1JFXA

Crystal structure of the bacterial lysozyme from streptomyces coelicolor at 1.65 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
DTSGVQGIDVSHWQGSINWSSVKSAGMSFAYIKATEGTNYKDDRFSANYTNAYNAGIIRGAYHFARPNASSGTAQADYFASNGGGWSRDNRTLPGVLDIEHNPSGAMCYGLSTTQMRTWINDFHARYKARTTRDVVIYTTASWWNTCTGSWNGMAAKSPFWVAHWGVSAPTVPSGFPTWTFWQYSATGRVGGVSGDVDRNKFNGSAARLLALANNTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new lysozyme fold. Crystal structure of the muramidase from Streptomyces coelicolor at 1.65 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces coelicolor
molecule keywords 1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1
total genus 80
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1jfxA00
2FH8A 2W91A 5CGMA 3ZJ6A 4P8XA 5D9NA 5C71A 2O9PA 1NOUA 3GXDA 3AIWA 3DECA 4U3AA 1QI3A 3AHXA 3W27A 1E0VA 1EH9A 3A3HA 3WD0A 3QR3A 3CH9A 3WMCA 1HX0A 1KGWA 1W9DM 2ZOXA 3M07A 3W37A 1X6LA 1CGYA 3WF0A 4J3XA 4AEFA 4EANA 5IHSA 2JEQA 4YHEA 4P7QA 4B9YA 1KGXA 3RM8A 1B3XA 4AZHA 5I24A 1M01A 3EMQA 1MW1A 3VNZA 4UOJA 1V0LA 4JFVA 1EOMA 2VJXA 3KZSA 2W92A 3T2QA 5E09A 4U5IA 3EMCA 2WLZA 3B8SA 3N12A 1ISWA 4W7UA 4W84A 1BGAA 1XC6A 2UWFA 2G3NA 4GINA 4FMVA 1W32A 1WDQA 2J7HA 3VIPA 2PBGA 2C7FA 3WIJA 1JDCA 1WZMA 3NDYA 5I5RA 4M1RA 3PZUA 5I79A 3WNMA 1GORA 1S46A 2VZVA 2G3MA 1CEOA 3B9EA 1GOMA 1HJUA 2XGIA 2DT1A 2GFTA 1JZ8A 3AIEA 4CU6A 2GJRA 4LQ1A 1WZLA 1H11A 3DYMA 2CHNA 2CHOA 4MADA 1U33A 5JIPA 1NQ6A 1LF1A 3RIKA 2BV9A 1HVXA 2XPKA 2VVSA 5A8PA 1G9HA 3AZRA 2W61A 3CHDA 4HZ7A 3K4AA 3ARUA 2VVNA 2WMKA 2EPLX 4CCCA 5LA2A 3SURA 1Q6FA 1HIZA 4WKFA 1PZ3A 4U5KA 3WMBA 3K8MA 4UQAA 1J0JA 1KCLA 4HU0A 1E4MM 4OBSA 3WH9A 5A6AA 3UR7A 1UD3A 4GZIA 3VGHA 2WMIB 1BG9A 3N9KA 4UFIA 2HISA 3PZNA 5A69A 4NZCA 5I0DA 3L4XA 5A6MA 1UA7A 4RL3A 4A3HA 1NOFA 5CGTA 4WLCA 3MSDA 4W93A 3PN8A 1GNXA 1CENA 4AY1A 5E0FA 1D7FA 4E8DA 4JKKA 1W9PA 4UZSA 1QVBA 1JD7A 4HOWA 1VJSA 4QAWA 3EBVA 2G8ZA 3W6MA 1DP0A 1R8LA 3S6TA 5KZ6A 1GOKA 3GXFA 1WO2A 3K8KA 5KEZA 2D20A 1CXEA 1FA2A 4TX8A 4P8WA 1CPUA 2VX5A 4BS0A 1V3JA 1OD8A 2OYMA 1US2A 1M04A 3N18A 4W86A 2XVPA 1UZ4A 1OM0A 3VGGA 4M80A 1KCKA 4HP5A 1K9EA 3MV11 1HL9A 1JYXA 3WFZA 1BVZA 1CIUA 2YL8A 4JCMA 2VTFA 5CSYA 3K4DA 4S3KA 3TTQA 3GXIA 1ODUA 3T0BA 1M7XA 3PTQA 1GOWA 1BPLB 2CETA 1OCQA 2EJ1A 5IHRA 5AYBA 2ZUTA 4MNMA 1TFVA 4UQCA 1CGUA 3ZJKA 1EQCA 1V6UA 3WL1A 4IPLA 5DFAA 4Z2HA 3WH7A 1HN1A 1OWQA 1MQPA 1OT1A 3KL0A 3UETA 1C90A 1DWHM 4E8CA 4W85A 1EGZA 4U2ZA 4AIUA 1UWSA 4PMDA 5CLWA 4U2YA 5HNNA 2EBNA 1CGWA 3ZR5A 3HN3A 2YL9A 4JFSA 5AY7A 3EYPA 1GJWA 1GOIA 5AC5A 1TG7A 2XVLA 4AIEA 1H1NA 1LG2A 4MDOA 1OIMA 4L4OA 2EXOA 3ARRA 2HVMA 4PTXA 2ZX7A 5CQ1A 4PMQA 4AXNA 3B9DA 1E73M 1OINA 2CBIA 2OWXA 3WEOA 4PMYA 3KE0A 2YDSA 1BYCA 1BTCA 3U57A 2DQXA 2F2HA 3VGFA 2BS9A 2ZIDA 5ABHA 3IK2A 2WHLA 1PAMA 1VENA 4AZGA 4PMRA 1V3KA 2CYGA 5FOOA 1J0KA 2GJPA 3AROA 3CUHA 1DWJM 2WMIA 3ZQ9A 3FHAA 1PIFA 2EPNA 2EPKX 1HL8A 2CBVA 2OYKA 1JZ2A 2D2OA 4M29A 1B90A 2DSKA 1IZJA 4R27A 1F4AA 2PWHA 1JZ6A 4TVDA 3AXIA 1TUXA 1QI5A 3IJ7A 4PMOA 1E6NA 1MQQA 2UY3A 3T08A 1WZAA 4D6CA 1VAHA 3U7BA 4KGLA 1L0PA 5A3HA 2WVTA 3AMKA 3LPGA 1WE5A 2FDMA 5FKYA 3ZJ7A 3MMWA 5CZKA 5A6BA 4U3CA 3WSUA 5I2UA 5CJ5A 1UQZA 4PEEA 1UR2A 2IUZA 2VCAA 2CNCA 3WF4A 5EMYA 2V3FA 2VC9A 1VB9A 4ZE4A 3UG3A 4CCEA 3GH7A 1CGVA 1HKKA 4AW7A 2J8GA 2DSZA 4PMUA 2WWDA 2VQTA 1AMYA 1XHGA 1W3HA 5I3DA 1K9TA 4D6IA 4X9YA 3CHCA 5BROA 2PWFA 4MAVA 3WD4A 2JALA 1BHGA 3KWXA 4ZXOA 1B2YA 1C7SA 4UFHA 3WEMA 3SUWA 4CKQA 3GXMA 2VCBA 3AHZA 5EB8A 3RO8A 3WD2A 2YLLA 4F66A 3WDIA 1BAGA 1UWUA 2CITA 2Y8VA 2E8YA 1HJXA 2CBUA 2ZX5A 1V3IA 3QOKA 1CZ1A 2J75A 5LYRA 1OSEA 1H5VA 3PZQA 3WQ5A 1E0XA 2Y8KA 2YDRA 2NW0A 1JNDA 1Q6DA 1H49A 4CN6A 1HKJA 3CTTA 1QBAA 3N15A 4AISA 3TP4A 1E15A 1VRXA 2ZX9A 1QW9A 3O2LA 3WNNA 3CZGA 2DIJA 4GQRA 2RGMA 2ZXQA 4D6GA 4MJ2A 1VFUA 4OJYA 4GKLA 1GCYA 2V5DA 1HKMA 2Z1SA 1WZKA 4W87A 3EDEA 3G6MA 2WSKA 1FHLA 5FD0A 1HJWA 1XRVA 1MW0A 1W1VA 1JDDA 1G01A 3T0AA 3W25A 4OOUA 3LPFA 5BXPA 5HPOA 3TOPA 1R85A 3HU7A 1XH1A 4HOXA 4XV0A 3ALGA 4UQEA 5AYIA 2C8NA 4P7RA 2VRJA 4MNJA 1XCWA 2JEPA 2XIBA 1BYAA 2D3NA 1LL7A 3VIMA 1ZBWA 1WPCA 3GBEA 1K9DA 1J0YA 4QLLA 5DO8A 1NH6A 2BY1A 4TXEA 5BYWA 4H8UA 4QFUA 2D3LA 3BAKA 2WC7A 2WBKA 3WENA 2X8RA 4LX4A 3OBAA 1LL6A 4RE3A 3SUVA 3N13A 1Q6CA 1UOKA 3N11A 3IJ9A 1PJ9A 3CZJA 3QHOA 1FOBA 3WDPP 1C3FA 3L4VA 4PMNA 5BXRA 3W81A 5CSUA 3FY1A 1UHVA 2QMKA 1JGIA 4MPKA 3WKZA 4AWEA 1J0HA 2OSWA 1FP8A 4MAZA 1N82A 4UFMA 1CDGA 5A8NA 1H3GA 1B30A 2O9OA 1KB3A 4GO9A 2XTKA 2WSPA 3GYCA 2YBUA 4H2CA 2DSUA 4JFUA 1V3HA 3MUY1 4GZEA 1R86A 1EOKA 1CTNA 3TA9A 1ECEA 4GZJA 3KL5A 3O9NA 1W1PA 4QCFA 1QHZA 5GNXA 3OGRA 1MVYA 1TA3B 1JFHA 1E4NA 2BY3A 4DWSD 2O9RA 2OSXA 3VMPA 5A2CA 4DUXA 4GPNA 5A8OA 4HTYA 5BXSA 1FFRA 1VEPA 2VZTA 1GPFA 2WMJA 3MS8A 4X0VA 2WVUA 2GDUA 1I1XA 2VT0A 4AYSA 1IV8A 4N42A 1H0IA 2WHJA 1HJVA 2V3DA 3PTKA 1OGSA 1J10A 1PIGA 4JZ5A 1UD2A 1ISXA 3UCQA 1MXDA 4UFLA 1PEZA 2VX7A 3WQ8A 1E9LA 3WDJA 3L4ZA 1UKSA 1DHKA 1H4PA 3VX1A 3AFBA 4AMCA 1CBGA 2DDXA 3MO4A 3WUFA 1ITCA 3UERA 5E70A 1EXPA 3GH5A 4B3LA 3NIYA 2CESA 4JKLA 3NCOA 1QHPA 3AJ7A 3AS3A 4E4PA 2XG9A 3OZOA 4Q22A 4HPGA 1V0NA 4PMXA 1JYNA 2XSBA 3THCA 2DGAA 4A3YA 1B1YA 2YJQA 4J3TA 4AZCB 2ZUVA 4ZE5A 3OLEA 2AAAA 3IAPA 1FH7A 2BVTA 1WCGA 3WF1A 4AZIA 3W38A 1UWIA 1WNOA 3ARSA 2PC8A 3AZTA 2DT3A 2PWEA 3VM5A 4URIA 4B15A 1WDPA 1E55A 2CKSA 2WC3A 1C8YA 2VX6A 2X2YA 3MUIA 3JUGA 4GXPA 4D1JA 2NSXA 3QHMA 4D6JA 4CD4A 3AIQA 3WBEA 1ITXA 2XGBA 4D6EA 4AD0A 1EIBA 5D8ZA 3OZPA 2E9LA 4BF7A 1B3ZA 3VGDA 3PZTA 2DEPA 4W5ZA 2J8FA 1BYBA 2WW5A 5GNYA 1MFVA 2WCGA 2WKLA 1CLVA 3DYPA 4J3WA 4PMZA 1HJQA 4W5UA 2ZUMA 4MNLA 4DUWA 4FLQA 3RPMA 3U7VA 1EDQA 2MANA 4J3VA 3AMGA 4KMQA 1V3MA 1X1NA 1CECA 5A6SA 4JAWA 3GNOA 3WF3A 3I3BA 1WB0A 1C8QA 5I78A 1TA3A 3L2MA 1M03A 5JBFA 4ATDA 3BAYA 3CIVA 1KBKA 3WUGA 2W62A 1IZKA 1GOQA 2DSVA 4OIFA 2WC4A 1WP6A 1G5AA 3F5JA 3VTRA 4WKAA 1E40A 3OGSA 4TX6A 2EEXA 4GI6A 5IXEA 1A47A 1UKOA 2VR4A 2EPOA 5A6LA 3BGAA 1O6IA 4R5EA 3VDCA 1GQIA 2D0GA 2J79A 3DC0A 1VEOA 2WKGA 2J47A 1GVIA 2DT2A 1WAWA 1LJYA 3NJ3A 3CZEA 3T09A 5BWFA 2X05A 2OWWA 1VJZA 1F4HA 3VIKA 4JHZA 4D6FA 3PZOA 1VF8A 3ZJ8A 3HMCA 2ZX6A 2ZUNA 3ZO9A 2G4FA 1YQ2A 4GI8A 4TOQA 1K9FA 1MQRA 2A3AA 3VD5A 3A4WA 2ZXAA 1SMDA 1UH2A 1ESWA 3CLWA 1QNSA 3AIRA 3BLPX 1PX8A 3ALFA 3ZSSA 3AIVA 4W8AA 4P8VA 1KWKA 1ZL1A 4J3UA 3AS1A 2GDVA 2F8QA 3EMZA 1I75A 2WZHA 5I23A 4AZCA 4QP0A 5F7UA 1Q6GA 1W9BM 4H7VA 3TONA 2CIPA 3WUBA 3CZLA 3VINA 3FHQA 4P7NA 4CUCA 3ARQA 1NM9A 4AZ7A 5BXTA 2OLHA 3WMSA 2RGLA 1AQ0A 4B3KA 2XYLA 3M46A 1UD4A 1E6SM 3AHTA 1PPIA 1W3LA 3A4XA 3AICA 5CPSA 4FLSA 1YHTA 4Z2JA 2FHFA 1JAEA 2XFRA 3VD4A 4NF7A 1VEMA 1E6ZA 3RJYA 3RDKA 1E1EA 1US3A 3WL0A 3W6LA 1LWHA 2YOCA 2WCAA 1P6WA 4PCSA 1ODZA 1TR1A 1ZBVA 1KBBA 3CO4A 5ECUA 2PF0A 1V02A 2DSWA 5A1AA 3VUPA 4HA1A 3AMCA 3PHAA 5E9AA 4KH2A 2NT0A 4GI9A 4B9ZA 3SUTA 1JF5A 1ZS2A 2XM2A 1X6NA 3CUIA 1CWYA 1HT6A 3CHFA 3VGEA 2X09A 4AZBA 1DWFM 1JIBA 1OGGA 1Z32X 3CPUA 3KL3A 4Q7NA 3WELA 1HXJA 1W1YA 4AC1X 1KXTA 3EDDA 1G94A 4PCTA 2E9MA 2DH3A 1CXIA 2VRQA 1UD5A 2WXDM 1V08A 1GZJA 4WSJA 2C0HA 2JF6A 3IANA 1W2PA 1GVYA 1CGXA 3N17A 3VO0A 4UTFA 3S2CA 4AEEA 2ZICA 1SR0A 3GH4A 3QHNA 3VPLA 4AIOA 4C7DA 1MYRA 1GOOA 5A6BD 1ZJBA 4EAMA 5A8QA 1JI2A 2X0HA 1E6QM 1ZU8A 3WDRA 4HA3A 2CPUA 2W63A 1V6YA 4WJXA 3W26A 1D3CA 3M7SA 1HVQA 3WNPA 3RILA 4F9JA 2JF7A 2ZUWA 2XM1A 4J28A 2XIIA 1B9ZA 4OKDA 1V6VA 1UKQA 4C7GA 1KXHA 3BLKA 3J7HA 4WSKA 3SCOA 5A8MA 3PTMA 4AD2A 4CD7A 3L4TA 3BCFA 1V03A 5GQBA 3SCVA 4TTUA 4JFTA 5M03A 4PYSA 4Y7EA 3OG2A 2WPGA 6TAAA 3SCSA 1JD9A 4L4PA 4BCEA 1KFWA 1WDSA 1KWGA 3ARXA 2WBGA 1QNOA 1RPKA 1D2KA 2E3ZA 3BCDA 2D1ZA 4FLOA 1KR0A 3W28A 4JHOA 3ARTA 3WNKA 1XV8A 1E3ZA 4W7WA 5D4YA 4PTVA 4BQ4A 5DEZA 3OA5A 1DWGM 3SCRA 2FH6A 2BHUA 2QPSA 1TMQA 2XSAA 2E4TA 3NDZA 4JFWA 4OZOA 1UUQA 1WKYA 4F79A 3CHEA 2IXVA 3U5UA 4CD8A 5E0CA 4HMDA 4YPJA 1WDRA 6CGTA 1E43A 1H09A 2V5CA 2J7FA 1VFMA 4OBRA 2PWDA 1EO7A 2VI0A 1W3JA 4LPCA 3AMLA 1GJUA 3WNLA 3ARZA 2ZX8A 4KRTA 1I1WA 4ZENA 5CLTA 3F4VA 3AXXA 1TVPA 5A95A 4WF7A 3AYRA 2ZUUA 3VVGA 5HPCA 4W88A 3VDAA 4AD5A 4HA4A 1QBBA 3BSHA 1CXKA 3CUFA 4GO8A 4UZUA 3RCNA 3NSNA 3ZOAA 3BAXA 4Z2LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FH8 A;  2W91 A;  5CGM A;  3ZJ6 A;  4P8X A;  5D9N A;  5C71 A;  2O9P A;  1NOU A;  3GXD A;  3AIW A;  3DEC A;  4U3A A;  1QI3 A;  3AHX A;  3W27 A;  1E0V A;  1EH9 A;  3A3H A;  3WD0 A;  3QR3 A;  3CH9 A;  3WMC A;  1HX0 A;  1KGW A;  1W9D M;  2ZOX A;  3M07 A;  3W37 A;  1X6L A;  1CGY A;  3WF0 A;  4J3X A;  4AEF A;  4EAN A;  5IHS A;  2JEQ A;  4YHE A;  4P7Q A;  4B9Y A;  1KGX A;  3RM8 A;  1B3X A;  4AZH A;  5I24 A;  1M01 A;  3EMQ A;  1MW1 A;  3VNZ A;  4UOJ A;  1V0L A;  4JFV A;  1EOM A;  2VJX A;  3KZS A;  2W92 A;  3T2Q A;  5E09 A;  4U5I A;  3EMC A;  2WLZ A;  3B8S A;  3N12 A;  1ISW A;  4W7U A;  4W84 A;  1BGA A;  1XC6 A;  2UWF A;  2G3N A;  4GIN A;  4FMV A;  1W32 A;  1WDQ A;  2J7H A;  3VIP A;  2PBG A;  2C7F A;  3WIJ A;  1JDC A;  1WZM A;  3NDY A;  5I5R A;  4M1R A;  3PZU A;  5I79 A;  3WNM A;  1GOR A;  1S46 A;  2VZV A;  2G3M A;  1CEO A;  3B9E A;  1GOM A;  1HJU A;  2XGI A;  2DT1 A;  2GFT A;  1JZ8 A;  3AIE A;  4CU6 A;  2GJR A;  4LQ1 A;  1WZL A;  1H11 A;  3DYM A;  2CHN A;  2CHO A;  4MAD A;  1U33 A;  5JIP A;  1NQ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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