1KFK | Genus

Total Genus 94

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	94
sequence length	267
structure length	251
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6622490192223576__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6622490192223576__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1KFK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6622490192223576__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6622490192223576","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1KFK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6622490192223576__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb76bec10600e7ff79ec94/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb76bec10600e7ff79ec94/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb76bec10600e7ff79ec94/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb76bec10600e7ff79ec94/pdb.gz): 1730 ms

reading 251 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

251 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:250});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	On the role of alphaThr183 in the allosteric regulation and catalytic mechanism of tryptophan synthase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus	94
structure length	251
sequence length	267
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2001-11-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1kfkA00

3R13A 2VC6A 1CX9A 1FXQA 2A6NA 4NJKA 4OQVA 3VNDA 1QR7A 3UPBA 4LW7A 4A2SA 1T0OA 5CZ0A 4M19A 5AC8A 4HIBA 4MFEA 1QCWA 4BWLC 5I3HA 4GWEA 4X22A 3S1XA 4ZZ9A 3N3MA 3NVTA 4DBEA 1RQHA 3SFKA 3QPZA 3NA8A 5BMXA 3M5VA 1SQ7A 5KZEA 3MYOA 1G4TA 4IMFA 5LSMA 4N9DA 3H55A 2D73A 3HG5A 4QQ3A 3PR2A 1GPWA 3L5MA 2RDUA 3G22A 1ZAIA 3HF3A 3NL3A 2ZZ6A 1SZNA 1VRDA 4YCOA 2QCMA 2RH9A 2X1SA 3OG3A 3NL5A 3W71A 1KTNA 4MKNA 3TJLA 3B06A 3NAVA 3VCRA 1OF6A 4OU1A 5TQLA 4QAIA 5I3JA 2E5DA 4QNEA 3BG3A 3EKZA 4JTFA 3NZ1A 1IXNA 1VHCA 5DCEA 1IF2A 1Z48A 3UWQA 3PBUA 2FPYA 3OVRA 5H91A 2QR6A 1F7BA 4CNNA 4RZ6A 3IRDA 2XN2A 1XDMA 1DJQA 1UASA 3DFOA 1G4SA 4UMBA 4W9TA 2GVGA 3EWWA 1MXSA 1FWSA 1TJPA 5G1YA 2Z6IA 1FX6A 1HFBA 3W87A 3G1HA 3U2OA 3DU0A 3A5FA 1D3HA 3L0GA 2Y62A 2OX1A 1OFAA 3S0CA 2I14A 5KITA 4LVGA 4Y90A 3GDRA 4XBKA 4BI6A 2X1TA 3WK2A 1OX6A 4AWTA 4I7UA 3CB8A 4GRSA 4JX6A 3NR0A 3UWUA 4MZ8A 3ATYA 3TFXA 2A7PA 2WNQA 2AQWA 3TH6A 1VYSX 3EX3A 3W2LA 1VPXA 2J88A 1QPRA 2E09A 2V5LA 1O95A 1TV7A 3QW3A 3WK0A 3G3MA 2X1UA 2WKJA 3FYPA 2ZRZA 5DXXA 1FDZA 2V0TA 4UXDA 1RQEA 4WQ6A 1H1ZA 3LRMA 4IMDA 2GUUA 4NZJA 3DFTA 1LP6A 3G1DA 2V82A 3W7IA 4RKAA 2H3BA 4E38A 3S9YA 3DFPA 3S1WA 3QMTA 3O15A 5A8GA 4MPQA 2Y70A 3LHYA 2Y88A 4IJBA 3TW7A 3UWZA 5BNKA 3EKLA 3DXIA 3K30A 3GXPA 2NX9A 3MHUA 2QCNA 1KA9F 3NQGA 2QJGA 4XZ9A 1QOQA 1HL2A 3C61A 3O05A 4JTGA 3A5VA 4O50A 3P62A 3UYCA 4JTIA 3M5XA 3DGRA 5LGZA 3W74A 1H7NA 1RZMA 2BXVA 4WUIA 3W9ZA 4UTIA 4LT9A 4C1LA 1KFCA 1SW0A 2C19A 2OMAA 4HNUA 3G0SA 4FXSA 4MIMA 1KW1A 3I6RA 4FO4A 3GNDA 2E6YA 4OT7A 3STGA 3UNDA 4A21A 2C18A 5AHMA 3MMTA 3M47A 2YXGA 4MJMA 4M5PA 2VFIA 4IXXA 1EWDA 3W2NA 1SO4A 3GKAA 1OHLA 1FQ0A 5K3VA 5D2YA 1PL9A 2Z1BA 4HN4A 4RZ5A 3N34A 1L6SA 1W37A 1XCFA 4UUIA 3M5ZA 3HOJA 3ATZA 4E0CA 2CLEA 1EX5A 3IGUA 1GOXA 1AK5A 1GYNA 1QNVA 1W56A 1L2UA 4FNRA 3TQVA 3O6DA 5KZDA 2WV8A 1UB3A 1R30A 3P84A 5DELA 3W7DA 3GNNA 1JCXA 2P1FA 4NUWA 3KVKA 2FTPA 4UR8A 2BSLA 3QMRA 1K7XA 1GVQA 2A2IA 4N9BA 2B7OA 3BW2A 3PBWA 5F2LA 1F73A 2YZRA 1L6WA 2Z2UA 3S5ZA 4AWUA 2CZFA 2TMDA 2YW4A 1ICPA 3AJXA 2H90A 4HPXA 3ZFHA 3O16A 3LV6A 4HSOA 4JS3A 3UD6A 1I2NA 1ICSA 1WDWA 1BTMA 3DKLA 2QJIA 3LM7A 1DBTA 2J9XA 3TSDA 1ZAHA 4O4VA 3NQ8A 4KFOA 5D2XA 1YXYA 1P1XA 1YPIA 4RXGA 1TYGA 4CQ9A 1FWRA 4O16A 4GUGA 3N73A 1Q3NA 4I9AA 4AMAA 5LNVA 1G7VA 1DKWA 2VFGA 3E49A 3ABOA 5DY3A 3W86A 5CZTA 3CIXA 3C8FA 3EB2A 1JRBA 3DHFA 1VYRA 4LS2A 2P10A 2ATSA 3R5EA 1H5YA 2WO5A 5D38A 5E0KA 1DJNA 4LRSA 4YWIA 2VKZG 2HMCA 4WY0A 3CU2A 3GDMA 1GVFA 1B3OA 1IGSA 4N4PA 1H7RA 3IVSA 1TPEA 3R12A 3NQ6A 4JGDA 3N9RA 2EAWA 4CNOA 3EXRA 3T55A 3C6CA 4O57A 1LBMA 4K7YA 2YDAA 1WOAA 1TPB1 1FCVA 5AHFA 3NQEA 3BW3A 5A5WA 3GB6A 1CW2A 1ZHAA 4IXHA 3TA6A 1WXJA 1N8FA 3CHVA 3PC0A 3A24A 4PC8A 4WY0B 2OCZA 2ZYFA 1SUXA 4ZQCA 1OFOA 4MLJA 2Z0IA 1FWTA 1XDLA 1YXCA 4OV9A 1IXPA 4JTHA 4PL2A 2ZZ7A 2E6FA 3LXBA 4BI5A 5FF0A 4H6KA 1LROA 3R89A 2HS8A 4M7TA 3W1RA 4NXKA 3FKRA 4KWWA 3CWOX 4WY0F 2X30A 3WJWA 3RF9A 1XL9A 1NF7A 3P60A 1O5KA 2CZ5A 4PTNA 5IM51 4NU7A 4HHPA 4MVAA 2FQIA 4Z1BA 4YMZA 5KZMA 1JVNA 1GG0A 4MY9A 4A29A 4DELA 3GVGA 4U4MA 3B0PA 3SI9A 4WZHA 3T44A 1LTDA 3KXQA 1OFEA 4JTEA 4JDYA 3M7WA 1QPNA 5EL1A 2QEZA 1ZY9A 4KKXA 4M6VA 3SECA 2YW3A 3W1LA 2ZDRA 1THFD 1ZCOA 5F1VA 4JTJA 2HSAA 2PRHA 1TTQA 3EWXA 2ZZ2A 3DI0A 3S6DA 4HT3A 4DO4A 1GVOA 1JCLA 5HR6A 4HNNA 1HO1A 5FF2A 2V30A 1W5PA 2JGYA 3HIJA 4B5NA 1NSJA 4EVZA 1RPXA 1ML1A 2CLHA 3TAOA 2NUXA 1K8ZA 4HPJA 1FCUA 2ZA1A 1H7PA 3C0JA 3D0CA 3THAA 2CFFA 4AVFA 4JTSA 3CLMA 4DBDA 4GXMA 4JYEA 3RU6A 1Z41A 4O11A 4O10A 3W1QA 3NM1A 3HPXA 1TPC1 3C56A 4MZ1A 3WK3A 1FDYA 1M7PA 1R2SA 3I65A 4XTIA 2ZRXA 5KTLA 5AC7A 3TCEA 5G2IA 1DVJA 4I7VA 5FEWA 5AHNA 1NEYA 3DFNA 2X2GA 4WXZA 3WJZA 4JN6A 4JNMA 6TIMA 2B7NA 5G4EA 1QO5A 1NVMA 4O17A 1FXPA 3MP4A 4GC4A 1N7KA 5EYWA 4M6PA 3L67A 4ADUA 1Q45A 4FEZA 4K37A 4O14A 3B04A 1SO6A 1ALDA 3W7HA 4MYXA 1LBFA 5KSWA 4MY8A 1XUZA 2A7RA 4ADTA 2QF7A 1TIMA 3EWBX 3OHIA 4WX2A 3LV5A 2WOQA 1Q6OA 3ZS4A 4UTWC 4EF8A 2NWSA 3TR2A 4MLRA 1OJXA 3IIZA 3HPSA 2I1OA 4EIVA 5J5DA 3IV3A 3M1ZA 5CPMA 4AHQA 4N2YA 1GJPA 1MO0A 5U4NA 2B0MA 2QCFA 3QSTA 5D09A 4UMAA 3LLDA 2V81A 3INPA 2V2DA 3UY7A 1VS1A 4GUIA 1P0KA 3HQ1A 4FX8A 2PC4A 5HJLA 2F84A 3B8DA 3MO7A 2A21A 4TX9A 1H63A 4X2RA 2BWGA 4N6EA 3NPVA 3KVLA 5LNWA 2VFDA 1VH7A 3GDKA 4KWVA 1W3IA 2Y61A 3PS7A 3M44A 4QIUA 3FJLA 5HMSA 3H54A 3W3OA 3NOEA 3HMJG 5SWUA 4NXSA 3O6YX 4WOZA 5TBOA 3G24A 4IMGA 5G1TA 3HG2A 1W5MA 5LGXA 2BLEA 2NUYA 1TSIA 3VFLA 4MOZA 5K9DA 1SSDA 3V1PA 1TPH1 4UFMA 3PG9A 4JYFA 4XQ6A 1M7OA 2GQ8A 3KVMA 4ORIA 5AN7A 1JQXA 3STCA 4CCEA 1G7UA 3W1XA 3GLCA 3O6CA 3I68A 3NQAA 3THQA 3OEXA 5FF7A 1JUBA 3G0XA 3MI6A 1BKSA 3QFEA 1OG0A 3NPXA 3Q2DA 3BPWA 5K2ZA 1TTIA 4BFAA 3L2IA 3LCLA 1C9DA 3NXFA 4ONVA 3PF3A 4Z1CA 3IGSA 1RV8A 2R8WA 2CLMA 3WJXA 3W2JA 5BRBA 2E6AA 4O12A 5HWMA 3W1UA 1VYPX 3NEVA 5E93A 1I45A 5AFDA 4JTLA 1EUAA 3PWAA 2V5BA 3SGUA 3W6YA 4N9EA 1T8XA 3G1SA 3LXCA 1I8JA 3HGOA 3JR2A 4IX2A 3W1NA 2QDHA 1GZGA 3SR7A 2NX1A 5D04C 4NQ1A 1FCBA 4H4IA 4CCDA 1K3UA 1XUUA 3QQ0A 3NYZA 2BX7A 3HGRA 1W3NA 1SW7A 4IMCA 1XKYA 4Y6GA 4ADSA 1TTPA 1PE1A 2A4AA 3KOFA 3T4CA 3C4UA 4NJJA 1L9WA 4TU1A 1FY6A 4NNBA 3W1MA 2E1DA 3A23A 1K7FA 5EBUA 4K36A 1EWEA 1GTHA 3STEA 2DJXA 3EXTA 3UWWA 2GVJA 2QAFA 3QMSA 3NPWA 5IBXA 3L68A 3NPUA 5EY5A 3BG9A 3FIGA 1ME9A 5AC6A 3MP3A 1LRTA 5T26A 4RLIA 4MYAA 3LTSA 1JUEA 2O7QA 3C2EA 1EP1A 2CLIA 2VEIA 3QH2A 3B0VC 1AL7A 1AG1O 4AF0A 3TROA 2FFCA 5AYZA 1PCKA 1XFBA 3LHZA 4O1DA 1KFEA 1AW2A 1OK6A 3W1PA 1L6YA 1WQ5A 3KAOA 1RR2A 1G4EA 1IXOA 3LBCA 4AAJA 1ZALA 1W8SA 3P81A 3LTPA 3P8JA 2V2CA 4JXCA 1A5BA 3ABRA 1YYAA 3MBFA 4K39A 5C54A 1DQXA 3LCXA 4RK8A 3W72A 3MI2A 1SU5A 3EWUA 1F05A 4UCGA 3NQFA 3W7LA 3MHFA 3PVFA 1D9EA 2VENA 4AF0B 4O28A 1HG3A 4OBTA 2Z6JA 4EOUA 3ABQA 2ZZ3A 5G4WA 3IVTA 2QKFA 1K8XA 3LCFA 3W7NA 2XFWA 1HO4A 3SGZA 1PS9A 4O4WA 3OVPA 3LB0A 3W73A 5I3IA 3KX6A 5BW6A 4HSNA 2FDSA 2A85A 4EWND 2Y7FA 2CLFA 3DFSA 4XBSA 3NQMA 3GK0A 4CLMA 4ZQOA 5DBTA 3MUXA 4M7SA 1H7WA 1OK4A 2C16A 1W3TA 3FJ6A 1F76A 4LV9A 4TR9A 2EF9A 4FXRA 4ORMA 4K8EA 4IPJA 1OVDA 3NQDA 4XUGA 5H2ZA 2W6RA 2J9YA 3BLFA 2GQ9A 2WSQA 3UZJA 1JR1A 1J5TA 1W1ZA 1TV5A 3NO5A 1GQNA 1KM4A 3MW7A 5FEPA 3FA5A 3CC1A 1H61A 3BW4A 3L66A 4R34A 3W76A 3VE7A 4LVDA 2EHHA 1NAL1 1SSGA 1S5TA 4GNJA 1TQJA 3ZR4A 3UY8A 4DPPA 3S1UA 4JIPA 3LDVA 1VLWA 1KM5A 2DP3A 5BMWA 1XM3A 5HR7A 4QSHA 3R8RA 2H8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1KFKA

Total Genus

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Chain Sequence

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