1KFLA

Crystal structure of phenylalanine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (dahp synthase) from e.coli complexed with mn2+, pep, and phe
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
350
structure length
350
Chain Sequence
MNYQNDDLRIKEIKELLPPVALLEKFPATENAANTVAHARKAIHKILKGNDDRLLVVIGPCSIHDPVAAKEYATRLLALREELKDELEIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHMDNSFQINDGLRIARKLLLDINDSGLPAAGEFLDMITPQYLADLMSWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGTIKVAIDAINAAGAPHCFLSVTKWGHSAIVNTSGNGDCHIILRGGKEPNYSAKHVAEVKEGLNKAGLPAQVMIDFSHANSSKQFKKQMDVCADVCQQIAGGEKAIIGVMVESHLVEGNQSLESGEPLAYGKSITDACIGWEDTDALLRQLANAVKARRG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Allosteric inhibition of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase alters the coordination of both substrates.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 123
structure length 350
sequence length 350
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2001-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1kflA00
1HG3A 4GRSA 2PURA 3JRKA 4DO5A 3GKAA 1ALDA 4IXXA 3EX4A 4FEZA 2NX9A 2WSYA 5AC8A 4LNYA 1MEIA 3O6DA 3OHIA 1ZNNA 3W1AA 1I2PA 3KVJA 4Z1BA 3P80A 4FNQA 1XXXA 1IXPA 3BW2A 3IIVA 6ALDA 3IIOA 2W79A 4HPXA 1ONRA 4DF1A 4A3UA 3W3OA 3W6YA 4Q33A 4LTSA 3SZ8A 4NXKA 2A1YA 3GXTA 4O0KA 3PF3A 3QW4B 3O16A 4M5PA 4X22A 3DFNA 3W70A 2QUUA 3NQ8A 4PTNA 1SFLA 1KV5A 4MY9A 4ORIA 3P8IA 1XUZA 4MYXA 4UTJA 3NM1A 2G95A 4MY1A 2QR6A 3CWNA 3GDRA 3G3DA 4O17A 4JN6A 4E0CA 2YSWA 5U7SA 3D0CA 4ADSA 5LNSA 3S9YA 4UTUA 3A21A 4UFJA 3E96A 2LLEA 3LLFA 3NYZA 3QMRA 3C3NA 4RZ4A 3TAKA 3TAOA 1H7PA 4CCEA 1LZOA 3OEXA 4MIMA 1MZHA 4HNNA 3STFA 5AC7A 1TPDA 1LYXA 5LGXA 4IX0A 4XQ6A 2HS8A 2CZFA 3ABRA 5BW6A 2DZPA 3RFAA 4M19A 3UQNA 3C4UA 1BKSA 1OK6A 3TA6A 1JRCA 1EIXA 2VEMA 2A2IA 1RZMA 3PG8A 1QNVA 5CPNA 3MJYA 3R8RA 4KWVA 5CZSA 1KTCA 5A8GA 3CEUA 4X2RA 4G1KA 1HO4A 3HG2A 3W1QA 4CQ8A 5DY2A 4K37A 4CNOA 3LCLA 2H8ZA 3NQAA 3UWYA 2V5LA 4AH7A 5CGQA 3DFOA 5F1UA 1YLVA 2TRSA 4FIRA 1TJRA 4FO4A 4FNSA 4EWND 3HMJG 1H7OA 5K4XA 2B0MA 3Q2DA 1F6KA 3ZWSA 3QQ0A 3C2VA 4JDBA 3W7NA 3CU2A 1W5NA 1LOLA 1YDNA 5DELA 3T7VA 4H4IA 3VNDA 1Z42A 1RQEA 5CZ0A 2E6DA 3W86A 3ZR4A 3C2EA 3BG9A 3DI0A 3W72A 4BWLA 3GAYA 1TRIA 3QH2A 2X1SA 4KFPA 3KVKA 1FXPA 4O11A 3TMQA 3NGJA 3EWUA 2CZDA 4OQVA 3YPIA 1VGAA 5FF4A 1KW1A 2VFHA 2VFIA 2CFFA 4WOZA 2V2HA 3GYEA 1VYSX 3NQGA 3W74A 4E38A 3RK8A 2X1UA 4O16A 1QDSA 1A5BA 5G2IA 3QYQA 3UZ5A 1TO3A 5C2XA 4N2YA 2ISWA 2Z0IA 2JBMA 1LRNA 3WFAA 3MHGA 1YDVA 2E6AA 5AB3A 1EPXA 1EUAA 2G5WA 3TXZA 3SW6A 3EWWA 3R13A 2Z6IA 3PBUA 3LV5A 3GR8A 5MHBA 3O05A 1A53A 4JTSA 2J24A 3OVQA 4QJ1A 3S5OA 2NLIA 3PAJA 3W9ZA 3GNNA 3CC1A 1TV7A 3CIXA 4GC4A 5I3KA 4Z0SA 5CSRA 3MBDA 1LBFA 3KOFA 3MP3A 1IIHA 4O1AA 2AQWA 1N55A 4AHPA 2CLMA 2A6LA 4DBEA 1RQBA 3IGUA 1QPNA 3TCEA 2J27A 1GVRA 1TTIA 3E0IA 5D04C 1VCGA 1W56A 2A85A 3L68A 2UV8G 4OWGA 3WJSA 4LVBA 4UC5A 3I7RA 3B0PA 4O0ZA 4O28A 5D09A 5KZMA 1B9BA 2YR1A 5L9FA 2ZCGA 1AW2A 1AW5A 1G69A 4JIQA 1OFRA 1KM1A 2FDSA 1PVNA 2CU0A 3HG5A 3NL3A 2ZRVA 1D9EA 2ZFAA 3W75A 2E77A 4UNKA 3UXAA 1H7NA 5L6UA 4UXDA 4GUHA 3NPWA 3LCIA 2E6FA 2VFEA 5AYYA 3GX9A 3QMTA 1LM1A 3HPXA 4NJGA 1VJIA 4N9CA 3UWWA 2NUWA 2C18A 2QKFA 3IEBA 4AAJA 3IIZA 4FB7A 1DORA 2NX3A 3PVFA 4ONVA 3W7KA 2A21A 3DHFA 4FX6M 3WK0A 2WV8A 2QAFA 3W7IA 2GPTA 1H62A 2QUTA 1RVGA 1TPB1 1LOSA 3TQKA 2ZTKA 3EXRA 5F2IA 3WJXA 2C14A 3S6DA 4LUJA 5F4WA 1LOQA 4A29A 1OFQA 4TR9A 1M7OA 4HPJA 3WK1A 3KVLA 4O14A 3DFSA 4XKYA 4LRSA 1D3GA 3S42A 1G4TA 3M0ZA 3EWBX 3TJLA 3HO8A 1L6YA 4GWEA 4ZQCA 4BI5A 4NVTA 5FF7A 5HR7A 1XL9A 1JUKA 1MO0A 3GDKA 2YX0A 3FYPA 4ZQPA 1FCQA 1VYPX 2QCDB 3MP4A 3R5EA 3MYPA 3IVTA 3O6CA 4Z1DA 4I7VA 5G2WA 2GUUA 2VXNA 1ICPA 4JNMA 4FX8A 1SW0A 2J9XA 5F1VA 3MP5A 3UPWA 2J9ZA 3NQ7A 3NAVA 5F4XA 1NF0A 4XBSA 1DL3A 3LCWA 2QJGA 5HNRA 4LV9A 1S5TA 1VLWA 1F5ZA 3W85A 3KFTA 3NQEA 4NZJA 4LV4A 4JTFA 3UD6A 1LLZA 3H54A 1QFEA 1XKYA 1BEUA 4Q4KA 3B06A 1X7FA 1J2WA 2EHHA 3W7JA 3W88A 3Q94A 2NWRA 3HB9A 4MY8A 4M7TA 5KTLA 3PB0A 2ZQ0A 1NAL1 4O57A 3BG5A 1JCYA 1FXQA 1LBLA 2RKXA 4RX0A 4WXZA 1G7VA 4XTDA 4O1CA 1LTDA 1MSSA 3FFSA 1EA0A 4XBKA 4O1DA 3NVTA 4IMCA 3UWVA 3T40A 2XFWA 4S2CA 1Y0EA 5DBUA 1G4PA 1Z41A 2TPSA 5CKSA 2OT0A 3DAQA 1ZFJA 4UTWA 3FJLA 2E6YA 1K8XA 2I14A 1JUEA 1KFLA 1XBZA 2PCQA 4LOCA 3A5FA 4DQWA 1UASA 3LV6A 1W3NA 5CZTA 3WK3A 1MXSA 3ABOA 3FEMA 2ZZ2A 3IGSA 1GPWA 1S3HA 1DV7A 5EYWA 1GVQA 3TQVA 5C55A 1CX9A 3UPBA 3DFQA 5HWJA 3CWOX 1OYBA 4CQAA 5K3VA 1WBJA 3BW4A 1M7PA 1SW7A 4ORMA 2ZYFA 3LCGA 1VH7A 2V2CA 3PS7A 1EB3A 1G4SA 4GUGA 2DZTA 5CG7A 2Y85A 3UY7A 3DBPA 4IMEA 1A5SA 1OYAA 1OABA 1R47A 4Y6GA 1DQXA 4NNBA 5FI8A 2NUXA 4JTHA 3RF9A 3CTLA 3B05A 1AK5A 5U4NA 2YW4A 2ALDA 4AF0A 1OK4A 2C3ZA 5I3IA 4FNRA 4JS3A 1VC4A 4UMBA 2V0TA 3LLDA 1J4EA 1B4EA 1JQVA 3O15A 7TIMA 3I7SA 2QJIA 3EX6A 4WXYA 1WOBA 2DP3A 1JCXA 2XN0A 4L4LA 5HINA 3NG3A 3E49A 3LHWA 4R53A 2AGKA 3CT7A 3QZEA 2BZNA 3IVUA 3R12A 1OX4A 1O60A 3VE9A 2V2DA 5LNWA 1DJNA 5E93A 4WY0A 3BLEA 1CI1A 1VCVA 4S1FA 2A6NA 1N7KA 1IGSA 3DKLA 5AFDA 4OU1A 4CCCA 1TTQA 1KM2A 3DXIA 1SZEA 5EKYA 3U8GA 5KZEA 3T55A 3ATYA 4ZMGA 1CW2A 3P5ZA 1O94A 4PA8A 1ZENA 1KBJA 4AVFA 3O1NA 3HQ1A 1QPOA 4K8HA 1XBXA 2X1RA 4PODA 2D73A 3T44A 1P4CA 2CLOA 1WV2A 5LHEA 5TIMA 3NQVA 3STEA 5DXXA 2R91A 3NXFA 1K02A 3W7GA 1PCWA 3A22A 3WK2A 1JRBA 1OFAA 3TROA 3G1DA 2B7QA 4ZVJA 3P74A 2O7QA 1LRQA 3TU9A 3NQ2A 4LVFA 4JX5A 4FXSA 3W1LA 3FOKA 4DEFA 4ICNA 1BWKA 3O8AA 1Q6RA 2NXGA 5BMXA 1WXJA 3W87A 1W3TA 5C54A 4X9SA 1EWDA 1H7WA 3W73A 4MKNA 4N02A 2Q3OA 2VKZG 1I2RA 2ZDRA 1YADA 3F1QA 3V1PA 3OG3A 3QC3A 2E5BA 3G3MA 5D37A 3TC6A 1G6CA 3UYCA 3M44A 1M5WA 3PWAA 5EY5A 3W7HA 1JULA 3O63A 4RV8A 2BSLA 2ZA2A 2HS6A 4O8RA 4BR1A 3NOEA 4J9JA 3GIYA 3G1YA 4QISA 1T0OA 1DBTA 4QNEA 4K36A 4LS0A 1T96A 1ME9A 3KHJA 1XDLA 3BLIA 3RU6A 3STGA 1P0NA 1SZFA 2JGQA 4UTKA 3OA3A 1LRTA 2PE4A 4Z1AA 3CQ0A 1QMLA 3KRZA 4U4MA 2F84A 1V5XA 5AHMA 5D33A 5LSMA 1S5VA 4OHQA 3O07A 3ZFHA 2FPTA 4I7WA 2XN2A 2CLIA 3VI2A 5EPDA 5DY3A 5GVJA 5LNUA 3FS2A 4JTTA 2R8WA 2Y6ZA 2YFNA 2HSAA 4ML9A 4DF0A 3W1XA 4O19A 1H50A 1VYRA 5D2YA 1Q45A 1OFDA 3EEGA 3GAKA 4EF9A 3W23A 3MI3A 3KXQA 5FF0A 4Q32A 3L5AA 3N14A 2A7RA 1JUBA 4JX4A 1YPFA 3FIGA 1GJPA 3B8DA 3S8HA 3I65A 2R14A 3G1XA 3K30A 1FX6A 1OFPA 2YCEA 5FEZA 1H60A 2NWSA 4NXSA 5A5WA 2H3BA 4RZ6A 2GVGA 3N73A 1PV8A 5FESA 4UR8A 1Z44A 3LXCA 2WO5A 3MO7A 2YW3A 4U28A 1IIGA 3BLFA 1JR1A 3O6YX 4DO4A 1W5MA 1UUOA 3NPXA 1TPH1 2ZRWA 2BLEA 3ANYA 4XWUA 5CPLA 3S5YA 5AC6A 3L65A 3S0CA 3S1XA 4PCFA 4UTTA 5CZJA 4O50A 5AHLA 4CLMA 4O4WA 4Z0JA 4O13A 1GOXA 3G18A 3DHDA 1F73A 3GDMA 3W2LA 2FPVA 3W7CA 1P1XA 1OX5A 1SQ7A 3NEVA 3Q58A 3HPSA 1H51A 4WJEA 3SECA 2JKPA 3TW7A 1F76A 4MLJA 1GG1A 2H6RA 3BARA 1T99A 4RK8A 5DLCA 1L6WA 1EP3A 4ZL1A 2CLEA 2CLFA 3UWQA 3EWZA 4Y8FA 1TPC1 2RFGA 4GBUA 1KM0A 4NQ1A 1K3UA 4IXHA 4NJIA 1UBSA 2GOUA 4E2DA 1GT8A 4K6AA 1L6SA 4TX9A 2X30A 3PBYA 4LVAA 1I45A 2Y63A 2A4AA 4ZQOA 1K03A 2E5DA 4XKYB 1XFBA 1OFOA 2ZZ3A 1X1ZA 2A5HA 2EF9A 2NX1A 3B0UX 2OT1A 3L66A 5DCBA 3BG3A 1GEQA 3HBLA 5DCDA 1SPQA 3QPYA 2VEKA 2VEIA 4K7VA 3A24A 5FEXA 3SFKA 1H1ZA 4TU1A 3P5YA 1C29A 1EX5A 2Y7DA 3MW7A 4IOTA 4PL1A 4UUIA 3THAA 1W1ZA 3W7LA 5K7JA 3PSVA 3W1NA 3W07A 4NU7A 3W1RA 1WA3A 3GK0A 1FCVA 1ZALA 4IUOA 1IF2A 4OE7A 3VFLA 5CSSA 5AHFA 3U6WA 2ZA1A 2Z6JA 1DKWA 1HUVA 1ADOA 3EX1A 1DVJA 4O52A 2Q8ZA 3MWAA 4NJJA 3AO0A 5LNRA 4M6PA 5I3FA 5FF3A 1FCUA 4N9EA 4K8EA 2Z2UA 2BXVA 3QW3A 3BVJA 5D2TA 1TJPA 4RZ5A 1AL8A 3MI2A 2YZRA 1O5XA 1O5KA 4WX2A 2CWNA 1ME7A 1OF8A 1ZHAA 5BOOA 3N2MA 1TPVA 3MHFA 4B5NA 3DKJA 3PM6A 4JR5A 2C13A 4LW7A 3PB2A 1TPEA 3PUEA 1THFD 2QEZA 4CQ9A 3E02A 1W5OA 1KTNA 1I2QA 3ABSA 1OVDA 3DENA 4MVAA 3S1WA 3L67A 2YPIA 1TPFA 1OG0A 2V8ZA 5HUOA 3EXTA 3W7MA 3NO5A 5BRBA 5SWUA 1OX6A 1TMHA 4UIOA 2DORA 3BW3A 1KFEA 2NV1A 4KFNA 4MJMA 3TIMA 4LVDA 3M1ZA 4XUGA 1KFKA 2Y7GA 1YTKA 3L2IA 4KFOA 3IVSA 3HOJA 2CZEA 5LGZA 5AYXA 3N3MA 2NV2A 2QCMA 1EP1A 2Y62A 5HMSA 3BPWA 1FWTA 4DF2A 3F03K 1YTDA 4HNVA 5J5DA 1KV8A 1FCBA 5D2WA 1Q6LA 4RXFA 4FHAA 3G0SA 1OFBA 3P81A 5D02A 1TCDA 2H3DA 2RHGA 3OBKA 4O15A 4UFKA 4JXCA 4K7YA 4FX7A 4UR7A 1LP6A 3C8FA 1IXNA 5HJLA 4N9BA 5HWMA 2JKEA 1TREA 2H8XA 1I4NA 4JIPA 2WJZA 3EB2A 2E5CA 5G2HA 3HG4A 3LXBA 3CLMA 2Y70A 1QOQA 1JCLA 5KZDA 2NZLA 4MOZA 4W9TA 2I9EA 4AF0B 3LRKA 3A5VA 4DPQA 1G67A 3DGRA 4CNNA 1UCWA 2BX7A 2PRHA 3SSJA 2WNNA 3NQDA 3LI1A 1VLIA 5F2MA 3W7DA 3FYOA 4DELA 3QMSA 4R7JA 1WOAA 2YGYA 4JYDA 2VC6A 1L2UA 3TFXA 4IPJA 1PE1A 3C61A 3NDOA 4OGZA 1W0MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GKA A;  1ALD A;  4IXX A;  1KXT A;  3G2G A;  3B9D A;  3WD4 A;  4LNY A;  4B16 A;  5DMY A;  4HMD A;  4R7W A;  3D5H A;  2PI6 A;  1XXX A;  3BW2 A;  3IIV A;  3GUG A;  2IQ0 A;  1HKK A;  3GNO A;  4HHM A;  3MVT A;  2D3N A;  1D2K A;  1ONR A;  1MQR A;  1B3Y A;  1OD0 A;  4NRS A;  1BG4 A;  3RXZ A;  1B3X A;  1EJV C;  1BVW A;  4X22 A;  3W70 A;  4GQR A;  1NFP A;  3E2R A;  3MO4 A;  5ABF B;  3MVI A;  5ABH A;  3SUV A;  3WQ8 A;  4MY1 A;  2QR6 A;  4I5X A;  4XUY A;  3T8Q A;  1Z3N A;  4UQD A;  2X0S A;  2YSW A;  4QSF A;  3D0C A;  1C92 A;  1QOX A;  4ADS A;  3AIB A;  4PEE A;  3VUS A;  2YA0 A;  4UFJ A;  3E96 A;  2YA2 A;  4A05 A;  1QNQ A;  3LLF A;  3NYZ A;  1U1U A;  4W93 A;  3QHM A;  2WHJ A;  1DJG A;  3ARO A;  1F3X A;  1HJS A;  2Y0F A;  1LZO A;  3OEX A;  1DJZ A;  2WJF A;  3IV8 A;  4KW2 A;  1LYX A;  5LGX A;  4IX0 A;  3MCN A;  3M0I A;  1BKS A;  3OOQ A;  5JIW A;  3VOH A;  3WQ6 A;  4DBW A;  2A2I A;  1RZM A;  4X0N A;  3R8R A;  4FS9 A;  1KTC A;  4ATW A;  5A8G A;  3CEU A;  3EGJ A;  3W1Q A;  1MDL A;  2VC7 A;  2ACU A;  4Q7B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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