1JCLA

Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
252
structure length
252
Chain Sequence
HMTDLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFKPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGHG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Observation of covalent intermediates in an enzyme mechanism at atomic resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DEOXYRIBOSE-PHOSPHATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 102
structure length 252
sequence length 252
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2001-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jclA00
3B03A 2E09A 4FXRA 1JCXA 4K7YA 2A2IA 2VFGA 3FYPA 3FJ6A 3G1AA 5HUPA 3R13A 1XDMA 4JX6A 1RZMA 4P2VA 1UB3A 4O4VA 4BWLC 4ZVJA 5AYZA 4JICA 4CCCA 4E2DA 1DQXA 1VJIA 2WO5A 2C0AA 3GAKA 3HOJA 4O54A 3CQ0A 1W54A 1VLIA 1VCVA 4R53A 1YDNA 3F1QA 4Q33A 1QPOA 5EY5A 3S5YA 2QUTA 5D32A 1IXNA 2FPTA 3TAKA 2GQAA 2R14A 1OVDA 4X22A 3FFSA 1F73A 5FF2A 1VHNA 2ZZ4A 1HFBA 3EWXA 1JCYA 3QMRA 4YCPA 1C9DA 4M5PA 3M6YA 4DEFA 3QJAA 1P5BA 3SGZA 4KWVA 3TCEA 3B0UX 5AHLA 3NQ2A 3E02A 3MJYA 1SO6A 4EIVA 2NWSA 1W5MA 4QAIA 4UTWC 2ABAA 4LRTA 4MZ8A 1VCFA 3I68A 2X1SA 3M43A 5F2LA 3W1RA 1UASA 5CPNA 3KHJA 2BXVA 5AYXA 3UWZA 5I3FA 3SJ3A 4KWWA 3NGJA 1H5YA 4K39A 1OABA 4S2BA 1ICQA 4NNBA 3EWZA 2ISVA 4XKYA 3DKLA 2NV1A 3LV6A 3VE9A 1W5PA 4X9SA 4A21A 3M47A 4Z1BA 5LSMA 4DPQA 4UMCA 3GDKA 3FKRA 3EXSA 4FNTA 2TPSA 3FOKA 3TQVA 3QF0A 4TR9A 3W7JA 2PC4A 1FCQA 3W74A 3UY8A 3KFTA 2CFFA 3KXQA 1Q6OA 3TJLA 1F6PA 1VRDA 1KW1A 4YXGA 3KVMA 4CLMA 2DP3A 3WK0A 2ZZ2A 2ZZ3A 3A22A 2C16A 4HHPA 3LX9A 4Z1DA 3TKFA 3PM6A 4FHAA 4FIRA 3GIYA 1Z48A 1EWDA 4K37A 3RK8A 3VNDA 5K2ZA 2NX9A 4KFOA 1FXQA 1E51A 3NG3A 1MEHA 4FNPA 1O5XA 4UTKA 4UFMA 5F4SA 5HWJA 3STGA 1GYLA 1ML1A 4EVZA 4A29A 2ZQ0A 4O53A 1UUMA 3L65A 4LS2A 1KFEA 5LNSA 5E1QA 1B57A 2X1RA 3T78A 1TV7A 1JQVA 3CB8A 2A4AA 2Y6ZA 2P10A 4O57A 1OX4B 3UY7A 3BG5A 4JTLA 3NO5A 4DF0A 4AWTA 2NZLA 4O16A 4N9DA 1TPB1 3T4CA 3U8GA 1F74A 3MYPA 5HR7A 4ZQRA 2HS6A 3G8RA 5IBXC 2ATMA 2ZZ5A 3P80A 4PH6A 3P74A 2NXIA 3CTLA 3M0ZA 4LC8A 1HO4A 2IQTA 1GQNA 3H55A 4K8HA 3LCLA 2VFIA 4OV9A 1TV5A 1CW2A 1R2TA 1D9EA 1BKSA 3BV4A 3LB0A 1IXOA 8TIMA 2DZVA 4JXCA 2QAFA 1QFEA 3PC0A 1LOQA 1F2JA 2GJLA 3SY5A 3V1PA 3LERA 4UCGA 1IF2A 2J9ZA 3NQ7A 5CZTA 1TRDA 3B8DA 4JYFA 4UTJA 2OJPA 3E49A 1KLZA 1B4KA 5LKYA 1SW3A 4FEZA 5I3GA 3GX9A 2FB2A 2AQWA 1A5AA 1SW7A 2Z6JA 4M6PA 4AF0A 2ABBA 1LOLA 4DPPA 3NOEA 2ZCGA 1QOQA 5D2YA 4UTIA 1FWNA 5BMWA 4MUZA 1XKYA 4N4PA 3ELFA 5FF7A 3NQ6A 1XBXA 1XFBA 2ATSA 5AYYA 4YL2A 2OT1A 4J9JA 3NQFA 2B0MA 2H6RA 2YX0A 1GJPA 5FEXA 2CZEA 4OE7A 4QITA 1VR6A 3HIJA 3IVUA 3QSTA 3WJWA 3LCWA 3G1VA 5LGXA 1JUEA 5E93A 5D02A 3TSMA 3UZ5A 1OFBA 1EP1A 1H7PA 3W2JA 2QCNA 5LHFA 5KINA 5CSRA 1EPXA 1X1OA 2XN1A 4GFSA 1Q45A 4KKXA 4QSHA 2FLIA 4GC4A 2Y70A 4QJ1A 3EXTA 4MZYA 4E2BA 3KVJA 2BWGA 2GVLA 2ZZ6A 3SSJA 3DKJA 1DKWA 5KZEA 1TREA 3PBVA 2C15A 1LP6A 5F2MA 4LUJA 1LBLA 3LXAA 3TXZA 2VFHA 1K8ZA 1XUZA 1LRQA 4U28A 4WUIA 1TPC1 1SZFA 3L0NA 4O14A 1LOSA 1SFLA 4NNCA 4O52A 3IIOA 4Z0SA 1QOPA 5CPMA 2V81A 2AAMA 1U83A 1YPFA 2P0OA 3QW4B 3UNDA 4BWLA 4HNVA 5AHNA 3O1NA 4RLIA 1XBYA 2JKAA 4RCXA 5EBUA 5CPLA 3THQA 2O7SA 3W75A 3LOTA 4NXKA 3PY2A 1W56A 3P8IA 2V2CA 1T96A 1U5JA 3JR2A 4GE8A 1QR7A 3PG9A 1EX5A 3W1TA 4LVAA 3WK2A 5DY3A 2V5LA 3W7GA 5EKYA 1JCNA 3C2RA 1SSDA 1EB3A 1NFBA 3NAVA 4AHOA 1G4TA 4JTFA 1BEUA 2A85A 1UJPA 5D04C 2YCEA 3RLVA 3LGEA 4O11A 1TQJA 1YPIA 1R2SA 3IGSA 3BVJA 1X1ZA 4HIBA 1R46A 4IWWA 1GEQA 3CHVA 2B7OA 4FF7A 2R8WA 1SO5A 5KSWA 5DN1A 4XWUA 3S1XA 1K7FA 1WOBA 2A0NA 4HSNA 2QCCA 3W72A 1I2NA 1L6WA 4YCOA 2E5BA 3PR2A 1V5XA 1VPXA 1ZNNA 5HMSA 2JKPA 3DU0A 2ZFAA 3W87A 3PB2A 3KVKA 1QO5A 3STFA 2PCQA 2UV8G 5K9DA 1TTPA 1XDLA 1G4PA 1UBSA 5AHFA 2GVJA 3LHTA 3NPUA 4LW7A 2ZDRA 3W1AA 3GNNA 2XN0A 3QPYA 5G4WA 3W2KA 1VYSX 1X6UA 3M5XA 2ALDA 1SW0A 3W85A 2E68A 4FX8A 1SQ7A 2FTPA 5K9XA 5D2WA 3T55A 1P4CA 4PL2A 1AL8A 4IX0A 2WQPA 2H90A 4H3DA 4TX9A 2W0UA 1ME8A 2V82A 3HG4A 2CLEA 4GUHA 2QJGA 4KFNA 4O19A 1KM2A 1S5TA 3TUUA 3GYEA 4AEOA 4BI5A 4NJJA 5G2IA 2DZPA 4WQ6A 3LHWA 2FQIA 2QCEA 3KVLA 3PBWA 4JTKA 5FF4A 3A9IA 1Q6QA 1UCWA 1GVRA 2DZUA 3I7SA 3IRDA 4GXMA 4JDBA 4RZ6A 3W7PA 2E6DA 4ZMGA 1ME7A 1JQXA 2X16A 2NX1A 5KTLA 1QPQA 3IIVA 2WOQA 3N9RA 1OFRA 3L68A 4JTSA 1KTCA 4G1KA 4Y9AA 1OJXA 1OFPA 2A1YA 1EIXA 1ZHAA 3YPIA 5HWNA 1F05A 3GK0A 3LRMA 1FWTA 1QMLA 2C6QA 4DELA 3L2IA 3M5VA 3VE7A 3LM7A 4JIPA 3MHGA 4MY8A 1ICPA 1O94A 4N02A 1ZJIA 3DENA 1GZGA 1ONRA 1FQ0A 1PS9A 2EF9A 3O07A 1GG1A 3UWWA 4K6AA 1OFOA 1FCBA 1JULA 2QDGA 3DBPA 4IMFA 2WJZA 4LC6A 5U7SA 4O50A 3AJXA 5G1YA 2VC6A 1YTDA 2DJLA 3EX4A 3SIZA 4JTJA 1PL9A 2Z1BA 2WKJA 3CPRA 5KZDA 4GWEA 1GVSA 4PFMA 4LVFA 2C19A 3ANYA 2DORA 5ABTA 3LLFA 3O6DA 3G1FA 2VXNA 4O1DA 4OV4A 1QO2A 4GRSA 1VYRA 5G1TA 2ZA3A 3R12A 1KFLA 2AGKA 3MI6A 4Y8FA 4JGDA 1R2RA 3DGRA 4LTSA 5DELA 2TSYA 1LLZA 2YW3A 2RHGA 1B9BA 5BMXA 4WX2A 3QPZA 3BLFA 2A5HA 2QDHA 2ZA2A 4CCDA 1KA9F 1LLWA 2VELA 2QKFA 2DZWA 4K38A 1KM0A 1W5OA 5AHMA 1SZGA 1OFEA 1YTEA 2A21A 3I7RA 2RH9A 5F2IA 2JKEA 1OX6A 4OT7A 3NNTA 1MXSA 1SO3A 3GR7A 4UFJA 3KAOA 3NL6A 2PE4A 4LV9A 3OA3A 5F4XA 4MJZA 2R91A 5D30A 4DF1A 2Y7EA 1QNVA 3E96A 1T8XA 1GTHA 4JN6A 1FCUA 1HL2A 1F5ZA 3EWWA 4DO4A 4GUFA 3PBYA 1F76A 2I14A 3HG2A 4DBDA 4CQ9A 3C3NA 4NJHA 3DI1A 1T99A 3DFQA 3DH7A 3W9ZA 3GR8A 3OVQA 3PF3A 4XQ6A 4MKNA 1W3IA 2PRLA 4HN4A 1OK4A 3C2VA 4DBEA 1JUKA 2ZZ1A 4LNYA 1WQ5A 2CW6A 1HG3A 1ADOA 3LXCA 1BWLA 1M7OA 2Y61A 5AHIA 4BI6A 3MW7A 4IMDA 3TAOA 1MSSA 4NJKA 4R33A 2LLEA 3SI9A 4NNAA 1PHQA 4PA8A 5IBXA 2Q8ZA 1N55A 3OEXA 2ZRXA 3S5ZA 4I7VA 1IXQA 4NT0A 3G0SA 3S8HA 2Q8LA 3ZWTA 4PCFA 3UZJA 3IGUA 2OMAA 1SUXA 2C18A 2GJNA 3OBKA 3VKJA 1W1ZA 1LZOA 3M41A 4ZQPA 3QM3A 2X30A 4IQLA 1TRIA 5KITA 1RQEA 4MYXA 4AXKA 3LTPA 3LTSA 1KM4A 3JS3A 1G7UA 3EX1A 4KFPA 3GVGA 3CC1A 5DBTA 1W3NA 3PS7A 3H53A 4IPIA 4XKYB 3C8FA 4A2RA 1YYAA 2GQ9A 2O7QA 2VEKA 3FS2A 3A23A 4O0ZA 2NLIA 4CNNA 4IMEA 1KLYA 3DHFA 4Z08A 1CI1A 3DFPA 4OU1A 3WJSA 2E6YA 4JTHA 1YADA 4MJMA 3S9YA 4ZZ9A 4M6VA 4IUOA 3W1LA 1ZCOA 4JY9A 3DI0A 3B04A 3C6CA 4O1BA 4PC8A 3IEBA 4A2SA 1VC4A 3L9CA 1J2WA 2J9XA 3UXAA 4ZQMA 5K3VA 3O63A 3NYZA 3PULA 1DVJA 4OWGA 3S1UA 2ISWA 3Q2DA 2QUUA 3H54A 4I7WA 3S1WA 1LROA 4WJEA 3DFTA 2W79A 1XBZA 2WSYA 1NF7A 3TW6A 1L6SA 1L6YA 4K8EA 5L9FA 4HPJA 4NQ1A 3LRKA 4O8RA 3BARA 2OX1A 4NJIA 3EX2A 3NDOA 2ZRVA 3W2MA 3G3DA 1ZAJA 1G7VA 4JEQA 4W9TA 3G1DA 3TSDA 3L0KA 1FDZA 1YXDA 3QC3A 3OVRA 2OCZA 3SFKA 4LY8A 3G0UA 4LV4A 3N2XA 3AO0A 1X7FA 1H63A 5D2VA 2V5BA 2KZHA 3RU6A 4WOZA 4ONVA 5FF0A 2HMCA 1O5KA 3QSRA 3QZEA 4HT3A 4DO5A 2ZRYA 4HPXA 3SW6A 4CNPA 3W7QA 2ZYFA 1G69A 3TROA 3HO8A 4O13A 5LNUA 3ZR4A 4E0CA 2QCLA 3NQDA 3QMSA 3SR7A 1GT8A 4UR7A 3W1XA 2QF7A 2WSRA 3CM4A 3EWUA 3O06A 3TJXA 1I45A 2GQ8A 1XM3A 2ZRWA 3QH2A 3TV8A 1W8SA 1DJNA 5TBOA 2CU0A 3W7IA 3C56A 5AFDA 5C54A 2VOMA 4ADSA 3DZ1A 1FY6A 1OX5A 4AF0B 1ICSA 2JK2A 4FIQA 3BW2A 5HULA 2YPIA 1FX6A 4GUIA 3C52A 3VI2A 3PUDA 3G1HA 4PL1A 3CT7A 3O16A 3EWBX 4M7TA 2D73A 3BPWA 2GPTA 3INPA 4LVBA 4O1AA 3HG5A 3L66A 5LNWA 4RXFA 2EGZA 4WY0A 3W7DA 4E38A 4HSOA 4M7SA 3LHUA 1KFJA 1LORA 5FESA 1KBIA 1SU5A 4Z1AA 2P1FA 5C55A 5HJLA 3I7QA 1RD5A 3M5YA 3HG3A 3MBDA 3ABRA 1H7OA 1GWJA 1A5SA 3NPXA 3N2MA 3FA5A 4JYDA 2Z6IA 1GTEA 3BG3A 4H4IA 3W1NA 4FNSA 1EUAA 1KV5A 1L2UA 3TE9A 4UUIA 1OFDA 4LU0A 2ZTKA 4RZ5A 3P8JA 2DU2A 3MWAA 1PCKA 4UTHA 4TIMA 4TU1A 3M16A 1FWRA 3CLMA 3USBA 2YDAA 3LCHA 1A50A 4UNKA 5DCDA 3LDVA 4LRSA 2Y7FA 1DHPA 3C2EA 1TIMA 1XXXA 3I6RA 4O4WA 3QFEA 3NQGA 2I9EA 2CZFA 4U4MA 1K7EA 5KZMA 3HB9A 4K36A 1J4EA 2BLEA 6TIMA 4O28A 2X2GA 3GXNA 3UWQA 3UWYA 4LVDA 1LBMA 5D09A 1I2PA 2BTMA 2YFNA 4XTIA 1HUVA 2NWRA 3WK1A 3TIMA 3NQ8A 1KM5A 3OVPA 1DBTA 1LCOA 1D3GA 3LHYA 5D38A 2GUUA 4HNTA 5K4ZA 3GDTA 5AC6A 5BW6A 2FPVA 5J5RA 3PUOA 4S2CA 2E5CA 1P0KA 3CEPA 5K4XA 1JRBA 2WV8A 1PV8A 3M1ZA 4ZQOA 5HUOA 1PE1A 2BZNA 4N9CA 5CPOA 3UXDA 1SFJA 1KFCA 1H7WA 3LRLA 4CCEA 3N34A 4MLRA 3STCA 1VCGA 4MLJA 1K7XA 3N3MA 1WXJA 3C2OA 3I65A 3T44A 2CLOA 3CIWA 1XI3A 3SECA 1FWSA 4JR5A 2CZ5A 3N14A 3TC7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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