1K9F | Genus

Total Genus 274

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	274
sequence length	676
structure length	671
Chain Sequence	GYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAVVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKQNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRRWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKAPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCFVYNCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMEVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIYR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Crystal Structures of Geobacillus stearothermophilus {alpha}-Glucuronidase Complexed with Its Substrate and Products: MECHANISTIC IMPLICATIONS. pubmed doi rcsb
molecule keywords	alpha-D-glucuronidase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
total genus	274
structure length	671
sequence length	676
ec nomenclature	ec 3.2.1.131: Xylan alpha-1,2-glucuronosidase.
pdb deposition date	2001-10-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03648	Glyco_hydro_67N	Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A	PF07477	Glyco_hydro_67C	Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A	PF07488	Glyco_hydro_67M	Glycosyl hydrolase family 67 middle domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1k9fA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1k9fA01
3.90.1330.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain	Alpha-glucuronidase, C-terminal domain	1k9fA03

2CETA 4D6IA 5EBAA 4CUCA 2WZIA 2YLAA 5ABHA 1V6YA 1H09A 1V08A 2GK1B 4J3TA 3W27A 3WNOA 3DECA 1WDQA 2YL9A 3PZQA 1G5AA 4YPJA 1W9DM 5ECUA 1E40A 1UR2A 4AW7A 3CUJA 3NSNA 5M03A 1KBBA 2GJRA 4GO8A 1BYDA 5A2BA 3L2MA 1ZB5A 3PZMA 4XV0A 2G3NA 1NWUA 1V0KA 2DSKA 3AHVA 2ZUTA 4B15A 1KXVA 1K6AA 3QGVA 3AICA 4DWSA 3WIJA 4CGTA 2J7CA 2D22A 3F5LA 3OGVA 2ZX8A 3WF4A 2Y4SA 3TP4A 1YHTA 1EH9A 2WC3A 4HA1A 4JAWA 4GQRA 4DWSB 2DIJA 2YA2A 3OZOA 3ZIZA 1W3KA 1BF2A 1OCQA 2ZE0A 5ABEA 1VEOA 1VB9A 1WP6A 1V3KA 3I3DA 4FLSA 3U7BA 1QVBA 5A6MA 1EA9C 2J7BA 4U33A 2XIBA 1V6XA 4HOZA 3FAWA 1B9ZA 4CN4A 3N04A 3GXDA 2WMIA 1XSIA 3G6MA 3AS3A 4U5IA 1E4NA 2ZX7A 2BVTA 2VZSA 1TCMA 2WMIB 2JEQA 4U31A 3OLGA 2OSXA 5I77A 1UWTA 1SMDA 1KFWA 3MU7A 2VZOA 7CGTA 1W2VA 3PZOA 5DF0A 4DUWA 3TTSA 1OGGA 2X1IA 1KR1A 3OB8A 5C71A 1J0IA 2NT1A 4URIA 1UUQA 1GQLA 1C3FA 4CU7A 1WDRA 1DWJM 1UKPA 1U30A 2WC7A 1P6WA 2WM0A 2WHKA 2WPGA 5JUVA 2CITA 2XFFA 1QW9A 1TA3A 2YJQA 3WFZA 2WBKA 3AMGA 3BAJA 1XD0A 2XTKA 4CU8A 1H11A 1GORA 2GSJA 1ISXA 4PBGA 1TA3B 3ZOAA 1J10A 1RP9A 2VR4A 1UR4A 2JEPA 3EDFA 4YHEA 4C90A 3WUFA 3WNPA 3B9EA 2Y8VA 1QNRA 2E4TA 2VMFA 1KXTA 4TTUA 4FLQA 3VGHA 3EDDA 3O9NA 3SURA 3AZRA 4AZ7A 3BLKA 2GFTA 3AHXA 4ZENA 4NF7A 4BF7A 1CEOA 1PZ2A 3VINA 6CGTA 1QNPA 4UFJA 3WD3A 3WQ5A 1CXKA 2PWDA 3HMCA 5ABGA 3WQ6A 2A3CA 3WH6A 1X6LA 2JIEA 2WCAA 4Z2KA 1HP5A 2C7FA 1EIBA 5CSYA 4ZE5A 2YDQA 1HP4A 2ZUWA 3BC9A 1KB3A 5BROA 1R85A 6A3HA 1JAEA 2ZWYA 3A4WA 4WIWA 2D23A 1JNEA 1HKKA 5I24A 3PZTA 1UR0A 1KCLA 2ZUNA 3SUVA 1OGSA 1J01A 1EGZA 4H8UA 3AIBA 3N12A 2VUYA 4C7DA 2VQTA 5FOOA 3WDJA 2VRJA 1HN1A 2W67A 2E3ZA 5E6YA 1W1TA 1W9BM 3CZEA 3FAXA 2VTFA 3GNPA 3QHOA 5BXPA 5FD0A 4GI9A 5GQBA 3FY1A 1VJZA 2XVGA 1W1PA 5FKYA 4Z2GA 1E6NA 1W3JA 3BH4A 3VMPA 2J47A 3UCQA 4PUEA 2BHZA 3WN6A 1CENA 3VUPA 5A8MA 2DH2A 3HJEA 1V3IA 2XM2A 1FH7A 3WF2A 5C8BB 3PN8A 2F8QA 3ARSA 1JZ8A 2WWDA 3TONA 2VURA 2WK2A 1NOWA 3T0DA 4U5KA 4UOZA 1V3JA 4PYSA 3ZR6A 3WSUA 3WL0A 1HIZA 3NDYA 1I1XA 1RH9A 1TE1A 4D1IA 2GDVA 1SMAA 1LJYA 1XGZA 3NSXA 3ZMRA 1NARA 1V0MA 4AD5A 1Q6GA 3WNKA 2IUZA 4JL2A 4P7OA 1JL8A 1QI4A 1W32A 3L4VA 4P8VA 1V3HA 4A4AA 4AZ6A 4XUYA 2J74A 2W66A 1GQKA 5ABFB 2E8YA 2J62A 1NH6A 3ARQA 1ESWA 4KRUA 4Z2IA 1SFSA 5CLWA 2A3HA 3VIGA 4W5UA 1H1NA 5GNYA 3VIKA 2QHAA 1MQPA 2VR5A 1BSIA 2VZVA 2EPMX 1DWGM 1E5NA 2ZUSA 3CHFA 3ARRA 4PMOA 3WQ8A 4GQQA 1UWIA 3EDEA 3RJXA 4W8LA 3K46A 3THDA 1NWSA 3FN9A 2WMJA 5EFFA 4BA0A 4CU6A 3N11A 4F66A 1WNOA 2C0HA 4UOJA 4OBSA 3AXIA 4E8CA 1JZ7A 4IUGA 5CSUA 5A6KA 2DT1A 3QOMA 1XRVA 1OSEA 1JYVA 3SCNA 1EQPA 3AXXA 3BXWA 3QR3A 1KQYA 3ARXA 3W37A 4D71A 3DHUA 5CLTA 1BTCA 1KGXA 1JDDA 4CN6A 3K8LA 3M7SA 2PWHA 3L4ZA 3N1AA 2XWDA 2HISA 1UH2A 4D6FA 1UHVA 4LGXA 1UKOA 5E70A 2EPLX 1OGBA 1XV8A 2CHNA 1OINA 3RIKA 1CIUA 3MSGA 3RDKA 3I3EA 5BXRA 4AYSA 1CNVA 4CD6A 2WZHA 1HF6A 1DHKA 4UZSA 4A3HA 3WH7A 1ECEA 3WEOA 2VZTA 5CZKA 2OWWA 1CXEA 1PIGA 1U2YA 2DDXA 1E0VA 3AFBA 7TAAA 1EO5A 2DT0A 1HVQA 4UFLA 1HJVA 2W62A 1CDGA 2WHJA 4JHOA 1E55A 1E3ZA 3II1A 1PPIA 2OYMA 5F7UA 1CPUA 3IJ9A 3L4UA 4OOUA 5KEZA 4Z2HA 4PMUA 1WAWA 1VFUA 3DYPA 1UWUA 3T2PA 3VM7A 1GOKA 4X9YA 4MNJA 4FK9A 3DHPA 1VBRA 1DWHM 2IXUA 1B0IA 3OZPA 1E3XA 4AEEA 4P8UA 1JD9A 5A8OA 2Q8XA 1M53A 3NCOA 5FL1A 1MWOA 3I3BA 3CPUA 3MUAA 2IXVA 2CBUA 3VGEA 3B9DA 5DEZA 3PZUA 4UNIA 3FNDA 3QHMA 2QPUA 1QNSA 4GINA 4LYRA 1J0JA 4DM2A 1VIWA 5DMYA 4WF7A 3VX1A 2VO5A 4PUDA 4DWSD 1XYFA 2V38A 2PB1A 1KGUA 3KL0A 1F4HA 1GQIA 1UA3A 4QDMA 4NRRA 3VDCA 3SUSA 5BWFA 3RILA 4ACYA 4PSPA 1Y7VA 1ZJAA 1PEZA 1M7XA 3WUEA 3WEZA 3CMGA 2D1ZA 3ZT7A 1WKYA 3POCA 2D2OA 2WVUA 1W3HA 4AIUA 3EMCA 4OBRA 1XCXA 1UH3A 1UWSA 4K68A 4ZEPA 4MPKA 2E8ZA 1WZMA 1V6UA 3EDKA 2XFRA 3VDHA 1G94A 3AZTA 3OA5A 3VGGA 7A3HA 4FLRA 1GOWA 1HKJA 1MYRA 4JCLA 2AMGA 2JFEX 5JBEA 3ZJKA 1WE5A 2WC4A 1ZBCA 4JL1A 3UG5A 4V27A 1ZL1A 3W25A 4DM1A 2J75A 5HOSA 1TG7A 3WQ4A 4JFTA 1B3XA 3BAXA 1B3YA 2DQXA 1BLIA 5EFDA 1E1FA 2YKKA 8CGTA 5IHRA 2J4GA 1V0NA 3WUBA 5A1AA 2CKSA 3AIUA 3IK2A 4PTXA 3UEQA 1WDSA 1L0PA 1ZBWA 4UFMA 3WQWA 1FHLA 2J7GA 2CYGA 5BYWA 4W7WA 4WK9A 5AC4A 3LPOA 4FMVA 4UZUA 2VOTA 1UWRA 5HPOA 1HL8A 1W2PA 1HXJA 1R86A 4AD3A 1GZJA 4BQ3A 2BXZA 5HXMA 3L4WA 1W9VA 5A6AA 1K9DA 4TXEA 1J9YA 3N15A 4AEFA 4ATLA 1HKIA 2DSWA 2EXOA 3IJ7A 4GIAA 1HKMA 4P8XA 4MNKA 4ZE4A 2WBGA 3CH9A 1UD5A 2WMHA 2NT0A 3MV01 4GI6A 4D6HA 4AD1A 1E6SM 2ESCA 3SCOA 2NSXA 3UETA 1GW1A 1QPKA 3ARZA 3GNRA 5A95A 2WW5A 4N0RA 1WB0A 1G0CA 3K8KA 5D8ZA 1LG1A 3AS0A 5FIPA 4TVDA 3GH7A 4CCCA 5A2CA 4C7GA 2ZX5A 1V0LA 3OGRA 5BXTA 1H2JA 4C7FA 2XG9A 1OM0A 4UQBA 1UG6A 3IJ8A 4AZHA 2FGLA 4GI8A 3WBAA 1KWKA 2WKLA 1ITXA 3ALGA 4ML4A 4JZ5A 3AJ7A 1E9LA 4GXPA 1JF6A 2V3EA 3AROA 2JF7A 2YDRA 4FLOA 1GJWA 2V5CA 2V3DA 4F9DA 2XVLA 1QNQA 2UY4A 1E6QM 1UOKA 1UZ4A 4PMZA 5DT5A 1C93A 1CGTA 4JIEA 4MJ4A 1EQCA 4TX6A 4S3JA 4V28A 1UA7A 1JG9A 1JNDA 1H5VA 1VENA 4HP5A 3SCRA 3PZNA 4P7RA 2DSZA 3O2LA 3WFLA 5A69A 3NYDA 3RPMA 4BZYA 3A6OA 3B9AA 4EKJA 1TFVA 2VCAA 2XIIA 3VMNA 1E4MM 3WD2A 3VOCA 4HOXA 4CKQA 3GH5A 1J0HA 2CHOA 4J3UA 4J3WA 2EBNA 2VX6A 2CNCA 2EQDA 3POHA 1OIMA 1JAKA 2PWGA 1HT6A 2DEPA 4PSRA 1TZ7A 3WKZA 4AD2A 1UR1A 1ISWA 3CHCA 4RE2A 5A6JA 2XFYA 1AQMA 1GQJA 4CD7A 1YQ2A 4F8XA 1NOFA 1CXFA 1HJSA 3W24A 3S6TA 3VU2A 1QI3A 3AIRA 3MMUA 1VEMA 4HPGA 1U33A 4WLCA 5BXSA 4AISA 3VD7A 3VIMA 4PN2A 2BVYA 3MUY1 5D9NA 3MANA 3ARYA 4W5ZA 3EYPA 5CJ5A 3DC0A 3SEPA 4TX8A 4KRTA 3AIEA 1EDTA 2G8ZA 3ARTA 2ZOXA 2BY1A 4H41A 2WMFA 4TVCA 1GHRA 1QBAA 3JUGA 5IFTA 3VX0A 4EANA 1W9PA 2XWEA 5A8PA 2YL5A 2D20A 5CPTA 5I6SA 1Q6DA 4TTGA 1MW3A 3WH5A 1M01A 4MNLA 1B90A 2PC8A 2WNWA 3WENA 2GDUA 3VVGA 3WUGA 1ZBVA 1DP0A 2OLHA 4MB3A 1AVAA 2W91A 1RD6A 3L4YA 1OD0A 1PX3A 3KL5A 5LA0A 2CBJA 3TTYA 1UR9A 1EHAA 1IZJA 1V02A 4D6JA 1UKTA 1JYWA 1VBUA 1AQHA 1CZ1A 2OWCA 1HJXA 2WSKA 3VIJA 3QHNA 4GO9A 2OWXA 1A47A 5CQ1A 4U2YA 2D0HA 3W82A 1XD1A 4RE3A 3MSDA 5KZ6A 4IM4A 2X05A 2YLLA 2FH6A 1NQ6A 3WF0A 4R27A 3GBEA 4HZ8A 4PMYA 4UFIA 4N42A 4TUFA 1LL6A 1KBKA 1V3MA 1MW1A 2QMKA 2VL4A 3NSMA 2YBTA 2BS9A 4ZFMA 4D1JA 3KE0A 2BY0A 4M56A 2W92A 2WHMA 4LPCA 1ODZA 3AYSA 3M46A 1V3LA 4NZCA 6TAAA 4WKAA 4IPLA 4L4PA 4AZCA 4AZGA 3CUIA 4XZBA 4WKFA 1BG9A 1XSJA 5CXPA 1FFRA 2EPOA 5ABFA 3SCPA 2BVDA 4BQ2A 5E6ZA 4AZCB 2WVTA 3DYMA 3GXFA 1VFMA 5A6BA 1Q4NX 5EMYA 1H41A 1FH9A 3ZT6A 3WD1A 3VDBA 4M29A 2VVSA 1CGXA 1GOOA 3PZVA 4LQ1A 1E6PA 3AZSA 3AYRA 2QLYA 3SCQA 1BGGA 4AXNA 1BHGA 3BAIA 4PMVA 3SIMA 1KWGA 4QCFA 1HJUA 2RGMA 2AAAA 1MFVA 2VI0A 2A3EA 4P8WA 1E1EA 2D3NA 2Z1KA 3VIIA 3FHQA 1PAMA 4CD8A 3G6LA 2CIPA 5AYIA 3AS2A 3VD9A 4OKDA 4CVWA 4Y7EA 1DWIM 4Q7NA 4S3KA 1W9UA 3TOPA 3KWXA 5CGMA 3AXHA 4AIOA 1JZ6A 3VIFA 1E72M 4KGLA 3A4AA 3GM8A 1HJWA 1J11A 1US2A 1TR1A 2GVYA 4UTFA 2D24A 1KR0A 1B2YA 4L4OA 2ZXDA 1NWRA 3WNNA 4DUXA 1AMYA 1CTNA 4RL3A 1HVXA 1O7AA 3UR7A 2G41A 1AQ0A 3EBVA 3A4XA 4H2CA 3AIQA 3SUUA 3KZSA 4QLJA 3WMCA 2WLZA 5HPCA 2J7FA 5TD4A 4F79A 2XPKA 1GOIA 3W81A 4QLLA 2BHYA 2EPKX 3CUFA 4QAWA 1M03A 2WANA 1IZKA 2BY2A 4J28A 1BFNA 1X6NA 2ZUUA 1J18A 4XX6A 1BAGA 1PX8A 3W53A 1J0KA 3CMJA 4UQEA 4HMDA 3SUWA 4MDOA 3ZT5A 1D3CA 1OWQA 1QHZA 4H7VA 1B3ZA 1I1WA 2F61A 5D9PA 1CLXA 3PBGA 4Q22A 4X0NA 3N13A 2VC9A 2WZEA 2G3IA 8A3HA 3VMOA 2WB5A 2G4FA 1C7TA 2DT2A 2E0PA 3WEMA 1FFQA 1CBGA 4HZ7A 2PI6A 2BHUA 1CGVA 3F5JA 3ALFA 3SCTA 4J3SA 3EMQA 3L4TA 2X0YA 3S2CA 1SR0A 2ZXBA 3J7HA 5A6LA 3AIVA 5M3WA 1JFXA 1JZ2A 1BYCA 1XCWA 4OIFA 1ZU8A 3ZJ8A 3CBWA 1QNOA 2F2HA 1HNYA 1BVZA 1R8LA 2GJXA 3KEHA 3WY1A 3FHAA 1GJUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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