1K8X | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	267
structure length	249
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__16538147850634__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__16538147850634__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1K8X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__16538147850634__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"16538147850634","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1K8X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__16538147850634__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	On the Role of AlphaThr183 in the Allosteric Regulation and Catalytic Mechanism of Tryptophan Synthase pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE, ALPHA PROTEIN
total genus	94
structure length	249
sequence length	267
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2001-10-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1k8xA00

2YYTA 2ABAA 4AWSA 3ZWTA 3PC0A 2A7RA 1JR1A 4JXCA 1WA3A 4QAIA 5AFDA 1KTNA 4P61A 2Y88A 2CW6A 3V1PA 3G24A 3O6YX 5C54A 4FX7A 1HO4A 4XZ9A 3STCA 3LI1A 3VE9A 3RF9A 3F03K 3PB2A 1GT8A 4WOQA 5CPMA 2A4AA 3THQA 5D38A 3VNDA 5D2VA 1GVRA 2E77A 1ICSA 2DZPA 5KINA 4FB7A 1QO5A 1ZALA 3O6DA 3BG5A 5AOUA 1HG3A 1X6UA 2PRMA 5FF7A 1H63A 5DN1A 1ALDA 3W83A 2VOMA 1VR6A 1XUUA 4U4MA 2QAFA 3UY7A 2PURA 4GUGA 4KFOA 2A7PA 3O16A 5DXXA 1WXJA 1XC4A 3PG9A 3P7YA 3Q37A 3C8FA 3W88A 3MI3A 3M5YA 3DZ1A 3NO5A 1NFBA 3LXAA 3B0UX 1QFEA 5HWNA 1Q6QA 2H90A 1W5QA 5F2MA 3UY8A 1H62A 1EEPA 1FWWA 4K38A 1WBHA 5K4XA 1WBJA 3M41A 3T7VA 4XKYB 1AW1A 5K2ZA 1O5XA 5H91A 1Z44A 3G0SA 1ZJIA 2ZRXA 1EX5A 2NXIA 3LCGA 3R89A 4Q32A 3LX9A 3MYPA 5I3IA 1SZNA 3LHTA 3LRLA 4JTKA 3G0UA 3SSJA 1TO3A 4FNPA 4HT3A 4JTTA 4LNYA 5BMXA 3M16A 3MO7A 1YYAA 1SSGA 1XDLA 3MBFA 4IX2A 3A9IA 4A2SA 1LBFA 3V75A 1EB3A 1TTPA 2X1SA 2Z2UA 3BVJA 3DFTA 3P84A 2X16A 3DI1A 4K6AA 5LNVA 3RLUA 1L9WA 1IIGA 4FHAA 4MZYA 2DJLA 3W7CA 4JX4A 3IVTA 4JGDA 3W2LA 4UTIA 2Z6IA 4QNWA 3G18A 3LTSA 3G1AA 1QAPA 2EPHA 3UWVA 4LS0A 3FYOA 3W07A 1X7FA 3CEUA 1H7OA 3FS2A 3C52A 4CCCA 2W0UA 4M7TA 4MZ1A 5FEZA 2ZRZA 3BW2A 3UD6A 4PCFA 4A22A 1JQVA 2QUTA 1NF7A 3KVKA 1GQNA 2RDWA 4LUJA 4TU1A 3G1VA 3PAJA 1P0KA 4QQ3A 2BLEA 1FXPA 3EWBX 2WV8A 3JR2A 3KHJA 1B4EA 4PL2A 2X2GA 3UWYA 3G0XA 4EF9A 5HWJA 2YR1A 1KM3A 3NNTA 2VFIA 2H3BA 4HSOA 3B03A 4D2JA 2CLEA 1VCFA 1SW3A 4NVTA 1PS9A 5FF3A 2B4GA 3PSVA 1GVOA 4NT0A 1MSSA 2QCCA 2QCNA 3NGJA 3G3MA 4NJJA 5F2LA 2B0MA 4HPXA 3C2FA 2ZZ1A 3L5AA 1YTDA 3G1HA 4UTWA 2NUYA 3IRDA 1GEQA 4OV9A 3TSMA 5DY3A 3UXAA 2V30A 3OVQA 3QPYA 4JTJA 4Z1AA 1DJNA 1B57A 5G4WA 3LLDA 3TFXA 2CZEA 4WXYA 4TMCA 2YW4A 5F4WA 2C6QA 1QCWA 5D32A 1W3IA 4Y9AA 4EF8A 2C15A 4X2RA 5TIMA 5U4NA 4ZQPA 3H55A 3WJZA 4JY9A 1FWSA 3EXSA 1H1ZA 4YCPA 3W9ZA 3GKAA 3OHIA 3LCIA 1O60A 4JDBA 3DAQA 3STEA 1A5AA 5F2GA 4C1KA 3B04A 4FNTA 5KZDA 3LHWA 3T40A 4LOCA 4TMBA 2GJLA 1EPXA 2JGYA 1GG0A 3IIOA 3GX9A 3P5ZA 5AHEA 5AYYA 1D3HA 2QCMA 3L66A 3LTPA 3WK3A 1O5KA 5HNRA 3W3OA 4OE7A 4UTTC 2WNZA 4Y96A 5CG7A 2V82A 2XN2A 3QSTA 4CCEA 5K4ZA 5AN7A 3CPRA 4UTKA 3BLIA 1LYXA 1FCVA 3LHUA 1DQWA 2FPTA 3BG3A 3RNDA 3NPWA 1GPWA 2YSWA 4LVAA 1MZHA 5C2XA 5AHIA 2V5BA 3EX3A 3GAKA 3F4NA 1DORA 3TX9A 3QPZA 3LM7A 1OYCA 3L9CA 1OHLA 2ZFAA 3P61A 5D09A 3I7QA 5FI8A 4NNAA 1F5ZA 5LHEA 5G1YA 4QITA 1SFLA 2JKPA 4ADUA 2W6RA 4AAJA 1AK5A 1LLZA 3IGSA 1AMKA 4DO4A 4IXXA 1KV5A 3NL6A 1JCYA 4MFEA 5CGQA 1K7FA 1JCLA 5HMSA 2VFGA 3TQVA 2CZFA 1TRIA 1MEIA 4GUJA 1I2QA 3NZ1A 3NQMA 4MY8A 4FNRA 3TCEA 5EBUA 4Z0JA 4NZFA 3LOTA 3TQ0A 2I14A 1VYRA 1X1ZA 3DU0A 3PBVA 1R46A 4Z1CA 3LCFA 4PODA 4XQ6A 3HIJA 3FLUA 4GRSA 3TJXA 1L6WA 2NWSA 4K7VA 3MYOA 4MIMA 5F2IA 2ZA2A 3UWZA 3FKRA 4M6PA 5J5DA 1GTHA 2FB2A 4EVZA 3S9YA 4X3ZA 5FESA 3M43A 4A21A 1RQEA 2OJPA 2RDTA 4CLMA 1KTCA 3U6WA 4LRTA 1DJQA 1FCQA 1KM4A 2OT0A 1WV2A 3MP5A 5L6UA 2LLEA 3DH7A 2NV2A 1OX6A 3ABQA 2WO5A 1S3HA 3LHYA 3USBA 3S5NA 1M7OA 1YPIA 4AEOA 1K02A 5BNKA 1HTIA 3NZRA 4DEFA 4N2YA 3R2GA 4UC5A 2J9YA 3IV3A 4NJGA 3F4WA 1AL8A 1KFBA 1BWKA 3UPWA 4BI7A 4K37A 2X1TA 4N4QA 3LCLA 3STGA 3CTLA 1Q6LA 4IMGA 3MMTA 4JICA 1XFBA 3TQKA 4N9DA 1VJIA 2GOUA 1GJPA 3OIXA 1VHNA 4ZQCA 2B7QA 1K8ZA 1YTEA 2ISSA 3IGUA 2FPVA 1TPDA 1G4EA 3PBWA 1ME8A 3KVJA 3C4UA 4NNBA 1C9DA 2QEZA 3GXPA 2FTPA 3L2IA 4BWLC 3LBMA 4FEZA 3S1UA 4IOTA 1IXNA 1AW2A 1TV5A 2EAWA 4LVDA 4MYXA 5C55A 5LNWA 1FWRA 4PFMA 4NX5A 3M9YA 3MUXA 1IGSA 3A5FA 3W75A 4IX0A 4IMCA 3W23A 1W5NA 3E0IA 3EXTA 3GR7A 4TIMA 1H61A 4UTLA 3W76A 1T8XA 5DELA 4O57A 3NQ6A 1B4KA 1YXCA 1BWLA 3UXDA 3EWUA 2NLIA 3B0PA 1RD5A 5FEPA 3O8AA 5LZLA 5K7JA 3M47A 4ORMA 5KZMA 3N9SA 3SIZA 4Q4KA 4LS2A 1SU5A 3DHFA 3HPXA 4JEQA 2WNNA 3E49A 5CSRA 2YDAA 3EEGA 3L68A 2HSAA 1LTDA 4O10A 1EUAA 1KM6A 1K7EA 4YL2A 1JCJA 3PS7A 1G7UA 5D37A 4HNUA 1YADA 3CT7A 1ZCOA 4FNSA 3TKFA 5I3FA 2E68A 2Q8ZA 2ABBA 4WD0A 2YZRA 1H60A 4A2RA 1GVSA 3EKZA 5C5YA 2OT1A 5D2XA 1D3GA 2ZYFA 1SZGA 1KFCA 4FIQA 3PBUA 1WX0A 1TREA 2NXHA 3CLMA 3BG9A 3WJWA 1OFAA 4UMAA 4JYEA 3GR8A 1JRBA 4I7WA 3BLEA 4JS3A 3LGEA 2WNQA 5FF4A 1KFJA 3W84A 4FF7A 1EWDA 3NL2A 1XBZA 4X22A 1TTQA 4FIRA 3M5XA 1O95A 5K9CA 1OYAA 3HPSA 5EPDA 3UNDA 3FJ6A 2GVLA 1UCWA 1VCVA 3MWAA 1R2RA 3O15A 4O50A 4H6KA 4JY8A 3W22A 3WFAA 5E93A 4QSHA 3G1XA 1WYIA 2VELA 2DJXA 1TPVA 5U7SA 5CZSA 2BSLA 3NEVA 4LT9A 3NL5A 4HIBA 3AJXA 1WAUA 1VLWA 2OCZA 3GDLA 3TNOA 2WSYA 1QWGA 2ZRWA 3NQVA 3TE9A 4LUIA 4BF9A 4DO6A 4JDYA 4W9TA 2JK2A 3WJXA 2QCHA 1VHCA 1LORA 3ABSA 1W56A 3M44A 1X1OA 1W37A 4O16A 1KBJA 3GDRA 4HNNA 4QM1A 3PR2A 1OX5A 2V8ZA 4K7YA 3S5OA 1DBTA 3TC7A 1JUBA 4LV9A 5EY5A 5CZJA 4IPIA 4LS1A 2A85A 1KTBA 1UUOA 4CNOA 1LLWA 1FUYA 1XDMA 3OVPA 1O94A 5D02A 3NPXA 3GDMA 3UPBA 1JUEA 4GUIA 1FDYA 4OWGA 4BFAA 4UTMA 1VGAA 6TIMA 3ABRA 3BO9A 1NEYA 1GWJA 3P60A 2E5BA 1AG1O 2XN0A 1KA9F 3EWWA 1VZWA 5D04C 4KFNA 4RZ4A 4BI6A 2C16A 3L0GA 5T26A 2ZRUA 3C0JA 1UJPA 5LNSA 4R33A 2E5CA 1XBXA 4KWWA 1SW0A 3TFCA 1QOPA 3UWWA 1I2NA 3IEBA 5CZ0A 2NV1A 3UYCA 4O52A 4UTUA 4POCA 1VLIA 2B7OA 3GNDA 3PB0A 5MHBA 4DBEA 1OX4A 2Y85A 4IMEA 1LRTA 3I6RA 4JTLA 3P82A 4MVAA 1GVQA 3QSRA 5AHMA 1W31A 1J4EA 1FDJA 2GVGA 2NX9A 5E1QA 3NAVA 1KW1A 3HG5A 3HG3A 5K9DA 1VQTA 5CZTA 5DCBA 3HGSA 4XTIA 3M6YA 4JYDA 2QKFA 3LXCA 1RVGA 5GVJA 2NXGA 2YYUA 3TJLA 3U8GA 3L0KA 3WJSA 1IXQA 2ZA1A 2VFDA 2O7SA 3N14A 3W7GA 2KZHA 4IXHA 4JIPA 4RKAA 4DPQA 4FNQA 4LTSA 2DP3A 1QPNA 1TQJA 4GC4A 1PCKA 4WY0F 4GXMA 2NZLA 2H6RA 3C2VA 3QC3A 3QQ1A 1R2SA 3MHGA 1DOSA 4WY0A 3NPUA 3O07A 3O06A 2CFFA 3N34A 5DBUA 4BI5A 5AYXA 1EP1A 3W7LA 4UTWC 4Z1DA 3QMSA 2CU0A 5CPOA 4TR9A 1OFPA 1OFEA 2P0OA 1LBLA 1FDZA 4ZL1A 3TA6A 1TV7A 4O1DA 2FDSA 5AC7A 4RZ5A 1S5WA 3TC6A 1UBSA 1LOQA 3MBDA 4GFSA 1J5TA 4ML9A 5AHLA 2H3DA 1TMHA 1OFOA 2GVJA 3BV4A 3CB8A 1LOLA 4B5NA 3TUUA 2B7PA 1ZY9A 2WPBA 3NQ7A 4LV4A 1THFD 3RU6A 4JYFA 3CEPA 4E2BA 5H2ZA 3W86A 1Q3NA 1SFJA 3PSWA 1N7KA 5HUOA 1QNVA 4IUOA 4ZQMA 1B9BA 1G4PA 1TV8A 5TQLA 3Q58A 4GUHA 2QUVA 1SR9A 3QQ0A 4UR8A 2PCQA 3W70A 3S5ZA 3HJZA 2CZ5A 4MFDA 2A21A 3NA8A 3M0ZA 4O1BA 4UFIA 1TPFA 2EF9A 2XN1A 4Y90A 1OABA 2GQ8A 5TBOA 2BWGA 5K9XA 5HR7A 2YXGA 4M19A 3MI2A 4MZ8A 3S8HA 1QPQA 1VCGA 1RV8A 4PTNA 3EX1A 4N02A 3G1FA 4X9SA 2JBMA 1A5CA 1HL2A 1WQ5A 3IIZA 2WSRA 4AB4A 3LDVA 3NL3A 1JCNA 4OV4A 1R47A 1W54A 1TPB1 3W1XA 5AB3A 1F6KA 2NUXA 4MKNA 2ZTKA 1DKWA 3W87A 3EB2A 1VS1A 2QAPA 4G1KA 1NVMA 4OHQA 1OFRA 1TRDA 2ZZ7A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1DP0 A;  4P7Q A;  1XII A;  2VQU A;  2YA0 A;  4D6J A;  1EZW A;  4HN4 A;  4NYY A;  4C6J A;  2QCF A;  1Q6O A;  5FCZ A;  3RU8 X;  3BGJ A;  1NAL 1;  2V67 A;  3RR4 A;  2VRJ A;  1D9E A;  4QDM A;  4H7C A;  4P7N A;  2VKZ G;  3W1P A;  1LRO A;  5E09 A;  2QMK A;  4IPJ A;  3OZP A;  1BSL A;  1M5W A;  4HA1 A;  1OM0 A;  1POK A;  2BY2 A;  2RDX A;  4YTU A;  3ITX A;  2G3M A;  3S2C A;  3QM3 A;  3W4R A;  1F6Y A;  1MDL A;  4JD4 A;  4DX3 A;  4DLM A;  2BHY A;  2RHG A;  1GON A;  3VPL A;  1J2W A;  4EOU A;  1UD4 A;  1HJQ A;  1OG6 A;  3HG4 A;  3S9Z A;  4BR1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1K8XA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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