1K9E | Genus

Total Genus 271

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	271
sequence length	676
structure length	671
Chain Sequence	GYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAVVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKQNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRRWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKAPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCFVYNCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMEVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIYR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal Structures of Geobacillus stearothermophilus {alpha}-Glucuronidase Complexed with Its Substrate and Products: MECHANISTIC IMPLICATIONS. pubmed doi rcsb
molecule keywords	alpha-D-glucuronidase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
total genus	271
structure length	671
sequence length	676
ec nomenclature	ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date	2001-10-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03648	Glyco_hydro_67N	Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A	PF07477	Glyco_hydro_67C	Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A	PF07488	Glyco_hydro_67M	Glycosyl hydrolase family 67 middle domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1k9eA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1k9eA01
3.90.1330.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain	Alpha-glucuronidase, C-terminal domain	1k9eA03

5M17A 7A3HA 2FDMA 3VUPA 4ACYA 1MVYA 2WZEA 1LL6A 1V6VA 2DSZA 2W4XA 3WF0A 3SUSA 4PTMA 1BGAA 3ZSTA 1JYVA 1CXKA 2C8NA 4UOQA 3GYCA 1EHAA 1FFQA 4UFLA 1B3ZA 1KFWA 4QFUA 3AMGA 1VBRA 2Z1KA 1JD9A 3ZT5A 3GBEA 3DHUA 5ABFB 3QHOA 1V3LA 4UFMA 2PWEA 3ARQA 2WZHA 3NJ3A 1JZ2A 4W84A 2VI0A 2OWCA 3AFBA 4GQQA 5CPTA 4M8UA 1K9TA 4BQ5A 2PC8A 2E9LA 2Y4SA 3BSHA 3ZSSA 4HA1A 1E5JA 4DM2A 4FMVA 1TCMA 2A3AA 1SMAA 3CHDA 2VCAA 4JKLA 2VR5A 2YA2A 3K4AA 4UZSA 3I3DA 5IFPA 2GDUA 4GKLA 3VNYA 3PTMA 4D6CA 1K6AA 1DWJM 2J7BA 2ZUWA 2XVPA 1DWAM 4UR9A 3GZAA 3SIMA 3CUJA 3WNNA 4ACZB 4P8WA 5E6YA 4LYPA 4GO8A 2OWWA 1VAHA 3KZSA 1G94A 2WPGA 3SCUA 4AEEA 2WXDM 1CLXA 1JZ7A 1WCGA 2EXOA 2YBUA 2WWCA 3PZMA 1UQYA 1CYGA 1UA3A 1UH3A 3SCQA 5FKYA 3RDKA 1HIZA 2PI6A 1LF1A 3VX1A 5CZKA 3WSUA 1KBKA 1FP9A 2CPUA 2YJQA 1R7AA 3AS1A 2FH8A 4QLLA 3WFLA 3K4DA 2WZIA 5LA0A 4D6FA 2V38A 3GDBA 1HJSA 2ZUSA 1WB0A 4PMYA 1W2PA 2ZOXA 3MANA 2VRQA 1NWTA 2WNWA 4J27A 3LPPA 1GONA 2JFEX 5BCAA 5I79A 1ISVA 1HVQA 1XD1A 1AQHA 3K46A 3N12A 4W7WA 1G5AA 3ARVA 2VC9A 1UKTA 4AIEA 2IXVA 1CECA 1JZ8A 3L4VA 2G8ZA 3CTTA 2VZVA 2BHZA 1HKIA 1E9LA 4BZYA 1BLIA 1J18A 1PX4A 3EDDA 2QPSA 1C7SA 4B9YA 1E72M 5D8WA 1B3YA 2QMJA 1YHTA 4AZIA 1B0IA 2CCRA 3TOPA 4AZ5A 1E0XA 3VDHA 3FHQA 1CWYA 2EQDA 2BXZA 7CGTA 4AIUA 1NOUA 2VOTA 4GXPA 1GHSA 3IAPA 5HDRA 5M3WA 3N17A 1WZKA 4F79A 1ISXA 1VJZA 4GIAA 1L8NA 5DEZA 1P6WA 5A6SA 5A6MA 1XSKA 3AIVA 5KEZA 2J7CA 2X2YA 2EBNA 2MANA 2WHKA 4Z2HA 2DEPA 4H8HA 3KL0A 1EDQA 2C7FA 4GZJA 4AZBA 4CVUA 4JKKA 3W29A 2DT1A 2DIJA 2GJRA 4QLKA 1UWTA 5JIPA 3WF1A 2BXYA 4ATLA 1GQKA 1ZU8A 5CPQA 1E56A 5AYBA 3CZLA 3T2OA 3W6LA 1JYWA 1V6UA 1TFVA 2DT3A 1QW9A 2WCGA 4AY1A 1C3FA 3AIWA 3B9DA 5JBFA 1UD5A 1H0GA 1OGSA 3NUKA 1WKYA 2ZXAA 4IISA 4DUWA 1JL8A 1JXKA 1V6YA 2XM1A 3L4UA 3MUAA 3WUBA 3WNPA 4J3VA 3WIJA 1OB0A 3ALFA 1XYZA 2D1ZA 2ZX6A 1OCQA 2VL4A 1HP5A 1GPFA 4ATWA 5I3DA 3LMYA 3OG2A 4KH2A 4R27A 1E6NA 1ODZA 3CZEA 4GI9A 1VENA 2BV9A 4P8XA 3EDFA 4D6IA 1PIGA 2XFFA 4UNIA 1LJYA 1KCLA 1BGGA 3M6DA 1JYXA 1KB3A 2V5DA 1XC6A 2VCCA 3NSMA 1KQZA 4UTFA 2FHCA 2XTKA 1CXFA 3UR8A 3AMLA 2V3EA 1C8YA 4IPLA 4J3XA 1Q6DA 2EEXA 4PBGA 1ZL1A 3WDQA 3CMGA 1UD3A 4UFIA 5E6ZA 1H09A 2X8RA 3LPGA 3VIOA 2ZUNA 3VIMA 1ZBKA 2Y5EA 4X9YA 1KWKA 1JNDA 1UG6A 3SUVA 1H0IA 4PCSA 4OIFA 1SR0A 4M29A 1F4HA 1W3HA 4W87A 3TA9A 1OM0A 3AROA 2XWEA 1BFNA 5LYRA 4D6GA 1F4AA 1R7OA 3GTNA 3T0DA 3AMDA 4TVCA 4J3TA 5JBDA 3E1F1 1NWUA 4PUEA 3VD5A 3WDJA 2GK1A 1EOKA 3WD4A 4CU7A 4LXFA 2YL6A 2RGLA 2J78A 3OGVA 3VNZA 5I0DA 4ZFMA 3WF2A 4M1RA 4C90A 3VOCA 1TR1A 4QP0A 2F8QA 3RMEA 2WVVB 1E4MM 3NCOA 2ESCA 4QLJA 1Q6CA 4W8LA 4Y7EA 3L2LA 3ZT7A 1M01A 1X6LA 1XSIA 2J77A 1EDGA 3MUZ1 4XX6A 5D9PA 2VCBA 4LYRA 3WEMA 3VGHA 3THCA 1JG9A 1GW1A 1AQ0A 3U7VA 3QHMA 1A47A 1J0YA 1HKKA 4AC1X 4E8DA 4JAWA 2W92A 3W25A 2OYLA 1QNPA 3POHA 4BQ3A 1UWQA 4CVWA 5A2BA 3ZOAA 2WHLA 3RM8A 4CN4A 2J8GA 3PTQA 4AD1A 3AS0A 2WMHA 3CZGA 2YL5A 1DWIM 2DH2A 1W9XA 1JI2A 5A95A 1NOWA 2VZSA 3N11A 2WM0A 3WQ6A 2ZUUA 1FH7A 3NSNA 5CQ1A 1QI4A 2YL9A 4AMCA 1ESWA 3DHPA 5M5DA 1CGTA 8A3HA 1IZKA 1U33A 3I3EA 1QNQA 1CEOA 4AD2A 4CCCA 1V3HA 3WL0A 1V3MA 1LLOA 3AHTA 1DWHM 2ZXQA 2DSUA 2CHNA 2WC4A 1EOMA 3EMQA 3T09A 3VDAA 3L4YA 2BNJA 5IXEA 3L4ZA 4JFTA 1JAEA 4JFSA 1BG9A 3BAKA 3VIJA 1LWJA 1UKOA 3SCPA 2UY4A 3WQ8A 1HKMA 4P8UA 2D3LA 2CESA 1MW0A 2WCSA 1FFRA 3F5KA 3WD2A 3KWXA 4MTVA 5A8MA 1J10A 1B2YA 1M04A 2D2OA 2D0HA 3BAXA 4AZ7A 3W27A 3T2PA 4HOWA 1UYQA 3ZQ9A 4HZ7A 3OGSA 2WVTA 3BCFA 4W5UA 4AZCA 4EAMA 3MV01 1AQMA 2Z1SA 3RM9A 5IDIA 4BQ4A 4ZE5A 3WENA 1G0CA 3PZUA 5DT5A 3UERA 4XB3A 1JXJA 5EFFA 1WPCA 2E4TA 4PSRA 4U5KA 3VGBA 1DWFM 4DUXA 4CD8A 4UQ9A 1VBUA 2DSWA 1QNSA 2XM2A 4HA3A 4UQDA 2D22A 2GVYA 3AYSA 5FCZA 4A4AA 1US2A 4N42A 2X09A 4CN6A 4GI8A 5CSUA 4HOXA 1V08A 1CGVA 1LG2A 3CUFA 2O9TA 4Q22A 1EIBA 1CNVA 3FXYA 2GUYA 2CIPA 1GUVA 3OB8A 4HPGA 3AXXA 4RE2A 2DQXA 3OA5A 1B30A 3BAJA 3GH5A 4MB4A 2GFTA 1C8QA 2E9BA 2PBOA 1NM9A 1VFOA 2ZE0A 4JFUA 1HJUA 4V2XA 4WF7A 2CKSA 2PWGA 1CDGA 4UFHA 3ZJ7A 2J4GA 2ZWZA 1R87A 3EDJA 1KR0A 1J0KA 4JCMA 3N15A 4ZXLA 4C7FA 4AYSA 1CXLA 5JIWA 4P7NA 2NSXA 4WKHA 3VGFA 1W9BM 3NDZA 3WBAA 1KXTA 1H41A 2BY0A 4F8XA 2VZTA 4URIA 1H4PA 2BY3A 4OBRA 2AMGA 4R5EA 4JKMA 1SFSA 3VGDA 3FAWA 4W85A 3WELA 1VRXA 3PZOA 4WSJA 2WW5A 3WDRA 1UD6A 1UZ1A 4BS0A 2F2HA 2G3JA 5A6KA 6CGTA 2D3NA 3AMCA 1UH4A 2WMIB 1OGGA 3RCNA 3WN6A 4EE9A 4DWSD 3ARYA 1PAMA 3GNRA 2YL8A 1GQJA 2DGAA 4OOZA 4P7QA 4U2YA 4D1IA 4MNMA 3TTQA 3W26A 5CG0A 4DM1A 5TD4A 4JFWA 4PMOA 1WO2A 4OOUA 3G6LA 3O6AA 5A2CA 4M80A 1UR4A 2W5FA 1QI3A 4X0NA 1XD0A 1VJSA 3CHCA 2BHYA 2CBUA 4WKAA 4IM4A 3J7HA 4C7GA 2J74A 1EDTA 1GVYA 1K9EA 2Y8VA 3VPLA 3GXDA 1XCXA 5FOOA 2J7HA 4HTYA 1QW8A 3DYMA 4UFJA 1OWQA 1JZ5A 2D0GA 5FIPA 3II1A 2WAGA 3IK2A 2ZX9A 3OBAA 1J0HA 5EB8A 1KWGA 2J7DA 3AIUA 4EKJA 4JHZA 3OLDA 4AD5A 4MAZA 3OGRA 4PMQA 4BCEA 3VIIA 1E6QM 3B9AA 1K9FA 3MKKA 2FGLA 1UR9A 2BY2A 2WC3A 2JF7A 1V6WA 3MS8A 3TTYA 3AMKA 3VIKA 3VTRA 4FLRA 4GI6A 4PN2A 4V27A 4WKFA 3SURA 3HN3A 1FHDA 3HMCA 1VEMA 3AS3A 5ABHA 2PB1A 2YLAA 2B31A 1CTNA 4LPCA 4D6DA 2QF8A 3CHEA 3A47A 3O2LA 1OBAA 4DWSC 1V3JA 4HP5A 4B16A 3VDBA 1MYRA 4J3WA 1B90A 3SCRA 3W24A 4UZUA 1BVZA 1C92A 3PZVA 1GNXA 4FLOA 4L4PA 1GZJA 2JIEA 3UR7A 3ECQA 4EK7A 4B15A 3ZJ8A 3AHYA 5CLTA 1HJQA 1HL9A 3AI0A 5DO8A 1H3GA 2J7EA 3EBVA 1W1TA 5C71A 5IHSA 1BYDA 5E9AA 4HPHA 1UD8A 3DC0A 3F5LA 3WF3A 1V6XA 5C8BB 1KR1A 1X1NA 1UR2A 3S2CA 3IJ9A 1K9DA 1MXGA 1US3A 1GOIA 4OBSA 4W7VA 3ARUA 3BAYA 1JF6A 4U33A 2WLYA 4DWSA 2OLHA 2W66A 2XFRA 3WQVA 1UR1A 3WDIA 2D20A 1PZ3A 3PZGA 5F7UA 5A2AA 3EDEA 4NRRA 4WIWA 1JDCA 3AIBA 5GNZA 2WSKA 4B3LA 4PMVA 1BYCA 3KEHA 1ISYA 5DF0A 3FNDA 2G4FA 1OSEA 1UR0A 3AZTA 1E43A 5JUVA 2OSWA 1TMQA 2GJXA 2WMJA 1OT1A 3WQWA 4XZWA 4D71A 2WKGA 3KE0A 4FK9A 4WLCA 1WDSA 1OD0A 2FHFA 4PRWA 3ZM8A 4CU6A 4PMNA 1FHLA 4MNLA 4JZ5A 4F9DA 2VR4A 1ZBWA 1OD8A 4CN1A 1PPIA 3WNKA 3AOFA 6TAAA 4PUDA 1E71M 4BA0A 3BLKA 5BYWA 4Z2GA 3BH4A 1UZ4A 3VU2A 3SCOA 1UH2A 1JGIA 2ZIDA 4MNJA 3SEPA 3WEOA 4PSPA 2J79A 1YQ2A 1GOKA 4MB5A 1W9UA 1BTCA 1ZBCA 1KCKA 2CBJA 1LG1A 1W3JA 4MB3A 1RH9A 2XVNA 1XYFA 2Y24A 4U5IA 3RPMA 3WNLA 5AC4A 2DPEA 1KGWA 1QVBA 3AQUA 5ABGA 3VD7A 1TUXA 1W3KA 4AIOA 5BWFA 1O7AA 2QV4A 3BAIA 2VRKA 4WSKA 3VKKA 1QHOA 4V28A 4AISA 1J0JA 5BXPA 2E40A 4UQBA 1Z32X 2ZXDA 1H5VA 1UD4A 4J3SA 3GNPA 3LPOA 4F9JA 3N1AA 4U3AA 4N0RA 5AY7A 3ARTA 4W7UA 3WH8A 2Q8XA 5CGTA 3CIVA 5HNNA 2FGZA 1XH0A 1Q4NX 3EYPA 4Z2JA 4U31A 4NSBA 4B9ZA 5A1AA 3GXMA 4MDOA 3POCA 3WEZA 1QOXA 1KXQA 1HJWA 1GOMA 4NF7A 4AEFA 3WH7A 3APGA 3CZ8A 2UWFA 1J11A 2WYSA 1R8LA 1QNRA 4MDPA 5CPSA 1Y7VA 3MSGA 2V5CA 2D24A 1IT0A 1J9YA 1D7FA 3A6OA 2X0YA 2UY5A 3A4XA 4JIEA 2J47A 3W6MA 5I2UA 1NQ6A 4KWUA 3VMPA 1OINA 4TOQA 5BROA 3TONA 3WBEA 1E4IA 2GK1B 1E0VA 2YA1A 3MMUA 4FF5A 3WD3A 3VO0A 4YHEA 2VO5A 5D8ZA 4UQCA 1W3LA 2VQUA 2W67A 1AMYA 3VINA 3WD0A 1UUQA 4W8AA 4YN5A 1FH8A 2WC7A 4DUVA 1B1YA 4A3YA 1E6SM 3CZJA 3GH7A 2WKLA 3ZJ6A 1UHVA 4HZ8A 1HNYA 2X1IA 2XWDA 3VD3A 2DSKA 2J75A 5E0CA 1W9PA 1VEOA 3EMCA 3MO4A 2CBIA 4P7OA 3S6TA 5FL0A 4GQRA 1EO5A 3N04A 2ZUMA 1W32A 4P7LA 3WF4A 1GVIA 1AVAA 7TAAA 1GOWA 2J62A 2YKKA 1KGXA 2EPMX 1E1FA 3WNMA 1EH9A 4S3KA 2YDQA 2YDSA 2AOSA 2A3CA 1HXJA 4TVDA 2W62A 1E6PA 3BXWA 4D6EA 3UCQA 4AZ6A 2E8YA 4H41A 4PEEA 3CPUA 2TAAA 3GM8A 3PN8A 3WY1A 2V3GA 1MW1A 1S46A 4M56A 2NW0A 1UA7A 4HMDA 3AYRA 2XSBA 1E4NA 2WMKA 1ISWA 3OLGA 4A3HA 4MJ4A 1O6IA 4NZCA 3ZO9A 1HVXA 4MB1A 4S3JA 3WKZA 3MU7A 4JL1A 1KXVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1VFU A;  4X0V A;  5A8P A;  1LQ0 A;  1ODU A;  1W9D M;  2YBT A;  3UEQ A;  1TVP A;  2WHM A;  4J7R A;  1GJW A;  2DT2 A;  1UWI A;  4PMZ A;  4J28 A;  2JE8 A;  2VNC A;  3WQ4 A;  1RP8 A;  2D23 A;  2VVS A;  4CGT A;  4W5Z A;  4AD0 A;  2XUC A;  1XH1 A;  1CIU A;  2WCA A;  1QBB A;  3I3B A;  1PX8 A;  4PMD A;  4TXE A;  3AZR A;  1RP9 A;  4L4O A;  1H1N A;  1U30 A;  3SCS A;  3LPF A;  1JI1 A;  4W86 A;  1JFX A;  5D9M A;  4LX4 A;  1BHG A;  1XCW A;  3AXI A;  3BAW A;  3WH5 A;  1CGX A;  4RE3 A;  3EMZ A;  1H49 A;  1TA3 B;  3D3A A;  1HP4 A;  3CLW A;  4AWE A;  2X0H A;  1HKJ A;  2XIB A;  1LWH A;  4FLS A;  2E9M A;  1J0I A;  1CZ1 A;  4WK9 A;  3CUG A;  2XPK A;  3AS2 A;  4Z2I A;  5HPO A;  2WSP A;  3HJE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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