1JCXA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium
Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
255
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structures of Aquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P and PEP, and with a bisubstrate inhibitor: role of active site water in catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
total genus 89
structure length 255
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2001-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jcxA00
3LCXA 1A5SA 5G1YA 1K3UA 3TKFA 4AMAA 1VCFA 1FCBA 4UTMA 3NG3A 3BW3A 1NEYA 1RQBA 3O15A 4LTSA 1UJPA 2FFCA 3DFOA 4R33A 2CLOA 4UTUA 3E49A 3DH7A 3SJ3A 3M0ZA 4DO5A 5K2ZA 5BRBA 3FKRA 2O7QA 4A3UA 3UWVA 2QCCA 1HFBA 3ABSA 1TPDA 4MY9A 4Z1BA 3YPIA 1NAL1 3KFTA 2A7RA 1GVSA 2ZRUA 4QNWA 1EPXA 2H3DA 2X30A 1N7KA 4J9JA 4NJGA 4ZQOA 5GVJA 1JUBA 2QUTA 1JCXA 3B05A 1SSGA 4A29A 1WQ5A 1V7YA 4AHOA 3DKJA 3NQMA 1O94A 1G4EA 3TSDA 5K7JA 3WJXA 2A5HA 1XC4A 1H63A 3PWAA 5HNRA 1LDCA 1OVDA 3SECA 3IGXA 3LI0A 2X2GA 3C52A 3W7JA 3NPUA 3W7HA 2QCGA 4RZ5A 2ABBA 1ICSA 3N9SA 2ZA1A 1LYXA 5AHLA 4OWGA 1OF8A 1JR1A 3LCGA 3W7EA 2E5DA 5CGQA 4KKXA 3MW7A 5F2IA 4CQAA 3TJLA 3IIZA 2ZA2A 3EXTA 2G5WA 2DZTA 4HKPA 3FLUA 3TFCA 3HJZA 3SZ8A 5KITA 5G2IA 1A5BA 1IF2A 2JK2A 2QJGA 1WA3A 3CC1A 1MXSA 1X8FA 1SR9A 1FBAA 3HOJA 5U7SA 2EGZA 4C1KA 1JCNA 4ZQCA 3EWUA 1QPOA 5IBXA 2RDTA 4QAIA 2VC6A 1YTDA 5D03A 3FJ6A 4TO8A 3HGOA 1J4EA 1JRCA 1JCYA 2C6QA 2Q8LA 4A22A 3A24A 3UXAA 1M6JA 1GZGA 2J24A 3S5YA 3HPZA 2G95A 3PC0A 4H3DA 2Y7EA 2FIQA 3EXRA 4HN4A 2I1OA 3I65A 3C6CA 2VKZG 4IMGA 3EKLA 3TXZA 1S3HA 2I14A 5G4WA 1LLWA 2VFFA 5D05A 4KWWA 2V2CA 3UXDA 5LGZA 5DBTA 3UQNA 1WOBA 3S0CA 4NNBA 5F2LA 4NJIA 4KFNA 1LM1A 1N8FA 1IXNA 3KVMA 4MIMA 3FIGA 4DELA 4UC5A 1L6SA 5EY5A 1NFBA 4UFMA 3DHDA 6TIMA 1QR7A 4OQVA 5AN7A 3EX6A 1TPC1 5D04C 1TPH1 4JICA 4BI7A 3LLFA 2ZBTA 4TU1A 1G4SA 1PHWA 3QSRA 3GR8A 1DHPA 4CCEA 1OYCA 5LNRA 3TXVA 4JTTA 1T99A 3CWOX 2J9XA 2PCQA 2A85A 4WQ6A 2Y6ZA 3TQKA 2RKXA 2XN0A 4UFIA 2CLHA 3W71A 1VLWA 4R7JA 1TJPA 1QAPA 5D38A 1BTMA 2VELA 1C8VA 3FOKA 2J9ZA 2NX9A 3HGRA 4Y8FA 1KTBA 1KFEA 3TQVA 1D3GA 3M43A 4GE8A 2Y85A 2QCLA 4W9TA 4XKYB 5TBOA 3R5EA 2QCHA 3EX1A 1DL3A 2QKFA 3O8AA 2YDAA 2A21A 4E0CA 3N9RA 1AW2A 3C3NA 2F84A 1SO6A 2E5BA 4UIOA 2W6RA 3DHFA 4LU0A 3G1XA 3NAVA 2B7NA 1DJNA 2WNQA 3KVLA 4CNNA 4NXSA 4O53A 1FWSA 2A7PA 3W1MA 3EEGA 3IGSA 3ATZA 2CLKA 4BF9A 4ZQNA 2A4AA 5K9DA 3MHFA 2ZTJA 1FCQA 1IGSA 2X1TA 2NUYA 1ML1A 5D2TA 5I3FA 3G0UA 4NZJA 3RU6A 3P74A 1SO3A 4O12A 4AHQA 4HSNA 2WQPA 1GEQA 3OVQA 4O4WA 3LI1A 4MLRA 4JTSA 2P10A 3NQ2A 1VC4A 1RD5A 1DORA 2DZPA 3L0GA 5CG7A 3KVKA 1FQ0A 2Y89A 5FEZA 4BI6A 3B0PA 1F7BA 1QCWA 1OX5A 2CLLA 5CZ0A 3HGJA 2BWGA 1TMHA 2ZFAA 4K39A 3MBFA 1T96A 1B4KA 3UWUA 1JUEA 2BTMA 2V30A 3W1QA 2G96A 3HPXA 1W31A 3KX6A 2PRMA 3TROA 1SQ7A 3HPSA 1ICQA 2ZDRA 1XUUA 3L65A 3PUEA 4JX4A 2JKAA 4FB7A 5DLCA 5IM51 4PODA 4EIVA 2ZRWA 3TUUA 3CT7A 3PBVA 3N73A 4TX9A 4LV4A 5G2WA 3TU9A 1VCGA 1WOAA 1F73A 1SPQA 1UCWA 2DZUA 1TQXA 3W2MA 3PAJA 3O06A 1NF7A 3L0KA 1EEPA 5HWMA 5DCEA 3G1FA 1MZHA 1KFLA 3QJAA 4JYEA 2V0TA 3S1XA 3NQEA 4JTFA 4IMFA 4AF0A 3W1PA 1LRNA 3SGZA 3A22A 2Q3OA 3NOEA 1L6WA 4FNSA 4K7VA 2Z6JA 2QJIA 3LHWA 3LLDA 2ZRXA 3QFEA 1VHCA 3A9IA 5EYWA 3LXBA 1I2PA 4DF0A 4Q33A 1G67A 5A5WA 3MI3A 3NZRA 4JIQA 4Y90A 3UZ5A 5CZSA 4QSHA 3U2OA 4RV8A 1QPQA 1GVRA 1OYBA 2ABAA 2R14A 3CLMA 2V2DA 3TH6A 5D2VA 3O1NA 1SW7A 1TB3A 3GAYA 3GDTA 4UNLA 3PBYA 1VQTA 2EHHA 4N02A 5HUOA 3BV4A 3PBWA 3TW7A 3QQ0A 4ONVA 3N34A 2C16A 4LWWA 3G0XA 2YYTA 1DQXA 1WXJA 4E2DA 1EA0A 1XKYA 3LHYA 2CLFA 3P60A 3W87A 5E1QA 4LVAA 1A53A 1KTCA 1ZFJA 2FPTA 1GWJA 4HHPA 5D09A 1GQNA 3QZEA 3TAKA 1CI1A 3DXIA 4N9DA 1O95A 2DORA 1KBJA 2X16A 3A5VA 2FQIA 4MYAA 4LS2A 2YR1A 3TAOA 4O17A 1Z42A 2XN2A 2IQTA 3CEPA 4UTTC 1H7PA 4NJKA 1XDLA 3G8RA 4ADTA 3JRKA 3NL5A 1R46A 2QF7A 2ZRZA 3BG3A 3NNTA 1VJIA 1XDMA 4EOUA 1AL8A 2V5BA 4LV9A 4QM1A 3IRDA 1K8ZA 1G7UA 3FYPA 4M6VA 4O57A 4HSOA 1W5QA 3SI9A 2AAMA 3ZWSA 2BSLA 3QMRA 1KM2A 1SO5A 1OK6A 1VCVA 1W37A 3AO0A 4JY9A 3P7YA 3S8HA 4FIRA 2OX1A 1VR6A 1BEUA 1IIGA 2QCNA 1F6KA 3H53A 3S5ZA 1EP3A 3G1HA 2DU2A 2FPYA 1I45A 4DXVA 4O14A 3STEA 4N9BA 1RVGA 4WXZA 4MVAA 1KLZA 1U5JA 4U4MA 4WD0A 4K36A 4RKAA 5AC6A 3W6YA 4A21A 3SSJA 4K8HA 1R30A 4I7VA 5CZJA 4RXFA 3BO9A 3EX3A 4O18A 2JBMA 3LHTA 3MP5A 5EMUA 3QF0A 4IX0A 4CLMA 3OA3A 4XWUA 5K3VA 3E12A 5AYZA 1JQVA 1H7XA 3KXQA 5CPLA 1ME9A 1XBVA 1THFD 1I2NA 2ZZ5A 3THAA 4IX2A 3M5XA 3L21A 3JS3A 1OFAA 3PB2A 3NPVA 4DO4A 4ADUA 5KZMA 3KRZA 4I7WA 5C2XA 5LHFA 1RR2A 3GNDA 1LTDA 3LXAA 3BW2A 4FXSA 4JYFA 1TIMA 1EB3A 4MLJA 2ZZ4A 3IGUA 2ZZ3A 4M7SA 3T7VA 1WYIA 2FJKA 3T78A 2GQAA 2EF9A 2ISVA 3A21A 3HB9A 3GXPA 3PG9A 2CW6A 5FF7A 4IWWA 2GQ9A 1ONRA 3F4NA 1T8XA 5HULA 2CLIA 4TMBA 2Q8ZA 4U28A 3S5NA 1PE1A 1OFDA 2CLEA 3DFQA 1QFEA 3W76A 3QRHA 1Q6QA 1O5XA 3M47A 2QCDA 3W23A 2VEIA 5K4XA 2JGQA 4MPQA 5AHMA 2NWRA 5AC7A 3I7SA 1PL9A 3QQ1A 3MP3A 1SO4A 2NV2A 3W2KA 4WUIA 3E96A 4OE7A 1UUOA 1AW1A 2QJHA 2VENA 4AVFA 1KFBA 2ZTKA 1IXQA 1WX0A 1J2WA 2ISSA 3W7CA 1GVFA 3CQ0A 4Y96A 3ELFA 3LCLA 1W3NA 5BOOA 3MMTA 3B4UA 3MHGA 4QISA 3P62A 3QMTA 3Q58A 4GBUA 4LNYA 4BK9A 2NWSA 1VYRA 1CX9A 3EWZA 4OHQA 3UPBA 1H1ZA 2H3BA 3W74A 2C15A 4FX8A 1LOQA 3IEBA 5I3KA 1K7FA 3L5LA 3NVTA 5D30A 3STFA 2BXVA 5LHEA 1AMKA 3GDRA 3FEMA 4X9SA 4HT3A 5I3JA 4YMZA 2CZDA 1XUZA 5H2ZA 3LGEA 5IBXC 3IIXA 5CSRA 3T44A 3TQ0A 3M9YA 3R13A 2WO5A 3G24A 4UMAA 3GVGA 3MYOA 2BX7A 1BKSA 4ZZ9A 1PCWA 2A7NA 2NXIA 1VS1A 2ZRVA 5CSSA 3S9YA 4JGDA 1QDSA 3SIZA 3EB2A 3TSMA 3NYZA 2NX1A 4GUFA 1LORA 3Q2DA 3LDVA 1C29A 5D33A 4WY0A 2C3ZA 2Y61A 5FESA 3M44A 4GWEA 4O8RA 1MEIA 1DQWA 1N55A 5CKSA 3G1SA 1OK4A 4CQ9A 5BMXA 2XFWA 2B7OA 3GR7A 3UWZA 2H8XA 3BGGA 3W2NA 1TQJA 2HS8A 3G1YA 5L6UA 3H55A 3Q94A 1YXDA 1ZALA 2H90A 2VFIA 5EKYA 1RV8A 1YTEA 4NX5A 2F7FA 4UTWA 1CW2A 3GXNA 1Z44A 4N6EA 3WJWA 4B5NA 3TSBA 1ZAIA 1YYAA 1H62A 2V2HA 2ISWA 4LVDA 3LHZA 1W5OA 3TX9A 3ATYA 1TTIA 4Q32A 1GG0A 1OFOA 1Q6RA 4JTGA 4UMCA 3EWXA 3DAQA 3W75A 3BLEA 1XL9A 1A5CA 3I7RA 1LBFA 3DU0A 2TPSA 1W5NA 3W85A 4O52A 3T55A 1S5VA 1HG3A 4MKNA 4K8EA 2Y70A 1XFBA 3C2OA 2HS6A 3PS7A 4MOZA 3L5MA 1GTHA 2E6DA 5LSMA 4H4IA 3EKZA 1P0NA 1H7RA 3QH2A 3ABQA 3DKLA 4KFOA 2Y7DA 4Q4KA 1Q6OA 1LP6A 4GUIA 4OBTA 3PBUA 4E38A 4FNQA 1YPFA 1FXQA 4BI5A 4N6FA 4BR1A 4Z08A 4JTUA 3W7KA 4S2CA 4M6PA 1IXOA 1EUAA 5AOUA 1JCLA 1W0MA 3TNOA 1MSSA 2GVGA 5FF4A 2OZ0A 4MY1A 3KVJA 2DJLA 1TTJA 3SR7A 3MWAA 4IXHA 2DZWA 3FS2A 2R91A 3CHVA 4O0ZA 1JUKA 4O16A 1W1ZA 3KRUA 3W70A 2UV8G 3W7DA 1XBXA 4AF0B 3TK7A 1OFPA 3W7LA 3CIXA 3UY8A 3M5VA 1SZNA 4PTNA 1IXPA 4LRSA 3W7NA 1TTPA 2FDSA 5FEPA 4X22A 3VKJA 5K9XA 1SZFA 3GDLA 1DVJA 1GTEA 4NXKA 1OF6A 4IPJA 3NXFA 4PEKA 4Z0JA 4PCFA 2H8ZA 1I4NA 3TC6A 4LC6A 3NL3A 3W83A 4NU7A 3DZ1A 3G1DA 4MZYA 4XQ6A 3T40A 1SFLA 4XTDA 1VYPX 1UBSA 2VEPA 4XBKA 3W9ZA 5TQLA 1HL2A 5LNWA 5LNVA 2QUUA 4RJEA 4FNTA 4ADSA 3LHUA 4NT0A 4N4PA 4OU1A 1TV8A 3HG2A 4R34A 1OFRA 1YTKA 2KZHA 1X1ZA 3U8GA 3HF3A 1DBTA 3RNDA 3DFPA 1C9DA 4YCPA 4AWUA 2VFDA 1B4EA 2C1HA 2OT0A 3V75A 2YCEA 3B0VC 3EWBX 1H1YA 4NNCA 1JQXA 4WZHA 3RFAA 1DOSA 2A2IA 2RFGA 2ATMA 2BLEA 2QUVA 1OFQA 1LBMA 4S2BA 3W2UA 1GOXA 1NSJA 3GK0A 4LVGA 2J6XA 6ALDA 4YLWA 4FNPA 3R89A 1YPIA 3RF9A 1W3IA 2TRSA 4MUZA 3MI2A 1G69A 4WJEA 3INPA 2EKCA 1K8XA 5EBUA 1SZEA 1H50A 3S42A 3C2EA 3OVRA 2R8WA 1SZGA 4Z1CA 3IIOA 2JKPA 2C13A 4NZFA 5HR6A 1KTNA 1O4UA 4ZVJA 1ADOA 5J5DA 2P1FA 4LUIA 1W54A 1PIIA 5D02A 3R12A 3V1PA 3K30A 4UFHA 3N2XA 5F4XA 1TPB1 1FWTA 3B04A 1TPEA 4CQ8A 1RPXA 2GQ8A 1F5ZA 3C56A 3QSTA 2WOQA 1GJPA 4KFPA 4O1CA 4AEOA 1WBHA 3PR2A 1EX5A 2FB3A 5J5RA 1I8JA 5G5IA 1A5AA 2V8ZA 4UTLA 1Y0EA 1MO0A 2WV8A 4MFDA 2HSAA 4MZ8A 5AHEA 2CWNA 1GVQA 3GKAA 1TPFA 4ORIA 5HUPA 1K7EA 1EWEA 3ZR4A 4MFEA 2NV1A 5BW6A 5AYYA 1Q6LA 1S5TA 1G4TA 1Z41A 4XKYA 4DPPA 1JULA 4BWLA 4O1DA 1QPRA 1OX4B 4IGHA 5C55A 3WJZA 1TRIA 4JTEA 4XZ9A 3S1WA 3TJXA 3LCFA 3CWNA 3DI1A 3FJLA 1VH7A 1H5YA 5KINA 4DBEA 1WV2A 1WBJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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