA 2AQWA 5FEXA 2CLOA 1KM3A 3B0PA 3W6YA 1VYSX 5HJLA 2YYTA 1GG0A 1KTCA 3HG4A 1LZOA 1M6JA 4RR4A 3WK1A 5CPLA 6TIMA 5FF3A 3C2RA 4JYFA 2FQIA 3STEA 3MWAA 5EPDA 2R8WA 1MO0A 4NXSA 4UMAA 3DU0A 3G22A 5FF0A 3GVGA 2YXGA 3EWZA 1TQXA 5K4ZA 2EHHA 1LBFA 1OG0A 5LZLA 4LS0A 1FUYA 4ZQRA 3LBCA 3LLDA 3S6DA 3P60A 4MPQA 2WNNA 4O15A 3NQEA 4WJEA 4DXVA 5D2TA 1FWTA 3W7JA 4GUGA 1F74A 4AVFA 2GVJA 3G1VA 3UY8A 3QQ0A 3TSMA 4MY9A 5GVJA 2BZNA 2FLIA 4FNUA 4ICNA 3NYZA 3N3MA 4JTUA 1G6CA 3WJZA 4BWLC 5KITA 2VENA 1FY6A 2R14A 1UCWA 1T99A 1K7FA 2JGQA 4JX6A 2GUUA 2W79A 2ZZ6A 1LLZA 4RJEA 1Y0EA 3CC1A 1R2RA 3B03A 4MZ8A 5D30A 4N6FA 3HPXA 2PRHA 4MZYA 2ZZ1A 3IIVA 3UWVA 3WK0A 2QAFA 3KVKA 4K7VA 3HGSA 1EWEA 2VFIA 4Z0SA 5I3HA 3N34A 4Q33A 1JCMP 1H7RA 1V7YA 4I7WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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