1KFE | Genus

Total Genus 96

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	96
sequence length	268
structure length	252
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__314123429725383__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__314123429725383__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KFE/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__314123429725383__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"314123429725383","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KFE/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__314123429725383__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	On the Role of AlphaTHR183 in the Allosteric Regulation and Catalytic Mechanism of Tryptophan Synthase pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus	96
structure length	252
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2001-11-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1kfeA00

5FESA 5F2GA 1QR7A 2WNZA 4U28A 2B4GA 4S2BA 5D2YA 3W9ZA 3TSDA 2C14A 3H53A 3S42A 1TJRA 2ISSA 3LV5A 5F4SA 2GOUA 3N34A 2FB2A 4MUZA 1W5OA 1SUXA 5D05A 4LTSA 1YTKA 3QM3A 4EOUA 5I3JA 3NYZA 3TX9A 2GVGA 4YL2A 1W56A 4NZJA 1DOSA 3EB2A 3BVJA 4FNTA 3LBMA 2EF9A 3CHVA 3G0XA 3WJWA 4A29A 1H50A 1DJQA 2QAFA 1W0MA 2FTPA 3HG4A 2GQAA 3TSBA 2YSWA 3L21A 4QITA 2PCQA 3PULA 1ADOA 5KZMA 1VRDA 3M9YA 3O8AA 4WUIA 3TR2A 1YXYA 2YX0A 3WJXA 4FXRA 3LCHA 3KAOA 1FQ0A 1U83A 3L9CA 2BZNA 1H5YA 4FNUA 1WOAA 4UTLA 1G69A 2DORA 3NOEA 4NX5A 3I7SA 2E6YA 5HULA 3ABQA 3DXIA 2BLEA 3A23A 3PSVA 3W7NA 5FF7A 4DBDA 3DBPA 1H7XA 1JRBA 4RCXA 2C1HA 2ZA2A 5K9XA 2ZA3A 3R2GA 1TTQA 5AYZA 3W1NA 2PRLA 3GXNA 1OJXA 1ZENA 2NXIA 3LHWA 6TIMA 1YYAA 4Y6GA 4UR7A 5K4ZA 1Q6QA 4IQLA 1PVNA 3UXAA 1KW1A 3IV3A 5FEPA 4LVFA 4WX2A 4UFIA 4UUIA 1LROA 2H90A 3NL5A 3LX9A 4FX6M 1Q45A 4MZYA 1UUMA 4OGZA 1DKWA 4RXGA 5K4XA 4Q33A 2VOMA 2A6NA 1KTCA 2CLIA 3MI6A 4O28A 5G2WA 2BX7A 3FOKA 3GR7A 2ZRVA 1SW0A 2V30A 5EKYA 3S5YA 1LBFA 2WV8A 4AB4A 2ZRZA 3CC1A 2WKJA 2VC6A 3SI9A 1A5BA 2QJHA 2OCZA 4JTUA 4MPQA 2YDAA 3PG9A 1W5NA 2PC4A 1EWDA 3LXAA 1ZCOA 3FEMA 1R2SA 1XBVA 4IPIA 1I2RA 3B4UA 5C6MA 3TMLA 1TRDA 1TREA 2ALDA 3PSWA 4FX8A 1BWLA 4TMBA 4ADUA 4N6FA 2ZQ0A 1ZY9A 1ME9A 1LRTA 3TH6A 3GNNA 2QUTA 4C1LA 2VFIA 3MI2A 4E0CA 3BW2A 2YW3A 3P60A 3KVKA 3QMTA 3W7QA 4HNUA 1UASA 4Z1BA 1RD5A 2W0UA 4ML9A 2BXVA 3STFA 2NX9A 2FPTA 4JY8A 2JGYA 4OU1A 3P62A 4UTIA 1AW5A 1QFEA 3NDOA 2E68A 2R91A 4L4MA 3FYOA 3LI1A 4MFDA 1I8JA 3M47A 3NQ6A 4K36A 4NXKA 3DFNA 1K8XA 1PHQA 4N4QA 4HPJA 1J4EA 4MVAA 4AWUA 2ZDRA 4KFOA 3WK3A 4HHPA 2VEKA 3GNDA 4E2DA 3OA3A 2ZBTA 1OVDA 2QDHA 1T99A 3W1RA 1TPFA 2GJLA 1YDOA 3UXDA 3O05A 5E0KA 5KTLA 3EKLA 3T55A 4RX0A 1O5XA 3GKAA 4JTFA 1F6PA 1XUZA 1FX6A 3W1XA 5ABTA 4MIMA 3C0JA 2HSAA 5DBUA 1Q6LA 3BPWA 2NXGA 3DFSA 4LOCA 3C56A 2J88A 3MYOA 3W71A 1N8FA 3TROA 1DQXA 1VLWA 3SR7A 4K7VA 2ZRWA 3BW4A 3E9AA 1O60A 2OJPA 3DHDA 5G5IA 1NFBA 2C15A 2R94A 3TQVA 2B7PA 2QCDA 3UPBA 1ICSA 4JIPA 1GYLA 1D3HA 1MEWA 4ZQMA 2J9YA 2ABAA 4JTKA 3M5ZA 4WOQA 1KV8A 1SSDA 3HGJA 4OT7A 2YFOA 3QMSA 2Y85A 3EEGA 3HBLA 2B7OA 3SIZA 3MHUA 3KOFA 3MBFA 4LRSA 3STCA 1L9WA 4O4VA 2CU0A 1LDCA 3IVTA 3NQ8A 3O6DA 2NZLA 4XKYB 2Y7EA 4NJKA 3E0IA 4O52A 3B04A 3W88A 3IEBA 2XN0A 1K7EA 1TIMA 3GXTA 2WQPA 1TPUA 5HMSA 2NX1A 3DFQA 4JYFA 3TNOA 2DZSA 3HMJG 3GXPA 2HTMA 5DY3A 2NXHA 2WPBA 1GG1A 1LZOA 3L2IA 1XDLA 1FXQA 1AG1O 3EXSA 5KZDA 3SZ8A 3L0KA 4POCA 4Q32A 2Y61A 3BG9A 3BG5A 1XBYA 2C16A 3LTYA 4XWUA 5LNUA 3BO9A 4Z0SA 4I7VA 3S5NA 2B7QA 2FB3A 3PBVA 2A21A 5BW6A 4LVGA 1EWEA 3B8DA 1GG0A 2GJNA 3DHFA 1KFBA 2IQTA 2QAPA 2ZZ2A 3E49A 3MI3A 3WK1A 3NL2A 3C2EA 2DU2A 3L67A 4X2RA 3C3NA 4AH7A 1NVMA 2OX1A 1SO5A 3UWUA 5G2IA 3S0CA 1QPNA 4GE8A 1F6KA 5BRBA 3B0PA 4IXXA 3UZ5A 2Y62A 1OFOA 1B4KA 3UWVA 3LHTA 3DKJA 5D2WA 2Y7GA 1DBTA 3W2UA 3TAOA 4FB7A 3DKLA 1ZAIA 4UMBA 4TO8A 3TDFA 4E2BA 4HKPA 3IIXA 2QUVA 5H91A 5KINA 3WJZA 1C29A 4N4PA 1JR1A 1XI3A 3DU0A 3TFXA 1FDYA 4DELA 5K7JA 3E12A 2FQIA 1YDNA 1YTEA 1B4EA 4O1CA 1K3UA 1AMKA 3BW3A 3W7KA 1OHLA 1EX5A 2C0AA 2ZCGA 5K9CA 2V81A 5LNSA 1UB3A 1YADA 4JR5A 4O12A 3NQ7A 1WA3A 1UBSA 1F7BA 4YLWA 5EA9A 2H8ZA 3C2FA 1HG3A 3RLVA 2A4AA 3HIJA 1TV7A 2E6AA 2EAWA 3C6CA 4WY0A 4M7SA 3OIXA 1VHCA 3GDKA 2GPTA 1UJPA 1KM0A 3NGJA 4LS2A 2VELA 3KXQA 5EL1A 2NUXA 2ZTKA 2NUYA 2BWGA 5DLCA 1PHWA 1VLIA 1YTDA 1C9DA 1OFEA 4GUGA 1VHNA 1FDJA 3GAKA 1FWNA 2FDSA 3MWAA 3G8RA 4Z0JA 3RU6A 3NM1A 1RR2A 2TPSA 1PL9A 4UXDA 4NT0A 1SR9A 1TQXA 3W7DA 1QMLA 2J9ZA 5AHIA 1PIIA 3Q2DA 4O19A 4GFSA 3WJSA 2ZFAA 5D2TA 1KM3A 1Z44A 3QFEA 5AC8A 1VYPX 2E6DA 5CSSA 2CFFA 4S2CA 2I9EA 4MY9A 3HGSA 4JX5A 4MJZA 5F2MA 3STEA 2DJXA 4YWIA 3UPWA 3WK2A 3P80A 5CZJA 3VE9A 4PTNA 2HS8A 3OEXA 2JKEA 4EF8A 4I7UA 4ZQCA 4FIQA 4HPXA 4R33A 7TIMA 2JGQA 3WFAA 3UQNA 3O06A 4GC4A 4XTDA 2XN1A 3LHZA 1VYSX 3A21A 1GVFA 5I3GA 1V5XA 4Z1DA 2CW6A 4NJGA 4JDYA 4YCOA 4MYXA 3UZJA 3LERA 4O50A 3EX3A 3G1VA 1A53A 3ZWTA 1OYCA 3L5MA 5F4XA 1H1ZA 3SGZA 3THQA 1QWGA 5AFDA 2HMCA 1VC4A 4ICNA 1JRCA 1NAL1 4DO4A 1VGAA 4DEFA 1XBZA 1FWWA 2CLFA 3TA6A 1IXOA 4O53A 1OF8A 3FLUA 4MYAA 3NAVA 1TQJA 3LCXA 2G5WA 2CLMA 3IVSA 1HO4A 5C5YA 5D2VA 1VR6A 3S1VA 3ATYA 3DGRA 1A5CA 3TXVA 5C54A 2E5BA 2ZRYA 3FIGA 3A22A 5K2ZA 4JIQA 4O14A 1WOBA 3PF3A 4DO5A 2JK2A 4P2VA 2E5CA 3KRSA 3O1NA 3DENA 5F2LA 2DZTA 3QRHA 1GPWA 3FJLA 1OF6A 3QPZA 4AMAA 4WD0A 3DFTA 4FEZA 1QPOA 3W23A 3G18A 1OX4B 1VH7A 1W3TA 3TC6A 3NA8A 1I4NA 4I7WA 3EX6A 3LOTA 4O1AA 3NQGA 2A7RA 3L0GA 4BI5A 1DVJA 1OFBA 4LW7A 3MJYA 2Z6JA 1C8VA 5LHEA 5I3IA 4XKYA 3JRKA 3QW3A 2FPYA 2C18A 2F7FA 4P61A 5A8GA 3NG3A 3TMQA 3G1YA 2I1OA 4LV9A 1AK5A 3C61A 3IRDA 3USBA 1KM1A 4NQ1A 2D73A 4O0ZA 2YZRA 1R2TA 3LCFA 4YCPA 4UFMA 2A0NA 4NX0A 2QKFA 4MY1A 3SJ3A 2QJGA 1JCLA 3OVQA 1OX5A 2ATSA 4ALDA 3MO7A 4JS3A 2Y7DA 3ABRA 3N73A 4K39A 2E5DA 3LDVA 1YLVA 1WDWA 3W73A 1LRQA 3OVRA 2GVLA 1KBIA 4LC8A 2PE4A 2EKCA 4NJIA 3LRKA 2OT0A 4QAIA 3KVLA 1KFEA 3INPA 4IMGA 4NJHA 3W2JA 3U2OA 2VKZG 4PEKA 4NU7A 1TPH1 2QCMA 1CW2A 3BGJA 4NJJA 5HUPA 5HWJA 4HNVA 2RDWA 1R2RA 2X1UA 3QZEA 2FPVA 5FF4A 2X2GA 3P74A 3UWWA 2V82A 3G1SA 4LUIA 4O1BA 4UTJA 3NPUA 1D9EA 1LBMA 3TK7A 2ZRUA 1QAPA 3CTLA 3PBUA 2QUUA 2Y89A 4PFMA 1OABA 4O17A 2TSYA 2P0OA 3M0ZA 3PUOA 3O6YX 3Q37A 1G4TA 1YPFA 1XM3A 2LLEA 3CM4A 3LCLA 3S8HA 1SZNA 1MXSA 3TW7A 5HINA 5CPMA 3JS3A 3QEZA 1RZMA 1P0NA 4MJMA 1KFCA 3B05A 3HPXA 2AAMA 5HUOA 5U4NA 4W9TA 3CQ0A 3UY8A 4O10A 3LV6A 1NF7A 2CZ5A 5BMWA 1CI1A 3U8GA 4DF1A 1KFKA 3LTPA 2ISVA 1FCUA 2GQ9A 4WXZA 1PCWA 1F76A 3TJXA 2FIQA 4UMAA 1LOQA 1K7XA 3PG8A 5F1VA 1O5KA 3SW6A 1SSGA 5AHLA 2V2HA 1GZGA 5IM51 3MHGA 3W7RA 5KITA 1HFBA 3R12A 2PURA 5LSMA 5J5DA 4FHAA 1G6CA 2WNNA 1FWRA 3THAA 3CU2A 4I9AA 2Y70A 3N19B 2H8XA 3LBCA 5G4WA 1H7OA 5LNRA 1TV8A 2TMDA 3PVFA 4UTTA 4IXHA 3SGUA 2VFGA 1F74A 2TYSA 3DI1A 2WSYA 4N9DA 4QM1A 1GQNA 1W31A 3RNDA 2WO5A 3SECA 3DFOA 4K7YA 1VCGA 2QCEA 1ZFJA 1P5BA 3L0NA 4ONVA 3W74A 3V75A 1ZHAA 2H3DA 1ML1A 5D2XA 3TJLA 3ABSA 4LY8A 5TIMA 3EWXA 4JTTA 2X1TA 5F2IA 4MLJA 1TMHA 2J27A 4N6EA 3W72A 1JVNA 1F2JA 3G0UA 3GAYA 3UWZA 1GVQA 3TXZA 1I2QA 5IBXA 1O94A 3S6DA 2V0TA 4O15A 5D03A 5D04C 3RMJA 2QJIA 4CCEA 3W7GA 2ZZ1A 2NX3A 1TYGA 3DI0A 5C2XA 3RK8A 5J5RA 2X1SA 5SWUA 3PUEA 1YPIA 5HWNA 1Z48A 4X22A 5I3KA 3W2NA 3CWOX 1T8XA 4JTJA 3NM3A 3JR2A 4FNPA 1QOPA 5AHEA 1P4CA 4XBKA 1W3NA 3NL6A 2NV1A 3W70A 3CPRA 4WOZA 4O57A 1M6JA 3NQVA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5CPL A;  2VEP A;  4WKA A;  4FNR A;  1VFS A;  2DVX A;  2RJH A;  1KM4 A;  4ZQP A;  4ZR8 A;  2E28 A;  1JQV A;  3CO8 A;  4M56 A;  1E0X A;  3EWY A;  5EML A;  3WBX A;  2XUC A;  4RE2 A;  1JUB A;  1EJX C;  2QPS A;  3L12 A;  4AHO A;  3U4F A;  5AHM A;  3L66 A;  2HK0 A;  4MB5 A;  3E2R A;  1Q2S A;  1Q8A A;  3S2N A;  1X6N A;  1CTN A;  5AYX A;  3S1G A;  4QP0 A;  4C6L A;  3MJM A;  4IQE A;  1JQX A;  5JMU A;  3EOE A;  1V51 A;  3NQE A;  1E4M M;  1TPB 1;  1JEZ A;  4KRU A;  3LU2 A;  3PBY A;  1R6W A;  4GY7 A;  4K8H A;  1UJQ A;  3GFZ A;  4HME A;  2IXV A;  2PA6 A;  3KUM A;  2YL5 A;  2DJL A;  1BD0 A;  2VHL A;  2WQD A;  1VBU A;  1KXH A;  3BSG A;  1GHR A;  1AJZ A;  1KV5 A;  3GM8 A;  3IUD A;  1KKR A;  4P7N A;  1FBA A;  5G2H A;  2QCC A;  1UML A;  1XH2 A;  2ZUU A;  4N9C A;  4AD4 A;  4KKX A;  4LYP A;  1TTJ A;  4KIE A;  3SO7 A;  1ZS2 A;  2GK1 B;  3MUA A;  3L7R A;  4AX7 A;  1SGJ A;  1A5L C;  1K03 A;  1IZC A;  2OSY A;  4X2P A;  3PTM A;  1POJ A;  3OHM B;  3WLH A;  4PE8 A;  4IJB A;  3VDB A;  1JD9 A;  4QHR A;  5MKG B;  2B81 A;  4RJE A;  1Z3N A;  5G1T A;  2ZOX A;  3BLL A;  1GVO A;  4IX0 A;  4PUW A;  3ANU A;  3R0D A;  3K30 A;  4M7T A;  4A3Q A;  1TV5 A;  2ATM A;  4I3G A;  4C6E A;  4IME A;  2ZID A;  1GYN A;  4QE5 A;  1TWD A;  1IWB A;  3VOC A;  4AF0 B;  1RCX B;  1QOX A;  4R3U A;  1V6T A;  5I23 A;  4KQN A;  2DIK A;  3Q45 A;  4IWW A;  2EJ1 A;  1A49 A;  3TYE A;  3UJF A;  5E0F A;  5ABF B;  2QCF A;  2W27 A;  1PCK A;  4C7F A;  5FEW A;  1W5Q A;  3EXT A;  4R27 A;  1XH1 A;  4LWW A;  1Q3N A;  4F0M A;  4DAF A;  4YVX A;  4B3Z A;  4S1F A;  2CZD A;  1HXJ A;  1XKJ A;  3ARZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KFEA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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