1JCXA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
255
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structures of Aquifex aeolicus KDO8P synthase in complex with R5P and PEP, and with a bisubstrate inhibitor: role of active site water in catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-DEHYDRO-3-DEOXYPHOSPHOOCTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
total genus 89
structure length 255
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2001-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1jcxA00
3LCFA 2Z6IA 2C1HA 4O18A 5C6MA 1HO4A 5L6UA 4OE7A 2VFIA 3CWOX 1LZOA 5C54A 3W7DA 2H3BA 4M19A 3T44A 4RCXA 1F73A 4O4VA 4ZQMA 5F2MA 2QCCA 1ZAIA 4FHAA 4JTLA 2GVGA 5G5IA 2RFGA 1JRCA 3VNDA 4GUIA 1QPQA 3LB0A 4HIBA 3W87A 3TJLA 2VFGA 3O16A 4IMGA 2QKFA 4TMCA 1KLZA 3DU0A 3TSDA 3NPXA 4A2RA 4DXVA 1H7OA 2ZYFA 4YL2A 4LS1A 4D2JA 4R34A 3P84A 2ZRVA 2IQTA 2TPSA 2OCZA 3N2MA 1X1OA 2Q8ZA 3MMTA 1DJQA 1YLVA 1WOAA 4HNUA 1LBMA 4N9DA 4QISA 3M47A 1YXDA 3CWNA 1LOLA 3BW4A 4JYDA 4S2CA 4UFMA 3EWWA 4KFNA 2PRLA 4N4PA 3P61A 4IQLA 2V2DA 1NVMA 1PE1A 2CZ5A 4TMBA 2VENA 4LWWA 4XWUA 2Q8LA 2TYSA 3HPSA 4POCA 3W1TA 3CPRA 1W37A 1KTBA 1Z41A 3DFTA 3LHUA 1W54A 5LKYA 3UQNA 2BSLA 4O1AA 1AW1A 1D3GA 1LCOA 3BW3A 3F4NA 3NAVA 4JXCA 1GQNA 2RDTA 1S5TA 5K9DA 3W1RA 5K2ZA 3RK8A 3M1ZA 3HG3A 3QYQA 4AF0B 4ZQPA 2FB2A 5D09A 1HFBA 1B4EA 1FWNA 4QNEA 3NZRA 4JX6A 1SZNA 4NNBA 3WFAA 1W5PA 3TQVA 4FNUA 3L66A 1YDOA 1OABA 5BNKA 1YDVA 3RLUA 3CEPA 5I3HA 1VRDA 3I68A 3HG2A 4GNJA 5IBXC 2YZRA 5HR6A 1OX6A 2TRSA 3A23A 1O60A 4O0KA 3TSMA 3EX6A 3TR2A 3HPZA 3EX2A 2ZRWA 4UFIA 1TYGA 3VI2A 5FEXA 4UTIA 5U7SA 3VE9A 1EP1A 4AHPA 2G5WA 2PC4A 4AEOA 4AWUA 2QUVA 3L21A 3C2FA 5EPDA 4A22A 4AHOA 1FCVA 2QCMA 1KTCA 2X1SA 2I9EA 2VFDA 4RXGA 4TU1A 4WXYA 4A29A 2GJNA 3PUDA 3WJZA 3G8RA 1JRBA 3E12A 5AC6A 5D03A 4LV4A 3W85A 3W74A 1K03A 2ZZ6A 4BF9A 2V0TA 1KM0A 3MYOA 1GTEA 1T99A 3QW4B 1DKWA 3IGXA 4WY0F 4FO4A 4ONVA 4H3DA 3G8EA 3TC6A 3NXFA 1V5XA 4JYFA 3NQ8A 2E5BA 1FWTA 2ZRYA 5AHMA 4M6QA 1KFKA 3S8HA 1GWJA 2YCEA 5F4WA 3TV8A 1K7XA 3GR7A 1JCMP 4K6AA 4UC5A 2NZLA 1OG0A 5DN1A 4PC8A 3PUEA 4I7UA 1AMKA 1TV8A 1GYNA 1JCXA 2NXGA 2JKEA 4UIOA 3L68A 3TKFA 1G7UA 4O10A 5CKSA 4JY8A 4CCDA 3V75A 1KFJA 4HHPA 2V30A 2C3ZA 2QAFA 1MXSA 5AYYA 3C2RA 3GVGA 1QCWA 5CZTA 1RPXA 2B0MA 5LNSA 5TIMA 3RU6A 1R2RA 5K4XA 1VQTA 1DL3A 2PE4A 3WJXA 3W23A 1N55A 1UBSA 3RF9A 3W1MA 3CTLA 1H7PA 4LUIA 4I7VA 1SZEA 1K3UA 5DCDA 2JBMA 3R8RA 4XTDA 3NQFA 4ZVJA 3DFOA 1SUXA 4ZQNA 4NNCA 1EB3A 2Z1BA 4Y6GA 3LBCA 4HN4A 2ABBA 3PM6A 3DENA 3QRHA 5E0KA 2E6FA 3PSWA 3C0JA 2Y89A 4MOZA 2B7QA 5FF4A 1XUZA 4G1KA 2OX1A 1K8ZA 1TMHA 4LRTA 4NJGA 2E5CA 5EKYA 4FF7A 1FWWA 3NR0A 1N8FA 1FQ0A 2DJLA 1FXQA 3KRZA 1JVNA 4AB4A 3PULA 1HG3A 1P5BA 1IIHA 1FCBA 1G4SA 1XL9A 1DQWA 3DFPA 1QMLA 7TIMA 2VEMA 1KFLA 2YX0A 3O05A 1NF0A 4IPIA 3A21A 1O5XA 5LHEA 1H7NA 4HPXA 3S1WA 3DXIA 5HUOA 3R89A 2YSWA 2WNQA 5ABTA 2ZTJA 3PY2A 2QCDB 2W0UA 4DQWA 1YTDA 4XTIA 2VFEA 4PL2A 2VEIA 1LOSA 4WJEA 5G2WA 1F2JA 2E09A 1SO4A 3ZWSA 1L6YA 4JGDA 1FCQA 5CG7A 1FY6A 4DBEA 3NQGA 5LNWA 3LTSA 3KXQA 2NUXA 4UTTC 5CZSA 3W2UA 1UUMA 3UWUA 3D0CA 3HGSA 5HNRA 3LCXA 1PVNA 3LCHA 3PF3A 2NXIA 3SIZA 2PRHA 3WK1A 3NQVA 4JD4A 4OQVA 4BFAA 2CLHA 3LV5A 1I2OA 3W1UA 2ATMA 3TNOA 1JCYA 3N14A 2FPYA 3CLMA 5I3FA 2ZA1A 4WUIA 2J9YA 2Y7GA 3M44A 1IXPA 5FEZA 5FF7A 4O11A 3EB2A 5J5RA 5AHLA 2VC6A 1C8VA 5CZJA 3CU2A 3F03K 3T7VA 1LM1A 3JRKA 3N9RA 3HOJA 3MUXA 2V5BA 1LRNA 3BW2A 3L0KA 3E02A 1OFEA 5EYWA 4RKAA 1AW2A 2X1UA 1TPWA 2ZRXA 1TTJA 1S5VA 1JUKA 3TFXA 1Q6QA 4ZQOA 3QMSA 3B8DA 4MKNA 4Y90A 2FLIA 1ICSA 1Z48A 3P80A 1Q3NA 4YMZA 4AH7A 4UFJA 1KM4A 2VFHA 3P8IA 3W1XA 3W7RA 3MP3A 3GKAA 3CB8A 3LHYA 4NQ1A 4M5PA 2AAMA 1BEUA 3TH6A 4DPPA 2JGYA 1LLWA 4ORMA 3M41A 2RH9A 4S1FA 3HMJG 1EP2A 1H50A 3G0XA 1VPXA 3LV6A 4N9CA 1EUAA 3LOTA 2R94A 3QF0A 1TV5A 4FNRA 5K7JA 4UFHA 3QC3A 1X7FA 1Q6RA 4O14A 4UFKA 5HWNA 5LSMA 3GK0A 1M7OA 3BV4A 2RDWA 5DY2A 5EL1A 3O6DA 1XBYA 2CZEA 2A85A 3P62A 1XDMA 1XKYA 1JULA 3E96A 4ZZ9A 1OK4A 2WO5A 5D33A 4IJBA 1I4NA 5KMYA 4YLWA 4K8HA 1OFRA 3AO0A 1H1ZA 1FXPA 3W73A 3IIVA 5D2WA 3GDMA 1H7XA 1KM2A 4MYAA 1YTEA 1HL2A 3NDOA 3W71A 5HR7A 3PBWA 2QAPA 1SFLA 2W79A 5D37A 4DBDA 3UZJA 4NZFA 2QCFA 1H63A 3FFSA 4MJMA 1SQ7A 5FF3A 1FWSA 1WXJA 4OV4A 4E0CA 5CPNA 1GYLA 1JR1A 2Y88A 3DAQA 3TSBA 4TO8A 1XDLA 4Z1BA 3G3DA 3ELFA 4JTEA 1QNVA 3NVTA 4MYXA 3FJ6A 3TIMA 3L65A 3IRDA 2EAWA 3UWVA 4PFMA 1JUEA 3MHUA 1GOXA 3N34A 4UNLA 4O8RA 1B3OA 4UR8A 5U4NA 3LX9A 2NV1A 2C0AA 3B0VC 1YDNA 3W7QA 2KZHA 3FKKA 1RV8A 3GLCA 1O4UA 4DO5A 2HMCA 1SW7A 3SGZA 2HTMA 4MUZA 5E1QA 2CLKA 1GPWA 3C8FA 2C19A 1TQJA 2E6AA 1TIMA 2A2IA 3G24A 1MEWA 2Y85A 1RQEA 5EBUA 3NPVA 2PCQA 4DELA 3CQ0A 3LRLA 1J4EA 1LROA 4RXFA 4WZHA 4GJ1A 4LY8A 2ZZ5A 4QIUA 2NWRA 4EF9A 4S2BA 4RLIA 3L0NA 3EXRA 4IWWA 3DHFA 2YYUA 3KX6A 4RZ5A 1X8FA 4JTHA 3CIWA 4LU0A 3A24A 1TRIA 4NJHA 4UUIA 3W9ZA 1FBAA 4N6EA 5F1VA 1DVJA 4TR9A 4WXZA 3IGUA 3BG9A 2F84A 3PSVA 1SU5A 3HBLA 4LOCA 3W2JA 2A4AA 3DHDA 3W7PA 1QOQA 4UTJA 1BWLA 3IVTA 4WY0A 3S5NA 3N73A 2V9DA 5A8GA 6TIMA 3YPIA 4NX0A 4IXXA 3G1AA 1M6JA 3PB0A 3WK0A 1WQ5A 1KA9F 2ISSA 1T96A 1TTIA 4GUGA 4MY1A 3LCIA 4NT0A 4O57A 4OGZA 4QM1A 2VFFA 3SSJA 1WAUA 3EXSA 5IBXA 2DP3A 4A21A 3U6WA 2Y7FA 3C52A 2NUWA 3TK7A 3LXAA 1SPQA 1F6PA 1UUOA 2H3DA 3W7HA 2B7NA 6ALDA 3L5MA 2Y6ZA 4Z1CA 5G2IA 1XBVA 5EY5A 5C2XA 1GVFA 2C16A 4XUGA 2BWGA 5KZMA 3GB6A 1W5OA 3VE7A 2QCNA 5I3JA 4Z0SA 4NU7A 3U2OA 3UPWA 1H51A 1OF8A 1DBTA 3TUUA 3TAOA 1JQVA 2CW6A 3K30A 3HGRA 4XZ9A 3PBVA 1F5ZA 1LYXA 2DZVA 3EX1A 4GE8A 5F4XA 3NQDA 1PHWA 5LZLA 3AJXA 2QDHA 1W5QA 2YGYA 1G69A 1IXNA 4XKYB 4MZ8A 4MY8A 4UFLA 3TU9A 3QFEA 4E2DA 5KZEA 3W76A 1EP3A 2X2GA 4AVFA 3KOFA 2H90A 2WQPA 1IIGA 8TIMA 2D73A 4JTFA 4HNNA 1MEHA 5H91A 1ZHAA 3EWXA 1AL7A 4FX6M 1V7YA 5CPLA 4H4IA 3MO7A 3N2XA 1KBIA 2J24A 5EA9A 3WK2A 4NJKA 2ZZ4A 5KINA 1H7WA 1PS9A 1NEYA 4QQ3A 1EUNA 2Q3OA 1GT8A 3DI0A 3P60A 3DGRA 1O5KA 5CPMA 4O4WA 4XBSA 3SY5A 2NUYA 4K38A 2WV8A 2CFFA 3HPXA 4MIMA 5D30A 3SZ8A 1IF2A 3QH2A 2X30A 4N02A 2FIQA 2NXHA 2DZXA 4ML9A 1W5NA 2VOMA 3Q37A 3G1VA 2QCLA 3TW6A 3W7GA 1VLWA 1CI1A 3LTYA 4YWIA 3GXTA 1GTHA 3GDTA 1TPEA 1PCKA 1PV8A 4BI5A 2EHHA 5HQEA 3M7WA 2ZBTA 3UWYA 5H2ZA 5I3KA 3P7YA 4HSNA 4U28A 3HJZA 1H1YA 4DPQA 3KRUA 3W7MA 1M7PA 4N9EA 4JIQA 2QUUA 4EIVA 2QDGA 1HTIA 4OV9A 1I2PA 2WSQA 1TCDA 4JDYA 4RV8A 3MI2A 5F1UA 4NXKA 3HGOA 5AYXA 3CT7A 5DXXA 4DF1A 1OX4B 4P2VA 2I1OA 4LC6A 1J2WA 4Z0JA 1KV5A 4CNOA 1OFOA 1W0MA 1F6KA 5CZ0A 4DF0A 1T8XA 2VEKA 3IIOA 3LLDA 2BXVA 3LTPA 4N6FA 3W7JA 3TCEA 1OFQA 3P8JA 4JY9A 1DORA 1XCFA 2TSYA 5HWJA 5I3GA 2ZFAA 4PCFA 3S6DA 4QITA 1ONRA 4MLJA 4IX2A 4UNKA 4FB7A 1W3TA 2XFWA 3P5ZA 4PODA 2Y7DA 4Z1AA 4HT3A 3UYCA 1QO5A 1T0OA 3O1NA 2WSYA 3CC1A 5KZDA 3EWBX 2YYTA 4NJIA 4LNYA 1QAPA 3B03A 5FESA 3P74A 4LVBA 1RQBA 2YW4A 1G4EA 4N2YA 3GXNA 3LI0A 2CLLA 2H8ZA 3QQ0A 3I7SA 5KTLA 2DZTA 2E77A 2V2HA 3M9YA 3FJLA 1VGAA 3O6CA 3S5YA 1AL8A 1LRQA 3NOEA 3SECA 4UTTA 3ZWTA 1OVDA 5G1YA 1GVSA 2ZZ2A 1J5TA 2QJIA 1B9BA 1WV2A 3G1XA 1BWKA 1VJIA 3KHJA 2NV2A 2A6LA 1SW3A 3EWYA 3ATZA 3THQA 4WX2A 1ME7A 2OT0A 3NQ2A 2CZFA 1AG1O 3HG4A 4O15A 3RFAA 2C13A 3GNDA 3CIXA 3F1QA 4FEZA 4O52A 4JTUA 1TO3A 3WJSA 1JCLA 4LTSA 1F76A 3KVLA 1TV7A 2Z6JA 1TREA 3ANYA 4WOZA 1NFBA 4AF0A 1VYSX 1S3HA 1YXCA 3W6YA 3S1XA 4Z08A 1K8YA 4KFOA 4EWND 3JS3A 2ATSA 3A5VA 1QOPA 3UY8A 4U4MA 2VELA 1ME9A 3EWZA 2EF9A 2YPIA 3DFSA 3I7RA 4UMCA 5FEWA 2WNNA 4UMBA 5IM51 1E51A 1ICPA 3STCA 3WJWA 2FPVA 2B4GA 4IUOA 3NA8A 4Y8FA 5AN7A 1M5WA 1EPXA 3W83A 1DJNA 2CLOA 1Q45A 2HS8A 4FX7A 1IXQA 3PBUA 4JTSA 4UTUA 4GWEA 1P0NA 4IMFA 1PHQA 2V81A 1G6CA 3Q58A 2EKCA 3KFTA 3TQ0A 3E0IA 1OF6A 3SJ3A 5HMSA 1OFPA 3FLUA 3S5OA 4LVGA 4CQ8A 4JTJA 1RQHA 1W31A 4KWVA 1O95A 4RZ6A 4QAIA 2X16A 4O54A 1LP6A 3Q94A 3B0UX 1XUUA 4DF2A 5AOUA 3S1VA 3ABRA 3B0PA 3NO5A 1TB3A 5AYZA 4I7WA 3NQ7A 2R91A 4NZJA 2BTMA 3S9YA 3NM3A 4LS2A 1ZCOA 4UTKA 1A5SA 2EGZA 3QMTA 2OJPA 3UD6A 3TX9A 4X22A 1GJPA 1MO0A 2FDSA 1WYIA 5DCBA 1GVOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1H1N A;  1OIF A;  5DRI A;  2Z6I A;  4QLK A;  4O18 A;  5C6M A;  5L6U A;  1UWS A;  1TV4 A;  4IZG A;  2RUS A;  3FW6 A;  3CV7 A;  1OT2 A;  2CKS A;  3BDK A;  1NP0 A;  2XFF A;  1TFV A;  4JQ4 A;  1ZAI A;  4IGN A;  4FHA A;  4ERG A;  4GIE A;  5D9N A;  1EQC A;  3GD6 A;  4NAE A;  1Y7V A;  4HTY A;  5CLT A;  2X0S A;  3VND A;  2OKO A;  3W87 A;  4HIB A;  4ZOB A;  5BRQ A;  2VFG A;  4UOJ A;  2QKF A;  1BTC A;  4J27 A;  1M68 A;  3DU0 A;  5HME A;  3WN6 A;  3NPX A;  3H26 A;  2E67 A;  1H7O A;  4LS1 A;  4OOZ A;  1UWT A;  3PNU A;  3N4E A;  2ZRV A;  4GQG A;  2TPS A;  3UZZ A;  1UR0 A;  1XGE A;  1X1O A;  5AY7 A;  3NZG A;  1F61 A;  2OO0 A;  2JF7 A;  3AML A;  1WOA A;  4CU7 A;  4DJF D;  4X60 A;  1HX0 A;  1QRQ A;  2EXO A;  2CXE A;  2X0Y A;  4PB4 A;  5CSY A;  1W9B M;  3IAR A;  3EWW A;  3P61 A;  2V2D A;  1NVM A;  3VD3 A;  6REQ A;  4IH3 A;  4Q22 A;  4E8G A;  4AVN A;  4BF5 A;  4XWU A;  3MO4 A;  1LF1 A;  5DMN A;  3W1T A;  3HPS A;  3QGV A;  3O7U A;  4POC A;  3CPR A;  1JDF A;  1KTB A;  4D71 A;  2BSL A;  1V4Y A;  4ZTY A;  3WEZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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