1JFXA

Crystal structure of the bacterial lysozyme from streptomyces coelicolor at 1.65 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
DTSGVQGIDVSHWQGSINWSSVKSAGMSFAYIKATEGTNYKDDRFSANYTNAYNAGIIRGAYHFARPNASSGTAQADYFASNGGGWSRDNRTLPGVLDIEHNPSGAMCYGLSTTQMRTWINDFHARYKARTTRDVVIYTTASWWNTCTGSWNGMAAKSPFWVAHWGVSAPTVPSGFPTWTFWQYSATGRVGGVSGDVDRNKFNGSAARLLALANNTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces coelicolor
publication title A new lysozyme fold. Crystal structure of the muramidase from Streptomyces coelicolor at 1.65 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 1,4-beta-N-Acetylmuramidase M1
total genus 80
structure length 217
sequence length 217
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1jfxA00
1UH2A 3NJ3A 5C71A 2GSJA 2QV4A 3UEQA 2W4XA 1XCWA 4PSRA 5EB8A 2AOSA 2F8QA 1CGYA 2VZOA 5A95A 2XM2A 2FH6A 4TX8A 5M03A 2ZE0A 1FHDA 1FOBA 2J7DA 3W38A 1V0LA 1QNSA 1E4IA 3SCRA 1Q6CA 3OGVA 1HJXA 2Y8VA 2A3AA 3LPGA 5CZKA 4HP5A 1TCMA 1JZ6A 1DWHM 2D1ZA 2E4TA 3N17A 1IV8A 2YOCA 3LPOA 1GOQA 4V2XA 1CZ1A 1FA2A 4PMOA 2WZEA 3L4VA 3WEOA 4HZ7A 1G9HA 1MWOA 3WENA 2BV9A 3ARSA 1GOIA 5IFPA 3II1A 3F5LA 4DUXA 5CLWA 2PBGA 2EJ1A 3HJEA 4CU6A 3U57A 1KCKA 1J18A 5AC4A 4OZOA 1WCGA 1GQKA 1DEDA 1CNVA 2J77A 2YDRA 4ZENA 4B9ZA 1UR0A 1R86A 1CGTA 1SMAA 4BS0A 4Z2HA 2WM0A 1HJQA 1W3LA 1SMDA 4MB4A 1JZ5A 4E8DA 3WY1A 3CTTA 3BAKA 4CU8A 1HF6A 3FY1A 1DWIM 1H0GA 4C7GA 2XUCA 2ESCA 1OIFA 3CZJA 1CGWA 4ZXLA 2VUYA 2OWCA 2ZUWA 6TAAA 3AICA 3UESA 3OBAA 1BG4A 2G3NA 1V6WA 3A6OA 4GO9A 2X1IA 3CZ8A 3K8KA 5CXPA 5A6JA 3GDBA 3SCUA 2G8ZA 5F7UA 3N12A 5BXTA 5D9OA 4UQEA 4PTWA 4D6HA 4GO8A 4OUEA 1V02A 1JF5A 3CMGA 1MFUA 1PZ3A 4UQCA 1FP9A 4UOZA 3PZ9A 3RMEA 5KZ6A 4CVUA 2GDUA 3RJYA 7CGTA 3PZIA 5A6LA 5FL0A 5CGMA 4B3KA 3VOCA 5DO8A 1PZ2A 4FK9A 1LJYA 2CNCA 1M01A 4JL1A 2C7FA 1ZBVA 4HA4A 3AMDA 1IZJA 5HOSA 4TVDA 1QW8A 1EIBA 1ISXA 3TOPA 3TTOA 3TONA 1C7TA 4KGJA 4U5KA 4Z2IA 1R8LA 3AIVA 2XWEA 4JFSA 1TG7A 2EO7A 1E6XM 3RILA 5C8BB 2GJXB 1AVAA 1VFMA 3WUGA 4WF7A 1CTNA 4NI3A 2X05A 3VIFA 4BCEA 4D6CA 1UD4A 3VGBA 2YL9A 1JNDA 2GK1A 1W3HA 1BTCA 2WHJA 4TVUA 4D72A 3CZEA 2VMFA 2WVVA 4E2OA 4UOJA 4QCEA 1V02E 4W87A 2W62A 4PYSA 1V0KA 5CPTA 2JEPA 2ZUNA 5A2BA 3VGEA 3AZRA 2XVLA 5EMYA 1W1TA 3IAPA 4BQ3A 1J0JA 4PN2A 4JFWA 4GQRA 1H49A 3HN3A 5HPCA 3WH7A 4PMQA 5KEZA 1VBRA 2DT2A 1UKTA 5LA2A 3SCNA 3WD4A 3AS2A 5E70A 4W88A 1LF1A 1OT2A 2RGLA 2J74A 2WC7A 2WVTA 3VMPA 2NW0A 2BVDA 4N42A 2WWCA 3PZQA 2XSBA 1ISVA 2BHYA 5FKYA 4J27A 1GORA 1F4AA 4W89A 3WD0A 3ARUA 1FH8A 3K8LA 3CMJA 1H2JA 5A8QA 3VO0A 2QPSA 1EQPA 1UD2A 6CGTA 1HVQA 3D3AA 4CCDA 3PN8A 2BS9A 3GH5A 5LYRA 4WLCA 4JZ5A 1E6NA 3G6MA 3T09A 3KL5A 4S3KA 4N0RA 3SUTA 1GUVA 2FHCA 1H11A 3AMLA 2J4GA 3W37A 2J7EA 1MYRA 1ZBKA 4QP0A 1NOFA 3LPFA 1LG1A 2DSVA 2JF7A 1C93A 3W6MA 1UWSA 5DT5A 1KXHA 3GNPA 3WEMA 1J0IA 3I3BA 3VGDA 2CHOA 1C8YA 4KWUA 1XGZA 1EOMA 2E0PA 1R87A 3WFLA 1B3YA 1M53A 5DEZA 3WDJA 1E73M 3SUVA 4KGLA 3WNLA 3TTQA 2W5FA 4ZE5A 1D7FA 3VDAA 2WCAA 2GDVA 2J7CA 1UD6A 5GNYA 1J11A 3WNPA 3ARRA 5CLTA 3S2CA 4D6GA 5AYIA 1SR0A 3SCOA 3SUUA 1UR8A 3FXYA 4HPHA 3ZR5A 1GOKA 1I1WA 3VDCA 4HMCA 3RIKA 3UETA 1MFVA 4IISA 1WB0A 2BY0A 4DUVA 2JF6A 1TVPA 1W3KA 3BLPX 2VX7A 3THCA 1JFXA 2XJ7A 1KGWA 3M46A 2J62A 3AHZA 3WBAA 4P8UA 4IM4A 4UFJA 4U5IA 3N1AA 3WKZA 3ZR6A 3AIWA 2VI0A 4AIOA 3POCA 3EYPA 2WZIA 3MSDA 1NWSA 3VMOA 3N13A 4FMVA 2XIBA 2ZICA 3SEPA 4UFHA 3VNYA 1TA3B 3MV01 1SYTA 3PZTA 2VCAA 1K9EA 5BXSA 3VIOA 2WSKA 3A3HA 3ARWA 1JXJA 5JIWA 4P8XA 1V0NA 3BXWA 1KR1A 1C92A 3ZQ9A 1VENA 1JZ7A 4B9YA 4JCMA 2F2HA 3K4DA 4HA3A 5CQ1A 4KRTA 3CUHA 1B9ZA 3BAYA 5GPRA 2DT3A 4P8WA 5ABFA 3ZJ8A 1HJVA 4WIWA 5IDIA 2NT1A 2UY2A 4QLJA 3O2LA 4CCCA 1LLOA 4CVWA 1V6YA 3T0AA 3ARYA 3CHDA 3EDEA 1WO2A 3NIYA 1W9BM 1Q6DA 2X8RA 4AZCB 2DPEA 2A3HA 1E0XA 2JFEX 3WQ6A 1KB3A 3A4XA 1BGAA 1F4HA 1UWQA 3NSNA 4WKHA 1E6PA 2YDSA 3POHA 2Z1SA 1VEOA 4AD2A 3B8SA 1R7AA 4A3YA 1CDGA 4W5UA 1E72M 3VGHA 7A3HA 3QHMA 3BGAA 4WKFA 4X9YA 2QPUA 3W4RA 4AZGA 1QVBA 3VKKA 3WH9A 4W7VA 3EMCA 4M80A 5M5DA 3THDA 3F5JA 3N15A 4YN5A 2QHAA 2O9PA 5DF0A 1B3WA 2J79A 2YJQA 1V6XA 2V5DA 3OLIA 3WUFA 2ZWZA 2YDQA 1QNQA 5A2AA 2Y2WA 2B31A 1EGZA 4WK9A 1H09A 3VD4A 3SCTA 2WHMA 2QMJA 3GH7A 3L4UA 5DT7A 3BAJA 2VL4A 1EHAA 1PX4A 2WHKA 4UQ9A 3VD7A 2PB1A 1OCQA 2WMKA 1CECA 2CBVA 2VQTA 4U2ZA 3PZNA 1WDRA 1JZ2A 4BQ2A 3F5KA 4DM2A 3BAWA 3WUEA 1H0IA 3SURA 3WD2A 4UFMA 1XC6A 1W1YA 4W86A 1W32A 3VIIA 3WEZA 2WPGA 2DIJA 3BCFA 4H8HA 3AXIA 5FOOA 1MQRA 3KL0A 3WDIA 3OB8A 3RM9A 2OSYA 3WH8A 2ZOXA 3IAQA 3WL0A 2J7BA 4XUYA 4J3XA 1EOKA 3K8MA 1KXQA 5A2CA 1KR0A 4J3UA 1J0HA 3FAWA 5CSYA 2PWGA 1GVIA 5I23A 4P8VA 2E8ZA 4ACYA 2XFFA 5CGTA 2VR5A 3OZOA 4CU7A 2ZX6A 1H5VA 3OA5A 1JI2A 3UG3A 1CBGA 2OSXA 1E43A 1HXJA 5E0CA 1LWJA 1VAHA 3DHUA 1WE5A 7TAAA 3T2OA 4Z2GA 1S46A 4HPGA 1TVNA 1HL9A 5D9PA 2BNJA 2Q8XA 4NRSA 5D8WA 2VZTA 1BFNA 3ECQA 1GOMA 1HJWA 3CUIA 2D2OA 1Q6EA 1FP8A 1WKYA 1ZL1A 1CGXA 1HP4A 3ZJ6A 1B3VA 3TP4A 1EA9C 2W63A 3GZAA 2VX5A 3DECA 4TVCA 2EPNA 4PUEA 3WNNA 1CYGA 4ZFMA 3AISA 1UR2A 2PBOA 2XFYA 4JKKA 3N04A 1QBBA 3K46A 2G3IA 2ZUUA 1RP8A 3IANA 4NF7A 1ZJBA 3AOFA 2FGLA 5AYBA 1E9LA 3WF4A 4K68A 3WDQA 1E6QM 3MSGA 2EXOA 1M7XA 2JIEA 3I3DA 1WZAA 4H04A 2J7FA 2Y24A 4NZCA 3W25A 4DWSA 2FHFA 3GXMA 1KWGA 4OJYA 3QR3A 1CXIA 5CJ5A 1Y7VA 3WD1A 1OSEA 2X09A 4MPKA 1E4MM 2WVSA 2D23A 3WH6A 1UG6A 3PTMA 5M17A 1BYDA 2BY2A 2YLLA 2ZX9A 1BSIA 3JUGA 4LXFA 1WDPA 2CPUA 3KZSA 4PTMA 1E5NA 1CXKA 4AD4A 1OGGA 1MQQA 2WBKA 1J0YA 2EPLX 2WMGA 4LQ1A 4MB5A 1WDSA 2VURA 4Z2KA 1JZ4A 3MU7A 2GJRA 3IJ9A 4C7DA 3PZUA 2XGIA 3BH4A 4PTVA 1QI5A 3WQVA 1KQYA 1E56A 3UERA 4FLSA 4LYRA 1H41A 4WSJA 3ZJKA 3ZT7A 2CBUA 4M81A 2WCSA 1PPIA 1W9PA 2CCRA 3HU7A 2W92A 4DUWA 1XYFA 4F9JA 4AD0A 3GXDA 2UY5A 1EO7A 3BSGA 1ISWA 3CO4A 2YA2A 4AIUA 3BMVA 5I0DA 1ZB5A 2W67A 4ATLA 3MMWA 1C8XA 1PJ9A 3NDYA 1EHNA 2D3NA 1J9YA 4MDOA 2DEPA 3M07A 1UQZA 2VCCA 3E1F1 5BWFA 1Q6GA 3W82A 2DH3A 1W1PA 1U33A 1C90A 1XSKA 4EAMA 4ML4A 4RL3A 3VX1A 3MV11 2V3DA 2DIEA 2G4FA 1MVYA 4CD4A 4U2YA 2XYLA 4MAVA 4MDPA 3OZPA 2O9RA 4DWSD 1A47A 3RCNA 2J7GA 3VVGA 1C8QA 1JG9A 3IJ8A 3O9NA 1GQJA 2BXZA 4LYQA 4ACZB 3ARXA 3PTQA 1W1VA 2CIPA 4GQQA 4XZBA 1DWGM 4PCSA 2D3LA 3N9KA 1E3XA 2VZVA 2DSWA 1KWKA 3AHXA 3AIRA 4MTVA 4JFUA 2YLAA 2W61A 3WSUA 2VRKA 1B0IA 3AQUA 1JYWA 3RDKA 2VT0A 8A3HA 1JAEA 1GHSA 1GJUA 3SCVA 2C8NA 3WQ8A 1OWQA 4HMDA 4PMRA 4UCFA 1XSIA 1FHLA 1US3A 1W9DM 3EDKA 4RE2A 4P7LA 4MNLA 1H1NA 1GOOA 3CBWA 4MADA 2BY1A 4UZUA 2XHYA 1D3CA 2XVGA 3NYDA 2YL6A 3VIJA 2VTFA 4U33A 4WSKA 1G01A 2E8YA 2V3EA 4GI6A 4Y7EA 2PWEA 4TTGA 4AZ7A 2A3BA 2WMIB 1HX0A 1TZ7A 2E9MA 5I78A 1BLIA 2X2YA 1MXGA 4RE4A 3M7SA 2NSXA 5I2UA 3SCPA 2DSKA 3OGSA 2OYKA 1E0VA 2W91A 2WBGA 5A6SA 3EDJA 5A6MA 1HKKA 3WNMA 4PCTA 5CPQA 5CG0A 2VX4A 1UKQA 4AISA 1JIBA 4CD5A 4D6FA 5E6ZA 2EPKX 1OGBA 2D24A 4PUDA 1E3ZA 1E70M 4AY1A 2ZXQA 3WMCA 4D1JA 4R27A 4D1IA 4LPCA 4M8UA 2VO5A 3ZJ7A 4PMZA 5A6BA 2OSWA 4A3HA 3U5UA 3SCWA 3L4TA 5D9NA 4J3SA 3F4VA 3T08A 2HVMA 1W9UA 4M24A 4DM1A 1VF8A 1E0WA 4HMEA 3FNDA 4U3AA 4Z2LA 2C0HA 2VVNA 3RM8A 3AS0A 3W29A 4ZEPA 2WZHA 4UQAA 5FCZA 2XIIA 3GXFA 1BG9A 1UD8A 3CHFA 2J7HA 3L4WA 9CGTA 1GQIA 3WQ5A 4W5ZA 4OKDA 1B3XA 4UFIA 2WAGA 3DYPA 4L4OA 1UOKA 4X0NA 1ZU8A 2XVNA 3CPUA 1P6WA 1BAGA 1UHVA 3CIVA 3U7VA 2VC9A 4LYPA 1EH9A 2ZXAA 2O9TA 3D5HA 1K6AA 4DWSC 4ATWA 1G5AA 1QBAA 5A6KA 2GJXA 5HDRA 4YHGA 4AD3A 3ARZA 1UR1A 3G6LA 2PI6A 2J25A 2WMHA 4P7OA 1M04A 2ZWYA 3WF0A 4AIEA 4AC1X 1ZBCA 1BYAA 4B16A 2XVKA 3AMCA 1JL8A 1U30A 3L4ZA 4L4PA 1NARA 2WXDM 1W2VA 4QFUA 4M1RA 1E40A 4J3TA 1QPKA 2UY3A 1LL4A 4GPNA 3VINA 3RO8A 2AMGA 3T0DA 4ATDA 4AZBA 4JHZA 1FFQA 4XV0A 1B3ZA 4EE9A 1CWYA 1CXEA 2J47A 4C7FA 1PBGA 4JCLA 2YL5A 2J78A 1E1FA 3QGVA 2XWDA 1KGUA 2CEQA 2FH8A 2O92A 1NWUA 2JIWA 1VFOA 5A6BD 1GQLA 1HT6A 3NSMA 3VGGA 1CIUA 4MNMA 1JYNA 3CUGA 4P7NA 4Q7NA 1V3MA 5CPSA 2WCGA 3VGFA 3CLWA 1FFRA 1KXVA 4JHOA 1KGXA 1QI0A 4MJ2A 1X6NA 4KMQA 3AZTA 1O7AA 1B30A 2VNCA 1PIFA 1WP6A 4QAWA 2DH2A 1E5JA 4HTYA 3WIJA 5FIPA 5BXPA 3MUAA 5A8PA 2QLYA 4H41A 3HMCA 2IUZA 4JIEA 1HIZA 4MB3A 2FGZA 1AMYA 5JBEA 1J12A 4TUFA 4BZYA 3W24A 2EPMX 3NCOA 1XCXA 1E15A 4EK7A 1E4NA 1QHOA 2UWFA 4PEEA 5I3DA 2WNWA 3ZOAA 2WW5A 3GBEA 1C91A 5A8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UH2 A;  3NJ3 A;  5C71 A;  2GSJ A;  2QV4 A;  3UEQ A;  2W4X A;  1XCW A;  4PSR A;  5EB8 A;  2AOS A;  2F8Q A;  1CGY A;  2VZO A;  5A95 A;  2XM2 A;  2FH6 A;  4TX8 A;  5M03 A;  2ZE0 A;  1FHD A;  1FOB A;  2J7D A;  3W38 A;  1V0L A;  1QNS A;  1E4I A;  3SCR A;  1Q6C A;  3OGV A;  1HJX A;  2Y8V A;  2A3A A;  3LPG A;  5CZK A;  4HP5 A;  1TCM A;  1JZ6 A;  1DWH M;  2D1Z A;  2E4T A;  3N17 A;  1IV8 A;  2YOC A;  3LPO A;  1GOQ A;  4V2X A;  1CZ1 A;  1FA2 A;  4PMO A;  2WZE A;  3L4V A;  3WEO A;  4HZ7 A;  1G9H A;  1MWO A;  3WEN A;  2BV9 A;  3ARS A;  1GOI A;  5IFP A;  3II1 A;  3F5L A;  4DUX A;  5CLW A;  2PBG A;  2EJ1 A;  3HJE A;  4CU6 A;  3U57 A;  1KCK A;  1J18 A;  5AC4 A;  4OZO A;  1WCG A;  1GQK A;  1DED A;  1CNV A;  2J77 A;  2YDR A;  4ZEN A;  4B9Z A;  1UR0 A;  1R86 A;  1CGT A;  1SMA A;  4BS0 A;  4Z2H A;  2WM0 A;  1HJQ A;  1W3L A;  1SMD A;  4MB4 A;  1JZ5 A;  4E8D A;  3WY1 A;  3CTT A;  3BAK A;  4CU8 A;  1HF6 A;  3FY1 A;  1DWI M;  1H0G A;  4C7G A;  2XUC A;  2ESC A;  1OIF A;  3CZJ A;  1CGW A;  4ZXL A;  2VUY A;  2OWC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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