1KBJA

Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of baker's yeast flavocytochrome b2: comparison with the intact wild-type enzyme
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
412
structure length
393
Chain Sequence
GETKEDIARKEQLKSLLPPLDNIINLYDFEYLASQTLTKQAWAYYSSGANDEVTHRENHNAYHRIFFKPKILVDVRKVDISTDMLGSHVDVPFYVSATALCKLGNPLEGEKDVARGCGQGVTKVPQMISTLASCSPEEIIEAAPSDKQIQWYQLYVNSDRKITDDLVKNVEKLGVKALFVTVDAPSLGQREKDMKLKFSASRALSKFIDPSLTWKDIEELKKKTKLPIVIKGVQRTEDVIKAAEIGVSGVVLSNHGGRQLDFSRAPIEVLAETMPILEQRNLKDKLEVFVDGGVRRGTDVLKALCLGAKGVGLGRPFLYANSCYGRNGVEKAIEILRDEIEMSMRLLGVTSIAELKPDLLDLSTLKARTVGVPNDVLYNEVYEGPTLTEFEDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic study of the recombinant flavin-binding domain of Baker's yeast flavocytochrome b(2): comparison with the intact wild-type enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYTOCHROME B2
molecule tags Oxidoreductase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 141
structure length 393
sequence length 412
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.1.2.3: L-lactate dehydrogenase (cytochrome).
pdb deposition date 2001-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kbjA01
3R89A 2O7SA 1G4EA 3TC7A 4IQLA 3L66A 2BZNA 4HIBA 4GUJA 4HPJA 4N4QA 1HL2A 3G18A 4CQ9A 1J5TA 1VLIA 3GX9A 5AYYA 3NQ6A 1CX9A 5CSRA 2DZVA 4LV9A 3G1AA 3MI3A 2PRHA 2YW3A 2C6QA 3LHZA 4FX8A 1H7WA 4O10A 3SECA 4DXVA 1YDOA 3BW2A 3BLFA 1OFOA 1FWRA 1XM3A 1DV7A 1KFJA 3TUUA 1HO1A 3LHVA 3LOTA 4JXCA 4YWIA 3P84A 2JGYA 2NXGA 5AC6A 1CW2A 4TIMA 4HNUA 1MSSA 1TJRA 5D38A 2GVLA 4O16A 2QCEA 4LVFA 2C15A 4LUIA 1B3OA 2Y88A 2E1DA 1X7FA 2E77A 1GWJA 3IIXA 5GVJA 2OCZA 3G22A 5AHLA 3TAKA 1V5XA 2F84A 2VEPA 4ZVJA 1F6KA 2A6LA 2NUWA 1PV8A 1O4UA 2B7PA 3S1WA 4I7VA 4JTGA 3B05A 1M7PA 1KLZA 2A7RA 2TPSA 1GVOA 4MJZA 3S8HA 5DXYA 1IXNA 1LLZA 3MP5A 3WJXA 4AAJA 4GWEA 5F2IA 3LXBA 1B4KA 4ZQPA 1Q6QA 1RQBA 3VNDA 5F1VA 4O4WA 3DU0A 3NL3A 1RR2A 1Q3NA 2YX0A 5FF7A 3Q58A 4LC8A 1VS1A 3W9ZA 4JGDA 1V7YA 1H7RA 4OV4A 1TTPA 1GJPA 3GIYA 2E5BA 2DZWA 2RDTA 3M0ZA 1F5ZA 4UTHA 4IPIA 3PB2A 1VH7A 2NUXA 3R12A 3NL2A 4XKYA 1R30A 3THQA 2B7OA 2PRLA 1Q45A 3LHYA 3CEPA 4CQAA 3O6DA 5L9FA 3CWOX 1YXCA 2XN1A 5BMWA 4A22A 3PUOA 4DEFA 5LSMA 3KRSA 2ZZ2A 2JBMA 1R47A 1NF7A 5KTLA 2FIQA 2J88A 5FEWA 3USBA 2VELA 3JS3A 3EKZA 3S5OA 4TU1A 2J9YA 1SSGA 4POCA 3CWNA 1T8XA 3QH2A 4HNTA 2PE4A 3O6YX 1OYAA 3T4CA 3DKJA 3W1LA 4QJ1A 1RV8A 2ZBTA 4WOZA 3F4NA 4BWLC 1H51A 3M9YA 4JIQA 2YYUA 5DCBA 4O8RA 2QEZA 4LV4A 2ZQ0A 2NV2A 1NFBA 3LX9A 2Z0IA 1FDYA 3UYCA 4AHPA 4E38A 2CLIA 3TH6A 1W3TA 1X8FA 3C6CA 1ZAIA 1PL9A 3W07A 3KXQA 1ALDA 1C8VA 5D33A 3BO9A 5CPLA 1TV8A 1FBAA 3GKFA 4H6KA 1A5CA 2VFHA 3QMTA 4K38A 1KM6A 1XUZA 1SW3A 4MY1A 1AW5A 4WZHA 1X1ZA 2E09A 5CG7A 2DU2A 5EL1A 5D03A 2RHGA 3DGRA 3TDFA 2QCDA 3DFSA 3RNDA 4QM1A 2WNZA 3F1QA 2QJIA 3W1RA 1EUNA 3P80A 1SR9A 1FCQA 3Q37A 5KZEA 4JX5A 3C2FA 3TMLA 3VCRA 1MEWA 4O1DA 1N55A 3PVFA 2I9EA 5HQEA 3UZ5A 2A0NA 5HWJA 4MIMA 3G1XA 4UCGA 2P1FA 1GVFA 4BF9A 3MO7A 4BR1A 3EWYA 4NU7A 3TR2A 4O0KA 4FXSA 3HIJA 4OWGA 2E6YA 5EMUA 2X30A 5K9CA 2BWGA 4B5NA 3IRDA 4CCDA 1AMKA 1W56A 3TFXA 2YXGA 1LP6A 3UY7A 3N2MA 4J9JA 3RU6A 5HNRA 1GG1A 1VJIA 4IX2A 4O0ZA 1VYSX 2Y7GA 4D2JA 1Q6OA 4NUWA 1NSJA 3TSMA 5AB3A 1LRQA 1AK5A 2OX1A 2R91A 1FUYA 2YYTA 3KRUA 3W7OA 3NO5A 1AW1A 3UPWA 3NQAA 4HKPA 3C52A 1H50A 3N14A 1SO5A 5K9DA 2G96A 4LS2A 4ZQNA 1KM3A 3GAKA 1OABA 2Y7DA 1EWDA 4N9BA 1SZEA 3TQVA 1P0KA 3M7WA 5AYZA 4Z0SA 3VFLA 3DAQA 1SU5A 3TW7A 1L2UA 1NEYA 4KFNA 4N6EA 5KSWA 1DVJA 4LVDA 2R8WA 4FX7A 4LY8A 4K36A 4JDBA 1ICQA 2A5HA 1JCMP 5AC8A 2WNNA 3NOEA 1GEQA 1YPFA 1F74A 3W72A 1H7PA 2H3BA 4DO4A 3NQFA 3HPXA 1EB3A 3NNTA 3TJXA 1L6YA 1W5PA 3P8JA 4JIPA 4M6VA 4XBKA 1VGAA 5DCDA 5AN7A 4Y8FA 4LVAA 1TPUA 3FKRA 3G0XA 4O14A 1GVSA 1OK4A 5LGXA 3W76A 3QPZA 3LI1A 3NR0A 3KVJA 5J5RA 3LBCA 5K4XA 3L2IA 4Z1AA 3GDKA 1E51A 4ALDA 3A5FA 3DHFA 3LCLA 4FNSA 3NYZA 1M6JA 3W2LA 4WX2A 2Y89A 1I8JA 2VFFA 3TAOA 2H90A 3R2GA 4JY9A 1FCUA 1FDZA 3LCHA 3PG8A 1IXPA 4U4MA 2KZHA 5HUPA 5AHIA 4JS3A 3B0VC 4JX4A 4ZZ9A 3PC0A 2DZUA 3LCFA 2X1TA 3FOKA 3C3NA 4JN6A 4QQ3A 4FXRA 2NUYA 4IX0A 2J27A 4JDYA 4C1KA 3I7QA 1IIHA 4AXKA 4BK9A 1KA9F 4I9AA 5EYWA 1GZGA 5E0KA 3LRMA 1MEHA 3EWBX 3TQKA 3W73A 5D09A 2C16A 2QF7A 3M5YA 4JTSA 2Y61A 1KFBA 1P1XA 4NNAA 1AG1O 1TPB1 3W7LA 3L5LA 3B8DA 4JR5A 2JGQA 1S5TA 4RX0A 4EIVA 3K30A 1ZJIA 1KBJA 2GJNA 3SY5A 4JYEA 1YXYA 3A9IA 4WXZA 4XTIA 2GPTA 4LWWA 4BI7A 1GTEA 2WSRA 1Y0EA 1I2NA 2ZA1A 2A1YA 2X16A 4IGHA 2NWRA 3NPXA 3HF3A 3NAVA 1ZALA 1GVQA 1TCDA 2R14A 5G4EA 4GFSA 4UMBA 4CNPA 3EX6A 1H1YA 5C2XA 3MI6A 4MFEA 5CGQA 1QFEA 1VCFA 4O17A 4ZQCA 3O8AA 3G1YA 1RQEA 2FTPA 3LXAA 3GNNA 3P74A 3KX6A 1R46A 3HO8A 4O11A 1LTDA 4O1AA 4Z1BA 4MLJA 4NJIA 4NJHA 4CNOA 6ALDA 4AWSA 1D3GA 3S42A 1W5NA 3W1QA 2V2CA 3ABSA 2DZPA 1SZNA 3TROA 3UWVA 5G5IA 2Z6IA 5C54A 1JRCA 3DFTA 2YDAA 3IEBA 3IIVA 4AH7A 4LRTA 1DJQA 1KM2A 4S2CA 3A5VA 3IVSA 1TPH1 4BWLA 1RVGA 3LCIA 3STFA 5LNUA 4K8EA 1R2TA 4YMZA 1FXQA 2Y6ZA 3C4UA 1B57A 1W37A 4S1FA 3RLUA 3KVMA 2JK2A 1VHCA 4G1KA 4OE7A 2NV1A 4GUFA 1TPEA 5F4SA 3GLCA 1O94A 4DELA 5BW6A 3NM3A 4EF9A 4A21A 4AHOA 4OBTA 3PBWA 3U8GA 5DXXA 1XI3A 5U7SA 1UBSA 1MO0A 4WY0B 4LVBA 1L6WA 1JVNA 4OGZA 5HJLA 4A29A 3DI0A 1A5BA 2ATMA 2GVJA 2NX3A 3EWXA 1TPWA 1FQ0A 4PFMA 3N73A 4M6QA 3NQ2A 3TXVA 5IBXC 1TTJA 4R53A 3G1DA 2VFEA 1BEUA 3EX4A 5D2XA 1T99A 3NQDA 1R2SA 5HMSA 1ZAHA 3LHWA 5CZTA 3GDLA 1LOLA 4UTLA 1G4TA 5I3GA 3L68A 2ZRZA 4E2BA 4ORIA 3W2MA 1FWTA 2ZZ1A 4LU0A 3C2VA 4QITA 4FNUA 4X22A 3THAA 3ELFA 5EBUA 3T78A 5LKYA 2HTMA 2B7QA 4R7JA 1LDCA 1FX6A 2ZZ3A 3LRKA 3WK3A 4DPQA 2Q3RA 2WSQA 2IQTA 5AFDA 2WKJA 3C8FA 3RMJA 4UTMA 4O19A 1SPQA 3NQGA 4TMCA 4K8HA 5I3HA 1I2QA 1H62A 4AF0A 4JTKA 4UNKA 3H55A 3G0SA 5F2LA 3SZ8A 4LRSA 3C0JA 3W7IA 1P0NA 2H8ZA 4MVAA 2EPHA 4NJJA 3W2KA 1DBTA 3QC3A 1LROA 1WOAA 4WQ6A 4Z1DA 1J2WA 4NT0A 1LBLA 4Z08A 1YPIA 3W7PA 1S5VA 3CB8A 5F2MA 4GXMA 4HHPA 1ML1A 5CSSA 2C1HA 2W6RA 1LORA 3CIXA 2W79A 5FF2A 3S5NA 5LGZA 3W7KA 3U2OA 1W31A 3T7VA 4UR8A 3HGJA 5D2VA 3EEGA 2XFWA 4RXGA 5CKSA 4LT9A 5K3VA 3A24A 3TE9A 1Z44A 3SGUA 4UTJA 3UWYA 4JTIA 1Q6LA 3SIZA 2CLMA 3W83A 2Q8ZA 4IXHA 5KZDA 3PY2A 1JQXA 1XFBA 3W85A 5G4WA 2OT0A 1LLWA 3ATZA 3STCA 5KITA 3I68A 4L4LA 4A3UA 3DFNA 3MYPA 2RFGA 2RDWA 3L0NA 2RH9A 5AYXA 1DL3A 3HMJG 1JUEA 2A2IA 5HR6A 3GAYA 1KBIA 2E68A 4Z0JA 3V75A 3WK1A 5K2ZA 3E9AA 2B0MA 2X1RA 4KWWA 5BMXA 1SFLA 2PC4A 1VCGA 4NNBA 4K7VA 4ZQMA 5H2ZA 1DHPA 3W7RA 5I3JA 3DI1A 1NF0A 1FWNA 2BTMA 3PR2A 3UWQA 1SZGA 4IXXA 4HPXA 4CCEA 1SO6A 1NVMA 3P81A 1IIGA 1GTHA 5CZSA 4FHAA 1YTKA 2QUVA 4LS0A 4DF1A 2ZCGA 3INPA 8TIMA 1PCKA 4RXFA 5FF4A 1QPOA 3M5XA 2WJZA 4M19A 3KAOA 5E1QA 4R34A 3R8RA 2HS6A 5FF3A 1OJXA 3S5YA 1THFD 3L67A 1WAUA 3BG3A 4NX0A 3I7RA 1OF8A 4FEZA 2BXVA 1XBYA 3CC1A 1ME9A 4QSHA 3W1XA 2ZRXA 3ZWSA 1W5OA 3QSTA 3NVTA 2E6DA 3LGEA 3TMQA 2ATSA 4PH6A 4PODA 4JNMA 3NPUA 3W87A 1GOXA 3O16A 1XCFA 1ICSA 1K3UA 3CT7A 3BPWA 2FFCA 2OMAA 2PRMA 4UMAA 4N02A 3HG4A 4U28A 2FB2A 3EWWA 2FLIA 1QOPA 5LNSA 1GPWA 1OYBA 4PTNA 4TX9A 1QNVA 1K7EA 4ADTA 3KOFA 3PG9A 2NWSA 3R13A 5D2TA 3M16A 3QEZA 4P61A 1SQ7A 1SSDA 1ME8A 3UZJA 3W7EA 1QOQA 1AL7A 1H7NA 1PHQA 1QWGA 1S5WA 2TMDA 3GDRA 2Y85A 5CPOA 4KFPA 1QAPA 4MZYA 1A50A 3OEXA 1H7OA 3QJAA 1ONRA 3LTSA 4N2YA 4BI5A 1OX4B 2V2DA 2YSWA 1F6PA 2ZRWA 4LVGA 3W2UA 3ZR4A 5I3FA 3WFAA 1T96A 3H53A 3LV6A 1KFCA 1LRTA 4JICA 2YPIA 2QAPA 2FB3A 4FO4A 2J9ZA 2C13A 4K7YA 3O63A 4EVZA 3SW6A 4IMFA 3PWAA 3PAJA 4O1CA 4IWWA 3DKLA 2JKEA 4MPQA 4E2DA 3W6YA 5IBXA 1PS9A 2AAMA 3QMSA 2P0OA 2WPBA 2Z1BA 3BARA 3DFOA 3EB2A 2FJKA 4LS1A 4O18A 3AO0A 1JRBA 3KFTA 4DO6A 3LXCA 4N4PA 4PEKA 1C29A 2QDGA 1W5QA 3CM4A 2Y62A 3W3OA 1OFQA 4WUIA 2QCNA 2NLIA 2JKAA 1W3IA 1TPC1 4GUGA 1BWKA 2CW6A 1YXDA 4WD0A 1A5AA 2AQWA 4TR9A 1BWLA 3O06A 3LM7A 4IMCA 2H8XA 1AW2A 2GVGA 1QPQA 3PBVA 5A8GA 3TK7A 1LOSA 1DQWA 4OU1A 3QSRA 2EF9A 1OHLA 4Q33A 2BX7A 3LRLA 3W7MA 1G4SA 2FPYA 3W7CA 3HGOA 1GT8A 1LZOA 3NL6A 1EPXA 3WK2A 3FEMA 2P10A 4UMCA 4WJEA 4UFLA 3STEA 3S1UA 1OK6A 3PM6A 4N9CA 3N34A 3E02A 1QDSA 3W84A 4AVFA 1QPRA 4AHQA 1ZAJA 5K7JA 2ALDA 1SFJA 3EX1A 4GNJA 4JTFA 4RK8A 3MBFA 3GXNA 3P7YA 4UFHA 3CIWA 1JULA 2BLEA 4M5PA 5HWMA 1FY6A 1K7FA 1TSIA 3FS2A 3E96A 1KV8A 1CI1A 1JQVA 4IPJA 3VI2A 4IUOA 3P61A 7TIMA 4DPPA 3AJXA 1AL8A 2ZZ7A 3W1PA 1HG3A 2X1SA 4ZQRA 4IJBA 3PUDA 4EF8A 3I65A 3QPYA 5FEZA 3EX2A 4MFDA 2A6NA 3IIZA 3A21A 3KHJA 1DJNA 1KM1A 3L9CA 3QYQA 2NX1A 3IIPA 3NXFA 3VKJA 4XWUA 3BV4A 3ATYA 3QQ1A 1X1OA 3UWUA 2CLEA 4MZ1A 5EPDA 1JR1A 3IGXA 3UD6A 4YCOA 3HB9A 3MW7A 1WDWA 3DFQA 1ZY9A 1WOBA 2QCFA 3S6DA 1IXOA 4DBEA 3W88A 3UXDA 2WNQA 3B03A 2B4GA 2DJLA 4X3ZA 1TV5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1G4E A;  4IQL A;  3T2P A;  1UR0 A;  4H8U A;  2OFJ A;  4GUJ A;  1KRA C;  4CQ9 A;  1J5T A;  3M0V A;  2ZUM A;  1VLI A;  3GX9 A;  4V28 A;  4WGH A;  1E3X A;  4FS9 A;  4P7O A;  3FX4 A;  2OZ3 A;  1X8C A;  1DXI A;  4H9U A;  3U4A A;  3RJX A;  3VVG A;  3L2L A;  1XCX A;  3LHZ A;  1H7W A;  4O10 A;  1R3S A;  4E2O A;  1V0K A;  3BSG A;  1YDO A;  3R79 A;  2J62 A;  1AJZ A;  4KEV A;  3TUU A;  4H41 A;  3LG3 A;  1E4I A;  3LHV A;  1QWK A;  4IMA A;  2PGE A;  1PZ1 A;  3P84 A;  2JGY A;  2NXG A;  3JZE A;  4FOU A;  6TAA A;  4LCQ A;  3KOW A;  3MU7 A;  1TJR A;  3Q45 A;  4Z2G A;  4O16 A;  1B3V A;  4FI4 A;  2C15 A;  3DG6 A;  2Y88 A;  1GWJ A;  4DRS A;  5D8Z A;  3AXK A;  4L64 A;  3CUG A;  1CGU A;  2OZT A;  1T8Q A;  5I77 A;  1Q6D A;  2F84 A;  3VGG A;  1WXY A;  2RUS A;  4N42 A;  4IPP A;  3H7R A;  1O4U A;  1EGZ A;  1GNX A;  3CXO A;  1LQ0 A;  3KBV A;  4PMD A;  1IXN A;  1QNQ A;  1REQ B;  3WJX A;  4AAJ A;  3LXB A;  1B1Y A;  1RQB A;  4US6 A;  5F1V A;  3D5H A;  1BLI A;  5CSU A;  5DRC A;  1YPX A;  3WLP A;  4G5D A;  4LC8 A;  1VS1 A; 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