1JUL | Genus

Total Genus 95

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	PRYLKGWLKDVVQLSLRRPSFRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKSPSGLDVERDPIEYSKFMERYAVGLSILTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMKDFIVKESQIDDAYNLGADTVLLIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIEINDENDLDIALRIGARFIGINSRDLETLEINKENQRKLISMIPSNVVKVAESGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKEFIL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__685512733806972__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__685512733806972__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1JUL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__685512733806972__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"685512733806972","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1JUL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__685512733806972__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb678e16189a02f7c99f3b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb678e16189a02f7c99f3b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb678e16189a02f7c99f3b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb678e16189a02f7c99f3b/pdb.gz): 68 ms

reading 247 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

247 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 41 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:246});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Sulfolobus solfataricus
publication title	The crystal structure of indole-3-glycerol phosphate synthase from the hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus in three different crystal forms: effects of ionic strength. pubmed doi rcsb
molecule keywords	INDOLE-3-GLYCEROL PHOSPHATE SYNTHASE
total genus	95
structure length	247
sequence length	247
ec nomenclature	ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	1996-05-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00218	IGPS	Indole-3-glycerol phosphate synthase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1julA00

4ZVJA 1P0NA 1OFDA 2OZ0A 3F1QA 3S5YA 1VGAA 1QPRA 3Q58A 1H7OA 2DZVA 3W1TA 3V75A 1GZGA 3EWWA 3B8DA 3GXTA 1TTIA 2R94A 3NQFA 5C2XA 2YDAA 1X7FA 2C13A 3OVPA 3GYEA 2DJXA 4JS3A 2ZZ6A 3NAVA 3IV3A 5C5YA 4JICA 3A21A 1NFBA 1ZAHA 1R2RA 3O8AA 3JR2A 3P60A 1LTDA 3DFTA 5KITA 5U7SA 5FF4A 3GR8A 3KRSA 4LVDA 1YXYA 3SI9A 4IMGA 3DZ1A 3LI1A 2PRLA 1SO4A 4NT0A 5EY5A 3NQMA 3TAOA 1KV8A 4O19A 2YYTA 2NWRA 1SW3A 3RU6A 2Y7FA 5I3HA 1C29A 1TSIA 3IVUA 4R7JA 1JVNA 1KFBA 1IGSA 2YFNA 2NLIA 3TXZA 1WYIA 1W3TA 3G1VA 3M44A 4JTGA 5L9FA 1R2SA 2A7NA 2AQWA 1NEYA 3YPIA 3DFNA 3O16A 3KAOA 2V30A 1I2PA 3VKJA 4YCPA 1TJPA 3W2NA 1GPWA 1TPWA 3GKAA 1DHPA 3QQ0A 3DENA 3SW6A 2ZA2A 3C3NA 5AB3A 3A5FA 3A24A 3EX2A 3BGJA 5EKYA 1O5KA 1BWKA 1R30A 3BO9A 4FNTA 5CZJA 3N73A 2PRMA 5HNRA 4X2RA 4K7YA 1DVJA 3NQEA 3LCLA 3U2OA 2P0OA 2B7PA 2ABAA 1MEWA 4S1FA 1TPVA 4LVFA 3NQDA 3CLMA 2ATMA 1YADA 3KVJA 1OYAA 2GOUA 4QSHA 6ALDA 3P62A 4LC8A 1TO3A 1TYGA 2H3DA 4UTLA 4LVAA 5KTLA 4C1LA 4FIQA 4ZZ9A 3L9CA 5EL1A 8TIMA 1ZNNA 4HNUA 3MI2A 2X1SA 3DFSA 3L5AA 4EF9A 1W5OA 4NXKA 3EXSA 3U6WA 1G4PA 2WSYA 3DFQA 4JDBA 1V5XA 4FX7A 4OV9A 1LROA 2FPYA 1DJQA 1QCWA 1TTJA 3L0KA 5FESA 3QZEA 2A85A 2QCCA 4GUHA 1KTBA 5HUOA 1SFJA 5AHNA 4M7SA 3PSWA 5E0KA 1EB3A 2V2CA 3W73A 1AW2A 3B0VC 1DORA 5TQLA 3OA3A 1LOLA 4JTSA 4K8EA 1L6YA 4N9CA 1EP2A 2GJNA 1WA3A 3OEXA 1TREA 2QJIA 3M16A 4CCDA 2VKZG 1Z42A 3UPBA 3R13A 1R47A 1T8XA 4QNWA 5CZSA 4Y96A 4O0KA 1ZFJA 4XTDA 2DJLA 1XXXA 5I3IA 4OQVA 5G1TA 2FTPA 1RVGA 3HIJA 2Y89A 1XDMA 4JX6A 1W3NA 3HG2A 3HPZA 3NGJA 2NX3A 3UWZA 3EXTA 1OFPA 3RLVA 1H50A 1J5TA 3L0GA 2I9EA 4K37A 3BG5A 1G69A 2P10A 4CQ9A 5IM51 1QO5A 3TA6A 3NQ8A 1IXNA 2QJHA 4WJEA 2LLEA 1FBAA 2ZZ5A 1MXSA 1OFOA 4I9AA 3TMQA 2ZZ1A 2E09A 4NNAA 3B04A 2RDWA 1BEUA 4AHPA 1K8XA 5E1QA 3TSMA 4RK8A 5EBUA 1LM1A 4N2YA 3M0ZA 5AC8A 2XN0A 1OYCA 1XKYA 3EXRA 1P0KA 2WNNA 5DY3A 2B7QA 4O10A 3FFSA 4ZMGA 1YLVA 3ZWSA 2RDTA 3O63A 1OX4B 4MY9A 1VYSX 3G1YA 4XBSA 1SSGA 3LBCA 3TNOA 3QMRA 3PVFA 3BLFA 5LHFA 3MI3A 2C15A 3HMJG 2EHHA 1NF7A 5DCDA 4M6PA 4NJKA 2JKAA 1MEIA 3WJWA 2CU0A 2NUYA 2GVJA 3PBYA 1KBIA 5K9CA 3FJLA 3M5XA 1VLWA 4FEZA 1LZOA 3V1PA 1OYBA 2X1RA 5CKSA 2O7QA 1S5WA 2A6LA 5T26A 3TIMA 3EWYA 4JTUA 4UTMA 4AEOA 2ALDA 5C6MA 1KBJA 3E49A 5DCEA 1CW2A 2ZRXA 4ADSA 3G24A 3S0CA 1W5NA 3UWVA 4O53A 1W5QA 3DFPA 4JR5A 1HL2A 1ZAJA 1GG1A 3LRLA 3MO7A 2OX1A 4X22A 1DQWA 4UFIA 5C55A 1G7VA 4QISA 4PC8A 2QCLA 3GLCA 4OWGA 5K4ZA 3T55A 2OT0A 3W75A 1JULA 1SU5A 1IIHA 2W6RA 4N9BA 4BWLA 1NSJA 3W88A 2VFIA 1H1ZA 3L2IA 3LHVA 3NPUA 1OFAA 1VQTA 1UUMA 3ZS4A 1RR2A 1IF2A 3ABRA 3ANYA 4AXKA 2G97A 1WDWA 3O05A 4HIBA 3AO0A 1TCDA 2BX7A 3QF0A 4PCFA 5G2IA 4UTWC 4IUOA 1AL8A 5TIMA 4JYEA 3I7SA 1VC4A 1F6KA 2H3BA 5J5RA 1F74A 2X1UA 4RZ4A 5LZLA 1GTHA 1W1ZA 5F4XA 1QOQA 3LTPA 3CEUA 4IPIA 3KXQA 3T4CA 3NL3A 2TMDA 5AYYA 2CLHA 2ZYFA 1KFKA 3BW4A 4A2SA 2V2HA 5AOUA 2VFHA 2DZPA 4LV4A 5IBXA 1T99A 3G0XA 2CLOA 3DFOA 3LHWA 5FEXA 3EX1A 4MYXA 3KVKA 4ORMA 2B7OA 1KFEA 1DL3A 2DZXA 4N9EA 2HSAA 1FCVA 4HHPA 3TR2A 3UWQA 3QC3A 3KRZA 5MHBA 3C2VA 4Z1DA 3WJZA 1IXPA 3NG3A 4LC6A 2GQ8A 4RZ6A 4PODA 4ONVA 1EUNA 3ABSA 1QMLA 4U4MA 2V5LA 1B57A 4K7VA 3T40A 5K3VA 2J24A 1W5MA 3HG3A 3DU0A 3BGGA 1N55A 2R8WA 3N19B 3M47A 1YPFA 4JTTA 1TV5A 1TQJA 1JCNA 3OBKA 5CZ0A 3DH7A 5CSSA 3P81A 1I8JA 4CQAA 3RLUA 3LHTA 1FCQA 5K4XA 2DZSA 3S5NA 1SZNA 1R46A 4FIRA 5FF0A 1TTPA 3GR7A 4ZL1A 4FXRA 5KINA 1AK5A 1NAL1 1GYLA 3G18A 1KM0A 1LBLA 4GUFA 4HPJA 3INPA 2ABBA 4RXGA 5E93A 4A21A 5AC7A 1THFD 2YPIA 3PB0A 3LHUA 3KHJA 3QPZA 1ZY9A 4I7UA 3E02A 1EA0A 3LX9A 4PTNA 2BZNA 4IPJA 3F03K 5FI8A 5J5DA 1W31A 2Y7GA 1RZMA 3DI0A 2FLIA 4I7WA 1GVOA 1H7XA 4QAIA 4O18A 4LRTA 4XKYB 1EUAA 3W2LA 5DXXA 2ZTJA 2NXGA 3MHUA 1VCVA 4IX2A 3LHZA 4IXXA 5EA9A 4O1DA 4DF2A 4AWTA 4AHOA 3BARA 1I2NA 3M5ZA 3BLEA 3ZWTA 3W83A 2CZEA 2ZZ7A 3W7OA 4DEFA 4L4LA 2QDHA 3HOJA 3KRUA 1SW7A 5LNRA 3EX3A 3LGEA 3PG8A 4MZ8A 3LTSA 1DV7A 4K39A 3TK7A 2J9YA 3VNDA 5I3JA 3NDOA 4MZ1A 3IRDA 3P5YA 1I2OA 2QKFA 2ISVA 4H3DA 1A50A 1W54A 5LGXA 3ZFHA 1VHCA 5G2HA 3PS7A 1K3UA 5CG7A 3KX6A 3A9IA 3W7GA 3N3MA 3PG9A 4NJHA 3R12A 4JYDA 4NX0A 2JGYA 1U5JA 3G0UA 1F7BA 1KTNA 1RQHA 3AJXA 1XI3A 4Q33A 4TX9A 2DP3A 3W3OA 3TAKA 3C0JA 3G1SA 5CPLA 4AVFA 1WAUA 3HJZA 1EX5A 1XCFA 4IOTA 1RQEA 3W86A 1K7FA 2FB3A 3SGZA 4Y9AA 1ME9A 4PFMA 2FDSA 5D33A 5I3GA 3LCHA 3W9ZA 3IIXA 2GQ9A 2QDGA 4EOUA 2EKCA 3I65A 1L6WA 4MLRA 3B4UA 4MYAA 1OFRA 5D30A 2ZZ4A 2KZHA 2JKPA 1UCWA 3IIVA 3EEGA 4TU1A 4JYFA 3QM3A 4ZQNA 1G7UA 3FKKA 2DU2A 3DKJA 1TPDA 2GVGA 4FNPA 1MZHA 2QCGA 2QUVA 3BG3A 3NOEA 1F73A 1HG3A 2JBMA 2OCZA 4UXDA 1QWGA 3MBDA 4NJJA 2GVLA 1GVRA 1W0MA 5EYWA 3UWUA 2NZLA 5CGQA 5FF7A 1JCYA 5D2TA 4L4MA 3DXIA 1CI1A 3MWAA 5FEWA 4JTHA 3LBMA 4N02A 3VCRA 1S5TA 3W1QA 3PB2A 4JTFA 4K6AA 1FWSA 3PUEA 3T78A 3UD6A 3W7JA 3QFEA 4LY8A 1L2UA 2C18A 3TW6A 3PBVA 5DBUA 4GUGA 2E5CA 3DBPA 2EF9A 3W23A 3THAA 2Z0IA 4MPQA 1PCWA 3MUXA 3R89A 1FWWA 3C61A 2Y7DA 2Z1BA 3TJXA 5K9DA 4JD4A 4GXMA 1SR9A 3UY7A 4KFNA 4O4VA 2J27A 3MI6A 1FCBA 1ICSA 3DHFA 4WQ6A 4TIMA 4YLWA 3TKFA 3GXNA 3W7QA 5FF3A 5F2GA 4ADTA 1L9WA 1OF6A 1WBJA 4ALDA 5A8GA 3TX9A 1UJPA 3FIGA 5BNKA 4IMEA 2V9DA 2E77A 1M7OA 4WZHA 3C52A 4M6VA 2CZDA 2AGKA 2Q8ZA 4B5NA 2YSWA 2BXVA 4FNRA 4LUJA 4UR8A 3TH6A 3CIWA 4O12A 4K8HA 1F6PA 3PAJA 1P5BA 4NNCA 1G4TA 4UTJA 3PULA 2EAWA 2YGYA 2HS8A 3QEZA 3W6YA 1YDOA 3VFLA 3OVQA 2VOMA 3ABQA 4UTTC 1QOPA 4DPPA 4MFDA 2J9ZA 5I3FA 1DBTA 3FKRA 5L6UA 3LV5A 1WV2A 4R33A 5AHFA 4NJIA 2DZWA 1VCGA 3P61A 4O52A 2WPBA 4GWEA 2WKJA 4LVBA 3LV6A 1UUOA 4OU1A 4MUZA 4O1BA 3LHYA 4X3ZA 4YL2A 4DQWA 5F1UA 5HUPA 3UNDA 1LLWA 2YFOA 1LLZA 4E0CA 3TFCA 1QO2A 1J2WA 2QUUA 1VCFA 1YXCA 2I14A 3QMSA 2X2GA 1LOQA 1KM1A 4C1KA 3L21A 1O4UA 5A5WA 3VE7A 3B03A 1EP1A 5HWMA 2NWSA 3W87A 3BK0A 4LTSA 2CLFA 5FF2A 3GAYA 1UB3A 4H4IA 1ME8A 3IEBA 3TJLA 5HQEA 3W2KA 1KTCA 4FO4A 1AL7A 5D02A 1AW1A 3HO8A 1SUXA 1KM6A 3A5VA 2YX0A 2V2DA 1XBVA 2F84A 3TQKA 1KM4A 2Z2UA 3C2RA 1HFBA 3LRKA 3B0UX 5D38A 1Z41A 3W1RA 1VRDA 3I7QA 1E51A 1M5WA 1OABA 5AFDA 3NPXA 2ZRVA 4OV4A 2QAPA 2WSRA 3W1LA 2HS6A 2WNZA 3MW7A 1LORA 4N6EA 2AAMA 3NQVA 3S42A 1SO5A 3STGA 4IWWA 3B0PA 3IIOA 5D32A 1TMHA 3MHFA 2Q3OA 3NL5A 1OF8A 3R8RA 5CPNA 5H91A 1RV8A 3Q94A 1G4EA 2Q8LA 3C8FA 1FWNA 5DN1A 4CNNA 3M9YA 2CFFA 3PWAA 1PL9A 1OFEA 4UNLA 1GT8A 2FFCA 2DZTA 4LNYA 4EVZA 1LP6A 3EWZA 1OHLA 4O8RA 2QEZA 2X30A 3SSJA 3CM4A 3HGOA 2Y6ZA 3RF9A 4UUIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4DO5 A;  4F0M A;  5EMU A;  3SCU A;  1QNS A;  2OSW A;  1EWD A;  1XYB A;  3HF3 A;  3T1G A;  2YLA A;  1QR7 A;  1Q6R A;  1PWL A;  1DIK A;  2NW0 A;  3L4T A;  1ZHA A;  3NL6 A;  2YCK X;  3E9A A;  5A8O A;  2VTF A;  3MMW A;  3UGR A;  4IFK A;  2R6O A;  1KB3 A;  3KLK A;  1YXD A;  4XO7 A;  2VEF A;  4O50 A;  4QGC A;  1A0D A;  1NWR A;  3N2B A;  4OBR A;  5D2V A;  1PEZ A;  3WL1 A;  4X0V A;  1JFH A;  4B3Z A;  4HT3 A;  1C9W A;  1EJU C;  4PRW A;  2WQP A;  3TML A;  1QAS A;  2FH8 A;  1AJ0 A;  4O14 A;  3W6M A;  3M0M A;  1MQQ A;  1W2V A;  1RBL A;  3W1X A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1JULA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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