1JCLA

Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
HMTDLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFKPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGHG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 102
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2001-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jclA00
3WK0A 4E38A 3W1QA 3GZ3A 4C1KA 2CZEA 3Q2DA 1BKSA 3S9YA 2C19A 2B4GA 4JXCA 4UTWA 1H1YA 4IUOA 1PV8A 2NWRA 2C15A 3C6CA 3SSJA 2QUUA 3QFEA 3QF0A 4O12A 3HPZA 3M47A 4JX5A 1B4KA 5BMXA 4JDBA 1YXYA 1YTDA 2AGKA 3SY5A 3NQGA 4BK9A 2C0AA 3TXZA 4TIMA 2VFIA 1OYAA 4KWVA 2OCZA 4IWWA 3USBA 1YXCA 4BI7A 1D3HA 2C13A 1SSGA 2V82A 1GVFA 3DHFA 4UR7A 3SECA 4MY8A 1KBJA 3L66A 1JRCA 3E0IA 4G1KA 2CLLA 3N34A 5G4WA 4PCFA 3LI1A 4UTTC 2RDUA 5F2MA 3QQ1A 1YPIA 2X30A 1RV8A 5C2XA 1M6JA 3DH7A 4ZQRA 4O4WA 2O7QA 4YLWA 3PULA 5DY2A 4GXMA 2WQPA 3LGEA 2VELA 1WOAA 1SO4A 1F5ZA 2V30A 4EOUA 1Z44A 1AG1O 4IXXA 4W9TA 4CNOA 3D0CA 3G3MA 1MEIA 2FLIA 2RDTA 3VE7A 1A53A 4O54A 3P74A 2NV2A 2G97A 3MYPA 2XN2A 1XDMA 5AOUA 2J9XA 2W6RA 3TSDA 2QDGA 1G4EA 1KM2A 1OK6A 3KHJA 1XC4A 1DL3A 3IIOA 1W5OA 4M7TA 1LM1A 5LGZA 4YMZA 4JTGA 3VKJA 4HNVA 4ZQCA 5D2TA 4FIQA 3W7JA 4I9AA 4CCCA 2JKEA 1W5PA 4JYEA 4AF0B 3TCEA 3CB8A 5E1QA 3KVMA 4XTDA 4GJ1A 3W7OA 4WXYA 1DJNA 3U6WA 4E2DA 4LC6A 2I1OA 5K9XA 3W83A 1RZMA 4JY8A 1I2QA 1S3HA 1KFLA 4M6QA 3PG9A 4NT0A 1LOQA 4IPJA 3VI2A 2EAWA 3W7HA 1RR2A 1W0MA 5F1UA 3LHZA 3NL5A 2VOMA 1F6PA 5LNVA 4OV4A 1LRQA 2V2HA 1VYPX 4EVZA 1NVMA 1QO2A 4N4QA 4NXKA 1M5WA 4JTKA 2A0NA 1VH7A 4N2YA 4WQ6A 4NJGA 3NQVA 4LRSA 2GVLA 3PC0A 1K3UA 3U8GA 1LOSA 4AXKA 1A5BA 1AL7A 2QKFA 1YPFA 4O13A 3ZWSA 1LOLA 3LCXA 4RLIA 1SZNA 2RKXA 3W75A 5LNUA 2WOQA 3I7SA 4GUIA 1JUKA 1GPWA 4Y9AA 3E49A 4C1LA 1FBAA 4ADTA 1O5XA 1TREA 1KA9F 5G2WA 1TPC1 4FF7A 5F2IA 2CLEA 3RF9A 1H7OA 4EWND 4MUZA 1FDYA 2A7RA 2NX1A 3DZ1A 3BLIA 5CPLA 3F4NA 3GIYA 4O52A 4OBTA 3S1XA 4JS3A 1LBFA 4UXDA 2FB2A 1MEWA 4UTKA 3G1SA 3NEVA 1TV5A 1P5BA 4JR5A 4JX4A 1FY6A 2GPTA 3HOJA 4ZQNA 1DQXA 3G8EA 1QOPA 5DELA 2KZHA 5HJLA 2DZWA 4GWEA 8TIMA 5F2GA 3NYZA 4NUWA 2VEMA 2I14A 4Y8FA 4K6AA 5AHIA 1OHLA 1EEPA 3W7EA 4AEOA 3MW7A 2C14A 4K7VA 4ZVJA 1LBMA 2ZZ7A 3GKFA 5EBUA 1KV5A 2Y88A 3O06A 2B7PA 2H3DA 3GLCA 3W2JA 2R14A 2TRSA 5G5IA 1QNVA 2ZA1A 2VXNA 1KTCA 3KRSA 3TJXA 2CW6A 2O7SA 4LV9A 3FA5A 2Z2UA 4K8HA 2YPIA 4K37A 2J9YA 3WJXA 4LV4A 2DZSA 3R5EA 5HINA 1JQVA 2FPVA 3TQ0A 3IVUA 2UV8G 1W5NA 1G7VA 2F84A 3STFA 1QWGA 3P8IA 5D38A 4AH7A 1FCUA 3M7WA 1OJXA 3CWNA 4O0KA 3DI0A 1KFCA 1SSDA 4NX5A 2H8ZA 4JTTA 3S5YA 3N14A 3I68A 3C2FA 2Y89A 3LCIA 4MKNA 1S5WA 4UTUA 2NX9A 7TIMA 2Z0IA 5D2WA 1RPXA 1SZFA 3OIXA 4JDYA 3M0ZA 1RD5A 1WX0A 1DVJA 5BNKA 2XN1A 1F6KA 3SZ8A 5IM51 5HUOA 3EKZA 1ZNNA 4MZ8A 3W70A 5E0KA 4NJKA 2CLFA 4Z1CA 3PBUA 2JKPA 2Q3RA 1XDLA 1X7FA 1ZAJA 5K9CA 3SGUA 3UD6A 3KAOA 3LV6A 4QAIA 2E68A 3EXTA 3W7LA 5DXYA 3WFAA 3IGSA 1H51A 2Q8LA 4HHPA 4BR1A 2NV1A 3G1YA 1SW0A 2TYSA 5F4XA 1SZEA 1SO6A 2QUTA 3A9IA 5F1VA 3W7DA 4PEKA 3KVKA 4HPJA 4OT7A 5K9DA 5KZEA 3NOEA 3PWAA 1Q3NA 5IBXC 2Y7GA 3INPA 2V8ZA 3FIGA 3GDRA 5CZJA 2GQAA 3S1WA 3MP5A 3NM3A 3P67A 3M43A 5FF3A 3MO7A 1GTEA 2VKZG 3G1XA 3QW3A 4O1BA 2E5BA 2VEKA 5F4SA 3OVQA 4OU1A 4IMDA 3TQVA 3FKKA 2ZRUA 1KM4A 3SGZA 3W2NA 3LHVA 5G1TA 3W7CA 3FKRA 3PVFA 3LHUA 2YGYA 1GVRA 1X8FA 3PM6A 2YW4A 4IX2A 4JYDA 3BK0A 2H3BA 2DJLA 2Y63A 4NU7A 2VFFA 4X9SA 4RR4A 1VCFA 1O94A 3R2GA 4JTLA 5DY3A 2V81A 4O57A 3IGUA 5HWMA 4MZ1A 4BI5A 1C8VA 1TPB1 2GQ8A 3UY7A 4FNUA 2CFFA 1EP2A 1HTIA 3M6YA 3L68A 5HULA 4N4PA 2CLHA 4A2RA 3W7GA 2Y7EA 1PIIA 3M9YA 3STEA 5CZSA 5HUPA 3WJZA 2VENA 1NSJA 5T26A 4RZ4A 1LRTA 4PC8A 2WO5A 4TR9A 4WD0A 1M7OA 2ISWA 4FB7A 1R46A 3LLDA 4WXZA 4Y96A 4AHQA 3PS7A 5D02A 1I8JA 1Q45A 1KLYA 1K7EA 1K8ZA 3ELFA 4GRSA 3PB2A 1HO1A 5AHLA 3LM7A 3RK8A 3G1AA 3PUDA 3BG5A 1JUEA 3EKLA 2PE4A 3BLFA 4FXRA 3BG3A 3VFLA 5H2ZA 1TTIA 3M44A 1OX4A 1XBVA 4N02A 3R13A 3T55A 2C3ZA 3RFAA 3DKLA 5D33A 3LV5A 1UUMA 4UFMA 2BTMA 5D05A 4WY0A 4JTHA 5D2VA 1R2SA 2GJLA 1TRDA 4POCA 2CLIA 1IIGA 1QMLA 1A5AA 1EB3A 1HL2A 1P4CA 3A5VA 1ADOA 4BWLC 3GNDA 3TU9A 2GUUA 3NQ6A 3M1ZA 1DHPA 2NUWA 3S6DA 4X2RA 4LVFA 1OVDA 4LS1A 2NLIA 3GR7A 4Z1AA 4PL1A 4FIRA 3WJSA 1GYLA 1TSIA 1OFRA 3QRHA 4RXFA 2VFDA 3EWBX 4MFDA 3TFCA 5C55A 1FUYA 2FPYA 4NZJA 3W1MA 3YPIA 5DN1A 3S5ZA 1O60A 2C1HA 1SZGA 3I7RA 2XFWA 3B04A 3STGA 5LNRA 1UJPA 3DBPA 3W86A 1G4PA 1NF7A 2ZDRA 4AWSA 1XCFA 2H8XA 4DF1A 3LCWA 4IJBA 4QISA 3TDFA 2PRLA 1MZHA 3W73A 4MY1A 4FNRA 3LRKA 5FEXA 1KFBA 1WA3A 3L0NA 3EXRA 2FJKA 5L6UA 3B03A 3A5FA 5CSRA 3ZR4A 2ZCGA 5LNWA 1MSSA 4M7SA 3DFPA 3L65A 3LHYA 3RLVA 3TXVA 2ZFAA 5HMSA 1PCWA 1I2RA 5FI8A 2BSLA 2V5BA 4UTLA 5HNRA 3W1PA 3EX3A 2NXGA 3LXBA 5AYYA 2Y7DA 1LORA 4LS2A 5D2XA 3HPSA 3GDTA 4QIUA 4QJ1A 3S0CA 3GXNA 5DXXA 1MEHA 3TK7A 3CT7A 3I7QA 3W1NA 5LNSA 1JJKA 4YCPA 3ABSA 3TFXA 5D30A 2YZRA 1QDSA 2Y85A 4ADUA 3B0VC 3C0JA 5LGXA 1HFBA 5J5DA 3HIJA 1EP3A 4P61A 1JCMP 2AAMA 3LHWA 1L6WA 2Y70A 1ICPA 4ORMA 3W1LA 1Q6RA 1W5MA 1H60A 2PURA 1VS1A 3A23A 1TPFA 4PA8A 3DI1A 4MJMA 1FCQA 3DGRA 2C18A 3HG3A 2WKJA 1YDVA 3QM3A 1PS9A 2J27A 1TV8A 1X1OA 1TYGA 3MBFA 3IIXA 4YL2A 5HWNA 3TROA 3BVJA 1BEUA 5HR6A 1LBLA 3T44A 4NZFA 1YYAA 4JN6A 3W88A 4A21A 4LRTA 1JCLA 1H1ZA 2H90A 3M41A 1B4EA 3E96A 1YDOA 1G69A 1RQEA 3W07A 3W7RA 1UUOA 1R47A 2OJPA 3G24A 5U4NA 5LZLA 2X2GA 3LLFA 1IF2A 4DXVA 4AMAA 5L9FA 1QCWA 3C52A 1WQ5A 1VPXA 3W7KA 1VC4A 3NQEA 3QW4B 5K2ZA 3GVGA 2QJHA 1XBYA 1JR1A 1JVNA 5KTLA 2J9ZA 1WXJA 2QCDA 3GDLA 3EXSA 3LRMA 2J24A 2F7FA 1I2NA 4O11A 5K4XA 1I45A 3CIXA 1OF8A 4UCGA 1SQ7A 3BLEA 3DHDA 3O1NA 1ZAIA 1L6YA 4TMBA 4O10A 3C2EA 4KKXA 3TMQA 1UBSA 4B5NA 1K8XA 3CM4A 3FLUA 4MLJA 3T4CA 1GEQA 3FJLA 4ALDA 4X22A 1MXSA 3P61A 5AC6A 3ANYA 5D03A 1ZENA 1FDZA 4XUGA 1GWJA 3HO8A 3OVRA 3TC6A 1B9BA 1TPEA 3GAKA 4O17A 3UZ5A 3W84A 5BMWA 4DELA 3B06A 3G1DA 3L5LA 2VC6A 5FF0A 1YLVA 4OGZA 4OQVA 4NXSA 4DO4A 3P60A 3BW4A 2A5HA 4DF0A 1VCGA 4MZYA 3JRKA 3PAJA 1K7XA 1TTPA 1VJIA 1UCWA 3OHIA 4Y6GA 1LYXA 1SO5A 3GXTA 3EX4A 1W31A 3W7MA 3AO0A 1A5SA 5F4WA 4N9CA 2WPBA 3C3NA 4QSHA 3UXDA 4RKAA 2ZRWA 1HUVA 1Y0EA 3P80A 4RZ5A 2DZXA 4HNNA 3QPYA 2Z1BA 3P62A 4IMGA 3HG5A 4RXGA 5FF7A 4MIMA 3IIVA 4TMCA 1Z48A 5BOOA 3N2XA 4ZQPA 5CPOA 5K7JA 3TKFA 3G8RA 1DORA 5MHBA 1H7XA 1X6UA 3UPBA 3BPWA 5KSWA 2E1DA 3HF3A 2C6QA 4NNCA 1VR6A 3I6RA 3EWUA 4UC5A 4WOZA 3BGJA 5I3FA 3W23A 1XBXA 5J5RA 3F1QA 3C4UA 3BW2A 3B0PA 3IEBA 3LTYA 2YX0A 4I7UA 3FEMA 5G1YA 3QPZA 1JQXA 1LLZA 5KINA 1P1XA 1FX6A 1ZAHA 5EA9A 1TIMA 3T40A 4HSOA 4JICA 4JTUA 2BWGA 4QM1A 3NPUA 2G5WA 2HTMA 3HG4A 5H91A 1TQJA 3KRUA 1VGAA 2JK2A 1JCYA 3EWXA 3IIPA 4R34A 1KM6A 2FPTA 3O8AA 3P81A 5AHNA 3CTLA 1GG0A 2WSYA 4UTTA 4DPQA 1JCJA 3KOFA 4ZQOA 4MLRA 3CPRA 1W54A 6ALDA 1OF6A 3NQ7A 5HR7A 2D73A 2YYUA 3NA8A 3TMLA 4UFLA 3IIZA 4A3UA 1VZWA 3NQCA 1GVSA 2X16A 3QYQA 4GE8A 1NEYA 2RHGA 4EF8A 1FXPA 4CCEA 1IXQA 1H7PA 1GYNA 3M16A 4LT9A 1KW1A 2QCHA 1BWLA 3MP3A 4NJJA 3PSWA 4QNEA 1OX6A 4H6KA 2BZNA 1DKWA 3CC1A 4LC8A 3NPVA 4K8EA 1GTHA 1G4SA 3GAYA 3MUXA 2ZZ4A 1RVGA 1XI3A 3NQAA 3H54A 3MP4A 1TPDA 1SFLA 4Z08A 4X3ZA 3NQ2A 4L4MA 1PCKA 3BG9A 4Q4KA 2E77A 1TTJA 5KMYA 3G18A 4RZ6A 4AB4A 2H6RA 3BO9A 4Z1DA 3W76A 4JIPA 2P1FA 4ADSA 1JULA 3PG8A 3STCA 3O15A 1DOSA 1OFBA 4UFIA 4IMEA 2ZZ1A 2V9DA 3UWWA 2DP3A 4AHOA 1TRIA 2QEZA 4ORIA 4M6PA 4MOZA 4MY9A 4IXHA 2DZVA 4R53A 4Z0JA 1HO4A 3N73A 4DBEA 3QEZA 4PL2A 3QH2A 1R2TA 3W9ZA 1VHNA 4FEZA 4LWWA 3T7VA 5AC8A 3GX9A 3GDKA 2B7NA 2E6DA 3B8DA 2DORA 3PY2A 3DFQA 4FX7A 4KWWA 4GC4A 3EB2A 1PVNA 4OHQA 2HSAA 2GOUA 2YW3A 4XWUA 4LS0A 2Q3OA 4I7WA 2ZBTA 2TMDA 3PUOA 5CG7A 3ABQA 5CPNA 3C56A 5GVJA 4IGHA 3BV4A 4UTMA 3K30A 1VYRA 1L2UA 1TB3A 1PE1A 3NO5A 3O63A 3W6YA 2XN0A 3L5AA 3CQ0A 3HB9A 3OEXA 1X1ZA 3N9RA 1TJRA 1OFPA 2IQTA 1Q6LA 3RU6A 4R7JA 3BARA 2YFNA 4DO6A 4CNNA 4UTWC 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2R1N A;  2YCK X;  1UD6 A;  4DLM A;  2QJH A;  3ONC A;  1XBY A;  1FHU A;  4LGX A;  3WH5 A;  4NP7 A;  1JVN A;  3E2Q A;  3GXF A;  3KE0 A;  2J9Z A;  3GDL A;  1AZ1 A;  2J24 A;  2F7F A;  1I2N A;  4GH1 A;  5K4X A;  3CIX A;  3A12 A;  5HJY A;  1OF8 A;  1NWS A;  3O1N A;  1L6Y A;  2BNJ A;  4O10 A;  4AZC B;  3VD3 A;  3IAP A;  3FLU A;  4TVD A;  7TAA A;  1GEQ A;  2YIH A;  3WEL A;  4XZN X;  1FDZ A;  1CGW A;  1J0Y A;  3V3W A;  1HJW A;  3APT A;  1GWJ A;  4U3A A;  1AOD A;  3TC6 A;  3LUT A;  3EDK A;  1TPE A;  3GAK A;  1RA5 A;  3W84 A;  5BMW A;  2VX5 A;  5A2C A;  1UP0 A;  1E5J A;  1UKS A;  5FF0 A;  5LXX A;  4YTQ A;  4CQD A;  4OQV A;  3LBO A;  3KDN A;  4DO4 A;  3W26 A;  3P60 A;  5D9O A;  1PTD A;  4A6G A;  3JRK A;  1TTP A;  1DED A;  4Y6G A;  1LYX A;  4R7W A;  2OYL A;  1SO5 A;  3UJF A;  1WB0 A;  4N9C A;  5C8B B;  3IJL A;  2DZX A;  5DEZ A;  1S1P A;  3H21 A;  4IMG A;  4WDT A;  2CXE A;  3TTY A;  1QRQ A;  5BOO A;  3HJE A;  4FPS A;  1V0L A;  3Q45 A;  4YTT A;  3TOP A;  1AJZ A;  3T1G A;  1OB0 A;  2C6Q A;  1W1A 1;  4NNC A; 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