1JRC | Genus

Total Genus 115

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	311
structure length	311
Chain Sequence	MLNTTFANAKFANPFMNASGVHCMTIEDLEELKASQAGAYITKSSTLEKREGNPLPRYVDLELGSIASMGLPNLGFDYYLDYVLKNQKENAQEGPIFFSIAGMSAAENIAMLKKIQESDFSGITELNLSCPNVPGKPQLAYDFEATEKLLKEVFTFFTKPLGVKLPPYFDLVHFDIMAEILNQFPLTYVNSVNSIGNGLFIDPEAESVVIKPKDGFGGIGGAYIKPTALANVRAFYTRLKPEIQIIGTGGIETGQDAFEHLLCGATMLQIGTALHKEGPAIFDRIIKELEEIMNQKGYQSIADFHGKLKSL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Lactococcus lactis dihydroorotate dehydrogenase A mutants reveal important facets of the enzymatic function pubmed doi rcsb
molecule keywords	dihydroorotate dehydrogenase A
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Lactococcus lactis
total genus	115
structure length	311
sequence length	311
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 1.3.98.1: Dihydroorotate oxidase (fumarate).
pdb deposition date	2001-08-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.30.26.10	Mainly Beta	Roll	Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2	Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2	1jrcA02
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1jrcA01

1XCFA 5I3KA 2Y88A 2E6FA 4CCDA 2YXGA 2VFEA 3OEXA 4JIQA 4MIMA 2ZZ7A 1D9EA 3O05A 2VFHA 2A2IA 4QQ3A 2ISWA 3GVGA 2J88A 4X3ZA 2PRHA 3VKJA 4XBSA 7TIMA 4N4PA 2VFGA 3GNDA 2CFFA 5F4SA 3M9YA 4XKYB 4IJBA 4IMEA 4IXXA 4ICNA 3IIPA 2ISSA 2W6RA 1MEIA 3SSJA 4QM1A 1PVNA 3QMTA 1C8VA 3BW3A 4BR1A 5K9DA 3VE9A 1GEQA 2E6YA 4XZ9A 3M16A 4KFPA 1W5NA 3PVFA 4CQ8A 2V2HA 1K02A 4FX7A 3T40A 4HNUA 5C2XA 4K8HA 3CIXA 4FX6M 2I9EA 1QCWA 4CLMA 1OJXA 2W0UA 4UTMA 3W84A 4DO5A 2FDSA 1X1OA 2DZUA 4UFIA 1TPFA 5K4XA 1G7UA 5AYZA 1T8XA 5F2LA 1JRCA 1YLVA 4JTUA 4FXSA 1C29A 1FQ0A 1IXQA 3QSRA 3P67A 4R33A 3DAQA 3N34A 3LXBA 5AOUA 4DF1A 2V0TA 3STCA 2QDHA 3QZEA 1OFDA 3CM4A 3LCGA 1EUAA 2E5DA 3IGSA 1OYCA 2A7PA 3G3DA 1H7RA 5L6UA 3MJYA 4H6KA 1WBJA 3NVTA 3W7KA 3W7GA 2WQPA 3LBMA 4GRSA 2QF7A 5HMSA 3S1WA 4MJZA 2ZRVA 1TIMA 3LDVA 3CB8A 3GB6A 2GQ8A 1S5TA 3HG4A 1W31A 3EXSA 5FEXA 1HG3A 4EVZA 2QR6A 4GUIA 4PA8A 3EWBX 2NUYA 3TNOA 5LHFA 3B03A 2QKFA 3FKRA 3VNDA 1AW5A 4FEZA 1JUBA 4AWTA 5CZJA 4PODA 1KM4A 3ABRA 4I7VA 2O7QA 3E02A 3SGZA 1T0OA 3MHFA 3UD6A 3PM6A 2Z1BA 4NJGA 1RR2A 3LCHA 2WSRA 3GKFA 3UQNA 3W1RA 2YZRA 4JTFA 3EX2A 2ZCGA 1J4EA 1L2UA 3QPYA 2QUTA 2ATSA 1PHQA 1P0KA 2PURA 3V1PA 5CSSA 1NF0A 4CNPA 4NVTA 2WSYA 1I4NA 3F4WA 3QEZA 4ONVA 4LW7A 2C16A 2J24A 3PUOA 2X2GA 1IXNA 2VXNA 3WK1A 4UTTA 2V9DA 1Q45A 3DFNA 4K37A 5CPOA 5CG7A 4ZQNA 3R89A 3TSMA 4WXYA 3G1VA 5AHEA 4PCFA 2ABBA 4MY1A 4N9BA 4DBEA 1H7NA 1RQHA 2B4GA 5KZMA 2J9YA 4UIOA 2V30A 5D03A 1VHCA 1OX4A 2YPIA 4M6PA 3BPWA 2Y70A 1K7EA 4M5PA 3KRSA 1JQVA 3YPIA 5BMXA 3M5VA 3GXPA 3KX6A 1QWGA 1R2RA 4U4MA 3E0IA 1Z41A 4IX2A 1ZY9A 4ADTA 4LU0A 4HNVA 4FNQA 3S5OA 4P2VA 2H6RA 1ME7A 4BFAA 1VGAA 1KM2A 3LV5A 4JTTA 3F03K 5ABTA 1TV8A 3CEUA 5KTLA 2A4AA 1M7PA 1OVDA 1LLWA 2GJNA 5G2WA 2J9ZA 4MYAA 3UPBA 4O50A 1JR1A 2GUUA 2VEIA 1JRBA 4ZQRA 4KKXA 1V7YA 3LTPA 5HULA 2QCCA 3LHUA 1O5XA 4QNEA 3EKLA 1AW1A 1FWSA 1F7BA 2C1HA 3TXZA 1L6YA 1NF7A 3W1PA 1KM3A 1GZGA 1ICPA 1R46A 3NL3A 4MYXA 3M43A 5CKSA 1VR6A 2OX1A 1GVFA 1B4EA 3L21A 4YMZA 1YXDA 1VJIA 1G7VA 1LBMA 5J5RA 3QW4B 2NXHA 4MLRA 3T7VA 4PFMA 5GVJA 1YTEA 2WKJA 3UWUA 3MHGA 1QOQA 4CQAA 3HO8A 3IIXA 3NQ7A 1XUZA 3THQA 3QMSA 1UBSA 1H7PA 3L0GA 1DBTA 2OMAA 4OBTA 4PC8A 5D30A 4P61A 3TROA 3NL5A 3TQ0A 1GT8A 1OK4A 3FIGA 3K30A 4MZYA 3V75A 3OG3A 3HGRA 2YW3A 3HGOA 3GDKA 1UASA 1VQTA 2J27A 3QFEA 1KM6A 2DZVA 3HPSA 1TPEA 5AHIA 3GDMA 1YDOA 5G4EA 4UTJA 4BI7A 3MI3A 3IGUA 3C4UA 3LM7A 1KTCA 3PBYA 2Z2UA 1L9WA 3F4NA 4LS2A 1SUXA 3DFQA 3FYPA 1KW1A 4UCGA 4O0ZA 4O28A 2WNNA 3HIJA 5FF4A 4Q32A 4PL2A 2ZZ4A 3W76A 4IPIA 2Q3RA 3TSBA 3M5YA 5K4ZA 1JCXA 3NYZA 3PBVA 1XC4A 2Y7GA 4QITA 3WK0A 2DZXA 4WJEA 4MFDA 5BRBA 3LHWA 2RFGA 3B05A 2Y62A 3GAKA 4MY9A 3O6DA 2V5BA 3NOEA 3EEGA 1TPVA 1GTEA 2FJKA 1LRTA 1FWWA 5CZTA 1K8XA 3LCIA 3MP4A 2I1OA 3N2XA 4EF9A 4R34A 2FPYA 1JULA 5LGZA 3ANYA 2PE4A 1U83A 1KLZA 3PSWA 4MVAA 4O15A 2BWGA 4CCEA 1Q6LA 3LTSA 3W85A 3NQFA 1AK5A 3TAOA 2A21A 5AN7A 1KV5A 3P74A 2J6XA 1FCQA 5CSRA 2I14A 4LT9A 1F74A 4ORIA 1IIGA 5DCEA 1LORA 4O1AA 1RZMA 4N9DA 4CCCA 4LWWA 5D33A 2YGYA 3KFTA 2Y7EA 1GWJA 1FCVA 3LCLA 1WYIA 2E68A 2JBMA 1IF2A 1VPXA 2X30A 3NPUA 3PB2A 1A5CA 3SY5A 4GJ1A 1KFCA 4JTKA 3LHTA 5HWNA 1VLIA 3PS7A 2YFNA 1K03A 1I8JA 3MI2A 2RHGA 3TIMA 3M0ZA 3W7NA 2WO5A 2ISVA 4JX5A 1OFAA 4AHPA 4S1FA 2XFWA 5U4NA 3B0PA 5LNSA 1Z42A 4O8RA 1FWNA 4NJJA 3DH7A 4O1BA 1W3TA 3I68A 1B9BA 4LUJA 3NG3A 3L5LA 4DQWA 3NEVA 3S42A 2NUWA 4JDBA 5DXXA 3W23A 4DO6A 1L6WA 4IPJA 1FDJA 4I7UA 4FIRA 4MOZA 3L67A 4OV9A 2DZTA 1SW3A 4YXGA 5AYYA 3RK8A 4MY8A 1SO3A 1JCMP 1QMLA 3C8FA 4NUWA 1LOSA 3BGJA 1OFPA 4WD0A 3UPWA 2H8XA 4IMFA 4JXCA 4WUIA 4IXHA 1EPXA 4A21A 1UJPA 3EWXA 2GQAA 5G1TA 3TK7A 4X9SA 3SI9A 3U6WA 1KBIA 1BKSA 2FB2A 3NAVA 3BARA 2G95A 3A5VA 1SPQA 3PR2A 5C5YA 4O53A 4JY8A 2QAPA 3CWNA 2CZFA 3M1ZA 5I3GA 1Q6OA 1T96A 3N14A 1Q6QA 1EX5A 3NQMA 4GNJA 4RXFA 1UUOA 5EMUA 3OVRA 3ABSA 4D2JA 4Z1DA 3Q58A 5TQLA 1XM3A 3HG3A 3Q2DA 1NEYA 4FXRA 2ZRUA 4I7WA 3UWZA 4AVFA 3EWYA 3QJAA 3RLVA 3BG9A 1ZAHA 4NX5A 4LTSA 3LHZA 4JYFA 5KZEA 1LRNA 1X8FA 3PF3A 4JDYA 5F1UA 3L0KA 1KBJA 3LBCA 5HR6A 2XN2A 5BOOA 5I3HA 3UZJA 1MO0A 1TPUA 4WOZA 2Q8ZA 3W1LA 1S5VA 3W6YA 3IRDA 4XKYA 2JKPA 3CEPA 3FJ6A 3TW7A 1H1ZA 1LCOA 1DVJA 3HJZA 2Y89A 1J5TA 3NDOA 4NJHA 3BLFA 4UFJA 5AHLA 1GPWA 3FS2A 4AWUA 1DL3A 2QCDB 1WA3A 4AH7A 1QPNA 3P61A 4XUGA 3BV4A 3WJYA 1YDNA 5SWUA 2A1YA 3W7IA 4N9CA 3W71A 1VC4A 4O52A 4KWWA 4CNNA 4EOUA 3B8DA 3GDTA 3L65A 4IOTA 1QPRA 2E6DA 1EEPA 2GOUA 4ZQPA 3R13A 3N19B 2QCEA 4HSNA 2FPVA 3SGUA 1H51A 2B7NA 3ABOA 2VC6A 3FYOA 4UFKA 4DBDA 1XUUA 3KVLA 4E2BA 2B0MA 1FXPA 4NJIA 1DORA 4L4MA 4BWLA 3R8RA 4FF7A 3PULA 1BEUA 3TW6A 3R12A 5I3IA 4DEFA 5U7SA 4ZL1A 3CQ0A 3LCFA 4ZMGA 3WFAA 1QPOA 1SR9A 4LV9A 4LS1A 2CLKA 4K7VA 3E49A 3TA6A 2GJLA 3ABQA 2DZWA 4AWSA 2EF9A 4HN4A 2ZQ0A 4QSHA 1X7FA 2A6LA 3UY7A 2GQ9A 2WV8A 5A8GA 1H50A 1JUKA 3O6CA 2LLEA 3W1NA 3EWZA 1H7WA 1PV8A 2ZA3A 1SSDA 5E0KA 4QISA 1FX6A 4XTIA 3G18A 2C14A 1LBFA 2QJGA 5CZ0A 3RFAA 3EB2A 3TU9A 2Z0IA 1GVSA 3LX9A 1TJPA 2NV1A 2YDAA 3IGXA 4UNLA 1SO6A 4RZ4A 2E5BA 2FTPA 3LHVA 1EA0A 2EAWA 5LNUA 5AC8A 1XBVA 4NZJA 3LTYA 1WQ5A 2ZZ6A 1KFBA 1G4PA 1UB3A 4LOCA 3MUXA 2QCLA 2RDTA 3ATYA 4UFMA 3O16A 4AB4A 3G1SA 1W0MA 2CZEA 4RX0A 3U2OA 1W8SA 3W1QA 1F6KA 2FFCA 3T55A 4QAIA 3A23A 2Q3OA 4O4VA 2WOQA 3W1XA 1MXSA 3EX3A 3EX4A 2UV8G 3UZ5A 1VCGA 1LM1A 4UFLA 2FLIA 2H90A 5E93A 5G5IA 3UWYA 3DZ1A 3Q94A 2GPTA 2G5WA 3W7OA 3W7MA 1PIIA 5FESA 4QJ1A 3KRZA 3W9ZA 1F76A 3L5MA 5K3VA 1S3HA 3DGRA 3LLDA 3Q37A 2VOMA 5IM51 3AJXA 1KLYA 4LVBA 4N6FA 4JTJA 1NFBA 2FQIA 3W22A 4NZFA 3PAJA 2DORA 1HFBA 5FI8A 1H62A 4WY0F 1G6CA 1QOPA 3OA3A 3L5AA 3CWOX 3T44A 1J2WA 3OIXA 4ZQOA 2ZZ1A 2ZZ2A 3HG2A 3ATZA 3JRKA 2X1RA 5E1QA 4A2SA 2ZDRA 4A29A 5KSWA 1TJRA 3W73A 4E2DA 3W07A 2HS8A 1N7KA 5LSMA 4BI6A 1LTDA 3M5ZA 3P62A 5DCDA 1SO4A 4AAJA 4JN6A 3P60A 2NX9A 2O7SA 3STFA 3C2OA 4GUJA 4OQVA 3TDFA 2NLIA 4IMDA 4POCA 5F4WA 1T99A 1KFEA 3H53A 3S5NA 4NT0A 3W1UA 1D3HA 2WNQA 1W56A 4LRSA 3FA5A 4AMAA 2B7QA 2CLFA 4Q4KA 1PS9A 3CT7A 3DHFA 3B0VC 2E77A 2RDUA 1HL2A 2CLOA 2ZTKA 3KOFA 3S8HA 4A2RA 3GLCA 2PC4A 5DN1A 3IVTA 4MUZA 1PE1A 4GBUA 1OABA 1H1YA 1SO5A 3QSTA 1H60A 3W7QA 4K38A 1ZAJA 2ZYFA 1F6PA 3C0JA 3IIOA 4JR5A 4TX9A 4IGHA 3UXDA 4OV4A 5AYXA 5IBXC 3O07A 4ZZ9A 1X1ZA 3O06A 3W2LA 5D2XA 1PL9A 3M41A 4Y96A 3QW3A 2VEKA 1KV8A 4BF9A 1R47A 2VFDA 1K8ZA 3P5ZA 3TFCA 4OHQA 5KITA 3G8RA 2V81A 5D2WA 3HGJA 2EGZA 2ABAA 4Y6GA 3LHYA 4H4IA 5K9CA 5D05A 3H55A 4O13A 1M6JA 3C3NA 5TBOA 3W2KA 4LVFA 2EKCA 1TPWA 4JIPA 2EPHA 1I2QA 1JQXA 3W86A 1P1XA 2E5CA 1G4TA 1OF6A 4H3DA 3BGGA 3TFXA 2NX1A 1TV5A 3TCEA 3HG5A 3KVJA 3O63A 3L2IA 3BG5A 3MHUA 2GVJA 5AFDA 3TQVA 4UC5A 3FJLA 3KAOA 2Z6IA 1HUVA 3G1DA 1PHWA 3GYEA 1VYSX 3DI0A 3RNDA 3B04A 2DP3A 3C2VA 4Z1CA 1KTNA 2V2CA 1K7XA 1ICSA 1OX5A 2HTMA 1ZALA 2ZZ5A 4WY0A 4RJEA 1MEWA 2YYUA 1OFQA 1K7FA 3NNTA 5G4WA 5LNRA 1YADA 2Y7FA 5HINA 1U5JA 4YLWA 1XI3A 1F5ZA 2CU0A 1KM1A 4LV4A 1XBZA 3M47A 2BZNA 2DZPA 4Y90A 4AXKA 2P10A 4LC6A 3MBFA 1TO3A 1TRDA 1EUNA 3IVUA 1O60A 3W7JA 2BX7A 4GUHA 3NZRA 2YX0A 3UY8A 2IQTA 5C6MA 4MZ1A 3MP5A 3RF9A 1R2TA 3D0CA 3P5YA 3TJLA 1D3GA 4JTSA 1W3IA 1H61A 4LS0A 1DOSA 3A22A 1ZFJA 3EKZA 3NQ8A 1W3NA 3HOJA 4XBKA 4ADUA 2VEPA 2JGYA 2AQWA 4UUIA 3TXVA 1FCBA 4JTIA 4OU1A 2R94A 3W83A 1ALDA 1TPDA 4R7JA 2EHHA 5AHNA 3E12A 4UMCA 3NQEA 4WY0B 3NA8A 1ONRA 4JYEA 1CX9A 2BSLA 1OF8A 2C19A 4XWUA 2YCEA 4JTLA 2OZ0A 3BG3A 1TTJA 3NXFA 3C61A 1V5XA 5BMWA 1ZHAA 1EWDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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