1JFXA

Crystal structure of the bacterial lysozyme from streptomyces coelicolor at 1.65 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
DTSGVQGIDVSHWQGSINWSSVKSAGMSFAYIKATEGTNYKDDRFSANYTNAYNAGIIRGAYHFARPNASSGTAQADYFASNGGGWSRDNRTLPGVLDIEHNPSGAMCYGLSTTQMRTWINDFHARYKARTTRDVVIYTTASWWNTCTGSWNGMAAKSPFWVAHWGVSAPTVPSGFPTWTFWQYSATGRVGGVSGDVDRNKFNGSAARLLALANNTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new lysozyme fold. Crystal structure of the muramidase from Streptomyces coelicolor at 1.65 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces coelicolor
molecule keywords 1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1
total genus 80
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1jfxA00
1ZU8A 1W9VA 2ZE0A 3G6LA 3OG2A 3W81A 1CLVA 4J28A 4J3WA 4EANA 4PMQA 1BYAA 5I5RA 5JBDA 3CUIA 1FA2A 1JZ8A 5A6MA 1A47A 5LYRA 4CN1A 1NP2A 3DYPA 4LX4A 2VZVA 3WIJA 1JYVA 1DEDA 2EPKX 4H2CA 1BPLB 1HVQA 4DWSC 1G9HA 1JYXA 2WSPA 1B2YA 5A69A 3BCDA 4JFWA 1PJ9A 4ATDA 1W3LA 2XIBA 4TVUA 3MMWA 1W9UA 4P8XA 3VKKA 5M3WA 1WDSA 4XUYA 4U5KA 4WJXA 2PI6A 1WZMA 1CGXA 1XSIA 1RP9A 4JZ5A 1ISXA 5JBEA 1GOKA 1XHGA 2G3JA 3OA5A 2XFYA 3N9KA 2A3HA 1OIFA 4HOZA 4AZBA 4H8VA 2PWDA 3IJ8A 1Q6DA 2CETA 2IXVA 2EJ1A 3WKZA 1G0CA 1VJSA 3WUFA 5DF0A 1W1VA 3VO0A 1UR2A 2QMKA 1PX4A 2YL6A 3AIBA 2A3AA 3WUBA 1GCYA 3AMGA 4PRWA 1BVZA 3SUWA 3AYSA 2WKLA 1DHKA 1UYQA 1C3FA 3CLWA 3CUGA 4DWSB 1B90A 4GI8A 2O9TA 2UY5A 2DSKA 3WDPP 2WVVA 4HZ6A 4MDOA 4Z2LA 3PZGA 4FLRA 4AZ7A 5D9PA 1BLIA 2FH8A 3CUHA 4MB5A 1UA7A 1GZJA 2FHFA 2D20A 5E70A 3JUGA 3MUZ1 4AW7A 1TVPA 1UZ1A 3WD0A 4DM1A 1GVIA 3POHA 3DHPA 1OM0A 1PEZA 1TA3B 4UCFA 2J7EA 4UFHA 1UKOA 5I2UA 1CPUA 3ZSSA 2D1ZA 5E6YA 2PWHA 3KL0A 3RDKA 1DWJM 3LPPA 3N12A 2YA0A 3WNNA 4WF7A 1OSEA 4ZXOA 1PIFA 4XZWA 2AOSA 1HL9A 4AD3A 1ITCA 1CGWA 2WMFA 2X0HA 3BCFA 2G8ZA 1EXPA 1V03A 1WB0A 1H1NA 5HXMA 1LLOA 3VOCA 1NWUA 4PN2A 3HJEA 4HMEA 2XWEA 2XWDA 1JZ4A 2Y8VA 4NRRA 3WD3A 3BAKA 4W5ZA 1C8XA 1XYFA 3UR8A 1WPCA 3GH4A 4MAZA 3A4WA 2VR4A 3OLDA 2XIIA 3ECQA 3WDJA 1C8YA 2VZTA 4PCSA 1CZ1A 1F4AA 2DDXA 2WLYA 4W85A 3ARXA 3MO4A 3PZVA 1J11A 4CCEA 1TUXA 4GZIA 1B1YA 1OGSA 4GO8A 3VTRA 2BHYA 5ABHA 4LYQA 1FFQA 1IZKA 3U57A 1BF2A 1GW1A 1Q6CA 1UWTA 2YL5A 2ZUMA 4EAMA 3WDRA 4HMDA 1VFUA 3NSMA 3VDBA 2V5CA 1V3HA 2XVPA 1MQPA 3AMDA 3GH7A 1VJZA 1W2VA 3WDIA 1JZ6A 3IJ7A 1WNOA 1V0LA 2D22A 3WH9A 4FK9A 3N13A 4UTFA 2ZUUA 5I23A 5A8QA 2VURA 3WUGA 1EO7A 1XD1A 1W1TA 3OGSA 2ZIDA 2XGBA 5HPOA 3L4TA 3BMVA 2GJPA 4ML4A 5ECUA 1OWQA 4RE3A 4IM4A 5CSYA 4UNIA 3WMSA 3ARUA 5CGMA 1E4MM 4R5EA 2JALA 4AEFA 4HZ7A 1UD3A 4UQAA 3POCA 3K4DA 4W89A 4AWEA 1EHNA 1NH6A 2Z1SA 4H7VA 4BQ3A 3U7BA 1RD6A 2YLAA 3LPFA 2JEQA 1E4NA 2D0HA 3WBAA 2ZX8A 3FHQA 4AZ6A 4UOZA 3T09A 3LMYA 3L4UA 1TMQA 4DM2A 3TOPA 1EDTA 1XH2A 2WMIB 3AMLA 4AEEA 3VIJA 3UEQA 1GJUA 2DT3A 1JXKA 1AMYA 1US2A 4PTVA 1KGUA 1WDRA 3W0KA 5CGTA 4YPJA 3VD5A 4AZCB 4CCCA 2XYLA 3QOMA 2PBOA 1V3MA 3W27A 1V6VA 4OIFA 1BYDA 3MV11 3NCOA 4L4PA 2D0FA 1NM9A 4U5IA 3VU2A 5DMYA 3BMWA 2Z1KA 1UKQA 4AYSA 2QLYA 4CD5A 1E3XA 3QHMA 3QGVA 4J3TA 3VD4A 3VIGA 1NARA 2W92A 3IK2A 4KRUA 3O2LA 4J3XA 2J62A 3O9NA 3WENA 4UFJA 3B9AA 4D71A 4HP5A 3EMQA 2JF7A 2WHMA 4IPNB 1JYNA 2B31A 5FCZA 3RIKA 2O92A 1FP9A 4PSPA 1N82A 3RM8A 1WDPA 5I78A 3AS2A 4TOQA 4AIUA 5BXTA 3T0AA 2ZXAA 2XM2A 1U33A 3WNPA 3RMEA 2J79A 2V3FA 2OWXA 2DT0A 4PUEA 3A4XA 1QOXA 1QNPA 2E0PA 5FOOA 3F5KA 1V3JA 1E56A 1H49A 1PAMA 1CECA 3OZOA 4M80A 1W3JA 2D3LA 1KXTA 4PEEA 1V02A 2FGLA 1QPKA 1KQYA 3APGA 4W84A 1UD4A 2XG9A 4M81A 4P7QA 2PBGA 3ZOAA 1E3ZA 1B3WA 2BVTA 1FP8A 4E8CA 1B3YA 5BRQA 4MB3A 2D0GA 4N0RA 4QP0A 2DH3A 1EQCA 1HIZA 5HNNA 1UZ4A 1LWHA 2CKSA 3I3BA 4F66A 1GHSA 1WO2A 1K6AA 2O9OA 3ZT7A 2XHYA 2CXGA 4Z2HA 1R85A 2CPUA 4AD0A 1E6QM 2W91A 1LL7A 1KXVA 2WVSA 1BAGA 3MUIA 4DUWA 3ZJ8A 4DUVA 1JGIA 4RE4A 1JI1A 5A8PA 2OYLA 3ARWA 1E40A 3WH7A 8CGTA 5GQBA 1WAWA 3U7VA 4X9YA 1JDDA 1OT1A 3AHTA 1ODUA 2NSXA 4UOJA 4XV0A 3TTSA 4CU8A 2XVGA 1CENA 3EDKA 3AQUA 4ATLA 4FLOA 3WD4A 4E4PA 1TR1A 4PMVA 1GUVA 2WHJA 2YIHA 3BLKA 2WWDA 4BF7A 1ECEA 4UR9A 1F4HA 4W7VA 3PTQA 3ZO9A 3TTOA 2D2OA 2J7GA 1QNSA 4V2XA 2V38A 2A3BA 5D8ZA 3VM7A 2WCSA 2DT1A 1OD0A 4B3LA 3MSGA 3W29A 3VGDA 2VRJA 2GFTA 2ZXBA 4CU7A 3AS3A 1GOMA 3OGVA 3VD3A 1MVYA 1GOIA 3WD1A 2C7FA 2CEQA 4UOQA 1PX8A 5A2BA 1V6UA 1QHOA 3GDBA 1EIBA 1HKMA 3THCA 3AIQA 2DSUA 1J0HA 4J7RA 1M04A 2VVSA 5IXEA 1GOOA 1RP8A 2UWFA 3AZSA 2CCRA 1HP4A 1VBUA 1JZ3A 4MNMA 3W37A 4WKHA 4EE9A 1PBGA 4OBRA 1J0ZA 3N17A 3VDHA 1VBRA 2WMIA 1EOKA 2MANA 2VL4A 1KB3A 2YDQA 1OCQA 4AZHA 1J12A 1MWOA 1XSKA 1J0IA 2VT0A 3CH9A 4HA1A 3OLIA 1HJSA 3PTKA 4E2OA 3WNKA 4AZCA 1J9YA 2VNCA 2J25A 4NI3A 3AIWA 5LA2A 3GBEA 2ZX5A 1JFHA 3VGHA 3VIFA 1J0JA 2DIJA 3S2CA 2GDUA 1B3XA 1W3HA 5FKYA 3WQVA 4URIA 4BS0A 2W67A 1ISZA 4LQ1A 3W53A 4HOXA 4PBGA 4JHOA 4CN4A 1TZ7A 4HPHA 1H4PA 3VGEA 4DWSD 1DWHM 1VRXA 2E8ZA 1FHLA 4M82A 3K8LA 5C71A 3PBGA 1CDGA 2VJXA 1EQPA 2OLHA 2J7HA 2TAAA 1Y7VA 4BQ4A 1M53A 1QHPA 3AIRA 3CZGA 7TAAA 1UKTA 2VCBA 2A3CA 5C70A 4JIEA 5E0CA 3ZM8A 1CXLA 1R86A 1JZ5A 3ZJ6A 5GNXA 3L4YA 4W88A 4MB4A 3GXIA 1VFMA 1BSIA 2ZICA 1ISYA 3F5LA 3WF4A 4PMYA 1CGVA 1NWTA 3CPUA 1D7FA 4MNJA 2QV4A 3PHAA 4BCEA 4L4OA 2CBUA 4E8DA 4OKDA 2V3GA 1KBKA 1ITXA 1WKYA 4MDPA 3VDCA 5A6LA 5BRPA 1GPFA 5I24A 2G3IA 4XZBA 1JDAA 1B0IA 1UR8A 1BVNP 2XUCA 2GUYA 4UQ9A 3AFBA 3CHDA 3SCNA 2ZX9A 3WEMA 1TE1A 3NYDA 2O9PA 1E72M 1XYZA 3WD2A 5EFFA 3MUAA 4NZCA 2X8RA 4PTWA 4Z2GA 4UFIA 3W4RA 1CNVA 3RJYA 2VR5A 2QF8A 1JZ7A 2BHZA 3IJ9A 1BFNA 5FD0A 1I1XA 3AJ7A 5BXSA 1V0NA 2FDMA 3WQ5A 1V6WA 4UQBA 2JF6A 3NDYA 4LPCA 3BAWA 4D6GA 3IANA 3PN8A 4GI9A 1GVYA 2EPLX 3TP4A 3GZAA 1UR9A 2XSAA 3CZJA 3M46A 4OUEA 2J78A 1UR0A 1L8NA 1VFFA 3KEHA 2OWCA 5HDRA 3VX0A 1Q6FA 3SCWA 3VMOA 1H3GA 1JAKA 2W62A 5D9MA 3MS8A 3GXFA 5HBFA 4J27A 2VCCA 4A3HA 4F79A 2XGIA 4QCFA 2ZWZA 2XM1A 3CGTA 4ZXLA 1VEMA 3NSNA 3PTMA 3F5JA 2J7CA 1J18A 5CQ1A 1JG9A 3PZUA 5HPCA 4M56A 2J8GA 2C0HA 1BG4A 1EGZA 1ZBCA 3WF1A 1E15A 1H2JA 4CUCA 3O6AA 3WF2A 1GQLA 1JXJA 4TXEA 4TVCA 2PWEA 2PB1A 4MPKA 3BAYA 4FF5A 2GJXA 5DT5A 2IXUA 1LJYA 2WC4A 5C8BB 1KGXA 4W87A 3BH4A 2WCAA 5A6AA 5LA0A 5IDIA 1E9LA 2VX5A 1FH9A 2NT0A 5M5DA 2HISA 3L4VA 4CD6A 1J10A 3AI0A 5GNYA 4TX6A 1VENA 3VD7A 2BS9A 2JE8A 4B9ZA 3WL1A 4X0NA 3II1A 4AZ5A 4JL2A 5JUVA 1CGTA 3SUSA 4JFTA 1W9PA 1VB9A 3B8SA 3VGBA 2WZHA 4OOUA 3SCQA 1HP5A 2VQTA 3I3EA 1MFVA 3K46A 2X09A 1B3ZA 4CGTA 5FIPA 3GH5A 2EO7A 1UUQA 3CZKA 1UH2A 4AC1X 4U33A 2VC9A 2WVTA 1W32A 2JIWA 1UR1A 1MQQA 2E9BA 1Q6GA 5D8WA 4WIWA 5EBAA 3M07A 1CIUA 5D9NA 3VNYA 1E5NA 6A3HA 1SMDA 4FLSA 1E1EA 3BXWA 4ZE4A 3MSDA 1G1YA 4PMRA 3GBDA 5AC5A 3W6MA 1CXIA 3ZT6A 1R8LA 1UOKA 5DFAA 3KWXA 3DHUA 3FN9A 4J3VA 3LPOA 4U3CA 4Q22A 4U2ZA 1HKIA 1V3IA 1TG7A 3WNLA 4C7GA 1QNRA 4P7LA 1BQCA 1V08A 3BGAA 5CJ5A 2DEPA 3ALFA 2BXYA 4N42A 1OGGA 2D23A 4ZENA 1R87A 4TX8A 3SURA 3UG4A 5BCAA 1P6WA 4ZE5A 4JFSA 1W91A 3W6LA 2VZSA 2CESA 3DECA 4WKFA 3WDHA 3GNRA 3WQ4A 1OT2A 3CTTA 1JD7A 1BHGA 3AHVA 5DT7A 2GJRA 3ZQ9A 2XTKA 4QCEA 5D9OA 2OWWA 3AZTA 1UD6A 3N1AA 1BTCA 1IZJA 3SCSA 1HF6A 1E6SM 2ESCA 3N18A 3VDAA 4UQDA 4B15A 1MW2A 5I77A 4PMZA 1KXQA 2DIEA 3VILA 3VX1A 3CIVA 2QHAA 3UCQA 1BG9A 1B3VA 4DWSA 1WZAA 3SCUA 4D6FA 4ZFMA 3SCVA 4MJ2A 1M03A 2GK1B 3ZR6A 3CMGA 4AZGA 5BXPA 1VAHA 1E0WA 3FHAA 1UWSA 3IAPA 2AMGA 3IAQA 2F8QA 4GQQA 3VNZA 1MW1A 1H0IA 1LG2A 5CPTA 3VPLA 3BC9A 2E9LA 4TVDA 1E6ZA 1J0KA 4NF7A 2YJQA 2RGMA 1OIMA 3S6TA 2J7FA 5BWFA 3ZJ7A 2X2YA 4S3KA 1QVBA 3E1F1 3G6MA 1ZBWA 5M17A 1E6PA 2JEPA 1TA3A 3WFLA 4BZYA 3GYCA 1CLXA 4JKKA 1H41A 1WDQA 4WSKA 1KCKA 4CN6A 5I0DA 3WN6A 5A3HA 3L2LA 5IFPA 2FH6A 2ZX6A 4UFKA 1XV8A 3ARQA 1CYGA 1MYRA 4QDMA 2WBKA 4AD1A 3CHFA 3TTQA 3RJXA 4AD5A 1EDQA 2WMGA 3PZOA 1WCGA 2A3EA 4TUFA 5E9AA 2J7BA 1E5JA 1DTUA 1KGWA 1UKSA 1ZL1A 8A3HA 3K8MA 1JYWA 1UKPA 2OSWA 3PZTA 4PCTA 3VM5A 1V0KA 3VD9A 5I79A 1QI0A 2BNJA 1QW9A 2WXDM 3RO8A 1JNEA 4AISA 4GKLA 4ATWA 4A3YA 2OSYA 1NWRA 2PWGA 3LPGA 4BQ2A 2XJ7A 3ARZA 4CVWA 1HJXA 3WQ8A 3ZMRA 4M24A 2UY4A 1EHAA 5A95A 2Y24A 2E40A 2WZEA 1JF5A 1BGGA 4KRTA 3EDEA 4HTYA 4F8XA 5CLTA 1GQKA 1W9DM 2EEXA 1LG1A 3AS1A 1KXHA 5E6ZA 2XVKA 1PPIA 3PZIA 3PZMA 3N11A 5AYBA 2VOTA 3EDFA 4B9YA 1JL8A 3WY1A 1WE5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZU8 A;  1W9V A;  2ZE0 A;  3G6L A;  3OG2 A;  3W81 A;  1CLV A;  4J28 A;  4J3W A;  4EAN A;  4PMQ A;  1BYA A;  5I5R A;  5JBD A;  3CUI A;  1FA2 A;  1JZ8 A;  5A6M A;  1A47 A;  5LYR A;  4CN1 A;  1NP2 A;  3DYP A;  4LX4 A;  2VZV A;  3WIJ A;  1JYV A;  1DED A;  2EPK X;  4H2C A;  1BPL B;  1HVQ A;  4DWS C;  1G9H A;  1JYX A;  2WSP A;  1B2Y A;  5A69 A;  3BCD A;  4JFW A;  1PJ9 A;  4ATD A;  1W3L A;  2XIB A;  4TVU A;  3MMW A;  1W9U A;  4P8X A;  3VKK A;  5M3W A;  1WDS A;  4XUY A;  4U5K A;  4WJX A;  2PI6 A;  1WZM A;  1CGX A;  1XSI A;  1RP9 A;  4JZ5 A;  1ISX A;  5JBE A;  1GOK A;  1XHG A;  2G3J A;  3OA5 A;  2XFY A;  3N9K A;  2A3H A;  1OIF A;  4HOZ A;  4AZB A;  4H8V A;  2PWD A;  3IJ8 A;  1Q6D A;  2CET A;  2IXV A;  2EJ1 A;  3WKZ A;  1G0C A;  1VJS A;  3WUF A;  5DF0 A;  1W1V A;  3VO0 A;  1UR2 A;  2QMK A;  1PX4 A;  2YL6 A;  3AIB A;  2A3A A;  3WUB A;  1GCY A;  3AMG A;  4PRW A;  1BVZ A;  3SUW A;  3AYS A;  2WKL A;  1DHK A;  1UYQ A;  1C3F A;  3CLW A;  3CUG A;  4DWS B;  1B90 A;  4GI8 A;  2O9T A;  2UY5 A;  2DSK A;  3WDP P; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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